基因组第10页

fastANI的安装与使用

学习链接：FastANI1、fastANI简介FastANI专为全基因组平均核苷酸身份（ANI）的快速无比对计算而开发。ANI被定义为两个微生物基因组之间共享的直系同源基因对的平均核苷酸身份。

筱贺学生信·2023-12-03 18:30

Prokka的安装与使用

文章链接：https://github.com/tseemann/prokka1.ProKKa的简介快速核基因组注释2、ProKKa的安装在本人的使用中，有两种安装方法好用1、用conda安装condainstall-cconda-forge-cbioconda-cdefaultsprokka2

筱贺学生信·2023-12-03 18:59

Roary的安装与使用

github.com/sanger-pathogens/RoaryRoary教程链接：http://sanger-pathogens.github.io/Roary/1.Roary的简介比较快速的分析范基因组的工具

筱贺学生信·2023-12-03 18:59

BED文件与bedtools简介

1、什么是bed格式1、文本文件2、表明基因组的一段区域3、标准的bed文件最少三列，最多十二列eg：1、chrom孔2、start开始3、end结束4、name名称5、score存一个数6、strand

筱贺学生信·2023-12-03 18:28

神经影像和人类基因组关联分析的实践过程

神经影像和人类基因组关联分析的实践过程摘要引言实施步骤1.阶段1:处理转录图谱数据1.1步骤1:验证探针到基因的注释1.2步骤2:过滤探针1.3步骤3:选择代表性探针1.4步骤4:将组织样本分配到分块状的大脑区域

sta@ma@brain·2023-12-03 17:26

2022-09-05

图灵基因·2023-12-03 14:15

追鲨鲸魂——三篇文章共解地球上吨位最大鱼类基因组

原创：montreal生信人2018-11-19鲸鲨，是人类已知最大的现存鱼类动物。记录到的最大尺寸为12米长，21.5吨重（数据来自维基）。分类上讲，其属于鱼总纲下面的软骨鱼纲，而我们日常生活中见到的大多数与都来自硬骨鱼纲。目前，鲸鲨的数量目前正不断下降，也因此成功跻身《世界自然保护联盟濒危物种红色名录》，成为其中为数不多的鲨鱼物种。Whaleshark(Rhincodontypus)fromS

montreal_sxr·2023-12-03 12:36

转录组测序3-序列基因组比对

RNAseq涉及到原始数据，数据质控，基因组比对，差异基因鉴定，差异基因功能富集分析，重要基因如转录因子激酶的靶基因预测等，我们用10讲的时间，全面讲解转录组测序报告，及在上百个项目中遇到的近百个常见问题

纪伟讲测序·2023-12-03 11:32

古老的“口香糖”揭示了5000年前的DNA

研究人员从桦木沥青中提取了完整的古代人类基因组，桦木沥青是一种在丹麦洛兰（Lolland）发掘时发现的具有5700年历史的古老“口香糖”。

掌桥科研专家·2023-12-03 07:59

Docker封装生物信息学宏基因组流程

宏基因组学（metagenomics）是一种以环境样品中的微生物群体所有基因组作为研究对象，利用基因组学的研究策略研究环境样品中所包含的全部微生物的遗传组成及其群落功能的新的研究微生物多样性的方法。

儒雅随和王小板·2023-12-03 05:50

2019-07-09

宏基因组：宏基因组研究以环境中所有微生物基因组为研究对象，通过对环境样品中的全基因组DNA进行高通量测序，获得单个样品的饱和数据量，基于denovo组装进行微生物群落结构多样性，微生物群体基因组成及功能

YX_Andrew·2023-12-02 22:47

先发Nature再发Cell|人工智能与组学研究结合彻底改变生信研究

木舟笔记·2023-12-02 18:17

宏基因组分析指南--综述

Apracticalguidetoampliconandmetagenomicanalysisofmicrobiomedata第一作者：Yong-XinLiu时间：2021May发表期刊：ProteinCellpubmed:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8106563/期刊版:https://academic.oup.com/protei

亦是旅人呐·2023-12-02 12:27

PWAS新发现 | Nat Neurosci: 抑郁症发病机制中存在新蛋白

本文将抑郁症全基因组关联研究(GWAS)的结果(N=500,199)与人类大脑蛋白质组

诺禾致源·2023-12-02 09:58

《一万小时天才理论》：破解才能密码，炼就成为资深专家

上帝有所偏好，只给喜欢的人天才的基因组合，让他们生来即比一般人优秀。而这些人总会被人标记为传奇人物，而这更加宽了他们凡夫俗子的之间的鸿沟。然而这本书则改变了我的陈旧

幾米_地下鐵·2023-12-02 02:54

Linux：bed文件制作，提取上下游150bp序列

bed文件格式：bed文件是一种常用的基因组注释文件格式，用于描述基因组上的区域。它由三列或更多列组成，分别表示染色体名称、区域起始位置和区域终止位置，以及可选的其他信息。

caopei0111·2023-12-02 01:28

10X Genomics 建立自己的参考基因组

10XGenomics为CellRanger提供了可以直接使用的人和小鼠基因组。此外，研究人员可以为其他物种创建自定义参考基因组，或向参考添加感兴趣的自定义标记基因，例如GFP。

生信编程日常·2023-12-02 00:38

BUSCO 做基因组评价

BenchmarkingUniversalSingle-CopyOrthologs(BUSCO)是用于评估基因组组装和注释的完整性的工具。

Bioinfor生信云·2023-12-01 16:18

使用三代 Hifi Reads 进行基因组 Gap Filling...

简单找了一些链接https://academic.oup.com/gigascience/article/9/9/giaa094/5902284https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.03.08.483466v1.full.pdfhttps://journals.sagepub.com/doi/full/10.1177/11769343209138

生信石头·2023-12-01 15:47

2020-07-31

经过科学家近二十年的努力，人类染色体基因组序列迄今为止是最准确和完整的脊椎动物基因组序列，但仍有数百个未知的空白或缺失的DNA序列。

TOM_5462·2023-12-01 14:25

EasyMicrobiome-易扩增子、易宏基因组等分析流程依赖常用软件、脚本文件和数据库注释文件

小果运维·2023-12-01 14:17

dbCAN碳水化合物酶基因数据库及run_dbCAN4工具安装配置及使用

dbCAN（碳水化合物酶基因数据库）是一个专门用于在基因组中预测碳水化合物酶基因的在线工具。

小果运维·2023-12-01 14:46

SMC++进行有效种群分析

CSDN博主「生信菜鸟1号」的原创文章，原文链接：https://blog.csdn.net/weixin_45694863/article/details/126801831SMC++是一个用于从全基因组序列数据中估计种群大小历史的程序

Making·2023-12-01 13:36

基于html 和javascript搭建基因组浏览器 ---Jbrowse（附代码，并说清楚踩坑之处）

由于自己的项目缺少一部分可以展示的基因组浏览器，看到很多网站都用了jbrowse这个浏览器，所以我也跟着学习了一下，并放在了自己的项目里。下面说下学习方法：！！！

佛系盼毕业·2023-12-01 11:25

JBrowse基因组浏览器1-安装步骤

JBrowse基因组浏览器1-安装步骤某些工具安装nodenpm安装nignx配置jbrowse某些工具sudoyumgroupinstall"DevelopmentTools"sudoyuminstallzlib-develperl-ExtUtils-MakeMaker

yanyanxiaobaobei·2023-12-01 11:24

JBrowse基因组浏览器2-FASTA和GFF文件的导入、删除

JBrowse基因组浏览器2-FASTA和GFF文件的导入、删除初始化导入FASTA文件的导入删除GFF的导入和删除以下是通过学习官方文档，然后总结出的初始化导入1.导入FASTA文件bin/prepare-refseqs.pl

yanyanxiaobaobei·2023-12-01 11:54

基因组浏览器使用 (EPGG)

基因组浏览器是高通量测序分析的一个重要的可视化工具。

生信宝典·2023-12-01 11:53

基因组浏览器Jbrowse2使用和配置，支持多种格式的基因组文件

基因组浏览器Jbrowse2使用和配置，支持多种格式的基因组文件1.准备工作2.部署项目3.启动项目4.配置本地基因组信息4.删除配置5.配置默认展示本文严禁转载！如需转载请注明来源！

Opticalproperti·2023-12-01 11:19

jbrowse基因组浏览器部署

1ca文件处理samtools工具安装wgethttps://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.9/samtools-1.9.tar.bz2tar-jxvfsamtools-1.9.tar.bz2cdsamtools-1.9/./configure--prefix=/usr/local/samtoolssamtoolsfaidxzdd

运维之美@·2023-12-01 10:16

植物发育过程中，如何驱动共生微生物组的动态变化？

期刊《Microbiome》影响因子14.65近期，派森诺与中国科学院生态环境研究中心、中国科学院大学合作，又双叒在《Microbiome》发表论文，通过扩增子测序和宏基因组测序等方法，研究了植物发育过程中微生物群落与气候

felix108·2023-12-01 07:01

基因结构注释（4）：整合预测结果

参考链接如何对基因组进行注释从头预测，同源注释和转录组整合都会得到一个预测结果，相当于收集了大量证据，下一步就是通过这些证据定义出更加可靠的基因结构，这一步可以通过人工排查，也可以使用EVidenceModeler

周小钊·2023-12-01 03:57

以后谁可能用上人造器官

例如，在双胎妊娠中，一个胎儿偶尔会把另一个“吸收”掉，最后出生的个体是由具有不同基因组的细胞组成的。2019年，一次法医科

凯dich·2023-11-30 16:23

生信log18|一个上传基因组到NCBI的图文详细教程

开篇废话一下：>这篇日志分享的实际上是我总结了NCBI基因组上传流程并分享给组内同学参考的PPT教程，当然我们PPT上面还有16SrRNA基因的上传教程，因为是师兄做的，此处不作分享，仅分享基因组上传的部分

周芷希Hazel·2023-11-30 14:24

【现学现卖】宏基因组数据与深度学习

一些研究中，测序样品很多是采集于环境或者寄主的某个组织，包含多种微生物的基因组，又称为宏基因组。

乔伊nikkie·2023-11-30 13:34

甲基化-全基因组甲基化测序WGBS & RRBS

回顾表观基因组中5mC(DNA甲基化)概述：在甲基转移酶的作用下，DNA序列中的胞嘧啶(C)5`碳位结合一个甲基基团形成5`-甲基胞嘧啶的现象。

b2ad98a9e7bd·2023-11-30 08:43

基因组学（课程笔记）第十章-表观基因组学

内容提纲内容提纲表观基因组学（Epigenomics）定义：在核苷酸序列不发生改变的情况下，研究基因组上的化学修饰和空间结构变化如何影响基因功能和表达调控的一门学科研究内容：1）化学修饰：DNA、RNA

懒猪曼达·2023-11-30 05:48

基因组与群体进化，解析物种进化历程-05

案例八研究背景穿山甲(pangolin)是鳞甲目穿山甲科物种的统称。由于穿山甲肉常被作为奢侈消费品，穿山甲甲片长期作为传统中药材等原因，使穿山甲成为“世界上偷猎和贩卖最严重的哺乳动物”，其非法贸易占野生动物非法跨国贸易总数的20%，导致穿山甲濒临灭绝。所有现存的8种穿山甲均被列为CITES附录I物种。但是，环境因素和人类活动究竟是如何导致其急剧缩减以及这种急剧缩减对遗传水平上带来的后果和其生存潜力

百迈客生物·2023-11-30 01:00

学习小组Day7笔记--阿星

学习小组Day7测序和组学思维导图.png测序和组学1.测序重点关注三代测序的原理和优缺点2.组学初步了解基因组学和转录组学的意义和应用场景3.七天总结这七天用最快的方法入门和学习了生信的核心内容。

阿星爱小羊·2023-11-29 23:51

Racon三代数据纠错2021-01-19

使用minimap2将三代数据比对到基因组，再使用racon纠错。做3次。一、软件安装minimap2安装：直接github上下载make安装。

candel·2023-11-29 19:42

零基础入门转录组分析——第四章（序列比对）

零基础入门转录组分析——第四章（序列比对）目录零基础入门转录组分析——第四章（序列比对）1.之前章节结果的查看1.构建参考基因组索引2.序列比对3.压缩和排序XXX.sam文件4.构建bam文件的索引（

呆猪儿·2023-11-29 18:50

2020转录组RNA-SEQ上游分析

qc结果解读单一碱基占比单碱基测序质量在150bp上的分布情况测序质量的分布图GC含量测定接头adapter统计过滤reads@trim_galore过滤标准trim_galore比对@hisat2参考基因组

super_qun·2023-11-29 18:20

不用linux转录组数据分析,无参考基因组的转录组测序分析流程

下边上干货.1.分析流程：2.分析步骤2.1数据预处理，质控过程，与有参考的转录组分析一致2.2UniGene拼接目的：将预处理后reads进行拼接，得到拼接结果。原理：应用deBruijngraphpath算法对reads进行denovo拼接；对上一步的拼接结果，再用HamiltonPath算法拼接。结果：UniGene序列，UniGene统计信息，序列长度分布图2.3数据库注释目的：对拼接得到

师敬超·2023-11-29 18:49

C语言基因序列比对,转录组入门（5）：序列比对

顺便对bam文件进行简单QC，参考直播我的基因组系列。前面四篇基本都算是准备工作，从

Valkla·2023-11-29 18:49

Cufflinks --转录组组装有参考基因组

一.简介Cufflinks下主要包含cufflinks,cuffmerge,cuffcompare和cuffdiff等几支主要的程序。主要用于基因表达量的计算和差异表达基因的寻找。二.安装Cufflinks下载网页。1.为了安装Cufflinks，必须有BoostC++libraries。下载Boost并安装。默认安装在/usr/local。$tarjxvfboost_1_53_0.tar.bz2

g863402758·2023-11-29 18:45

转录组学习第5弹-比对参考基因组

比对参考基因组在构建文库的过程中需要将DNA片段化，因此测序得到的序列只是基因组的部分序列。

长腿猴子请来的救兵·2023-11-29 18:12

人工智能与我们的生活

医疗影像分析、基因组学研究等都受益于人工智能技术，为医学领域带来了突破性的进展。b.金融领域在金融领域，人工智能被广泛应用于风险管理、投资策略、反欺诈等方面。

qing_ti_xx·2023-11-29 18:04

2021-01-04根据SNP验证自然选择—XPEHH分析

转载自https://mp.weixin.qq.com/s/1IM6KSCGIq0cUJhKKXVcIw背景选择清除分析是常用于鉴定群体基因组水平受选择区域的一种方法，其背后的理论是：在受选择群体中，会出现有利等位基因的频率快速上升

麦冬花儿·2023-11-29 17:22

61.《Bioinformatics Data Skills》之SAM文件格式(1)

我们已经知道BED与GTF文件用于存储基因组区域与基因组特征注释信息。

DataScience·2023-11-29 06:36

皮尔逊相关系数php,生信分析网站（相关性分析）

ONCOMINE从全景、亚型两个维度做表达差异分析；临床标本从蛋白水平确认(或HPA数据库)，很重要；Kaplan-MeierPlotter从临床意义的角度阐明其重要性；cBio-portal数据库做基因组学的分析

weixin_39599097·2023-11-29 03:02

探针寻找之旅（5）——拆分长探针到短探针的 python脚本

故事起源，我们想知道35bp序列中有几个15bp的片段，用这些15bp的片段比对到基因组，并统计情况。因此想要写一个python脚本实现由35bp的序列文件生成所有可能包含的的15bp片段序列。

嗒嘀嗒嗒嘀嗒嘀嘀·2023-11-29 03:10

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