基因组第9页

基因组坐标 “0-base” 和 “1-base”

讲的特别详细就搬运过来了，搬运链接：TheUCSCGenomeBrowserCoordinateCountingSystems“1-start,fully-closed”=coordinatespositionedwithintheweb-basedUCSCGenomeBrowser.“0-start,half-open”=coordinatesstoredindatabasetables.Tab

热衷组培的二货潜·2023-12-19 16:54

宏基因组经典论文复现(1) ggplot2绘制散点图

之前写了不少微生物多样性的数据可视化案例，但是始终没有与宏基因组接触，如今大势所趋不得不走上这条道路，论文复现也得早日提上日程，今天就让我们开始来复现下述论文中的图Expandedcatalogofmicrobialgenesandmetagenome-assembledgenomesfromthepiggutmicrobiome

R语言数据分析指南·2023-12-19 12:46

FASTA和FASTQ 介绍

参考:从零开始完整学习全基因组测序数据分析：第2节FASTA和FASTQ作者：碱基矿工前言在生物信息分析过程中，各种组学（基因、转录、蛋白等）各种数据库，不同类型的数据可能都有其特有的数据文件与特殊的存储格式

Peng_001·2023-12-19 12:29

宏基因组学Metagenome-磷循环Pcycle功能基因分析-从分析过程到代码及结果演示-超详细保姆级流程

大背景介绍生信分析，凡事先看论文，有了论文就有了参考，后续分析就有底了，直接上硬菜开干：PCycDB:acomprehensiveandaccuratedatabaseforfastanalysisofphosphoruscyclinggenes-PubMed数据库及部分分析代码github库：GitHub-ZengJiaxiong/Phosphorus-cycling-database:This

小果运维·2023-12-19 09:19

体内内源基因调控之CRISPRi与CRISPRa

众所周知，CRISPR/Cas9系统可以用来操纵基因组：规律成簇的间隔短回文重复CRISPR与内切酶Cas9的组合，可以在引导RNA（gRNA）的指引下，靶向基因组中的特定区域并切割DNA，产生DNA双链断裂

辛晓红·2023-12-19 04:19

实验-载体

一、前言：分子生物学着重于分子机制的研究，即基因与基因组的结构和功能，生物大分子执行功能的过程。这个领域的发展源于工具和方法的发展，每一场技术革命都让分

乔伊nikkie·2023-12-19 02:10

生信 | 三维基因组技术（二）：Hi-C辅助组装与Lachesis的使用

染色体疆域Hi-C实验原理图Hi-C实验原理图基因组互作衰减染色体内互作强度较强，但也随着空间距离的增大互作强度在衰减互作衰减Hi-C互作三大规律1.染色体内互作富集（Intrachromosom

生信卷王·2023-12-19 00:43

GWAS--基本概念(未完待续...)

全基因组关联分析GWAS(Genome-wideassociationstudy)应用基因组中数以百万计的单核苷酸多态；SNP为分子遗传标记，进行全基因组水平上的对照分析或相关性分析，通过比较发现影响复杂性状的基因变异的一种新策略

晓佥·2023-12-18 21:05

医疗智能化革命：AI技术引领医疗领域的创新进程

它不仅在医学影像诊断、病理学分析和基因组学研究等领域展现出了巨大潜力，也在远程医疗、智能健康监测和精准医疗等方面彰显着其独特的价值。

4.0啊·2023-12-18 10:23

【动植物研究动态】20220815文献解读

HorticRes|武汉大学李家儒：盾叶薯蓣高质量基因组解析与薯蓣皂苷生物合成进化ThegenomeofDioscoreazingiberensisshedslightonthebiosynthesis

生物信息与育种·2023-12-18 10:16

每周文献 2021-08-02

大家好，最近因为有需要了解甲基化作用，看到这篇文献，拿出来给大家分享一下，这是一篇关于揭示蛋白BANP与基因组的CGCG基序结合，从而激活必需基因表达的文章。

杨博士聊生信·2023-12-18 10:54

生信步骤|转录组mRNA数据的有参组装

1.软件准备转录组拼接所需软件及功能如下：hisat2建立参考基因组索引，reads比对。samtools进行sam文件向bam文件的格式转化，排序。stringtie组装转录本gffrea

学术程稻属·2023-12-18 03:56

在线作图|2分钟绘制一张精美的火山图（Volcano Plot）

在生物信息分析中，火山图常用于转录组、基因组，蛋白质组，代谢组等统计数据。im

维凡生物·2023-12-17 22:49

基因-疾病数据库/工具大集合

科学技术的发展极大地改变了基因组领域，尤其是在基因图谱、数据库、疾病图谱、CRISPR/Cas9、大数据和下一代测序等方面。

尐尐呅·2023-12-17 15:26

临检中心公布报告：华大基因顺利通过这项室间质量评价预研活动

11月中旬，国家卫生健康委临床检验中心(以下简称“临检中心")公布了2023年“全国血液微生物cfDNA宏基因组高通量测序室间质量评价预研活动结果报告”，华大基因下属子公司天津华大医学检验所顺利通过此次室间质评

ZAKER科技动态·2023-12-17 11:26

wtdbg2 三代基因组组装

wtdbg2软件下载与安装gitclonehttps://github.com/ruanjue/wtdbg2cdwtdbg2make进行基因组装第一步是组装第二步是得到一致性序列#!

candel·2023-12-17 07:00

Hi-C辅助组装问题盘点

根据染色体内部互作频率显著高于染色体间互作频率，同时，在同一条染色体上互作频率随着互作距离的增加而减少的原理，将Contig或者Scaffold聚类到组群，并进一步对组群内的Contig/Scaffold进行排序及定向，实现趋近于染色体水平的基因组挂载

生信阿拉丁·2023-12-17 00:17

文章系列2：Unraveling the functional dark matter through global metagenomics

通讯作者是来自于DOEJointGenomeInstitute,LawrenceBerkeleyNationalLaboratory,Berkeley,CA,USA.背景介绍&目标作者首先背景介绍了两种主流宏基因组分析方法

土豆西红柿青椒·2023-12-16 21:33

蹭热点的代价是失去科研深度！

多年前，蛋白组学、基因组学火了。很多人便立即着手将研究内容往组学上靠。无论研究什么，你没点组学内容，都不好意思说自己是做科研的。于是，大家在检索文献时，会发现组学相关

聊点学术·2023-12-16 20:59

基于BWA，Bowtie2，samtools、checkm等工具计算宏基因组学序列分析中Contigs与Genes在样品中的丰度，多种计算方式和脚本对比

以下是计算这两个指标的意义：1.Contigs的相对丰度：contigs是利用基因组测序技术获得的碎片序列，通过计算contigs的相对丰度可以了解微生物群落中不同菌种的相对丰度。

小果运维·2023-12-16 18:28

听勃拉姆斯的上午

首先是学业，清晰地意识到自己对植物基因组研究兴趣寡然，在夏令营地时候就发现，我和一些同学相比，缺乏对植物本能的热爱，最后一天从植物所的食堂吃饭出来，

Li亦维·2023-12-16 02:12

2021-11-06从人见人爱的向日葵说起——Ks与全基因组多倍化事件

向日葵是吃瓜群众喜闻乐见的一种植物，除了能够长出朵朵葵花向太阳的萌萌大脑袋，还能结出令人爱不释手的瓜子，无论干炒、奶油、五香，都很好吃！不仅如此，向日葵还是重要的油料作物，葵花子油颜色金黄，气味清香，含有大量的亚油酸等人体必需的不饱和脂肪酸，可以促进人体细胞的再生和成长，保护皮肤健康，并能减少胆固醇在血液中的淤积，是一种高级营养油。新疆盛产葵花，维吾尔族姑娘的辫子又多又长，乌黑油亮，据说与姑娘们爱

麦冬花儿·2023-12-15 23:36

文献解读：抗旱玉米品种基因组组装及抗旱机制解析

文献2023NatureGeneticsGenomeassemblyandgeneticdissectionofaprominentdrought-resistantmaizegermplasm研究背景干旱是作物生产的巨大环境限制，造成的作物年产量损失比所有病原体的总和还要高。由于全球气候变化等气候问题，培育高产和抗旱强的品种需求迫在眉睫。玉米是一种世界范围的作物，每年因干旱导致玉米减产越39.3

我与生信·2023-12-15 21:59

宏基因组学及宏转录组学分析工具MOCAT2（Meta‘omic Analysis Toolkit 2）安装配置及常用使用方法

MOCAT2（Meta'omicAnalysisToolkit2）是一个用于宏基因组和宏转录组数据分析的工具集，旨在处理和分析来自各种环境样品（如土壤、水体、肠道等）的宏基因组学和宏转录组学数据。

小果运维·2023-12-15 20:36

2022-08-03

研究结果表明，某些类别的药物在肿瘤的基因组成而不是肿瘤的类型或起源应该决定治疗决

图灵基因·2023-12-15 18:05

美国为未来做准备：多方机构研究量子计算

借助量子计算机，研究人员和科学家们将可以以前所未有的速度存储和处理信息，解决当前计算机无法解决的复杂问题，并将强大的算力用于分析从天气模式到错综复杂的人类基因组等所有问题中。但量子计算

Qforepost·2023-12-15 05:21

组装细菌基因组

一、在GenomeAnnouncements网站（https://mra.asm.org/）找到一篇细菌基因组文章1.标题如下image.png2.有多个SRA号，只选择其中一个SRR9209170image.pngimage.png

努力再努力_cf77·2023-12-15 04:00

2021-09-13

二、数据下载1.准备工作工作目录管理##示例如下：tree-L1├──biosoft#软件安装目录├──database#数据库存放目录，包括参考基因组，注释文件，公共数据库等├──pipline#流程搭建目录

R小王子·2023-12-14 17:24

人类基因组探索（1）

基因组的序列版本权威发布者是GenomeReferenceConsortiumhg38对应于GRCh38，初版本发布于2013年12月。hg19对应于GRCh37，初版本发布于2009年2月。

小学生笔记本·2023-12-06 22:56

每日文献：2018-01-23

NatureGenetics：水稻泛基因组文章继续解读原文标题:Pan-genomeanalysishighlightstheextentofgenomicvariationincultivatedandwildrice

xuzhougeng·2023-12-06 21:21

【生信分析】基因组学导论

由于工作需要，现在开始跨行学生信！祝我成功目标：通过一周的学习能对对不同高通量测序数据集（RNA-seq、ChIP-seq、BS-seq和多组学集成）进行分析。配置环境if(!requireNamespace("BiocManager",quietly=TRUE))install.packages("BiocManager")BiocManager::install(c('qvalue','plo

大桃子技术·2023-12-06 21:11

【第二章】用于基因组数据分析的 R 简介

计算基因组学的目的是从高维基因组数据中提供生物学解释和见解。一般来说，它与任何其他类型的数据分析工作类似，但通常进行计算基因组学需要特定领域的知识和工具。

大桃子技术·2023-12-06 21:38

超详Chip-seq分析流程

一、Chip-seq分析流程二、数据、参考基因组、所需软件下载1、参考基因组下载：以二穗短柄草为例：https://genome.jgi.doe.gov/portal/pages/dynamicOrganismDownload.jsf

想要学好生信的小白·2023-12-06 20:07

EasyMetagenome易宏基因组——简单易用的宏基因组分析流程-来自刘永鑫团队的秘密武器

原仓库地址如下，github有时候无法访问，等一段时间再试就行：YongxinLiu/EasyMetagenome:EasyMetagenomePipeline(github.com)相关文章，看文章更清晰这个可干啥：EasyAmplicon:Aneasy‐to‐use,open‐source,reproducible,andcommunity‐basedpipelineforampliconda

小果运维·2023-12-06 19:49

多功能基因组的全基因组检测和分析

在全基因组水平上鉴定多功能基因并研究其特性可以揭示支持细胞功能的分子事件的复杂性，从而使人们更好地了解细胞的功能格局。但是，迄今为止，对多功能基因（及其编码的蛋白质）的全基因组分析已经受到限制。

silenceboy_74ce·2023-12-06 15:05

2-EagleC: A deep-learning framework for detecting a full range of structural variations from bulk...

Hi-C技术：检测人类基因组结构变异（SVs）的一种有前景的方法。目前严重缺乏能够使用Hi-C数据进行全范围SV检测的算法,只能以低于最佳的分辨率识别染色体间易位和远程染色体内SVs（>1mb）。

怎么不是呐·2023-12-06 13:25

2021-04-01芡实和金鱼藻1

2、基因组研究很重要，

八段锦1134·2023-12-06 04:05

vcf文件提取信息及排序

vcf文件示例VCF文件简介：VCF（VariantCallFormat）文件是一种常用的存储基因组变异信息的文本文件格式。它由一系列的元数据行（以"#"开头）和数据行组成。

花生学生信·2023-12-05 23:45

慢病毒载体

慢病毒属于反转录病毒科，与该科其他病毒一样，病毒粒子携带ssRNA,必须反转录并整合至宿主细胞基因组（原病毒）产生有效感染。慢病毒的显著特点是其基因组复杂、圆柱形或圆锥形的核衣壳携带病毒基因组。

实验小助手·2023-12-05 22:26

构建参考基因组索引

香榧基因组index构建激活conda环境condaactivaterna构建hisat2索引后台运行nohuphisat2-buildgenome.fagenome>myout.file2>

陈伟杰_9441·2023-12-05 21:43

基因组注释流程

一边学习，一边总结，一边分享！详细教程请访问：组学分析流程本期分析流程Hisat2-SamtoolsTrinity_GG_denovoPASA…本期教程文章题目：Genomicinsightsintolocaladaptationandfutureclimate-inducedvulnerabilityofakeystoneforesttreeinEastAsiaHisat2-samtools分析

小杜的生信筆記·2023-12-05 21:44

比较基因组学常用分析软件和分析方法

转载自https://blog.csdn.net/qq_36608036/article/details/109466468比较基因组学常用分析软件和分析方法（1）同源基因的查找OrthoMCLorOrthofinder

刘相培在努力学习中·2023-12-05 09:18

转录组重建系统发育（三）使用minimap2过滤掉序列中的叶绿体和线粒体基因

使用conda安装minimap2，并在NCBI上下载一些与你目标物种相近物种的叶绿体和线粒体基因组。

惊鸿影·2023-12-04 21:57

某生物科技巨头：引入安全工具，推动基因科技领域智能化发展

精研数字化提升精准度和效率，实现精准医学的人人可及该生物科技机构始终坚持从源头创新，积极探索基因组学和人工智能技术的深度融合，在IT领域发力，在

开源网安·2023-12-04 15:42

读文献-大规模全基因组基因芯片数据集中的布尔推断网络

Booleanimplicationnetworksderivedfromlargescale,wholegenomemicroarraydatasets大规模全基因组基因芯片数据集中的布尔推断网络AbstractsWedescribeamethodforextractingBooleanimplications

克里克的钟·2023-12-04 15:45

酵母双杂交服务专题（一）

作为一种高度灵敏的技术，酵母双杂交系统被广泛应用于研究哺乳动物和高等植物基因组编码的蛋白质之间的交互作用，这一点已被众多研究文献所证实。

卡梅德生物·2023-12-04 13:07

用于种系疾病诊断的临床全基因组测序分析验证的最佳实践

Bestpracticesfortheanalyticalvalidationofclinicalwhole-genomesequencingintendedforthediagnosisofgermlinedisease摘要全基因组测序

亦是旅人呐·2023-12-04 13:55

2021-04-10

GeSeq主要以同源注释的方式，快速准确地实现细胞器基因组的注释，特别是叶绿体基因组。

2_d0a9·2023-12-04 11:16

全基因组CNV分析

建立人基因组windows,计算GC含量#!/bin/bashmkdirbed(#子shellcdbedgenome="hg38"#fetchchromosomesizeif[!

bred·2023-12-04 04:36

统计注释出的基因数目，基因长度，外显子和CDS长度

做完基因组注释后需要统计一下基因长度，CDS长度和intron以及exon长度。

纵纵纵小鸮·2023-12-04 01:52

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