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宏基因组测序
伟大的中国共产党
一个民族最深沉的追求,一定要在其薪火相传的民族精神中来进行基因
测序
。中华民族是热爱和平的民族,血液里没有侵略他人、称霸世界的基因。
白鸽123456
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2024-02-01 19:15
NCBI SRA数据库使用详解----学习笔记
SRA(SequenceReadArchive)数据库是用于存储二代
测序
的原始数据,包括454,Illumina,SOLiD,lonTorrent,Helicos和CompleteGenomics。
盲人骑瞎马5555
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2024-02-01 12:22
生物信息学
《生物信息学:导论与方法》--新一代
测序
NGS:转录组分析RNA-Seq--听课笔记(十四)
第八章新一代
测序
NGS:转录组分析RNA-Seq8.1转录组介绍Atranscriptomeisacollectionofallthetranscriptspresentinagivencell.所谓转录组
盲人骑瞎马5555
·
2024-02-01 12:52
生物信息学
RNA-Seq
Cufflinks
TopHat
OTU的定义与解读----了解笔记
在16S
测序
中,OTU通常使用97%的identitythreshold。
盲人骑瞎马5555
·
2024-02-01 12:52
生物信息学
一文搞懂RNA-seq的链特异性
测序
和非链特异性
测序
1.
测序
方法两种建库方法对应两种
测序
方法:非链特异性
测序
方法(non-strandedRNA-seqprotocol):得到的reads没有方向性,无法判断reads是属于GeneA还是属于Gen
简说基因-专业生信合作伙伴
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2024-02-01 09:27
单细胞转录组
测序
技术及各类数据分析方法总结
自从2009年**单细胞转录组
测序
(single-cellRNA-seq,scRNA-seq)**技术首次问世,至今已经有几十种不同的scRNA-seq技术相继被开发出来。
AIPuFu
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2024-02-01 09:22
单细胞测序
生物学
医学
生物信息学
单细胞测序
生物学
医学
iMETHYL : 整合了DNA甲基化, SNP和RNA_seq的多组学联合数据库
从近100名志愿者中提取3种类型的细胞,并分别进行WGS,WGBS,RNA_seq
测序
分析,将最终
生信修炼手册
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2024-02-01 07:13
RPKM,FPKM和TPM明确解释| RNA-Seq博客
RPKM,FPKM和TPM明确解释|RNA-Seq博客来自StatQuest过去,当您进行RNA
测序
时,您以RPKM(ReadsPerKilobaseMillion每千碱基百万个读数)或FPKM(FragmentsPerKilobaseMillion
Seurat_Satija
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2024-02-01 03:24
2021-12-27
NatRev丨癌症基因组
测序
数据的计算分析原创珍奇图灵基因2021-12-2707:03收录于话题#前沿生物大数据分析撰文:珍奇IF:60.716推荐度:⭐⭐⭐⭐⭐亮点:本文描述了癌症基因组生物信息学分析中涉及的主要步骤
图灵基因
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2024-01-31 23:49
【Time Series】LSTM代码实战
二、算法原理长短期记忆网络(LSTM)是一种特殊的循环神经网络(RNN),用于处理和预
测序
列数据的时间依赖性。
BoostingIsm
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2024-01-31 19:14
TimeSeries
DL
人工智能
Seurat24式太极拳之9单鞭---用于sctransform的标准化值存储在哪里?
给定细胞中给定基因的正残基表明,与基因在种群和细胞
测序
深度中的平均表达相比,我们观察到的UMI比预期多,而负残基则相反。sctransfrom的结果存储在“SCT”分析中。您可以在我们的插图,命令备忘
Seurat_
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2024-01-31 13:24
学习小组Day7
测序
知识--yu
测序
基本知识基本知识链接https://blog.csdn.net/leroylee7/article/details/112414577各代
测序
技术及原理
测序
原理NGS组学内容基础介绍链接https:
Iris09
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2024-01-31 11:30
【细胞通讯】CellTalk
单细胞RNA
测序
(scRNA-seq)技术的发展可有效帮助研究人员认识细胞表型的异质性和复杂组织的细胞类型组成,促进了单细胞分辨率下对细胞间通讯的系统研究。
jjjscuedu
·
2024-01-31 10:13
运行picard遇到一个错误: "java.io.IOException: No space left on device"
这几天在跑重
测序
的流程,自己去年的这个时候整理过,之后在几个服务器上都跑过,没出现什么问题,然而又换了一个服务器之后在picard排序和标记(PCR)重复这两步频繁报错。
TOP生物信息
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2024-01-31 10:55
精选推文 | 基于三代转录组的基因注释踩坑经历以及GSAman使用
--CJ-陈程杰前言随着
测序
技术的进步和普及,现如今已经步入到“功能基因组学”(functionalgenomics)的时代。
生信石头
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2024-01-31 04:39
【文献简报】-空间转录组学和原位
测序
研究联合研究阿尔兹海默症
空间转录组文章逐步进入爆发期,单细胞方向的未来是单细胞空间组学,这篇文章利用空间转录组(ST)和原位杂交
测序
(ISS)研究阿尔茨海默症。
六博说
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2024-01-30 22:07
Fastp使用方法
fastp是一个速度非常快的
测序
数据质控软件,以下为软件参数的说明,根据github内容整理。
WuYankang
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2024-01-30 07:11
生信技能树《GEO数据框挖掘》笔记
1.通读文献阅读及规律这一块儿主要就是在你感兴趣的文章里,找到其
测序
信息的GSE号,在GEO数据库中直接检索该文件号。2.了解GEO数据库比如我们对GSE42872这个
测序
结果比较感兴趣,我们现在GE
鹿枫堂
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2024-01-30 04:14
StatQuest学习笔记16——t-SNE
46节,它的主要内容是t-SNE,t-SNE是一种对复杂数据的降维分类方法,我最初知道这种方法是在接触质谱流式细胞仪CytoTOF的时候,当时的很多文献对细胞的分类方法都是采用t-SNE,现在很多单细胞
测序
类文章也会使用
backup备份
·
2024-01-29 19:33
[基因组学]使用GAMP根据已知CDS序列来进行未知基因组序列的功能注释
后来高通量
测序
时代,又开发了GSNAP支持高通量数据比对。软件安装我采用的是利用源代码且在无root权限下进行安装。
巩翔宇Ibrahimovic
·
2024-01-29 14:11
RNA 3. SCI 文章中基于T CGA 差异表达基因之 DESeq2
区别主要在于一个是计算芯片探针给出来的结果,而DESeq2是基于NGS
测序
结果中Readcounts来计算差异表达,根据输入数据的不同,我们对比一下做法。
90066456ace6
·
2024-01-29 12:48
无标题文章
二代
测序
数据质量评估软件FastQC的安装及使用说明标签:_生信工具,_
测序
数据质控及评估二代
测序
数据质量评估软件FastQC的安装及使用说明当我们拿到二代
测序
数据后,第一件事肯定就是要查看一下
测序
质量的好坏了
星空_2739
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2024-01-29 08:36
反思录2021-08-01
今天事情安排得有点太多,临时又收到
测序
数据,有点焦头烂额,根本忙不过来。专注最重要的事情,少就是多。今日反思:给自己安排的事情偏多了,慢下来,专注。
考拉王的桉树
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2024-01-28 20:49
NGS 数据mapping 算法简介
简介取得
测序
序列信息后,在有参考基因的情况下我们通过Mapping到参考基因组进行后续分析;没有则重头拼接序列。一般而言,基因组的组装将比readalignment消耗更多的计算资源。
茄子_0937
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2024-01-27 20:06
学习小组DAY7笔记--路超杰
思维导图高通量
测序
二代
测序
的专业名词flowcell:
测序
反应的载体/容器,1个flowcell有8个lanelane:
测序
反应的平行泳道,试剂添加、洗脱等过程的发生位置tile:每次荧光扫描的位置,肉眼是看不到的双端
测序
Imimp
·
2024-01-27 01:24
一文掌握R包DESeq2的差异基因分析过程
转录组
测序
的最直接目的,就是设法寻找组间显著表达变化的基因,解释基因表达水平的变化对生物功能的影响。
纪伟讲测序
·
2024-01-26 12:20
抗性基因数据库(1)
抗性基因数据库(1)
宏基因组
:检测细菌、病毒等序列耐药基因:检测检出非人序列中的已知耐药基因,找到对应耐药基因的抗生素耐药/抗性基因数据库ARDB(AntibioticResistanceGenesDatabase
Zoeyer
·
2024-01-26 10:44
2020-05-04 eigenMT
这种校正方法虽然准确,但对于大规模队列
测序
/大样本
测序
,需要数天到数周的高计算成本。与其相比,我们的方法减少了数量级的计算负担,同时保持了较高的精度。为了做到这一点,我们
程凉皮儿
·
2024-01-26 04:16
2022-06-23
单细胞RNA
测序
的研究表明,总mRNA含量与肿瘤表型息息相关。然而,目前为止,还未出现能够对总mRNA进行大规模泛癌检查的技术。近期,美国安德森癌症中心
图灵基因
·
2024-01-25 21:45
WGVD:小麦基因组变异与选择信号数据库 | CNGBdb收录数据库推荐
随着完整的小麦参考基因组的发布以及下一代
测序
技术的发展,来自面包小麦及其祖先的大量基因组数据已经产生,并为小麦遗传学研究提供了基因组资源。
尐尐呅
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2024-01-25 21:50
宏基因组
CAG、MGS、MLG、MAG傻傻分不清?
在之前的Binning文章中(文章链接:《如何打破瓶颈,提升
宏基因组
研究level》、《
宏基因组
高分文章里的小技巧》),主要针对Contig进行聚类,旨在得到潜在的单菌基因组信息。
斗战胜佛oh
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2024-01-25 11:54
单细胞
测序
笔记1:数据读取
(一)准备工作我们先向R中安装如下包以确保准备工作的完成install.packages("BiocManager")BiocManager::install("mulltest")#似乎只有Bioc里面才能安装mulltestif(!require(Seurat))install.packages("Seurat")if(!require(dplyr))install.packages("dpl
陈天白
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2024-01-25 11:37
r语言
程序人生
高分文章热门
测序
结果验证方法,解决你的选择困扰
随着
测序
技术的发展和应用的普及,研究者们在拿到大量的
测序
结果后,面临的困扰是怎样选择合适的结果验证策略。在这里,我们一起来了解一下高分文章中有哪些热门的验证方法吧,总有一种适合你。
ee00dc6faab7
·
2024-01-25 09:26
240124学习记录:查看/提取bam文件的reads
BAM文件(BinaryAlignment/Mapfile)是一种常用于存储
测序
数据的二进制格式。它主要用于存储DNA
测序
数据的比对(alignment)信息。
丁优雅ya
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2024-01-25 05:22
dyouya的生信相关
小D的Linux日记
linux
基因组与转录组,深入挖掘基因表达信息--02
本研究对在中国广泛种植的杂合猕猴桃“Hongyang”(A.chinensis)的基因组进行
测序
分析。该基因组序列的可用性不仅为了解猕猴桃及其野生近缘种的特定农学重要性状的潜在分子基础提供了见解
百迈客生物
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2024-01-24 23:12
深度学习-循环神经网络-RNN实现股价预测-LSTM自动生成文本
序列模型(SequenceModel)基于文本内容及其前后信息进行预测基于目标不同时刻状态进行预测基于数据历史信息进行预
测序
列模型:输入或者输出中包含有序列数据的模型突出数据的前后序列关系两大特点:输入
小旺不正经
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2024-01-24 16:55
人工智能
深度学习
rnn
人工智能
基因组评估软件gaep
基因组组装评估指标基因组评估软件geap,overviewoftheGAEPpipelinemainworkflowoftheGAEPmisassemblydetectionmoduleGAEP是一款能够基于二代、三代
测序
以及转录组
测序
数据
花生学生信
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2024-01-24 08:17
Day17
今天有一件高兴的事:拿去
测序
的样本全部质检合格,明天交完上机检测表就可以
测序
了,两周左右就能拿到结果。加油!不负韶
Lucky_笑
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2024-01-24 06:11
学习小组Day7笔记--WX
测序
知识特别鸣谢:@公众号:生信星球豆豆&花花老习惯,先来张思维导图~Day7-
测序
知识再补充些Illumina二代
测序
技术中涉及到的名词~flowcell:
测序
反应的载体/容器,1个flowcell有
xiaoxiaomiya
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2024-01-24 04:29
张启发院士的肺腑之言,值得每一位硕士/博士细细品读
转载来源:
宏基因组
公众号原文链接:https://mp.weixin.qq.com/s/WzXmLVf4VXjC4_2_a-lzvQ最近我拜读了各位送交的年度工作计划,仔细推敲后,仍感到有三个方面的问题十分严重
M_321
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2024-01-24 02:03
2021-11-26
丨非小细胞肺癌单细胞分析细化了肿瘤分类和患者分层原创珍奇图灵基因今天收录于话题#前沿分子生物学机制撰文:珍奇IF:31.743推荐度:⭐⭐⭐⭐⭐亮点:本研究通过多尺度单细胞分析对更大的患者队列进行分析,从而定义在肿瘤微环境中诱导的分子免疫状态;通过
测序
将免疫细胞的单细胞
图灵基因
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2024-01-23 22:41
数模---灰色预测模型python代码模板
data,num_prediction):"""GM(1,1)灰色预测模型:paramdata:原始数据序列(一维NumPy数组):paramnum_prediction:需要预测的步数:return:预
测序
列
Faelan.
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2024-01-23 21:31
python
numpy
开发语言
难过的2021年尾
这几天感觉心情就像过山车一样,突然一下西安的疫情紧张起来了,通过官方报道是巴基斯坦境外输入,东莞的确诊和西安确诊者基因链
测序
一样。
转角遇到你
·
2024-01-23 19:40
南京疫情之感
南京市疾控中心副主任丁洁27日通报,本轮南京发生的疫情中,一直在对病例进行基因
测序
,从完成的病例看,结果显示为德尔塔毒株。
ddc9033275cf
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2024-01-23 16:40
Linux系统下TASSEL5.0的安装及使用
之前做SSR标记和简化
测序
都是用的桌面化的TASSEL进行运算,对于做关联分析的初学者非常简单,十分好入门。
种地的pele
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2024-01-23 16:57
TensorFlow框架(6)之RNN循环神经网络详解
RNN的主要用途是处理和预
测序
列数据。全连接的前馈神经网络和卷积神经网络模型中,网络结构都是从输入层到隐藏层再到输出层,层与层之间是全连接或部分连接的,但每层之间的节点是无连接的。
AI小白龙*
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2024-01-23 15:06
tensorflow
rnn
人工智能
深度学习
神经网络
python
cnn
如何使用R的sweep函数对表达矩阵进行标准化
我们知道一般做表达谱数据分析之前,第一步就是对我们的表达矩阵进行标准化(归一化),去除由于
测序
深度,或者荧光强度不均一等原因造成的表达差异。
生信交流平台
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2024-01-23 15:26
一文解决单细胞亚群注释的所有问题
单细胞
测序
技术是近十年最火爆的生物学技术之一,它赋予
生信宝库
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2024-01-23 09:42
3‘aTWAS—3‘adapter-based transcriptome-wide association study
该技术利用高通量
测序
技术,对大量样本进行转录组
测序
,并通过对
测序
数据进行分析,识别与特定表型或疾病状态相关的基因和转录本。3'aT
m1chiru
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2024-01-23 09:23
人工智能
标准化方法
转录组
测序
采取的打断基因序列获得基因
测序
的片段,再将reads比对到参考基因组上,并对读序定量,因而最初的表达矩阵是读序数。那么,当需要对样本进行差异分析时,就必须考虑影响读序数的几个因素。
新欣enjoy
·
2024-01-23 02:43
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