E-COM-NET
首页
在线工具
Layui镜像站
SUI文档
联系我们
推荐频道
Java
PHP
C++
C
C#
Python
Ruby
go语言
Scala
Servlet
Vue
MySQL
NoSQL
Redis
CSS
Oracle
SQL Server
DB2
HBase
Http
HTML5
Spring
Ajax
Jquery
JavaScript
Json
XML
NodeJs
mybatis
Hibernate
算法
设计模式
shell
数据结构
大数据
JS
消息中间件
正则表达式
Tomcat
SQL
Nginx
Shiro
Maven
Linux
宏基因组测序
原创||
宏基因组
干货分享专题———组装
拿到
宏基因组
序列之后,首先要进行质控分析,这步的主要目的是去掉接头和低质量序列。质控结束之后,拿到了干净的数据。就要对基因序列进行组装,组装是一个繁琐且耗时久的一个过程。
bioDeep
·
2024-01-07 12:44
宏基因组
大数据
宏基因组
序列无参考基因组装工具idba-ud的介绍及详细使用方法
介绍idba-ud工具是一种用于组装无参考基因组的工具,它可以将高通量
测序
数据转化为基因组序列。它是idba工具的升级版本,专门用于组装多样性的无参考基因组。
小果运维
·
2024-01-07 12:14
生信分析-bioinfo
idba_ud
基因组装
gene
assembly
metaSPAdes,megahit,IDBA-UB:
宏基因组
装软件安装与使用
metaSPAdes,megahit,IDBA-UB是目前比较主流的
宏基因组
组装软件metaSPAdes安装GitHub-ablab/spades:SPAdesGenomeAssembler#3.15.5
CAAS_IFR_zp
·
2024-01-07 12:43
数据分析
Guideseq分析流程
Guideseq是一种检测体内基因编辑脱靶的
测序
方法,基本原理是CRISPR系统剪切基因组后,在进行基因组修复时可能会将一段设计好的双链DNA,即tag,插入到基因组中,通过tag设计引物可将基因组断裂位点两侧的序列扩增出来建库
WuYankang
·
2024-01-07 10:44
2022-07-17
2022-07-1608:36发表于江苏收录于合集#前沿生物大数据分析撰文:huacishuIF=68.164推荐度:⭐⭐⭐⭐⭐亮点:1、作者开发了VASA-seq程序,这是一种能够对单细胞的全长转录组进行
测序
的新技术
图灵基因
·
2024-01-07 07:25
外泌体多组学07-骨髓肥大细胞来源外泌体lncRNA与miRNA的有效数据量
目前市面上有很多公司外泌体RNA
测序
推荐的数据量很少,为了合理评价一个合适的有说服力的有效数据量,我们对公开发表的相关外泌体文章和数据进行检索和信息收集,此次文章如下:文章信息文献标题:Characterizationofprotein
_十三
·
2024-01-07 05:24
WES学习2:外显子
测序
分析——小男孩的硬骨化病基因突变
首先感谢生信技能树!书接上回,看完了jimmyB站的WES视频及教程《给学徒的WES数据分析流程》。因为不知道他的原始数据在哪,找了一个乳腺癌WEScohort队列把整个流程跑完了。然后还想找一些WES/WGS的现成教程跟着学习的。结果找到这个教程:Exomesequencingdataanalysisfordiagnosingageneticdisease。是一个在线数据处理平台:galaxy。
颗粒神经园
·
2024-01-06 16:36
Bioinformatics
大数据
chip-seq
测序
分析流程
步骤1:质量控制fastqc质控,假如有两个样本,实验组为sample1,对照组为control1#双端
测序
fastqcsample1_1.fq.gzsample1_2.fq.gzfastqccontrol1
微光**
·
2024-01-06 14:11
chrome
前端
Bulk-RNA-seq流程——从
测序
数据到count文件(AGSdata)
2022-2-11软件安装conda的安装和配置wget-chttps://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.shchmod777Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh#给执行权限bashMiniconda3-latest-Linux-x86_64.sh#运行当命令行前面出现(base)
璐璐璐璐璐952
·
2024-01-06 14:40
RNA-seq
linux
ubuntu
bulk-RNA seq
测序
数据分析流程
假如有bulk-RNA
测序
的数据:TH1,TH2,TH3三个重复(实验组),TW1,TW2,TW3三个重复(对照组)准备工作需要安装的软件(如FastQC、Trimmomatic、HISAT2、StringTie
微光**
·
2024-01-06 14:38
数据分析
数据挖掘
目标跟踪算法中的卡尔曼滤波学习
背景知识在理解卡尔曼滤波前,有几个概念值得考虑下:时序序列模型,滤波,线性动态系统1.时间序列模型时间序列模型都可以用如下示意图表示:这个模型包含两个序列,一个是黄色部分的状态序列,用X表示,一个是绿色部分的观
测序
列
AAI机器之心
·
2024-01-06 13:33
目标跟踪
算法
学习
人工智能
深度学习
计算机视觉
pytorch
真核微生物基因序列鉴定工具EukRep工具的安装和详细使用方法
EukRep从
宏基因组
数据集中分类真核和原核序列安装要求Python3推荐使用conda安装:$condacreate-y-neukrep-env-cbiocondascikit-learn==0.19.2eukrep
小果运维
·
2024-01-06 09:31
生信分析-bioinfo
python
EukRep
真核
鉴定
序列
宏基因组
序列分析工具EukRep
文章:Genome-reconstructionforeukaryotesfromcomplexnaturalmicrobialcommunities|bioRxiv仓库:patrickwest/EukRep:ClassificationofEukaryoticandProkaryoticsequencesfrommetagenomicdatasets(github.com)推荐使用conda进行
小果运维
·
2024-01-06 09:00
生信分析-bioinfo
python
开发语言
EukRep
【单细胞组学】scCITE-seq(单细胞转录组+细胞表面蛋白表达)
单细胞水平的
测序
技术发展的越来越快,目前应用最多的是集中于mRNA表达的scRNA-seq和结合了空间信息的空间转录组。
SciNote
·
2024-01-05 13:43
疫情.怡情(之六百三十九)
今天,那不勒斯OspedaleCotugno医院实验室发出
测序
报告称,意大利Omicron变体零号感染者的妻子和两个孩子均被感染Omicron变体。当前全意共确诊4例Omicron变体病例。
飞扬的雪ing
·
2024-01-05 07:31
基因组联合代谢组与转录组锁定关键通路--03
然而,全基因组
测序
工作还未
百迈客生物
·
2024-01-04 20:37
在线作图|微生物多样性分析——稀释曲线
稀释曲线稀释曲线(RarefactionCurve,也称稀疏曲线):一般在微生物组研究中用于评估
测序
量或样本量的饱和情况。
维凡生物
·
2024-01-04 19:29
关于Omisc Core WES 计算TMB的一点见解
上周FDA授予Nanthealth公司OmiscCoreWES基因检测许可,这是FDA批准的首个使用全外显子
测序
方法来检测实体瘤的体外诊断产品。
ciciv123
·
2024-01-04 16:34
植物空间||拟南芥单细胞空间转录组图谱文献解析
一、文章简介文章题目:单细胞空间转录组
测序
揭示拟南芥叶片中特定区域的细胞亚型和转录组图谱期刊:DevelopmentalC
畅背书
·
2024-01-04 07:58
ExpHunterSuite
它可以用于从高通量
测序
数据中提取差异表达基因,并对其进行注释和功能富集分析。
m1chiru
·
2024-01-03 23:09
学习方法
了解长短期记忆 (LSTM) 网络:穿越时间和记忆的旅程
LSTM旨在解决传统循环神经网络(RNN)的局限性,尤其是在学习长期依赖性方面的局限性,彻底改变了我们在各个领域建模和预
测序
列的能力。
无水先生
·
2024-01-03 20:23
人工智能
lstm
网络
人工智能
【单细胞
测序
】数据格式转换loomR
今天读文献,遇到比较感兴趣的样本,数据下载下来是loom文件,查了下loom文件转换为seurat对象的方法。做个笔记。背景seurat分析无法应付指数级增长的单细胞数据集计算需求。Linnarson实验室开发的基于hdf5的数据结构loom,可以方便地存储单细胞基因组数据集和元数据。HDF5数据格式不将数据存储在内存中,而是提供高效的磁盘存储,甚至可以扩展到大型数据集(甚至是>1M细胞)。注意:
森尼啊
·
2024-01-03 20:18
“集成多组学数据的机器学习在生物医学中的应用”
“集成多组学数据的机器学习在生物医学中的应用”一、理解⼀种疾病的某种现象仅使用⼀种数据类型是远远不够的,随着高通量
测序
和多组学的快速发展,生物医学研究开始采取多组学技术结合的方法,传统的信息数据处理算法不能满足大数据的处理要求
20220705
·
2024-01-03 12:07
人工智能
python
RNA-seq最强综述名词解释&思维导图|关于RNA-seq,你想知道的都在这(续)
前言NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析(Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这)、ChIP-seq分析(ChIP-seq基本分析流程)、单细胞
测序
分析(重磅综述:三万字长文读懂单细胞
生信宝典
·
2024-01-02 16:05
扩增子
测序
中OTU表进行抽平的两种方式
Arandomrarefactionofsamplereadsaccordingtoaspecificreadslength(usuallythesmallestvalue)shouldbeperformedfirstlyfordownstreamanalysis.扩增子
测序
拿到
凯凯何_Boy
·
2024-01-02 16:08
单细胞RNA速率(RNA velocity)
单细胞RNA
测序
可以以高定量精度、灵敏度和通量揭示RNA丰度。然而,这种方法仅捕获某个时间点的静态快照,这对分析胚胎发生或组织再生等时间分辨现象提出了挑战。
生信小鹏
·
2024-01-02 14:33
算法
人工智能
OSCA单细胞数据分析笔记-14、Empty/Doublet droplet
对应原版教程第15、16章http://bioconductor.org/books/release/OSCA/overview.html现行主流的Droplet-based单细胞
测序
技术主要思路是一个磁珠捕获一个细胞置于油包水的腔室里完成添加标签
小贝学生信
·
2024-01-02 14:31
全基因组
测序
揭示家族性乳腺癌病因的临床相关见解
PMID:31090900PMCID:PMC6637375DOI:10.1093/annonc/mdz132ANNALSOFONCOLOGYIF:32.976(2021年6月30日公布)摘要背景:全基因组
测序
亦是旅人呐
·
2024-01-02 00:47
(日常记录)smRNA本地注释分类
准备:1、rfam数据库2、rfamclain文件3、软件infernal4、待
测序
列(fasta文件)一、数据库下载进入rfam官网,点击FTP,选择最新版本,下载这两个文件并解压。
重新开始_xy
·
2024-01-01 23:19
基因
测序
的昨天、今天、明天
会议题目:NGS的未来蓝海与现实突破主办方:CHC医疗咨询与IVD联盟会议嘉宾:朱师达-华大基因副总裁、肿瘤事业部总经理张江立-鹍远生物联合创始人、兼首席执行官王海蛟-高特佳投资执行合伙人于洋-诺禾致源副总裁段云-山蓝资本执行董事会议议题:1、中国NGS市场现状如何,在哪些领域有较好的临床应用?2、在这些领域,产业链国产化程度如何?3、如何改变肿瘤NGS基因检测的内卷现状?有哪些新的产业蓝海?4、
基因江湖
·
2024-01-01 22:08
跟着NC学cfDNA全基因组片段化丰度谱分析
继续我们的跟着NC学系列,前面分享的是关于16S扩增子
测序
和
宏基因组
数据分析的。
zd200572
·
2024-01-01 19:54
机器学习
人工智能
深度学习
纳米孔(Oxford Nanopore)
测序
仪的学习笔记
最近学习了
测序
中国探基学院的相关课程,关于纳米孔(OxfordNanopore)
测序
仪,由诺禾致源的工作人员主讲,收获了一些知识,在此记录一下。他们讲的内容多了一些实践相关的经验,值得学习。
zd200572
·
2024-01-01 19:54
测序
Oxford
Nanopore
牛津纳米孔
基因组survey——K-mer频谱
Kmer是从
测序
数据中滑窗提取出的长度为k的寡聚核苷酸序列,可以评估基因组大小、杂合度、重复序列比例等。
徐诗芬
·
2024-01-01 16:52
StatQuest学习笔记25——差异表达分析
主要内容讲的是高通
测序
数据的差异基因分析,其中,第59节的内容是edgeR进行的文库均一化;第60节是DESeq2的文库均一化;第61节则是讲的是edgeR和DESeq2均一化的一些阈值选择。
backup备份
·
2024-01-01 13:02
外泌体多组学14-血浆外泌体不同建库试剂盒和比对方法和稳定性测试
最近在血液中发现的细胞外rna,包括细胞外囊泡(EVs)中的rna,再加上低起始量rna
测序
的进展,使科学家能够研究它们在人类疾病中的作用。
_十三
·
2023-12-31 20:13
测序
深度和
测序
覆盖度,怎么估算?
在我们开始
测序
之前,经常会被问道,你需要的
测序
深度和
测序
覆盖度的概念,比如在
测序
线粒体的DNA时候,
测序
小哥就问说1个G的数据量够了吗?
朱渠成
·
2023-12-31 17:09
Analysis of single cell RNA-seq data 学习笔记(七)
今天我们来讨论下Seurat这个包的用法QC首先我们先介绍下UMI这个概念,UMI其实就是区分每个
测序
分子片段的barcode,这么做可以区分每个分子是哪一个cell表达的我们还是采用deng这个数据做例子首先我们构造
小潤澤
·
2023-12-31 13:27
兴证医疗-12张图看懂医药行业研究框架
image.png优先评审优先评审.png临床路径临床路径.png二次议价与药品招标二次议价与药品招标.png创新药创新药.png处方外流与药店整合处方外流与药店整合.png医药消费品医药消费品.png基因
测序
基因
测序
Fox_Ultimate
·
2023-12-31 10:03
癌症基因组重
测序
第一讲
二、
测序
的概念广义:
测序
是对生命语言中的基本元素,及其修饰和衍生物进行测定和解读,包括DNA
测序
,RNA
测序
,蛋白组
测序
,表观遗传组
测序
等等。1.人类生命基本元素的数目:30亿。不同人之间
不想透明的小透明
·
2023-12-31 08:25
DNA
测序
分析之Genetic variation和
测序
类型介绍
做DNA
测序
,都是期望能找到一些Geneticvariation,所有首先,我们先了解Geneticvariation。
gtt儿_生物信息学习
·
2023-12-31 07:26
From 16S rDNA
测序
To
宏基因组
学研究—应用的策略和主要流程
主要内容1.实验设计和研究目的定制策略2.统计分析内容的事先计划3.样品的采集、保存、提取(良好结果的前提)4.
测序
平台的选择5.数据的存储、分析、发布—————————————————————————
JarySun
·
2023-12-31 05:19
深度学习 | 基本循环神经网络
序列数据——图像有序图像组成的序列,后一帧图像可能会受前一帧的影响1.2、序列模型SequenceModel:用于处理和预
测序
列数据的模型1.2.1、自回归模型AR模型1.2.2、隐变量自回归模型RNN
西皮呦
·
2023-12-31 04:19
深度学习
深度学习
人工智能
R-loop及两种
测序
技术的介绍
简介:R环是一种特殊的染色体结构,由一条RNA:DNA杂合链和一条单链DNA所组成。R-loop广泛存在于细菌、真菌、植物与动物的基因组中,在基因转录、DNA复制、表观遗传修饰以及DNA损伤修复等过程中都具有重要作用,并与许多重大疾病的发生和发展密切相关,是近年来分子生物学的一个新研究热点。**DRIP-seq:**DNA:RNAhybridimmunoprecipitationandsequen
许我少年
·
2023-12-31 02:15
2020-01-28
01-2814:05西医除了追溯疾病症状与体征之外,更多借助于各种化验、检测手段和影像学,尤其是血常规和胸部高清CT影像加以诊断,还必须做咽拭子或下呼吸道分泌物寻找出病原体,例如有针对病毒核酸检测或培养
测序
和抗体滴度测试等
ab96a7f92f71
·
2023-12-30 19:59
点成分享丨液滴生成解决方案
液滴的应用范围十分广泛,如生物分子合成、药物发现与诊断、化学反应和DNA
测序
及扩增等。在制药、化妆品和食品等行业中也有液滴的身影。Par
点成生物科技
·
2023-12-30 19:44
生命科学
生物
人工智能
点成案例 | 如何利用细胞计数仪在单细胞
测序
中评估细胞
一、概述单细胞
测序
技术能够用来表征异常细胞群,分析稀有细胞和细胞图谱网络,发现异质性等。由于单细胞
测序
巨大的应用潜力,目前此技术正在经历爆炸性增长。然而,单细胞
测序
需要成本和时间的大量投资。
点成生物科技
·
2023-12-30 19:42
生物科技
生物科学
细胞计数仪
细胞计数
2020-11-24: 文献阅读: 压力超负荷驱动的心衰小鼠免疫浸润的单细胞转录组
测序
揭示了免疫激活程度
论文信息Title:Single-CellSequencingofMouseHeartImmuneInfiltrateinPressureOverload-DrivenHeartFailureRevealsExtentofImmuneActivationJournal:CirculationIF:23.603Publishdate:2019Author:Martini,Elisa;Kunderfr
辛晓红
·
2023-12-30 16:47
2023 年中国高校大数据挑战赛赛题B DNA 存储中的序列聚类与比对-解析与参考代码
题目背景:目前往往需要对
测序
后的序列进行聚类与比对。其中聚类指的是将
测序
序列聚类以判断原始序列有多少条,聚类后相同类的序列定义为一个簇。
lichensun
·
2023-12-30 09:06
大数据
聚类
数据挖掘
微生物群落多样性
测序
与功能分析
微生物群落
测序
是指对微生物群体进行高通量
测序
,通过分析
测序
序列的构成分析特定环境中微生物群体的构成情况或基因的组成以及功能。
Seurat_Satija
·
2023-12-30 05:53
2022-07-18
CommBio|TAS-Seq提高单细胞
测序
准确性原创图灵基因图灵基因2022-07-1809:04发表于江苏收录于合集#前沿分子生物学技术日本科学家开发了一种新的DNA扩增和
测序
方法,可提高单细胞RNA
图灵基因
·
2023-12-30 00:53
上一页
2
3
4
5
6
7
8
9
下一页
按字母分类:
A
B
C
D
E
F
G
H
I
J
K
L
M
N
O
P
Q
R
S
T
U
V
W
X
Y
Z
其他