宏基因组测序第6页

宏基因组组装神器-MEGAHIT使用及常见问题

文章目录简介安装和使用常见报错和解决方法输出结果对内存需求样本实际组装时间参考简介宏基因组测序获得海量短片段测序数据，这些数据混合着环境中各种各样的微生物基因组序列，如何恢复出这些微生物基因组序列，基因组组装成为至关重要的一步

Neptuneyut·2024-01-07 12:15

纯二代测序从头组装基因组(基础版）

基因组组装基因组组装一般分为三个层次，contig,scaffold和chromosomes.contig表示从大规模测序得到的短读(reads)中找到的一致性序列。

wangchuang2017·2024-01-07 12:15

宏基因组：MEGAHIT组装拼接及quast评估

Megahit组装软件很多下面介绍三款组装软件：MEGAHIT下载地址https://github.com/voutcn/megahitgitclonehttps://github.com/voutcn/megahit.gitcdmegahitmake其他两款组装软件下载地址SOAPdenovo下载地址http://sourceforge.net/projects/soapdenovo2/file

狗蛋儿张·2024-01-07 12:15

iMeta | 青岛华大范广益组基于共标签测序数据的高质量宏基因组组装工具MetaTrass...

点击蓝字关注我们MetaTrass：基于共标签测序数据的人类肠道微生物高质量宏基因组组装工具https://doi.org/10.1002/imt2.46RESEARCHARTICLE●2022年8月15

生信宝典·2024-01-07 12:45

Vamb宏基因组分箱：安装与使用

mkdir~/Software/VambcdVambgitclonehttps://github.com/RasmussenLab/vamb-bmastercdvambpipinstall-e.vamb-hGitHub-RasmussenLab/vamb:Variationalautoencoderformetagenomicbinning使用参考上述官方文档

CAAS_IFR_zp·2024-01-07 12:15

链读测序技术在宏基因组组装研究中的应用

链读测序（Linked-readsequencing）通过将相同的barcode与长DNA片段(10-100kb)的序列连接在一起，能够消除其中的一些错读，从而改进宏基因组组装。

谷禾牛博·2024-01-07 12:44

原创||宏基因组干货分享专题———组装

拿到宏基因组序列之后，首先要进行质控分析，这步的主要目的是去掉接头和低质量序列。质控结束之后，拿到了干净的数据。就要对基因序列进行组装，组装是一个繁琐且耗时久的一个过程。

bioDeep·2024-01-07 12:44

宏基因组序列无参考基因组装工具idba-ud的介绍及详细使用方法

介绍idba-ud工具是一种用于组装无参考基因组的工具，它可以将高通量测序数据转化为基因组序列。它是idba工具的升级版本，专门用于组装多样性的无参考基因组。

小果运维·2024-01-07 12:14

metaSPAdes,megahit,IDBA-UB:宏基因组装软件安装与使用

metaSPAdes,megahit,IDBA-UB是目前比较主流的宏基因组组装软件metaSPAdes安装GitHub-ablab/spades:SPAdesGenomeAssembler#3.15.5

CAAS_IFR_zp·2024-01-07 12:43

Guideseq分析流程

Guideseq是一种检测体内基因编辑脱靶的测序方法，基本原理是CRISPR系统剪切基因组后，在进行基因组修复时可能会将一段设计好的双链DNA，即tag，插入到基因组中，通过tag设计引物可将基因组断裂位点两侧的序列扩增出来建库

WuYankang·2024-01-07 10:44

2022-07-17

2022-07-1608:36发表于江苏收录于合集#前沿生物大数据分析撰文：huacishuIF=68.164推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：1、作者开发了VASA-seq程序，这是一种能够对单细胞的全长转录组进行测序的新技术

图灵基因·2024-01-07 07:25

外泌体多组学07-骨髓肥大细胞来源外泌体lncRNA与miRNA的有效数据量

_十三·2024-01-07 05:24

WES学习2：外显子测序分析——小男孩的硬骨化病基因突变

首先感谢生信技能树！书接上回，看完了jimmyB站的WES视频及教程《给学徒的WES数据分析流程》。因为不知道他的原始数据在哪，找了一个乳腺癌WEScohort队列把整个流程跑完了。然后还想找一些WES/WGS的现成教程跟着学习的。结果找到这个教程：Exomesequencingdataanalysisfordiagnosingageneticdisease。是一个在线数据处理平台：galaxy。

颗粒神经园·2024-01-06 16:36

chip-seq测序分析流程

步骤1：质量控制fastqc质控，假如有两个样本，实验组为sample1，对照组为control1#双端测序fastqcsample1_1.fq.gzsample1_2.fq.gzfastqccontrol1

微光**·2024-01-06 14:11

Bulk-RNA-seq流程——从测序数据到count文件(AGSdata)

2022-2-11软件安装conda的安装和配置wget-chttps://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.shchmod777Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh#给执行权限bashMiniconda3-latest-Linux-x86_64.sh#运行当命令行前面出现(base)

璐璐璐璐璐952·2024-01-06 14:40

bulk-RNA seq测序数据分析流程

假如有bulk-RNA测序的数据：TH1，TH2，TH3三个重复（实验组），TW1，TW2，TW3三个重复（对照组）准备工作需要安装的软件（如FastQC、Trimmomatic、HISAT2、StringTie

微光**·2024-01-06 14:38

目标跟踪算法中的卡尔曼滤波学习

背景知识在理解卡尔曼滤波前，有几个概念值得考虑下：时序序列模型，滤波，线性动态系统1.时间序列模型时间序列模型都可以用如下示意图表示：这个模型包含两个序列，一个是黄色部分的状态序列，用X表示，一个是绿色部分的观测序列

AAI机器之心·2024-01-06 13:33

真核微生物基因序列鉴定工具EukRep工具的安装和详细使用方法

EukRep从宏基因组数据集中分类真核和原核序列安装要求Python3推荐使用conda安装：$condacreate-y-neukrep-env-cbiocondascikit-learn==0.19.2eukrep

小果运维·2024-01-06 09:31

宏基因组序列分析工具EukRep

文章：Genome-reconstructionforeukaryotesfromcomplexnaturalmicrobialcommunities|bioRxiv仓库：patrickwest/EukRep:ClassificationofEukaryoticandProkaryoticsequencesfrommetagenomicdatasets(github.com)推荐使用conda进行

小果运维·2024-01-06 09:00

【单细胞组学】scCITE-seq（单细胞转录组+细胞表面蛋白表达）

单细胞水平的测序技术发展的越来越快，目前应用最多的是集中于mRNA表达的scRNA-seq和结合了空间信息的空间转录组。

SciNote·2024-01-05 13:43

疫情.怡情(之六百三十九)

今天，那不勒斯OspedaleCotugno医院实验室发出测序报告称，意大利Omicron变体零号感染者的妻子和两个孩子均被感染Omicron变体。当前全意共确诊4例Omicron变体病例。

飞扬的雪ing·2024-01-05 07:31

基因组联合代谢组与转录组锁定关键通路--03

然而，全基因组测序工作还未

百迈客生物·2024-01-04 20:37

在线作图|微生物多样性分析——稀释曲线

稀释曲线稀释曲线(RarefactionCurve，也称稀疏曲线)：一般在微生物组研究中用于评估测序量或样本量的饱和情况。

维凡生物·2024-01-04 19:29

关于Omisc Core WES 计算TMB的一点见解

上周FDA授予Nanthealth公司OmiscCoreWES基因检测许可，这是FDA批准的首个使用全外显子测序方法来检测实体瘤的体外诊断产品。

ciciv123·2024-01-04 16:34

植物空间||拟南芥单细胞空间转录组图谱文献解析

一、文章简介文章题目：单细胞空间转录组测序揭示拟南芥叶片中特定区域的细胞亚型和转录组图谱期刊：DevelopmentalC

畅背书·2024-01-04 07:58

ExpHunterSuite

它可以用于从高通量测序数据中提取差异表达基因，并对其进行注释和功能富集分析。

m1chiru·2024-01-03 23:09

了解长短期记忆 (LSTM) 网络：穿越时间和记忆的旅程

LSTM旨在解决传统循环神经网络(RNN)的局限性，尤其是在学习长期依赖性方面的局限性，彻底改变了我们在各个领域建模和预测序列的能力。

无水先生·2024-01-03 20:23

【单细胞测序】数据格式转换loomR

今天读文献，遇到比较感兴趣的样本，数据下载下来是loom文件，查了下loom文件转换为seurat对象的方法。做个笔记。背景seurat分析无法应付指数级增长的单细胞数据集计算需求。Linnarson实验室开发的基于hdf5的数据结构loom，可以方便地存储单细胞基因组数据集和元数据。HDF5数据格式不将数据存储在内存中，而是提供高效的磁盘存储，甚至可以扩展到大型数据集(甚至是>1M细胞)。注意：

森尼啊·2024-01-03 20:18

“集成多组学数据的机器学习在生物医学中的应用”

“集成多组学数据的机器学习在生物医学中的应用”一、理解⼀种疾病的某种现象仅使用⼀种数据类型是远远不够的，随着高通量测序和多组学的快速发展，生物医学研究开始采取多组学技术结合的方法，传统的信息数据处理算法不能满足大数据的处理要求

20220705·2024-01-03 12:07

RNA-seq最强综述名词解释&思维导图|关于RNA-seq，你想知道的都在这（续）

前言NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述：三万字长文读懂单细胞

生信宝典·2024-01-02 16:05

扩增子测序中OTU表进行抽平的两种方式

Arandomrarefactionofsamplereadsaccordingtoaspecificreadslength(usuallythesmallestvalue)shouldbeperformedfirstlyfordownstreamanalysis.扩增子测序拿到

凯凯何_Boy·2024-01-02 16:08

单细胞RNA速率（RNA velocity）

单细胞RNA测序可以以高定量精度、灵敏度和通量揭示RNA丰度。然而，这种方法仅捕获某个时间点的静态快照，这对分析胚胎发生或组织再生等时间分辨现象提出了挑战。

生信小鹏·2024-01-02 14:33

OSCA单细胞数据分析笔记-14、Empty/Doublet droplet

对应原版教程第15、16章http://bioconductor.org/books/release/OSCA/overview.html现行主流的Droplet-based单细胞测序技术主要思路是一个磁珠捕获一个细胞置于油包水的腔室里完成添加标签

小贝学生信·2024-01-02 14:31

全基因组测序揭示家族性乳腺癌病因的临床相关见解

PMID:31090900PMCID:PMC6637375DOI:10.1093/annonc/mdz132ANNALSOFONCOLOGYIF:32.976（2021年6月30日公布）摘要背景：全基因组测序

亦是旅人呐·2024-01-02 00:47

（日常记录）smRNA本地注释分类

准备：1、rfam数据库2、rfamclain文件3、软件infernal4、待测序列（fasta文件）一、数据库下载进入rfam官网，点击FTP，选择最新版本，下载这两个文件并解压。

重新开始_xy·2024-01-01 23:19

基因测序的昨天、今天、明天

会议题目：NGS的未来蓝海与现实突破主办方：CHC医疗咨询与IVD联盟会议嘉宾：朱师达-华大基因副总裁、肿瘤事业部总经理张江立-鹍远生物联合创始人、兼首席执行官王海蛟-高特佳投资执行合伙人于洋-诺禾致源副总裁段云-山蓝资本执行董事会议议题：1、中国NGS市场现状如何，在哪些领域有较好的临床应用？2、在这些领域，产业链国产化程度如何？3、如何改变肿瘤NGS基因检测的内卷现状？有哪些新的产业蓝海？4、

基因江湖·2024-01-01 22:08

跟着NC学cfDNA全基因组片段化丰度谱分析

继续我们的跟着NC学系列，前面分享的是关于16S扩增子测序和宏基因组数据分析的。

zd200572·2024-01-01 19:54

纳米孔(Oxford Nanopore)测序仪的学习笔记

zd200572·2024-01-01 19:54

基因组survey——K-mer频谱

Kmer是从测序数据中滑窗提取出的长度为k的寡聚核苷酸序列，可以评估基因组大小、杂合度、重复序列比例等。

徐诗芬·2024-01-01 16:52

StatQuest学习笔记25——差异表达分析

主要内容讲的是高通测序数据的差异基因分析，其中，第59节的内容是edgeR进行的文库均一化；第60节是DESeq2的文库均一化；第61节则是讲的是edgeR和DESeq2均一化的一些阈值选择。

backup备份·2024-01-01 13:02

外泌体多组学14-血浆外泌体不同建库试剂盒和比对方法和稳定性测试

最近在血液中发现的细胞外rna，包括细胞外囊泡(EVs)中的rna，再加上低起始量rna测序的进展，使科学家能够研究它们在人类疾病中的作用。

_十三·2023-12-31 20:13

测序深度和测序覆盖度，怎么估算？

在我们开始测序之前，经常会被问道，你需要的测序深度和测序覆盖度的概念，比如在测序线粒体的DNA时候，测序小哥就问说1个G的数据量够了吗？

朱渠成·2023-12-31 17:09

Analysis of single cell RNA-seq data 学习笔记(七)

今天我们来讨论下Seurat这个包的用法QC首先我们先介绍下UMI这个概念，UMI其实就是区分每个测序分子片段的barcode，这么做可以区分每个分子是哪一个cell表达的我们还是采用deng这个数据做例子首先我们构造

小潤澤·2023-12-31 13:27

兴证医疗-12张图看懂医药行业研究框架

image.png优先评审优先评审.png临床路径临床路径.png二次议价与药品招标二次议价与药品招标.png创新药创新药.png处方外流与药店整合处方外流与药店整合.png医药消费品医药消费品.png基因测序基因测序

Fox_Ultimate·2023-12-31 10:03

癌症基因组重测序第一讲

二、测序的概念广义：测序是对生命语言中的基本元素，及其修饰和衍生物进行测定和解读，包括DNA测序，RNA测序，蛋白组测序，表观遗传组测序等等。1.人类生命基本元素的数目：30亿。不同人之间

不想透明的小透明·2023-12-31 08:25

DNA测序分析之Genetic variation和测序类型介绍

做DNA测序，都是期望能找到一些Geneticvariation，所有首先，我们先了解Geneticvariation。

gtt儿_生物信息学习·2023-12-31 07:26

From 16S rDNA测序 To 宏基因组学研究—应用的策略和主要流程

主要内容1.实验设计和研究目的定制策略2.统计分析内容的事先计划3.样品的采集、保存、提取（良好结果的前提）4.测序平台的选择5.数据的存储、分析、发布—————————————————————————

JarySun·2023-12-31 05:19

深度学习 | 基本循环神经网络

序列数据——图像有序图像组成的序列，后一帧图像可能会受前一帧的影响1.2、序列模型SequenceModel：用于处理和预测序列数据的模型1.2.1、自回归模型AR模型1.2.2、隐变量自回归模型RNN

西皮呦·2023-12-31 04:19

R-loop及两种测序技术的介绍

简介：R环是一种特殊的染色体结构，由一条RNA：DNA杂合链和一条单链DNA所组成。R-loop广泛存在于细菌、真菌、植物与动物的基因组中，在基因转录、DNA复制、表观遗传修饰以及DNA损伤修复等过程中都具有重要作用，并与许多重大疾病的发生和发展密切相关，是近年来分子生物学的一个新研究热点。**DRIP-seq：**DNA:RNAhybridimmunoprecipitationandsequen

许我少年·2023-12-31 02:15

2020-01-28

01-2814:05西医除了追溯疾病症状与体征之外，更多借助于各种化验、检测手段和影像学，尤其是血常规和胸部高清CT影像加以诊断，还必须做咽拭子或下呼吸道分泌物寻找出病原体，例如有针对病毒核酸检测或培养测序和抗体滴度测试等

ab96a7f92f71·2023-12-30 19:59

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