宏基因组测序第8页

2022-04-13

NatBioEng|光标记与单细胞测序快速识别侵袭性癌细胞原创图灵基因图灵基因2022-04-1307:03收录于话题#前沿分子生物学机制即使在肿瘤被手术切除或用药物缩小后，一些残留的侵袭性癌细胞也会刺激新肿瘤的生长和扩散

图灵基因·2023-12-23 21:49

汇总 | 转录本表达矩阵到基因表达矩阵

写在前面前天，我写了一个TBtools插件，意在让所有人都能自主分析转录组测序数据，进而获得基因表达量矩阵（TPM）和基因读段计数矩阵（Count）。

生信石头·2023-12-23 09:13

单细胞从理论到实践-这一本书就够了

生信交流平台·2023-12-23 03:13

遗传图谱应用分析案例：菊花高密度遗传图谱的构建和花型相关位点的鉴定【百迈客生物】

利用基因组重测序技术进行大规模高通量SNP标记鉴定是当前国际上动植物基因组学的研究热点。利用得到的大量SNP标记，可以对群体进行高密度遗传图谱、BSA、GWAS、遗传进化等分析。

百迈客生物·2023-12-23 03:06

【隐马尔可夫模型】隐马尔可夫模型的观测序列概率计算算法及例题详解

【隐马尔可夫模型】用前向算法计算观测序列概率P（O｜λ）【隐马尔可夫模型】用后向算法计算观测序列概率P（O｜λ）隐马尔可夫模型是关于时序的概率模型，描述由一个隐藏的马尔可夫链随机生成不可观测的状志的序列

F_D_Z·2023-12-22 18:39

2020-09-29 TOOLs:高通量测序数据下载之aspera和SRA Toolkit

来源：https://www.jianshu.com/p/da75f0753178高通量数据库的数据，下载方法有三种：常规下载(wget,迅雷、IDM)asperaSRAToolkit的prefetchwget下载数据速度很慢，比较容易断。wget-c下载地址保持断点下载下载数据库优先选择快速下载fq格式的数据，EBI数据库下载。从EBI数据库直接获取到aspera的下载代码，复制到本地服务器，可

__一蓑烟雨__·2023-12-22 10:07

Transformer引领AI领域：从模型到平台，全方位探索与实践

BERT、T5和GPT等模型现在已成为计算机视觉、语音识别、翻译、蛋白质测序、编码等各个领域中新应用的基础构件。

清图·2023-12-22 02:32

TCR-seq数据分析(一)

该方法诞生的目的就是用生物信息学手段来全面高速地分析高通量测序技术检测靶向扩增后的T细胞抗原识别决定性表面分子，即T细胞受体多样性的检测技术，用以揭示机体在生理和病理状态下T细胞介导的细胞免疫应答状态

生信云笔记·2023-12-21 13:08

芯周刊·第29期 | 单细胞+转录组测序：揭示GABA信号调控神经发生

///01发现结肠癌转移复发的关键细胞群--EMP1+HRC细胞原发结直肠癌根治性切除术后的患者在几年后复发转移，转移的CRC病理分期不一，其中会有40%的III期CRC患者，寻找预防CRC复发的疗法仍然迫在眉睫。为了探究复发CRC的细胞来源，本文研究者首先在单细胞水平分析了预后不良CRC患者的转录组特征，共确定了2530个预测复发的基因，然后在两个单细胞转录组数据中发现这些预后不良基因在CAF、

生物芯时空·2023-12-21 08:56

多切片联合构建3D生物空间图谱

通过对多个切片进行联合建模，将其与单细胞RNA测序数据进行整合，STitch3D同时识别出具有一致基因表达水平的3D空间区域，并

tzc_fly·2023-12-21 07:47

2021-10-15

单细胞RNA测序显示微生物群的缺失使TME倾向于促肿瘤巨噬细胞。2.从机制上讲，本文发现微生物群衍生的干扰素基因刺激因子（STI

图灵基因·2023-12-21 06:47

2022的七大热点技术：靶向基因治疗、空间多组学……

主要是因为测序技术产生的读数准确但较短。它们的长度不足以明确地绘制出高度重复的基因组序列，包括覆盖染色体末端的端粒和在细胞分裂过程中协调新复制的DNA分配的着丝粒。

英格恩·2023-12-20 19:27

DNA 凝胶电泳注意事项

用于DNA测序反应的测序胶不在这儿讨论。每位实验室成员有不同的制胶方法。样品准备6X上样缓冲液：30%(V/V)甘油，0.25%(W/V)溴酚蓝，0.25%(W/V)二甲苯腈蓝，蒸馏水配制。

实验小助手·2023-12-20 17:12

WISECONDOR NGS 检测CNV 介绍

低测序深度WGS数据无对照样本，检测新生儿染色体异常工具背景产前检测，传统使用绒毛膜绒毛或羊水取样，进行核型分析。但是取样会造成约1%的流产概率。

茄子_0937·2023-12-20 09:35

Aji·2023-12-20 01:44

2021-05-11 转录组分析学习笔记：关于ENSEMBL 转换 ENTREZID的一点心得

因工作太忙的缘故，上完课都一个多月了，才有时间来分析自己的RNAseq测序数据。凭着从生信技能树各位老师那里学来的技能，很快就顺利完成从数据质控和过滤、比对到参考基因组、到基因表达定量的全套上游分析

范旭_d6fc·2023-12-19 21:07

宏基因组经典论文复现(1) ggplot2绘制散点图

之前写了不少微生物多样性的数据可视化案例，但是始终没有与宏基因组接触，如今大势所趋不得不走上这条道路，论文复现也得早日提上日程，今天就让我们开始来复现下述论文中的图Expandedcatalogofmicrobialgenesandmetagenome-assembledgenomesfromthepiggutmicrobiome

R语言数据分析指南·2023-12-19 12:46

FASTA和FASTQ 介绍

参考:从零开始完整学习全基因组测序数据分析：第2节FASTA和FASTQ作者：碱基矿工前言在生物信息分析过程中，各种组学（基因、转录、蛋白等）各种数据库，不同类型的数据可能都有其特有的数据文件与特殊的存储格式

Peng_001·2023-12-19 12:29

日更第十五天－新的一年flag

今天完成了质粒构建的第一部分，要送测序，加油亲爱的！蛋白跑出来特别好看的条带，新的一年新气象！

Lucky_笑·2023-12-19 11:36

从比对到MA-plot

这次的流程是从ncbi的数据库上下载了别人发表的二代测序数据，先用subreads进行了比对，之后用subreads里面自带的featurecount进行了表达量统计。

小男神马克·2023-12-19 09:18

宏基因组学Metagenome-磷循环Pcycle功能基因分析-从分析过程到代码及结果演示-超详细保姆级流程

大背景介绍生信分析，凡事先看论文，有了论文就有了参考，后续分析就有底了，直接上硬菜开干：PCycDB:acomprehensiveandaccuratedatabaseforfastanalysisofphosphoruscyclinggenes-PubMed数据库及部分分析代码github库：GitHub-ZengJiaxiong/Phosphorus-cycling-database:This

小果运维·2023-12-19 09:19

2021年第20周检视（5.24-5.30）

5月第4周要事：1.大姐基因测序找大夫（下周）孩子睡前仪式保证。周一发火。周四天津未完成。2.医美手术室参观安排（下周）花小妍日常。周二约见合作伙伴（完成）3.学习正面管教、无分别的爱，禅修、运动。

慧婕的成长笔记·2023-12-18 22:06

2021-04-10单细胞测序了解1

与高通量测序的区别？一般而言，高通量测序需要从大量细胞中获取足够的DNA样品，因此，测序结果是这些细胞的“平均值”，“整体”的表现。

八段锦1134·2023-12-18 16:17

生信数据挖掘单细胞测序

单细胞RNAseq揭示存在EGFR突变的早期肺腺癌中的肿瘤异质性和免疫细胞群今天解读的这篇9+的文章也是刊登在《Oncogene》杂志上，该期刊是生化与分子生物学”子行业的优秀级杂志，居于一线期刊。其收稿要求涵盖了癌基因的结构和功能的各个方面，尤其是:细胞癌基因及其激活机制，其编码蛋白的结构和功能，DNA和RNA的癌基因，肿瘤病毒，人类肿瘤的分子肿瘤学，肿瘤抑制基因，生长调控基因，细胞周期控制生长

概普生信·2023-12-18 10:06

Ion Torrent系列产品性能统计

以下统计为个人根据网络可搜集到的资源进行的【测序仪、芯片、芯片通量、测序时间、测序长度】整理，时间通量可能会有出入，欢迎大家留言改进。image.png

九月_1012·2023-12-18 06:05

生信步骤|转录组mRNA数据的有参组装

测序的下机数据经过过滤，比对，排序，组装，最终得到转录本的全部序列信息。下面我们以稻瘟菌测序数据SRR081556作为例子演示转录组组装的过程。

学术程稻属·2023-12-18 03:56

使用binmapr进行定位

原文网址：http://www.jintiankansha.me/t/xiyYdz1Rmfbinmapr是我折腾的一个R包，它能够将NGS测序得到SNP数据基于binmap进行纠错，用于更好的遗传定位。

93830eddc2a4·2023-12-18 01:50

绘制大型细胞图谱，推动人体机制功能研究

单细胞测序技术的出现为深入“阅读”细胞带来了前所未有的机会。2009年，北京大学生科院汤富酬教授在博士后期间即发表了世界上第一篇单细胞mRNA测序的文章，实现了“从0到1”的跨越。

生物医学小站·2023-12-18 00:36

生信漫谈送你超级好用的多序列拼接软件

作为科研人员（生物专业从业者，医学生，临床医生等），接触的各种测序非常多，那么怎么快速的分析你测序的结果呢，测了正向，测了反向序列，是不是测通了，只有拼接在一起才知道，科研真是费脑https://mp.weixin.qq.com

生信漫谈·2023-12-17 22:27

Nat. Mach. Intell. | 通过深度神经网络联合建模多个切片来构建一个三维全生物体空间图谱

通过联合建模多个切片并将其与单细胞RNA测序数据整合，S

DrugAI·2023-12-17 19:06

基因-疾病数据库/工具大集合

科学技术的发展极大地改变了基因组领域，尤其是在基因图谱、数据库、疾病图谱、CRISPR/Cas9、大数据和下一代测序等方面。

尐尐呅·2023-12-17 15:26

临检中心公布报告：华大基因顺利通过这项室间质量评价预研活动

11月中旬，国家卫生健康委临床检验中心(以下简称“临检中心")公布了2023年“全国血液微生物cfDNA宏基因组高通量测序室间质量评价预研活动结果报告”，华大基因下属子公司天津华大医学检验所顺利通过此次室间质评

ZAKER科技动态·2023-12-17 11:26

文章系列2：Unraveling the functional dark matter through global metagenomics

通讯作者是来自于DOEJointGenomeInstitute,LawrenceBerkeleyNationalLaboratory,Berkeley,CA,USA.背景介绍&目标作者首先背景介绍了两种主流宏基因组分析方法

土豆西红柿青椒·2023-12-16 21:33

DAY7-谢小发（测序）

框架测序组学测序过程及其原理Sanger测序基本原理反应体系种需要有引物、DNA聚合酶、4种dNTP、一定比例的ddNTP，由于ddNTP没有羧基，因而被结合后不能在后面再接dNTP测序原理第二代DNA

谢小发·2023-12-16 20:46

基于BWA，Bowtie2，samtools、checkm等工具计算宏基因组学序列分析中Contigs与Genes在样品中的丰度，多种计算方式和脚本对比

以下是计算这两个指标的意义：1.Contigs的相对丰度：contigs是利用基因组测序技术获得的碎片序列，通过计算contigs的相对丰度可以了解微生物群落中不同菌种的相对丰度。

小果运维·2023-12-16 18:28

数据上传 | GEO数据上传操作指南

科研工作者在发表paper的时候，如果文章中涉及高通量测序数据分析，就需要提前向NCBI上传数据获得登录号。然而，如何向NCBI提交这些序列？提交什么序列？总是提交失败怎么办？

诺禾致源·2023-12-16 18:21

Cell | 单细胞测序描绘骨髓间质完整的细胞类群(转载)

Cell|单细胞测序描绘骨髓间质完整的细胞类群原创：章台柳BioArt今天撰文|章台柳责编|兮间质存在于每个器官，对器官的发育、稳态维持及修复都非常重要，但对其定义一直都不清晰。

天涯清水·2023-12-16 15:45

学习小组Day7笔记--LBB

今天的学习内容是怎么区分一二三代测序二代测序大体流程NGS组学都包括哪些分类测序的原理之前就了解过，当作是复习再详细补充一下思维导图测序.png

LBB·2023-12-16 07:28

2022-05-14 multiqc时解决ImportError: cannot import name 'OrderedDict' from 'typing_extensions'报错

image.png今天在做转录组测序数据multiqc时，出现这个错误，反复用condainstallmultiqc问题还是得不到解决。

小孟在充电·2023-12-16 05:44

诺禾单细胞测序助力杨树茎干组织的单细胞转录组图谱绘制

13.583）上发表了题为“Transcriptionallandscapeofhighlylignifiedpoplarstemsatsingle-cellresolution”的研究论文，该研究利用单细胞测序技术构建了杨树茎干组织的单细胞转录组图谱

诺禾致源·2023-12-16 05:53

PCA分析？Emm，快速上手与出图！

在高通量测序数据出现之前，在生物学上，其最常用的场景是：假定我们要对某种花的不同品种进行分类，于是进行指标测定，如花瓣长度，花瓣宽度，植株高度，叶片厚度，根部长度等。

生信石头·2023-12-16 03:07

宏基因组学及宏转录组学分析工具MOCAT2（Meta‘omic Analysis Toolkit 2）安装配置及常用使用方法

MOCAT2（Meta'omicAnalysisToolkit2）是一个用于宏基因组和宏转录组数据分析的工具集，旨在处理和分析来自各种环境样品（如土壤、水体、肠道等）的宏基因组学和宏转录组学数据。

小果运维·2023-12-15 20:36

肿瘤单细胞的背景介绍

传统的分析方法难以全面系统的分析肿瘤的生态体系，而单细胞测序技术作为一种强而有力的手段，能为我们精确到各种亚类细胞层面剖析肿瘤。

黄佳佳_·2023-12-15 09:03

浅谈纳米孔测序技术

1背景介绍Nanorpore即纳米孔测序技术，又称第四代测序技术，是OxfordNanoporeTechnologies公司研发的新一代的测序技术。目前测序长度可以达到150kb。

bioyangyang·2023-12-15 07:50

BWT算法

1、BWT(Burrows–Wheeler_transform)算法介绍bwa是目前最流行的二代测序比对工具，其中就用到了BWT算法。

基因组分析·2023-12-15 04:38

生信算法1 - DNA测序算法实践之序列操作

生信序列基本操作算法建议在Jupyter实践，python版本3.91.定义DNA序列seq='ACGT'#从序列指定索引的碱基seq[1]#'C'#序列长度len(seq)#42.序列拼接#序列拼接-字符串seq1='AACC'seq2='GGTT'print(seq1+seq2)#AACCGGTT#序列拼接-列表seqs=['A','C','G','T']print(''.join(seqs)

生信与遗传解读·2023-12-14 18:03

生信算法2 - DNA测序算法实践之序列统计

生信序列基本操作算法建议在Jupyter实践，python版本3.91.读取fastq序列#fastq序列获取!wgethttp://d28rh4a8wq0iu5.cloudfront.net/ads1/data/SRR835775_1.first1000.fastqdefreadFastq(filename):#序列列表sequences=[]#质量值列表qualities=[]withopen