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Linux
宏基因组测序
生物信息学导论-北大-新一代
测序
NGS:转录组分析RNA-Seq 1
ref:https://www.coursera.org/learn/sheng-wu-xin-xi-xue/home本文主要来自本课的讲义+搜索内容。Real-TimeqRT-PCR基于互补杂交反应(complementaryhybridizationreaction),PCR技术的发展促进了本技术的发展,缺点是:1.低通量2.需要有转录本序列的先验知识。步骤:Real-TimeQuantita
陆沙
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2024-01-23 00:50
生物信息学
生物
生物信息
【科研集市】一文带你读懂Hi-C(附高分文献汇总)
High-throughchromosomeconformationcapture)技术源于染色体构象捕获(Chromosomeconformationcapture,3C)技术,以整个细胞核为研究对象,利用高通量
测序
技术
d5c9c866171f
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2024-01-22 22:29
7-1 堆栈操作合法性 (10分)
输入格式:输入第一行给出两个正整数N和M,其中N是待
测序
列的个数,M(≤50)是堆栈的最大容量。随后N行,每行中给出一个仅由S和X构成的序列
超好的小白
·
2024-01-22 21:01
津恩一家亲,携手抗疫情
当晚,天津疾控对其中两名确诊病例新冠病毒全基因组
测序
确认为奥密克戎变异株。这也是中国本土新冠疫情(香港、台湾地区除外)中,首次与新冠奥密克戎变异株正面交锋。这20个阳
精进的医生
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2024-01-22 21:41
Reads, Metagenomic assembly, and custom MAGs的区别与联系解读
当进行元基因组学研究时,研究者通常会涉及到以下三个数据类型,每个都有其独特的角色和应用:Reads(读数):定义:Reads是从原始
测序
数据(例如Illumina
测序
的FASTQ文件)中获得的短序列片段
WDPLA
·
2024-01-22 15:18
生物信息学
组装
linux
宏基因组
组装软件mataSPAdes输出文件解读
#metaSPAdes作为
宏基因组
数据组装软件,数据结果表现优秀,以下对metaSPAdes软件输出的结果进行解读,若有不对之处请指正#共输出7个文件夹及16个单独的文件,下面进行逐一解读:7个文件夹:
WDPLA
·
2024-01-22 15:48
生物信息学
Linux
linux
linux系统下,将.fastq文件统一改为.fq文件
#高通量
测序
获得
宏基因组
/宏转录组进行后续分析的过程中,常碰到.fastq与.fq文件后缀不一致的问题#在Linux系统中,你可以使用rename命令或者mv命令来将文件名中的特定后缀进行修改。
WDPLA
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2024-01-22 15:47
Linux
生物信息学
linux
运维
服务器
Linux系统下,提取.fasta文件中序列长度>n的序列(举例:sqlen>1000)
#在
宏基因组
/宏转录组数据进行组装后,常需要去除短片段,筛选出较长的片段以供后续分析#在Linux系统中,您可以使用一些文本处理工具来提取长度大于n的序列。
WDPLA
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2024-01-22 15:17
linux
服务器
运维
宏转录组组装软件rnaSPAdes输出文件解读
mataSPAdes更适用于
宏基因组
组装,宏转录组组转推荐rnaSPAdes。
WDPLA
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2024-01-22 15:16
Linux
生物信息学
组装
linux
CUTANA™ CUT&RUN Assays ——实现超敏基因组定位
但是由于ChIP存在高细胞需求量、技术难度大、成本高、深度
测序
、数据质量差以及变量
Neobioscience
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2024-01-22 11:14
CUTANA
CUT
RUN
Assays
表观遗传学
单细胞
测序
3 丨丨构建文库
上期分享了单细胞
测序
2丨丨细胞捕获&cDNA扩增,主要介绍了单细胞
测序
第二环节--基因表达实验流程:GEMs形成、mRNA逆转录、二链cDNA合成与扩增。接下来进入单细胞
测序
的第三环节--文库构建。
知之为知之不知否
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2024-01-22 10:02
转录组
测序
1-
测序
原始数据说明
转录组
测序
是最常用的组学实验,对全谱基因定量,找到差异表达基因。
纪伟讲测序
·
2024-01-22 08:45
零代码进行转录组数据分析实战(一):质量控制
一个完整的转录组
测序
项目大概分为以下三个阶段:体内:mRNA生成阶段。转录生成mRNA前体,再经过转录后加工形成成熟的mRNA。体外:建库
测序
阶段。RNA提取、片段化、逆转录以及上机
测序
。
简说基因-专业生信合作伙伴
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2024-01-22 08:49
数据分析
数据挖掘
生物信息基础:pysam读写基因组文件
Pysam[1]是一个Python模块,它打包了高通量
测序
库htslib[2]的C-API,可用于读写基因组相关文件,如Fasta/Fastq,SAM/BAM/CRAM,VCF等。
简说基因-专业生信合作伙伴
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2024-01-22 08:37
python
开发语言
北大公开课-2 生物信息学历史
在分子水平研究演化L.pauling1965sangerDNAsequencing19771988人类基因组计划2001年人类基因组计划2005二代
测序
1991年Linux系统系统特点由目的单一的小程序组成
番番番茄小姐
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2024-01-21 18:24
高通量
测序
数据质控神器Trimmomatic
简介高通量
测序
下机的原始数据中存在一些低质量数据、接头以及barcode序列等,为消除其对后续分析准确性产生的影响,在数据下机以后对原始数据进行质控处理就成了至关重要的环节。
kongxx
·
2024-01-21 15:56
04高通量
测序
-R实现主成分分析
R实现主成分分析如何使用prcomp()函数来做PCA如何使用基础图形和ggplot2绘制PCA图如何确定每个主成分占多少变动如何检查载荷得分(LoadingScores),以确定哪些变量对图表有最大的影响。构建数据集首先,让我们生成一个可以在演示中使用的假数据集。#我们将用10个样本制作一个数据矩阵,在每个样本中测量100个基因data.matrixstr(pca)Listof5$sdev:nu
不到7不改名
·
2024-01-21 12:35
在线作图|如何绘制一个好看的堆叠柱状图
比如,在微生物组成谱和
宏基因组
测序
中,堆叠柱形图常常用来展示微生物物种的组成情况。Question2:如何不
维凡生物
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2024-01-21 10:05
基因组联合代谢组与转录组锁定关键通路--02
本研究
测序
组装了香蕉B基
百迈客生物
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2024-01-21 08:08
WisecondorX 拷贝数变异检测 NGS NIPT
背景低深度全基因组
测序
(sWGS),主要通过覆盖深度的方法(DOC)检测CNV。
茄子_0937
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2024-01-20 16:45
MetaHipMer2 - MHM2超算系统
宏基因组
短读长序列组装神器的介绍和使用
Downloads—Bitbucket文章:Terabase-scalemetagenomecoassemblywithMetaHipMer|ScientificReportsMetaHipMer(MHM)是一种从头开始的
宏基因组
短读组装器
小果运维
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2024-01-20 08:26
生信分析-bioinfo
mhm2
MetaHipMer2
全球单细胞
测序
平台介绍
2009年,单细胞
测序
技术问世。2013年被NatureMethods评为年度技术。2015年以来,10XGenomics、Drop-seq、Micro-well、Split-seq等技术的出现。
生物医学小站
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2024-01-20 07:54
【生信知识】---Nanopore
测序
分析软件nanopolish
前言:nanopolish是开源的综合性分析软件,集成了非常多的三代
测序
数据分析小工具。
卡布达b1
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2024-01-20 02:44
单细胞转录组|Seurat 4.0 使用指南
通过IlluminaNextSeq500
测序
的2700个单细胞。示例数据下载:https://cf.10xgenomics.com/s
木舟笔记
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2024-01-20 01:01
scRNA-seq Course 学习
对scRNA-seq的介绍scRNA-seq是对单个细胞进行
测序
分析,便于研究单个细胞水平的问题,例如:鉴定细胞类型,鉴定细胞基因表达差异,细胞反应的差异,单个细胞内部的基因表达调控。
劳工小朋友
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2024-01-20 01:29
生物信息学
细胞基因完整矩阵转10xGenomics稀疏矩阵文件
经常分析单细胞数据的同学都知道,10xGenomics的细胞基因矩阵通常存储在三个关键文件中,这些文件共同描述了单细胞
测序
数据。
我是胡锦州
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2024-01-20 01:27
r语言
矩阵
python
通过VCF文件制作定制化的参考基因组
其实就是把某个
测序
样本call出来的SNP&&indel替换掉参考基因组对应位置的碱基。自己可以编写脚本修改,使用Perl中的substr来进行单个位点修改,把坐标按照从后往前的顺序,而不是从前到后。
dulunar
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2024-01-20 01:58
学习小组Day7笔记--Monomania
2020年4月20日Day7:
测序
知识今天学习的主题是
测序
的相关知识,主要是
测序
技术的历史、高通量
测序
的分类以及一些相关的
测序
基础知识。学习资料有点多,感觉一时半会儿也不能全部理解,得多看看总结总结。
Just_Monomania
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2024-01-19 18:46
《基因的名义》读书笔记
这本书比较适合我这类入行不久的人来看,里面介绍了很多基因组学方面的应用和相关原理,内容涉及基因组学的发展历程、基因学和
测序
技术的应用(寻祖,亲人鉴定,性状预测,癌症检测和用药,出生缺陷预防,消费级基因检测等等
TOP生物信息
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2024-01-19 07:26
听书《基因革命》
听书《基因革命》,可以基因
测序
,进一步了解自己。
梦幻剑晖
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2024-01-18 23:40
时间序列数据的季节性检测
时间序列分析是统计学和数据科学的一个基本研究领域,它为理解和预
测序
列数据中的模式提供了一个强大的框架。特别是时间序列数据,它捕获连续时间间隔内的信息,使分析师能够揭示趋势,季节性模式和其他时间依赖性。
python收藏家
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2024-01-18 20:22
机器学习
机器学习
纯生信分析套路 甲基转移酶相关因子的预后分析
本文主要是基于TCGA数据和中国胶质瘤基因组图谱RNA
测序
数据集,通过一
音十千寻
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2024-01-18 13:04
文献阅读:单细胞 RNA
测序
揭示分子定义的肌间神经元类别的多样化
文献介绍「文献题目」Diversificationofmolecularlydefinedmyentericneuronclassesrevealedbysingle-cellRNAsequencing「研究团队」UlrikaMarklund(KarolinskaInstitutet)「发表时间」2020-12-07「发表期刊」NatureNeuroscience「影响因子」25.0「DOI」10
Tiger Z
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2024-01-18 12:30
程序人生
工智能基础知识总结--隐马尔可夫模型
隐马尔可夫模型的定义隐马尔可夫模型是关于时序的概率模型,描述由一个隐藏的马尔科夫链随机生成不可检测的状态随机序列(状态序列),再由各个状态生成一个观测而产生观测随机序列(观
测序
列)。
北航程序员小C
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2024-01-18 12:54
机器学习专栏
深度学习专栏
人工智能学习专栏
概率论
机器学习
算法
Microbiome揭示中国人群宿主遗传、肠道菌群与复杂疾病的关系
|本文转载自“
宏基因组
”公众号2020年10月,西湖大学、中山大学、中国科学院病原微生物与免疫学重点实验室等单位的研究团队在《Microbiome》发表题为“Theinterplaybetweenhostgeneticsandthegutmicrobiomerevealscommonanddistinctmicrobiomefeaturesforcomplexhumandiseases
尐尐呅
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2024-01-18 09:20
一文带你读懂单细胞
测序
本文首发于“生信大碗”公众号,转载请注明出处单细胞
测序
技术自2009年汤富酬老师发表单细胞文献后被广泛了解,2013年被NatureMethods评为年度技术,至此越来越多地被应用在科研领域。
生信大碗
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2024-01-18 00:53
vcf文件提取SNP位点
测序
得到VCF文件后,有时需要提取部分SNP位点,这里介绍的工具是VCFtools,安装以及基础功能见下贴:vcftools安装及基础用法-(jianshu.com)1.准备SNP位点list首先将需要提取的
Wei_Sun
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2024-01-17 18:45
小白使用GSEA的注意事项
经过不断的试错,我终于找到了目前看过最好的GSEA教程,在细节之处非常贴心,小心心送给你~传送门:ChevyXu的高通量
测序
数据处理学习记录(三):Path
墨墨如
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2024-01-17 15:26
Celaref | 单细胞
测序
细胞类型注释工具
我导再也不用担心我不认识marker啦我们在进行单细胞
测序
的时候,通常情况下是通过高变genes来辨别细胞类型(于是一大堆不认识的),除了免疫细胞可能容易分析出来,其他的细胞我是两眼一抹黑。
生信宝典
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2024-01-17 09:34
易基因|全基因组DNA甲基化
测序
(WGBS)揭示衰老对肝再生的表观基因组调控机制
大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。众所周知,衰老会对肝脏再生产生影响。随着时间的推移,肝脏再生能力显著下降。肝脏体积、血流量和代谢等肝脏生理参数,以及损伤后的再生能力在人类和模型系统中均在老年时表现出下降,其中涉及许多分子机制,包括DNA甲基化依赖性基因组重塑。那么DNA甲基化变化如何介导衰老对肝再生的不利影响呢?2023年02月13日,美国德克萨斯农工健康科学中心Ro
易基因科技
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2024-01-16 13:52
精准医学
科普
文献科普
生物学
生物信息学
经验分享
数据挖掘
Cell|易基因微量DNA甲基化
测序
助力中国科学家成功构建胚胎干细胞嵌合体猴,登上《细胞》封面!
大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。北京时间2023年11月9日,《Cell》期刊以封面文章的形式在线发表了由中国科学院脑科学与智能技术卓越创新中心(神经科学研究所)、上海脑科学与类脑研究中心,中国科学院广州生物医药与健康研究院等单位牵头,题为《Livebirthofchimericmonkeywithhighcontributionfromembryonicstemce
易基因科技
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2024-01-16 13:52
高分文献
项目文章
合作文章
人工智能
生物信息学
经验分享
生物学
数据挖掘
易基因2023年度DNA甲基化研究项目文章精选
01、易基因微量DNA甲基化
测序
助力中国科学家成功构建胚胎干细胞嵌合体猴,登上《细胞》封面(cell/IF64.5)02、oxBS揭示复发性膀胱癌的DNA甲基化和羟甲基化变化并鉴定预测PD-L1表达标记物
易基因科技
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2024-01-16 13:51
高分文献
合作文章
项目文章
生物信息学
生物学
经验分享
易基因:DNA甲基化和转录组分析揭示番茄黄化曲叶病毒感染过程中的转录和表观遗传学变化
测序
技术进步允许大规模同时分析病毒感染的多个方面,为植物-病毒互作的分子机制产生新的见解。然而尚未对双生病毒感染期间宿主转录组、sRNA谱
易基因科技
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2024-01-16 13:21
文献科普
精准医学
科普
生物学
生物信息学
经验分享
数据挖掘
锐意进取,蓬勃发展|爱基百客2023全景图
爱基百客作为一家专注于
测序
服务的公司,我们在这一年里经历了许多挑战,也取得了令人鼓舞的成绩。前面我们盘点了表观产品和单细胞产品,今天再邀您回顾我们的2023全景图!
爱基百客
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2024-01-16 12:40
其他
#植物单细胞核转录组利用单细胞核转录组挑战非模式生物-荔枝花芽发育分化过程
近期,发表于《JournalofExperimentalBotany》的植物单细胞核转录组文献,以荔枝成花过程中关键发育时期的三种不同状态的芽为研究对象,首次建立荔枝芽样本的单细胞核
测序
体系,完成了首例荔枝单细胞图谱构建
SHANGHAILINGEN
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2024-01-16 09:40
组学
测序
会议 |
宏基因组
和生物信息学进行病原检测的进展和未来
文献信息文章:Currentprogressandfutureopportunitiesinapplicationsofbioinformaticsforbiodefenseandpathogendetection:reportfromtheWinterMid-AtlanticMicrobiomeMeet-up,CollegePark,MD,January10,2018杂志:Microbiome时
胡童远
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2024-01-16 07:41
群体结构分析
对群体结构和亲缘关系进行评估以确定使用的统计模型和获得相应的矩阵评估内容(遗传上差异过大应剔除,相似性高的保留其一)Structure是与PCA、进化树相似的方法,就是利用分子标记的基因型信息对一组样本进行分类,分子标记可以是SNP、indel、SSR……当然,对于重
测序
应用的最多的还是
滴滴_54f1
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2024-01-16 07:10
高性能计算环境大规模DNA
测序
数据集柱状工具HipMer的介绍,安装和使用方法
HipMer介绍HipMer是一个基因组组装软件,它特别为高性能计算环境设计,旨在处理大规模的DNA
测序
数据集。
小果运维
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2024-01-16 06:54
高性能
大型
组装
序列
HipMer
生物信息学之序列比对
蛋白质和基因相关性分析可以通过基因比对来完成,当完成对多个物种的基因组
测序
后,一个重要的工作是找到特定物种内和物种之间的蛋白质或核酸在进化中的相关性。蛋白质序列比对和DNA的有何差异,如何选择呢?
AIzealot无
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2024-01-16 02:02
程序猿的基本素养
生物信息学
序列比对
同源序列
使用Diamond比对NR数据库获取物种注释
之前用Kraken2注释
宏基因组
的contig,发现只有30%左右可以被Kraken2注释Kraken2+Bracken:
宏基因组
物种注释-CSDN博客不信邪,再用NR库试试参考:将NR数据库diamond
CAAS_IFR_zp
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2024-01-15 22:56
数据库
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