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宏基因组测序
三代HiFi
测序
数据去除接头序列
首先查到了一个软件是Cutadapthttps://cutadapt.readthedocs.io/en/stable/看了一下帮助文档这个软件去接头需要指定接头的序列,但是有一个问题是我们如何知道这个
测序
数据中的接头序列是啥
小明的数据分析笔记本
·
2023-12-30 00:46
ChIP-seq综述
随着二代
测序
成本的快速下降,chip-seq将成为研究基因表达调控和表观遗传学必不可少的工具之一。染色质状态的重要意义:染色质的状态一方面通过改变核小体的位置,DNA的包装紧密程度直
Shaoqian_Ma
·
2023-12-29 20:45
Chip-seq数据分析流程
1、数据质量评估与过滤使用fastqc进行数据的
测序
质量评估、运行结束后生成一个*.html网页文件,一个*.zip压缩文件fastqc*.fq.gz使用trimmomatic对
测序
数据进行过滤,剔除
测序
质量不好的数据
比它虎
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2023-12-29 19:13
r语言
python
高通---ChIP-Seq数据的Peak calling以及visualization
PCRduplicate以降低假阳性率三、peakcalling四、HOMER注释五、IGV可视化一、主要分析流程从基于bowtie2比对得到sam文件开始,对得到的4个sam文件开始下游的一系列处理(双端
测序
数据
大柚子8323
·
2023-12-29 19:13
linux
数据原理——1、ChIP-seq
文章目录1、背景介绍2、
测序
对象:三种类型组蛋白(组蛋白、转录因子、转录调控子)3、
测序
原理4、检测蛋白质与DNA序列的结合峰(1)
测序
片段匹配到参考基因组(2)检测峰(2)提高峰质量5、影响ChIPseq
很酷的女超人
·
2023-12-29 19:12
数据原理
易基因|ChIP-seq分析方法:实用的工作流程和高级应用
以下为原文总结分享:一、介绍(Introduction)染色质免疫共沉淀
测序
(ChIP-seq)是表观基因组学研究中的一种主要方法。全基因组的组蛋白修饰分析(如增强子分析和全
易基因科技
·
2023-12-29 19:40
技术解读
生物信息学
生物学
经验分享
23高通量
测序
-线性模型之线性回归
线性模型之线性回归线性回归(LinearRegression)主要思想使用最小二乘法(least-squares)对数据拟合一条直线计算R平方计算R平方的P值简单例子使用最小二乘法计算小鼠体重与大小的线性关系,下图是直线的方程,最小二乘估计两个参数:y轴的截距和斜率。因为斜率不为0,这意味着知道一只老鼠的重量可以帮助我们预测它的大小。image-20210108105830599.png下图中的黑
不到7不改名
·
2023-12-29 06:58
什么时候使用Bismark的non_directional参数
首先,这里的directional是指Illumina平台在
测序
时是directional的,和通常RNA-seq中directiona
秉聿随记
·
2023-12-29 03:52
sanger
测序
原理
v=FvHRio1yyhQsanger
测序
sanger是第一代
测序
,它是使用的链终止法。下面我来说说我的理解。
九月_1012
·
2023-12-29 01:19
学习:StatQuest-Chip-seq
第一步就是要将蛋白和DNA用甲醛做交联,固定好它们image.png然后将DNA打成300bp的小片段image.png再来就是用抗体把这些蛋白拉下来image.png做富集image.png分离蛋白和片段,对片段
测序
小潤澤
·
2023-12-29 01:16
02—甲基化芯片的一般分析流程
亚硫酸盐是甲基化探测的:金标准“,不管是芯片或者甲基化
测序
,都要先对DNA样品进行亚硫酸盐处理。
一苔米
·
2023-12-29 00:32
2021-09-03
Cell|37万单细胞
测序
揭示人类结直肠癌中的多细胞免疫中心原创存在一棵树图灵基因今天收录于话题#前沿生物大数据分析撰文:存在一棵树IF=41.582推荐度:⭐⭐⭐⭐⭐亮点:1、开发了一种基于scRNA-seq
图灵基因
·
2023-12-28 23:50
突然全市做核酸
看了看新闻,广东珠海有七例阳性,多地调整为中风险地区,而且珠海病例基因
测序
初判为奥密克戎。这也就是我们周边的城市有病例了,并存在变异的可能,所以我们得加强防范。
Kuzma
·
2023-12-28 21:58
ATAC-seq分析:Peak Calling(8)
然而,为了识别开放的染色质,我们可以简单地使用在
测序
中正确配对的所有读数(<2000bp)。
冷冻工厂
·
2023-12-28 17:07
Day7-
测序
原理
一代
测序
https://www.bilibili.com/video/BV1ws411d7U9?
beebee要努力
·
2023-12-28 16:06
【文献速度】综述-空间组学分析:平台、应用及分析工具
基因组
测序
、蛋白质组学等分子图谱技术已经改变了生物医学研究,但这些技术大多需要组织分离,导致组织形态和空间信息的丢失。
六博说
·
2023-12-28 14:50
单细胞分析(五)——使用Harmony进行数据整合和去批次
数据整合和去批次为什么要进行数据去批次数据分次读入多个数据整合数据去批次处理数据质控去批次后数据分析后续分析参考文章为什么要进行数据去批次进行样本去批次(batchcorrection)是单细胞RNA
测序
数据分析的重要步骤之一
生信小鹏
·
2023-12-28 09:13
生信学习
开发语言
r语言
NGS010
测序
数据质控
Totaldata/reads:总数据量/总reads数目Q30:碱基
测序
质量值,Q=-10logP,P为碱基
测序
错误率,其中Q30代表碱基
测序
错误率为0.1%,也即该碱基
测序
1000次,出错的可能性为
caoqiansheng
·
2023-12-28 02:24
高通量
测序
的数据处理与分析指北(二)--
宏基因组
3
博客原文
宏基因组
宿主去污染在上一篇文章中,详细的介绍了
宏基因组
如何下载以及如何使用fastp进行质控,本篇文章主要聚焦于如何对宿主污染进行去除。
lantary
·
2023-12-27 23:49
Day7
测序
基础
测序
原理及分类
测序
.png
测序
对象
测序
对象.png
测序
文件格式详细参见美格生物Fastaq及FastaGenbank格式EMBL格式常用格式工具:1.Fastq文件→Fasta文件1.1Linux命令:
文婷吖_0df6
·
2023-12-27 20:04
新一代
测序
技术Sparc
asparsitybasedconsensusalgorithmforlongerroneoussequencingreads》,鉴于PeerJ期刊2016年6月8日(影响因子为2.183,投稿命中率为52.22%,在各类SCI期刊中属于比较普通的水平)第三代
测序
wangchuang2017
·
2023-12-27 19:15
算法
人工智能
2019汇总之从4个关键词看单细胞与肝癌文献
的单细胞与病毒感染在讲单细胞与肝癌之前,我们先去看一下单细胞揭示正常肝脏细胞特征的分析,该文章于2019年7月发表于Nature,研究团队对来自9位人类供体的正常肝脏组织中的大约10,000个细胞进行了单细胞RNA
测序
生信宝典
·
2023-12-27 07:53
2021-12-28
泛基因组分析优化结构变异识别原创图灵基因图灵基因2021-12-2807:03收录于话题#前沿生物大数据分析Giraffe,由加州大学(UC)SantaCruz分校基因组学研究所的科学家开发的一种新的制图算法,可以有效地将单个
测序
读数映射到代表数千个人类基因组的泛基因组参考
图灵基因
·
2023-12-27 04:32
那令人困惑的比对工具选择啊~
写在前面的废话我可能不适合做科研,因为我总是对一些“没有必要”的事斤斤计较~刚开始接触二代
测序
时,是跟着Jimmy大神从RNA-seq开始入门的。那时候使用的比对工具是HISAT2。
鹿无为
·
2023-12-27 03:57
HLA--polysolver
Comprehensiveanalysisofcancer-associatedsomaticmutationsinclassIHLAgeneshttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4747795/使用全外显子组
测序
晓佥
·
2023-12-27 01:41
学习小组Day7笔记--如晤
测序
知识.png参考资料:1)
测序
的世界:
测序
原理、数据初步分析2)illumina
测序
公司的原理介绍视频:https://share.weiyun.com/5qojuBY密码:密码:bxsry43)生信小白第
如晤_ea28
·
2023-12-26 23:48
单细胞转录组数据挖掘推荐
数据挖掘推荐单细胞转录组
测序
(Single-cellRNASequencing)通过在单个细胞水平上进行
测序
,解决了用组织样本无法获得不同细胞间的异质性信息或样本量太少无法进行常规
测序
的难题,为科学家研究动植物单个细胞的行为
周运来就是我
·
2023-12-26 14:25
Pilon | 基因组纠错
前言三代
测序
错误率比较高,一般组装后需要进行纠错来提高准确度。本次介绍使用Pilon通过引入二代
测序
数据来对三代基因组进行纠错。
生信百宝箱
·
2023-12-26 09:11
cellranger更新到6.0啦(全新使用教程)
如果是bcl原始
测序
数据,需用mkfastq转换为fastq格式(根据index将reads分配至不同的样本)。
Seurat_Satija
·
2023-12-26 08:27
测序
中的常用名词(转载)
转自欧易生物微信号:利用生物信息分析大数据在论文发表中占据了举足轻重的地位,尤其是在高通量
测序
越来越便宜的今天,但是
测序
分析中各种名词仍令很多小菜或非生物信息专业的人抓狂。
M78_a
·
2023-12-26 02:36
喜讯连连捷报传,文章累累创佳绩,平均IF 18分!!!
爱基百客专注于提供领先的表观组学服务,目前已在表观组学、单细胞时空组学和高通量
测序
等方向积累了大量的项目经验。
爱基百客
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2023-12-25 15:34
全基因组重测序
ChIP-seq
表观代谢
人工智能
Nature Commun|ATAC-seq探究复发性小儿B系急性淋巴细胞白血病的染色质可及性图谱
使用
测序
(ATAC-seq)检测转座酶可及染色质的方法的出现和优化使得在原发性癌症的全基因组范
爱基百客
·
2023-12-25 15:34
ATAC
其他
细菌微生物多样性研究—16S V34 vs V4
测序
结果大揭秘—土壤篇
基于16SrRNA(16SribosomalRNA)基因的高通量
测序
技术克服了自然环境中大部分微生物不可培养的困难,且存在
测序
通量大,
测序
准确度高、
测序
价格低的优势,已经成为微生物群落多样性研究的重要基石
诺禾致源
·
2023-12-25 12:58
【论文解读】ICLR2023 TimesNet: TEMPORAL 2D-VARIATION MODELING FOR GENERAL TIME SERIES ANALYSIS
一、摘要之前的方法都是尝试直接用1维时间序列进行预
测序
列、分类等任务。
Scc_hy
·
2023-12-25 10:39
笔记
python
人工智能
深度学习
时序预测
2022-04-28
尽管单细胞
测序
技术现在已经被广泛使用,但在组合方案中以单细胞分辨率检测表观遗传标记和转录的技术直到现在还没有。荷兰Hubrecht发
图灵基因
·
2023-12-25 01:00
临床开展RNA-seq送
测序
前你应当考虑到几个因素
DNA层面的
测序
问题已经不能完全满足临床的需要,当下,美国一些医院在临床已经开展DNA
测序
+RNA
测序
联合分析,更好的为临床服务。
伍鸿荣
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2023-12-25 01:59
大队列免疫治疗
测序
数据的巧妙切入
IntratumoralplasmacellspredictoutcomestoPD-L1blockadeinnon-smallcelllungcancer,22年2月发表在CancerCell的一篇方法不难但是构思的很巧妙的文章。接受PD-L1单抗治疗的患者中,B细胞转录特征与较长的OS有关作者首先利用两个平行的临床数据集(每个数据集都包含免疫治疗和化疗的病人),分别在免疫治疗、化疗病人里面,将
Carrington
·
2023-12-24 19:20
教程 | 规模化物种同源基因分析 - orthofinder [上篇]
写在前面基因组
测序
项目已然是几乎所有课题组都可以负担的水平。
生信石头
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2023-12-24 17:22
本周最新文献速递2020-08-09
1094Koreanpersonalgenomeswithclinicalinformation不想看英文题目:韩国基因组计划:拥有临床信息的1094个韩国个人基因组杂志和影响因子:SciAdv(IF:13.116)样本量:1094个个人基因组(
测序
深度为
橙子牛奶糖
·
2023-12-24 10:07
RNA-seq数据库(ChatGPT)
截至我最后更新知识的时间(2022年1月),存在许多RNA
测序
(RNA-seq)数据库,这些数据库提供了大量的基因表达和转录组学数据。
素材积累
·
2023-12-24 07:11
笔记
数据库
RNA-seq
python实现模拟退火算法解决旅行商(TSP)问题
这个问题在实际应用中非常常见,比如物流、电路板制作、DNA
测序
等领域都可以看到TSP的身影。TSP的难点在于随着城市数量的增加,搜索所有可能的路径将变得非常耗时,因为路径的数量是城市数量的阶乘。因
筱筱西雨
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2023-12-24 07:07
python
模拟退火算法
开发语言
芯片数据&
测序
数据
1.检测原理在
测序
未普及前,芯片是最常使用的大规模筛查工具,如人基因表达谱芯片,一次实验就可以对人类已知的2~3万个基因进行筛查,找出关键差异基因。
小白兔和小毛驴
·
2023-12-24 04:34
基于conda环境下的
宏基因组
学分析利器MetaWRAP 1.3.2 安装和使用,序列分析基本流程自动分析脚本
介绍:MetaWRAP是一个
宏基因组
学分析工具库,用于分析
宏基因组
测序
数据。它提供了一套功能强大的工具,用于进行
宏基因组
数据的装配、注释和功能分析。
小果运维
·
2023-12-24 02:01
生信分析-bioinfo
科学数据分析
metawrap
kraken2
ncbi
metagenome
宏基因组
分析流程
物种注释
2020-01-11 了解FASTQ格式并处理FASTQ文件
FASTQ文件格式是
测序
仪展示数据的标准格式,可以看成FASTA文件的变种(FASTA+Q),因为其包含了对序列中每个碱基的QualifyMeasurement。
王子威PtaYoth
·
2023-12-24 01:49
2022-04-13
NatBioEng|光标记与单细胞
测序
快速识别侵袭性癌细胞原创图灵基因图灵基因2022-04-1307:03收录于话题#前沿分子生物学机制即使在肿瘤被手术切除或用药物缩小后,一些残留的侵袭性癌细胞也会刺激新肿瘤的生长和扩散
图灵基因
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2023-12-23 21:49
汇总 | 转录本表达矩阵 到 基因表达矩阵
写在前面前天,我写了一个TBtools插件,意在让所有人都能自主分析转录组
测序
数据,进而获得基因表达量矩阵(TPM)和基因读段计数矩阵(Count)。
生信石头
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2023-12-23 09:13
单细胞从理论到实践-这一本书就够了
前面给大家介绍过一些单细胞相关的理论和实践知识BD单细胞
测序
平台Rhapsody(视频)10X单细胞RNA-seq技术(视频)10X单细胞混样技术(视频)单细胞ATAC-seq技术介绍免疫组库10XGenomicsVDJ
生信交流平台
·
2023-12-23 03:13
遗传图谱应用分析案例:菊花高密度遗传图谱的构建和花型相关位点的鉴定【百迈客生物】
利用基因组重
测序
技术进行大规模高通量SNP标记鉴定是当前国际上动植物基因组学的研究热点。利用得到的大量SNP标记,可以对群体进行高密度遗传图谱、BSA、GWAS、遗传进化等分析。
百迈客生物
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2023-12-23 03:06
【隐马尔可夫模型】隐马尔可夫模型的观
测序
列概率计算算法及例题详解
【隐马尔可夫模型】用前向算法计算观
测序
列概率P(O|λ)【隐马尔可夫模型】用后向算法计算观
测序
列概率P(O|λ)隐马尔可夫模型是关于时序的概率模型,描述由一个隐藏的马尔可夫链随机生成不可观测的状志的序列
F_D_Z
·
2023-12-22 18:39
算法
机器学习
2020-09-29 TOOLs:高通量
测序
数据下载之aspera和SRA Toolkit
来源:https://www.jianshu.com/p/da75f0753178高通量数据库的数据,下载方法有三种:常规下载(wget,迅雷、IDM)asperaSRAToolkit的prefetchwget下载数据速度很慢,比较容易断。wget-c下载地址保持断点下载下载数据库优先选择快速下载fq格式的数据,EBI数据库下载。从EBI数据库直接获取到aspera的下载代码,复制到本地服务器,可
__一蓑烟雨__
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2023-12-22 10:07
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