宏基因组测序第5页

听书《基因革命》

听书《基因革命》，可以基因测序，进一步了解自己。

梦幻剑晖·2024-01-18 23:40

时间序列数据的季节性检测

时间序列分析是统计学和数据科学的一个基本研究领域，它为理解和预测序列数据中的模式提供了一个强大的框架。特别是时间序列数据，它捕获连续时间间隔内的信息，使分析师能够揭示趋势，季节性模式和其他时间依赖性。

python收藏家·2024-01-18 20:22

纯生信分析套路甲基转移酶相关因子的预后分析

本文主要是基于TCGA数据和中国胶质瘤基因组图谱RNA测序数据集，通过一

音十千寻·2024-01-18 13:04

文献阅读：单细胞 RNA 测序揭示分子定义的肌间神经元类别的多样化

文献介绍「文献题目」Diversificationofmolecularlydefinedmyentericneuronclassesrevealedbysingle-cellRNAsequencing「研究团队」UlrikaMarklund（KarolinskaInstitutet）「发表时间」2020-12-07「发表期刊」NatureNeuroscience「影响因子」25.0「DOI」10

Tiger Z·2024-01-18 12:30

工智能基础知识总结--隐马尔可夫模型

隐马尔可夫模型的定义隐马尔可夫模型是关于时序的概率模型，描述由一个隐藏的马尔科夫链随机生成不可检测的状态随机序列（状态序列），再由各个状态生成一个观测而产生观测随机序列（观测序列）。

北航程序员小C·2024-01-18 12:54

Microbiome揭示中国人群宿主遗传、肠道菌群与复杂疾病的关系

|本文转载自“宏基因组”公众号2020年10月，西湖大学、中山大学、中国科学院病原微生物与免疫学重点实验室等单位的研究团队在《Microbiome》发表题为“Theinterplaybetweenhostgeneticsandthegutmicrobiomerevealscommonanddistinctmicrobiomefeaturesforcomplexhumandiseases

尐尐呅·2024-01-18 09:20

一文带你读懂单细胞测序

本文首发于“生信大碗”公众号，转载请注明出处单细胞测序技术自2009年汤富酬老师发表单细胞文献后被广泛了解，2013年被NatureMethods评为年度技术，至此越来越多地被应用在科研领域。

生信大碗·2024-01-18 00:53

vcf文件提取SNP位点

测序得到VCF文件后，有时需要提取部分SNP位点，这里介绍的工具是VCFtools，安装以及基础功能见下贴：vcftools安装及基础用法-(jianshu.com)1.准备SNP位点list首先将需要提取的

Wei_Sun·2024-01-17 18:45

小白使用GSEA的注意事项

经过不断的试错，我终于找到了目前看过最好的GSEA教程，在细节之处非常贴心，小心心送给你～传送门：ChevyXu的高通量测序数据处理学习记录（三）：Path

墨墨如·2024-01-17 15:26

Celaref | 单细胞测序细胞类型注释工具

我导再也不用担心我不认识marker啦我们在进行单细胞测序的时候，通常情况下是通过高变genes来辨别细胞类型（于是一大堆不认识的），除了免疫细胞可能容易分析出来，其他的细胞我是两眼一抹黑。

生信宝典·2024-01-17 09:34

易基因｜全基因组DNA甲基化测序（WGBS）揭示衰老对肝再生的表观基因组调控机制

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。众所周知，衰老会对肝脏再生产生影响。随着时间的推移，肝脏再生能力显著下降。肝脏体积、血流量和代谢等肝脏生理参数，以及损伤后的再生能力在人类和模型系统中均在老年时表现出下降，其中涉及许多分子机制，包括DNA甲基化依赖性基因组重塑。那么DNA甲基化变化如何介导衰老对肝再生的不利影响呢？2023年02月13日，美国德克萨斯农工健康科学中心Ro

易基因科技·2024-01-16 13:52

Cell｜易基因微量DNA甲基化测序助力中国科学家成功构建胚胎干细胞嵌合体猴，登上《细胞》封面！

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。北京时间2023年11月9日，《Cell》期刊以封面文章的形式在线发表了由中国科学院脑科学与智能技术卓越创新中心(神经科学研究所)、上海脑科学与类脑研究中心，中国科学院广州生物医药与健康研究院等单位牵头，题为《Livebirthofchimericmonkeywithhighcontributionfromembryonicstemce

易基因科技·2024-01-16 13:52

易基因2023年度DNA甲基化研究项目文章精选

01、易基因微量DNA甲基化测序助力中国科学家成功构建胚胎干细胞嵌合体猴，登上《细胞》封面（cell/IF64.5）02、oxBS揭示复发性膀胱癌的DNA甲基化和羟甲基化变化并鉴定预测PD-L1表达标记物

易基因科技·2024-01-16 13:51

易基因：DNA甲基化和转录组分析揭示番茄黄化曲叶病毒感染过程中的转录和表观遗传学变化

测序技术进步允许大规模同时分析病毒感染的多个方面，为植物-病毒互作的分子机制产生新的见解。然而尚未对双生病毒感染期间宿主转录组、sRNA谱

易基因科技·2024-01-16 13:21

锐意进取，蓬勃发展｜爱基百客2023全景图

爱基百客作为一家专注于测序服务的公司，我们在这一年里经历了许多挑战，也取得了令人鼓舞的成绩。前面我们盘点了表观产品和单细胞产品，今天再邀您回顾我们的2023全景图！

爱基百客·2024-01-16 12:40

#植物单细胞核转录组利用单细胞核转录组挑战非模式生物-荔枝花芽发育分化过程

近期，发表于《JournalofExperimentalBotany》的植物单细胞核转录组文献，以荔枝成花过程中关键发育时期的三种不同状态的芽为研究对象，首次建立荔枝芽样本的单细胞核测序体系，完成了首例荔枝单细胞图谱构建

SHANGHAILINGEN·2024-01-16 09:40

会议 | 宏基因组和生物信息学进行病原检测的进展和未来

文献信息文章：Currentprogressandfutureopportunitiesinapplicationsofbioinformaticsforbiodefenseandpathogendetection:reportfromtheWinterMid-AtlanticMicrobiomeMeet-up,CollegePark,MD,January10,2018杂志：Microbiome时

胡童远·2024-01-16 07:41

群体结构分析

对群体结构和亲缘关系进行评估以确定使用的统计模型和获得相应的矩阵评估内容（遗传上差异过大应剔除，相似性高的保留其一）Structure是与PCA、进化树相似的方法，就是利用分子标记的基因型信息对一组样本进行分类，分子标记可以是SNP、indel、SSR……当然，对于重测序应用的最多的还是

滴滴_54f1·2024-01-16 07:10

高性能计算环境大规模DNA测序数据集柱状工具HipMer的介绍，安装和使用方法

HipMer介绍HipMer是一个基因组组装软件，它特别为高性能计算环境设计，旨在处理大规模的DNA测序数据集。

小果运维·2024-01-16 06:54

生物信息学之序列比对

AIzealot无·2024-01-16 02:02

使用Diamond比对NR数据库获取物种注释

之前用Kraken2注释宏基因组的contig，发现只有30%左右可以被Kraken2注释Kraken2+Bracken：宏基因组物种注释-CSDN博客不信邪，再用NR库试试参考：将NR数据库diamond

CAAS_IFR_zp·2024-01-15 22:56

生信步骤|kmc+genomescope进行基因组调查

在组装未知基因组时，往往需要利用重测序数据提前进行基因组调查，以获取其基因组规模，杂合率，重复序列比例，GC含量等信息。从而更好地拟定后继测序策略。基因组调查可以采用kmers方法。

学术程稻属·2024-01-15 20:04

生信步骤|转录组测序上游分析：hisat2+samtools+stringtie

转录组分析在当下研究功能基因组领域十分常用。相关软件组合种类也十分丰富，本文采用了hisat2+samtools+stringtie策略从转录组数据中挖掘差异表达基因。在这里小编整理了一下此套组合的执行流程，以供日后查阅；同时分享在平台，希望能帮助到更多初学者，如有谬误也请各路大佬批评指正。先从整体上看一下软件们所执行的功能：hisat2：建立参考基因组索引，reads的比对samtools：sa

学术程稻属·2024-01-15 20:34

外泌体多组学15-尿液外泌体sRNA建库优化-增加切胶回收扩增-比对率20%提升至33%

从外泌体中分离出的miRNAs的测序在识别新的疾病生物标志物方面具有很大的潜力，但外泌体的RNA数量较低，阻碍了充分的分析和定量。

_十三·2024-01-15 19:08

单细胞转录组测序揭示了动脉粥样硬化免疫细胞的异质性

单细胞转录组测序（scRNA-seq）技术的进展使我们对免疫细胞亚群的认识更加完善。

晶典教你玩转科研·2024-01-15 16:01

哺乳动物器官中基因表达水平的进化

在这里，为了了解哺乳动物转录组进化的动态，我们报道了来自10种主要哺乳动物谱系(胎盘类、有袋类和单孔类)和鸟类(进化外群)的6个器官的多聚腺苷化RNA的测序。我们发现，由于选择压力的

亦是旅人呐·2024-01-15 04:33

这篇12分只有2张图的文章思路值得借鉴

作者对致命性前列腺癌的未治疗初级样本以及去势抵抗后的样本进行了基因组测序，分析了前列腺癌原发肿瘤活检中的基因改变，评估相同

科研菌·2024-01-15 00:02

细菌16S rRNA基因测序平台比较

1.细菌16SrRNA基因测序平台介绍1.1Roche454测序平台罗氏454测序系统是454生命科学公司推出的454测序技术，是基于焦磷酸测序法的高通量测序系统，开创了第二代测序技术的先河。

JarySun·2024-01-14 21:48

2016《Cell Research》全基因组重测序研究狗的驯化起源

动物经过了漫长的驯化和文明交流过程，它们的样子跟其祖先相比，发生了太多的变化，早已无从分辨。然而，我们依然可以从它们的基因组DNA中找到其驯化迁徙的痕迹，探究物种群体的命运和奋斗历程。在生物体的世代交替过程中，基因组DNA一代一代地传递下来，它保存了调控生物体生长发育的几乎所有信息。然而，基因组DNA又不是一成不变地传递，每一代甚至每一个个体都会发生突变。因而，随着时间的推移，后代的个体中DNA会

iBioinformatics·2024-01-14 21:26

使用深度学习开发癌症复发风险分层模型，可改善早期发现和推进早期干预（IF5+)

DeepLearning-BasedMulti-OmicsIntegrationRobustlyPredictsRelapseinProstateCancer基于深度学习的多组学整合有力地预测了前列腺癌的复发情况发表期刊：FrontOncol发表日期：2022Jun23DOI:10.3389/fonc.2022.893424期刊相关信息一、背景随着芯片和测序等先进技术在生物医学领域的发展和应用

生信学霸·2024-01-13 17:13

绘制Cell文章中SNP的地理分布图

转自：https://mp.weixin.qq.com/s/F20F_Mn_8etC7dhVXGm46g1.RICESNP的使用由中国农科院作科所牵头的这项3000份栽培稻的测序工作(「Genomicvariationin3,010diverseaccessionsofAsiancultivatedrice

生信师姐·2024-01-13 12:30

单细胞实战(1)：原始测序数据下载

前言目前的课题是10X单细胞测序(植物方面)，之前已经把所有的流程基本走过一遍，现在就将自己的学习过程整理成笔记给大家分享一下，我在学习单细胞分析的时候主要跟着单细胞天地的公众号和jimmy老师在B站上上传的单细胞分析视频进行学习的

周小钊·2024-01-13 11:09

2022-03-07

NatComm|胃癌4种分子亚型32基因特征的开发和验证原创图灵基因图灵基因收录于话题#前沿分子生物学机制佛罗里达州梅奥诊所癌症中心的科学家们表示，最近的一项研究正在验证使用基因组测序来预测胃癌患者从化疗或免疫治疗中获益的可能性

图灵基因·2024-01-13 07:16

机器学习中的隐马尔可夫模型及Python实现示例

隐马尔可夫模型（HMM）是一种统计模型，用于描述观测序列和隐藏状态序列之间的概率关系。它通常用于生成观测值的底层系统或过程未知或隐藏的情况，因此它被称为“隐马尔可夫模型”。

python收藏家·2024-01-13 04:40

bismark 识别甲基化位点-比对篇

我用的软件自带的单端测序的数据集进行测试，命令如下bismarkhg19_bismark_db/test_data.fastq-otest第一个参数为bismark_genome_preparation

生信修炼手册·2024-01-13 04:11

创业与人体-06 用表观遗传学重新认识进化

1.表观遗传学在2000年的时候六国的科学家合作完成了人类基因组测序，在这之后科学家们逐渐发现原来的基因遗传理论并不能很好人类遗传中出现的种种现象，于是沃丁顿的获得性遗传

零翼彼方·2024-01-12 16:15

bismark_methylation_extractor提取甲基化信号的问题

运行到这里遇到一个巨坑sambambaimage.pngimage.pngbismarkerroimage.pngbismarkDNA甲基化测序比对-bisulfite-seqimage.png好吧本来想将两个

热衷组培的二货潜·2024-01-12 09:38

100个GEO基因表达芯片或转录组数据处理之GSE126848（003）

写在前边虽然现在是高通量测序的时代，但是GEO、ArrayExpress等数据库储存并公开大量的基因表达芯片数据，还是会有大量的需求去处理芯片数据，并且建模或验证自己所研究基因的表达情况，芯片数据的处理也可能是大部分刚学生信的道友入门

恩喜玛生物·2024-01-12 08:26

100个GEO基因表达芯片或转录组数据处理之GSE159676（002）

写在前边虽然现在是高通量测序的时代，但是GEO、ArrayExpress等数据库储存并公开大量的基因表达芯片数据，还是会有大量的需求去处理芯片数据，并且建模或验证自己所研究基因的表达情况，芯片数据的处理也可能是大部分刚学生信的道友入门

恩喜玛生物·2024-01-12 08:26

2018-04-10---关于FastQ和FastA（转载）

一、关于FastqFASTQ是基于文本的，保存生物序列（通常是核酸序列）和其测序质量信息的标准格式。

天秤座的机器狗·2024-01-12 08:27

学习小组Day7笔记--李富烨

测序知识.png

李富_83a0·2024-01-12 02:29

单细胞测序初学者指南

自我们在科学的早期阶段就被告知，我们身体中的每个细胞都有完全相同的基因信息(除一两个细胞之外)。因此，如此多样化的细胞来自基因表达--每个细胞必须表达一组基因，并抑制另一组基因才能正常工作。即使我们有了这些知识，我们仍然很难确定哪个基因(或一组基因)对该细胞才是至关重要的。这不仅是因为技术上的困难，还因为细胞在不断变化，不断适应。因此，基因表达几乎就像薛定谔的猫。一个混乱的概念，很难理解，但非常有

11的雾·2024-01-12 00:48

噬菌体

噬菌体的宿主预测：利用细菌的spacers和自己宏基因组测序得到的序列，细菌的spacers建立blast索引，然后使用blastn参数：blastn-short-e1e-5进行比对。

宏病毒组·2024-01-11 18:00

学习小组Day7笔记--会平

今天主要学习测序的基础知识。内容包括一二三代测序的特点、二代测序大体流程以及NGS组学的粗略分类。这是今天的学习内容思维导图。Day7.png生信星球对一二三代测序的特点及区别的列表区分，一目了然。

会平_c24e·2024-01-11 18:39

全长转录组-结构分析

作者：Arno审稿：童蒙编辑：angelica引言Iso-seq测序经初步分析获得高质量的转录本之后（全长转录本鉴定，全长转录本比对），便可以对转录本的结构进行精确鉴定、注释。

生信阿拉丁·2024-01-11 17:46

利用PacBio数据检测DNA修饰

以PacBio为代表的三代测序公司开发的第三代测序技术既可以直接测得DNA碱基序列，又可以测得其碱基上的修饰。SMRT(Single-MoleculeReal-Time)测序即单分子实时测序。

浩渺予怀·2024-01-11 16:42

CUTANA™ pAG-Tn5 for CUT&Tag

与ChIP-seq相比，CUT&Tag在降低细胞需求量和测序深度的信噪比方面进行了显著改进。

Neobioscience·2024-01-11 07:16

单细胞测序文献阅读及补充

Single-cellRNAsequencing:Technicaladvancementsandbiologicalapplications[1]Abstract：单个细胞是生物的基本构件，并且每个细胞都是唯一的，单细胞RNA测序已经已经成为分析细胞特异性和分解组织为细胞类型

瞌睡斋主人·2024-01-11 06:33

评估LLM在细胞数据上的实用性(1)-基本概述

tzc_fly·2024-01-11 03:01

【现代遗传学原理-基因和基因组学】

一、基本概念基因组学：研究基因组结构、功能及表达产物的学科，包括测序、基因组作图、基因组分析。蛋白质组学：研究各种基因组在细胞中全部蛋白质的组成、结构、功能及表达模式的学科。

HuangXinyue1017·2024-01-11 01:46

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