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宏基因组测序
生信步骤|kmc+genomescope进行基因组调查
在组装未知基因组时,往往需要利用重
测序
数据提前进行基因组调查,以获取其基因组规模,杂合率,重复序列比例,GC含量等信息。从而更好地拟定后继
测序
策略。基因组调查可以采用kmers方法。
学术程稻属
·
2024-01-15 20:04
生信步骤
linux
生信步骤|转录组
测序
上游分析:hisat2+samtools+stringtie
转录组分析在当下研究功能基因组领域十分常用。相关软件组合种类也十分丰富,本文采用了hisat2+samtools+stringtie策略从转录组数据中挖掘差异表达基因。在这里小编整理了一下此套组合的执行流程,以供日后查阅;同时分享在平台,希望能帮助到更多初学者,如有谬误也请各路大佬批评指正。先从整体上看一下软件们所执行的功能:hisat2:建立参考基因组索引,reads的比对samtools:sa
学术程稻属
·
2024-01-15 20:34
生信步骤
linux
外泌体多组学15-尿液外泌体sRNA建库优化-增加切胶回收扩增-比对率20%提升至33%
从外泌体中分离出的miRNAs的
测序
在识别新的疾病生物标志物方面具有很大的潜力,但外泌体的RNA数量较低,阻碍了充分的分析和定量。
_十三
·
2024-01-15 19:08
单细胞转录组
测序
揭示了动脉粥样硬化免疫细胞的异质性
单细胞转录组
测序
(scRNA-seq)技术的进展使我们对免疫细胞亚群的认识更加完善。
晶典教你玩转科研
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2024-01-15 16:01
哺乳动物器官中基因表达水平的进化
在这里,为了了解哺乳动物转录组进化的动态,我们报道了来自10种主要哺乳动物谱系(胎盘类、有袋类和单孔类)和鸟类(进化外群)的6个器官的多聚腺苷化RNA的
测序
。我们发现,由于选择压力的
亦是旅人呐
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2024-01-15 04:33
这篇12分只有2张图的文章思路值得借鉴
作者对致命性前列腺癌的未治疗初级样本以及去势抵抗后的样本进行了基因组
测序
,分析了前列腺癌原发肿瘤活检中的基因改变,评估相同
科研菌
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2024-01-15 00:02
细菌16S rRNA基因
测序
平台比较
1.细菌16SrRNA基因
测序
平台介绍1.1Roche454
测序
平台罗氏454
测序
系统是454生命科学公司推出的454
测序
技术,是基于焦磷酸
测序
法的高通量
测序
系统,开创了第二代
测序
技术的先河。
JarySun
·
2024-01-14 21:48
2016《Cell Research》全基因组重
测序
研究狗的驯化起源
动物经过了漫长的驯化和文明交流过程,它们的样子跟其祖先相比,发生了太多的变化,早已无从分辨。然而,我们依然可以从它们的基因组DNA中找到其驯化迁徙的痕迹,探究物种群体的命运和奋斗历程。在生物体的世代交替过程中,基因组DNA一代一代地传递下来,它保存了调控生物体生长发育的几乎所有信息。然而,基因组DNA又不是一成不变地传递,每一代甚至每一个个体都会发生突变。因而,随着时间的推移,后代的个体中DNA会
iBioinformatics
·
2024-01-14 21:26
使用深度学习开发癌症复发风险分层模型,可改善早期发现和推进早期干预(IF5+)
DeepLearning-BasedMulti-OmicsIntegrationRobustlyPredictsRelapseinProstateCancer基于深度学习的多组学整合有力地预测了前列腺癌的复发情况发表期刊:FrontOncol发表日期:2022Jun23DOI:10.3389/fonc.2022.893424期刊相关信息一、背景随着芯片和
测序
等先进技术在生物医学领域的发展和应用
生信学霸
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2024-01-13 17:13
绘制Cell文章中SNP的地理分布图
转自:https://mp.weixin.qq.com/s/F20F_Mn_8etC7dhVXGm46g1.RICESNP的使用由中国农科院作科所牵头的这项3000份栽培稻的
测序
工作(「Genomicvariationin3,010diverseaccessionsofAsiancultivatedrice
生信师姐
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2024-01-13 12:30
单细胞实战(1):原始
测序
数据下载
前言目前的课题是10X单细胞
测序
(植物方面),之前已经把所有的流程基本走过一遍,现在就将自己的学习过程整理成笔记给大家分享一下,我在学习单细胞分析的时候主要跟着单细胞天地的公众号和jimmy老师在B站上上传的单细胞分析视频进行学习的
周小钊
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2024-01-13 11:09
2022-03-07
NatComm|胃癌4种分子亚型32基因特征的开发和验证原创图灵基因图灵基因收录于话题#前沿分子生物学机制佛罗里达州梅奥诊所癌症中心的科学家们表示,最近的一项研究正在验证使用基因组
测序
来预测胃癌患者从化疗或免疫治疗中获益的可能性
图灵基因
·
2024-01-13 07:16
机器学习中的隐马尔可夫模型及Python实现示例
隐马尔可夫模型(HMM)是一种统计模型,用于描述观
测序
列和隐藏状态序列之间的概率关系。它通常用于生成观测值的底层系统或过程未知或隐藏的情况,因此它被称为“隐马尔可夫模型”。
python收藏家
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2024-01-13 04:40
机器学习
机器学习
python
bismark 识别甲基化位点-比对篇
我用的软件自带的单端
测序
的数据集进行测试,命令如下bismarkhg19_bismark_db/test_data.fastq-otest第一个参数为bismark_genome_preparation
生信修炼手册
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2024-01-13 04:11
创业与人体-06 用表观遗传学重新认识进化
1.表观遗传学在2000年的时候六国的科学家合作完成了人类基因组
测序
,在这之后科学家们逐渐发现原来的基因遗传理论并不能很好人类遗传中出现的种种现象,于是沃丁顿的获得性遗传
零翼彼方
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2024-01-12 16:15
bismark_methylation_extractor提取甲基化信号的问题
运行到这里遇到一个巨坑sambambaimage.pngimage.pngbismarkerroimage.pngbismarkDNA甲基化
测序
比对-bisulfite-seqimage.png好吧本来想将两个
热衷组培的二货潜
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2024-01-12 09:38
100个GEO基因表达芯片或转录组数据处理之GSE126848(003)
写在前边虽然现在是高通量
测序
的时代,但是GEO、ArrayExpress等数据库储存并公开大量的基因表达芯片数据,还是会有大量的需求去处理芯片数据,并且建模或验证自己所研究基因的表达情况,芯片数据的处理也可能是大部分刚学生信的道友入门
恩喜玛生物
·
2024-01-12 08:26
数据库
100个GEO基因表达芯片或转录组数据处理之GSE159676(002)
写在前边虽然现在是高通量
测序
的时代,但是GEO、ArrayExpress等数据库储存并公开大量的基因表达芯片数据,还是会有大量的需求去处理芯片数据,并且建模或验证自己所研究基因的表达情况,芯片数据的处理也可能是大部分刚学生信的道友入门
恩喜玛生物
·
2024-01-12 08:26
数据库
2018-04-10---关于FastQ和FastA(转载)
一、关于FastqFASTQ是基于文本的,保存生物序列(通常是核酸序列)和其
测序
质量信息的标准格式。
天秤座的机器狗
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2024-01-12 08:27
学习小组Day7笔记--李富烨
测序
知识.png
李富_83a0
·
2024-01-12 02:29
单细胞
测序
初学者指南
自我们在科学的早期阶段就被告知,我们身体中的每个细胞都有完全相同的基因信息(除一两个细胞之外)。因此,如此多样化的细胞来自基因表达--每个细胞必须表达一组基因,并抑制另一组基因才能正常工作。即使我们有了这些知识,我们仍然很难确定哪个基因(或一组基因)对该细胞才是至关重要的。这不仅是因为技术上的困难,还因为细胞在不断变化,不断适应。因此,基因表达几乎就像薛定谔的猫。一个混乱的概念,很难理解,但非常有
11的雾
·
2024-01-12 00:48
噬菌体
噬菌体的宿主预测:利用细菌的spacers和自己
宏基因组
测序
得到的序列,细菌的spacers建立blast索引,然后使用blastn参数:blastn-short-e1e-5进行比对。
宏病毒组
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2024-01-11 18:00
学习小组Day7笔记--会平
今天主要学习
测序
的基础知识。内容包括一二三代
测序
的特点、二代
测序
大体流程以及NGS组学的粗略分类。这是今天的学习内容思维导图。Day7.png生信星球对一二三代
测序
的特点及区别的列表区分,一目了然。
会平_c24e
·
2024-01-11 18:39
全长转录组-结构分析
作者:Arno审稿:童蒙编辑:angelica引言Iso-seq
测序
经初步分析获得高质量的转录本之后(全长转录本鉴定,全长转录本比对),便可以对转录本的结构进行精确鉴定、注释。
生信阿拉丁
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2024-01-11 17:46
利用PacBio数据检测DNA修饰
以PacBio为代表的三代
测序
公司开发的第三代
测序
技术既可以直接测得DNA碱基序列,又可以测得其碱基上的修饰。SMRT(Single-MoleculeReal-Time)
测序
即单分子实时
测序
。
浩渺予怀
·
2024-01-11 16:42
CUTANA™ pAG-Tn5 for CUT&Tag
与ChIP-seq相比,CUT&Tag在降低细胞需求量和
测序
深度的信噪比方面进行了显著改进。
Neobioscience
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2024-01-11 07:16
CUTANA
pAG-Tn5
表观遗传学
单细胞
测序
文献阅读及补充
Single-cellRNAsequencing:Technicaladvancementsandbiologicalapplications[1]Abstract:单个细胞是生物的基本构件,并且每个细胞都是唯一的,单细胞RNA
测序
已经已经成为分析细胞特异性和分解组织为细胞类型
瞌睡斋主人
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2024-01-11 06:33
评估LLM在细胞数据上的实用性(1)-基本概述
本报告通过八个与单细胞数据相关的下游任务的综合实验,评估了LLM在单细胞
测序
数据分析中的性能。
tzc_fly
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2024-01-11 03:01
单细胞多组学分析
人工智能
【现代遗传学原理-基因和基因组学】
一、基本概念基因组学:研究基因组结构、功能及表达产物的学科,包括
测序
、基因组作图、基因组分析。蛋白质组学:研究各种基因组在细胞中全部蛋白质的组成、结构、功能及表达模式的学科。
HuangXinyue1017
·
2024-01-11 01:46
生物信息学
10X单细胞(10X空间转录组)基因调控网络分析之DeepSEM
不同细胞类型中,基因调控网络存在差异,通过单细胞
测序
,可以
单细胞空间交响乐
·
2024-01-10 06:11
重
测序
获取基因编辑植物T-DNA插入位点
早在本科学习比较基因组学期间就有意做一些知识分享,毕竟目前学得的七成生信知识是源自最早做知识分享的前辈们。计划一直夭折,一方面是自觉实力有限,怕误人子弟,一方面是有点空闲时间就想偷个懒。个人是希望做到干湿结合全面发展的,如果不想两边都学个半吊子,那必然得付出双倍努力了。我目前主要做俩物种,异源多倍体油菜和同源多倍体马铃薯,方向涉及多组学分析、细胞遗传和基因编辑。回归正题,基因编辑过的作物会有载体序
CallumZhao
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2024-01-10 05:50
二代
测序
基础知识
二代
测序
基础知识二代
测序
基础概念(这个是与二代
测序
相关每个部门都要掌握的)FQ数据格式高通量
测序
(如IlluminaHiSeqTM/MiseqTM)得到的原始图像数据文件经CASAVA碱基识别(BaseCalling
点滴生信
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2024-01-10 05:57
全面解读|“小”产品,“大”能量的 BSA 性状定位
对亲本和子代混池进行建库
测序
,检测SNP,根据亲本间纯和差异的位点,计算子代池的index值,进而挑选差异较大的位点。图1BSA原理图群体的选择根据群体的形成
ee00dc6faab7
·
2024-01-10 00:10
数据的质量控制软件 | FastQC
拿到二代
测序
数据后,首先要查看一下
测序
质量如何,以评估该
测序
数据是否满能够进行后续的生信分析。这里介绍一款常用的二代
测序
数据质量评估软件,FastQC。
生信师姐
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2024-01-09 23:12
如何快速查找物种间对应的同源基因
1.基于NCBIHomoloGene数据库查找物种间对应的同源基因NCBIHomoloGene数据库收集了部分已经完成基因组
测序
物种的同源基因数据。数据库现包含21个物种,共44233组同源基
JeremyL
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2024-01-09 19:29
RNA-seq,Ribo-seq数据分析(上)
TheTomatoTranslationalLandscapeRevealedbyTranscriptomeAssemblyandRibosomeProfifiling根据文献,从GEO数据库下载原始
测序
文件
1yon
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2024-01-09 18:21
单细胞
测序
探索小鼠胚胎时期脑组织的发育
标题:Moleculararchitectureofthedevelopingmousebrain期刊:NATURE影响因子:49.962哺乳动物大脑是在多种复杂因素相互作用下发展起来的,包括形态发生、细胞间相互作用和内在的遗传程序,最终形成一千多种不同的细胞类型。单细胞转录组和空间转录组揭示复杂组织分子异质性的能力,特别适合在大脑发育的整个时空范围内对细胞状态进行系统地研究。本文提供了小鼠胚胎从
felix108
·
2024-01-09 16:54
零代码差异表达分析工具:GEO2R
☞GEO数据库数据检索方法(一)☞GEO数据库数据检索方法(二)☞GEO数据库数据页面介绍(三)在GEO数据库里面收录了各种各样的数据,不仅有芯片数据也有
测序
数据。
生信交流平台
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2024-01-09 07:04
2022-12-06
重
测序
SNP分析------二代
测序
数据检测;SNPcalling;SNP过滤;遗传多样性分析;PCA分析;群体遗传结构分析;系统进化分析;QTL连锁不平衡分析;GWAS全基因组关联分析(关键基因挖掘)
王钦_ce33
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2024-01-08 16:01
circRNA
测序
及机制全面讨论
纪伟讲
测序
,每周一讲,讨论组学,包括基因组,转录组,蛋白组,代谢组等相关实验数据分析及分子机制挖掘思路。
纪伟讲测序
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2024-01-08 16:46
医学术语中的panel到底是什么意思
去查背景资料,简直大吃一惊:panel这个词竟然直接当中文用了,如下图:panelin中文1.pngpanelin中文2.png基因
测序
领域的panel似乎没有对应的中文翻译,连圈内人也会心生疑问。
易渔_
·
2024-01-07 22:23
IGV 自定义Reads 颜色
目的IGV经常被用于可视化检查NGS
测序
数据,尤其提供给人直观的突变信息,大量应用于肿瘤诊断行业以及NGS的科研领域中。
茄子_0937
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2024-01-07 16:51
Megahit, metaSPAdes, metabat2, GTDB-tk, checkM
Megahit(
宏基因组
组装工具)原理基于kmer迭代的DBG算法。kmer:kmer指将reads切碎
苦中作乐613
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2024-01-07 12:48
其他
一文详解
宏基因组
组装工具Megahit安装及应用
要点Megahit简介Megahit的基本组装原理Megahit的安装和使用Megahit实战hello,大家好,今天为大家带来关于
宏基因组
组装工具Megahit的超详细安装及应用教程。
JaneMarple️
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2024-01-07 12:47
生物医疗健康数据分析
生物信息学
数据分析
数据挖掘
linux
宏基因组
组装神器-MEGAHIT使用及常见问题
文章目录简介安装和使用常见报错和解决方法输出结果对内存需求样本实际组装时间参考简介
宏基因组
测序
获得海量短片段
测序
数据,这些数据混合着环境中各种各样的微生物基因组序列,如何恢复出这些微生物基因组序列,基因组组装成为至关重要的一步
Neptuneyut
·
2024-01-07 12:15
Bioinformatics
linux
运维
服务器
纯二代
测序
从头组装基因组(基础版)
基因组组装基因组组装一般分为三个层次,contig,scaffold和chromosomes.contig表示从大规模
测序
得到的短读(reads)中找到的一致性序列。
wangchuang2017
·
2024-01-07 12:15
宏基因组
:MEGAHIT组装拼接及quast评估
Megahit组装软件很多下面介绍三款组装软件:MEGAHIT下载地址https://github.com/voutcn/megahitgitclonehttps://github.com/voutcn/megahit.gitcdmegahitmake其他两款组装软件下载地址SOAPdenovo下载地址http://sourceforge.net/projects/soapdenovo2/file
狗蛋儿张
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2024-01-07 12:15
宏基因组
组装软件
宏基因组
组装评估
megahit
soapdenovo
iMeta | 青岛华大范广益组基于共标签
测序
数据的高质量
宏基因组
组装工具MetaTrass...
点击蓝字关注我们MetaTrass:基于共标签
测序
数据的人类肠道微生物高质量
宏基因组
组装工具https://doi.org/10.1002/imt2.46RESEARCHARTICLE●2022年8月15
生信宝典
·
2024-01-07 12:45
大数据
编程语言
python
机器学习
人工智能
Vamb
宏基因组
分箱:安装与使用
mkdir~/Software/VambcdVambgitclonehttps://github.com/RasmussenLab/vamb-bmastercdvambpipinstall-e.vamb-hGitHub-RasmussenLab/vamb:Variationalautoencoderformetagenomicbinning使用参考上述官方文档
CAAS_IFR_zp
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2024-01-07 12:15
数据分析
链读
测序
技术在
宏基因组
组装研究中的应用
链读
测序
(Linked-readsequencing)通过将相同的barcode与长DNA片段(10-100kb)的序列连接在一起,能够消除其中的一些错读,从而改进
宏基因组
组装。
谷禾牛博
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2024-01-07 12:44
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