宏基因组测序第10页

这篇11分文章还留了个宝藏给你

11.878)的一篇文章，“Anatlasoftheaginglungmappedbysinglecelltranscriptomicsanddeeptissueproteomics”，本文通过联合单细胞转录组测序技术和蛋白质谱去分析了衰老对小鼠肺组织细胞活性的影响

科研菌·2023-11-26 06:41

基因组在动物的实际应用综述

•也可能会出现从基因型微阵列到测序的转变。摘要许多牲畜物种的高维基因组信息的获取正在加速。这不仅得益于基因分型成本的持续降低，而且还得益于利用基

Hello育种·2023-11-26 05:17

qRT-PCR相对定量计算详解qPCR相对定量计算方式——2^-(∆∆Ct) deta t

做完转录组分析之后，一般都要求做qRT-PCR来验证二代测序得到的转录本表达是否可靠。

生信小博士·2023-11-25 15:01

LoRDEC 利用二代数据纠错PacBio 数据

LoRDEC是一个利用二代测序短序列reads矫正三代测序长reads的工具，利用准确度高的NGS数据构建deBruijnGraph（DBG）对三代长Reads进行纠错，适用于PacBio和Oxford

迎着阳光走·2023-11-25 11:18

生信课程笔记12-负二项分布与测序

随机变量随机试验的样本空间为Ω，如果对于每一个样本点ω∈Ω，有一个实数X(ω)与之对应，这样得到一个定义在Ω上的单值函数X=X(ω)，则称X(ω)为随机变量，简记为X。也就是说，随机变量X是一个从Ω到实数域R的函数，它的定义域为Ω，它的值域X(Ω)为R或R的一个子集。通常用X,Y,Z表示随机变量，用x,y,z表示随机变量的取值。引入随机变量是为了将随机试验数量化，便于对其规律性进行研究。例如，随机

果蝇饲养员的生信笔记·2023-11-25 10:06

NC：樊嘉/杨欣荣合作团队等报道单细胞测序解析肝癌循环肿瘤细胞的时空异质性和免疫逃逸新机制

2021年07月02日，Naturecommunications在线发表了复旦大学（中山医院）肝癌研究所樊嘉院士、杨欣荣教授团队与深圳华大生命科学研究院合作的最新成果DissectingspatialheterogeneityandtheimmuneevasionmechanismofCTCsbysingle-cellRNA-seqinhepatocellularcarcinoma。论文通过单细胞

尐尐呅·2023-11-25 07:54

群体结构分析 | Pophelper 的“平替版”

基于重测序数据的群体结构分析，很多时候，我们会用一款软件，即Admixture（替代传统的Structure，后者太慢了）。输出的结果可视化，才能方便下游分析。

生信石头·2023-11-25 07:46

VirtualBox 中练习安装linux系统centos7

，只要下载好vbox软件，双击运行一直下一步就安装好了：下载地址：https://www.virtualbox.org/wiki/Downloads2.2下载centos7系统iso文件：海量的高通量测序数据

组学大讲堂·2023-11-25 04:45

疫情.怡情(之三百九十九)

该发现是由弗朗切斯科·布罗科洛教授领导的米兰研究小组与那不勒斯合作研究发现的，已经对该毒株完成了全部测序。并于今日正式保存在两个主要的国际数据库Pubmed和Gisais中。

飞扬的雪ing·2023-11-25 01:41

真菌基因组研究高分策略（一）：比较基因组揭示真菌菌丝和多细胞的起源

随着测序技术的发展，高通量测序揭示了真菌群落巨大的系统发育和功能多样性，高质量真菌基因组的组装已经成为研究菌丝和潜在基因的进化起源的有力工具。

SHANGHAILINGEN·2023-11-24 23:58

单细胞专题 | 带你“走近”单细胞转录组测序

◆单细胞测序的概念◆上节我们讲到转录组测序相关内容，这期将继续学习单细胞转录组测序。

爱基百客·2023-11-24 23:27

关于植物单细胞转录组提核还是制备原生质体的思考

目前植物单细胞转录组测序主流平台的输入都是原生质体悬液或者细胞核悬液。那么到底采用哪种更好呢？啥？成年人少做选择？看看账上，摸摸兜里，得有财力支持啊！本期，聊聊这个主题，有错的话请读者留言批评。

SHANGHAILINGEN·2023-11-24 23:56

自然综述：单细胞和空间组的数据整合方法

然而，单细胞测序破坏了细胞间的空间关系，而空间转录组并不能区分出特定的细胞。

概普生信·2023-11-24 18:29

【现学现卖】CHEER与病毒宏基因组数据分析（1）

“文献阅读”CHEER:HierarCHicaltaxonomicclassificationforviralmEtagEnomicdataviadeepleaRning摘要：病毒宏基因组数据增长快速，

乔伊nikkie·2023-11-24 02:57

BSA分析详解

Bulkedsegregationanalysis）即混合分组分析（BSA，or集群分离分析法），也称分离群体分组分析，是指利用目标性状存在极端表型差异的两个亲本构建分离群体，在子代分离群体中，选取两组表型差异极端的个体分别构建混合池，结合高通量测序技术对混合样本测序

awk_bioinfo·2023-11-23 18:38

练习八-利用有限状态机进行时序逻辑的设计

案例：重复检测序列，实现检测功能是：5进制“10010。考虑到序列重叠的可能，有限状态机共提供8个状态（包括初始状态IDL

向兴·2023-11-23 17:38

Kraken2安装与数据库构建2022-01-02

Kraken2是一款快速宏基因组DNA序列进行物种注释的软件。我将其用于测序数据以及序列的物种的物种注释，检查测序数据以及序列是否有污染。

土雕艺术家·2023-11-23 08:28

学习：StatQuest-RNA-seq

RNA-seq的建库过程image.png上图是RNA建库的步骤RNA测序过程image.pngimage.pngimage.png采取边合成边测序的原则,不同碱基,带有不同荧光,测序仪测出不同荧光image.pngRNA-seq

小潤澤·2023-11-23 06:32

【现学现卖】CHEER与病毒宏基因组数据分析（2）

文献阅读”CHEER:HierarCHicaltaxonomicclassificationforviralmEtagEnomicdataviadeepleaRning接上文：【现学现卖】CHEER与病毒宏基因组数据分析

乔伊nikkie·2023-11-23 01:56

跟着Cell学单细胞转录组分析(四):单细胞转录组测序UMAP降维聚类

KS科研分享与服务·2023-11-22 15:15

单细胞测序分析肺部分实性结节的细胞生态系统

2022年2月，北京大学人民医院王俊院士团队在ClinicalandTranslationalMedicine发表了题为“Single-cellRNAsequencingrevealsthemulti-cellularecosystemindifferentradiologicalcomponentsofpulmonarypart-solidnodules”的研究成果。通过比较肺腺癌早期患者部分实

晶典教你玩转科研·2023-11-22 08:15

论文阅读“ZINB-based Graph Embedding Autoencoder for Single-cell RNA-seq Interpretations”

WangY,etal.ZINB-basedGraphEmbeddingAutoencoderforSingle-cellRNA-seqInterpretations.AAAI2022.摘要导读单细胞RNA测序

掉了西红柿皮_Kee·2023-11-22 03:22

从头测序+重测序 | 利用细菌二/三代测序组装全基因组草图，注释，并应用于遗传分析...

假设你分离到了一株菌，是一种当前研究地少、或新发现的物种，NCBI也无参考基因组，那么：①需要从头组装；②二代测序Reads太短，为了获得最大的contig或染色体，就可能需要加些三代测序数据；③组装好了之后就要注释

生信宝典·2023-11-22 03:03

GEO数据挖掘-数据下载

储存有基因芯片数据，新一代测序数据以及其他形式的高通量功能基因组数据。详细参考菜鸟青盐：https://www.

活捉一只Sophie·2023-11-22 03:49

annovar对非模式生物建库注释

annovar简介在我们做重测序，或者比较基因组学分析的时候，我们往往在callsnp或者indel的时候，需要对我们的变异位点进行注释，而annovar官网提供的注释库往往是人类的居多，但是我们所研究的物种却不仅限于人类

小潤澤·2023-11-22 03:04

1130转录组分析（三）--王通老师讲解

[endif]RNAseq测序定义[if!supportLists]2.

不如好好学生信吧·2023-11-22 01:36

ATAC-seq经典之作

Transpositionofnativechromatinforfastandsensitiveepigenomicprofilingofopenchromatin,DNA-bindingproteinsandnucleosomeposition表观测序领域大牛

Shaoqian_Ma·2023-11-21 22:28

单细胞测序+免疫，还可以这样做！

近些年，免疫治疗疗效的影响因素一直是研究热点，单细胞测序也是越来越受欢迎，这篇文章就很好的将二者进行了结合，从细胞-细胞互作的角度去分析肿瘤对抗PD-1治疗不同的应答机制。

概普生信·2023-11-21 21:50

空间组数据和单细胞数据的相关性分析（Seurat）2022-05-20

黄甫一·2023-11-21 19:47

山核桃的基因组测序

ThegenomesofpecanandChinesehickoryprovideinsightsintoCaryaevolutionandnutnutrition作者：肖力宏黄见钦单位：浙江农林大学文章地址：https://academic.oup.com/gigascience/article/8/5/giz036/5484800主要内容：利用二代和三代测序技术对美国山核桃和中国山核桃的

香波地海·2023-11-21 12:03

贴心 | GXF Fix 修复 / 优化基因结构注释信息文件 - GTF/GFF3

写在前面目前基因组测序和组装成本几乎已经到任何一个课题组都可以单独负担的价码，大量物种的基因组序列被测定和释放。与此同时，对应的基因结构注释信息文件，如GTF或GFF3文件等，也可公开下载。

生信石头·2023-11-21 10:57

Chipseq单端测序数据分析

工作目录mkdir-p~/maos/chipseqcd~/maos/chipseqmkdir{sra,fastq,fastqc,trim,bam,bw,bed,peak,pic}downloadfastqfile#method1:sratoolkitscatsrr.txt|whilereadlinedoprefetch-O$wkd/sra$linedone#method2:axel#findthe

bred·2023-11-21 09:50

基因组重测序与转录组联合分析简介

基因组重测序是挖掘候选基因的重要手段，转录组测序则是研究基因表达量差异的主要方法。通过基因组重测序中的全基因组关联分析（GWAS）、数量性状基因座（QTL）等方式可以挖掘到重要性状的关键候选基因。

花生学生信·2023-11-19 20:29

基因组与群体进化，解析物种进化历程-04

基于高质量的基因组和不同茶树基因组重测序来探索基因组变异，将有助于更好地利用这些宝贵的基因组资源，

百迈客生物·2023-11-19 18:45

GenomeSyn基因组共线性及结构变异可视化工具

三代Pacbio和Nanopore测序技术的快速发展推动了比较基因组学领域的进步，泛基因组构建和结构变异识别成为该领域研究前沿。

花生学生信·2023-11-19 15:12

如何利用clusterProfiler进行基因集的KEGG富集分析？

NGS测序项目，不管是基因组测序，还是转录组测序，通常会得到一个基因列表，记录了基因突变，或者高/低表达量。

简说基因-专业生信合作伙伴·2023-11-19 15:52

bioinfo100-第10题-FastQC报告之adapter与kmer

我们在[生物信息学100个基础问题——第5题测序建库的adapter](https://zhuanlan.zhihu.com/p/34691037"\t"_blank)的时候讨论过adapter的问

RachaelRiggs·2023-11-19 09:20

微生物多样性研究10步走（第一步）-OTU聚类与注释

通常微生物多样性分析都是基于二代测序技术来实现的。二代测序的上机、建库等实验流程我们暂且不聊，我们从拿到下机数据来讲起。本期先为大家分享一个基础概念--OTU。

f70420f979c3·2023-11-19 06:08

一起做论文的兄弟

大三之前我们玩着各自的游戏我玩我的暗黑你玩你的传奇毕业前夕不知怎么分到了同一个毕业课题芍鸡标本中线粒体的提取与测序自从开了课题就再也见不到你的实体如同你的发型飘逸如同你的刘海诡异每次有事找你总是回着同样的信息不急

古瑞特·2023-11-19 06:15

2023-06-09 scRNA-seq分析个人分析记录贴

前言scRNA-seq越来越成为一种常规测序内容，最近正好分析一些scRNA-seq的数据，把分析过程记录下来，便于后续再次使用。对于走过的坑也进行记录，后续便于解决问题。

xiaoguolaile·2023-11-19 04:23

测序原理碎碎念

大家都知道高通量测序，那你知道测序的接头是如何加上去的吗？

BINBINCC·2023-11-19 04:12

「干活」基因组组装之前要做的：Genome Survey

可以系统性地称为genomesurvey，这是一个非常简单的分析，但是其实有一些问题是值得注意的GenomeSurvey一般基于Illuminashortreads进行分析，因为二代测序便宜，先测出来试试水

陈有朴·2023-11-19 04:46

生信星球学习小组第29期第七天

双脱氧链终止法原理固定的点开始随机在某一个特定的碱基处终止并且在每个碱基后面进行荧光标记产生以A、T、C、G结束的四组不同长度的一系列核苷酸尿素变性的PAGE胶上电泳检测获得可见DNA碱基序列优点准确性高达99.999%缺点通量低1000bp第二代循环阵列合成测序法

科研狗Poppy·2023-11-19 02:57

一文看懂植物单细胞测序怎么做？

作者：椰子糖审稿：童蒙编辑：amethyst随着单细胞测序技术的突破，单细胞测序的时代已然到来。

生信阿拉丁·2023-11-19 02:36

宏基因组 - (1)基因预测与基因相对丰度的计算

-3.仅作笔记使用我所用到的所有脚本可以+Q840842906索简单介绍一下方向也可以，说不定以后能互相帮忙～注明来意，请实名学校+名字-2.两组样品，目的是通过宏基因组找到两组间的差异以及差异的成因-

深山夕照深秋雨OvO·2023-11-17 16:22

【STM32】STM32F103C8T6+nrf24l01收发示例

STM32F103C8T6+nrf24l01收发示例nrf24l01模块引脚定义项目基于标准库开发项目架构更新内容（2023-3-14）✨使用STM32f103VE板子分别对程序进行了验证实测，使用SPI1查询接收发测序测试没有成功

perseverance52·2023-11-17 13:13

多组学整合，快速定位关键代谢通路，解析分子机制

16s全长扩增子测序可提供细菌构成、基因丰度，可以解决who-有谁以及many-有多少的问题。而代谢组学是研究生物体中代谢产物变化的科学，可以解决whathappened-发生了啥的问题。

SHANGHAILINGEN·2023-11-15 15:31

知名流量女星（花花）居然爱吃这个！？

实验设计思路：01、Illumina+Nanopore宏基因组测序：构建大熊猫肠道微生物基因组（MAGs）数据集；02、宏转录组测序：利用宏基因组和宏转录组测序技术，比较大熊猫肠道微生物与肉食动物、草食动物和杂食动物的消化道微生物