宏基

宏基因组物种分类、组装、分箱方法

导读BriefingsinBioinformatics2017年的一篇文章罗列了宏基因组物种分类、组装、分箱绝大多数方法，值得参考。
胡童远·2020-09-03 15:33

你想要的宏基因组-微生物组知识全在这(2020.9)

欢迎点击上方蓝色”宏基因组”关注我们！
刘永鑫Adam·2020-09-01 07:00

2018-04-17宏基因组实战qiime2-201802（三）去除引物和Barcode

这一步我也是走了很多弯路啊，之前没有去掉引物和barcode，所以跑程序经常断掉。我还在论坛发了一个帖子询问https://forum.qiime2.org/t/self-consistency-loop-terminated-before-convergence-an-error-was-encountered-while-running-dada2-in-r-return-code-1/353
小郑的学习笔记·2020-08-26 23:41

扩增子图表解读5火山图：差异OTU的数量及变化规律

作者:刘永鑫日期：2017-7-1阅读时长：10min背景介绍(Introduction)宏基因组学宏基因组学目前的主要研究方法包括：16S/ITS/18S扩增子、宏基因组、宏转录组和代谢组，其中以扩增子研究最为广泛
刘永鑫Adam·2020-08-25 17:52

第一记

一堆人把臧宏基压在身下叠罗汉，脸蹭在地上差点毁容。看到臧宏基的脸成了那个样子，心里各种担忧害怕，因为我是班主任。对这十几个孩子该怎么处理，心里是没有数的。
垫底老师·2020-08-25 14:01

USEARCH —— 最简单易学的扩增子分析流程(中国总代理)

中文帮助文档(USEARCHChinesemanual)USEARCH官方英文主页：http://www.drive5.com/usearch/本站经USEARCH作者RobertEdgar授权，由《宏基因组
刘永鑫Adam·2020-08-25 09:07

007二班6月六月飞扬组金句萃取（2017.6.7）

本期优秀文章推荐：007-88l郑宏基l《要象保养爱车一样的保养你自己》l：糊糊生威推荐理由：虽然写的不是最有文彩的，但真的是最有用的。
此生与你同行·2020-08-23 06:15

科学问题

population的进化群落结构的驱动因素解释（群落的进化）生态系统的进化（宏基因组测序）模拟深海环境，温度变化，环境恶化对深海生态系统的影响，预测是终极目的。
随心佛·2020-08-22 19:21

当宏基因组遇见宏蛋白组

众所周知，目前研究宏基因组最常用方法的是扩增子、和全基因组测序。虽然方法简单高效，但缺点也是显示易见的。
周运来就是我·2020-08-22 13:42

AN515-43 COMPAL LA-H901P笔记本主板+小板点位图

宏基ACERNITROAN515-43COMPALLA-H901P笔记本点位图品牌宏基型号暗影骑士4NITROAN515-43主板版号COMPALLA-H901P图纸类型笔记本点位图图纸格式BDV其他信息
iduvip_com·2020-08-22 12:05

病原体-宏基因组测序

Laboratoryvalidationofaclinicalmetagenomicsequencingassayforpathogendetectionincerebrospinalfluid脑脊液中病原体检测的临床宏基因组测序测定法的实验室验证简述
呆呆聊生信·2020-08-22 10:31

Acer EC-471G BIOS升级注意事项

参考文章：宏基E1-471Gbiosv1
wdhuag-2·2020-08-22 10:41

ggtree美颜进化树-宏基因组扩增子

上周四转载了微生态的《一文读懂进化树》，五天阅读人数已经2500+，而且有还多人留言求美化教程，今天将发放福利第一弹，Y叔创建的R包——ggtree，进化树美化神器。软件原文GYu,DKSmith,HZhu,YGuan,TTYLam.ggtree:anRpackageforvisualizationandannotationofphylogenetictreeswiththeircovariate
刘永鑫Adam·2020-08-21 23:14

著名书法家陈文喜作品欣赏--华美自然、技压群雄、

全国第十一届“庐山杯”暨“盛世宏基杯”书画大赛中获金奖，书法作品入编《日出
百科编辑官方网站建设·2020-08-20 13:53

5G的发展与挑战

：虚拟现实AR：增强现实MR：混合现实智慧城市任何人，任何时间，任何地点，获取所需的服务超密集组网5G需要满足热点高容量场景（高流量密度，高速率）超密集组网：大量增加小基站，以空间换性能基站一般包括：宏基站和小基站宏基站
boyuser·2020-08-19 17:03

新冠状肺炎疫情背后的元凶，终于现身了

据了解，攻关团队通过分析1000多份宏基因组样品，锁定穿山甲为新型冠状病毒的潜在中间宿主，然后通过分子生物学检测，揭示穿山甲中β冠状病毒的阳性率为70%。
悟道修行·2020-08-19 15:26

你想要的宏基因组-微生物组知识全在这(180901)

征稿、转载、合作文章分类导航目录精选文章推荐培训、会议、招聘广告科研经验软件和数据库扩增子分析宏基因组分析R统计绘图实验设计与技术基础知识必读综述高分文章套路解读科普视频-寓教于乐写在后面旧文删除友军文章汇总推荐欢迎点击上方蓝色
刘永鑫Adam·2020-08-18 12:31

扩增子统计绘图1箱线图：Alpha多样性

本网对Markdown排版支持较差，对格式不满意的用户请跳转至或“宏基因组”公众号阅读；写在前面优秀的作品都有三部分曲，如骇客帝国、教父、指环王等。
刘永鑫Adam·2020-08-18 12:31

宏基因组/微生物组杂志简介及2020最新影响因子

2020年6月29日，2019年度的影响因子发布了，各种影响因子汇总的文章瞬间刷爆了朋友圈。作为本领域的专业公众号，每年都会借此机会系统介绍一下本领域的杂志，为同行文献阅读、文章投稿的杂志选择、以及毕业升职加薪助力。祝大家2020都能实现自己的一个小目标，集齐CNS或子刊！后台回复影响因子，获得2020最新完整版影响因子总表，同时还整理了微生物领域、生物技术与应用微生物领域、环境科学、以及精选本领
刘永鑫Adam·2020-08-16 16:50

Windows xp正版验证序列号大全

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xx_liuhui·2020-08-16 04:34

5G

虚拟现实AR：增强现实MR：混合现实车联网远程医疗智慧城市智慧城市·任何人·任何时间·任何地点·获取所需服务5G关键技术超密集组网5G需要满足高容量场景超密集组网，大量增加小基站，以空间换性能基站一般包括：宏基站与小基站小基站
empty_csx·2020-08-14 00:03

图形化生物软件专题（4）：MEGAN

编者荐语：MEGAN是一款非常优秀的物种分类工具，配合DIAMOND比对，可以完成完整的物种分类鉴定工作，并可以完成很多可视化的工作，本来想系统介绍一下，发现宏基因组公众号已经有非常好的教程，这里引用过来分享给大家
基因学苑·2020-08-13 23:19

WOW宏基础知识

在WoW2.0中，宏和插件将会有翻天覆地的改变。最近，Slouken（BlizzardUI开发者）宣布了一个令人激动的宏的新特性，一系列条件选项将可以被应用于以下斜杠命令：/cast，/use，/target，/focus，/assist，/stopmacro，/cancelaura，/userandom，/castrandom，以及/castsequence。这个帖子的目的就在于讲解如何应用它们
c30gcrk·2020-08-13 13:23

学习全基因组测序数据分析2：FASTA和FASTQ

虽然本平台只关注宏基因组领域，但此系列文章知识体系完善、干货满满，是值得每位专门从事二代测序数据分析人员必读材料。欢迎大家关注公众号解螺旋的矿工。
刘永鑫Adam·2020-08-11 14:45

Linux下从NCBI批量下载SRA数据的sra和aspera方法

[email protected]#从NCBI下载SRA数据,最近在疯狂下载宏基因组数据，试着解决一下这个问题~方法一：软件准备：使用ncbi提供的下载工具
minus_yao·2020-08-10 18:09

SAS开发经典案例解析pdf

全书共分12章，主要内容包括SAS概述与整体架构、SAS编程语法基础、数据步基础与案例、过程步基础与案例、函数基础与案例、宏基础与案例、统计分析基础与案例、SAS与关系数据库Oracle交互应用、ODS
weixin_30546933·2020-08-10 02:41

启动菜单（Boot Menu）快捷键列表

F10DELL戴尔台式机ESChp惠普台式机F12Founder方正台式机F12Hasee神舟台式机F12、F7清华同方台式机F12ThinkCentre联想台式机F12Haier海尔台式机F12acer宏基台式机
weixin_33724659·2020-08-09 00:06

各种电脑进入WINPE和BIOS大全

组装机主板品牌笔记本品牌台式机主板品牌启动按键笔记本品牌启动按键台式机品牌启动按键华硕主板F8联想笔记本F12联想台式机F12技嘉主板F12宏基笔记本F12惠普台式机F12微星主板F11华硕笔记本ESC
cddchina·2020-08-08 14:08

用RDA进行微生物环境因子分析

本文首先发布于“宏基因组”公众号原创。作者：舟行天下编辑：metagenome前言在进行微生物多样性分析时，大家一定会做α，Β多样性分析。α多样品通俗来讲就是样本内的物种多样性。
猴头菇5518·2020-08-08 01:22

宏基因组分析流程

分析步骤宏基因组IlluminaHiseqPE150/250测序fastx进行原始序列统计==平台==Seqprep和Sickle进行质控后数据统计，基于原始测序数据，使用相应软件对其进行数据质控，剪切掉数据中的低质量及含
猴头菇5518·2020-08-08 01:22

宏基因组学习笔记1

第一章宏基因组数据的生物信息分析这章的内容基本上是概论和综述，不过读读同样有收获的，毕竟大牛写的书，认知还是比我水平高很多的。
zd200572·2020-08-08 01:11

Cell：20种宏基因组学物种分类工具大比拼

文章目录宏基因组学物种分类工具评测日报摘要主要结果图1.从宏基因组样本到物种组成图2.评估分类表现的重要指标表1.分类器评估指标汇总图3.评估AUPR得分图4.评估L2距离图5.种水平分类比例图6.在ATCC
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:05

NBT：宏基因组二、三代混合组装软件OPERA-MS

文章目录宏基因组二、三代测序混合组装软件OPERA-MS热心肠日报摘要主要结果图1.OPERA-MS工作流程图图2.宏基因组数据混合组装基因组评测图3.组装虚拟肠道微生物组图4.移动元件和与人肠道微生物组中宿主物种的关联总结
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:05

NBT：牛瘤胃微生物组的参考基因组集

文章目录牛瘤胃微生物组的参考基因组集热心肠日报摘要主要结果图1.来自牛瘤胃4,941个末培养和Hungate系列基因组的进化树图2.末培养基因组与Hungate和发表数据比较图3.Illumina和nonopare宏基因组装统计数据比较图
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:05

Microbiome：微生物组名词定义

文章目录微生物组相关词汇定义作者摘要Microbiota微生物群Metataxonomics宏分类组Metagenome宏基因组Microbiome微生物组Metabolomics代谢组学Metabonomics
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:04

Briefings in Bioinformatics：微生物基因组学和功能基因组学相关软件和数据库的研究进展

文章目录微生物基因组学和功能基因组学相关软件和数据库的研究进展微生物比较基因组代谢途径致病机制次级代谢产物噬菌体操纵子/复制起点预测基因组可视化宏基因组多序列比对Reference猜你喜欢写在后面微生物基因组学和功能基因组学相关软件和数据库的研究进展原标题
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:04

再这么配培养基，你的细菌都被毒死了！

文章目录微生物培养基的前世过氧化氢的产生导致许多微生物不能生长实验设计具体实验方法三种不同环境样品分离培养实验非培养高通量测序与分离培养结果比较总结**References:**猜你喜欢写在后面本文“宏基因组
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:32

SourceTracker—微生物来源分析

目前在宏基因组平台累计过万人次，热心肠平台首发阅读7600+，科学网加精置顶阅读6500+，三大平台阅读人数超过2.5万余次。还没有仔细学习的，赶快读两遍吧！
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:31

Microbiome：宏基因组分箱流程MetaWRAP分析实战和结果解读

文章目录MetaWRAP—aflexiblepipelineforgenome-resolvedmetagenomicdataanalysis分析实战0.下载肠道宏基因组数据1.read_qc质控和去宿主
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:31

宏基因组理论教程7挖掘微生物组生物标记

之前分享的加拿大生信网出品的《宏基因组分析教程》，有1万多位朋友阅读，有近2000多小伙伴下载了课程PPT。但不知有多少小伙伴真正仔细学习过。收藏是没有用的，只有真正多学几遍才有收获。
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:31

宏基因组理论教程1宏基因组简介

之前分享的加拿大生信网出品的《宏基因组分析教程》，有1万多位朋友阅读，有近2000多小伙伴下载了课程PPT。但不知有多少小伙伴真正仔细学习过。收藏是没有用的，只有真正多学几遍才有收获。
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:31

易生信-扩增子教程02-真菌引物选择

距离上次《生信宝典》联合《宏基因组》组织的扩增子分析线下培训结束己经有三个多月了。为方便广大读者的学习，现在开始陆续分享上次培训的内部资料——理论课程课件。希望对想自学分析的朋友起到一定帮助作用。
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:31

易生信-扩增子教程01-背景介绍

距离上次《生信宝典》联合《宏基因组》组织的扩增子分析线下培训结束己经有三个多月了。为方便广大读者的学习，现在开始陆续分享上次培训的内部资料——理论课程课件。希望对想自学分析的朋友起到一定帮助作用。
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:30

用ggvegan包进行db-RDA微生物环境因子分析

本文“宏基因组”公众号原创。作者：舟行天下编辑：metagenome前言在进行微生物多样性分析时，大家一定会做α，β多样性分析。α多样品通俗来讲就是样本内的物种多样性。
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:59

微生物组助手——最易学的扩增子、宏基因组分析流程

不仅提供了多套扩增子、宏基因组的分析流程方案，同时提供了几十个软件间衔接的脚本，可大大提高使用者分析的效率。文章于2017年发表于mSystems。
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:59

多快好省的宏基因组研究技巧

近年的研究热点集中于环境和生物体相互作用的微生物群体，而大量复杂的微生物群体存在培养困难，构成复杂（包括细菌、古菌、真菌、原生生物、病毒甚至小型真核生物）。因此如何用高通量精准的了解这些群体的构成，基因功能分布以及具体的表达活性和代谢状况成为首要问题。高通量测序技术的发展，让我们可以不经过培养，一次性了解微生物群落构成甚至基因代谢组成。随着技术的进步，检测方法也逐渐丰富，对应的分析手段和软件算法也
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:59

R语言交互式可视化包CanvasXpress

2014年在中科院遗传发育所获生物信息学博士学位，2016年博士后出站留所工作，任宏基因组学实验室工程师，目前主要研究方向为宏基因组学数据分析方法、培养组学方法优化。
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:59

Alpha多样性稀释曲线rarefraction curve还不会画吗？快看此文

而扩增子、宏基因组、网络教程的测序数据为方便大家使用，直接将链接贴在正文中，半年来累计下载转存超过5000次，为大家参考格式准备数据、自学分析提
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:28

你想要的宏基因组-微生物组知识全在这(180601)

征稿、转载、合作文章分类导航目录精选文章推荐培训、会议、招聘广告科研经验软件和数据库宏基因组分析R统计绘图实验设计与技术基础知识必读综述高分文章套路解读科普视频-寓教于乐写在后面旧文删除友军文章汇总推荐扩增子学习三步曲欢迎点击上方蓝色
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:28

ggalluvial：冲击图展示组间变化、时间序列和复杂多属性alluvial diagram

感谢“宏基因组0”群友李海敏、沈伟推荐此包绘制堆叠柱状图各成分连线：突出展示组间物种丰度变化。
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:28
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