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R语言聚类分析--cluster, factoextra

R语言聚类分析–cluster,factoextra本文转载自“R语言中文社区”，己获授权，宏基因组公众号编辑对内容进行测试、修改及补充。
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:28

宏基因组实战7. bwa序列比对, samtools查看, bedtools丰度统计

前情提要如果您在学习本教程中存在困难，可能因为缺少背景知识，建议先阅读本系统前期文章宏基因组分析理论教程微生物组入门圣经+宏基因组分析实操课程1背景知识-Shell入门与本地blast实战2数据质控fastqc
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:28

宏基因组实战6. 不比对快速估计基因丰度Salmon

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刘永鑫Adam·2020-08-08 01:28

宏基因组实战5. sourmash基于Kmer比较数据集

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刘永鑫Adam·2020-08-08 01:28

扩增子分析还聚OTU就真OUT了，试试unoise3

宏基因组领域是当今热门领域，也正是方法快速发展和变革的时代。之前还把97%聚类OTU作为扩增子行业的金标准。转眼间各位大佬纷纷向OTU聚类方法拍砖，都不建议再使用。
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:27

宏基因组实战3. MEGAHIT组装拼接及quast评估

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刘永鑫Adam·2020-08-08 01:27

扩增子分析解读2提取barcode,质控及样品拆分,切除扩增引物

本网对Markdown排版支持较差，请跳转“宏基因组”公众号阅读；写在前面之前发布的《扩增子图表解读》系列，相信很多朋友都看过了(链接直达7月文章目录)。
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:27

价值4500元的微生物组培训资料

本网内容转载自“宏基因组”公众号，更佳阅读体验、更多相关文章，欢迎点我跳转至公众号。这是今年5月由中科院微生物所举办的“微生物组学专题培训班”。课程时长四天，由两位研究员主讲。
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:27

扩增子、宏基因组测序问题集锦

扩增子、宏基因组测序问题集锦原文转自诺禾致源，点我阅读原文。作者整理的非常好，值得学习。但本人又结合自己经验进行了修改，并对每个问题例举了实例和添加自己的理解(个人经验部分)。
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:27

宏基因组分析教程-Analysis of Metagenomic Data

宏基因组数据分析培训2016年6月22-24日，在温哥华举办了宏基因组数据分析专题培训，我们可以点击主页中宏基因组专题栏目的“AccessContent”访问这次培训的材料。课题内容简介本次课题一共
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:27

公益合种云杉专车3天领证

现在机会来了，宏基因组公众号发起的合种树活动，集合大家的力量，自2019年8月份成立的宏基因组合种树目前已经完成了240+颗大树的种植。而且拥有全网最强蓄水量，可以秒杀任何新树种，机会给有准备的人。
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:26

扩增子图表解读2散点图：组间整体差异分析(Beta多样性)

“宏基因组”公众号作者:刘永鑫日期：2017-6-29阅读时长：10min背景介绍(Introduction)宏基因组学宏基因组学目前的主要研究方法包括：16S/ITS/18S扩增子、宏基因组、宏转录组和代谢组
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:26

宏基因组序列物种分类之kraken 1/2和Bracken的使用

元/宏基因组测序完，想快速获得样本中物种的丰度信息？
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:25

基于16S的细菌群落功能预测工具Tax4Fun2

基于16S的细菌群落功能预测工具Tax4Fun2回想第一次接触微生物组分析时是2017年，那会儿主流的两个基于16S的细菌群落功能预测工具就是PICRUSt和Tax4Fun，均可以获得类似于宏基因组的功能丰度数据
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:25

青岛能源所提出微生物组相似度新算法DMS

鸟枪法宏基因组（shotgunmetagenomics）通过直接测定菌群总体DNA序列，
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:53

宏基因组分析软件2综述、metaSPAdes、IDBA-UD、MetaQuast、Prokka、metaProdigal

聚焦宏基因组拼接、基因注释软件，让选择不再困难。
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:53

宏基因组分析软件专题（一）| 热心肠日报

NatureBiotechnology综述带你开展宏基因组实验和分析，在众多分析软件中选择不再困难。还有三代测序和宏表观组等前沿技术。
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:22

Nature综述：2万字带你系统入门鸟枪法宏基因组实验和分析

NBT：鸟枪法宏基因组-从取样到数据分析Shotgunmetagenomics,fromsamplingtoanalysisNatureBiotechnology[IF:31.864]2017-09-12ArticlesDOI
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:22

微生物组领域近十年最重要的8个软件或算法

NatureBiotechnology本周正式发布了微生物组分析平台QIIME2，我们特别邀请该文章的共同作者、宏基因组公众号主编、中科院遗传与发育生物学研究所的刘永鑫博士，客串本期热心肠日报主编，为微生物组研究领域的专业读者带来一期精彩的专题
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:21

微生物组数据库（http://egcloud.cib.cn）正式上线

扩增子数据与宏基因组数据相比，分析虽然相对容易，但无尽的代码和命令行也增加了数据分析的难度。中国科学院成都生物研究所李香真
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:21

Springer发表第二版“宏基因组学”研究最新指导书

本文转载自"微生物生态"，已获授权宏基因组学(又称元基因组学，Metagenomics)，是环境样品中所有微生物基因组集合的研究技术和方法[1]。
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:20

PICRUSt2：OTU/ASV等16S序列随意预测宏基因组，参考数据库增大10倍

PICRUSt推出了近6年，引用2500余次。现推出PICRUSt2https://github.com/picrust/picrust2具有以下三大优势：任何OTU/ASV直接预测功能；数据库扩大10倍；一条命令完成全部分析。简介https://github.com/picrust/picrust2/wikiPICRUSt2(PhylogeneticInvestigationofCommunit
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:20

微生物相关网络构建教程：MENA, LSA, SparCC和CoNet

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刘永鑫Adam·2020-08-08 01:19

五彩进化树与热图更配-ggtree美颜进化树(宏基因组扩增子)

Y叔创建的R包——ggtree，进化树美化神器。软件原文GYu,DKSmith,HZhu,YGuan,TTYLam.ggtree:anRpackageforvisualizationandannotationofphylogenetictreeswiththeircovariatesandotherassociateddata.MethodsinEcologyandEvolution.doi:10
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:49

DAS工具: 利用去重、聚合和评分的策略从宏基因组中恢复基因组

推荐指数：★★★★★阅读时间：6分钟文本字数：2260字推荐理由：佳作推荐文章介绍了一种去重、聚合和评分策略——DAS工具，它灵活的结合了已建立的binning算法的优点。将DAS工具应用于构建的群落可以生成比任何自动化方法更精确的bins。实际上，当应用于不同复杂程度的环境和宿主相关样本时，DAS工具能够恢复更多接近完整的基因组，优于使用任何单一的binning方法，且包括以前未报道的谱系。利用
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:48

岛国电影生物科普就是强—生命大跃进

点击上方蓝色「宏基因组」关注我们！专业干货每日推送！周末了，大家就不要再学技术和读文献了，一周总得休息一天放松一下，陪陪家人。
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:48

Nature Protocols：整合宏基因组、代谢组和表型分析的的计算框架

整合高通量组学数据集鉴定潜在机制联系的计算框架Acomputationalframeworktointegratehigh-throughput‘-omics’datasetsfortheidentificationofpotentialmechanisticlinksNatureProtocols,[12.423]，Article,2018-10-31原文链接:http://dx.doi.org
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:48

微生物组学与植物病害微生物防治

点击上方蓝色「宏基因组」关注我们！1.植物微生物群落的构成在自然界中无病症的植物都与大量的细菌，真菌，病毒以及原生动物等微生物共生，大家把这些微生物统称为植物微生物组。
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:48

功能预测之Tax4Fun

其中提到了4个软件，之前已经介绍了其中非常有特点的三种，分别为：PICRUSt预测宏基因组：优点是高引流行，但缺点是数据太旧，GreenGene数据库13年5月后再无更新。
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:48

PICRUSt：16S预测宏基因组-扩增子分析锦上添花

PICRUSt就是让16S扩增子分析锦上添花的工具，可以基于OTU表预测宏基因组的功能基因组成。
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:48

Nature综述：Microbiota, metagenome, microbiome傻傻分不清

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刘永鑫Adam·2020-08-08 01:48

学习全基因组测序数据分析1：测序技术

虽然本平台只关注宏基因组领域，但此系列文章知识体系完善、干货满满，是值得每位专门从事二代测序数据分析人员必读材料。欢迎大家关注公众号解螺旋的矿工。
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:46

R语言笔记1：数据类型（向量、数组、矩阵、 列表和数据框）

宏基因组按：科研中数据分析解读占用了我们太多时间，学习R语言是生物测序领域数据(readscount表)分析及可视化的首选。
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:45

Nature Reviews：给医生的菌群分析指南(下)

1.样本选择2.样本的采集3.样本的保存与保护剂4.DNA提取5.我到底应该选择多样性测序还是宏基因组测序？
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:45

堆叠柱状图各成分连线画法：突出展示组间物种丰度变化

堆叠柱状图连线画法提出问题18年1月29日宏基因组转载了中科院生态中心邓晔组的文章《土壤细菌定量方法结合相对丰度分析揭示种群的真实变化》。
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:44

高分文章精选 | 纳米孔宏基因组测序的表现

在宏基因组测序中，纳米孔长读长可从复杂多样的宏基因组学样本中组装完整的闭环细菌基因组和质粒，提供无偏倚、免PCR扩增的基因组序列。
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:43

Nature：基于宏基因组测序构建人类肠道微生物组参考基因集

文章目录基于宏基因组测序构建人类肠道微生物组参考基因集文章影响作者简介热心肠日报摘要正文宏基因组测序肠道微生物组图1.人类肠道微生物组的覆盖度人类肠道微生物组的基因集图2.预测人体肠道微生物组中的ORF
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:11

Prokka：快速原核基因组、宏基因组基因注释

文章目录Prokka：快速原核基因组注释热心肠日报摘要1简介2描述2.1输入2.2注释表1Prokka使用的功能预测工具2.3输出表2.输出结果介绍3结果表3.比较大肠杆菌的注释结果扩展阅读猜你喜欢写在后面Prokka：快速原核基因组注释Prokka:rapidprokaryoticgenomeannotationBioinformatics,[4.531]2015-11-26MethodDOI:
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:40

metaProdigal：宏基因组序列中的基因和翻译起始位点预测

文章目录metaProdigal：宏基因组序列中的基因和翻译起始位点预测热心肠日报摘要动机Motivation结果Results可用性Availability主要结果表1.大肠杆菌K12的样本基因预测相似性图
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:40

Kraken：使用精确比对的超快速宏基因组序列分类软件

文章目录Kraken：使用精确比对的超快速宏基因组序列分类热心肠日报摘要主要结果图1.Kraken序列分类算法图2.基于三个模拟宏基因组的分类程序准确性和速度比较图3.基于三个模拟宏基因组数据对Kraken
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:40

IDBA-UD：组装非均匀覆盖度的宏基因组和单细胞数据

文章目录IDBA-UD：用于深度非常不均匀的单细胞和宏基因组测序数据的组装软件热心肠日报摘要动机Motivation结果Results可用性Availability方法图1.IDBA-UD的流程图图2.
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:40

MetaQuast：评估宏基因组拼接

文章目录MetaQuast：评估宏基因组拼接热心肠日报摘要1背景2材料和方法2.1基于参考的评估2.2从头评估2.3根据读长比对细化装配错误2.3.1SV检测2.3.2组装错误分类2.4可视化图1.基于
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:40

Nature子刊：Salmon不比对快速宏基因组基因定量

文章目录Salmon：使用双阶段推理对转录本表达进行快速且有偏差意识的量化导读摘要主要结果图1.Salmon与同类软件对比的表现扩展阅读猜你喜欢写在后面[外链图片转存失败,源站可能有防盗链机制,建议将图片保存下来直接上传(img-z99b05b8-1570846968290)(http://210.75.224.110/Note/LiuYongXin/170306NM/0.jpg)]Salmon：
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:09

metaSPAdes：新型多功能宏基因组拼接工具

文章目录metaSPAdes：新型多功能宏基因组拼接软件热心肠日报摘要结果metaSPAdes流程概述表1.所有数据集和所有组装程序的支架总长度（以兆为单位）图1.支架累计长度图表2.预测基因大于800
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:09

微生物组学研究手段概览2——宏基因组和宏转录组

原创：林二狗宇宙实验媛宏基因组宏基因组测序是将环境总DNA提取出来，随机打断成300/500bp的小片段，然后在片段两端加入通用引物进行PCR扩增测序，然后对测序数据进行质控，再将高质量序列拼接，根据数据库参考信息
宇宙实验媛·2020-08-08 00:52

微生物组学数据分析工具综述 | 16S+宏基因组＋宏病毒组＋宏转录组--转载

转载：https://mp.weixin.qq.com/s/xsL9GuLs7b3nRF8VeRtinQ建立在高通量测序基础上的微生物群落研究，当前主要有三大类：基于16S/18S/ITS等扩增子做物种分类的Metataxanomics、鸟枪法打断全基因组DNA序列的Metagenomics和基于mRNA信息的宏转录组方法Meta-transcriptomics。16S，也即是我们通常所说的微生物
weixin_33963594·2020-08-08 00:29

宏基因组测序流程（不完全版）

文章目录所做工作收获宏基因组分析流程Step1.去除宿主污染Step2.去除接头序列Step3.对序列进行进一步质控Step4.对read进行进一步拼接(contig)Step5.对contig进行orf
羊城迷鹿·2020-08-07 23:18

宏转录组学习笔记一

对宏转录组充满了好奇，有这样的比方说，宏基因组可以告诉我们这个微生物群落可能有什么样的功能（潜能），宏转录组就是告诉我们群落正在做什么，相比宏基因组的眉毛胡子一把抓，宏转录组是更针对当下的结果。
zd200572·2020-08-07 23:56

土壤微生物组——从宏基因组学到宏表型组学

尽管现在宏基因组测序能够揭示微生物的物种信息和功能基因信息，但是这包含了很多不同生理状态下的微生物DNA。而且通过宏基因组学基因的功能只能预测微生物群落的潜在能力。
刘永鑫Adam·2020-08-07 23:22

众筹编写《微生物组数据分析与可视化实战》——成为宏基因组学百科全书的创始人...

众筹编写《微生物组数据分析与可视化实战》——成为宏基因组学百科全书的创始人高通量测序的发展极大地推动了微生物组/宏基因组领域的发展。
刘永鑫Adam·2020-08-07 23:22
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