富集

使用kegg数据库的一点见解

首先我看到y叔的clusterprofiler这个包的源代码，因为这个包是普遍接受用来做富集分析的。enrichKEGG%gsu
Jorth_1·2023-03-29 04:02

使用R语言包clusterProfiler做KEGG富集分析时出现的错误及解决方法

使用enrichKEGG做通路富集分析时，一直报错：显示Nogenecanbemapped....k<-enrichKEGG(gene=gene,organism="hsa",pvalueCutoff=
HJ_Tan·2023-03-29 03:59

富集分析提取背景基因集序列

基因家族的扩张收缩分析中，基于单个物种的的扩张收缩基因家族可使用该物种的基因集作为背景基因集；但如果分析某个祖先节点的扩张收缩分析情况，背景基因集的选择很重要：CAFE分析时去除了基因数目大于200的基因家族（Orthogroup），而每个Orthogroup里均有多条序列，因此我们只提取特定基因家族里的第一条序列并且合并起来作为背景基因集进行注释。例子如下：输入文件：OG_id.txt，Orth
徐诗芬·2023-03-28 13:18

转录组DEGs聚类热图和功能富集分析

写在前面：经常做转录组分析，就是把差异基因搞个火山图和Venn图看各组差异基因的共有和特有情况。看见有个比较好的选择，能直观比较各种处理带来的影响，如下：image.png来自Natureplants的一篇文章Ref:https://github.com/YulongNiu/MPIPZ_microbe-host_homeostasishttps://www.nature.com/articles/
kkkkkkang·2023-03-27 15:54

祝永富集团兴旺发达！

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王成皓庭新风·2023-03-27 05:05

如何挖掘外显子变异频率信息

市面上一般都是通过探针杂交富集外显子，然后利用二代测序获得其序列信息，最后结合公共数据库的外显子数据，解释变
oddxix·2023-03-26 21:44

成都成华，拥有城市名片“熊猫基地”和“龙潭水乡”，值得来打卡

成都的东面就是旅游资源富集的成华区。成华区是成都市的中心城区。1990年10月，原东城区、金牛区一部分和西城区一小部分，设立成都市成华区。因地处古成都县和华阳县之域，取两县名之首字而命名。
蚕子桑叶·2023-03-26 17:24

谈一下大城市的个人发展 part_1

（或者说为什么不逃离大城市）这是困扰很多人的一个问题，不论是否在大城市，都有很多人对这个原始问题感到迷茫，大城市的优点毋庸置疑，效率高，有资源富集效应，商业和文化的中心，不论你是什么路子，在这里都能找到一席之地
灵性选手宫同学·2023-03-26 08:28

2022-09-19一张图画多个KEGG富集结果

输入文件示例；Species用于指定不同的分组脚本library(ggplot2)pathway=read.csv("kegg1.csv",header=TRUE,check.names=FALSE)head(pathway)plot<-ggplot(pathway,aes(Species,PATHWAY))+geom_point(aes(size=Gene,color=Pvalue))+scal
AsuraPrince·2023-03-26 02:25

R语言：clusterProfiler进行GO富集分析和Gene_ID转换

一、读取文件，ID转换1.读取文件library(clusterProfiler)library(org.Hs.eg.db)#读取文件，原始文件中使用空格分割的go_ythdf2<-read.table("./goList/RIPYTHDF2RNAseq.txt",sep="")go_ythdf2<-t(go_ythdf2)2.ID转换，ENTREZID是进行GO分析最好的ID类型（针对clust
superqun·2023-03-25 05:19

玖富集团将于8月15日纽交所上市，孙雷最多可套现2千万美元！

玖富集团将于8月15日纽交所上市，孙雷最多可套现2千万美元！
阿尔法证券·2023-03-25 02:42

一种化学感受蛋白帮助冈比亚按蚊抵御拟除虫菊酯

本世纪以来，拟除虫菊酯浸染后的蚊帐使得非洲地区与疟疾相关的发病率和死亡率显著降低，但在这种强烈的自然选择下，冈比亚按蚊逐渐产生适应性，sensoryappendageprotein(SAP2)在蚊子的足上富集
颤抖吧__小虫子·2023-03-25 01:36

深化省校合作 共建“12大基地”

根据方案，我省将立足山西、面向全国、放眼全球，依托高校人才资源、科技成果富集等优势，充分发挥山西在区位、资源、环境等方面的比较优势，推动省校在人才培养、
511a4584ccff·2023-03-24 10:06

GEO数据挖掘基本流程与代码

找数据，找到GSE编号2.下载数据（表达矩阵、临床信息、分组信息）3.数据探索（分组之间是否有差异，PCA、整个数据的热图）4.limma差异分析及可视化（P值、logFC，火山图、差异基因的热图）5.富集分析
嗷呜嗷呜www·2023-03-24 06:18

GO富集分析

GO富集是组学数据分析常用的手段，通常用来挖掘差异基因中GOterm的富集程度。Fisher'sexacttest是常用的统计检验方法，但这种方法存在明显的缺点。
咸鱼426·2023-03-24 03:30

NetworkAnalyst3.0：差异基因筛选，功能富集分析、基因网络构建等功能于一体的在线基因表达分析工具

大家如果对NetworkAnalyst3.0工具的概览感兴趣请查看小月亮的上一篇软文：NetworkAnalyst3.0：差异基因筛选，功能富集分析、基因网络构建等功能于一体的在线基因表达
生信小月亮·2023-03-23 13:20

神经网络架构搜索——可微分搜索（DARTS+）

DARTS+华为诺亚方舟实验室的NAS工作，针对现有DARTS框架在搜索阶段训练过程中存在skip-connection富集现象，导致最终模型出现大幅度的性能损失的问题，提出了一种可微分的神经网络架构搜索算法
AI异构·2023-03-23 11:57

沸石转轮的兴起

国外转轮的发展20世纪60年代欧美国家出现吸附富集-脱附浓缩-蓄热催化氧化处理技术，最有名的公司包括：德国的Dürr公司、美国Megtec、Enguil公司和加拿大Biothermica公司等。197
深林环境·2023-03-22 11:30

对水稻（模式物种）进行kegg富集分析

水稻蛋白的两种命名方式：LOC4334374（ncbigeneid）或LOC_Os01g01010.1（MSU(LOC_OsID)）和Os04t0485300(RAP(OsID))，可能下载的不同的版本所以需要涉及到id的转换。在水稻中有一些网页工具能完成ID的转换，如EnsemblePlants(http://plants.ensembl.org/index.html)，RAP-Db(https
多啦A梦的时光机_648d·2023-03-21 07:55

BSA专题2—缩小定位区间和后续验证怎么做？

与遗传图谱结果相结合，基于表型数据，进行QTL定位，与BSA结果相结合；☑开发SNP或者InDel分子标记，通过大群体性状与分子标记的共分离缩小候选区间；☑结合RNA-seq结果，选取具有显著差异表达的或某显著富集通路上的基因作为候选基因
felix108·2023-03-20 15:28

循环肿瘤细胞 ： Circulating Tumor Cell

CTC或许可以作为一种marker来标记特定的肿瘤：有各种各样的仪器和方法来捕获、富集和计数
周运来就是我·2023-03-20 12:38

转录因子富集分析

转录因子富集分析转录因子因子富集分析背后的原理与GO，KEGG等富集分析是一样的。这里还是使用Y叔的R包“clusterProfiler”。
Neal_Bio·2023-03-20 12:59

富集分析首字母大写

ego<-enrichGO(gene=eg$ENTREZID,OrgDb=org.Hs.eg.db,ont="BP",pAdjustMethod="BH",pvalueCutoff=1,qvalueCutoff=1,readable=TRUE)ego@result$Description<-paste0(toupper(substring(ego@result$Description,0,1)),
一路向前_莫问前程_前程似锦·2023-03-20 10:36

要聪明地工作，而不是辛苦地工作

最常见的就是:世界上80%的财富集中在20%的人手里。工作上同样适用。避免将时间花在琐碎的多数问题上，应该集中
不又年·2023-03-20 05:05

回归本质翻转财富

超过80%的财富集中在少数人的手中，只有不到20%的部分供剩下的大多数人使用。为什么少的人反而拥有更大的金钱总量？而多的人却拥有更少的金钱总量呢？
贞贞jjj·2023-03-19 13:31

转录组不求人系列(十二): Cell文章最喜欢用的差异基因GO、KEGG富集分析工具

首先最常见的就是对上下调基因的富集分析了，富集分析我们之前出过一期R语言版本的：clusterProfiler：基因功能富集分析的惊喜之作这里就不再赘述了，我们介绍一款NCS文章比较喜欢的、出现率较高的功能富集工具
KS科研分享与服务·2023-03-19 01:07

2020-11-04

螯合树脂在医疗和固废危废处理废水除汞领域的应用重金属具有富集性，很难在环境中降解，因此对生物体具有严重危害。
wephongchu·2023-03-18 19:39

投资2.0时代：大机构纷纷使用机器人打造下一代基金

✎贝莱德（Blackrock）、高盛（Goldman）和道富集团（StateStreet）都有人工智能打造的产品。
ETFmap·2023-03-18 14:38

麦芽硒维e片能经常吃吗

麦芽硒是什么呢，麦芽硒是以小麦作为硒转化的活性载体，通过发芽过程的吸收转化作用，使硒富集在麦芽所含的氨基酸、蛋白质等分子上而获得的一种富含天然有机硒的补硒制剂。
C罗纳尔多123·2023-03-17 21:49

硅肥在水产养殖上的应用：:渔歌子矿物质硅肥的改底原理

渔歌子矿物质硅肥中的硅元素可将多余的氮、硫以气体的形式释放到空气中；4.渔歌子矿物质硅肥中的硅元素可增加水生植物对钙镁的吸收；5.渔歌子矿物质硅肥元素可有效分解底泥中的有机质，降低甲烷的形成，减少有机质的富集
A007渔歌子·2023-03-17 18:00

外显子测序简介及分析流程

A：外显子组测序是指利用序列捕获或者靶向技术将全基因组外显子区域DNA富集后再进行高通量测序的基因组分析方法。
Seurat_Satija·2023-03-17 00:25

关于GSEA富集结果条目数一跑一变的迷思和恍然大悟

当只有自己发生状况时，归结给运气和自己太菜；当别人发生同样的状况时，归结给共同的客观原因，比如网速太慢、电脑太烂；当伟大的互联网告诉你有更多的人遭遇了同样的困惑，才终于投向科学，怪罪无知，无知当然是自己的无知。状况1:GSEA-GO同样的设定返回了不同的结果在做jimmy大神布置的作业：对比Gorilla,clusterProfiler,topGO三种工具作业做到GSEA法##clusterPro
美式永不加糖·2023-03-16 13:45

2020-12-17水稻、小麦GO富集分析

RNAseq常规做法是先筛选出差异表达基因，然后针对筛选出来的差异基因做GO富集分析。
bcl_hx·2023-03-16 09:01

MEME 使用简介

MEME工具套的功能全面，包括挖掘Motif（MotifDiscovery）、富集Motif（MotifEnrichment）、查询Motif（MotifScan
标准生信·2023-03-16 06:18

龙卷风富集热图

只需要bw文件和bed文件即可参考https://github.com/teunbrand/tornadoplot/blob/master/data-raw/octsox_peaks.R#Libraries---------------------------------------------------------library(GenomicRanges)library(rtracklaye
pudding815·2023-03-15 16:18

富集分析GO，KEGG，DO等

-->Cuffdiff--->Rtophat2是把reads回帖到基因组上；Cufflinks在计算基因表达量；Cuffdiff比较control和treatment找差异基因（生成一个数据框）后面的富集分析
Seurat_·2023-03-15 07:56

呵护肠道，立见奇效

1、精选低电荷的蒙脱石，经独特十八道工艺处理，从而使端面电荷更富集，阳离子交换能力更强，同时去除了方英石、二噁英、重金属等有害物质，理化指标可达到医药级标准；2、经改性处理后，具有广谱抗菌效果，对AFBI
韩颖_·2023-03-13 19:58

分级KEGG富集pathway图绘制

最近在基迪奥平台上看到了这张KEGG富集信息图，刚好手头有批现成的转录组数据，刚好绘制一下给富集图换换风格~~image.png准备输入文件平台上的输入文件是直接可以用来出图，这里前期我们需要对结果调整一下
凯凯何_Boy·2023-03-13 17:26

富集分析圈圈图

0.需求解读这是富集分析比较常见的一个图，左图右表。图的最外层是GOterm的编号，中间灰色背景层表示基因的logFC分布，可以看到每个term对应到的市上调基因还是下调基因。
刘小泽·2023-03-12 11:51

GEO数据挖掘（三）— 基因通路富集全套代码分享

本次将分享如何将提取出来的差异基因进行基因富集分析，并进行可视化展示。通过前面的教程我们已经筛选出来了差异基因，但是基因的所属分类很多，那怎么才能知道这些基因所代表的生物学意义呢，这就需要
诺禾致源科技服务·2023-03-12 07:15

富集分析，还能更简单！

6月20号讲完上一期的线上直播课后，我回家呆了9天，亲三天，爱三天，爱答不理又三天，蹭完赶紧跑。家里新来了两只小狗子，他们的爱好是把我的脚当火腿肠啃。7月1~3号公司团建，去了清远，玩了玻璃大峡谷和漂流，惊险刺激呀，第二天起床胳膊腿都废了，酸痛的~关于gdcRNAtools这个宝藏R包，前面用它完成了：1.差异分析和ceRNA网络构建2.cox和km生存分析都是简单粗暴型的！今天再来探索一下它的富
小洁忘了怎么分身·2023-03-11 20:20

【R语言】给富集分析的气泡图加个好看的配色

写在前面ggplot2是一款风靡全球的绘图R包，可惜的是，我对它的理解只能到入门的水平，本着在实战中学习的理念，我就搜索一下往后可能用得到的图，进行揣摩和优化，然后我发现了一个师兄的公众号，遂跟着这个师兄学习R绘图。公众号在文末。1.读入数据dat%filter(Corrected.P.Valuedat01#这里为了减少计算量，根据P值进行了过滤dim(dat01)dim(dat)library(
巩翔宇Ibrahimovic·2023-03-11 20:21

ReactomeGSA：高效的单细胞通路分析工具

前情提要：SPATA：基因集驱动的空间转录组分析框架enrichplot||基因富集结果可视化解决方案单细胞数据挖掘||PathwayandNetworkAnalysisofGeneListPathwayanalyses
周运来就是我·2023-03-11 09:51

余留之夏

都市里，最富集的声响不是蝉鸣，——是可乐杯撞击冰块。燥热装进空西瓜，肌肤炙烤着皮沙发。带着四层游泳圈网上冲浪，在微博上买房。阳炎的口气被关在窗外，柏油路上正在炒菜。
梁少闲·2023-03-10 13:33

一文掌握GSEA富集分析-最详细教程

生信宝典之前总结了一篇关于GSEA富集分析的推文——《GSEA富集分析-界面操作》，介绍了GSEA的定义、GSEA原理、GSEA分析、Leading-edge分析等，不太了解的朋友可以点击阅读先理解下概念
生信宝典·2023-03-10 04:23

15.KEGG富集分析R语言代码及5种图的绘制

一、举例回顾本节所使用GSE1009数据集，已经用limma包进行差异分析，现对DEGs做GO富集分析。
NiKasu·2023-03-09 22:43

BSA专题2—缩小定位区间和后续验证怎么做？

与遗传图谱结果相结合，基于表型数据，进行QTL定位，与BSA结果相结合；☑开发SNP或者InDel分子标记，通过大群体性状与分子标记的共分离缩小候选区间；☑结合RNA-seq结果，选取具有显著差异表达的或某显著富集通路上的基因作为候选基因
felix108·2023-03-08 23:47

文献学习019--[sc]人类胎儿心脏细胞图谱及其在自身免疫性心脏传导阻滞中的意义

此外还鉴别出CHB心脏基质细胞存在matrisome转录本的富集，这种现象可能参与了细胞外基质沉积和心
Hayley笔记·2023-03-08 21:37

8.补体级联系统在腹主动脉瘤中的作用

smallAAA:20bigAAA:29AOD:9control:10分析方法:DEG:GeneSpringGXversion11.5.1(≥2.0-fold,adjustedP<0.05)KEGG:通路富集
D2聚体·2023-02-19 01:45

14.GO富集分析R语言代码及5种图的绘制

一、举例回顾本节使用GSE1009数据集，已经用limma包对数据集中的样本进行差异分析，现对差异基因(DEGs)做GO富集分析。
NiKasu·2023-02-18 15:42
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