文献阅读GNN 第16页

深度学习：生成对抗网络-论文阅读(GAN，CGAN，DCGAN和pix2pix的总结)

PapersReadingForGAN文献阅读，主要涉及生成对抗网络(GAN)。从本质上来说，生成对抗网络（GAN）是一种特殊的损失函数。

Ten_yn·2023-04-06 11:44

文献阅读-三个Myb类的转录因子参与花粉管接收的过程

本次阅读的文献，13年发表在《currentbiology》上的《ThreeMYBTranscriptionFactorsControlPollenTubeDifferentiationRequiredforSpermRelease》的文章，通讯作者是美国布朗大学的MarkA.Johnson教授，本文发现了三个作用于雄方的MYB类转录因子参与调控花粉管的接收过程，这篇文章值得一提的是，用到了很多荧

每天都想睡觉的阿源·2023-04-06 00:08

文献阅读-花粉特异的PCP-B小肽竞争结合柱头受体促进花粉萌发

大家好，本次阅读的文章是今日发表在《science》上《PollenPCP-Bpeptidesunlockastigma1peptide–receptorkinasegatedmechanismforpollination》的一文，通讯作者是华东师范大学的李超。双受精的起始依赖于花粉与柱头的相互作用，但是目前这一机制尚未得到解决。首先，作者发现在成熟且未受精的柱头上会存在ROS积累，且在花粉与柱头

每天都想睡觉的阿源·2023-04-05 22:21

Graph Embedding 和 Graph Neural Network

本文为转载，原文链接:https://leovan.me/cn/2020/04/graph-embedding-and-gnn/目录图嵌入RandomWalkMatrixFractorizationMetaPathsDeepLearningOthers

Jarkata·2023-04-05 15:37

文献阅读-结直肠癌的尿样代谢图谱

DistinctUrinaryMetabolicProfileofHumanColorectalCancerJournalofproteomeIF=3.95摘要：寻找代谢诊断标志物对结直肠癌（CRC）的诊断和治疗意义重大。作者收集了不同CRC分期样本（健康103例，CRC101例），并用GC-MS进行分析。最终发现很多代谢通路都发生了改变，如TCAcycle,ureacycle,pyrimidin

PriscillaBai·2023-04-05 12:32

文献阅读-Deep multi-view learning methods: A review

文献阅读-Deepmulti-viewlearningmethods:Areview概述1-介绍2深度学习范围内的多视图学习方法2.1多视图卷积神经网络2.2.多视图自动编码器2.3.多视图生成对抗网络

Alexa2077·2023-04-05 01:41

PRO-seq文献阅读

Base-pair-resolutiongenome-widemappingofactiveRNApolymerasesusingprecisionnuclearrun-on(PRO-seq)发表时间：online21July2016杂志：natureprotocols这篇笔记我翻译了一部分，并没有全文翻译，因为文献里有一部分是非常详细的实验步骤。有需要的同学可以自行下载参考实验步骤，本篇笔记旨在

生信start_site·2023-04-04 19:22

《基于区块链技术的虚假新闻检测方法》文献阅读笔记+总结

《基于区块链技术的虚假新闻检测方法》文献阅读笔记+总结关键词：区块链、智能合约、虚假新闻、新闻网站、博弈论来源题目时间作者中国学术期刊网络版《基于区块链技术的虚假新闻检测方法》2021-12-28龚胜佳文章层次脉络

CodeLinghu·2023-04-04 15:41

车联网CAN-IDS—文献阅读笔记：VoltageIDS

原文题目《VoltageIDS:Low-LevelCommunicationCharacteristicsforAutomotiveIntrusionDetectionSystem》车载电脑功能的不断扩展本意是为了提高司机的安全性和舒适性，然而这也造成了其被攻击的可能性的增加，而如今应对这些攻击的方法都存在一定的缺陷，并且这些方法大多数都需要对CAN协议进行更改才能发挥作用。本文聚焦在保护车内网，

丹牛Daniel·2023-04-04 14:05

文献阅读：基于电压规避的汽车CAN入侵检测（一）

论文名称：EvadingVoltage-BasedIntrusionDetectiononAutomotiveCAN目录文章概述背景本文工作提出新型攻击DUET提出防御系统RAID第一部分：INTRODUCTION（介绍）电压破坏和DUETRAID文章贡献文章概述背景CAN网络现在广泛应用于现代汽车中来实现不同电子控制单元ECU的通信。但CAN目前容易受到ECU的伪装攻击，也就是被攻击的ECU（攻

丹牛Daniel·2023-04-04 14:05

文献阅读：基于电压规避的汽车CAN入侵检测（二）

论文名称：EvadingVoltage-BasedIntrusionDetectiononAutomotiveCAN目录论文背景和要点CAN协议总线通信CAN消息框架总线仲裁错误处理汽车的CAN总线上脆弱的ECU基于电压的入侵检测系统论文背景和要点CAN协议对于车内网CAN协议来说，车内的软件程序只能改变消息报文的ID和数据内容及有效负载。大多数的CAN功能都是硬件中处理的，包括帧的框架、仲裁和错

丹牛Daniel·2023-04-04 14:49

文献阅读 The Cancer Genome Atlas Pan-Cancer analysis project

今天阅读了一篇较早的TCGA项目组在2013年发表于Nature的评论文章，题目为TheCancerGenomeAtlasPan-Canceranalysisproject。虽然文章有一点老，但出于对TCGA的了解与理解，还是很有学习意义。TCGA已经描绘并分析了大量的人类癌症多组学数据，因此可以整合相应数据，挖掘跨癌症类型的分子特征，并为临床治疗提供帮助。文章分6点进行叙述：1.Molecula

林枫bioinfo·2023-04-04 14:31

日思录-设计科研者如何破局2-2019.12.28

具体体现在，针对一个特定问题，首先能迅速通过大量文献阅读和调研了解行业现状；并对未来趋势判断的能力。其次是跨界整合能力，迅速学习新知识掌握新技能以克服解决问题过程中的困难。

00Taylor·2023-04-04 01:54

GNN图神经网络算法入门（一）

概要Q1、为什么是图？A：Graphsareagenerallanguagefordescribingandanalyzingentitieswithrelations/interactionsQ2、为什么图建模很难？Q3、图表示学习最终目的？Q4、目前已发展出哪些模型？Q5、任务类型?Q6、推荐系统中的如何应用？Q7、图的表示方法？Ref：[1].CS224W:MachineLearningwi

winner8881·2023-04-03 17:04

图神经网络GNN介绍

目录标题图神经网络基础图基本模块定义图的邻接矩阵点特征的更新（重构）多层GNN图卷积GCN模型GCN基本思想网络层数：基本计算图注意力机制graphattentionnetworkT-GCN序列图神经网络图相似度图神经网络基础图基本模块定义三个特征

海星？海欣！·2023-04-03 17:46

R绘制小提琴图

大家可能在平时的文献阅读很少会看到小提琴图，因为现在小提琴图还不是很普遍，但是在一些高分论文我们会看到漂亮的小提琴图，如：这篇文章2016年发表在Naturemedicine（IF=30.64）上，文章链接

R语言与SPSS学习笔记·2023-04-03 04:16

unsupported GNU version! gcc versions later than 10 are not supported! 的解决方法

今天尝试使用别人一个项目（GitHub-YuWVandy/G2GNN），其中用到了torch-scatter，好像我之前没用过，新建了一个conda环境，然后依次安装，但是装torch-scatter报错

蛐蛐蛐·2023-04-02 18:55

文献阅读-FER调控单花粉管受精的机制

今天阅读的文献是一片今年发表较早的《Nature》，《FERONIAcontrolspectin-andnitricoxidemediatedmale–femaleinteraction》，通讯作者是美国马萨诸塞州立大学阿默斯特分校教授AliceY.Cheung。在先前的研究过程中已经发现FER能够与LRE以及ANJ和HERK1组成复合体来调控花粉管的接收过程。在fer的突变体当中，约有80%的花

每天都想睡觉的阿源·2023-04-01 22:28

pytorch查看网络模型变量以及对应的尺寸

记录一下：在自己定义的模型下面加入这一行就可以查看了：forname,paraminmodel.named_parameters():print(name,'',param.size())运行结果如下所示：gnn.k_weighttorch.Size

starlet_kiss·2023-04-01 08:02

5月week2 文献阅读： Combined Single-Cell Profiling of lncRNAs and Functional Screening Reveals that H19...

5月week2文献阅读：CombinedSingle-CellProfilingoflncRNAsandFunctionalScreeningRevealsthatH19IsPivotalforEmbryonicHematopoieticStemCellDevelopment

米妮爱分享·2023-04-01 06:56

论文阅读笔记《Few-Shot Learning with Graph Neural Networks》

:ICLR时间：2018.12论文地址：https://arxiv.org/pdf/1711.04043.pdf论文代码：https://github.com/vgsatorras/few-shot-gnn

王白一·2023-04-01 02:03

FEW-SHOT LEARNING WITH GRAPH NEURAL NETWORKS翻译

基于GNN的小样本学习简介：我们提出利用基于推理的图模型来研究小样本学习问题，输入图像有标签或者隐藏标签。通过使用消息传播算法，我们定义了一种图神经网络来概述最近提出的几种小样本学习的模型。

L793404933·2023-04-01 01:20

手拆sanger测序套峰结果

为了调剂一下文献阅读的凝重感，今天咱们更点短小精悍的。在我们之前的推文中提到过，桑格测序是CRISPR-Cas9基因编辑结果的金标准。

冻春卷·2023-03-31 14:46

APPNP

Paper:PredictthenPropagate:GraphNeuralNetworksmeetPersonalizedPageRankCode:official摘要随着GNN网络层数的提高，存在过平滑和参数量过大难以训练的问题

slothfulxtx·2023-03-31 06:31

Graph Isomorphism Network

Paper:GRAPHISOMORPHISMNETWORKCode:摘要作者使用Weisfeiler-Lehman(WL)test和同构图判定问题来评估GNN网络的表达能力，并提出了GIN网络结构，理论分析

slothfulxtx·2023-03-31 06:01

图神经网络：GAT在GraphSAGE下的实现（基于tensorflow 1.x）

标签：图神经网络，GAT，注意力机制，tensorflowGraphSAGE+GNN换成GAT的本质分析在GraphSAGE+GNN的实现中，对邻居节点采用某种方式聚合计算（例如求向量均值），再和中心节点拼接的方式

xiaogp·2023-03-30 23:55

Reading Note(8) ——GNN for DSE Optimization

这篇博客是一篇论文阅读札记，这篇论文的主题是使用GNN来优化加速器设计中的设计空间探索耗时过长的问题。

Zheyuan Zou·2023-03-30 12:22

文献阅读（1）：fpgaConvNet

目录一、简介1.题目：2.时间：3.来源：4.摘要：5.论文主要贡献：二、相关名词三、相关背景知识1.FPGA2.卷积神经网络3.同步数据流（SDF）4.设计空间探索（DSE）四、处理流程概述1.用一组参数元组表示卷积模型，如卷积层表示方法：2.用R表示目标fpga的资源预算：3.使用SDFG表示ConvNets4.fpgaConvNets架构空间设计中的四种类型转换（1）graphpartiti

要努力学习鸭·2023-03-30 12:21

对抗网络图：保护信息免受攻击

解决问题：邻域聚合范式为试图提取敏感属性的节点级信息的攻击者暴露了额外漏洞恶意攻击者在推断时，偷取敏感信息传统GNN任务训练推断-->节点攻击或邻接点攻击图对抗神经网络节点防御或邻接点防御推断-->防御对抗攻击如图所示

路过的飞碟·2023-03-30 04:57

算法文献阅读3：WGDI（BioRxiv版）

龙star180·2023-03-30 02:26

文献阅读2.1.1 基因组结构预测微生物群落中的代谢物动力学（中文翻译版）

基因组结构预测微生物群落中的代谢物动力学#这篇Cell文献，笔者个人觉得很抽象，本质是笔者比较菜，很多细节理解不了。只能勉强翻译凑合着看了。简言野生细菌群落中特定基因的存在与否足以预测群落水平的代谢物动力学，而不需要对途径调节或复杂的生态过程有详细了解。亮点1.微生物群落中的代谢物通量可从个体基因型中预测2.对79种不同的细菌分离株进行了测序和表型分析3.基因存在和缺失通过回归预测分离株的代谢表型

龙star180·2023-03-29 19:40

GraphCL：基于数据增强的图对比学习

而对于GNN而言，很少有关于（自监督）预训练相关技术的研究。究其原因可能是图数据集通常规模较小，而且GNN模型通常在结构上

酷酷的群·2023-03-29 08:54

【文献阅读】“ChatGPT: Jack of all trades, master of none”

【文献阅读】“ChatGPT:Jackofalltrades,masterofnone”摘要背景问题任务介绍研究方法ChatGPT对话示例衡量指标量化分析ChatGPT“博而不精”任务难易程度与ChatGPT

ZedKingCarry·2023-03-29 08:29

文献阅读笔记2.句子

关于精准医疗Italsohighlightstheneedforpersonalizedprofilingforeachpatient,bothtoincreasediagnosticaccuracyandtoexploitthepotentialforpotentiallymoreeffectiveandlessharmfulprecisiontherapies.AlthoughDNAseque

arookiea·2023-03-29 04:32

Node Classification with Graph Neural Networks(使用GNN进行节点分类）

构建一个Baseline神经网络模型为baseline模型准备数据训练baselineclassifier检查baseline模型预测构建图神经网络模型为图模型准备数据图卷积层的实现图神经网络节点分类训练GNN

AcceptGo·2023-03-29 04:04

关于transformer综述--源自A Survey of Transformers

transformer的结构来自attentionisallyourneed，在NLP、CV、GNN领域都大杀四方。0.0self-attention注意力机制如下左图所示，我们的输入

小姜贼菜·2023-03-28 07:47

【文献阅读2】Evaluating the Safety,Tolerability,and Pharmacokinetics of **** in Healthy Subjects 翻译稿

临床研究报告一期、随机、双盲、安慰剂对照多剂量治疗评估***在健康受试者中安全性、耐受性、药代动力学的研究DCR学习代码：13172赞助商研究代码：***-1H-01（SNO-2）IND号：119145***：临床1期研究研究适应症：安全性，耐受性，药代动力学研究期间：2014年2月16日（筛选出第一个主题）–2014年11月11日（最新随访）赞助商NivalisTherapeutics，Inc.

简浅zx·2023-03-27 12:29

论文笔记之GPT-GNN: Generative Pre-Training of Graph Neural Networks

GPT-GNN:GenerativePre-TrainingofGraphNeuralNetworks文中指出训练GNN需要大量和任务对应的标注数据，这在很多时候是难以获取的。

小弦弦喵喵喵·2023-03-26 19:38

Self-supervised Graph Neural Networks for Multi-behavior Recommendation-IJCAI 2022 读书笔记

RebeccaCute·2023-03-26 07:07

有关人体平衡性的2014年后国内文献阅读

疲于写代码，以及夏乏无心做事，看了一部分国内的有关人体平衡性的文献，在此综述。测量同一个人站立和原地低头转五圈的站立。基于多尺度熵的人体静平衡状态分析（2015）通过改变海绵垫厚度，在适当范围内人体的平衡能力下降。【Ref-1】（在没病人被试的时候的对照实验？）脑中卒的静态平衡睁眼>闭眼。（为啥来我这测的都是闭眼>睁眼）使用三轴加速度传感器进行测量，睁/闭眼+有/无震动刺激，共四项为一组，每组30

Betrayer丶·2023-03-25 10:30

专业实践2

1.3调查内容简述及调查方法1.3.1调查内容简述（简述本文的结构框架）1.3.2调查方法：文献阅读法，问卷调查法，比较分析法2调查内容及分析2.1网上办税的概念2.2我国网上办税便利性分析2.2.1网上办税相关途径的介绍

Uppercut·2023-03-25 10:51

科研要看到进度，读书要透过表面

图片发自App今天组会才明白其实自己在过去的10天之内什么事情都没有做，除了入学、买东西、看车、关注工资、在考虑要不要留下来，剩下的真正需要做的文献阅读都没什么实质进展，这是反而是最阻碍自己实现理想的状态

阿呆Wayne·2023-03-25 09:40

29周岁第十天

只是后来发现，英语文献阅读能力真的是太差，还有时间，一定要加油！

cindyming77·2023-03-25 06:37

答辩后的反思

2.在准备过程中，我发现存在如下不足:a.阅读包括文献阅读不够;b.exvel,pptpdf要练习;c

lucia_3445·2023-03-24 17:58

文献阅读-FERONIA受体激酶通过调控ROS来调控自交不亲和

大家好，本次阅读的文献是近期发表在《currentbiology》上的《FERONIAreceptorkinase-regulatedreactiveoxygenspeciesmediateself-incompatibilityinBrassicarapa》的一文，通讯作者是山东农业大学园艺学院的段巧红教授，近期来该课题组在FER受体激酶在生殖过程中的功能研究取得的一系列卓有成效的结果。大多数芸

每天都想睡觉的阿源·2023-03-24 17:47

【Mo 人工智能技术博客】现在最流行的图神经网络库 pytorch geometric 上手教学

简介GraphNeuralNetworks简称GNN，称为图神经网络。

MoModel·2023-03-24 02:43

文献阅读：来自培养的人类肠道细菌的1,520个参考基因组能够进行功能性微生物组分析

期刊：naturebiotechnology(68.164/Q1)1,520referencegenomesfromcultivatedhumangutbacteriaenablefunctionalmicrobiomeanalyses来自培养的人类肠道细菌的1,520个参考基因组能够进行功能性微生物组分析AbstractReferencegenomesareessentialformetagen

龙star180·2023-03-23 15:45

微习惯复盘与感恩日记2022-10-09

1、科研：数据拷贝到台式机，完成；政策查找一个，完成；一篇文献阅读三分之一，完成。昨天定下的微挑战都完成了。当然期间出现了许多不理想的状态。首先，我的白天没有效率。

小木山庄的溜溜·2023-03-23 11:28

论文笔记 --《CoLAKE: Contextualized Language and Knowledge Embedding》

标签：Jd_Paperweekly时间：2020.11.05来源：COLING2020关键词：预训练模型，knowledge-EnhancedNLP,KnowledgeEmbedding，GNN1.背景及问题描述之前的一些

ColdCoder·2023-03-23 10:09

文献阅读——肿瘤干细胞与转移

2020—Metabolicprogrammingofdistinctcancerstemcellspromotesmetastasisofpancreaticductaladenocarcinoma这个文章乍看是我的菜，而且做的这么多为啥才发oncogene。仔细看看就知道他只是做了一些相关性，并没有去找到一些新东西。翻译的部分只包括了摘要和前言，其实这部分搞清楚看后面的结果就很轻松。文章图7摘

谢京合·2023-03-23 08:22

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