测序质控第17页

单细胞ChIP-seq技术（CoBATCH）

我们开发CoBATCH，组合条形码和目标染色质剪切，用于捕获单细胞全基因组的蛋白结合区域.融合到Tn5转座酶的ProteinA通过特异性抗体富集到基因组区域，Tn5产生片段加上index，准备进行文库制备和测序

caokai001·2023-10-09 23:37

ATAC-seq专题---生信分析流程

ATAC-seq信息分析流程主要分为以下几个部分：数据质控、序列比对、峰检测、motif分析、峰注释、富集分析，下面将对各部分内容进行展开讲解。

诺禾致源·2023-10-09 21:06

【转录组学】如何进行一步到位的fastq到差异分析，kallisto拯救你(一)

传统转录组的分析想必大家已经非常熟悉，无非是质控->比对->组装->定量->差异分析->差异表达基因功能富集分析这个套路。

xizzy·2023-10-09 05:02

工作感悟：

1、最近参加了未病项目的会议和三代测序的会议，给人的感觉就是其实那些合作也并不是一拍即合，一方觉得这个课题（项目）有价值，有斗志，另一方可能觉得这个课题（项目）并没有多大价值。

lym20191231·2023-10-09 05:36

ATACseq--染色质开放性测序

ATAC-seq：利用转座酶研究染色质可进入性的高通量测序技术染色体/质结构：细胞核DNA与组蛋白相结合，DNA缠绕在组蛋白上形成串珠式结构，因此染色质结构高度折叠（压缩）。

HOLLYxiao·2023-10-09 02:26

pacbio 三代全长转录组数据分析流程

blog.csdn.net/weixin_34384681/article/details/85937505Iso-seq,全称叫做Isoform-sequencing,是Pacbio公司对自己开发的转录本测序技术的规范化命名

生信小院·2023-10-08 19:03

跟着Nature学作图：R语言ggplot2画带有置信区间的折线图展示核心基因和非必需基因的数量

Achickpeageneticvariationmapbasedonthesequencingof3,366genomesimage.png本地存储s41586-021-04066-1.pdf鹰嘴豆基因组重测序论文

小明的数据分析笔记本·2023-10-08 19:33

【数据库-7】ExAC数据库

：http://exac.broadinstitute.orgExAC数据库的全称是（theExomeAggregationConsortium，外显子组整合数据库）,该数据库旨在汇总和协调各种大规模测序项目的外显子组测序数据

oddxix·2023-10-08 16:11

RNA m6A甲基化检测方法

meRIP-seq高通量测序技术的出现，能够高效精确检测全转录组不同的

生信交流平台·2023-10-08 13:48

植物基因组测序二十年:成就与挑战

采用新型支架策略的长读测序进一步彻底改变了基因组测序，使得随着基因组复杂性和大小的增加，可以获得更多的植物物种染色体规模的装配。

Bioture·2023-10-08 11:01

HIC测序数据生信分析——第三节，HIC数据挂载

HIC测序数据生信分析——第三节，HIC数据挂载将预处理后的HIC数据挂载到人工染色体上方法一：ALLHiC软件——接前面《HIC测序数据生信分析——第二节，预处理HIC数据》这一篇里面的方法一：Hicup

彼岸花128·2023-10-08 08:00

HIC测序数据生信分析——第四节，软件Juicerbox中进行手工修正，再使用3D-DNA软件拿到最终结果

HIC测序数据生信分析——第四节，软件Juicerbox中进行手工修正，再使用3D-DNA软件拿到最终结果这一篇文章，仅针对使用3D-DNA挂载HIC的结果分析安装juicebox再次使用3D-DNA这一篇文章

彼岸花128·2023-10-08 08:00

遗传图谱的绘制

物理图（PhysicalMap）：通过DNA克隆，细胞原位杂交或DNA测序等方法将DNA克隆或DNA分子标记锚定在染色体的确定空间上而绘制的连锁图。物理图是一种实物图，有确定的物理距离，如碱基对数目。

wo_monic·2023-10-08 07:15

生信小组DAY7-JANE

今天主要是测序入门只有思维导图了，之后可以看一看视频，学一些详细内容思维导图今天生信小组一周完结，谢谢花花谢谢豆豆~~~祝你们团队越来越好~

Jane_30e5·2023-10-08 07:07

定量PCR Taqman探针设计与体系优化

第一步：在第一步目的基因查找比对过程中可以利用NCBIgenbank序列以及DNAstar等软件完成目的DNA或者RNA的查找与比对——这在分析测序报告的时候相信很多人操作过，这一步需要注意的就是要保证所分析的序列在一个

weixinsuoxian·2023-10-08 01:39

4D蛋白组联合单细胞测序构建伤口再生分子图谱

皮肤损伤通常会产生纤维化、非功能性疤痕，疤痕处毛发或腺体的缺失会导致体温或屏障功能障碍[1]。然而目前我们对纤维化和再生机制了解有限，因此急需阐明损伤到纤维化再到再生过程的分子机制从而找到有效的治疗方法。先前的研究表明，使用YAP抑制剂可阻断机械转导，防止成纤维细胞纤维化（EPF）从而促进再生，使真皮层的毛囊及腺体能够恢复正常并使得细胞外基质（ECM）与正常细胞一致[2]。近日，美国斯坦福大学医学

景杰生物·2023-10-07 16:19

西安封城，疫情近在咫尺，副业才是最强刚需！

据悉，陕西疾控共对36例本土病例本进行全基因组测序，全部为德尔塔变异株，均与12月4日巴基斯坦入境航班PK854（伊斯兰堡——西安）旅客中发现的境外输入病例高度同源。

柚子_d0d2·2023-10-06 20:10

学习小组Day7笔记-------猫爪草

测序基础测序--核酸DNA分子一级结构的测定。迄今为止发展了三代。

TeeM0猫爪草·2023-10-06 20:16

2019-01-02

慢病毒包装：将靶向Arid2，Brd7和Pbrm1的gRNA序列克隆到PLKO3G-GFP载体中并通过测序确认，将gRNA构建体与pCMV-dR8.91和pCMV-VSV-G（Addgene＃8454）

Mingyan_C·2023-10-06 14:37

10x单细胞数据分析之表达定量

1.单细胞测序数据格式通常使用illumina的NovaSeq/Xten对10x单细胞平台构建的文库进行测序。

felix108·2023-10-06 10:46

《指数型组织》学习笔记

通过这本书，学到了什么线性思维，就是做乘法，例如基因测序，花了七年时间破解了1%的基因，破解100%基因要700年，什么是指数型思维，还例如基因测序，花了七年时间破解了1%的基因，但后续的增长趋势是2%

xiaokun4023·2023-10-06 08:16

2022-02-01新年愿景

同步地，近期将测序文章修改完毕再投出去，做一个保底的准备。年后将近期做的另外两个miRNA功能梳理完毕，做阶段性总结。8月份左右完成博士论文，并在之后如期完成博士预答辩，于12月份毕业。

谢俊飞·2023-10-06 08:13

遇到了一次colorspace的测序数据

我通常处理的都是RNA-seq数据，也全是来自illumina测序平台（自认为擅长RNA测序数据的个性化分析），但是最近学习ChIP-seq的时候，碰巧下载了一组SOLiDcolorspaceformat

果蝇饲养员的生信笔记·2023-10-06 02:57

1.3质控结果解读

reads长度符合仪器标准，GC含量符合理论2.某一位置上所有读段的测序质量评分结果2绿（合格）、黄（警戒）、红（不合格）3.每次荧光扫描的质量结果3蓝色表示测序质量很高，暖色表示测序质

cakarote·2023-10-05 21:56

如果你做乳腺癌研究，请查收这波多组学数据+分析工具

测序技术的发展及数据挖掘工具的开发，让肿瘤诊疗研究从临床解剖病理特征模式到分子分型模式，再到精准个体化模式演变。以“红颜杀手”乳腺癌为例，最近的研究或多或少都会涉及多组学及其数据挖掘。

尐尐呅·2023-10-05 16:26

【无标题】

3.2用于下游分析的通用工具包3.3空间特征识别3.4去卷积3.5插补和映射到单个细胞3.6细胞间相互作用推断前言一、空间转录组分类空间转录组技术主要分为两类：一类是基于杂交和成像的方法，另一类是基于测序的方法

老铁加油666·2023-10-05 01:44

2021年12月13日，天津发布我国首次检出奥密克戎变异株病例，我国疫情防控面临严峻挑战。

12月13日，天津市疫情防控指挥部发布，12月9日对从境外输入新冠病毒无症状感染者，呼吸道标本进行新冠病毒全基因组测序和序列分析。

知足常乐_34ef·2023-10-04 21:05

每日精进 180805 0147

现在人类正在测序所有生物基因，以后人类的所有思想行为是否可以用数字进行表达？那我就可以完全用数字表达一个生物啦。2.生活的主要目的是不断的追求幸福感。3.亲切自如的环

老陈看世界·2023-10-04 20:47

2021-08-08 基于mRNA display技术的蛋白质-蛋白质互作鉴定

传统针对蛋白质-蛋白质的互作鉴定多依赖于蛋白质质谱的鉴定，而PROPER-seq将蛋白质-蛋白质互作的的鉴定转换为RNA-RNA的嵌合鉴定，通过高通量测序可以实现大规模的蛋白质-蛋白质互作鉴定。

NAome·2023-10-04 17:53

Nature Genetics发布最大规模生菜全基因组重测序研究

深圳华大生命科学研究院、深圳国家基因库在四年前启动了生菜重测序计划，与荷兰遗传资源中心合作，对该中心保有的2500多份生菜及野生育种材料展开种质数字化。

尐尐呅·2023-10-04 02:22

全外显子组测序——壹.简介

外显子组测序（WholeExomeSequencing,WES）是利用探针杂交富集外显子区域的DNA序列，然后通过高通量测序，主要识别和研究与疾病、种群进化相关的的编码区及调控区域（UntranslatedRegions

oddxix·2023-10-03 17:14

R——处理批次效应

（1）多个数据集合并在生信分析过程中，尤其是转录组分析中，经常会遇到测得数据不足，需要利用公共数据库中已有的数据，那么能将这些数据直接和测序的数据混合吗？如果贸然混合，就会存在批次效应。

找兔子的小萝卜·2023-10-03 14:50

电子病历源码

产品特性：已经在若干公立医院和民营医院上线运行，包含病案管理，质控管理，模板建立，病历书写，痕迹保留，痕迹列表，时效控制，会诊管理，科室值班等很多功能。

weixin_30326515·2023-10-03 12:12

在最后的实践调研中展望未来

经过一系列的实验操作流程，为完善二代基因测序实践调研，2019年8月1日赴微分基因暑期实践调研团队在实验室指导老师的带领下继续进行二代基因测序的最后的一环节，质控上机实验。

赢韶涵·2023-10-03 11:34

耗时很长的程序忘加nohup就运行了怎么办？

在NGS基础：测序原始数据下载一文中提到可以使用SRA-toolkit中的命令fastq-dump从NCBI下载原始测序数据，命令如下。

生信宝典·2023-10-03 01:10

百元开放式耳机推荐哪款、性价比最好的开放式耳机推荐

严格品控：严格的品质控制和测试确保出色的

幸枯-koko-·2023-10-03 00:05

19.4.19上海交大单细胞论坛学习

刘小泽整理于2019.4.19+4.26有幸参加了4.19的上海交大单细胞论坛，下面简单记录了一下会议内容单细胞测序技术探索人类胚胎发育-汤富酬教授简介：汤老师课题组主要围绕人类早期胚胎发育、多能干细胞的自我更新能力和多能性调控的分子机理

刘小泽·2023-10-02 19:08

生命科学不只研究生死！科技发展兴起生命科学行业新浪潮

基因测序、精准医

深研学术·2023-10-02 19:46

学习小组Day4笔记--董昆

dongkun031·2023-10-02 12:26

单细胞转录组数据分析课件||2. Quality control of scRNA-seq data

本文介绍了单细胞转录组数据分析非常重要的一步：数据质控。数据质控应当引起我们的注意，数据的清洁程度决定了数据挖掘的上限。数据质控的几个方向：低质量细胞、多细胞捕获、有效基因识别，细胞碎片，批次效应等。

周运来就是我·2023-10-02 09:23

生信教程：使用全基因组SNP数据进行ABBA-BABA分析

因此，它们经常用于使用基因组规模的SNP数据（例如来自全基因组测序或RADseq）来测试基因渗入。在本次实践[1]中，我们将结合使用可用软件和一些用R从头编写的代码来执行ABBABABA分析。

冷冻工厂·2023-10-02 06:37

一个RNA-seq实战-超级简单-2小时搞定

www.bio-info-trainee.com/2218.html准备工作：安装WSL，并将源换成国内源；在D盘建立文件夹bs用来放生信软件，文件夹data用来放下载的数据，data下建立文件夹fastq用来放测序数据

北极光_0424·2023-10-02 05:10

躺着也可以学习纳米孔测序了

经过14的马拉松式的在线直播课程，我们第一期《纳米孔测序数据分析培训班》圆满落幕，通过本次培训学员们充分了解了纳米孔测序相关的问题，并且通过实际操作，能够完成数据数据分析的工作。

基因学苑·2023-10-02 00:50

微生物菌群预测异体基因的造血细胞移植死亡率

2.采用16SrRNA基因测序方法，对4个研究中心（NewYork、Germ

JarySun·2023-10-01 21:14

2021-07-30 统计测序中插入片段长度insert_sizes

对于双端测序而言，事情就变得简单了。

xiaoguolaile·2023-10-01 15:43

Nature重磅综述：单细胞测序技术在癌症免疫治疗领域的应用

今天给大家分享的是2021年4月份发表在NaturereviewsClinicalOncology（IF=53.276）上的综述Applyinghigh-dimensionalsingle-celltechnologiestotheanalysisofcancerimmunotherapy。本文阐述了使用以scRNA-seq为主的单细胞分析技术取得的进展，特别是在肿瘤临床治疗、免疫疗法方面，讨论了

概普生信·2023-10-01 14:54

02.认识Seurat对象

关于Seurat对象的构建请参考：01.单细胞入门-Seurat对象创建Seurat对象结构及信息存储我们使用seurat官方pbm3k数据集作为示例,强烈建议直接阅读官方文档说明，有构建-整合拆分-质控全套流程和代码

科研小徐·2023-10-01 10:13

单细胞测序-scRNA的测序基础

单细胞测序(single-cellsequencing)，顾名思义就是能从单个细胞中获取遗传信息的测序技术。单细胞测序技术为什么近来大火，那么它能帮科研工作者能解决哪些问题？

作图丫·2023-10-01 06:00

学习小组Day7笔记---飞天小朱

1.png2.png今天的收获一个是系统的了解测序的定义，另外对于在Linux下初步分析测序信息也有了一定了解，啊，真的太多了，估计要消化几天。

飞天小朱_9634·2023-09-30 16:47

2022-07-20

Nature|单细胞测序揭示核染色体的位置决定了分离错误的频率原创骄阳似我图灵基因2022-07-2007:13发表于江苏收录于合集#前沿分子生物学机制语音朗读本文音频：00:0009:48撰文：骄阳似我

图灵基因·2023-09-30 13:03

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