生物信息分析

使用 ART 软件模拟 RNAseq 数据

生物信息分析过程中，很多步骤需要控制软件本身的假阳性，而使用模拟数据就可以很好的做到这一点。
正踪大米饭儿·2022-02-05 08:35

BGI-College生信入门系列——1、课程概览

目前网络上生物信息学的入门视频课程相对较少，精挑细选一番后决定安利下面2个课程：一个是华大基因学院幕序平台的《生物信息分析员认证》，刚好双十一有认证课程的促销活动，全年最低价，感兴趣的朋友可以进入慕序平台了解活动详情
华大基因学院·2022-01-29 15:34

比对及变异检测工具的选择，基因组变异

1.序列比对2.DNA-seq&RNA-seq3.几款比对工具的比较4.基因组变异5.变异检测工具的选择6.参考序列比对目前的生物信息分析流程离不开序列比对，基于比对结果才能进行后续相关分析（组装、变异检测等
ytbao·2021-09-06 20:59

R包ggseqlogo |绘制序列分析图

简介在生物信息分析中，经常会做序列分析图（sequencelogo），这里的序列指的是核苷酸(DNA/RNA链中)或氨基酸(在蛋白质序列中)。
生信宝典·2021-06-22 03:57

NMPA批准的肿瘤-NGS IVD产品 — step1 燃石-人EGFR、ALK、BRAF、KRAS基因突变联合检测试剂盒（可逆末端终止测序法）

试剂盒的基本信息二、伴随诊断及非伴随诊断对应的基因变异类型伴随诊断用途的基因变异类型及相应的靶向药物未经伴随诊断验证的基因突变类型三、产品预期及产品检测原理产品预期及产品检测原理四、生物信息分析部分1.
小灰灰不会飞那又怎样·2021-06-09 00:50

第一章 微生物组数据的生物信息分析

本章的内容基本上是概论和综述1.1微生物组研究简介人类微生物组的概念，首先谈了microbiota和miceobiome两个词的区别，microbiota是指一个特定环境中的群落微生物物种，miceobiome是物种和他们的基因的集合。2016年，估算成人结肠中的细菌数量为3.8x10^13，细菌与人体细胞的比例是1:1，而不是先前估计的10：1。人类肠道中有多达39万亿个细菌细胞，是人类细胞数量
ZMQ要加油呀·2021-05-30 00:56

学习小组Day 2 笔记-K-molar

#1.什么是linux系统Linux操作系统和类Linux操作系统的命令行界面是最适合进行生物信息分析的操作系统。
k_molar·2021-05-06 07:36

NCBI-SRA数据下载的3种方法

从事生物信息分析的老师和同学一般都会接触SRA数据，下载SRA数据的方法也有很多，这里来简单总结一下。
组学大讲堂·2021-04-22 01:21

生信软件安装之Java环境变量配置

生物信息分析软件很多是Java写的。软件在运行的时候就需要跨越不同底层操作系统（Windows/MacOS/Linux）调用硬件，Java虚拟机（JVM）就是这样一个可以实现跨平台的接口。
华大基因学院·2021-01-28 16:27

这个为生信学习打造的开源 Python 文字教程真香！！！

本教程专注于帮助初学者，尤其是生物信息分析人员快速学会Python的常用功能和使用方式，因此只精选了部分Python的功能，请额外参考Python经典教程Abyteofpython和它的中文版来更好的理解
生信宝典·2021-01-11 21:00

NCBI数据下载工具：aspera的安装与使用

前言生物信息分析总是避不开从NCBI上下载数据，但是很多时候通过浏览器登录NCBI都费劲，更别说下载大量的数据了，所以很必要了解一下NCBI数据下载工具aspera，该软件是由IBM开发，能够最大程度利用宽带速度
geneonto·2020-10-27 10:51

测序数据分析之OTU

在生物信息分析中，一般来说，测序得到的每一条序列来自一个菌。要了解一个样品测序结果中的菌种、菌属等数目信息，就需要对序列进行归类操作（cluster）。
一个人旅行*-*·2020-09-14 15:49

生物信息bowtie比对软件的结果格式说明

生物信息分析中会用到很多的比对软件，比较常用的有bowtie、bowtie2、bwa等，比对文件的标准格式是sam格式，但是bowtie比对默认输出的格式却不是sam格式，由于bowtie适用于短序列比对
a521286819·2020-09-12 05:00

不用Linux也可以的强大文本处理方法

做生物信息分析最合适的还是Linux操作系统，所以生信宝典在最开始就推出了Linux学习系列，由浅入深的讲述了Linux学习中的关键点。
生信宝典·2020-08-24 06:34

R - 序列标识图(sequence logo)

在生物信息分析中，经常需要做序列标识图(sequencelogo)。
吴十三和小可爱的札记·2020-08-24 02:36

代谢组学精华汇总

代谢组学的介绍代谢组学那些事儿代谢组数据处理代谢组学数据分析的统计学方法综述典型机器学习算法在代谢组学数据分析中的应用和比较代谢组学数据处理非靶向代谢组学数据处理的基本流程代谢组学生物信息分析的那些事儿一文看懂主成分分析运用
FarmerJohn·2020-08-22 01:15

宏基因组学习笔记1

第一章宏基因组数据的生物信息分析这章的内容基本上是概论和综述，不过读读同样有收获的，毕竟大牛写的书，认知还是比我水平高很多的。
zd200572·2020-08-08 01:11

如何用云计算模式，实现生物信息分析 | 硬创公开课

本文整理自华点云技术总监于伟文在雷锋网硬创公开课上的演讲，主题为如何用云计算模式实现生物信息分析。于伟文，高级工程师，上海华点云生物科技有限公司技术总监。
weixin_34009794·2020-07-30 20:03

学习小组Day5笔记——单双

今天学习的主要内容：R和RStudio的安装RStudio界面的了解，初级设置RStudio的简单操作R语言是比较常用的统计分析和绘图语言，拥有强大的统计库、绘图库和生信分析的Bioconductor库，是学习生物信息分析的必备语言之一
丹keepbetter·2020-07-30 20:18

sam to bam文件出错

开始学习生物信息分析，在ubuntu上运行了samtoolsview，结果显示错误，如下：#samtoolsview-@60-bS*.sam>ra24p.bam[samopen]no@SQlinesintheheader
fethin·2020-07-30 19:08

NGS小技能（2）：如何进行SRA到fastq格式的快速转换

前言生物信息分析人员一般会接触到从NCBI等网站下载的SRA数据，之前也介绍了下载SRA数据的几种方式。下面，我就简单介绍一下如何将下载的sra格式数据转换成为常用的fastq等格式。
魚晨光·2020-07-29 19:01

R 学习 - 散点图

散点图散点图在生物信息分析中是应用比较广的一个图，常见的差异基因火山图、功能富集分析泡泡图、相关性分析散点图、抖动图、PCA样品分类图等。凡是想展示分布状态的都可以用散点图。
生信宝典·2020-07-16 04:53

R包clusterProfiler比较不同dataset富集结果

生物信息分析中，接触最多的莫过于基因富集分析，故在此基础上目前已经开发了很多种富集分析工具，如网页版的DAVID、KOBAS、GOEAST，WebGestalt，基迪奥平台等，本地版工具如TBtools
Mr_我爱读文献·2020-07-13 12:11

python实现fastq文件GC含量的计算

python实现fastq文件GC含量的计算fastq格式是生物信息分析中最常见的格式之一通常我们可以将测序的数据分为双端测序和单端测序双端测序的数据含有两个fastq格式的文件，单端测序的数据只有一个
狗蛋儿张·2020-07-11 15:14

Bioperl的安装（一）

bioperl就是相当于一个大柜子，里面有各种关于生物信息分析的perl脚本，功能非常强大。但是由于不是一个安装包，可以一键安装，所以安装的过程有点点麻烦。
高锦-生信·2020-07-11 07:47

ChIP-seq之模体分析

我们都知道ChIP-seq生物信息分析流程主要涉及：数据过滤、序列比对、检峰、模体（motif）分析。其核心的问题是寻找可靠的motif，也即转录因子结合位点结合的序列特征。
浩渺予怀·2020-07-09 18:32

bwa mem比对结果错误，sam文件不能被samtools识别的原因之一

开始接触ubuntu和生物信息分析，作为初学者，没有人带路，属于摸石头过河在用bwamem比对的时候，遇到过几次sam文件不能被samtools识别，后来也不知道是什么原因就又识别了，所以也没在意，最近又遇到了
fethin·2020-07-09 16:38

生信：2：sam格式文件解读

第二章：生物信息分析第一节：解读sam格式文件1，SAM文件格式介绍SAM（TheSequenceAlignment/Mapformat）格式，即序列比对文件的格式，详细介绍文档：http://samtools.github.io
genome_denovo·2020-07-09 08:02

学习小组Day2笔记--Xiaofan1991

做生物信息分析时，首先，数据体积一般特别巨大，常规的windows系统很容易挂掉。其次，很多生信的工具也都是基于linux开发的。三、申请试用免费的
xiaofan1991·2020-07-05 01:31

理性看待基因检测：生物信息分析勇挑重担

厚厚的一本基因检测报告，一串串专业的基因数据，对于非生物医学专业人士而言，要读懂简直比看天书还难。而市场基因检测产品众多，类目繁复，更有盲目夸大“基因检测无所不能”等，扰乱了时下消费者对基因检测的正确认知。作为一名生物小白，其实是想说，对待基因检测我们应理性看待，即使基因检测数据这本天书已出，但数据解读仍然是行业较高壁垒，盲目夸大、盲目神化基因检测都是不可取的，基于科学的认知去更好地了解它，拒绝噱
生信步道·2020-07-04 00:51

比较一下几款常用的SSH工具

作为生物信息分析人员，每天都需要通过SSH工具远程登录服务器，那么使用一款高效的连接工具就很有必要。这次我们来点评一下几款常用的SSH登录工具。其实类似的工具还有很多，这里只拿几款常用的作为介绍。
基因学苑·2020-06-30 04:56

无问西东

如今的我已经坐在了天津诺禾致源科技服务部的办公室，当上了一名生物信息分析工程师。趁着今天集群很卡很卡，卡到都不能动弹的情况下，抒发一下最近的心声、昨天还去看了电影《无问西东》。
纤纤手破新橙·2020-06-26 06:16

知乎阅读三百万的生信学习指南

这背后通常会带着一些困惑，生物信息分析好不好学？生信的作用越来越大，想学的人越来越多，不管是为了以后发展，还是为了解决眼下的问题。
生信宝典·2020-06-24 21:49

生信：1：vcf格式文件解读

第二章：生物信息分析第一节：解读vcf格式文件1，vcf格式说明VCF格式：VariantCallFormat，用于记录variants(SNP/InDel)的文件格式，关于其说明，详见：http://
genome_denovo·2020-06-23 10:52

生物信息百Jia软件（四）：wgsim

前面写了专题《手把手教你生物信息分析平台搭建》，然后又介绍了很多《生物神奇网站》资源，也介绍了《生物信息之独孤九剑》Linux操作。那么万事俱备，就开始学习生物信息吧。
基因学苑·2020-06-22 06:44

生物信息百Jia软件（一）——bwa

编者按欢迎订阅微信公众号：基因学苑前面写了专题《手把手教你生物信息分析平台搭建》，然后又介绍了很多《生物神奇网站》资源，也介绍了《生物信息之独孤九剑》Linux操作。
基因学苑·2020-06-21 22:44

高通量测序数据分析：RNA-seq

本文围绕RNA-seq学习路线进行生信入门，主要内容有：☆RNA-seq方法原理☆RNA-seq的生物信息分析1.数据获取测序数据下载与处理（SRAToolkit）测序数据质控与过滤（fastp）2.序列比对
精分大神·2020-06-20 15:56

知鱼之乐

从事生物信息分析工作是我小时候没有想到的，尽管有许多力不能及的时刻，还是很感恩的。今天是周末，我又在公司自愿加了两天班，提交了几分报告，敲了几行刚好可以运行的代码。
周运来就是我·2020-04-10 13:16

2019-08-06 sam格式文件解读

本文链接：https://blog.csdn.net/genome_denovo/article/details/78712972第二章：生物信息分析第一节：解读sam格式文件1，SAM文件格式介绍SAM
_客舍青青_·2020-04-09 07:32

生物信息百Jia软件（三）：Muscle

编者按欢迎订阅微信公众号：基因学苑前面写了专题《手把手教你生物信息分析平台搭建》，然后又介绍了很多《生物神奇网站》资源，也介绍了《生物信息之独孤九剑》Linux操作。
基因学苑·2020-04-07 14:14

提取参考基因组某个位置的碱基

在生物信息分析过程中，参考基因组最常用的一个场景就是序列比对---将测序的read比对回参考基因组上。那么，如果我们想知道参考基因组某个位置或者某个区域的碱基序列，我们应该如何快速的解决这个问题呢？
生信说·2020-04-03 00:03

NGS生物信息分析培训心得

刚过去的半个月，去武汉参加了陈连福的NGS生物信息分析培训，有很多心得，想记录下来。
石博士·2020-04-01 05:14

NGS小技能（1）：下载SRA数据的N种方法

前言从事生物信息分析的老师和同学一般都会接触SRA数据，网上介绍的下载SRA数据方法也是各种各样，到底哪一种更好，关键在于哪种更适合你自己。
魚晨光·2020-03-29 15:24

2019-10-22 R语言Seurat包下游分析-1

图1.1单细胞转录组学生物信息分析流程单细胞流程下游分析cellrangercount计算的结果只能作为错略观测的结果，如果需要进一步分析聚类细胞，还需要进行下游分析，这里使用官方推荐R包（Seurat3.0
日月话时·2020-03-25 22:48

生物信息百Jia软件（六）：prodigal

前面写了专题《手把手教你生物信息分析平台搭建》，然后又介绍了很多《生物神奇网站》资源，也介绍了《生物信息之独孤九剑》Linux操作。那么万事俱备，就开始学习生物信息吧。
基因学苑·2020-03-25 18:53

一个好用的生物信息分析可视化工具

很多医生在科研工作中需要用到一些分析工具，有一些是纯统计类的工具或方法，有一些也是计算机类的，但我们习惯把它们称作生物信息学方法。这背后蕴含一些数学原理，原理我们知道就行，会用就可以了。小白我属于生物信息学专业道理都懂但是编程不太好的那类，我的课题没有经过太多锻炼（尴尬），所以我更喜欢用工具不论是本地的还是在线的。我哈尔滨医科大学的同学研发了一款工具盒，里面涵盖了几十种生信分析常用的小模块，感觉非
生信狗·2020-03-25 13:32

本地生信平台介绍

生信平台1.0是构建在linux系统中，基于python开发的用于生物信息分析的平台，它包括工具使用，工作流构建，在线软件分享等模块，极大的简化了生物科研工作者的日常繁琐工作，也避免了不懂编程的工作者需要和复杂的代码打交道
EngineerChicken·2020-03-25 03:00

2019-06-11 解读vcf格式文件

https://blog.csdn.net/genome_denovo/article/details/78697679第二章：生物信息分析第一节：解读vcf格式文件1，vcf格式说明VCF格式：VariantCallFormat
Koalaemu·2020-03-21 11:13

R 学习 - 散点图

R学习-散点图生信宝典公众号：http://mp.weixin.qq.com/s/c2nwATMwyU_9FgLprqmQ5A散点图散点图在生物信息分析中是应用比较广的一个图，常见的差异基因火山图、功能富集分析泡泡图
檸檬糖·2020-03-20 04:12

生物信息分析学习笔记

总想学点什么，甚至曾想过去学习催乳，学习一级消防工程师，可是总是不能长久的去坚持；总想换个好公司，好工作，可是又贪恋现在的安逸；总想提升自己的能力，可是又以孩子为借口，每晚看着电视混日子；无意中看到了一个生物信息分析培训
小鹿多多·2020-03-19 04:08
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