甲基化

R语言circos绘制

介绍circos可以作为数据展示的一种手段，主要用于基因组数据的可视化，比如甲基化，组蛋白修饰，snp，indel，sv，以及常见的基因表达水平的展示，一般的circos都是基于perl语言的，数量繁多的配置文件总是很难按照我们想要的方式展示最终结果
nnlrl·2023-08-17 20:43

DNA甲基化检测方法

为什么要检测DNA甲基化？首先，我们为什么要检测DNA甲基化呢？检测DNA甲基化能回答什么问题？我们都知道，DNA甲基化可以调控基因表达，因此检测DNA甲基化至少可以为解释基因表达的调控提供一些线索。
weixinsuoxian·2023-08-16 18:38

号称可以替代重亚硫酸盐甲基化测序的新技术究竟是怎么回事？

技术介绍几十年来，重亚硫酸盐转化已成为甲基化测序的行业金标准，该技术可以检测DNA水平上被修饰的C(胞嘧啶)：5-甲基胞嘧啶（5mC）和5-羟甲基胞嘧啶（5hmC）。
基因部落·2023-08-16 12:53

单细胞在临床上的应用

第一点单细胞测序技术包含单细胞转录组测序，单细胞基因组测序，单细胞染色质可及性测序，单细胞蛋白组，单细胞免疫组学，单细胞甲基化等等不仅限于以上技术，每种技术都可以了解单细胞的某一个方面，包括基因的转录水平
周六周六·2023-08-15 01:15

项目文章｜ IF20.693！国自然热点m6A修饰参与调控动物疱疹病毒致肿瘤的重要过程

背景N6-腺苷酸甲基化（m6A）是真核生物和病毒中较常见的mRN
诺禾致源·2023-08-11 17:01

甲基化系列 3. 甲基化芯片数据分析完整版（ChAMP）

前言IlluminaInfiniumHumanMethylationEPICBeadChip是用于高通量DNA甲基化分析的新平台，与旧的450K阵列相比，有效地增加了一倍
桓峰基因·2023-08-10 16:11

易基因 | 单细胞甲基化测序（scBS-seq）比对率奇低？你的文库方向性参数可能没选对！

问题的提出近年来单细胞测序真是火得一塌糊涂，在BS数据分析中，最常用的比对工具就是BSMAP和bismark。然后有小伙伴发现，明明之前用于常规BS-seq的流程用着都挺顺，到scBS-seq（singlecellBSseq）数据的时候就不行了。数据质量不错，就是比对率奇低。到底问题出在哪里呢？其实小编刚接触scBS-seq数据的时候也发现了这个问题。今天小编就带大家一起分析解决一下这个问题吧！无
E_GENE·2023-08-10 01:38

DNA 甲基化meta分析

推荐DNA甲基化EWAS分析的综述《DNAmethylation-basedpredictorsofhealth:applicationsandstatisticalconsiderations》
小潤澤·2023-08-09 10:54

15-IF12+:纯生信探索甲基化水平的缺失和免疫治疗反应的关系

一.研究背景肿瘤突变负荷（TMB）和拷贝数是预测病人免疫治疗发应的预测标志物，之前的研究表明，有丝分裂和TMB、拷贝数以及发生在PMD区域的低甲基化水平相关，之前已经有很多研究探索了免疫治疗反应和TMB
AAA肿瘤信息学王协·2023-08-09 01:35

2022-03-23

PNAS|大脑DNA甲基化的无创MRI成像原创图灵基因图灵基因2022-03-2309:11收录于话题#前沿分子生物学技术伊利诺伊大学（UofI）香槟分校的一个多学科团队设计了一种基于MRI的非侵入性3D
图灵基因·2023-08-08 19:42

如何从TCGA数据库下载DNA甲基化数据

前面给大家介绍了新版的TCGA数据库，通过文字和视频给大家讲解了如何从TCGA数据库下载RNAseq数据，miRNAseq数据以及体细胞突变数据☞新版TCGA数据库RNAseq数据下载☞新版TCGA数据库miRNA数据下载☞【视频讲解】下载TCGA数据库中突变数据以及如何合并成矩阵☞【视频讲解】R代码合并新版TCGA中RNAseq表达谱矩阵☞【视频讲解】R代码合并新版TCGA中miRNA表达谱矩阵
生信交流平台·2023-08-07 18:34

TCGA pan-cancer 分析

https://gdc.cancer.gov/about-data/publications/pancanatlas其中突变数据为.maf格式，可以采用R语言的maftools包进行分析；RNA-seq,甲基化数据
judyhappy·2023-08-07 07:30

SETDB1 Inhibits p53-Mediated Apoptosis and is Required for Formation of Pancreatic Ductal Adenoc...

SETDB1，一种组蛋白甲基转移酶，使赖氨酸9上的组蛋白H3三甲基化，促进几种肿瘤类型的发展。作者研究了SETDB1是否与胰腺导管腺癌(PDAC)的发生有关（
一个没有感情的文献阅读机·2023-08-05 17:22

TCGA_甲基化（二）

和在基因编码区中的CpG位点不同，在基因正常表达时，位于基因启动子区中的CpG位点往往不会被*甲基化；这种现象表明启动子序列中的CpG位点的甲基化很可能导致基因表达被抑制。
一路向前_莫问前程_前程似锦·2023-08-05 11:51

2021-09-02

AI预测癌细胞必需基因图谱原创huacishu图灵基因今天收录于话题#前沿分子生物学技术撰文：huacishuIF=14.132推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：1、DeepDEP模型使用突变、基因表达、DNA甲基化和
图灵基因·2023-08-01 11:20

【科研热点】缺氧(hypoxia)相关基因

前面给大家陆续介绍了一些科研热点相关的基因☞m6A甲基化相关基因集☞RNAm5C甲基化相关基因列表☞铁死亡相关基因集☞铜死亡相关基因集☞SCI文章中经常出现的免疫相关基因集☞科研新热点——血管生成相关基因
生信交流平台·2023-08-01 10:38

高通量数据中批次效应的鉴定和处理 - 系列总结和更新

重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述：三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程（原理、代码和评述）)、DNA甲基化分析
生信宝典·2023-07-31 14:44

CCLE数据库概要（第一节）

CCLE（CancerCellLineEncyclopedia）,是由BroadInstitute研究所牵头的一项肿瘤基因组学研究项目，涵盖了三十多种组织来源上千种细胞系基因表达情况、突变、拷贝数、甲基化等
翾格格·2023-07-27 07:52

MTHFR基因突变的一些症状

归根结底，其关键就是低甲基化与其导致的三个不同的症状区域。系统性问题同型半胱氨酸水平过高，因为没有足够的甲基叶酸将同型半胱氨酸转化为蛋氨酸。高同型半胱氨酸水平常被认为是导致中风和心脏
万健康品·2023-07-27 05:07

生信课程笔记3-序列搜索算法

其应用包括：研究全基因组（genome-wide）、RNA转录本（RNA-seq）、DNA甲基化（Methyl-seq）、蛋白质-DNA相互作用（ChIP-se
果蝇饲养员的生信笔记·2023-07-27 02:56

复现原文（一）：Single-cell RNA sequencing of human kidney（step by step）

重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述：三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程（原理、代码和评述）)、DNA甲基化分析
生信宝典·2023-07-25 15:57

Docker封装生物信息学甲基化流程

CpGCHGCHH含义p代表磷酸二酯键，CpG指的是甲基化的C的下游是1个G碱基。
儒雅随和王小板·2023-07-24 14:08

人类早期胚胎发育DNA甲基化图景

人类早期胚胎发育DNA甲基化图景——表观遗传学—胚胎发育系列第1篇作者：马可菠萝审稿：童蒙编辑：angelicaDNA甲基化是一种基础且重要的表观修饰，本文系统的报道了人类早期胚胎发育的表观图景，为深入研究人类胚胎发育的表观遗传机制奠定了基础
生信阿拉丁·2023-07-23 09:06

Dynamics and function of DNA methylation in plants

AbstractDNA甲基化是非常保守的表观修饰，对于基因调控及基因组稳定性十分重要异常的DNA甲基化模式会导致植物的发育缺陷。
黄粱一梦贰十年·2023-07-22 15:31

10-IF5+:纯生信分析髓母细胞瘤中干细胞和甲基化及药物的关系筛选预后特征

一.研究背景大多数人类癌症是通过各种遗传和表观遗传改变的顺序积累，并从干细胞和祖细胞群发展而来。干性被定义为具有自我更新和从起源细胞分化的潜能，最初被认为是起源于正常干细胞，这些干细胞有能力产生所有类型的细胞。而髓母细胞瘤（MB）是儿童中最常见的中枢神经系统（CNS）胚胎肿瘤。基于组织学特征的初步刻画，根据2016年世界卫生组织(WHO)对中枢神经系统肿瘤的分类，MB被主要分为四个分子亚型，分别为
AAA肿瘤信息学王协·2023-07-20 23:13

胶质瘤综述1：胶质瘤CpG岛甲基化表型(G-CIMP):生物学和临床意义

标题：GliomaCpGislandmethylatorphenotype(G-CIMP):biologicalandclinicalimplications期刊：Neuro-Oncology影响因子：12.304摘要胶质瘤是一组具有不同生物学和临床特性的异质性脑肿瘤。尽管外科技术和临床方案有所进步，但高级别胶质瘤的治疗仍然具有挑战性，治疗成功率和总生存率都很低。挑战包括胶质瘤的分子复杂性，以及组
努力爱学习的JUN·2023-07-20 20:59

易基因｜3文一览：简化甲基化测序（RRBS）技术优势及研究成果（医学+物种保护+农学）

大家好，本期我们通过3篇高分文章来解读简化甲基化测序（RRBS）技术优势及研究成果（医学+物种保护+农学）。
E_GENE·2023-07-20 09:32

01 甲基化基础知识——学习于生信技能树公众号

甲基化基础知识基础知识甲基化是表观修饰的一种表观遗传修饰是指对基因组功能的相关修饰，通过一系列生物学修饰改变基因的活性而不是DNA的核苷酸序列影响基因的表达。
whykm·2023-07-15 21:08

易基因 | 表观遗传IVD检测专题报告1：背景，样本类型与常用技术

前言目前已有大量的研究表明，表观遗传学，特别是DNA甲基化变化，伴随着疾病的早期发生到后期发展，并可作为临床疾病全过程管理（其中包括早期诊断、个性化医疗、复发检测、慢性疾病的风险评估等）的生物标记物。
E_GENE·2023-07-13 22:07

一文读懂基因富集分析：从小白到SCI

对于小编来讲，刚入手生信时接触最多的就是差异分析，基因组可以算突变率、转录组可以算基因表达水平、表观组可以观察甲基化水平、蛋白质组/代谢组可以看蛋白/代谢物丰度，甚至是宏基因组也可以比较菌群的丰度。
概普生信·2023-07-13 17:15

复现原文（二）：Single-cell RNA sequencing of human

重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述：三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程（原理、代码和评述）)、DNA甲基化分析
生信宝典·2023-06-24 11:04

哺乳动物DNA甲基化图谱建立和去除的生化基础？DNA甲基化的主要生物学作用？

#建立DNA甲基化是在DNA模板的胞嘧啶第五个碳原子上加上甲基基团。哺乳动物中，DNA甲基化主要发生在CpG位点上。
·2023-06-24 07:37

机器学习识别肿瘤干性指数mRNAsi

2018年发表在Cell上面的一篇文章采用创新的单类逻辑回归(OCLR)机器学习算法，通过对干细胞转录组、甲基化组和转录因子结合位点的多平台分析，得到了两个独立的干性指数，其中mRNAsi可以反映干细胞的基因表达特征
博士苑·2023-06-23 10:46

易基因｜m6A RNA甲基化MeRIP-seq测序分析实验全流程解析

甲基化RNA免疫共沉淀(MeRIP-seq/m6A-seq)实验怎么做？从技术原理、建库测序流程、信息分析流程和研究套路等四方面详细介绍。
易基因科技·2023-06-22 16:18

软件安装不上，可能是网速慢！Conda/R/pip/brew等国内镜像大全拿走不谢~~

重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述：三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程（原理、代码和评述）)、DNA甲基化分析
生信宝典·2023-06-21 12:39

甲基化知识点

首先甲基化是表观修饰的一种所以首先需要搞清楚什么是表观修饰，表观遗传学，以及为什么关注DNA甲基化这其中一种表观修饰！
斗战胜佛oh·2023-06-18 16:13

易基因 | 表观遗传IVD检测专题报告2：已认证表观遗传IVD产品介绍

已认证表观遗传IVD检测产品简介表3：表观遗传IVD检测常用技术表3总结了现有的具有FDA、LDT、或欧盟CE-IVD认证的的基于ctDNA甲基化的IVD产品，产品特征将按应用场景和检测肿瘤类型逐一介绍
易基因科技·2023-06-17 17:35

项目集锦 | 易基因DNA羟甲基化5hmC测序研究成果

羟甲基化5hmC是哺乳动物基因组上的第六碱基，在发育、衰老、神经退行性疾病、复杂疾病及肿瘤发生过程中起重要作用。本期以科研内容为序，总结近期易基因羟甲基化合作研究成果。
易基因科技·2023-06-17 10:18

生信分析揭示lncRNA 可能是BRCA 诊断和预后的潜在生物标志物，并为药物研发提供新方向

DrivenbyCopyNumberAmplificationandDNADemethylation,IsAssociatedwithOxidativeLipidMetabolismandImmuneInfiltrationinBreastCancer由拷贝数扩增和DNA去甲基化驱动的
生信学霸·2023-06-13 12:01

m6A上游 | 5 MACS2 peak calling

第3篇：用MACS2软件callpeaks-云+社区-腾讯云(tencent.com)MACS2软件callm6A甲基化peaks-(jianshu.com)macs2-(jianshu.com)https
一只小脑斧·2023-06-13 10:34

易基因｜一种全新的检测DNA羟甲基化的技术：ACE-Seq

今天给大家介绍一种全新的检测DNA羟甲基化的技术：APOBEC-coupledepigeneticsequencing，简称【ACE-seq】。
易基因科技·2023-06-09 18:42

易基因：DNA羟甲基化和TET酶在胎盘发育和妊娠结局中的作用 | 深度综述

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。胎盘是支持哺乳动物胚胎和胎儿发育所必需的临时器官。了解滋养层细胞分化和胎盘功能的分子机制可能有助于改善产科并发症的诊断和治疗。印迹基因是调控胎盘发育的基础，表观遗传学在基因表达（尤其是印迹基因）的调控中起着重要作用。TET酶（Ten-Eleven-Translocationenzymes）是表观遗传学机制的一部分，可以将5-甲基胞嘧啶（
易基因科技·2023-06-09 18:12

易基因：小檗碱通过介导m6A mRNA甲基化调控斑马鱼肝细胞氧化应激、凋亡和自噬｜科研进展

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。中药小檗碱（Berberine，BBR，化学式C20H18NO4）是从几种药用植物中分离出的一种异喹啉季生物碱，包括小檗（Berberisaristata）和黄连（Coptischinensis）。小檗碱可改善脂质代谢紊乱诱导的细胞氧化应激、凋亡和自噬，但其分子机制尚不清楚。斑马鱼（Daniorerio，Cyprinidae）是发育、遗
易基因科技·2023-06-09 18:12

易基因：全基因组DNA甲基化分析揭示DNMT1在斑马鱼模型听觉系统发育中的作用 | 胚胎发育

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。听力障碍通常与内耳发育不全或损伤有关，是影响生活质量的严重健康问题。因此研究听觉器官发生过程中的关键基因对于探索听力损伤的潜在策略至关重要。斑马鱼模型在理解内耳发育不良和相关疾病的分子遗传学原理方面得到了越来越多的应用，内耳发育包括遗传遗传机制和表观遗传机制。2022年03月29日，复旦大学附属眼耳鼻喉科医院何英姿团队和皖南医学院弋矶山
易基因科技·2023-06-09 18:41

易基因：m5C高甲基化介导EGFR突变的非小细胞肺癌耐药潜在机理｜国人佳作

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。对EGFR酪氨酸激酶抑制剂（EGFR-TKI）的固有耐药（Intrinsicresistance）和获得耐药(acquiredresistance)是EGFR突变型非小细胞肺癌(NSCLC)患者治疗失败的主要原因，然而EGFR-TKI的固有耐药性背后的机制在很大程度上仍然未知。5-甲基胞嘧啶（m5C）是哺乳动物mRNA的重要转录后修饰，
易基因科技·2023-06-09 18:40

易基因：全基因组DNA甲基化和小RNA分析揭示甘蓝型油菜种子的基因组不对称性 | 植物发育

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。多倍体是被子植物基因组进化中的一种持续现象，有助于现存开花植物的多样性。甘蓝型油菜（Brassicanapus）是世界上最重要的被子植物油料作物品种之一，起源于Brassicarapa（An）和Brassicaoleracea（Cn）的种间杂交。尽管转录组学中基因组优势的趋势开始显现，但多倍体在生殖发育过程中的表观遗传学和小RNA（sm
易基因科技·2023-06-09 18:08

易基因｜3文聚焦：DNA甲基化在动物育种中的作用研究成果（家蚕+绵羊+肉鸡）

多项研究表明，DNA甲基化对动物的生长发育、疾病抗性、繁殖性能起到了重要的调控作用。近年来，DNA甲基化在动物育种领域的研究进展极为迅速。
易基因科技·2023-06-08 19:06

易基因｜3文一览：DNA甲基化及组学测序在斑马鱼中的科学研究成果

斑马鱼和人类基因有着87%的高度相似性，作为模式生物的优势很突出，意味着其实验结果大多数情况下适用于人体。在国际上，斑马鱼模式生物的使用正逐渐拓展和深入到生命体的多种系统（如神经系统、免疫系统、心血管系统、生殖系统等）的发育、功能和疾病（如神经退行性疾病、遗传性心血管疾病、糖尿病等）的研究中，并已应用于小分子化合物的大规模新药筛选。目前，我国有250个以上的实验室利用斑马鱼开展相关科学研究。本期聚
易基因科技·2023-06-07 03:42

DNA甲基化测序数据处理（一）：数据比对

前言因为组里面出了一批甲基化测序数据，使用的技术为BS-seq，处理的时候顺带记录了学习过程，演示使用数据为官方提供的example.fastq。
面面的徐爷·2023-04-21 12:59

觉得甲基化太普通？来看看cfDNA甲基化！

Anovelcell-freeDNAmethylation-basedmodelimprovestheearlydetectionofcolorectalcancer基于cfDNA甲基化的新型模型可提高结直肠癌的早期发现率发表期刊
生信学霸·2023-04-20 18:12
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