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转录组数据分析流程

最近在学习转录组数据的整套分析流程，顺便记录一下。

队长的生物实验室·2023-10-14 14:47

单细胞SRR数据拆分

10X单细胞转录组测序数据的SRA转fastqfastq-dumpSRA转fastq#10xSRR需要加--split-file和--include-technical参数fasterq-dump-O.

Zee_李海海·2023-10-14 09:12

实用的科研图形美化处理教程分享

除了常规实验的各种组织切片照片，在空间转录组文章中显微照片更是常见。

Elivis Hu·2023-10-13 23:27

RNA-seq生信分析流程

RNA-seq生信分析流程RNA-seq是近些年发展起来的针对转录组的测序技术，其能够获得mRNA、smallRNA以及各种非编码RNA的序列。

wangchuang2017·2023-10-13 20:54

文献学习笔记丨转录组表达数据的生信挖掘研究

基因的表达是一个非常重要的过程，转录组测序是检测基因表达的技术，本篇文献对转录组分析流程和数据分析方法进行介绍。

生信分析笔记·2023-10-13 20:48

常见组蛋白修饰

1、H3K27ac组蛋白H3上的第27位赖氨酸残基发生乙酰化，与较高的转录激活有关，因此被定义为活性增强子信号，H3K27ac在TSS（转录起始位点）的近端远端都有发现。

Zhai1994·2023-10-13 15:41

用ggplot2画Pathway气泡图

这里我是用代谢组结果做的KEGG分析，所以是代谢物数量，如果用转录组做，则是基因数量。

Cdudu·2023-10-13 15:06

本周最新文献速递20210606

我可真是为爱发电~一文献题目：Amapoftranscriptionalheterogeneityandregulatoryvariationinhumanmicroglia不想看英文题目：人类小胶质细胞的转录异质性和调控变异图谱杂志和影响因子

橙子牛奶糖·2023-10-13 13:22

纳瓦尔的财富密码

对此，我在2021年9月29日，在公众号上转录了这篇《怎样不靠运气致富》的文章，并做了个人备注。这两天，我阅读了纳瓦尔财富和幸福指南，关于财富这一段落中，纳瓦尔对如何支付进行了详细的阐述。

东邪惜独·2023-10-13 06:34

文献:单细胞+空间转录组分析揭示大肠癌中成纤维细胞和巨噬细胞的相互作用

文献名称:Single-cellandspatialanalysisrevealinteractionofFAPfibroblastsandSPP1macrophagesincolorectalcancer.NatCommun20220401;13(1)摘要:大肠癌(CRC)是最常见的恶性肿瘤之一，除了外科手术以外的治疗手段有限。肿瘤微环境(TME)分析能够发现潜在的治疗靶点。在这里，我们分析了5

大王福不福·2023-10-13 05:38

学术爆款“空间转录组技术”，都有哪些技术？ | 空间转录组学方法综述

空间转录组学的发展极大地扩展了复杂多细胞生物系统的知识。那么大家常常提到的空间转录组技术都有哪些技术？

尐尐呅·2023-10-13 04:49

2022-02-07

空间蛋白组图谱揭示进化保守的肝脏巨噬细胞群落原创风不止步图灵基因2022-02-0707:03收录于话题#前沿分子生物学机制撰文：风不止步IF=41.582推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：文章结合单细胞CITEseq、单核测序、空间转录组学和空间蛋白质组学提出了一个健康和肥胖的人类和小鼠肝脏的空间蛋白质基因组图谱

图灵基因·2023-10-13 01:51

Paper_4: 转录编程决定了尤因肉瘤肿瘤内异质性（单细胞水平）

Highlights对EWSR1-FLI1基因融合导致的尤因肉瘤的细胞系进行了时间分辨的单细胞转录组测序EWSR1-FLI1融合癌基因高度特异的转录特征尤因肉瘤中转录组水平异质性的来源EWSR1-FLI1

TOP生物信息·2023-10-12 19:32

空间转录组学数据分析软件包和算法的比较分析

关注我们时空组/空间组学专辑的同学一定知道此前小编已经分享过很多空间转录组的分析工具，不过这么多工具，我们在做实际分析的时候要怎么选呢？

尐尐呅·2023-10-12 16:39

生信知识补充

目前研究转录组的方法主要三种：（1）基于杂交技术的cDNA芯片和寡聚核苷酸芯片；（2）基于sanger测序法的SAGE(serialanalysisofgeneexpression)、LongSAGE和

Bio_Learner·2023-10-12 05:10

基因或蛋白表达谱的时间趋势分析---从趋势寻找规律

其实，之前有公司转录组数据的基本分析中会自带这项分析，但是后来不知怎么就基本不包含了。不过无所谓，Mfuzz包就是专门做这个的。Mfuzz的原理可以简单的理解为聚

KS科研分享与服务·2023-10-11 09:06

转录组测序原理

spm_id_from=333.788.videocard.0定义而转录组测序即是利用高通量测序技术，将细胞或组织中的全部或部分mRNA,miRNA,lncRNA进行测序分析的技术。

Peng_001·2023-10-11 04:32

单细胞转录调控网络分析工具（TF，motifs）-SCENIC

相信很多专题应该已经讲过SCENIC的使用，这儿，针对我自己对SCENIC的学习使用，遇到的问题做一个详细的讲解说明，希望能对大家理解学习应用SCENIC起到一些帮助。SCENIC(Single-CellrEgulatoryNetworkInferenceandClustering)是从单细胞RNA数据推断基因调控网络及其相关细胞状态的工具。作者将SCENIC应用于肿瘤和小鼠大脑单细胞图谱数据，证

清竹饮酒·2023-10-11 02:27

scRNAseq上游分析

最近对单细胞转录组很感兴趣，就跑了一跑~以下就是单细胞转录组的上游分析过程。如有不对，请大家多多指点。

LiuYueRR·2023-10-10 23:21

宏转录组测序数据菌株层面的分析软件总结

首先需要说明一点，我做的是菌株层面(StrainLevel)的数据分析，Strainlevel是Specieslevel的下一层级的分类；而宏基因组/宏转录组涉及到菌株分析的内容，主要包括三块：SNPCalling

Candle_light·2023-10-10 18:10

专栏十二：单细胞空间转录组四种常见的不同整合pipline

单细胞基本的处理流程1.去双细胞（各样本单独去）2.合并各样本质控，也可以分别质控3.标准化归一化与整合基本的处理方法包括1.normalize+anchor（CCA）2.normalize+harmony3.SCT+anchor4.SCT+harmony在这里归纳一下这四种方法。经验性的SCT+anchor整合力度强，但是可能会导致细胞群难以分开。harmony的整合力度较弱，强异质性细胞如肿瘤

18kkk·2023-10-10 18:38

2022-08-12

深度学习编码蛋白质亚细胞定位的高分辨率特征原创风不止步图灵基因2022-08-1210:54发表于浙江收录于合集#前沿生物大数据分析撰文：风不止步IF=47.99推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：文章开发了一个新的计算软件包LORALS，通过长读等位基因特异性来分析转录组上罕见和常见变异的遗传效应

图灵基因·2023-10-10 15:29

10X单细胞空间联合分析回顾之squidpy

这一次，我们来继续回顾一下空间转录组的分析软件-------squidpy，当然了，我们主要关注10X空间转录组的分析内容。

单细胞空间交响乐·2023-10-10 14:15

美研究发现姜黄可以提升心脏耐力

“我们已经证明，姜黄素可以提高转录因子Nrf2的活性水平，后者负责对抗心肌纤维和其他肌肉中的氧化剂。通过这种方法可以明显改善心脏病患者的生活质量。”美国内布拉斯加大学奥马哈分校的艾哈迈

莺啼燕语·2023-10-10 01:28

10X单细胞（10X空间转录组）转录组 + VDJ联合分析（13）之基础术语

这一篇我们扫盲，总结一下VDJ的所有技术术语。AIRR：适应性免疫受体库。在Scirpy文档中，简单地谈到了免疫受体(IR)。TheAIRRcommunitydefinesstandardsaroundAIRRdata.ScirpysupportstheAIRRRearrangementschemaandcomplieswiththeAIRRSoftwareGuidelines.关于AIRR软件之

单细胞空间交响乐·2023-10-09 17:57

Seurat4.0系列教程14：整合scRNA-seq and scATAC-seq数据

单细胞转录学改变了我们描述细胞状态的能力，但深刻的生物学解释需要的不仅仅是分群。随着测量不同细胞模式的新方法的出现，一个关键的分析挑战是整合这些数据集，以更好地了解细胞身份和功能。

Seurat_Satija·2023-10-09 09:11

【论文精度】Transformer--Attention Is All You Need

pageDriverPaper:https://arxiv.org/pdf/1706.03762.pdfTransformer开创了继MLP、CNN和RNN之后的第四大类模型摘要sequencetransduction:序列转录

不会绑马尾的女孩·2023-10-09 08:12

【转录组学】如何进行一步到位的fastq到差异分析，kallisto拯救你(一)

传统转录组的分析想必大家已经非常熟悉，无非是质控->比对->组装->定量->差异分析->差异表达基因功能富集分析这个套路。

xizzy·2023-10-09 05:02

第三代慢病毒载体系统

第三代慢病毒载体系统又增加了两个安全特性：一是构建了自身失活的慢病毒载体，即删除了U3区的3’LTR，使载体失去HIV-1增强子及启动子序列，即使存在所有的病毒蛋白也不能转录出RNA；二是去除了tat基因

实验小助手·2023-10-09 00:51

2022-07-05

前沿分子生物学机制撰文：mumuIF=31.25推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：该研究可通过各组织环境中异同的TRM细胞特征的图谱，提高对组织定制的免疫反应进行“编程”的可行性，促进或调节炎症的免疫细胞可能通过转录工程处理

图灵基因·2023-10-08 21:20

pacbio 三代全长转录组数据分析流程

blog.csdn.net/weixin_34384681/article/details/85937505Iso-seq,全称叫做Isoform-sequencing,是Pacbio公司对自己开发的转录本测序技术的规范化命名

生信小院·2023-10-08 19:03

Tutorial | 单细胞转录组数据【细胞注释指南】

细胞注释是单细胞转录组分析的重要环节，来自加拿大的研究人员在《Natureprotocols》发表细胞注释教程综述，介绍了单细胞转录组数据分析中细胞注释的一般工作流程，涵盖可用于每个步骤的软件工具和资源的指导原则和具体建议

尐尐呅·2023-10-08 16:46

RNA m6A甲基化检测方法

meRIP-seq高通量测序技术的出现，能够高效精确检测全转录组不同的

生信交流平台·2023-10-08 13:48

ATAC-Seq与ChIP-Seq的异同

ATAC-Seq与ChIP-Seq的异同ATAC-Seq与ChIP-Seq的不同的是ATAC-Seq是全基因组范围内检测染色质的开放程度，可以得到全基因组范围内的蛋白质可能结合的位点信息，一般用于不知道特定的转录因子

RachaelRiggs·2023-10-07 22:15

启动子作用功能以及分类介绍

启动子（promoter）作用和功能：启动子是指一段能使特定基因进行转录的DNA序列。启动子可以被RNA聚合酶辨认，并开始转录合成RNA。

期待未来·2023-10-07 20:18

EGFR突变通过表观组学和转录因子网络重构促进恶性胶质瘤发生--2021-04-09

EGFRMutationPromotesGlioblastomathroughEpigenomeandTranscriptionFactorNetworkRemodelingmolecularcell15.584思路H3K4me1和H3K27acchip-seq发现EGFRvIII突变导致SOX9和FOXG1的上调→EGFR抑制剂可以降低SOX9和FOXG1的表达→EGFRvIII在多种细胞系中上

FFwizard·2023-10-07 18:47

洛谷刷题笔记鸡尾酒疗法

题目描述鸡尾酒疗法，原指“高效抗逆转录病毒治疗”（HAART），由美籍华裔科学家何大一于19961996年提出，是通过三种或三种以上的抗病毒药物联合使用来治疗艾滋病。

冰糖葫芦不加冰0·2023-10-07 06:54

10X单细胞基础+个性化合集2

作者，EvilGenius这一篇分享以下后三个部分单细胞个性化分析之细胞通讯篇单细胞个性化分析之CNV篇单细胞个性化分析之转录因子篇单细胞个性化分析之细胞通讯篇组织是一个有序的统一体，细胞与细胞之间不是割裂的存在

单细胞空间交响乐·2023-10-07 04:17

10X单细胞（10X空间转录组）scanpy做多样本整合的智慧（bbknn）

hello，大家好，今天我们来回顾一下，不讲新的东西，回顾一下scanpy做10X单细胞（10X空间转录组）多样本整合的方法，这个方法跟Seurat差别比较大，目前引用scanpy做多样本整合的文献还比较少

单细胞空间交响乐·2023-10-06 20:54

10X单细胞（10X空间转录组）通讯分析之总结Nichenet多条件差异通讯

作者，追风少年i周三了，好好学习，天天搬砖，人生没有倒带，前进才是真理接上一篇，10X单细胞（10X空间转录组）通讯分析之总结Nichenet生态位通讯比较分析，不同条件下样本之间的差异通讯，其实关于通讯最开始的分析是细胞类型之间

单细胞空间交响乐·2023-10-06 17:13

[文献分享]代谢物间的互作通过激活TOR激酶来控制植物的呼吸代谢

利用高通量方法，我们直接鉴定了特定的代谢物，这些代谢物对拟南芥成熟叶片的夜间耗氧量(RN)进行转录、翻译和翻译后的调控。

巩翔宇Ibrahimovic·2023-10-06 13:36

一文总结：双荧光素酶实验的原理、应用及详细步骤

——双萤光素酶报告基因检测想知道转录因子对下游基因的作用?——双萤光素酶报告基因检测没错，双萤光素酶体系就是这么的强大!双荧光素酶报告基因通常以萤火虫荧光素酶为报告基因，以海肾荧光素酶为内参基因。

生物女学霸·2023-10-06 13:20

转录组分析笔记（4）质量控制

fastq-dump将sra数据转换成fastq格式for((i=59;i<=62;i++));dofastq-dump--gzip--split-3-Arawdata/SRR35899$i.sra-O/01fastqdata;done结果没有文件输出111.jpg删了输出文件夹，就可以了（时间约2个小时）for((i=59;i<=62;i++));dofastq-dump--gzip--spli

韦巍_e3f3·2023-10-06 10:44

2021-10-19

NatBiotech|整合空间转录组进行单细胞分割原创huacishu图灵基因今天收录于话题#前沿分子生物学技术撰文：huacishuIF=54.901推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：1、研究人员描述了一种分割方法

图灵基因·2023-10-06 06:22

三十六策第 10 策举一反三

三十六策第10策举一反三三十六策第10策举一反三把分子的不同形态当作一个独立的角度来处理把分子，包括基因DNA、基因的转录产物mRNA、以及基因的表达产物蛋白，还有在DNA、RNA和蛋白三个层面上所有的修饰变化

Kururu1799·2023-10-06 04:22

SCENIC||单细胞基因调控网络推断与聚类

（a）使用GENIE3或GRNBoost推断转录因子与候选靶基因之间的共表达模块。RcisTarget可识别那些调节子的结合基序在目标基因中显着富集的模块。并创建仅具有直接target的调节单元。

生信编程日常·2023-10-05 17:17

NBIS系列单细胞转录组数据分析实战（三）：多样本数据整合

第三节：多样本数据整合在本节教程中，我们将探讨多个样本scRNA-seq数据集整合的不同方法。我们使用两种不同的方法来校正跨数据集的批处理效应。同时，我们还给出一种量化措施，以评估不同数据集整合的效果。Seurat使用单细胞数据综合集成中介绍的数据整合方法，而Scran和Scanpy使用相互最近邻方法（MNN）。以下是用于多样本数据集整合的常用方法：MarkdownLanguageLibraryR

Davey1220·2023-10-05 07:51

热点综述 | 跨模态单细胞分析的最佳实践

跨模态单细胞分析转录组scRNA-seq测量每个细胞的mRNA分子丰度。提取的生物组织样本构成了单细胞实验的输入。组织在单细胞解离过程中被消化，

wen05054105·2023-10-05 01:17

Nature Methods | 空间组学数据库推荐：SODB

主流空间组学技术包含空间转录组、空间蛋白质、空间代谢组等。随着技术的发展，大量的空间组学数据快速产生，并存储在各种异构数据平台中。