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Linux
AMBER
accounts.json: elasticsearch官网的测试数据
{"index":{"_id":"1"}}{"account_number":1,"balance":39225,"firstname":"
Amber
","lastname":"Duke","age":
niewj
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2020-11-18 23:50
elasticsearch
恩博（
Amber
）蓝山咖啡介绍
破天荒、史无前例……牙买加恩博庄园蓝山咖啡生豆粉墨登场。2004年蓝山咖啡正式进入中国市场，是以熟豆成品包装的形式，当时的品牌是马维斯班庄园的蓝山咖啡豆。2009年前，牙买加蓝山咖啡恩博庄园的熟豆产品也开始进入中国，但是蓝山咖啡生豆却从未在中国市场真正进口销售，基本上被日本购买。从2010年起蓝山咖啡生豆才陆续进入中国，包括RSW庄园，马维斯班庄园，瓦伦福德庄园、金杯庄园等不同庄园的生豆，从200
jingjingxiao
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2020-10-11 17:20
老火汤营养好？只能害你贴秋膘！
2016-08-20
Amber
绿膳谷你知道吗？
Amber
姐说，喝老火汤=增肥贴膘！啊？Why？汤不是煲得越久营养越高吗？！食之真相只有一个，让我们看看专家怎么说！
绿膳谷
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2020-10-10 09:35
“妈妈，我们班那个留学的同学回国了。”
文|安柏From海淀花生妈微信号：
Amber
20160601去年的这个时候，我写过一篇《开学了，我们班上又少了两个同学》，讨论了低龄留学现象，《浙江教育报》也刊登了这篇文章。
INSIGHT视界
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2020-09-23 00:00
众筹丨蜜蜡珍品，出自“黄金海岸”，宝光四溢，触目灿然
只是呈半透明至不透明的琥珀，被归类为蜜蜡（英文
Amber
一词源自阿拉伯文，意思是“浮于水”）。
一条
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2020-09-22 00:00
2020年9月份国产网络游戏审批信息（第二批）：65款游戏过审
投稿邮箱：
[email protected]
商务合作：
Amber
（微信：lcxk6876767）其他合作：老林（微信：sea_bug）
GameRes游资网
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2020-09-21 00:00
有一对J罩杯“卡通胸”是什么feel？妹子表示：太痛苦！很辛苦！
她身高只有1米6，但胸部却有J罩杯…很多人羡慕大胸，但对
Amber
来说，这34J的“卡
英国那些事儿
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2020-09-20 00:00
“妈妈，我们班那个出国的同学回来了。”
本文经授权转载自：海淀花生妈ID：
Amber
201606去年的这个时候，我写过一篇《开学了，我们班上又少了两个同学》，讨论了低龄留学现象，《浙江教育报》也刊登了这篇文章。
北美留学生日报
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2020-09-20 00:00
golang 判断元素是否在数组内
背景众所周知，golang里没有像python的in来判断元素是否在list里存在，可替代的办法是将list放到map里，在map里判断元素是否存在//已知list中元素"
amber
","jack"arr
一只叫土豆的猫
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2020-09-17 11:10
go语言
Amber
计算MM能量
如果是需要计算蛋白质等体系的MM能量，不需要进行结构优化，即单点MM能量，在隐式环境中的输入脚本为：energyminimization&cntrlimin=1,ntb=0,maxcyc=1,cut=9999.0,/然后运行命令：sander-O-imin.in-omd1.out-pprmtop-cinpcrd1md1.out的结果
Code Wang
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2020-09-17 00:04
量子化学
Amber
力场
能量
Amber
Informationthatallthesimulationprogramsneed:1.Cartesiancoordinatesforeachatominthesystem.2."Topology":connectivity,atomnames,atomtypes,residuenames,andcharges.Thisinformationcomesfromthedatabase,which
weixin_30666753
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2020-09-17 00:43
数据库
amber
中使用TIP4P水模型参数文件的生成
主要参照
Amber
2016ReferenceManual中3.5章节Solvents所介绍，给出一个tleap.in脚本样式，如下图：必须注意：使用leap产生的参数最好不要更换机器，实践证明，使用A机器生成参数而使用
李思琪
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2020-09-16 23:47
AMBER
分子动力学简例
AMBER
分子动力学简例（一）概述以下是使用
AMBER
包的简单教程，希望对开始学习分子动力学的同学有用处。申明一下，以下教程原版来自网上，是最最基本的教程，同时也非常实用，有非常好的借鉴意义。
rogerzhanglijie
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2020-09-16 23:28
分子动力学
amber
中生成小分子模板（转）
amber
中生成小分子模板（转）第一步：生成小分子模板蛋白质中各氨基酸残基的力参数是预先存在的，但是很多模拟过程会涉及配体分子，这些有机小分子有很高的多样性，他们的力参数和静电信息不可能预存在库文件中，
rogerzhanglijie
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2020-09-16 23:28
分子动力学
利用并行的方法计算自由能
利用
Amber
中的模块MMPBSA.py.MPI进行自由能的并行计算。在计算的过程中，需要为每一个进程（线程）分配相同数目的贞数据，当然也不按照这样的分配方法。其目的主要是为了使并行的过程更加的高效。
rogerzhanglijie
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2020-09-16 23:57
分子动力学
Amber
中对体系的距离角度和二面角加以限制
NMR的限制：在使用加限制的PDB文件时，文件中的结构必须包含H原子，如果不包含可以使用命令：ambpdb-aatm-pprmtopamb.pdb做此步的目的是保留正确的原子序号.1.距离的限制为了获得
Amber
rogerzhanglijie
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2020-09-16 23:57
分子动力学
利用
Amber
构建糖蛋白体系的整个流程
利用了两周的时间，总算摸清楚了应该如何构建糖蛋白体系，由于我的体系是通过找到潜在的糖基化位点，利用糖基化之后的蛋白来构建
Amber
能够识别的体系。
rogerzhanglijie
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2020-09-16 23:57
分子动力学
Amber
中利用nmode模块进行熵计算
最近在对一个系统进行MD计算模拟，在对生成的轨道做能量分析时，突然遇到点问题，也就是对系统熵的计算。主要原因也就是自己系统太大，没法进行熵计算。因此，就需要将系统中关键部位的残基拿出来构建一个小系统。我看目前许多发表的文章也是按照这个思路在做。如何定义关键部位呢，通常选取小分子周围8-12A范围的残基作为关键残基，并与小分子一起拿出来共同构建一个小系统。我具体的做法如下：1.确定关键残基的编号。由
rogerzhanglijie
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2020-09-16 23:56
分子动力学
Amber
中Lipid11 PDB文件的格式
LIPID11中每个磷脂分子由3个残基组成。当在LEAP程序中加在磷脂的PDB文件时，LEAP程序就可以将分子的头部和尾部连接在一起。为了使LEAP能够正确的识别磷脂分子，PDB中残基的定义方式应当按照下面的定义方法：PDB中的每一个磷脂分子的定义：sn-1tailresidueheadgroupresiduesn-2tailresidueTER在将PDB载入LEAP的时候，应当将PDB文件中的C
rogerzhanglijie
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2020-09-16 23:56
分子动力学
更换pdb文件中的特定的字符使之转换为能够在
AMBER
中运行的pdb文件
""""author:lijiezhangdata:2012-05-24func:thisscriptisusedtoremovetheatomorlinewhichisnotneededinthefileform"""importglobL=["HB","O5T","H2A*","O3T","HN6A","HN6B","HE","HN2A","HN2B","H2B*","HN4A","HN4B"
rogerzhanglijie
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2020-09-16 23:56
Python
AMBER
:UBUNTU18.04安装编译
AMBER
18的过程和遇到的问题与解决
Nouveau1.2.4安装驱动并检查是否安装成功1.3安装CUDA1.3.1下载CUDA9.11.3.2安装CUDA9.11.3.3检查CUDA9.1是否安装成功1.4安装依赖的软件及软件库1.5安装anaconda2.
AMBER
18
贺俊宏
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2020-09-16 23:55
分子动力学
AMBER
MD
分子动力学
分子模拟
安装教程
AMBER
:使用Cpptraj计算RMSD 以及使用中遇到的问题
记录笨比生活又一天输入文件rms.in设置运行cpptraj遇到的问题1.cpptraj不输出结果2.空格的问题Tofirst:[空格]1-249&!@H=firstTofirst[空格]:1-249&!@H=first输入文件rms.in设置parmXXXXX.prmtop#载入拓扑文件trajinXXXX_prod.nc#载入轨迹文件rmsToFirst:1-13&!@H=firstoutrm
贺俊宏
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2020-09-16 23:55
分子动力学
AMBER
分子动力学
AMBER
:运行分子动力学中vmd的使用教程
标题转载来源于san’snote来自于大佬的个人博客写得很详细.对初学者的我帮助很大本教程旨在向您介绍如何将VMD与
AMBER
一起使用，介绍如何加载
AMBER
轨迹文件和inpcrd文件以及如何处理数据。
贺俊宏
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2020-09-16 23:55
分子动力学
用
Amber
进行能量分解和计算结合自由能——MMPBSA工具
用
Amber
进行能量分解和计算结合自由能Firstrelease：2018-01-13Lastupdate:2018-03-17四川魔德科技有限公司(www.modekeji.cn)，专业从事分子模拟，
Molecular_Model
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2020-09-16 22:05
软件学习
amber
初学……
amber
初学……以下是分子动力学模拟的一般性步骤,具体的步骤和过程依赖于你研究的体系和所用的软件,但这并不影响我们把它当作一个入门指南.1.评估体系首先需要对我们要进行模拟的体系做一个简单的评估,有三个问题是我们必须要明确的
banquanoe48405
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2020-09-16 22:12
运维
开发工具
分子动力学模拟手把手教你
如果你是
AMBER
的新用户或对一般的分子动力学模拟毫无了解可通过此教程入门.教程简介这个教程旨在介绍如何使用
Amber
进行分子动力学模拟，并假设您以前没有使用过
Amber
.它专门为想要了解如何运行分子动力学模拟的新用户而设计
aa74159
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2020-09-16 22:45
Android源码编译GC overhead limit exceeded. Try increasing heap size with java option '-Xmx'
现在编译源码已经成了家常便饭了，基本上定期对公司每个项目的主线代码进行同步，然后晚上下班前开启编译，防止有的问题单别人已经修改了，自己还在这花时间修改，但是这两天真是奇怪，同一套编译环境，
amber
、s2
红-旺永福
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2020-09-15 11:11
Android框架总结
android
framework
Android反编译
framework
android
makefile
源码
枚举类型应用举例
代码如下packagecom.
amber
.ivy;publicclassE
AmberSheng
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2020-09-15 08:11
java
Can you answer these queries III
quady0xy把AxA_xAx修改为yyy操作1lr1\quadl\quadr1lr询问区间[l,r][l,r][l,r]的最大子段和输入输出样例输入41234411303-3124133输出64-3/***
Amber
Snow_in_winter
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2020-09-15 03:03
数据结构
acm竞赛
计算机视觉offer参考
offer参考作者：
Amber
20181008173077链接：https://www.nowcoder.com/discuss/135497来源：牛客网【公司简介】精微视达医疗科技（武汉）有限公司（简称精微视达
sjn-supermoon
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2020-09-14 23:08
offer
实习
elasticsearch 查询索引以及nested查询
查询上一篇已经创建索引link.现在先往索引里添加数据PUTbank/_bulk{"index":{"_id":"1"}}{"account_number":1,"balance":39225,"firstname":"
Amber
coldcp
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2020-09-14 18:26
腾讯游戏·王牌游戏岗位仍虚位以待你的到来！
投稿邮箱：
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商务合作：
Amber
（微信：lcxk6876767）其他合作：老林（微信：sea_bug）
GameRes游资网
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2020-09-13 00:00
谁说美国小学轻松？美国精英小学刷新了海淀妈妈的三观
本文经授权转载自：海淀花生妈ID：
Amber
201606今年寒假时，布丁妈妈带着一年级的小布丁，在美国加州小学插班，上了一个月学，实地感受一下当地的学习情况。
北美留学生日报
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2020-09-07 00:00
【上海】米哈游招聘程序、美术、策划、运营等岗位
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（微信：lcxk6876767）其他合作：老林（微信：sea_bug）
GameRes游资网
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2020-09-06 00:00
在美国的“鸡娃区”转了一圈，刷新了我这个海淀妈的三观
本文经授权转载自：海淀花生妈ID：
Amber
201606今年寒假时，布丁妈妈带着一年级的小布丁，在美国加州小学插班，上了一个月学，实地感受一下当地的学习情况。
北美留学生日报
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2020-09-04 00:00
“有你才完美 无畏才青春”·2021完美世界美术招聘
投稿邮箱：
[email protected]
商务合作：
Amber
（微信：lcxk6876767）其他合作：老林（微信：sea_bug）
GameRes游资网
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2020-08-30 00:00
三七互娱空中宣讲会·2021校园招聘信息
投稿邮箱：
[email protected]
商务合作：
Amber
（微信：lcxk6876767）其他合作：老林（微信：sea_bug）
GameRes游资网
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2020-08-30 00:00
final 第一次大彩总结
首先，事成，玥玥，石颖，
amber
他们把台词都记得比较熟。演起来起来就比较容易。其次我们意识到演出，真正的排演是要大家在一起的。
rosa瑾箬
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2020-08-24 15:31
amber
复盘--20180214
年度目标：阅读10本以上书籍／每日运动，降低感冒频次；哈他瑜伽阴瑜伽结合练习，提高1个层次／幼儿成长，陪同养成自主自理习惯／理财，获取多种投资途径／工作尽责／家庭，好好有效沟通，包容，控制情绪化；本周目标：阅读完一本书籍／瑜伽2次／每日运动／冥想昨日复盘：亲子教育／陪伴／la l l L lzn d h z f b h v r h y r r h j f j f j d j d j d j d
amber2040
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2020-08-24 06:10
amber
复盘--20180210
年度目标：阅读10本以上书籍／每日运动，降低感冒频次；哈他瑜伽阴瑜伽结合练习，提高1个层次／幼儿成长，陪同养成自主自理习惯／理财，获取多种投资途径／工作尽责／家庭，好好有效沟通，包容，控制情绪化；本周目标：阅读完一本书籍／瑜伽2次／亲子教育昨日复盘：亲子教育／逛街前天晚上到丹东婆家，近12个小时高铁真是累，虽然下载了几部影片，但基本看着看着就睡着，没能连续看完一部。或许是生活条件改善加上年纪变大，
amber2040
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2020-08-23 18:49
搭建高性能计算环境（五）、应用软件的安装之
Amber
12
1，上传需要的软件包
Amber
12.tar.gz、AmberTools13.tar.bz2、
Amber
12_GPU_Benchmark_Suite.tar.gz。
Patrick11111
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2020-08-22 16:42
amber
复盘--20180214
年度目标：阅读10本以上书籍／每日运动，降低感冒频次；哈他瑜伽阴瑜伽结合练习，提高1个层次／幼儿成长，陪同养成自主自理习惯／理财，获取多种投资途径／工作尽责／家庭，好好有效沟通，包容，控制情绪化；本周目标：阅读完一本书籍／瑜伽2次／每日运动／冥想昨日复盘：亲子陪伴／教育在东北过年远没有在南丰老家过年好玩，婆家这边亲戚很少走动，所有亲戚也只有我们有小孩，大家更玩不到一块。每天基本都窝在家里没什么活动
amber2040
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2020-08-22 15:31
许渊冲：一生热爱，百年不孤独
作者|都靓
Amber
你正在做的事情，是你喜欢的吗？你喜欢的事，10年后、20年后、50年后还会继续做吗？我试着问自己，却迟迟不敢回答。
灼见
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2020-08-22 00:00
2020年8月份国产网络游戏审批信息：57款游戏过审
投稿邮箱：
[email protected]
商务合作：
Amber
（微信：lcxk6876767）其他合作：老林（微信：sea_bug）
GameRes游资网
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2020-08-22 00:00
用梦想来叫醒生活
最近学习了
amber
老师的时间管理课，我要好好管理一下自己的生活和时间，不能再荒废时间，让光阴流逝而不自知。总会在很多时候，觉得自己有大大的梦想，却不知道如何去
小禾草
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2020-08-20 11:12
写作业“大战”
amber
上大班了，作业相对中班多了不少，而写作业成了我们娘俩每天晚上必须的战斗。刚开始，语文和拼音作业需要近一个小时完成，有时甚至超过一个小时。
amberTT
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2020-08-20 04:13
amber
安装部署
Ambari是ApacheSoftwareFoundation中的一个顶级项目。Ambari可以创建、管理、监控Hadoop的集群。包括整个Hadoop生态圈（例如Hive，Hbase，Sqoop，Zookeeper等）。无论是初学者像快速部署一套Hadoop环境，还是用于生产的自动化部署，Ambari都可以满足。你可以在官网http://ambari.apache.org/获取最新的Ambari
weixin_43911740
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2020-08-16 09:01
AMBER
:对单个复合物进行分子动力学模拟的python包(cpu并行版本)
最近在试着把md的标准过程写成python包,闲话少说上脚本#!/usr/bin/envpython#-*-coding:utf-8-*-#=============================================================================#对于单个复合物进行md流程#======================================
贺俊宏
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2020-08-16 08:08
分子动力学
#
AMBER
分子动力学软件
Amber
18介绍与基础教程(持续更新)
Amber
是由多模块所组成的分子动力学软件,其工作流主要如下:其中又分为:1.系统预处理预处理(pdb预处理,LEAP,antechamber和gaff等)2.运行动力学模拟(sander,pmemd等
贺俊宏
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2020-08-16 08:08
分子动力学
Amber
在Ubuntu/Debian上的安装教程 - 分子动力学
Amber
在Ubuntu/Debian上的安装教程前言：想想现在离2018iGEM结束已经有快半年，最近这几天因为一些事情重新整理干实验，相当于是一步一步重新复一遍程序。
Chonpca
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2020-08-16 07:33
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