ArchR

7.ArchR的整合（1）

projection即作者的Fig2b中的部分7.1去读入MPAL的样本>##################1.读取Fragments信息文件###################>#input文件路径，ArchR
武艺晴小朋友你好·2024-09-07 17:21

6.ArchR的可视化（4）：TF的Footprint

愿武艺晴小朋友一定得每天都开心在greenleaf团队的这篇发表文章的图表信息中，并没有Footprint的内容；但是呢：我还是蛮想基于现在拿到的celltype;看看在HealthyBM造血环境下的B细胞系的TFs它们的Footprint的情况步骤如下：##B细胞系的FootprintmotifPositionsunique(projHeme2$celltype)[1]"CLP1""Erythr
武艺晴小朋友你好·2024-09-07 17:51

monocle2 fibroblast silicosis inmt

gc()#####安装archr包##别处复制.libPaths(c("/home/data/t040413/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.2","/home/data
生信小博士·2024-01-11 04:33

使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第十三章)

本文首发于我的个人博客，http://xuzhougeng.top/往期回顾:使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第一章)使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第二章)使用ArchR分析单细胞
xuzhougeng·2024-01-04 14:17

使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第五章)

本文首发于我的个人博客，http://xuzhougeng.top/往期回顾:使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第一章)使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第二章)使用ArchR分析单细胞
xuzhougeng·2023-11-28 03:00

使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第十四章)

本文首发于我的个人博客，http://xuzhougeng.top/往期回顾:使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第一章)使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第二章)使用ArchR分析单细胞
xuzhougeng·2023-11-06 12:05

使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第六章)

本文首发于我的个人博客，http://xuzhougeng.top/往期回顾:使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第一章)使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第二章)使用ArchR分析单细胞
xuzhougeng·2023-10-11 00:22

各种批量富集分析 cluster enrichments degs_enrich singlegroup_enrich clusterprolifer

#####安装archr包##别处复制.libPaths(c("/home/data/t040413/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.2","/home/data/t040413
Young.Dr·2023-10-03 06:27

ArchR官网教程学习笔记15:ArchR的整合分析

系列回顾：ArchR官网教程学习笔记1：GettingStartedwithArchRArchR官网教程学习笔记2:基于ArchR推测DoubletArchR官网教程学习笔记3:创建ArchRProjectArchR
生信start_site·2023-09-07 04:53

ArchR官网教程学习笔记16（下）:ArchR的轨迹推断分析

系列回顾：ArchR官网教程学习笔记1：GettingStartedwithArchRArchR官网教程学习笔记2:基于ArchR推测DoubletArchR官网教程学习笔记3:创建ArchRProjectArchR
生信start_site·2023-08-21 00:36

ArchR官网教程学习笔记9:ArchR的伪批量重复

系列回顾：ArchR官网教程学习笔记1：GettingStartedwithArchRArchR官网教程学习笔记2:基于ArchR推测DoubletArchR官网教程学习笔记3:创建ArchRProjectArchR
生信start_site·2023-08-18 11:37

ArchR官网教程学习笔记4:ArchR的降维

系列回顾：ArchR官网教程学习笔记1：GettingStartedwithArchRArchR官网教程学习笔记2:基于ArchR推测DoubletArchR官网教程学习笔记3:创建ArchRProject
生信start_site·2023-08-16 22:40

ArchR官网教程学习笔记5:ArchR的聚类

系列回顾：ArchR官网教程学习笔记1：GettingStartedwithArchRArchR官网教程学习笔记2:基于ArchR推测DoubletArchR官网教程学习笔记3:创建ArchRProjectArchR
生信start_site·2023-08-10 14:57

ArchR分析scATAC-seq数据(1)-基础入门

第1章:ArchR基础入门这一章将会介绍如何导入数据，如何构建Arrow文件，这是后续ArchR分析的基础。
夕颜00·2023-08-04 13:50

ArchR官网教程学习笔记11:鉴定Marker峰

系列回顾：ArchR官网教程学习笔记1：GettingStartedwithArchRArchR官网教程学习笔记2:基于ArchR推测DoubletArchR官网教程学习笔记3:创建ArchRProjectArchR
生信start_site·2023-07-23 13:42

ArchR官网教程学习笔记12:Motif和Feature富集

系列回顾：ArchR官网教程学习笔记1：GettingStartedwithArchRArchR官网教程学习笔记2:基于ArchR推测DoubletArchR官网教程学习笔记3:创建ArchRProjectArchR
生信start_site·2023-06-11 16:43

使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第二章)

本文免费阅读地址:http://xuzhougeng.top/archives/analysis-sc-atac-seq-with-archr-chapter2第2章:使用ArchR推断Doublet单细胞数据分析中的一个重要问题就是
xuzhougeng·2023-06-07 18:36

ArchR官网教程学习笔记16（上）:ArchR的轨迹推断分析

系列回顾：ArchR官网教程学习笔记1：GettingStartedwithArchRArchR官网教程学习笔记2:基于ArchR推测DoubletArchR官网教程学习笔记3:创建ArchRProjectArchR
生信start_site·2023-04-09 09:01

ArchR官网教程学习笔记7:ArchR的基因评分和Marker基因

系列回顾：ArchR官网教程学习笔记1：GettingStartedwithArchRArchR官网教程学习笔记2:基于ArchR推测DoubletArchR官网教程学习笔记3:创建ArchRProjectArchR
生信start_site·2023-04-05 23:42

ArchR官网教程学习笔记14:ArchR的Footprinting分析

系列回顾：ArchR官网教程学习笔记1：GettingStartedwithArchRArchR官网教程学习笔记2:基于ArchR推测DoubletArchR官网教程学习笔记3:创建ArchRProjectArchR
生信start_site·2023-04-05 14:15

ArchR官网教程学习笔记10:ArchR的call peak

系列回顾：ArchR官网教程学习笔记1：GettingStartedwithArchRArchR官网教程学习笔记2:基于ArchR推测DoubletArchR官网教程学习笔记3:创建ArchRProjectArchR
生信start_site·2023-04-04 11:05

ArchR官网教程学习笔记6:单细胞嵌入（Single-cell Embeddings）

系列回顾：ArchR官网教程学习笔记1：GettingStartedwithArchRArchR官网教程学习笔记2:基于ArchR推测DoubletArchR官网教程学习笔记3:创建ArchRProjectArchR
生信start_site·2023-04-02 13:06

scATAC分析神器ArchR初探-使用ArchR进行主题和功能丰富(12)

scATAC分析神器ArchR初探-简介（1）scATAC分析神器ArchR初探-ArchR进行doublet处理（2）scATAC分析神器ArchR初探-创建ArchRProject（3）scATAC
基因侦探·2022-02-21 00:17

scATAC分析神器ArchR初探-使用ArchR-peak-calling（10）

scATAC分析神器ArchR初探-简介（1）scATAC分析神器ArchR初探-ArchR进行doublet处理（2）scATAC分析神器ArchR初探-创建ArchRProject（3）scATAC
基因侦探·2022-02-19 01:16

scATAC分析神器ArchR初探-简介（1）

scATAC分析神器ArchR初探-简介（1）scATAC分析神器ArchR初探-ArchR进行doublet处理（2）scATAC分析神器ArchR初探-创建ArchRProject（3）scATAC
基因侦探·2022-02-13 05:45

scATAC分析神器ArchR初探-使用ArchR进行足迹（14）

scATAC分析神器ArchR初探-简介（1）scATAC分析神器ArchR初探-ArchR进行doublet处理（2）scATAC分析神器ArchR初探-创建ArchRProject（3）scATAC
基因侦探·2022-02-13 05:26

scATAC分析神器ArchR初探-利用ArchR丰富ChromVAR偏差(13)

scATAC分析神器ArchR初探-简介（1）scATAC分析神器ArchR初探-ArchR进行doublet处理（2）scATAC分析神器ArchR初探-创建ArchRProject（3）scATAC
基因侦探·2022-02-12 21:31

scATAC分析神器ArchR初探-使用ArchR计算基因活性值和标记基因（7）

scATAC分析神器ArchR初探-简介（1）scATAC分析神器ArchR初探-ArchR进行doublet处理（2）scATAC分析神器ArchR初探-创建ArchRProject（3）scATAC
基因侦探·2022-02-12 03:11

scATAC分析神器ArchR初探-使用ArchR进行整合分析（15）

scATAC分析神器ArchR初探-简介（1）scATAC分析神器ArchR初探-ArchR进行doublet处理（2）scATAC分析神器ArchR初探-创建ArchRProject（3）scATAC
基因侦探·2022-02-10 11:21

scATAC分析神器ArchR初探-ArchR中的伪批次重复处理（9）

scATAC分析神器ArchR初探-简介（1）scATAC分析神器ArchR初探-ArchR进行doublet处理（2）scATAC分析神器ArchR初探-创建ArchRProject（3）scATAC
基因侦探·2021-06-25 11:28

scATAC分析神器ArchR初探-scRNA-seq确定细胞类型（8）

scATAC分析神器ArchR初探-简介（1）scATAC分析神器ArchR初探-ArchR进行doublet处理（2）scATAC分析神器ArchR初探-创建ArchRProject（3）scATAC
基因侦探·2021-06-24 06:50

scATAC分析神器ArchR初探-ArchR进行doublet处理（2）

scATAC分析神器ArchR初探-简介（1）scATAC分析神器ArchR初探-ArchR进行doublet处理（2）scATAC分析神器ArchR初探-创建ArchRProject（3）scATAC
基因侦探·2021-06-23 23:22

scATAC分析神器ArchR初探-使用ArchR进行轨迹分析（16）

scATAC分析神器ArchR初探-简介（1）scATAC分析神器ArchR初探-ArchR进行doublet处理（2）scATAC分析神器ArchR初探-创建ArchRProject（3）scATAC
基因侦探·2021-06-16 10:17

scATAC分析神器ArchR初探-使用ArchR降维（4）

scATAC分析神器ArchR初探-简介（1）scATAC分析神器ArchR初探-ArchR进行doublet处理（2）scATAC分析神器ArchR初探-创建ArchRProject（3）scATAC
基因侦探·2021-06-14 15:30

scATAC分析神器ArchR初探--使用ArchR进行聚类（5）

scATAC分析神器ArchR初探-简介（1）scATAC分析神器ArchR初探-ArchR进行doublet处理（2）scATAC分析神器ArchR初探-创建ArchRProject（3）scATAC
基因侦探·2021-06-14 11:03

scATAC分析神器ArchR初探-单细胞嵌入（6）

scATAC分析神器ArchR初探-简介（1）scATAC分析神器ArchR初探-ArchR进行doublet处理（2）scATAC分析神器ArchR初探-创建ArchRProject（3）scATAC
基因侦探·2021-06-10 23:11

scATAC分析神器ArchR初探-创建ArchRProject（3）

scATAC分析神器ArchR初探-简介（1）scATAC分析神器ArchR初探-ArchR进行doublet处理（2）scATAC分析神器ArchR初探-创建ArchRProject（3）scATAC
基因侦探·2021-04-18 17:41

ArchR官网教程学习笔记13:ChromVAR偏差富集

系列回顾：ArchR官网教程学习笔记1：GettingStartedwithArchRArchR官网教程学习笔记2:基于ArchR推测DoubletArchR官网教程学习笔记3:创建ArchRProjectArchR
生信start_site·2020-12-01 08:58

ArchR官网教程学习笔记3:创建ArchRProject

系列回顾：ArchR官网教程学习笔记1：GettingStartedwithArchRArchR官网教程学习笔记2:基于ArchR推测DoubletArchRProject允许我们将多个Arrowfiles
生信start_site·2020-11-20 10:02

ArchR官网教程学习笔记1：Getting Started with ArchR

前几天在一次偶然的机会里，有幸和一个专门做生信的老外聊了聊（纽约某校的PI），从他那里听说ArchR是一个非常强大且值得学习的软件。那么既然专家都这么说了，那必须赶快学起来。
生信start_site·2020-11-20 03:29

使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第十五章)

本文首发于我的个人博客，http://xuzhougeng.top/往期回顾:使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第一章)使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第二章)使用ArchR分析单细胞
徐洲更hoptop·2020-08-23 12:22

使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第十六章)

本文首发于我的个人博客，http://xuzhougeng.top/往期回顾:使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第一章)使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第二章)使用ArchR分析单细胞
徐洲更hoptop·2020-08-23 12:22

使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第十四章)

本文首发于我的个人博客，http://xuzhougeng.top/往期回顾:使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第一章)使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第二章)使用ArchR分析单细胞
徐洲更hoptop·2020-08-23 12:22

使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第十三章)

本文首发于我的个人博客，http://xuzhougeng.top/往期回顾:使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第一章)使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第二章)使用ArchR分析单细胞
徐洲更hoptop·2020-08-23 12:21

使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第十二章)

本文首发于我的个人博客，http://xuzhougeng.top/往期回顾:使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第一章)使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第二章)使用ArchR分析单细胞
xuzhougeng·2020-08-13 14:51

使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第十一章)

本文首发于我的个人博客，http://xuzhougeng.top/往期回顾:使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第一章)使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第二章)使用ArchR分析单细胞
xuzhougeng·2020-08-13 14:41

使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第九章)

本文首发于我的个人博客，http://xuzhougeng.top/往期回顾:使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第一章)使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第二章)使用ArchR分析单细胞
xuzhougeng·2020-08-13 14:30

使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第十章)

本文首发于我的个人博客，http://xuzhougeng.top/往期回顾:使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第一章)使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第二章)使用ArchR分析单细胞
xuzhougeng·2020-08-13 14:21

使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第八章)

本文首发于我的个人博客，http://xuzhougeng.top/往期回顾:使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第一章)使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第二章)使用ArchR分析单细胞
xuzhougeng·2020-08-13 14:07

使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第七章)

本文首发于我的个人博客，http://xuzhougeng.top/往期回顾:使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第一章)使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第二章)使用ArchR分析单细胞
xuzhougeng·2020-08-13 14:54
上一页 1 2 下一页
按字母分类： ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ其他