Blast 第2页

ZLIB静态库的编译

夜已深茶已凉·2023-11-04 15:19

ubuntu(18.04) 安装 blast 并在php中调用

1、下载https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/2、解压，配置环境变量tarzvxfncbi-blast-2.14.1+

暗夜潜行·2023-11-01 06:16

Blast常用命令

构建蛋白质数据库：makeblastdb-inspinach.fa-parse_seqids-hash_index-outspinach_DB-dbtypeprot构建核酸数据库：makeblastdb-inspinach.fa-parse_seqids-hash_index-outspinach_DB-dbtypenucl#一般带上-parse_seqids-hash_indexblastp-q

BINBINCC·2023-10-31 21:27

生信入门：序列比对之blast在线和本地使用

主要内容1背景2在线blast3本地blast3.1老版本blast3.2新版本blast背景序列比对（SequenceAlignment）的基本问题是比较两个或两个以上序列的相似性。

基因的生物信息学分析·2023-10-31 09:50

生物信息课程学习 --- 比对，BLAST，马尔可夫

90‘，97’发表了BLAST，GappedBLAST和PSIBLAST（多序列比对）。

bannerDr·2023-10-31 09:49

生物信息学（1）——双序列比对之Needleman-Wunsch(NW)算法详解及C++实现

生物信息学系列博客索引生物信息学（1）——双序列比对之Needleman-Wunsch(NW)算法详解及C++实现生物信息学（2）——双序列比对之Smith-Waterman(SW)算法详解生物信息学（3）——双序列比对之BLAST

大青儿·2023-10-31 09:19

生物信息学分析-blast序列比对及结果详细说明

1.软件说明Blast是一种基于序列比对的分析工具，可以用于寻找生物序列之间的同源性，它的全称是BasicLocalAlignmentSearchTool。

小果运维·2023-10-31 09:47

Linux下实现 psi-blast 的多进程并批量生成 pssm 文件

0.说明：在Linux通过Python的多进程模块实现psi-blast的并行，批量生成pssm文件。

@ZyuanZhang·2023-10-30 19:51

记：2023CTF羊城杯-Reverse方向 CSGO ‘ ‘ 题目复现

当初打都没写出来，现在复现一下；羊城杯题目复现：第一题知识点：DES算法：Ez加密器第三题虚假控制流py字典MD5算法；；Blast知识点，只是博主个人学习的点。

Sciurdae·2023-10-27 00:28

记： CTF2023羊城杯 - Reverse 方向 Blast 题目复现and学习记录

文章目录前言题目分析and复习过程exp前言羊城杯题目复现：第一题知识点：DES算法：链接：Ez加密器第二题知识点：动态调试：链接：CSGO这一题的查缺补漏：虚假控制流的去除（还没学习）；MD5加密算法的原理：链接：MD5加密算法原理python字典的使用刚学点题目分析and复习过程ida打开，到main函数里面发现都是虚假控制流的混淆，还不知道怎么去除，先Shift+F12搜索字符串看到succ

Sciurdae·2023-10-27 00:28

记：2023羊城杯-Ez加密器-题目复现和学习记录““

羊城杯题目复现：第二题知识点：动态调试：CSGO第三题虚假控制流py字典MD5加密“”“”Blast题目分析and调试过程查壳nie进入IDA，shift+F12查找下字符串看看，定位过去先用N重命名一下函数

Sciurdae·2023-10-27 00:56

【request爬虫3】批量爬取Cell Blast

frompyqueryimportPyQueryaspqimporttimeimportjsonimportsysimportosimportre#设置数据保存路径&请求网址wd=r'/share/disk1/Data/Users/luohb/spider/Cell_BLAST

Geekero·2023-10-23 09:24

通过 blast 结果查看测序数据fastq是否被污染，以及污染reads所属物种、所占比例

下面我们通过blast的结果，来检查测序数据fastq是否被污染，以及污染来源、所占比例。

风风是超人·2023-10-21 02:57

ensemble使用教程

ensemble数据库的功能非常多，在此主要介绍用ensemble下载目标物种的全基因组文件和基因注释文件，以及如何用ensemble进行blast

花舞lala·2023-10-16 16:55

blast本地比对输出结果

之前写过一篇如何使用blast+套件进行本地blast库的创建及比对，今天跟大家聊聊比对结果的输出格式。

xiaoji_hb·2023-10-15 02:10

基础知识复习之比对

reads分布在什么位置，然后根据这个去找变异或者看表达量多少；拼接的话可以拼接转录本或者构建基因组序列比对就是将测序reads重新定位到基因组/转录组上，又叫mapping先说下特点和平常我们常用的blast

刘小泽·2023-10-14 17:59

miRNA测序数据生信分析——第四讲，未知物种的生信分析实例

——第四讲，未知物种的生信分析实例miRNA测序数据生信分析——第四讲，未知物种的生信分析实例1.下载测序数据2.原始数据质控——软件fastqc3.注释tRNA和rRNA，使用Rfam数据库——软件blast

彼岸花128·2023-10-13 23:09

miRNA测序数据生信分析——第三讲，已知物种的生信分析实例

——第三讲，已知物种的生信分析实例miRNA测序数据生信分析——第三讲，已知物种的生信分析实例1.下载测序数据2.原始数据质控——软件fastqc3.注释tRNA和rRNA，使用Rfam数据库——软件blast

彼岸花128·2023-10-13 20:26

NCBI下载nt/nr/swissprot库

NCBI下载nt/nr/swissprot库1.确定你要下载文件的位置https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/2.进行下载方法一：使用wget，nohupwgethttps

彼岸花128·2023-10-08 08:59

搭建PrimerServer2之Web UI界面

目前，已经有许多成熟的引物设计软件供大家使用，如本地版的Primer5以及NCBI上的Primer-BLAST等等。

老饕_Ljw·2023-10-03 07:53

BLAST本地比对太慢，不怕用diamond

但是，BLAST

lakeseafly·2023-10-01 18:30

如何计算kaks值和4dtv值

前期准备不同物种的蛋白和cds序列：os.pep,os.cds,sb.pep,sb.cds依赖程序：blast+,clustalw2,ParaAT,KaKs_Calculator注：所依赖程序需提前安装好

Davey1220·2023-09-23 10:49

使用R语言包RIdeogram展示blast双序列比对结果

RIdeogram是用来展示染色体组型（idiogram）的一个R语言包，比如展示snp的密度分布；展示某类基因在染色体上的分布等等。具体介绍可以参考https://www.plob.org/article/16335.html发表的论文是RIdeogram:drawingSVGgraphicstovisualizeandmapgenome-widedataontheidiogramsPeerJ2

小明的数据分析笔记本·2023-09-19 11:32

blast错误问题

所以想起来使用blast。win下blast，上学那阵子不知道跑了多少遍了。以为信手拈来，木想到安装之后居然翻车了。

谢京合·2023-09-18 09:14

在windows环境下安装运行NCBI-blast程序

Linux系统是生物信息处理的通用系统，但不是每个人都会使用Linux系统作为日常的操作系统，为了方便使用，所以本文记录了在win10系统中安装和使用blast程序的过程。

指尖笑1226·2023-09-13 14:04

PSSM矩阵的生成（ncbi-blast

PSSM矩阵的生成（ncbi-blast-2.9.0±win64）参考链接：https://blog.csdn.net/sxz940613/article/details/97102046https:/

carebon·2023-09-11 12:56

Houdini常用SOP节点

Blast删除。※删除图元、点、边或断点。Add添加。※创建点或多边形，或向输入添加点/多边形。Mountain山。根※据分形噪波沿其法线置换点，形成如山般形状。

_Ak_·2023-09-02 06:08

基因家族分析三把刀：hmmsearch＆blast&orthofinder

我只是个搬运工，侵权请私信，速删方法一：blast数据准备：下载NCBI中相关蛋白序列，将所有的fa序列放在一起成all.pep下载相关基因组的蛋白序列，eg：genome1.fa，genome2.fa

一直想要成为大牛的科研狗·2023-09-01 07:42

Ensembl 简介及其参考基因组

Ensembl工具包括BLAST,BLAT,BioMart和变异效应预测器(VEP)为所有支持的物种。BioMart是强大的RNA在线ID转换工具；BLAST是

花色匆匆·2023-08-31 14:06

生物笔记——暑期学习笔记（三）

生物笔记——暑期学习笔记（三）文章目录前言一、R篇1.数据筛选2.字符串处理3.练习二、生信篇1.blast基因家族鉴定2.hmm鉴定3.理化性质与亚细胞定位4.基因重复类型分析5.家族成员染色体位置分析

星石传说·2023-08-30 21:08

水稻叶病害识别（图像连续识别和视频识别,python代码，pytorch框架）

（图像连续识别和视频识别,python代码，pytorch框架）_哔哩哔哩_bilibili1.数据集介绍：自然环境下，4种水稻叶片病虫害数据集Bacterialblight（白叶枯病）共1548张，Blast

深度学习的奋斗者·2023-08-29 21:22

为什么 Biopython 的在线 BLAST 这么慢？

用过网页版本BLAST的童鞋都会发现，提交的序列比对往往在几分钟，甚至几十秒就可以得到比对的结果；而通过调用API却要花费几十分钟或者更长的时间！这到底是为什么呢？

BioIT爱好者·2023-08-28 12:09

blast | diamond 输出结果选择和解析 | 比对

之前的文章：构建NCBI本地BLAST数据库(NRNT等)|blastx/diamond使用方法|blast构建索引|makeblastdb本地运行blast时，需要指定outformat。

weixin_34032792·2023-08-25 07:26

linux比对nt数据库,linux BLAST序列比对（nt/nr库）

安装本地blast序列比对软件，我们可以搜索一个查询序列定制数据库，例如想研究一个新测序的基因组，或者感兴趣的一组蛋白质序列。

城北增暮寒·2023-08-25 07:56

将NR数据库diamond比对结果做物种注释

本文也只是根据我的需求重新整理了这篇文章】一文完成nt库序列快速下载及blast结果注释物种(qq.com)【装所需文件主要参考这个】(20条消息)NR数据库的物种注释_

江有枫xx·2023-08-25 07:54

blast命令

蛋白质序列比对蛋白质数据库（blastp）blastp-queryseq.fast-outseq.blast-dbdbname-outfmt6-evalue1e-5-num_descriptions10

Chenhu7·2023-08-25 07:54

Lecture 11-20

本地blast使用下载及安装：curl-Oftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.6.0+-x64

杨亮_SAAS·2023-08-25 06:18

常用生物信息学在线分析工具汇总(记录中...)

数据库NCBI主站：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/拟南芥：https://www.arabidopsis.org/AmiGO2STRINGPham序列比对、寻找同源蛋白、基因BLAST

胜言_·2023-08-19 00:34

简洁 | 优雅地整理 BLAST 比对结果

写在前面用过BLAST进行基因功能注释的朋友应该常常遇到两个问题：BLAST输出格式较多，选择哪一类输出格式更为实用？输出结果信息较多，如果方便下游数据分析？

生信石头·2023-08-18 10:12

windows本地BLAST（二）：操作及应用

以blastn用法为例:1、建索引：makeblastdb-dbtypenucl-inref.fasta注：-dbtype：序列类型，nucl为核酸序列，prot为蛋白序列。-in：输入文件，fasta格式文件。2、比对：blastn-queryquery.fa-dbref.fasta-outfmt6-outquery_result.blastn注：-query：你要查询的输入序列，fasta格式

想要学好生信的小白·2023-08-18 02:51

实验篇——基因家族成员鉴定（一)

文章目录前言一、TBtools介绍1.1TBtools能做什么1.2主界面介绍二、基因家族成员鉴定2.1获取序列文件2.2提取出CDS序列2.3将CDS序列翻译为AA序列2.4准备参考序列2.5第一次BLAST

星石传说·2023-08-16 13:13

关于DNA正负链的定义

用了NCBI的blast工具。发现结果当中每个exon在目标转录本上的匹配位置与这些exon在bed文件中的顺序是相反的。查了一下文献，整理如下。首先，是一些定义

Cady_duan·2023-08-12 11:01

单细胞研究 | Cell BLAST：一个自带高质量参考数据库的scRNA-seq数据检索/注释工具

遇到批次效应做单细胞数据分析时，我们常常用到不同时期或不同测序平台的数据，即使是同样的细胞类型也可能不能聚类到一个细胞群中。精确的单细胞转录组（scRNA-seq）数据检索和注释需要：1.克服数据集之间的批次效应；2.跨物种、平台、具有高质量注释的scRNA-seq数据库。近日，北京大学生物医学前沿创新中心（BIOPIC）、北京未来基因诊断高精尖创新中心（ICG）、北京大学生命科学学院生物信息中心

尐尐呅·2023-07-30 06:28

IgBLAST本地化教程

首先第1步：先下载NCBIIgBLASTwgethttps://ftp.ncbi.nih.gov/blast/executables/igblast/release/LATEST打开LATEST会看到许多包

tiancai_jie·2023-07-22 13:15

Linux安装blast+及使用

下载解压网址：https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/选择预编译的linux版本ncbi-blast-2.10.1+-x64

山竹山竹px·2023-07-20 07:56

bowtie序列比对软件的使用（2019.4.19）

Bowtie并不是一个简单的拼接工具，它不同于Blast等。它适合的工作是将小序列比对至大基因组上去。它最长能读取1024个碱基的片段。换言之，bowtie非常适合下一代测序技术。

L_bd68·2023-07-17 16:45

采用Trinotate对拼接结果进行注释

用于生成拼接后的转录本fasta文件）2.TransDecoder（用于预测转录本的蛋白编码区域）3.SQLite（用于整合数据库数据，我下的是Trinotate_v3.sqlite）4.NCBIBLAST+(用于比对Blast

多啦A梦的时光机_648d·2023-06-28 20:17

blast在linux上的用法

文章目录blast`mdkebalstdb`和`blast`的参数`一VS一`比对示例1.核酸序列比对`blastn`2.蛋白序列比对`blastp``一VS多`比对示例1.核酸序列比对`blastn`

最怕被温柔以待·2023-06-23 07:41

BioXFinder生物数据库

同时集成了BLAST、生存分析、基因ID转换等生信分析工具。用户可高效的搜寻到自己想要的信息（中英双文），并且在无代码的情况下完成生信分析。BioXFinder公司背景

Yiyaoshujuku·2023-06-22 02:09

The Sandbox 和 Nuclear Blast 合作建立“Blast Valley”——一个以重金属为主题的元宇宙体验

玩家将享受重金属音乐节的氛围，遇到恶魔，到达一座神奇火山并完成任务，并参加虚拟音乐会的首演。对全世界的金属爱好者来说，这是激动人心的一天！我们很高兴地宣布与NuclearBlast建立合作伙伴关系，NuclearBlast是一家独立唱片公司，于1987年在德国成立，以签约和培养一些极端和现代金属领域最受尊敬和最有影响力的艺术家而闻名。多年来，该厂牌已经巩固了其在全球重金属界的前沿地位，并在音乐流派

BeepCrypto·2023-06-21 20:12

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