KEGG富集

空间转录组benchmark 相关读完scGPT spatial 和空间单细胞基因乳房细胞数据集文章之后

&特点：优点：局限：成像型vs测序型空间转录组对比表✅回到你问的SpatialHuman30M构建策略理解：总结你的问题：✅①**NeighborhoodEnrichmentAnalysis：空间邻近富集分析

victory0431·2025-06-24 07:19

go语言第三方包安装方法_GO富集分析可视化：R语言GOplot包

其主要功能是可视化GO富集分析的结果。自己应该会用得到。

·2025-06-07 22:07

RIP（RNA免疫沉淀）实验技术介绍

RIP（RNA免疫沉淀）实验技术介绍一、技术概述RIP（RNAImmunoprecipitation）是一种通过特异性抗体富集与目标蛋白结合的RNA分子的技术，广泛应用于研究RNA与蛋白质的相互作用。

如期生物·2025-05-16 15:09

铀离子吸附树脂

铀离子吸附树脂是一类专门设计用于从水溶液中高效富集和分离铀离子的功能材料，其核心机制是通过离子交换、螯合作用或物理吸附实现对铀酰离子（UO₂²⁺）的选择性捕获。

Tulsimer_Wang·2025-04-22 14:39

RNA-seq(2)

大概流程为：数据预处理、序列比对、基因表达定量、差异表达分析、功能注释和富集分析等。一、软件安装1.常规软件安装以下是可能用到的一些软件，由

ersanshi055·2025-04-15 22:42

Streptavidin@Fe3O4@PS Microspheres，链霉亲和素修饰的磁性聚苯乙烯微球

Streptavidin@Fe3O4@PSMicrospheres是一种链霉亲和素修饰的磁性聚苯乙烯微球，以下是其相关介绍：结构与组成核心：由磁性的Fe3O4纳米颗粒组成，赋予微球磁性，使其能够在外加磁场下进行快速的分离和富集

星贝爱科生物-xb·2025-04-02 22:47

GO和kEGG富集分析

文章目录前言一、GO和KEGG1.

begei·2025-02-25 02:46

gseapy python包GO、KEGG富集(注释)分析

gseapy.readthedocs.io/en/latest/gseapy_example.html#Over-representation-analysis-by-Enrichr-web-services简介：富集分析是一种常见的生物信息学分析方法

loong_XL·2025-02-09 05:39

gsea结果分析图怎么看_利用GSEA对基因表达数据做富集分析

imageGeneSetEnrichmentAnalysis(GSEA)isacomputationalmethodthatdetermineswhetheranaprioridefinedsetofgenesshowsstatisticallysignificant,concordantdifferencesbetweentwobiologicalstates(e.g.phenotypes).用

骆逸·2025-02-09 05:08

GSEA - Gene set enrichment analysis 基因集富集 | ORA - Over-Representation Analysis 分析原理与应用...

普通的转录组套路并不多，差异表达基因、富集分析、WGCNAnetwork以及一些

weixin_30294709·2025-01-28 18:30

科研绘图系列：R语言绘制基因富集GSVA热图（GSVA heatmap）

文章目录介绍加载R包数据下载导入数据数据预处理画图1画图2保存图片系统信息介绍科研绘图系列：R语言绘制基因富集GSVA热图（GSVAheatmap）加载R包library(tidyverse)library

生信学习者1·2025-01-26 22:51

血浆DNA中量富集提取试剂简介

一、产品简介：BIOG游离DNA富集提取试剂盒是常州百代生物科技股份有限公司研制的专门用于提取较大量液体样本中低浓度DNA的富集提取试剂盒。

清风拂面vv·2024-09-11 02:00

科研绘图系列：R语言富集散点图（enrichment scatter plot）

介绍富集通路散点图（EnrichmentPathwayScatterPlot）是一种数据可视化工具，用于展示基因集富集分析（GeneSetEnrichmentAnalysis,GSEA）的结果。

生信学习者1·2024-09-09 14:57

爱吃醋的原因

食醋中含有一种酶，可以抑制镉和真菌的协同致癌、促癌作用；食醋用的麸皮和井水等原料，具有的富铜低镉特征，与60多种中草药制成特异药曲的化学组成和生物学作用，使铜、锌、锰、钼、钴等微量元素高度富集，因而具有抑癌的效用

还你自然的美·2024-09-05 22:30

游离DNA富集提取试剂盒是否可以提取液体样本中的低丰度DNA？

一、产品简介：BIOG游离DNA富集提取试剂盒是常州百代生物科技股份有限公司研制的专门用于提取较大量液体样本中低浓度DNA的富集提取试剂盒。

清风拂面vv·2024-09-04 18:54

使用clusterProfiler进行GO、KEGG富集分析（有参情况）

寻找差异表达的基因并识别它们的功能，是我们进行RNA测序的最主要目的。很明显，这些差异的基因必然与功能改变密切相关，例如，比较患病个体与正常个体的组织表达谱，不难想到这些显著失调的基因参与了生物学过程、信号通路等，导致了疾病的发生。前面已经讲了如何使用DESeq2、edgeR基于转录组测序获得的基因表达值鉴定差异表达基因。那么，后续如何继续通过生信分析的方法，探索差异表达的基因发挥了怎样的功能，参

纪伟讲测序·2024-08-31 14:42

go分析和kegg分析_GO分析和KEGG分析都是啥？

几乎现在的套路性文章在做完差异表达分析后，都会去做GO和KEGG富集分析。那么GO和KEGG都是什么？富集分析又是个什么东西呢？1为什么做富集分析？

weixin_39564151·2024-08-28 13:21

Cell Regen l miR-378介导的骨骼肌糖酵解代谢富集Pax7-hi亚群的肌卫星细胞

骨骼肌（Skeletalmuscle）稳态维持对身体的健康非常重要。骨骼肌疾病可以在生理或病理条件下观察到骨骼肌成体干细胞数量减少。骨骼肌成体干细胞，也被称为肌卫星细胞（Satellitecells,SCs），对骨骼肌再生和稳态维持至关重要。由于肌卫星细胞位于基底膜和肌纤维肌膜之间，肌卫星细胞和肌纤维（musclefibers）之间的相互作用对卫星细胞的功能非常重要。SCs在生理状态下通常处于静息

454c5c7ac3a8·2024-08-23 18:46

RNA-seq数据分析_未完成

目录基础分析1.质控（reads）2.比对3.质控（alignment）4.定量5.样本合并差异表达1.质控（cohort）2.差异分析3.可视化（差异）富集分析肿瘤免疫1.免疫组库2.免疫浸润3.免疫响应

子诚之·2024-03-28 11:43

基因富集分析——GO/DO

DO（DiseaseOntology）分析涉及多种具体的步骤和方法，下面是一些常见的DO分析步骤或方法：1.疾病分类和定义：分析DO中的疾病分类体系，理解不同疾病之间的关系和归类。这包括查看DO本体中的层次结构、疾病之间的相互关联和衍生关系，以及不同疾病的定义和特征。2.疾病表型分析：通过DO本体中的表型信息，分析不同疾病的表型特征，包括临床表现、生理特征等。这可以通过文献调研、数据库挖掘和数据统

m1chiru·2024-03-04 05:53

赠你一只金色的眼 - 富集分析和表达数据可视化

GOplot包介绍GOplot包用于生物数据的可视化。更确切地说，该包将表达数据与功能分析的结果整合并进行可视化。但是要注意该包不能用于执行这些分析，只能把分析结果进行可视化。在所有科学领域，由于空间限制和结果所需的简洁性，切实地去描述事物很难，所以需要将信息进行可视化，使用图片来传达信息。精心设计的图形能在更小的空间提供更多的信息。该包的设想就是能让用户快速检查大量数据，揭示数据的趋势和找出数据

生信宝典·2024-03-01 00:10

利用KEGG查询多个基因的信号通路

我们可以利用KEGG数据库中的KEGGMapper工具查询多个基因信号通路。根据基因表达差异列表，利用KEGGMapper进行转换。示意图如下。

翾格格·2024-02-19 13:52

娱乐至死时代什么是你实现人生价值最重要的能力？看完你就懂了！

会上，与会者一致认为，全球化会加剧贫富差距，会使财富集中在全球20%的人手上，而另外80%的人被

言午有话说·2024-02-15 08:21

“高颜值”在线可视化分析利器—NetworkAnalyst！

它不仅可以进行比对、定量、基因表达差异分析和富集分析、蛋白相互作用分析、多个数据集整合分析

ee00dc6faab7·2024-02-14 20:22

2022-04-11

2.本文作者鉴定了多个由HLA风险等位基因富集的CDR3氨基酸特征。3.本文的研究结果为人类自身免疫研究的“中心假说”提供了证据

图灵基因·2024-02-14 03:48

批量转换基因名

做通路富集分析常需要批量进行基因ID转换，总结了3种简便方法与大家分享。方法1和2依赖于基因组注释R包，如果无相应物种R包就必须用方法3。好在的是常用物种人、小鼠、大鼠等都是有的，一般能满足需要。

BeeBee生信·2024-02-12 22:40

富集分析的弦图搞起

0.需求解读左边是几个GOterm，右边是基因。每个term一个颜色，基因的颜色按照logFC渐变。基因与term之间有连线，就是他们之间有从属关系。1.数据和R包准备library(clusterProfiler)library(org.Hs.eg.db)library(GOplot)library(stringr)load("step4output.Rdata")head(deg)##logF

小洁忘了怎么分身·2024-02-12 12:05

R语言泡泡图— —小泡泡如何变大泡泡？

我们使用R绘制泡泡图时，可能会遇到这样一种情况，即count点太小，但又不知道应该如何调大，如下图：图1泡泡图附代码：library(ggplot2)pathway=read.csv("1KEGG.csv

赵玉鑫0507·2024-02-11 06:30

ClusterProfiler做GO、KEGG富集（一）

今天新学会了clusterprofiler，把学习过程记录下来。Clusterprofiler是Y叔开发的一个R包，功能强大，常更新，还有美观的可视化图片。安装source("http://www.bioconductor.org/biocLite.R")biocLite("clusterProfiler")browseVignettes("clusterProfiler")#查看关于cluste

南栀ioo·2024-02-11 05:24

水处理生物学课程作业4 指导老师: 张淑娟

（2）对重金属的吸收，浮游藻类可以吸收水中的重金属，例如星藻可以吸收富集铅，绿藻能吸收镉等（3）对有机物的去除，分

给水2103李鑫·2024-02-08 15:28

R统计绘图 - 柱状图

/08/barplot-r/Jumpto...柱状图绘制常规矩阵柱状图绘制长矩阵分面绘制生信宝典，一起换个角度学生信柱状图绘制柱状图也是较为常见的一种数据展示方式，可以展示基因的表达量，也可以展示GO富集分析结果

生信宝典·2024-02-08 01:35

常用Hallmark及KEGG、GO基因查询

hallmarkgenesetcollection-PMC(nih.gov)GSEA|MSigDB|BrowseHumanGeneSets(gsea-msigdb.org)通过msigdb数据库可以查看各个Hallmark、KEGG

hx2024·2024-02-07 11:41

GSVA全名Gene set variation analysis（基因集变异分析）简介

与GSEA不同，GSVA不需要预先对样本进行分组，可以计算每个样本中特定基因集的富集分数。换而言之，GSVA转化了基因表达数据，从单个基因作为特征的表达矩阵，转化为特定基因集作为特征的表达矩阵。

Seurat_Satija·2024-02-07 02:01

Cytoscape软件下载、安装、插件学习[基础教程]

关于Cytoscape，对于做组学或生物信息学的同学基本是陌生的，可能有的同学用这个软件作图是非常溜的，做出来的网络图也是十分的好看，“可玩性”很高，就像前面分享的aPEAR包一样aPEAR包绘制功能富集网络图

小杜的生信筆記·2024-02-06 18:28

一文掌握单基因GSEA富集分析

本期教程本期教程原文：一文掌握单基因GSEA富集分析|gseaGOandgseaKEGG写在前面关于GSEA分析，我们在前期的教程单基因GSEA富集分析|20220404有出过类似的分享。

小杜的生信筆記·2024-02-06 18:28

一文掌握单基因GSEA富集分析 | gseaGO and gseaKEGG

本期教程本期教程原文：一文掌握单基因GSEA富集分析|gseaGOandgseaKEGG写在前面关于GSEA分析，我们在前期的教程单基因GSEA富集分析|20220404有出过类似的分享。

小杜的生信筆記·2024-02-06 18:57

全新加权基因功能与通路富集分析方法助您科研一臂之力

基因功能与通路富集分析（以下简称富集分析）是最常用到的生物信息分析之一，它可以帮助生物学家和医学家挖掘新知识、确定新靶点、提供新思路和新线索，是大多数实验室常规必备生物信息利器。

e78edeb2d306·2024-02-04 17:00

ID转换、利用clusterProfiler做GO、KEGG富集分析

首先需要加载的包library(AnnotationHub)library(org.Hs.eg.db)library(clusterProfiler)library(DOSE)#GO分面用library(ggplot2)#加大泡泡图圈圈需要准备的文件包含gene列表的txt或csv文件,如“genelist.txt”格式为ENSEMBL一、读取表格f<-read.table("genelist.t

欧阳松·2024-02-04 10:15

如何用基因组绘制代谢通路？

首先链接一篇文献，是讲keggmapper的，这是在kegg官网上给出的一篇如何绘制代谢图的文献，若是在没有合适的流程的情况下，

python明·2024-02-03 22:50

RNA 18. SCI 文章中基因集变异分析 GSVA

与GSEA不同，GSVA不需要预先对样本进行分组，可以计算每个样本中特定基因集的富集分数。换而言之，GSVA转化了基

90066456ace6·2024-02-03 00:05

新财富集团的实控人跑了

新财富集团的实控人跑了，400亿的大雷，让数万储户睡不着。这是河南一乡镇银行，网上已经关闭了取款。但确有15分取款信息，这是储户在网上查到的，问银行客服，客服也暂不知道。

04c2a9ee393e·2024-02-02 09:35

外泌体多组学12-cell与exosome lncRNA数据分析大比拼

不同的细胞编码和长链非编码rna亚群，富集在EV中，可以在细胞之间进行功能转移，支持细胞-细胞通信的调节形式。

信你个鬼·2024-02-02 07:54

香椿炒鸡蛋引发大抢救！医生呼吁：请把这个病例转发提醒所有人！

医生表示，香椿芽营养丰富，但同时也易富集土壤

星光心语·2024-02-01 08:45

富集分析不光有条带图和点图，还有...

参考资料南方医科大学网红博导Y叔的一本神奇的书https://yulab-smu.github.io/clusterProfiler-book/chapter12.html#bar-plot好像一直在更新，没怎么宣传过，不管了，拿来学习。1.安装和加载包if(!require(clusterProfiler))BiocManager::install("clusterProfiler")if(!r

小洁忘了怎么分身·2024-02-01 00:43

非模式物种GO/KEGG富集分析

前言:微博参与话题#给你四年时间你也学不会生信#先前的富集分析教程[1]主要是以模式物种人为例子，展开的分析，今天在B站看了孟浩巍视频教程[2]，学习新的技能，豁然开朗，欣然记之。

谢俊飞·2024-01-30 20:23

差异分析完的基因列表，可以这样画KEGG通路

差异分析完以后，就有了基因列表和差异倍数，有了这两个东西，就可以用clusterprofiler做GSEA，然后有了pathview包的话，就可以可视化KEGG通路怎么做GSEA，可以参考我之前的文章，

欧阳松·2024-01-30 09:13

ggplot2坐标系列的调整

ggplot(kegg_class,aes(x=Description,y=Count))+geom_bar(aes(fill=source),stat="identity",width=0.5,position

吉梗望·2024-01-30 06:02

使用Metascape进行GO及KEGG分析

网站不仅提供了富集信息，还给了PPI的结果。查看分析报告页（橘色按钮）ps:excel小技巧=B2&":"&C2可以合并B2、C2两格内

Peng_001·2024-01-30 00:12

2018-07-15

怪不得有一句话这样说：世界上80%的财富集中

32598db751bb·2024-01-29 02:43

质谱项目FAQ

2）一般磷酸化、泛素化前期需要做富集，自然状态下的磷酸化、乙酰化的量非常少，串联质谱根据母离子的丰度选取topN进行二级碎裂来检测，若前期不进行富集，最终鉴定到的磷酸化、乙酰化肽段可能不多。

华盈生物·2024-01-26 17:20

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