KEGG富集第2页

单细胞测序3 丨丨构建文库

文库构建可分为三个部分：DNA片段化/末端修复/添加A尾、接头连接和IndexPCR（PCR富集）。

知之为知之不知否·2024-01-22 10:02

转录组测序1-测序原始数据说明

RNAseq涉及到原始数据，数据质控，基因组比对，差异基因鉴定，差异基因功能富集分析，重要基因如转录因子激酶的靶基因预测等，我们用10讲的时间，全面讲解转录组测序报告，及在上百个项目中遇到的近百个常见问题

纪伟讲测序·2024-01-22 08:45

TCGA 数据分析实战 —— 富集分析

前言通常，在识别完了差异基因之后，都会对差异基因进行功能富集，来获取差异基因参与的潜在生物学功能通路或生物学进程，有助于理解基因之间的作用关系以及发现基因在癌症发生发展过程中发挥的作用。

名本无名·2024-01-22 03:20

自驾体验云端上的“天路”，雅西高速风景美如画，这些景点可打卡

这里气候宜人、风景如画、景观众多、美食满街，这里曾是红军长征走过的地方，这里有“一步跨千年”的彝族同胞，这里还是我国四大卫星发射场地之一，旅游资源富集让人们蜂拥而至。

蚕子桑叶·2024-01-20 19:10

详解：基因集富集分析GSEA

传统KEGG（通路富集分析）和GO（功能富集）分析时，如果富集到的同一通路下，既有上调差异基因，也有下调差异基因，那么这条通路总体的表现形式究竟是怎样？是被抑制还是激活？

笺牒九州的怪咖·2024-01-20 17:09

一些GO及KEGG分析的知识

参考：https://www.omicshare.com/forum/thread-826-1-2.htmlhttps://www.omicshare.com/forum/thread-955-1-1.htmlhttps://www.jianshu.com/p/13f46bebebd4什么是GO分析？GeneOntology（简称GO）是一个国际标准化的基因功能分类体系，提供了一套动态更新的标准词

Peng_001·2024-01-18 01:51

ggplot2绘制GO富集分析柱状图

1.使用clusterProfiler包进行GO富集分析使用clusterProfiler的enrichGO函数来获取GO分析gene_idn_word||(nchar(x)>40)){if(nchar

Seurat_Satija·2024-01-16 18:25

中国银杏叶提取物市场研究与投资价值报告（2024版）

内容简介：银杏叶提取物是以银杏的叶为原料，采用适当的溶剂，提取的有效成分富集的一类产品。

立木信息咨询·2024-01-16 11:15

收藏贴-基因/蛋白功能注释、富集分析在线工具详解

Metascape网站（http://metascape.org）是一个能对基因或蛋白质列表进行注释和富集等分析的在线工具，除了传统的GO注释和富集之外还提供的蛋白质互作分析结果，网站基本维持每月更新，

组学大讲堂·2024-01-15 12:13

穷人与富人的第一道分水岭:思维模式上的差别

财富集中在少部分人手里，而剩下的然或者说大多数人，理论上来说都是穷人。第一道明显的分水岭，就是思维模式的差别。大多数时候，思维模式可以决定人的高度！

今宵无梦·2024-01-15 10:49

使用clusterProfiler给非模式物种做富集分析的一些参考资料

1https://guangchuangyu.github.io/cn/2017/07/clusterprofiler-maize/#disqus_thread非模式生物玉米玉米虽然是非模式物种，但是研究的人也挺多的，注释信息也非常完整了2https://bioconductor.statistik.tu-dortmund.de/packages/2.12/bioc/vignettes/clust

小明的数据分析笔记本·2024-01-14 22:20

水样病毒核酸提取试剂如何大幅提升病毒核酸的提取得率？

产品特点◎独特的核酸富集因子，可高效聚集病毒核酸，大幅提升病毒核酸的提取得率；◎采用真空浓缩技术，可高效富集提取较大水样中的病毒核酸，有效解决了水体中病毒含量较低、必须富集提取的难题；◎操作非常简单，只需

清风拂面vv·2024-01-14 08:54

Q&A | 如何使用clusterProfiler对MSigDB数据库进行富集分析

MSigDB_cluster.jpgQ&A|如何使用clusterProfiler对MSigDB数据库进行富集分析[TOC]Question有朋友在后台提问：在使用clusterProfiler做富集分析时

木舟笔记·2024-01-13 19:14

转录组分析6——GO/KEGG富集分析

image.png差异基因的功能注释和富集分析:•GO和KEGG富集分析•基因集富集分析MsigDB数据库GSEA分析GSVA分析1.GO数据库官网：http://geneontology.org

猪莎爱学习·2024-01-12 22:14

Histone H3K4me2 Antibody, SNAP-Certified™ for CUT&RUN

EpiCypher推出的CUT&RUN级别的HistoneH3K4me2Antibody符合EpiCypher的批次特异性SNAP-CertifiedTM标准，在CUT&RUN中具有特异性和高效的靶点富集

Neobioscience·2024-01-12 11:38

基因集富集分析(GSEA)

GSEA简介首先简单介绍一下GSEA，它是2005年在PNAS上发扬光大的方法，沿用至今，目的是看差异表达的基因在哪些基因集中富集。

懒麻蛇·2024-01-11 02:35

GO,KEGG富集保存的PDF格式文件打不开，R软件if循环下pdf保存bug

先上代码：kegg0){#如果有符合的通路，则画图name7nrow(as.data.frame(kegg))[1]5排除是不是if循环有问题，直接运行if循环下的代码，发现pdf可以正常生成并能够打开

阿酒88·2024-01-10 03:47

Simple GO GSEA 富集分析 ~

而其中有一个重点功能，即GO富集分析。那会在Bioinformatics中国社群，我们开始了理论上是国内最早的公开社群学术Seminar（网络直播），我在其上也分享了相关学习经

生信石头·2024-01-09 21:17

现在的纯生信 VS 三年前的纯生信

三年前的纯生信三年前的纯生信：只需要是阳性结果，不管你有没有结合热点，都有纯生信友好的期刊愿意接收，哪怕你做的是最简单的套路：下载GEO数据、差异分析、GO富集分析、KEGG富集分析、PPI分析、生存分析

SCI狂人团队·2024-01-08 20:53

沃噻思考 | 一滴油，也能打造50亿成交的奇迹！

他是泰富集团的创始人——王猛。泰富集团成立至今，已有20年历史。谁能想到，这个庞大的石油帝国，最初是从做加油机起步的。又有谁能想到，短短20年，这个集团竟然绽放出今天这样耀眼的光芒！

华红兵·2024-01-08 04:02

从糖人世界的冷峻现实里一窥人生窄门

模型模拟出了一个充斥着糖的二维平面世界，糖的区域分布并不均等，对应着资源的富集与贫乏，糖在被吃掉以后一段时间会再长出来。

伐先生工作室·2024-01-06 23:07

2021-08-13 可视化kegg通路-pathview包本地化及中断处理

Pathview是一个可视化KEGG通路的R包，它会在线从KEGG网站上下载KEGG通路，并进行个性化处理，例如填上不同的颜色。

阿酒88·2024-01-06 18:15

积分球水质检测与分析

特殊的地质条件使某种化学元素大量富集、天然植物在腐烂时产生某些有害物质、雨水降到地面后挟带各种物质流入水体等造成的水体污染，都属于自然污染。

JYGD686868·2024-01-05 19:45

R实战 | 森林图绘制

forestplot.jpgR实战|森林图绘制回答一下R绘图实战|GSEA富集分析图-知乎(zhihu.com)里会员的问题。简单的森林绘制。

木舟笔记·2024-01-05 04:54

功能富集分析、基因ID转换、查找同源基因、SNP注释一站式服务

1、GO功能富集分析功能富集分析包括：Geneontology,biologicalpathways,regulatorymotifsinDNA,proteindatabas

橙子牛奶糖·2024-01-04 02:29

ExpHunterSuite

它可以用于从高通量测序数据中提取差异表达基因，并对其进行注释和功能富集分析。

m1chiru·2024-01-03 23:09

IKAP----从磷酸化的蛋白质组学数据推断激酶活性

磷酸化的定量方法如下:file但是由于以下原因导致目前大多数研究集中在单个磷酸化蛋白与激酶上，或仅限于使用聚类与富集分析的方法:(1)每个激酶潜在的靶点数目(磷酸化位点)往往很多。(2)充当激酶靶点的

bcl_hx·2024-01-03 22:30

2019-03-26

对于蔬菜对重金属的富集，他还指出蔬菜叶菜类比果实

霏_dfa6·2024-01-03 15:57

RNA-seq最强综述名词解释&思维导图|关于RNA-seq，你想知道的都在这（续）

三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程（原理、代码和评述）)、DNA甲基化分析、重测序分析、GEO数据挖掘（典型医学设计实验GEO数据分析(step-by-step)-Limma差异分析、火山图、功能富集

生信宝典·2024-01-02 16:05

GSEA富集分析学习笔记

idx=1&sn=1e01276e1216c91bd6e1e08db15bd905&scene=21#wechat_redirectGSEA定义genesetenrichmentanalysis（基因集富集分析

jiarf·2024-01-02 13:52

GO注释和富集分析概念介绍

什么是富集分析？当我们获得了一批生物数据时，例如转录组的数据，蛋白质组的数据，其中必然要做不同样本之间的差异基因分析这一步，例如空白对照组与实验组的差异基因或蛋白分析。

斗战胜佛oh·2024-01-02 01:05

AUCell:单细胞转录组中识别每一个细胞对某个通路的富集程度

AUCell：能够看出某个通路在细胞中的激活情况，在文章中可以用于差异比较，即这个通路多数在巨噬细胞中激活，而在其他细胞群中不激活8f37c46e064b71c7fc55ec17806e6e2.png1.R包的下载if(!requireNamespace("BiocManager",quietly=TRUE))install.packages("BiocManager")#Tosupportpar

汪汪队队长_莱德·2023-12-30 13:57

Histone H3K27ac Antibody, SNAP-ChIP® Certified

EpiCypher推出的ChIP级别的HistoneH3K27acAntibody符合EpiCypher的“SNAP-ChIP®Certified”标准，用于ChIP实验中的特异性和有效靶标富集（整板的交叉反应性

Neobioscience·2023-12-30 08:02

利用clusterProfiler进行富集分析

前言:微博参与话题#给你四年时间你也学不会生信#主要参考：GEO数据挖掘小尝试：（三）利用clusterProfiler进行富集分析Y叔开发的R包clusterProfiler的确是最好用的，没有之一,

谢俊飞·2023-12-30 07:33

KEGG 通路如何找

链接：KEGG:KyotoEncyclopediaofGenesandGenomes学习链接：科研干货｜KEGG信号通路数据库轻松上手_哔哩哔哩_bilibili示例：我要找人的结直肠癌信号通路：1.2.3.4

生信研究猿·2023-12-29 10:17

学习：StatQuest-Chip-seq

Chip-seq建库过程image.png第一步就是要将蛋白和DNA用甲醛做交联,固定好它们image.png然后将DNA打成300bp的小片段image.png再来就是用抗体把这些蛋白拉下来image.png做富集

小潤澤·2023-12-29 01:16

感兴趣的基因标记在 KEGG Pathway 通路图上

其中：000.TBtools.Gene2Path.summary.html对应的是差异表达基因具体在哪些KEGG通路000.TBtools.Path2Gene.summary.html对应的是具体通路上存在哪些差异表

生信石头·2023-12-28 21:32

RabbitMQ入门教程（安装，管理插件，Publisher/Consumer/交换机/路由/队列/绑定关系，及如何保证100%投递等）

底层基于Erlang语言编写；开源，性能优秀，稳定性保障；与SpringAMQP完美的整合，API丰富集

程序媛一枚~·2023-12-28 14:05

用于单细胞基因调控网络分析（GRN）的SCENIC 工作流程

Networkinference(Step5)网络推理Modulegeneration(Step6)模块生成MotifenrichmentandTF-regulonprediction(cisTargetstep;Step6)基序富集和

生信小鹏·2023-12-28 09:43

什么是碳捕集？现在有哪些CO2捕集方法？

CCS碳捕集与封存（CarbonCaptureandSequestration，简称CCS，是将CO2从电厂等工业或其他排放源分离，经富集、压缩并运输到特定地点，注入储层封存以实现被捕集的CO2与大气长期分离的技术

碳行者·2023-12-28 04:59

ggkegg帮助文档 | 译文一

公众号原文链接：1.ggkegg|对KEGG数据进行可视化2.ggkegg帮助文档|译文译文：小杜的生信笔记原文链接：https://noriakis.github.io/software/ggkegg

小杜的生信筆記·2023-12-28 02:41

ggkegg帮助文档 | 译文二

公众号原文链接：1.ggkegg|对KEGG数据进行可视化2.ggkegg帮助文档|译文译文：小杜的生信笔记原文链接：https://noriakis.github.io/software/ggkegg

小杜的生信筆記·2023-12-28 02:40

R语言ggplot2做柱形图展示富集分析的结果

做完转录组差异表达或者其他的一些分析拿到一些基因名称之后下一步通常是做一些注释，比如GO或者KEGG的注释，注释好以后通常是富集分析。

小明的数据分析笔记本·2023-12-27 11:01

ggkegg玩转KEGG数据 | 富集 | 可视化

本期内容写在前面今天分享一个关于KEGG通路图绘制的R包，也许在你后面的分析中可以使用得到。在KEGG富集分析中，若我们要绘制某一个富集通路，一般回到KEGG官网中寻找该通路的富集图。

小杜的生信筆記·2023-12-26 22:26

ggkegg | 对KEGG数据进行可视化