MCScanX

NAC转录因子家族分析文章解读

1、搜索基因家族成员蛋白保守结构域，鉴定基因家族成员；2、预测基因家族成员的顺势作用元件；3、构建系统进化发育树；4、基因家族成员MOTIF分析及绘图；5、基因结构图；6、基因在染色体上的位置图；7、MCScanX
组学大讲堂·2024-02-12 19:33

【比较基因组】共线性分析（JCVI）

上一篇介绍了怎么利用MCScanX来做共线性分析，虽然后面有java的包来支持后续的画图和分析，总觉得不是很适合来调整图片的美观程度。
jjjscuedu·2024-01-05 13:36

【跟着manual学软件】MCScan-transposed

软件介绍首先放官网：MCScanX-transposed:detectingtransposedgeneduplicationsbasedonmultiplecollinearityscans文献：MCScanX-transposed
ShawnMagic·2024-01-05 03:43

『比较基因组学』TBtools 30秒解决基因组共线性。

直接给我惊呆了，从点开开始到出结果一共32秒ಥ_ಥ，想当年光blastp就得跑大半天，更不要说编译MCScanX，各种奇葩问题...先看下什么是共线性：Syntenic*=asetoflociintwodifferentspecieswhichislocatedonthesamechromosomeineach
ShawnMagic·2024-01-03 22:29

算法文献阅读10：基因的6种复制模式（MCScanX作者又一力作）

ModesofGeneDuplicationContributeDifferentlytoGeneticNoveltyandRedundancy,butShowParallelsacrossDivergentAngiosperms（2011）基因复制模对基因创新和冗余的贡献不同，但在不同被子植物中显示相似PlosOne（3.240/Q2）中科院三区（综合性期刊，网上很多人说是水刊？）（图1）图1摘
龙star180·2023-10-09 10:55

跟着Nature Communications学作图：synvisio在线工具展示MCScanX共线性分析的结果

synvisio在线工具链接https://synvisio.github.io/之前知道这个工具，但是没有搞懂他的输入数据格式，最近看到一篇论文Genome-widesignaturesofadaptationtoextremeenvironmentsinredalgaehttps://www.nature.com/articles/s41467-022-35566-x#Abs1这里提到了论文中
小明的数据分析笔记本·2023-08-12 08:39

【比较基因组】共线性分析（MCscanX）

前面介绍了WGDI，今天分享另一个工具MCscanX。
jjjscuedu·2023-08-02 04:34

安装碰到的问题

/MCScanX:undefinedsymbol:_ZNSt7__cxx1112basic_stringIcSt11char_traitsIcESaIcEEC1Ev#解决gcc编译的问题，改变gcc版本
一直想要成为大牛的科研狗·2023-07-23 09:21

使用jcvi绘制微共线性(Microsynteny)

这篇文章更多是记录性质的，因为没有详细说明如何从WGDI,MCScan,MCscanX中获取基因对，也没介绍如何整理出记录基因坐标的bed文件，因此如果阅读此文的您看不懂，是我写的问题，不是您的原因。
xuzhougeng·2023-07-22 23:42

将MCScanX文件转化为circos用的link文件

importpandasaspdgffname="D:/circos/MLA.final/h1_h1.gff"####MCScanX用的gffcollinearity="D:/circos/MLA.final
王梓维·2023-05-06 22:22

MCScanX-transposed安装及使用

1.简介（1）MCScanX-transposed是基于在相关基因组内和相互之间应用MCScanX，能够检测不同时期内发生的转座基因复制的软件包，也有助于基因复制模式的综合分析和用基因复制模式注释感兴趣的基因家族
溪溪溪溪溪川·2023-04-15 17:36

基因组共线性工具MCScanX

MCScanX一般是做基因组之间的共线性一、MCScanX安装MCScanX官网http://chibba.pgml.uga.edu/mcscan2/#tm下载MCScanX的安装包MCScanX.zip
东风008·2023-04-09 08:58

MCScanX:分析基因组共线性

说在前面：官网http://chibba.pgml.uga.edu/mcscan2/index.php信息很全面，有示例代码/Manual手册，你值得拥有。以下内容基本出自官网教程，现在你可以自行打开官网学习了~安装只能在MacOS(viaX11)orLinuxsystems上执行。Linuxsystems，需要JDK和libpng（一般都有）官网下载压缩包ThensimplyputMCscanX
山竹山竹px·2023-04-09 00:49

MCScanX 安装

$wgethttp://chibba.pgml.uga.edu/mcscan2/MCScanX.zip$unzipMCScanX.zip$cdMCScanX$make#会出现如下报错，修改文件以后再make"msa.cc
一直想要成为大牛的科研狗·2023-03-25 10:49

用python处理gff文本

比如用MCScanX时就要这么处理：第一列为染色体，第二列为geneID，第三，四列为基因的起始和终止的位置。如下图：TIM图片20200325204621.png这里染色体怪怪的先不管。。
夹竹桃的下午·2023-03-12 17:04

MCScanX安装与使用 (2022)

为什么要写这篇文章：最近因为需要用到MCScanX画两个物种的共线性点图，但是发现搜到的blog中所提供的安装方法都不太相同，且在都会出现或多或少的问题，另外搜到的所有blog安装链接http://chibba.pgml.uga.edu
果轰桃·2023-02-19 08:16

算法文献阅读7：MCScanX (MCscan的改良升级版)

MCScanX:atoolkitfordetectionandevolutionaryanalysisofgenesyntenyandcollinearityMCScanX：一个用于基因同线性和共线性检测和进化分析的工具包
龙star180·2023-02-18 20:03

利用 DIAMOND、MCScanX、TBtools 分析物种基因组间的共线性区段与基因复制事件

本文通过4个兰花的基因组注释，主要利用MCScanX软件分析NB-ARC基因家族在不同物种间的共线性区段以及基因复制事件。
浓香鸭腿面·2023-01-11 17:23

【JCVI-MCScanX】安装与使用

LAST依赖库安装方法1：手动下载-自行编译#这部分如果没有注册过GitLab账号，可以看这篇文章【如何从GitLab克隆项目到本地？】[email protected]:mcfrith/last.gitcdlast#创建安装目录mkdir../last-2022-5-1#编译make#安装到给定目录makeinstallprefix=~/biosoft/last-2022-5-1ech
陈有朴·2022-11-20 03:43

MCScanX gene id 问题

该gff的gene行存在Name，导致脚本没有考虑到这种情况，提取的geneid为Name，geneid过长，导致MCScanX无法运行。解决方法：将第九列去掉Name既可。
溪溪溪溪溪川·2022-11-08 16:50

MCScanX共线性分析

准备文件：——萝卜蛋白序列(你自身研究物种的蛋白序列）；rs.tree，它是ClustalOmeGA跑出来的；特定gff文件，格式为第一列是染色体，第二列基因ID，第三列起始位置，第四列终止位置。提取这个特定的gff命令如下：#提取gff：grep'\sgene\s'Rs_1.0.Gene.LFY.gff|awk'{print$1"\t"$4"\t"$5"\t"$9}'|awk-F'ID=''{p
墨白的生信学习笔记·2022-06-06 09:03

物种内共线性分析——思路以及踩坑总结（二）

物种内共线性分析(MCScanX+BLAST+TBtools)数据要求：做物种内共线性分析的话主要需要的是全基因组序列、cds或pep序列、gff3/gtf序列三者缺一不可。
生信技术·2022-05-28 01:23

共线性分析 | MCscanX

MCScanX是另外一个检测基因共线性和进化分析的常用工具之一，2012发表至今引用数已经有好几百了，作者之一的唐海宝老师是国内植物基因组学生信分析、软件开发领域的大拿，在学习使用MCScanx之前推荐先看看他
生信师姐·2022-05-06 07:48

MCScanX使用小记

一篇不知道拖了多久的笔记……欠下的债早晚还是要还的……0.软件下载及安装官网：http://chibba.pgml.uga.edu/mcscan2/参考教程：其实之前已经有两位前辈写过教程了的，我这只是再给需要的朋友举个例子打个样。详情请戳下面两个链接http://blog.biochen.com/archives/878https://www.jianshu.com/p/740cb9eccf2b
卖萌哥·2022-02-07 08:37

基因组共线性工具MCScanX使用说明

基因组共线性工具MCScanX使用说明简介MCScanX工具集对MCScan算法进行了调整，用于检测共线性和同线性区域，还增加了可视化和下游分析。。
xuzhougeng·2021-06-27 19:10

MCScanX ‖ 安装、报错解决方法及简单使用

1.简介：（1）介绍：MCScanX采用改进了的MCScan算法，分析基因组内或者基因组间的共线性区块。
溪溪溪溪溪川·2021-06-11 23:05

基因组共线性分析-基于MCscanX

一.简介MCScanX是由福建农林大学唐海宝老师参与开发的基因组共线性分析软件，发表至今引用数200以上，相关概念和算法参考文献如下：TangH,BowersJE,WangX,etal.SyntenyandCollinearityinPlantGenomes
小飞虎·2021-05-07 00:20

MCScanX ‖ 安装、报错解决方法及简单使用

1.简介：（1）介绍：MCScanX采用改进了的MCScan算法，分析基因组内或者基因组间的共线性区块。
溪溪溪溪溪川·2021-04-23 00:20

基因家族分析5 || 共线性分析及可视化

基因家族分析（三）基因家族流程：基因家族分析（四）==================================================================参照我以前的推文：MCScanX
溪溪溪溪溪川·2020-12-03 17:54

MCScanX安装出错

cdMCScanX的目录之后$make结果报错，错误为g++struct.ccmcscan.ccread_data.ccout_utils.ccdagchainer.ccmsa.ccpermutation.cc-oMCScanXstruct.cc:48:5:error:useofundeclaredidentifier'exit';didyoumean'_exit'?exit(1);^~~~_ex
crazy_kangaroo·2020-07-11 04:20

用R进行基因表达芯片分析（一）

之前学习了通过circos来画圈图，以及通过MCScanX进行基因家族的共线性分析，放一张结果先：super_gene_family_in_tomato逼格满满，容我先傲娇一下~############
杨亮_SAAS·2020-07-02 04:23

生物信息学共线性分析软件MCScanX的小白安装手册

2019年6月20日20:44------------------------------一、linux系统的选择：由于目的不是为了折腾系统相关的美化，所以选择ubuntu和centos之一。我是用的是ubuntukylin，是ubuntu的中国定制版，较为美观。由于cpu是6200U，为双核四线程64位处理器，所以下载了64位系统（https://www.ubuntukylin.com/down
WalkingLemon·2020-02-22 07:15

「生信」共线性分析——MCScanX

目录MCScanX下载及安装数据准备MCScanX运行及结果Ka&Ks计算下游画图脚本最后MCScanX有两个主要的功能,一是,方便使用者发现共线性(collinearity)和同线性(synteny)
bioinfo_boy·2020-02-09 09:05

基因组共线性工具MCScanX使用说明

MCScanX是检测基因共线性和进化分析的常用工具之一，2012发表至今引用数200+，作者之一的唐海宝老师是国内植物基因组学生信分析、软件开发领域的大拿，在学习使用MCScanx之前推荐先看看他08年介绍
rapunzel0103·2019-12-21 12:05

TBtools基因家族分析详细教程(3)基因家族成员的进化分析2

基因-共线性的定义与常见算法原理物种内的共线性分析文件准备（物种比对到自身的.blast文件，物种基因信息文件.gff文件），运行MCScanX，输出collinear和tandem文件基因家族成员的来源分析
Y大宽·2019-12-06 16:28

MCScanX

MCScanX使用方法：首先需要得到物种的蛋白序列以及基因组注释文件：fasta与gff然后通过本地blast建库：$makeblastdb-inat_final.pep.fasta-dbtypeprot-parse_seqids-outat
天骏·2018-11-16 21:47
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