RNA剪接第5页

Python-44 用Biopython计算DNA/RNA的GC含量和分子量 2020-08-25

具体实现与解释如下：fromBio.SeqUtilsimportGCdna=("GCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCTGTTATGGGTCGTTGGAAGGGTGGTCGTGCT")dna1=("GACC")CONTENT=GC(dna)#计算GC含量print("GCcontentis")print(CONTENT)fromBio.SeqUtilsimportmole

RashidinAbdu·2023-12-28 20:18

文献阅读1

Regulatoryactivitiesoftransposableelements:fromconflictstobenefits摘要：转座子（TEs）是受到严格调节的，具有生物化学活性的非编码元件，如转录因子结合位点和非编码rna

黑森林深处的小星星·2023-12-28 11:43

单细胞分析（五）——使用Harmony进行数据整合和去批次

）——数据整合和去批次为什么要进行数据去批次数据分次读入多个数据整合数据去批次处理数据质控去批次后数据分析后续分析参考文章为什么要进行数据去批次进行样本去批次（batchcorrection）是单细胞RNA

生信小鹏·2023-12-28 09:13

scenic：单细胞调控网络推理和聚类

摘要我们提出了scenery，一种用于从单细胞rna-seq数据中同时进行基因调控网络重建和细胞状态识别的计算方法(http://scenic.aertslab.org)。根据肿瘤和大

生信小鹏·2023-12-28 09:42

sc-RNA数据分析教材 || Computational Methods for Single-Cell Data Analysis

这本详细的书提供了最先进的计算方法，以进一步探索由单细胞技术带来的令人兴奋的机会。每一章都详细介绍了一个计算工具箱，旨在克服单细胞分析中的特定挑战，如数据规范化、罕见细胞类型识别和空间转录组分析，所有这些都侧重于分析实验数据的计算方法的实际实现。以高度成功的分子生物学方法系列格式编写的章节包括各自主题的介绍、必要材料和试剂的列表、循序渐进的、易于复制的实验室协议，以及关于故障排除和避免已知缺陷的提

周运来就是我·2023-12-28 08:31

scVelo||通过动力学建模产生瞬时细胞状态的RNA速度

在单细胞中引入RNA速率开辟了研究细胞分化的新方法。最初提出的RNAvelocity是通过计算推断的稳态剪接和未剪接的mRNA的比率。

生信编程日常·2023-12-27 17:31

生物学重复与技术重复

生物学重复与技术重复在利用基因芯片或者RNA-seq做基因表达分析的时候，经常听说生物学重复和技术重复，这篇文章我们就来简单介绍二者的含义。

Seurat_·2023-12-27 09:13

2019汇总之从4个关键词看单细胞与肝癌文献

的单细胞与病毒感染在讲单细胞与肝癌之前，我们先去看一下单细胞揭示正常肝脏细胞特征的分析，该文章于2019年7月发表于Nature，研究团队对来自9位人类供体的正常肝脏组织中的大约10,000个细胞进行了单细胞RNA

生信宝典·2023-12-27 07:53

那令人困惑的比对工具选择啊~

写在前面的废话我可能不适合做科研，因为我总是对一些“没有必要”的事斤斤计较~刚开始接触二代测序时，是跟着Jimmy大神从RNA-seq开始入门的。那时候使用的比对工具是HISAT2。

鹿无为·2023-12-27 03:57

假基因调节mRNA

本文提出的ceRNA假说：PTEN抑癌基因—PTENP假基因—miRNA作者提出了竞争性内源RNA(ceRNA)作用机制假说，并且可

奶盐味·2023-12-25 22:45

水处理生物学课程作业2 指导老师: 张淑娟

衣原体与病毒相比：1、衣原体相似于细菌，兼有DNA和RNA两种核酸。2、以二分裂方式繁殖。3、具有细菌型细胞壁（不含肽聚糖）。4、具有一些代谢酶类。、5、有核糖体。6、炕菌药物可抑制其生长。

给水2103李鑫·2023-12-25 20:41

生信格式之fasta、fastq

要点一：fasta格式1、目的蛋白质序列与核酸(DNA/RNA)序列研究是生命科学的核心，前者的组成单位为20种氨基酸，后者则是核苷酸(DNA与RNA均有四种不同核苷酸)；为了便于记录与研究，科学家们分别统一了二者组成单位的字母表示方法

小贝学生信·2023-12-25 17:37

喜讯连连捷报传，文章累累创佳绩，平均IF 18分!!!

近期（11月23日-12月4日），高分项目文章频出，涉及物种有梨、腰果、蘑菇、青枯雷尔氏菌和心肌细胞，我们提供的技术支持有ChIP、重测序、RNA-seq和代谢组，发表期刊包括PlantJournal、

爱基百客·2023-12-25 15:34

体外转录法制备dsRNA

该方案是简单而且得到广泛应用的、利用PCR模板制备双链RNA的体外转录反应。该方法制备的dsRNA可以用于在某些细胞或者组织中诱发RNA干扰。

英格恩·2023-12-25 12:00

DNA

蛋白说："你好，我是RNA水解酶。"mRNA沉默了一下，说："没关系，反正我本来也活不了多久，你就陪陪我吧。"蛋白说："好"。于是两个人就手拉手默默地站在一起。

文刀侠·2023-12-25 07:39

中科院脑智卓越中心新型RNA编辑工具

id=1698817729106080048&wfr=spider&for=pc【嵌牛导读】：Nature子刊发表中科院脑智卓越中心关于新型RNA编辑工具开发及其优化的研究成果【嵌牛鼻子】：新型RNA编辑工具

wangcheng·2023-12-25 07:53

sc-RNA-seq数据分析|| UMAP与t-NSE的区别

UMAP将会与tsne一样作为高纬数据可视化的利器，并且优于tsne.UMAP与t-SNE均是非线性降维，多用于数据可视化UMAP结构与t-SNE一致UMAP计算更快UMAP能更好地反映高纬结构，比t-SNE有着更好的连续性这种连续性反映到单细胞分析中就是能更好滴可视化细胞的分化状态（UMAPbetterrepresentsthemulti-branchedcontinuoustrajectory

周运来就是我·2023-12-25 07:59

每周文献 2022-02-19

大家好，本周给大家分享的是最近发表在NC上与选择性剪接适应环境相关的一篇文章。

杨博士聊生信·2023-12-25 04:12

中国药科大学齐炼文团队报道：治疗II型糖尿病的新策略

该研究采用了RNA体内转染试剂（EntransterTM-invivo,Engreen）注射小鼠尾静脉的新方法，快速高效获得p

实验小助手·2023-12-25 02:49

临床开展RNA-seq送测序前你应当考虑到几个因素

DNA层面的测序问题已经不能完全满足临床的需要，当下，美国一些医院在临床已经开展DNA测序+RNA测序联合分析，更好的为临床服务。

伍鸿荣·2023-12-25 01:59

chatgpt告诉你如何设计RNA引物？

RNA引物设计原理是什么？答：RNA引物设计是指设计一段短的RNA序列，用于在反转录过程中特异性地与目标RNA分子结合，并在此基础上进行扩增、检测等操作。

伍鸿荣·2023-12-24 19:48

Seurat 基础知识

Seuratobject的名称，我们可以得到类似如下内容：AnobjectofclassSeurat13425featuresacross39233sampleswithin1assayActiveassay:RNA

c海明威·2023-12-24 18:05

研究论文 2022-Oncoimmunology：AI+癌RNA-seq数据识别细胞景观

Wang,Xin,etal."DeeplearningusingbulkRNA-seqdataexpandscelllandscapeidentificationintumormicroenvironment."Oncoimmunology11.1(2022):2043662.https://www.tandfonline.com/doi/full/10.1080/2162402X.2022.20

素材积累·2023-12-24 07:11

RNA-seq数据库（ChatGPT）

截至我最后更新知识的时间（2022年1月），存在许多RNA测序（RNA-seq）数据库，这些数据库提供了大量的基因表达和转录组学数据。

素材积累·2023-12-24 07:11

一种具有翻译功能的circRNA在肌细胞生成中的作用

Circ-ZNF609isacircularRNAthatcanbetranslatedandfunctionsinmyogenesis期刊：MolecularCell影响因子：14.248主要技术：RNA-Seq

d5c9c866171f·2023-12-24 04:04

ImmuCellAI | 免疫浸润计算工具 R包学习

ImmuCellAIImmuCellAI（ImmuneCellAbundanceIdentifier)是一个从基因表达数据集（包括RNA-Seq和芯片数据）中估计24种免疫细胞丰度的工具，其中24种免疫细胞由

Aech·2023-12-24 03:52

如何快速了解接触的质粒(三)

---启动子启动子(promoter)顾名思义就是用来启动目的基因表达的一段DNA序列，位于目的基因前端，本身不被转录，是RNA聚合酶识别，结合和开始转录的一段序列。

小乔爱科研·2023-12-23 04:42

单细胞从理论到实践-这一本书就够了

生信交流平台·2023-12-23 03:13

【读书清单】《故事：材质、结构、风格和银幕制作的原理》（八）

03在美国人的语汇中，蒙太奇这个术语是指一系列快速剪接的形象，它们可以从根本上浓缩或扩展时间，而且常常采用光学

小碗月牙·2023-12-23 00:45

RNA-seq下游分析之PCA画图

RNA-seq下游分析之PCA图_欧阳火火的博客-CSDN博客rm(list=ls())mydata1,]head(dds2)rld1<-rlog(dds2)plotPCA(rld1,intgroup=

ECHO1216·2023-12-22 20:28

NGS Mapping 软件 Bowtie 算法介绍

简介Bowtie是目前流行的一款DNA、RNA序列比对软件，开源免费。Bowtie的技术路线基于BWT-FM。BWT-FM法对内存的消耗很小，被很多工具采用。

茄子_0937·2023-12-22 18:49

盘了近一个月内的“悬疑”片，来个观后感吧

冲着《看不见的客人》导演新作去看，电影的节奏、剪接、细节、画面美感全部在线，虽然加入了穿越的科幻元素，始终无法超越《看不

举个LEE子·2023-12-22 14:32

从RNA定向互作看基因组组织

我们最近开始了解非编码RNA（ncRNA）在此类过程中的原始作用，现在已知几种类型的RNA对调节基因表达至关重要：在细胞核中，长非编码RNAs（lncRNAs）、增强子RNAs（eRNAs）、稳定的内含子序列

Ss_y·2023-12-22 13:06

【circRNA】circRNA简介（1）

cirRNA是非编码RNA中的一大类，它由一种非经典剪接方式——反向剪接(backsplicing)产生；当反向剪接发生时，下游剪接位点与上游剪接位点共价连接闭合。

jjjscuedu·2023-12-22 05:54

Cell：脑肿瘤免疫微环境图谱 | 癌症研究数据资源

通过整合多参数FCM分析、RNA序列数据、TME细胞培养分析、蛋白质阵列和空间组织特征，揭示了来自不同

尐尐呅·2023-12-22 00:31

多切片联合构建3D生物空间图谱

通过对多个切片进行联合建模，将其与单细胞RNA测序数据进行整合，STitch3D同时识别出具有一致基因表达水平的3D空间区域，并

tzc_fly·2023-12-21 07:47

2021-10-15

单细胞RNA测序显示微生物群的缺失使TME倾向于促肿瘤巨噬细胞。2.从机制上讲，本文发现微生物群衍生的干扰素基因刺激因子（STI

图灵基因·2023-12-21 06:47

四价流感疫苗（鼻喷雾）

流感病毒为RNA病毒，根据核蛋白和基质蛋白分为甲、乙、丙、丁四型，目前感染人的主要是甲型流感病毒中的H1N1、H3N2亚型及乙型流感病毒中的Victoria和Yamagata系。

Tree_Ye·2023-12-21 01:23

Seurat用自定义的 cell type 做差异表达

Rcodemarkers%dplyr::glimpse()Formalclass‘Seurat’[package“SeuratObject”]with13slots…@assays:Listof1……$RNA

Janine_1991·2023-12-21 01:19

拭子（痰液）核酸提取中如何高效地分离核酸

3.样本处理：a)拭子：向无RNA酶

清风拂面vv·2023-12-20 19:29

生物学上描述DNA/RNA的长度常用的kb\nt\bp是指什么？

kb=千碱基对kilobase(pair).是kbp的简写nt=核苷酸nucleotidebp=碱基对basepair1Mb=1000kb=1000000bp

大大的世界和小小的人儿·2023-12-20 15:08

基因表达差异分析R工具包DESeq2的详细使用方法和使用案例

DESeq2是一种常用的差异表达基因分析工具，可用于RNA-seq数据的差异表达分析。下面是DESeq2的详细使用步骤和全部脚本示例。

小果运维·2023-12-20 14:23

生信分析代谢通路可视化分析R工具包ggkegg的使用案例

assign_deseq2log2FoldChangecolumnnumeric_combinemean在这里，我们使用RNA-Seq数据

小果运维·2023-12-20 14:22

2021-01-26基因ID+TMP

TumorProteinP53的简写，RNF180是RingFingerProtein180的简写ID号1.最常见的就是EntrezGene2.在gene数据库里面对于转录本和蛋白的编号是以NM和NP开头的3.非编码的RNA

小森的生统笔记·2023-12-20 00:15

新版TCGA表达矩阵整理简单版

很多人因为网络原因不能使用TCGAbiolinks这个神包下载TCGA的RNA-seq数据，只能通过浏览器访问GDCTCGA的官网进行下载，而下载后得到的是一个个文件夹，对于如何整理成一个表达矩阵也是很麻烦的

医学和生信笔记·2023-12-19 20:16

《生物信息学生R入门教程》读书笔记 Chapter 1

前言最近在阅读欧剑虹老师《生物信息学生R入门教程》非常适合于刚入手NGS的初学者使用，这里我仅做我个人的读书笔记使用本书分为八个章节：1.R/Bioconductor简介2.基因芯片的数据分析3.RNA-seq

小潤澤·2023-12-19 19:08

细胞RNA提取的操作步骤

操作步骤（请自行准备无水乙醇、异丙醇、灭菌1.5mL离心管）：1.取出洗涤液，按以下操作：a)洗涤液A：按终浓度30%比例加入无水乙醇，如7mL加入3mL无水乙醇；21mL加入9mL无水乙醇，充分混匀。b)洗涤液B：按终浓度70%比例加入无水乙醇，如3mL加入7mL无水乙醇；9mL加入21mL无水乙醇，充分混匀。c)配制好的洗涤液如出现沉淀，可在37℃溶解，摇匀后使用。2.取1.5mL离心管，加入

清风拂面vv·2023-12-19 18:26

RNA剪接机制

根据中心法则，DNA编码的遗传信息被转录成RNA，然后翻译成蛋白质。在将初级mRNA翻译成蛋白质之前，必须先对其进行修饰和编辑。

阿尔法约塔·2023-12-19 16:54

RNA-seq数据如何做PCA

PCAworksbestwhentheinputdataisapproximatelynormallydistributedoneachdimension.Itwouldbeagoodideatodosomeinitialdataqualitycheckstoverifythatthisisthecase(andtransformthedataappropriatelyifnot),oratlea

OmicsAcademy·2023-12-19 08:49

体内内源基因调控之CRISPRi与CRISPRa

众所周知，CRISPR/Cas9系统可以用来操纵基因组：规律成簇的间隔短回文重复CRISPR与内切酶Cas9的组合，可以在引导RNA（gRNA）的指引下，靶向基因组中的特定区域并切割DNA，产生DNA双链断裂

辛晓红·2023-12-19 04:19

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