RNA剪接第6页

生信数据挖掘单细胞测序

其收稿要求涵盖了癌基因的结构和功能的各个方面，尤其是:细胞癌基因及其激活机制，其编码蛋白的结构和功能，DNA和RNA的癌基因，肿瘤病毒，人类肿瘤的分子肿瘤学，肿瘤抑制基因，生长调控基因，细胞周期控制生长

概普生信·2023-12-18 10:06

2022-03-18

NatComm|非编码RNA参与DNA修复调控机制原创图灵基因图灵基因收录于话题#前沿分子生物学机制瑞典Karolinska研究所的研究人员发表了一篇论文，展示了某些RNA分子如何控制癌细胞中受损DNA

图灵基因·2023-12-17 21:52

血液微生物RNA提取注意事项

操作步骤（请自行准备无水乙醇、异丙醇和1.5mL灭菌RNase-free离心管）1.取出洗涤液，按以下操作：a)洗涤液A：按终浓度30%比例加入无水乙醇，如7mL加入3mL无水乙醇；21mL加入9mL无水乙醇，充分混匀。b)洗涤液B：按终浓度70%比例加入无水乙醇，如3mL加入7mL无水乙醇；9mL加入21mL无水乙醇，充分混匀。2.取1.5mLRNase-free灭菌离心管，加入200μL血液样

清风拂面vv·2023-12-17 19:58

Nat. Mach. Intell. | 通过深度神经网络联合建模多个切片来构建一个三维全生物体空间图谱

通过联合建模多个切片并将其与单细胞RNA测序数据整合，S

DrugAI·2023-12-17 19:06

石蜡包埋组织RNA提取步骤有哪些？

操作步骤：1.请自行准备：无水乙醇、异丙醇、灭菌双蒸水、二甲苯及1.5mL离心管。2.取出洗涤液，按以下操作：a)洗涤液A：按终浓度30%的比例加入无水乙醇，如7mL加入3mL无水乙醇，14mL加入6mL无水乙醇，充分混匀。b)洗涤液B：按终浓度70%的比例加入无水乙醇，如3mL加入7mL无水乙醇；6mL加入14mL无水乙醇，充分混匀。c)配制好的洗涤液如出现沉淀，可在37℃溶解，摇匀后使用。3.

清风拂面vv·2023-12-17 18:00

于尘埃里，看到你 ——纪录片《人类》

纪录片中，受访者只站在纯黑色的背景中细诉自己的故事，没有花巧的剪接，甚至不多赘述受访者的身份。采访，是最真实直接的表达方式。《人类》这部记录片用这种方式记录了60个国家的2000多人的故事。

阿珎·2023-12-17 05:56

逆转录酶性质 – 六个关键注意事项

DNA聚合酶活性RNaseH活性热稳定性持续合成能力保真度末端核苷酸转移酶（TdT）活性逆转录酶是从RNA模板合成互补DNA（cDNA）链过程中的必需试剂。

evolisgreat·2023-12-17 00:17

派森诺转录+代谢组联合分析，4.599分的项目文章

文章题目：MetabolomeandTranscriptomeAnalysisofLiverandOocytesofSchizothoraxo’connoriRaisedinCaptivity技术手段：RNA-seq

felix108·2023-12-16 23:08

2021-11-17

CanRes|抑制前列腺肿瘤的RNA分子原创图灵基因图灵基因今天收录于话题#前沿分子生物学机制尽管许多前列腺癌患者接受了阻断促进肿瘤生长的激素的治疗，但大多数患者对这些治疗产生了耐药性。

图灵基因·2023-12-16 16:34

CeRNA才是人生赢家，一篇著名的赤果果的文(tao)献(lu)

首先肯定要先搞清楚ceRNA是个啥，英文名competingendogenousRNAs，咱给翻译成——竞争性内源RNA。

医科研·2023-12-15 19:06

实验1：总RNA的提取——Trizol

实验一：细胞中总RNA的提取及鉴定一、目的：掌握Trizol提取总RNA的原理和步骤，学习电泳鉴定总RNA的方法。二、原理：RNA是核酸，具有较好的水溶性。

猪莎爱学习·2023-12-15 14:47

JupyterHub 如何切换 conda 小环境

然后安装conda，方法请见Q4，在conda中创建小环境（这里示例rna），并且安装ipykernel# conda 创建小环境conda creat

生信小博士·2023-12-15 04:40

尿液RNA提取产率高吗？

产品特点◎提取RNA纯度高，无抑制剂，A260/A280为1.8-2.0；◎产率高，同样的样本量提取的RNA更多；◎提取纯化的RNA应用范围广，可应用于Northern杂交、RT-PCR、RealTimeRT-PCR

清风拂面vv·2023-12-15 03:55

【生信分析】基因组学导论

祝我成功目标：通过一周的学习能对对不同高通量测序数据集（RNA-seq、ChIP-seq、BS-seq和多组学集成）进行分析。配置环境if(!

大桃子技术·2023-12-06 21:11

不会做QTL分析，也能轻松找sQTL、eQTL、meQTL | 癌症研究数据库推荐

尐尐呅·2023-12-06 14:28

RT-PCR、QPCR、Real-time PCR、real-time RT-PCR你真的区分的开吗？

在RT-PCR中，一条RNA链被逆转录成为互补DNA，再以此为模板通过PCR进行

喵喵456·2023-12-06 12:27

2022-09-08

淋巴结靶向递送mRNA癌症疫苗引发强烈的CD8+T细胞反应原创图灵基因图灵基因2022-09-0810:48发表于江苏收录于合集#前沿分子生物学机制mRNA技术，特别是癌症疫苗的体内应用面临的挑战仍然是将信使RNA

图灵基因·2023-12-06 12:08

Nature子刊综述帮你总结知识点：癌症中的RNA，每个都是研究热点

RNA对基因表达至关重要，无论是以蛋白编码RNA（mRNAs）的形式，还是以参与和调节转录的非编码RNA形式（lncRNAs或snRNA）、剪接（snRNAs）和翻译（核糖体RNAs、tRNAs和microRNAs

尐尐呅·2023-12-06 07:10

【单细胞】scRNA-seq VS snRNA-seq

https://isbscience.org/about/what-is-systems-biology/单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术的飞速发展使人们对组织中细胞种类、细胞的特殊状态有了深入认识

jjjscuedu·2023-12-04 19:44

Analysis of single cell RNA-seq data 学习笔记(六)

这一节，我们介绍一下单细胞生物学分析的内容PCA#加载包library(pcaMethods)library(pcaReduce)library(SC3)library(scater)library(SingleCellExperiment)library(pheatmap)library(mclust)#读取数据deng<-readRDS("deng/deng-reads.rds")接下来，我们

小潤澤·2023-12-04 18:04

利用Biopython来进行序列比对

序列比对一般针对的是两条或者多条序列，可以是DNA、RNA或者蛋白序列，来推测序列间的区域的相似度。

生信阿拉丁·2023-12-04 13:09

生信流程1 - Nanopore 三代测序生信分析流程简介

Nanopore三代测序技术可以用于研究与DNA、RNA和蛋白质相关的各种科学问题。

生信与遗传解读·2023-12-04 06:18

巜吃的营养科学观》第8天

三、叶酸是身体细胞繁殖和产生遗传物质RNA和DNA所必需的。没有叶酸，身体也就无法生长，甚至是头发、精子或指甲也无法生长，身体出现疾病后也无法康复。

贝美康读书会吴老师·2023-12-03 23:59

RNAvelocity系列教程1：RNA速率简介及scVelo安装

(Nature,2018)引入了RNA速率的概念，利用新转录的未剪接的前体mRNA和成熟的剪接mRNA可以在常见的单细胞RNA-seq流程中区分的事实，可以恢复定向动态信息，前者可通过内含子的存在检测。

Seurat_Satija·2023-12-02 17:11

处理ENCORI预测的miRNA-circRNA结果

前面给大家详细的介绍过ENCORI这个数据库，相信很多小伙伴也已经使用过这个工具了☞RNA相互作用神器——ENCORI☞starbase（ENCORI）数据库介绍（一）☞R批量预测miRNA和靶基因之间的调控关系

生信交流平台·2023-12-01 21:21

一文读懂LncRNA

RNA缩略词详解lncRNA：长链非编码RNA（longnon-codingRNA）miRNA：微小RNA（microRNA）circRNA：环状RNA（circularRNA）ncRNA：非编码RNA

Seurat_Satija·2023-12-01 19:31

PCR知识点小结

1.引物是DNA还是RNA?

雪切丝·2023-12-01 15:32

学习小组Day3笔记--小黑

链接清华源下载链接bash安装激活conda添加源查看软件image.pngimage.png能打开help即安装成功condaremove软件-ycondainfo--envs查看conda环境创建虚拟环境rna-seq

Great_6450·2023-12-01 11:48

基因组浏览器使用 (EPGG)

相比于最终提供的表格，基因组浏览器可以提供更多的信息，如直观展示突变位点、查看有无新转录本或新的可变剪接形式、查看peak的可信度、上下游基因、区域保守性、重复元件、蛋白结合motif等。

生信宝典·2023-12-01 11:53

浅谈RT-PCR、qRT-PCR原理

1、RT-PCR原理RT-PCR即逆转录PCR，是将RNA的反转录(ReverseTranscription,RT)和cDNA的聚合酶链式扩增(PCR)相结合的技术。可用于检测细胞中基因表达水平。

Lee小余·2023-11-30 22:44

今日·明日

今日的恩情会裂变成明日的薄情，今日的善良会落寞成明日的愚蠢，今日的容忍会蔓延成明日的残暴，今日的痴爱会演变成明日的重锤，今日的忠诚会沦陷成他日的笑话，今日的蜜语会蜕变成明日的白纸，今日的缠绵会剪接成明日的背影

凤凰花开新一代女性理念创立者·2023-11-30 18:56

R语言：利用rhdf5包分别创建单组学，多组学.h5文件

最近在跑的方法需要.h5作为输入文件，就学习了一下怎么创建.h5文件，原有数据结构如下：生成单组学.h5文件的代码如下：library(rhdf5)library(dplyr)library(patchwork)rna.data

hyena_7·2023-11-30 08:04

基因组学（课程笔记）第十章-表观基因组学

内容提纲内容提纲表观基因组学（Epigenomics）定义：在核苷酸序列不发生改变的情况下，研究基因组上的化学修饰和空间结构变化如何影响基因功能和表达调控的一门学科研究内容：1）化学修饰：DNA、RNA

懒猪曼达·2023-11-30 05:48

RNA-seq可视化之差异分析得到的FC值，我们能做什么？

首先整理数据datadata2colnames(data2)[2]data2data2[data2$value0&data2$value0.58,][,1]<-"C"image.pngggplot2绘制柱状图ggplot(data2,aes(x=value,fill=V1))+geom_histogram(position="stack",binwidth=0.01)+theme_bw()+xla

热衷组培的二货潜·2023-11-30 02:28

R语言绘制小RNA丰度条形图

R语言绘制小RNA丰度条形图小RNA中的丰度分布十分不均，少数种类小RNA的丰度占全部的比例较高，研究重点也都放在丰度较高的小RNA上，小RNA长度分布图可以有效筛选丰度较高的小RNA，我们以文献CharacterizationofmouseserumexosomalsmallRNAcontent

纪伟讲测序·2023-11-30 00:09

单细胞测序文献解读-拟南芥根系单细胞测序揭示根系细胞发育轨迹

单细胞转录组测序作为区别于传统Bulk-RNA测序的新兴技术，更好的解决了传统研究中存在的细胞异质性问题，为细胞类型鉴定及新细胞类型发现、细胞发育轨迹和功能分析等提供了良好的解决方案，已广泛应用于人类和动物研究

felix108·2023-11-29 23:18

microRNA提取步骤

一、BIOG特点1、操作简便快速，可在30分钟内获得理想的RNA，适用于一次处理较多样本的批量提取；2、提取RNA纯度高，无抑制剂，A260/A280为1.8-2.0；3、采用自主研发的改性硅基磁珠，同样的样本量提取的

清风拂面vv·2023-11-29 19:42

2020转录组RNA-SEQ上游分析

文章目录安装配置conda使用清华源下载sh脚本并安装设置镜像源conda环境创建激活和退出环境conda安装软件质量评估@fastQCfastq格式FsatQC软件multiqc综合所有qc结果解读单一碱基占比单碱基测序质量在150bp上的分布情况测序质量的分布图GC含量测定接头adapter统计过滤reads@trim_galore过滤标准trim_galore比对@hisat2参考基因组，g

super_qun·2023-11-29 18:20

RNA甲基化专题 | 癌症研究篇

研究表明，m6A在不同组织，细胞系中是一个复杂的调控网路，m6ARNA甲基化参与RNA的代谢过程，并与肿瘤的发生和发展密切相关。

诺禾致源·2023-11-29 13:10

Swift 类型属性

static对于类，计算型的类型属性，前面加关键字class可被子类重写overrideoverride忽略重载忽略父类中相同的属性class生命体{staticvar遗传方式:String{return"RNA

maskerII·2023-11-29 09:46

链特异性建库

本文转载自：https://www.jianshu.com/p/8b177773ae38RNA-seq基本流程image把RNA破碎成小片段，然后将RNA转变成一条cDNA，这一步需要用到反转录酶reversetranscriptase

村长吃火锅·2023-11-28 21:34

RNA-seq分析流程

1、质量控制：fastqc-o./-t1/public/home/zyhu/hfd/${i}_R1_001.fastq.gz/public/home/zyhu/hfd/${i}_R2_001.fastq.gz合并质控结果multiqc./Trimmomatic修剪去掉前端低质量碱基java-jar\$EBROOTTRIMMOMATIC/trimmomatic-0.32.jarPE-phred33$

chaos_z·2023-11-28 04:17

RNA-Seq raw2fpkm pipeline (snakemake)

前几天，帮师妹分析转录组数据，由于她只需要FPKM，并且我刚好在学snakemake，就试着用snakemake写了一个简单的从rawdata到FPKM的流程。snakemake简介：snakemake是一款基于python3的软件snakemake的主要功能是快速搭建分析流程官方网址snakemake优势：支持并行运算支持断点运算支持流程控制支持内存控制支持CPU核心控制支持运行时间控制支持。。

李诚0921·2023-11-27 23:29

Measurement of mRNA abundance using RNA-seq data: RPKM measure is inconsistent among samples

WagnerGP,KinK,LynchVJ.MeasurementofmRNAabundanceusingRNA-seqdata:RPKMmeasureisinconsistentamongsamples[J].TheoryBiosci,2012,131(4):281-285.百度百科：RPKM，ReadsPerKilobaseperMillionmappedreads，代表每百万reads中来自

sunlight_yy·2023-11-27 02:38

单细胞seurat入门—— 从原始数据到表达矩阵

根据所使用的建库方法，单细胞的RNA序列（也称为读取（reads）或标签（tags））将从转录本的3'端（或5'端）（10XGenomics，CEL-seq2，Drop-seq，inDrops）或全长转录本

生信小博士·2023-11-27 02:06

通过转染双链siRNA 在哺乳动物细胞中进行RNA 干扰

长链dsRNA不能用于多数哺乳动物细胞中，这是由于它能诱导干扰素反应而引发基因表达和细胞凋亡的变化。本方案介绍了一种向哺乳动物细胞中转入短的双链siRNA的方法，双链siRNA因其长度过短而不能引起与dsRNA相关的序列非特异性反应。本方案适用于24孔板中生长的细胞。如果使用了其他规格的多孔板、培养瓶或者培养皿，则需要根据培养孔的表面积换算细胞密度和试剂用量（表1)。试剂转染试剂Dulbecco’

实验小助手·2023-11-26 20:22

纯生物信息学SCI文章好发吗？不好意思，很难了

3-4年前，一套完整的RNA-seq，而且是很简单的那种套路可以发到3-4分文章，好的

医学程序研究·2023-11-26 10:34

MAC M1 安装ViennaRNA Python模块

MACM1安装ViennaRNAPython模块ViennaRNA安装包下载安装配置调用RNA包ViennaRNA安装包下载快速通道：https://www.tbi.univie.ac.at/RNA/index.html

赵仙儿·2023-11-26 07:39

CDS和ncRNA的分物种数据库

protein,CDS,ncRNA信息1.DNA不用说，就是基因组信息2.protein，就是编码的蛋白质信息3.CDS(CodingDNASequence)即编码序列DNA转录成mRNA，mRNA经剪接等加工后翻译出蛋白质

bioinfo2011·2023-11-26 02:09

外泌体多组学21-通过大小排斥色谱分离的细胞外囊泡适用于血浆中的RNomics分析

由于血浆的生物组成复杂，血浆RNA组学分析(RNomics)很容易实现，因此有必要根据性能从现有方法中选择最优策略进行预期的应用在这项研究中，我们进行了四种不同的ev分离策略并进行了比较(即超离心(UC

_十三·2023-11-25 20:58

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