RNA-SEQ 第10页

InferCNV：从肿瘤单细胞RNA-Seq数据中推断拷贝数变化

github网址：https://github.com/broadinstitute/infercnvwiki说明文档：https://github.com/broadinstitute/inferCNV/wiki一、InferCNV简介拷贝数变异(Copynumbervariation,CNV)：由基因组发生重排而导致的，一般指长度1KB以上的基因组大片段的拷贝数增加或者减少,主要表现为亚显微水

whitebird·2022-03-27 22:00

单细胞数据标准化SCTransform

单细胞RNA-seq数据的生物学异质性

11的雾·2022-03-21 09:36

2021-10-26 RNA-seq分析个人记录帖

xiaoguolaile·2022-03-15 09:27

使用mixcr构建免疫组库及下游分析

mixcr允许多种数据输入，特异性免疫组库测序或RNA-seq测序都可以作为输入。mixcr工作流程实例展示下载8个新冠样本8个健康样本RNA-seq的单端测序

不会生信·2022-03-14 09:59

RNA-seq转录组差异分析及可视化

关于RNAseqNature重磅综述|关于RNA-seq，你想知道的都在这准备工作先在服务器安装conda。安装好通过conda进一步安装所需要的软件。

不会生信·2022-03-02 17:23

RNA-seq用hisat2、stringtie、DESeq2分析

一、安装软件1、HISAT2将reads比对到基因组上wgetftp://ftp.ccb.jhu.edu/pub/infphilo/hisat2/downloads/hisat2-2.1.0-Linux_x86_64.zipunziphisat2-2.1.0-Linux_x86_64.zipecho'exportPATH=~/RNA-Seqruanjian/hisat2-2.1.0/bin:$PA

呆_6547·2022-02-22 03:14

新鲜出炉：RNA-seq数据分析指南

RNA深度测序(RNA-Seq)就是其中之一，这项技术使我们对细胞发育及其调控机制的理解，达到了前所未有的深度和广度。

leoatchina·2022-02-20 21:58

分析时间序列的RNA-seq tool

简介maSigPro，这是一款可以综合分析时间序列RNA-seq的工具。

小潤澤·2022-02-19 12:25

【生信技能树】R语言练习题 - 中级

首先友情宣传生信技能树全国巡讲:R基础，Linux基础和RNA-seq实战演练:预告：12月28-30长沙站广州珠江新城GEO数据挖掘滚动开班题目来源：http://www.bio-info-trainee.com

猫叽先森·2022-02-18 17:52

Nature重磅综述 |关于RNA-seq，你想知道的都在这

摘要RNA测序（RNA-seq）在过往十年里逐渐成为全转录组水平分析差异基因表达和研究mRNA差异剪接必不可少的工具。随着二代测序技术(NGS)的发展，RNA-seq的应用也越来越广。

生信宝典·2022-02-17 06:35

学习小组Day3笔记--韩峰

学习小组Day3笔记--韩峰.png2.安装成功rna-seq的软件包fastqc和trimmomatic包括环境的激活安装rna-seq.png3.集今天再卸载软件的过程中遇到问题，是环境没装，命令也不对

joy_夜航船·2022-02-16 11:51

RNA-Seq相对基因表达芯片有什么优势？

RNA-Seq和基因表达芯片相比，哪种方法更有优势？关键看适用不适用。那么RNA-Seq适用哪些研究方向？是否适合您的研究？

wangchuang2017·2022-02-16 04:34

sc-Review：单细胞RNA-seq数据分析最佳实践

LueckenMD,TheisFJ.Currentbestpracticesinsingle-cellRNA-seqanalysis:atutorial.Mol.Syst.Biol.2019,15:e8746.摘要singlecellRNA-seq提高了基因表达研究的分辨率，这项技术也带来越来越多的单细胞分析方法。这使得研究者难以驾驭这一多工具格局并从中搭建最新的工作流程来分析自己的数据。在这里，

周运来就是我·2022-02-15 11:57

RNA-seq分析实战

(后边还有)RNA-seq分析：从软件安装到富集分析详细过程RNA-seq实战第二次RNA-seq实战总结(2)-数据下载并进行数据处理感谢各位大佬！

Akuooo·2022-02-14 14:21

2020-09-29 使用Alevin实现【输入】fastq→【输出】umi count matrix

（Kallisto:一个RNA-seq数据快速量化软件http://blog.sciencenet.cn/blog-656335-984247.html

王子威PtaYoth·2022-02-12 14:08

2019-07-20

管理虚拟环境命令创建环境condacreate-nrna-seqsra-toolsfastqccutadapttrimmomaticstarhisat2samtoolssubreadhtseq以上命令为创建名称为rna-seq

南山布谷·2022-02-12 14:43

用requests爬取数据库并转换成EBL下载链接

之前老师给了我一个储存RNA-seq和Ribo-seq数据的数据库translatomedb让我在上面下数据，但是这个数据库本身并不存储测序数据，每一组数据需要点击后面的链接，得到相应的NCBI链接，再去根据链接自行下载

SunPython·2022-02-12 07:16

RNA-seq测序数据模拟

本文根据DESeq2文章中的方法记录如何进行简单的基于负二项分布（NegativeBinomialdistribution）模拟RNA-seq基因表达数据。为了模拟基因表达数据，我们需要：从

尘世中一个迷途小书僮·2022-02-11 09:44

【单细胞入门必读】单细胞RNA-seq技术和数据分析简介

Single-CellRNA-SeqTechnologiesandRelatedComputationalDataAnalysis单细胞RNA测序(scRNA-seq)技术允许在单细胞分辨率下解析基因表达，这极大地改变了转录组学研究。目前已经开发了大量的scRNA-seqprotocol，这些protocol各有特点，各有优缺点。由于技术限制和生物因素，scRNA-seq数据比bulkRNA-se

巴拉巴拉11·2022-02-10 19:00

使用Trinity进行转录组组装

TrinityTrinity是BroadInstitute和HebrewUniversityofJerusalem开发的RNA-Seq数据转录组组装工具，包括三个模块，Inchworn(尺蠖):将RNA-seq

xuzhougeng·2022-02-10 15:39

RNA-seq摸索：2.sra下载数据→fastqc质控→hisat2/bowtie2/STAR/salmon比对→Samtools格式转换→IGV可视化结果

我觉得学RNA-seq必看的文献！！

没有猫但是有猫饼·2022-02-10 10:22

3_0_4 要理解并会用的几个脚本

随便找几个文件进行练习，只是为了说明问题，这些其实是RNA-seq数据，但无所谓，只是看脚本的处理有以下几个文件假如现在觉得文件太大，想快速走下流程，那么可以提取文件中的前比如说1w行进行比对。

Y大宽·2022-02-09 12:38

StringTie: 一款RNA-seq序列转录本重构软件

StringTie:一款RNA-seq序列转录本重构软件转录本测序方法通常会产生大于200million的短序列。针对这样的序列，StringTie可以用来组装转录本，包括denovo。

shenny_·2022-02-09 00:39

单细胞好文2--Single-cell RNA-seq highlights intra-tumoral heterogeneity and malignant progression in PDAC

前言之前花了7个小时精读了一篇单细胞文章之后，感觉自信心大增，因此再精读一篇看起来类似的文章，看一下思路和研究方法有何不同。选文原文链接：CellResearch(2019)0:1–14;https://doi.org/10.1038/s41422-019-0195-ycellresearch文章标题可见热点(1)single-cellRNA-seq(scRNA-seq)：略(2)heteroge

冻春卷·2022-02-08 15:56

Seurat学习与使用（一）

简介 Seurat是一个r包，被设计用于单细胞rna-seq数据的细胞质控和分析。Seurat旨在使用户能够识别和解释单细胞转录组数据中的异质性来源，同时提供整合不同类型的单细胞数据的函数。

小胡子老爷·2022-02-07 14:39

Seurat官方教程3：使用Seurat分析、可视化和集成空间数据集

本教程演示了如何使用Seurat(>=3.2)来分析空间解析的RNA-seq数据。虽然分析流程类似于用于单细胞RNA-seq分析的Seurat工作流，但我们引入了更新的交互和可视化工具，特别强调

ScorpioGirll·2022-02-07 03:20

SpatialDB引发的10x技术原理的探究

scRNA-seq可以覆盖RNA-seq数据中的大量细胞子集，提供单个细胞的转录组信息，从而揭示细胞间的异质性。但当scRNA-seq应用于某些组织或系统研究时，就丢失了至关重要的空间位置信息。

生信阿拉丁·2022-02-07 03:29

StatQuest学习笔记24——RPKM FPKM TPM

测序的度量单位在RNA-Seq中，我们通常使用RPKM（全称为ReadsPerKilobaseMillion）或FPKM（FragmentsPerKilobaseMillion）来进行均

backup备份·2022-02-05 04:37

哇！单细胞测序-配体受体互作分析原来可以这么简单又高大上！

NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述：三万字长文读懂单细胞

生信宝典·2022-02-03 14:05

RNA-seq 差异分析全代码

Differentialgeneexpression(DGE)analysisLearningObjectivesExplaintheexperimentanditsobjectivesDescribehowtosetupanRNA-seqprojectinRDescribetheRNA-seqandthedifferentialgeneexpressionanalysisworkflowExpl

chengchengSY·2022-02-03 09:19

RNA-Seq测序数据分析和差异表达基因鉴定，注释

第一部分：将RNA-seq数据映射到参考基因组上第二部分：将RNA-seq数据映射到参考转录组上，并且生成基因表达矩阵，用于第三部分分析第三部分：使用DESeq包鉴定差异表达基因（成对），第四部分：对差异基因进行后续的

Hello育种·2022-01-27 01:07

基因共表达网络

共表达RNA-seq数据的基因共表达网络分析https://www.jianshu.com/p/b05145d0020aWGCNA构建基因共表达网络详细教程https://www.cnblogs.com

大胆冒险实践者·2022-01-05 21:18

【文献速递】-深度学习和空间分辨单细胞转录组与Tangram的对齐-Deep learning and alignment of spatially resolved single-cell t...

单细胞和单核RNA-seq(sc/snRNA-seq)可以全面地分析细胞，但会丢失空间信息。空间转录组学允许进行空间测量，但分辨率较低且灵敏度有限。靶向原位技术解决了这两个问题，但基因通量有限。

基因侦探·2022-01-03 23:18

RNA-seq学习：No.11 oligo包读取Array芯片原始数据(CEL.gz))

oligo包官方介绍：https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/oligo.htmloligo包简单教程：https://kasperdanielhansen.github.io/genbioconductor/html/oligo.html示例数据：GSE159676step1：下载Array芯片原始数据(CEL.gz))https:

小贝学生信·2022-01-03 13:55

TIMER20和cibersort一个既能分析测序数据（最好是TPM格式），又能分析芯片数据的网站

4.如果是RNA-Seq表达量，使用FPKM和TPM都很合适。芯片的要求可能把你唬住了，GEO常规的表达矩阵都是这样得到的，直接下载使用即可。注意有的表达矩阵下载

小白兔和小毛驴·2021-12-29 11:08

RNA-seq数据的上游处理及工具HISAT2; STAR; RSEM; featureCounts; Htseq-count; kallisto; salmon

欢迎批评指正一、上游处理流程上游处理步骤包括质量检测、质量控制、比对、定量[2]，每一步处理数据的目的都是不同，也有相关的软件与之对应。通过质量检测，原始数据的各种问题将会呈现出来，接下来的质量控制就是为了解决原始数据的质量问题。比对是将reads比对到染色体或者基因，并生成sam或者bam文件记录比对情况以及质量。定量既是统计比对到同一位置的reads，当然并不是比对上就计数，还有一些其他的筛选

清零2000·2021-12-22 20:50

RNA-seq分析（STAR-RSEM-DESeq2）

一、准备RNA-seq数据需要参考基因组文件，注释文件，样本的fastq.gz文件检查fastq.gz是否完整md5sumsample.fastq.gz>md5.txtmd5sum-cmd5.txt#结果为

清零2000·2021-12-14 15:00

RNA-Seq data analysis

数据准备数据来源测序下机数据直接进行质控和后续分析；已发表数据以“ThePP2A-interactorTIP41modulatesABAresponsesinArabidopsisthaliana”，这篇文章为例；示例文章获取bioproject号；bioprojectNCBI数据库搜索NCBI搜索获取SRR号SRAexperimentsSRASRA号SRR号如下：SRR6281250【tip41

胡小兵plus·2021-12-03 15:22

使用scVelo进行RNA velocity分析-01

本教程是介绍如何使用python包scVelo对单细胞RNA-seq数据(scRNA-seq)进行RNA速率分析。

whitebird·2021-11-25 09:57

单细胞加权基因共表达网络分析scWGCNA-01

scWGCNA是一个生物信息学工作流程，是R包WGCNA的附加组件，用于在单细胞或单核RNA-seq数据集中进行加权基因共表达网络分析。

whitebird·2021-11-24 12:13

Augustus 基因从头预测

隐马尔科夫链)和贝叶斯理论，通过已有物种的注释信息对软件进行训练，从训练结果中去推断一段基因序列中可能的结构，在这方面做的最好的工具是AUGUSTUS它可以仅使用序列信息进行预测，也可以整合EST,cDNA,RNA-seq

斩毛毛·2021-11-16 12:50

4.单细胞 RNA-seq：质控分析

denghb001·2021-11-08 16:21

3.单细胞 RNA-seq：质控分析设置

单细胞RNA-seq：质量控制设置image基因表达量化后，我们需要将此数据读入R中，执行QC的指标。我们将讨论可以预期的数据格式，以及如何将其读入R以便我们可以继续流程中的QC步骤。

denghb001·2021-11-08 16:16

2.单细胞 RNA-seq：计数矩阵的生成

单细胞RNA-seq数据-计数矩阵的原始数据根据所使用的文库制备方法，RNA序列(也称为读序列或标签)将从转录本的3端(或5端)(10XGenomics,cell-seq2,Drop-seq,inDrops

denghb001·2021-11-08 16:11

Seurat 分析Visium空间转录组

一、Seuratv3.2对空间转录组Visium的结果分析中实现的功能：归一化降维和聚类检测空间可变特征(spatially-variablefeatures)互动式的可视化与单细胞RNA-seq数据整合处理多个切片二

夕颜00·2021-09-17 16:28

在Windows下完成转录组分析

纯粹就是记录下如何在Window下少写代码完成RNA-seq,并没有详细讲解转录组分析的原理和每一步背后的含义。想深入了解可以翻生信技能树，生信宝典，组学大讲堂等等公众号。

Nuvolar·2021-09-16 10:55

真核有参转录组测序标准分析

RNA-seq简介转录组测序数据产生(简述)将表型特异的组织提取RNA，然后送到测序公司，经过质检合格后，公司为RNA加接头，PCR富集，开始在仪器中测序。数据下机，发到

生信分析实验室·2021-09-14 11:27

RNA-seq练习第三部分（DEseq2筛选差异表达基因,可视化）

DEseq2筛选差异表达基因并注释(bioMart)DESeq2对于输入数据的要求1.DEseq2要求输入数据是由整数组成的矩阵。2.DESeq2要求矩阵是没有标准化的。DESeq2包分析差异表达基因简单来说只有三步：构建dds矩阵，标准化，以及进行差异分析。（1）构建dds矩阵构建dds矩阵需要：a)表达矩阵：即上述代码中的count，就是通过readcount计算后并融合生成的矩阵，行为各个基

生信start_site·2021-08-30 20:50

TCGA数据的一致性聚类实战和可视化

那RNA-seq数据呢，是应该用log2后的FPK

小洁忘了怎么分身·2021-08-28 14:35

【单细胞转录组】SPRING算法环境部署与使用

SPRING是为单细胞RNA-Seq数据开发的，但可以更广泛地应用。最小输入是高维数据点（细胞）矩阵和维名称（基因）列表高维数据的低维可视化通常是不完美的。SPRING不是

Geekero·2021-07-30 17:49

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