RNA-SEQ 第11页

RNAvelocity系列教程1：RNA速率简介及scVelo安装

(Nature,2018)引入了RNA速率的概念，利用新转录的未剪接的前体mRNA和成熟的剪接mRNA可以在常见的单细胞RNA-seq流程中区分的事实，可以恢复定向动态信息，前者可通过内含子的存在检测。

Seurat_Satija·2021-07-08 09:48

RNA-Seq数据分析：cutadapt+hisat2+samtools+stringtie+deseq2

参考教程：GriffithLabtutorialrawdata/PFdata/Q30data/cleandata的不同数据：线虫转录组测序PFdata（双端测序）;流程：cutadapt去接头;hisat2建立索引（indexing）;hisat2+samtools序列比对（alignment）;通过index进行比对可加快比对速度。FastQC对当前测序数据的质量进行评估;Stringtie对数

zyp1997·2021-07-01 09:23

RNA-seq(8): 探索分析结果:Data visulization

写在前面：这部分主要做一些数据可视化，富集分析暂时放下一部分，如果想跳过这里，请直接移步RNA-seq(9):富集分析------------------------------------------

Y大宽·2021-06-27 07:32

Seurat的单细胞免疫组库分析来了！

使用Seurat进行单细胞VDJ免疫分析NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析

生信宝典·2021-06-24 18:47

从spike-in矫正到DESeq2的原理

写在前面的废话最近在处理一批RNA-seq的数据，里面混入了spike-in。利用spike-in矫正之后，样本A的基因表达量普遍比样本B的基因表达量高3-5倍，这和我所熟知的背景知识是一致的。

鹿无为·2021-06-24 04:49

RNA-seq分析：从fastq到差异表达基因

RNA-seq的数据分析是比较简单基础的分析，大概流程就是处理下机的fastq数据（trimmomatic），比对到人类基因组（hisat2）然后统计每个基因上出现的counts数（featureCounts

高邮在逃咸鸭蛋·2021-06-24 02:13

链特异性测序的理解小RNA链特异性

1、链特异性测序的目的现在二代测序主要有PE和SE两种策略，PE主要用于RNA-seq，SE主要用于小RNA测序（短片段文库测序）。

今天没回家·2021-06-21 20:52

盲人摸象--single cell sequencing的Seurat学习--详细版

首先本人对单细胞测序数据的处理一无所知，但看过一些单细胞测序的文章，有一些R语言基础和跑过一些RNA-seq上游分析的经验，流程是跑过但debug是全不会。

冻春卷·2021-06-21 07:55

RNA-seq从入门到自闭（前言+数据获取）

这个周末前，CJ大神终于完成了RNA-seq流程中从原始SRA数据获取到RNA-seq定量的一系列插件。具体文章见链接。

邵扬_Barnett·2021-06-20 17:03

转录组差异表达分析—ballgown

ballgown是一个差异表达分析RNA-Seq数据的R包对数据的要求：1.RNA-Seqreads应已比对到参考基因组上。2.转录组应已经组装或下载参考转录组。

stanford_strive·2021-06-15 05:55

讨厌又迷人的reads去重复

太长不看系列RNA-seq一般不去重复ChIP-seq一般去重复callS

鹿无为·2021-06-14 15:20

RNA sequencing: the teenage years（中篇）

前言这一部分主要涉及常规RNA-seq的数据分析，提到了常见的数据分析流程。

小白要变大神·2021-06-13 00:12

total RNA-seq和ploy(A) plus RNA-seq的区别

totalRNA-seq(whole-transcriptomesequencing全基因组测序):对于所有RNA分子进行测序（编码区，非编码区）但如果我们只关注编码区的话，显然TotalRNA-seq的性价比就不是很高了。这时候我们可以采用ploy(A)plusRNA-seqploy(A)plusRNA-seq:只关心编码区，对于mRNA进行测序Reference:https://assets.

坐看云起时zym·2021-06-12 16:26

RNA-seq: Kallisto+Sleuth(1)

RNA-seq分析通常有以下几种流程。第一种是参考基因组，即先通过HISAR、STAR等软件把序列比对到参考基因组然后再进行转录本鉴定及定量。

jlyq617·2021-06-12 11:51

Seurat使用教程（v3.0）

Seurat使用教程（v3.0）Seurat是一个分析单细胞转录组数据的R包，用于QC，分析和探索单细胞RNA-seq数据，相关资料如下：参考教程测试数据具体流程如下：graphTDA[安装Seurat

xianmao123·2021-06-11 14:20

从零开始学Circos绘制圈图（一）

用来描述基因组的基因密度分布，转座子的密度分布，和其他物种或者多倍体的多套染色体间的共线性关系，以及其他各种你只要测序就能加上的信息，比如说你要是测了ATAC-seq，加上全基因组开放状态，要是测了多个组织，多个时期的RNA-seq

xuzhougeng·2021-06-11 00:13

深入理解RNA-seq

RNA-seq数据介绍学习RNA-seq文章https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/pmid/20436464/https://www.ncbi.nlm.nih.gov

zhoujj2013·2021-06-10 21:38

PureZhang·2021-06-09 17:14

bulk RNA-seq canonical workflow（salmon和subread）

References：1.RNA-seq(4)：Hisat2+FeatureCounts+DESeq2流程+作图！https://pzweuj.github.io/2018/07/18/rna-seq-4.html2.一个植物转录组项目的实战http://www.bio-info-trainee.com/2809.html3.RNA_seq（1）植物转录组差异基因分析简单练习https://www

CuteCurse·2021-06-08 18:12

RNA-seq流程[conda使用]

每个版本都有Python2和Python3的版本，这里我们选择python2的版本，对目前大多数软件可用https://mirror.tuna.tsinghua.edu.cn/help/anaconda/下载miniconda#https://conda.io/miniconda.htmlwget-chttps://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda2-la

Alex_cactus·2021-06-08 16:23

TCR

TRUST1、概述TRUST，是从RNA-seq原始数据组装到TCRCDR3的软件，专门为RNA-seq数据设计的工具[Ref1]。

_linun_·2021-06-07 09:00

RNA-seq转录组名词解释基础

2019年7月24日，NatureReviewsGenetics上发表了一篇了RNA-seq的综述，文献信息如下所示：Stark,R.,etal.(2019)."

小白要变大神·2021-06-06 19:39

【免疫>>TME分型】03.Cibersort+亚型+结直肠癌

多用于芯片表达矩阵和RNA-seq估计免疫细胞细胞浸润。ConsensuClusterP

高大石头·2021-06-06 15:10

Tophat2 error

RNA-seq数据检测融合基因，在tophat-fusion这一步报错：./SeqAn-1.4.2/seqan/basic/basic_exception.h:236FAILED!

zhoujj2013·2021-06-06 01:53

Read count CPM RPKM

RNA-seq看表达量高低是看哪个值？1.Readcount(1)数值概念：比对到geneA的reads数。(2)用途：用于换算CPM、RPKM等后续其他指标；作为基因表达差异分析的输入数值。

wangchuang2017·2021-06-05 19:20

R包-KEGG的超几何检验和基因富集分析（菜鸟篇）

一般是高通量实验，如基因芯片，RNA-Seq，蛋白质组学（质谱结果）的后续步骤。

黄温柔体贴·2021-06-05 18:38

RNA-seq流程[sra->bam]

一：启动conda环境sourceactivateapa二：将sra转化为fastq格式ls*sra|whilereadid;do(nohupfastq-dump--split-3$id&);done三：质量报告ls*fastq|whilereadid;do(nohupfastqc-t5$id&);donemultiqc./四：质量处理#双端ls*1.fastq>1ls*2.fastq>2past

Alex_cactus·2021-06-05 14:21

转录组 RNA-seq

课堂笔记RNA-Seq标准测序6G数据，6X1024X1024X1024位（个碱基）→虽然会有波动，会受一些随机误差影响，但是reads数很多，coverage很高，表达量的测量很准overview：RNA-Seq①RNA

洛洛洛洛洛啊·2021-05-26 22:47

Transcript quantification/differential exp

本文为学习RNA-seq中**Transcriptquantification/Differentialgeneexpressionanalysis**过程记录。

123wwwwwwb·2021-05-18 06:59

RNA-seq(3):sra到fastq格式转换并进行质量控制

把RNA-seq(2)-2下载的sra文件转换为fastq格式的测序文件，并且用fastqc软件测试测序文件的质量，理解各指标的意义。

Y大宽·2021-05-15 08:19

「RNA-seq分析软件」RNA-seq比对工具STAR学习笔记

前者用于比对RNA-seq数据，后者是针对于长读长RNA数据。由于同一个程序，又需要做建索引，又需要做序列比

xuzhougeng·2021-05-14 16:07

RNA-seq分析流程大比较

HISAT2+StringTie+BallgownTophat2+cufflinks+cuffdiffHISAT2+featureCounts+DESeq2Tophat2+featureCounts+DESeq2subread+featureCounts+DESeq2subread+HTseq+DESeq2Tophat2+HTseq+DESeq2image.png可以看出比对软件相同时候，HTse

热衷组培的二货潜·2021-05-14 01:56

RNA-seq分析文章结果重现

文章：TemporaldynamicsofgeneexpressionandhistonemarksattheArabidopsisshootmeristemduringflowering.一、查看并下载数据tr替换\t为\n；nl为对每行加行号head-n1E-MTAB-5130.sdrf.txt|tr'\t''\n'|nl|grepURIimagetail-n+2E-MTAB-5130.sdr

Dawn_WangTP·2021-05-12 00:44

SCENIC单细胞转录因子分析介绍及操作

2017年发表在NatureMethods杂志上的SCENIC算法，利用单细胞RNA-seq数据，同时进行基因调控网络重建和细胞状态鉴定，应用于肿瘤和小鼠大脑单细胞图谱数据，提出并

Seurat_Satija·2021-05-07 22:47

2021-04-30 可变剪接与rMATS分析

AlternativesplicingrMATS介绍rMATS是一个从RNA-Seq数据中检测差异选择性剪接事件的计算工具，根据RNA

NAome·2021-05-07 17:06

关于multiple mapping我想说的

很多时候，我们都要选取uniquemapped的reads，尤其是在RNA-seq和CHIP-seq的时候，但是如何保留，各种教程都不一致，我稍微总结了一下，是因为使用的比对工具不一样导致的！

生信技能树·2021-05-04 01:29

（转载）ubuntu批量处理数据

使用生成的索引文件对RNA-Seq进行比对拼接nohuphisat2-p8-x/home/czou/lixin/b/chrX_data/indexes/-1ERR188044_chrX_1.fastq-

njmujjc·2021-05-03 11:24

数据库汇总-2

portal.gdc.cancer.gov/TCGA官网GEPIAhttp://gepia.cancer-pku.cn/北大Zhanglab-ZefangTang开发，包含TCGA和GTEx的9736个肿瘤和8687个正常对照样本的RNA-seq

oddxix·2021-04-30 22:32

From RNA-seq reads to differential expression results 从RNA-seq reads到差异表达结果

image.pngAliciaOshlack,MarkDRobinson,MatthewDYoung.FromRNA-seqreadstodifferentialexpressionresults.GenomeBiology2010,11:220http://genomebiology.com/2010/11/12/220这篇评论文章摘要只有一句话:有很多可用的方法和工具进行预处理高通量RNA-s

wangchuang2017·2021-04-26 05:30

NGS二代测序技术与转化医学研究--2.RNA-seq部分

RNA-seq转录组测序与cfDNA体细胞突变检测相比，基因表达相关的RNA-seq转录组测序在常规的mRNA、非编码RNA(lncRNA、circRNA、microRNA/piRNA等)以及肿瘤融合基因鉴定方面应用较为成熟

星尘_ec92·2021-04-24 03:08

RNA-seq分析：从软件安装到富集分析详细过程

RNA-seq分析简洁版,用重新下载的肝癌数据进行从头分析，包含了以下详细过程的几乎所有流程代码和部分关键结果。同时，KEGG可视化部分用了ClusterProfiler的结果。

Y大宽·2021-04-23 23:49

第1章简介

limma：微阵列和RNA-Seq数据的线性模型用户手册GordonK.Smyth,MatthewRitchie,NatalieThorne,JamesWettenhall,WeiShiandYifangHuBioinformaticsDivision

yangliunk1987·2021-04-22 04:37

RPKM/FPKM/TPM在RNA-seq分析中的标准化流程

在RNA-seq的分析中，需要对基因或者转录本的readcounts数进行标准化过程。因为落在一个基因区域内的readcounts取决于基因长度和测序深度。

爱吃甜品的鱼·2021-04-21 15:23

R实战 | 用R也可以完成的RNA-Seq分析-2

Pre-processing本文将要介绍的是在R中进行RNA-seq数据预处理的实战代码原文地址：https://bioinformatics-core-shared-training.github.io

尘世中一个迷途小书僮·2021-04-20 21:34

单细胞108篇文献解读之11---SCENIC: 单细胞RNA-seq数据推断基因调控网络和细胞功能聚类

目前单细胞转录组领域用的比较多的细胞聚类方法大多是直接从基因表达矩阵推断，但是对于多样本合并分析，很多情况下会出现难以解决的批次效应，例如：有些癌症多样本的聚类结果大多每个样本单独分成一群对于发育样本，发育前期和后期细胞类型可能存在较大差异，某些样本特异的细胞群，难以判断是批次效应产生的还是真正的生物学效应。2017年发表在NatureMethods杂志上的SCENIC算法，利用单细胞RNA-se

Seurat_Satija·2021-04-20 19:00

(Smartseq2) single cell RNA-seq分析练习

这次跟着课程（Smartseq2scRNA小鼠发育学习笔记-1-前言及上游介绍）要练习的文章是：DissectingCellLineageSpecificationandSexFateDeterminationinGonadalSomaticCellsUsingSingle-CellTranscriptomics。课程里是从下载sra文件开始的，但是由于这篇文章的数据实在是太大了。。。都下载下来的

生信start_site·2021-04-20 09:24

RUVSeq中RUVg矫正原理

ERCC与housekeeping的作用1.1spike-in的组成及原理原理：RNA-seq的本质是相对定量，并非绝对定量。

小潤澤·2021-04-19 13:45

RNA-seq摸索：4. edgeR/limma/DESeq2差异基因分析→ggplot2作火山图→biomaRt转换ID并注释

请一定看这里：写下来只是为了记录一些自己的实践，当然如果能对你有所帮助那就更好了，欢迎大家和我交流三者区别三者区别差异分析流程:1初始数据2标准化(normalization)：DESeq、TMM等为什么要标准化？消除文库大小不同，测序深度对差异分析结果的影响怎样标准化？找到一个能反映文库大小的因子，利用这个因子对rawdata进行标准化3根据模型检验求pvalue：泊松分布(poissondis

没有猫但是有猫饼·2021-04-19 12:07

RNA-Seq：差异表达分析及可视化

上一篇已经系统介绍了有参RNASeq上游分析，从测序数据fastq文件到最终生成表达矩阵。这一系列基本都是RNASeq通用常规分析，其下游差异表达及可视化则根据需求及研究目标而有所不同。这一篇着重介绍差异表达分析及常用可视化作图，以下进入正题：六、差异表达分析差异表达分析简单来说就是鉴定一个基因的表达，在所选两个样本之间有无明显差异，所用到的是统计学中的假设检验。差异表达分析中常用的软件为DESe

胡小兵plus·2021-04-19 12:38

各种测序基础知识介绍-转发

各种测序基础知识介绍RNA-Seq名词解释index测序的标签，用于测定混合样本，通过每个样本添加的不同标签进行数据区分，鉴别测序样品。

可以公开的秘密Scarlett·2021-04-19 11:20

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