SRA

如何从NCBI下载SRA数据

经常需要在GEO中下载测序数据原始文件，得到sra编号之后，有两种方法下载：一、可以通过在ebi（http://www.ebi.ac.uk/）中搜索SRA编号，然后用aspera直接下载fastq文件，
wangyunpeng_bio·2020-06-25 04:20

NGS基础：测序原始数据下载

NCBI的SRA(SequenceReadArchive)数据库(http://
生信宝典·2020-06-24 21:53

如何从ncbi上下载sra数据

如何从ncbi上下载sra数据我参考了网上的一个贴子http://www.plob.org/2014/02/16/7338.html，里面描述了如何用aspera来进行下载，在使用它下载单个数据的时候成功了
会口遁的naruto·2020-06-24 08:33

PHP生成可读的字符串

"k","l","m","n","p","r","s","t","v","w","x","y","z");$vocal=array("a","e","i","o","u");$password="";sra
MingSha·2020-06-24 06:31

剑指offer--快速排序

将数组中比枢纽元大的元素都移动数组的右边#includeusingnamespacestd;#includeintRandomInRange(intstart,intend){if(end>start){sra
jw903·2020-06-23 23:52

剑指offer--快速排序

将数组中比枢纽元大的元素都移动数组的右边#includeusingnamespacestd;#includeintRandomInRange(intstart,intend){if(end>start){sra
iteye_563·2020-06-23 19:00

STM32 FSMC 外部使用SRAM

目前SRAM的品牌主要有ISSI芯成、cypress赛普拉斯、来杨Lyontek、瑞萨renesas、VTI、JSC韩国济州半导体、NETSOL等多种品牌，分为同步SRA、异步SRAM、高速SRAM等各类存储器
卤煮小鱼·2020-06-22 10:50

2018-6-23转录组学习2 测序数据质量检查

1.sra文件转换为fastq格式为了进行测序数据质量检查我们需要将下载好的sra数据转换为fastq格式：使用Sratoolkits中的fastq-dump命令进行格式转换Sratoolkits的官方文档中有
L_yivs·2020-06-22 00:06

单细胞测序数据下载和预处理

配置ascp代理高速下载sra数据wgethttp://download.asperasoft.com/download/sw/connect/3.7.4/aspera-connect-3.7.4.147727
awk_bioinfo·2020-06-21 05:12

RNA-seq摸索：1.配置环境

这篇写的特别好：RNAseq-workflowRNA-seq流程RNA-seq一般流程本科生搞定RNA-seq上游数据分析所需要的软件-数据下载：sra-tools-质控:fastqc,multiqc;
没有猫但是有猫饼·2020-06-06 14:12

SRAM市场与技术

SRAM器件系列分类SRA
宇芯电子·2020-05-25 15:08

2020-05-08 复现GSE137675 RNA-Seq结果(1)：上游分析

/data/project/GSE137675下载原始FastQ数据cd${workdir}mkdir-pfqcdfq1.1使用循环创建下载地址文件foriin{78..89}doecho"fasp.sra.ebi.ac.uk
猫叽先森·2020-05-08 01:35

sra-toolkit新版本和fasterq-dump命令笔记

下载版本选择：NCBI-SRA下载页最开始下载了2.10.5最新版本，发现使用以前的参数会报错识别不了参数应该是因为新版本参数有改变，另一个原因是新版本对linux版本及环境有要求，我用的是ubuntu
海岛眠·2020-04-17 09:14

NCBI中SRA文件的下载

参考：Aspera工具安装与使用NCBI下载sra数据FTP下载Windows环境在Windows环境下直接进入NCBI的FTP下载界面，按照需要下载的SRA文件ID找到储存位置即可如需要下载SRR5483089
coldlandkuma·2020-04-14 14:11

个推技术学院：高并发大容量NoSQL解决方案探索

本文将基于个推SRA孟显耀先生所负责的DBA工作，和大数据运维相关经验，分享两大方向内容：一、公司在KV存储上的架构演进以及运维需要解决的问题；二、对NoSQL如何选型以及未来发展的一些思考。
个推大数据·2020-04-12 20:46

fastq-dump报错

fastq-dumpSRR1042xxx.sra2018-05-30T16:07:44fastq-dump.2.9.0err:fileinvalidwhileopeningdirectorywithinfilesystemmodule-failedSRR1042xxx.sra
_eason_·2020-04-11 03:27

NCBI数据、获取使用

一、NCBI各类数据储存库1、SequenceReadArchive(SRA)：rawsequencedataandalignmentinformationfromhighthroughputsequencingplatformsincluding454
pearlp·2020-04-10 07:56

生信星球转录组培训第一期Day4--郝志刚

软件环境数据转换：将SRA转变为fq格式。用到软件fastq-dump,它属于sratools工具包中的一个。
Captain_8659·2020-04-08 11:19

碧山装配2-4H耐火极限室内分隔墙，满足一级防火要求

内装工业化的概念，最早起源于荷兰哈布瑞根的SRA理论，核心理念是支撑体S，填充体I的分离，支撑体就是住宅的主体结构、分户墙、楚门窗以外的外围护结构和公共部分，具有高耐久性。
独步灵魂·2020-04-08 11:07

对转录组测序数据进行分析以及注释

对未知基因的功能进行预测和注释就是一个重要问题这篇文章主要是跟着刘粉香，杨文国，孙勤红，三位老师的文献对测序数据进行分析以及GO注释，旨在学习测序数据分析的方法以及GO注释的方法数据来源于NCBI上的SRA
孤独巡礼_435a·2020-04-07 00:06

RNA-seq练习 第一部分（原始数据下载，提取fastq文件，fastqc质控）

acc=GSE50177https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra?term=SRX339951image.png点击697.2
生信start_site·2020-04-06 18:29

转录组入门（2）：读文章获取测序数据

AKAP95regulatessplicingthroughscaffoldingRNAsandRNAprocessingfactors.NatCommun2016Nov8;7:13347.PMID:27824034很容易在文章里面找到数据地址GSE81916这样就可以下载sra
lxmic·2020-04-03 16:07

SRA Toolkit 的下载和使用

第一次写博客，必须mark一下：2018.07.27sratoolkit是ncbi上将.sra文件转换为.fastq.gz文件的工具。
guguaihezi·2020-03-31 22:02

NGS小技能（1）：下载SRA数据的N种方法

前言从事生物信息分析的老师和同学一般都会接触SRA数据，网上介绍的下载SRA数据方法也是各种各样，到底哪一种更好，关键在于哪种更适合你自己。
魚晨光·2020-03-29 15:24

GTRD:最全面的人和小鼠转录因子chip_seq数据库

GTRD从SRA,GEO,ENCODE等公共数据库中收集转录因子相关的chip_seq数据，采用标准流程进行peakcalling分析，并基于已有的转录因子motif数据，预测了转录因子结合位点TFBS
生信修炼手册·2020-03-25 14:45

文献SRA序列号序列下载界面的一些信息

在阅读文献是看到一些SRA原始数据号码及其对于网址，那么这些原始数据该如何下载呢。
井底蛙蛙呱呱呱·2020-03-23 20:45

软件使用者系列（一）：sra与fastq数据下载

这里的数据主要针对有SRA号的测序数据，这些数据是已发表文献中的高通量测序数据，因为作者也是一枚生信小白，所以记录成分更多。目录NCBI-SRA数据库与EBI-ENA数据库SRA数据库
Jihong_Tang·2020-03-22 02:53

Fastq-dump: 一个神奇的软件

现在可以用fasterq-dump,速度更快，请阅读都8102年了，还用fastq-dump，快换fasterq-dump吧做生信的基本上都跟NCBI-SRA打过交道,尤其是fastq-dump大家肯定不陌生
徐洲更hoptop·2020-03-21 00:01

Linux_18下查看进程的启动和运行时间

有时需要知道某进程运行的时间或是否已经运行完成，比如我想知道我sra文件转换成fq格式的转化速度。以便我做好时间安排。
Y大宽·2020-03-20 08:15

2018-09-03

第一天数据下载https://sra-explorer.info/?
马连洼小法师·2020-03-18 23:16

SRA数据库（2018-06-03）

[转]NCBI-SRA数据库使用详解原文转自生信人：http://www.shengxin.ren/article/161、简介SRA（SequenceReadArchive）数据库是用于存储二代测序的原始数据
简单点lili·2020-03-18 02:34

都8102年了，还用fastq-dump，快换fasterq-dump吧

但是如果真的要用起来其实也就是一行代码fastq-dump--gzip--split-3--defline-qual'+'--defline-seq'@$ac-$si/$ri'SRRXXXXX|SRRXXXX.sra
徐洲更hoptop·2020-03-17 05:21

NCBI批量下载SRA文件并用SRA Toolkit提取Fastq文件

，有绿色汉化版），IDM支持断点续传和多线程，并且可以自建下载队列批量下载，非常适合高通量数据下载：通过NCBI搜索关键词查询自己感兴趣的bioproject下载.png打开感兴趣的project选择SRA
陈光辉_山东花生·2020-03-15 19:26

生信星球转录组培训第一期Day4--善良土豆

今天将会用到第二天建立的rnaseq环境及对应文件路径和Day3下载好的.sra数据rnaseq分析路径完成现在.sra数据（在raw文件路径中）今天主要学习内容是配置相关软件环境，开始数据转换，质量控制
善良土豆·2020-03-15 14:54

转录组入门

1.1使用fastq-dump命令从sra文件中提取fq文件sra数据
井底蛙蛙呱呱呱·2020-03-15 03:16

如何从NCBI上下载sra数据？

前言今天（3.12日），想在NCBI上下载lncRNA数据，突然发现软件Aspera的ascp（报错：ascp:FailedtoopenTCPconnectionforSSH,exiting）下载不了。百度一波，这种问题很少。随后问了身边的小伙伴，大家都没及时回复。然后就问了外校的小伙伴，发现一样的报错，考虑应该是NCBI在维护。问题来了，除了ascp以外，其他下载方式有哪些呢？pengzw@su
风槿如画_7847·2020-03-14 12:03

水稻RNA-seq数据分析（上游）

转录组上游分析涉及到的软件主要有：sra-toolsfastqc
劉玥月越悦跃阅岳·2020-03-14 01:54

2018-01-05 fastq-dump

split-filesSRR2976716.srafastq-dump--defline-seq'@$sn[_$rn]/$ri'--defline-qual'+'--split-3--gzipSRR2976716.sra
国产在读博士·2020-03-13 08:20

Aspera的安装与使用 ---配合prefetch下载SRA数据

更新：使用方式：个人直接使用一下命令进行下载#还有个改进方式是制定文件下载的位置，否则默认在~/ncbi文件夹里面prefetch--ascp-path"/home/HWP/.aspera/connect/bin/ascp|/home/HWP/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh"--option-fileSRR_Acc_List2.txt注意：
宁静的胡杨·2020-03-11 18:06

Biostar学习笔记（4）GenBank, FASTA, FASTQ and download SRA files from NCBI

Sequencedataformats1.CommonsequencedataformatsincludingGenBank,FASTA,FASTQformats.GenBankandFASTAformatoftenrepresentcuratedsequencinginformation.FASTQoftenrepresentexperimentallyobtaineddata.(1)GenBa
天地本宽·2020-03-10 23:48

下载sra数据

记录下下载sra数据的历程。曲折啊。下载srafiles的目的是为了获得相应的fastq或samfiles，进而进行分析。
记号晴系·2020-03-10 00:46

prefetch 使用

prefetch--option-fileSRR_Acc_List.txtsra数据会下载到家目录下的ncbi/public/sra中，perfetch默认aspera下载（如果存在于环境变量，否则使用
YX_Andrew·2020-03-06 14:17

call variations from wheat DNA_seq

文件格式是如下，就是SRA编号，一行一个SRA。fastq文件是在ncbi上下载的SRA格式。小麦基因组单条染色体往往大于500Mb，所以要使用part版本的。
Neal_Bio·2020-03-01 22:35

转录组入门(3)：了解fastq测序数据

需要用安装好的sratoolkit把sra文件转换为fastq格式的测序文件，并且用fastqc软件测试测序文件的质量！
宇天_ngs·2020-02-28 02:29

生信课程笔记1-序列算法

NCBI在2007年底推出了SRA（SequenceReadArchive）数据库，用于存储二代测序数据，目前包含大约15PB碱基，其中几乎一半在开放访问中。SRA
果蝇饲养员的生信笔记·2020-02-25 14:20

STEP3:了解参考基因组及注释文件

下载原始测序数据：在GEO数据库搜索GSE87182,这里没有直接给出ftp地址，需要先从BioProject找到SRA号，可以得到RNA-Seq的SRA的accession_list，共64组数据（SRA
六六_ryx·2020-02-15 09:55

如何根据GSE/SRA/SRR号进行原始的数据下载

pre:（最近在准备托福考试，出现的英文比较多，纯手打，为了训练一下，祝我好运呀~）----------------------------------------------------分割线------------------------------------------------  Whenwereadanarticleaboutusingbioinformaticanalysis,we
liu_ll·2020-02-14 20:21

生信技能树团队推出-aspera下载fastq数据终极工具

aspera下载fastq数据终极工具现在把这个技巧分享给大家，让我们的讲师助教团队总结了经验如下：国内从NCBI下载高通测序数据时候，由于数据量比较大，下载速度是个瓶颈，高速下载软件Aspera可以批量下载SRA
天涯清水·2020-02-11 20:15

SRA Toolkit的使用和安装

从NCBI上下载SRA原始数据，使用SRATOOLKIT进行下载和转化。
PriscillaBai·2020-02-06 03:21

使用aspera下载.fastq.gz和.sra数据

其中的数据则是通过压缩后以.sra文件格式来保存的。ENA数据库：Europe
Chipcui·2020-02-02 18:11
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