Tumor 第3页

Manta:一款方便临床测序使用的快速检测结构变异和INDEL 的软件

它主要开发用于检测单个样品的germline变异和tumor/normal配对样品的somatic变异。

生信小书童·2020-11-08 18:15

An Eﬃcient Solution for Breast Tumor Segmentation and Classiﬁcation in Ultrasound Images Using Deep

AnEﬃcientSolutionforBreastTumorSegmentationandClassiﬁcationinUltrasoundImagesUsingDeepAdversarialLearning论文翻译摘要：Abstract.Thispaperproposesaneﬃcientsolutionfortumorsegmentationandclassiﬁcationinbreastu

weixin_41066328·2020-09-17 13:19

awk 添加自定义变量

pa=pa01t1sample=pa01_tumor1catresult_${pa}_quickmode/${sample}_

#WANGC·2020-09-16 18:23

Cognos11中通过URL传参访问动态Report

比如下面的报表二、解决办法CognosModel查询主题设计层概要Select*from[UCOM_DW].tumor_trendwheretumor_trend.doctor_id=#prompt('

weixin_34132768·2020-09-15 00:14

Fster-RCNN 训练自己的数据集

比如我的是肿块（tumor）。那么类别就应该是tumor+backgro

佘佘佘·2020-09-10 20:07

Machine Learning Wu Enda4

Tumor:Malignantbenign?y∈0,1y∈0,10:”NegativeClass”(e.g.benig

JoneJone!·2020-08-23 09:41

如何用美剧真正提升你的英语水平

不是所有的美剧都适合学英语如果喜欢看如《24小时》这样的动作片，那你基本会讲一口流利的"呯""轰""啊"之类的开枪爆炸声英语；如果你喜欢看如《豪斯医生》这种专业性很强的片子，那你基本会讲一些如MRI,CT,Tumor

原文链接·2020-08-22 02:15

[深度学习从入门到女装]H-DenseUNet: Hybrid Densely Connected UNet for Liver and Tumor Segmentation from CT Volu

论文地址：H-DenseUNet:HybridDenselyConnectedUNetforLiverandTumorSegmentationfromCTVolumes这是一篇使用Unet改进进行医学图像分割的论文对于传统的2DUnet由于只采取单一切片进行训练，只能得到intra-slice特征，无法得到inter-slice特征，对于3DUnet直接将整个3D图像放进去，虽然可以同时得到int

炼丹师·2020-08-21 01:00

吴恩达机器学习第二道编程题logistic逻辑回归

主程序logistic.m：A=load('tumor_size.txt');%肿瘤尺寸B=load('tumor_type.txt');%肿瘤性质，0良性1恶性C=[ones(length(B),1)

面包儿·2020-08-16 07:36

3d_unet分割调研

模型地址：https://github.com/RanSuLab/RAUNet-tumor-segmentation下面是一个残差注意力unet；fromkeras.layersimportInput,

树莓派派酒·2020-08-16 05:21

医学影像处理--Unet在Multimodal Brain Tumor Segmentation Challenge 2019上的应用

背景MultimodalBrainTumorSegmentationChallenge2019http://braintumorsegmentation.org/是一个脑部肿瘤分割的比赛，主要是利用病人的核磁共振的图像，预测病人脑部胶质瘤的位置，预测病人的生存期，这两部分会有一个排名，这是属于图像的语义分割的问题。数据分析原始的数据需要在这个网站上注册下载，分成两部分，train和validati

song430·2020-08-16 01:21

Learning Contextual and Attentive Information for Brain Tumor Segmentation

摘要本文提出了一个单通多任务网络，组合多个不同的CNNs结构，综合它们的分割结果来获取一个更为精确的最终分割结果。Dataset:本文采用的数据集是Brats2018结果本文在Valiation数据集上取得了79.22、90.74、83.58的dice数据处理本文对于数据所进行的处理就是对每张图像分别进行了图像归一化方法：将多分类任务分成三个不同但又相关的子任务来处理类别不平衡问题。1）粗分割：检

喜之郎0317·2020-08-02 15:21

RA-UNet阅读笔记

原文链接：https://arxiv.org/abs/1811.01328代码链接：https://github.com/RanSuLab/RAUNet-tumor-segmentation摘要：由于肝脏和肿瘤的分布不均匀和形态各异

Vincent8514·2020-07-30 05:42

H-DenseUNet: Hybrid Densely Connected UNet for Liver and Tumor Segmentation from CT Volumes

H-DenseUNet:HybridDenselyConnectedUNetforLiverandTumorSegmentationfromCTVolumes论文亮点摘要介绍方法用于切片间特征提取的深度2DDenseUNet用于混合特征探索的H-DenseUNet损失函数、训练过程与测试过程实验与结果这篇论文发表于2018年的IEEETransactionsonMedicalImaging，来

风雪夜归人o·2020-07-29 23:08

H-DenseUNet: Hybrid Densely Connected UNet for Liver and Tumor Segmentation From CT Volumes

Abstract肝癌是导致癌症死亡的主要原因之一。为了辅助医生进行肝细胞癌的诊断和治疗规划，在临床实践中迫切需要一种准确、自动化的肝肿瘤分割方法。近年来，全卷积神经网络(FCNs)，包括二维和三维的FCNs，成为许多体积图像分割的主干。**然而，二维卷积不能充分利用三维空间信息，而三维卷积计算成本高，GPU内存消耗大。**为了解决这些问题，我们提出了一种新的混合密集连接的UNet(H-DenseU

artyourtimes·2020-07-29 22:04

BraTS数据集处理详解（附代码详解）

代码参考：https://github.com/sinclairjang/3D-MRI-brain-tumor-segmentation-using-autoencoder-regularization

刘小花花·2020-07-22 21:42

论文分享 3D RoI-aware U-Net for Accurate and Efficient Colorectal Tumor Segmentation

3DRoI-awareU-NetforAccurateandEfficientColorectalTumorSegmentationhttps://github.com/huangyjhust/3D-RU-Net摘要从三维磁共振（MR）图像中分割结直肠癌区域是放射治疗的一个关键步骤，传统的放射治疗方法要求精确地描绘肿瘤边界，但要耗费大量的人力、时间和可重复性。虽然基于深度学习的方法在三维图像分割任

Klay Ye·2020-07-13 18:51

不是所有的美剧都适合学英语

如果喜欢看如《24小时》这样的动作片,那你基本会讲一口流利的"呯""轰""啊"之类的开枪爆炸声英语.如果你喜欢看如《豪斯医生》这种专业性很强的片子,那你基本会讲一些如MRI,CT,Tumor之类的连自己都不明白的江湖郎中英语

兔美酱xz·2020-07-12 03:00

#TCGA系列#TCGA临床数据处理

前面已经通过TCGA官方API下载了肝癌373个cases的临床信息(如days_to_death,state等),还下载了425个样本的类型(是tumor还是normal)数据,这次我们从这两个文件提取关键信息并进行整合

生信杂谈·2020-07-07 02:42

癌症和肿瘤到底是不是一回事？

cancer&tumor01那些搞不清的概念世界卫生组织预测，至2030年，全球每年新发恶性肿瘤病例将达2140万，死亡者将达1320万。

Dailei·2020-07-06 21:58

【H-DenseUNet】Hybrid Densely Connected UNet for Liver and tumor Segmentation from CT Volumes

这是一篇针对医学CT图上的而非公共数据集上的语义分割，由题目也可以看出，采用了UNet型结构。文章目录概述细节ResultsConclusion概述要解决的问题Livercancer的CT图诊断要解决的问题就是2Dconvolutions不能对CT图的三维信息很好的利用如果是3D的卷积【各个框架都有实现】，会耗费很大的计算和内存资源采用的方法提出的bybriddenselyconnectedUne

One__Coder·2020-07-04 16:09

终于看到了一个完整的mutect2使用脚本

/"Mutect2-R$reference\-I$tumor_bam-tumor$(basename"$tumor_bam"_recal.bam)\-I$normal_bam-normal$

生信技能树·2020-07-04 14:29

AutoML论文笔记（十四）Automatic Data Augmentation via Deep Reinforcement Learning for Effective Kidney Tumor

文章题目：AutomaticDataAugmentationviaDeepReinforcementLearningforEffectiveKidneyTumorSegmentation链接：linkhttps://arxiv.org/abs/2002.09703论文内容论文阅读笔记，帮助记忆的同时，方便和大家讨论。因能力有限，可能有些地方理解的不到位，如有谬误，请及时指正。在医学图像分割中，传统

霸王龙Alvin·2020-07-02 10:23

【Python自学笔记】读写csv文件

csv和pandas两个模块，首先肯定得导入两个模块importcsvimportpandasaspdcsv文件的内容如下，假设为GT.csvTest_001TumorIDC1MacroTest_002Tumor2IDC2MacroTest

zgscwxd·2020-06-30 13:28

论文笔记（二）Breast Tumor Segmentation in DCE-MRI Using Fully Convolutional Networks

论文地址：BreastTumorSegmentationinDCE-MRIUsingFullyConvolutionalNetworks摘要提出了一种通过完全卷积网络（FCN）进行乳腺肿瘤分割的掩模引导分层学习（MHL）框架。达到0.72的平均Dice相似系数（DSC）。作者提出，在定量肿瘤分析中，通常采用几种成像特征来表征原始DCE-MR图像，例如肿瘤形态，纹理和增强动力学.2这些特征强烈依赖于

TildaS·2020-06-29 04:33

Python读取fasta文件

AMPs.fasta文件格式：>AP00001|antibacterial|anticancer/tumor|antifungalGLWSKIKEVGKEAAKAAAKAAGKAALGAVSEAV>AP00004

weixin_35338624·2020-06-28 19:10

【论文笔记】Weakly supervised multiple instance learning histopathological tumor segmentation

这篇文章太过抽象，如果有纰漏之处，还望指出，不胜感激。这篇文章是属于多实例学习（MIL）的一个病理组织学方面的应用创新。创新贡献点在于：1）从WSI（wholeslideimage）二进制值（binaryvalues）生成标签，用来训练分割模型2）通过只训练二进制值WSI标注来生成实例级别的预测模型3）公开可用的肿瘤标注库TCGA已经发布，含6481个样本比之前的多出一个数量级4）WSI预处理工具

MC.zeeyoung·2020-06-26 12:22

使用cnvkit来对大批量wes样本找cnv

cnvkit被设计来处理同一个批次的多个肿瘤配对样本测序情况，首先对所有的normal数据进行bin处理拿到背景值，然后就这个背景值来处理所有的tumor测序数据计算拷贝数变异情况。

生信技能树·2020-06-25 22:25

Boundary-Aware Fully Convolutional Network for Brain Tumor Segmentation论文理解

本文模型的代码是基于keras和Theana上完成，但是好像并没有进行开源我们提出一种新颖的，多任务的全卷积网络（FCN）架构，用于脑肿瘤的自动分割。该网络通过连接从多模MR图像提取的分层特征表示来提取多级上下文信息。通过在损失函数中直接加入边界信息，实现了分割性能的提高。该方法在BRATS13和BRATS15数据集上进行了评估，并与BRATS13测试集上的竞争方法进行比较。相比单任务的FCN和融

报任安者·2020-06-25 04:05

java查询mysql是关键字带有单引号的解决方式

selectcategory,ncRNA,species,cancer,gene_cell,expression,effect,COUNT(1)fromcancerdatawherecancer='Wilms'tumor'GROUPBYca

紫色_麦迪·2020-06-24 23:47

[DNA-Seq] 全基因组高级分析

1、MutsigCVMutsig代表的就是"mutationSignificance"，简单来说就是把所有的tumor样本集合起来，算他们的变异，算出一个显著性的阈值，超过阈值的即为显著变异。

happyxhz·2020-06-11 11:54

肿瘤新生抗原预测软件和参数选择

癌症疫苗靶向肿瘤细胞的抗原可以大致分为两类：肿瘤相关性抗原（tumor-associatiedself-antigen）以及肿瘤特异性抗原（tumor-specificantigen）。

yangliunk1987·2020-05-14 09:27

文献精读1-Tumor-Derived Retinoic Acid Regulates Intratumoral Monocyte Differentiation to Promote Immu...

肿瘤来源的维甲酸调节瘤内单核细胞的分化以促进免疫抑制文献概述研究背景介绍在肿瘤免疫中，抗原提呈细胞（antigenpresentingcells，APCs)通过捕获肿瘤抗原，对抗原进行加工处理，以抗原肽-MHC复合物的形式提呈给T细胞使其活化，活化的肿瘤特异性抗原的效应T细胞通过血管迁移并浸润到肿瘤组织中来杀伤肿瘤细胞，从而产生新的抗原再次被APCs捕获，如此循环往复（immunity，2013；

Imimp·2020-04-15 12:18

2版8年制肿瘤学笔记section1(手打版)

肿瘤(tumor):细胞的异常增生，除表现为肿瘤本身持续生长外，在恶性肿瘤还表现为对正常组织的侵犯和经血管，淋巴管和体腔转移到身体其他部位。

玄玄道人·2020-04-03 00:13

突变数据下载

hg38的下载#biocLite("maftools")require(TCGAbiolinks)require(maftools)#下载突变数据LIHC_mutect2<-GDCquery_Maf(tumor

一路向前_莫问前程_前程似锦·2020-04-02 16:39

PD-1/PDL-1与肿瘤相关巨噬细胞

LynnVian·2020-03-26 23:08

[R] 多图片组合 2019-03

目标：要做一个下面这种图，用ggplot2做了上半部分和下半部分，需要将两个部分组合起来tumor.count3.png1.图片组合方法一：grid.arrangelibrary(grid)library

happyxhz·2020-03-26 04:30

Week2—基于计算的方法分解含有不同细胞类型的表达矩阵

如血液包含淋巴系、髓系、粒系、红系等多种亚细胞类型；肿瘤组织也不仅仅是肿瘤细胞，也包含不同类型的非肿瘤细胞，如研究比较多的肿瘤浸润淋巴细胞（tumor-infiltratinglymphocytes）只是免疫细胞

六六_ryx·2020-03-07 18:53

vioplot

#install.packages("vioplot")library(vioplot)#引用包normal=6#正常样品数目tumor=6#肿瘤样品数目rt=read.table("CIBERSORT.filter.txt

天道昭然·2020-03-05 18:12

学英语

不是所有的美剧都适合学英语如果喜欢看如《24小时》这样的动作片,那你基本会讲一口流利的"呯""轰""啊"之类的开枪爆炸声英语.如果你喜欢看如《豪斯医生》这种专业性很强的片子,那你基本会讲一些如MRI,CT,Tumor

mldingding·2020-02-11 22:39

2017.04.26｜小记之二

有时候，脑子里会冒出奇怪的想法：我脑子里不会长了个tumor？啊哦，不能这么胡思乱想，呸呸呸！读过医学类院校的人都应

文小辉cool·2020-01-05 05:37

《癌症·真相》良心科普，跳坑必看

肿瘤的英文是tumor，而癌症的英文是cancer。说起cancer这个词，了解星座的同学应该不陌生，因为巨蟹座的英文就是cancer！

读饭·2020-01-01 22:00

Pisces变异检测

浩渺予怀·2019-12-20 18:09

tumor，cancer，carcinoma傻傻分不清楚，为什么肿瘤有这么多名字！

cancer和tumor到底有啥不同啊？”当时我是这么一本正经回答的，“cancer是癌症，tumor是肿瘤。”没错，他还会再问，“癌

冻春卷·2019-11-18 21:06

硬着头皮往下走PCA|GSEA

TumorEvolutionandDrugResponseinPatient-DerivedOrganoidModelsofBladderCancerFigures:PCAssGSEA其实，是很简单的处理：差异分析后提取top1000进行PCA，要表达的意思是，tumor

Juan_NF·2019-08-28 10:25

【百日更】莉莉没有吃掉章鱼，她们一起去了另外一个地方玩大冒险

《莉莉和章鱼》读书笔记莉莉是一只腊肠犬，章鱼是她脑壳上的包包（tumor）。从一开始就注定这是一个悲伤而温馨的故事。

你在想些什么呢·2019-07-07 10:20

1.Automatic Brain Tumor Segmentation using Convolutional Neural Networks with Test-Time Augmentation

创新点：test-timeaugmentation改进行CNNs的性能以训练时间换更好的预测鲁棒性Dataset:本文所采用的数据集是Brats2018预处理:主要做了图像归一化设备：训练时采用TITANX数据增强处理：归一化、3D旋转，翻转，缩放和添加随机噪声。Baseline:3DUnet2.5DWNet:权衡了感受野、模型复杂性、和存储开销网络中使用了空洞卷积、残差连接、和多视角融合来进行分

喜之郎0128·2019-03-22 22:52

open-cv笔记

原始图像In[1]:importcv2###########################读入图像In[3]:img=cv2.imread('tumor_068.rgb.jpg')In[4]:imgOut

井底蛙蛙呱呱呱·2019-01-12 13:17

GATK4-Mutect2-FilterMutectCalls

最近在搭建大panel（528基因）Tumor-Normal样本分析的管线，用的是GATK4-Mutect2工具。

_nnnoOooM·2018-11-16 10:01

Autologous iPSC-based vaccines elicit anti-tumor responses in vivo (自体iPSC可作为抗肿瘤疫苗)

imageArticleLinkTitlehttps://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S193459091830016X1.BackgroundCancercellsandembryonictissuessharesomecellularandmolecularproperties.Pluripotentstemcells(iPSCs)exp

冻春卷·2018-10-14 16:22

推荐频道

Tumor