Tumor 第2页

单细胞108篇文献解读之4---Single-cell RNA sequencing reveals the tumor microenvironment and facilitates str...

4、天闲星入云龙公孙胜下面是联川生物钱创的分享image.png发表时间：2020年5月期刊：GenomeMedicine(IF:10.675)单位：韩国成均馆大学技术手段：10xChromium单细胞、WES、转录组测序、PDX模型前言肌肉侵袭性尿路上皮膀胱癌(MIUBCs)具有临床侵袭性和致命性，由于其全身扩散的可能性很高，且缺乏完善的治疗指南，MIUBCs的5年相对生存率只有5%。MIUBC

Seurat_Satija·2023-04-01 08:30

Speech|Effects of ANP32A knockdown on chicken Marek's disease tumor transformation

这几天准备的一个英文演讲稿，生物方向的，战友可不必逐字逐句阅读~感谢!WhatisMD?Aseveryoneknows,cancerisaterribledisease.Chickensalsogetcancer.Marek’sdisease(MD)isaTcelllymphomadiseaseofdomesticchickensinducedbytheMarek’sdiseasevirus(MD

雪晗晗·2023-03-30 00:58

【R画图学习10.2】复杂箱图和显著性检验

从这个paper中来看，是在普通箱图的基础上又分成了Tumor和Normal2个group，并且每个group进行了统计学的显著性检验。另外按照mean/median进行了降序排序。

jjjscuedu·2023-03-29 23:31

10X单细胞（10X空间转录组）CNV分析回顾之CopyKAT

还是很希望大家多与我交流交流单细胞空间的内容，以此来排解孤独的情绪，今天周六，我们不讲新的内容，回顾一下推断CNV的分析软件CopyCAT，之前呢，分享过一次，文章在copyKAT推断单细胞转录组肿瘤细胞CNV（自动识别肿瘤normal和tumor

Evil_Genius·2023-03-22 12:08

循环肿瘤细胞： Circulating Tumor Cell

顾名思义，循环肿瘤细胞(CTCs)是肿瘤患者外周血中罕见的细胞。它们已被证明是许多癌症类型中有用的预后标记。在过去的十年里，人们发展了各种方法来检测癌症病人液体活检中的稀有细胞。这些方法揭示了CTCs的表型多样性，以及它们如何代表肿瘤中发现的补体细胞。单细胞蛋白质基因组学已经成为CTC研究的新一代技术方法。CTC或许可以作为一种marker来标记特定的肿瘤：有各种各样的仪器和方法来捕获、富集和计数

周运来就是我·2023-03-20 12:38

常用命令

duplicated(side)])num<-c(samp,tumor,side)names(num)<-c('numoftota

Juan_NF·2023-03-18 12:10

13.Tumor

Doctor:Sitdown,please!Howareyoufeeling?请坐，你感觉怎么样？Patient:IthinkIhaveabumpinmyleftbreast.我感觉我左侧乳房有个肿块D：Howlonghaveyouhadit?这样多久了？P：Aboutthreeweeks.ButIthoughtitwouldgoaway,soIdidnotbothergoingtoseeadoc

宏梦·2023-03-15 22:37

肿瘤免疫研究的新工具--TIP--Tracking Tumor Immunophenotype

TIP--TrackingTumorImmunophenotype（http://biocc.hrbmu.edu.cn/TIP/）接下来我们看看TIP可以分析研究点什么~1）通过肿瘤免疫周期分析在这七个阶段下抗癌免疫状态2）推断各种肿瘤浸润免疫细胞的比例，如T细胞，B细胞，NK细胞，巨噬细胞的比例3）分析了33种TCGA人类癌症中11373例患者的抗癌免疫状态和肿瘤浸润免疫细胞比例，作为肿瘤免疫表

oncology咕噜·2023-03-13 03:58

看美剧学习英语

不是所有的美剧都适合学英语如果喜欢看如《24小时》这样的动作片,那你基本会讲一口流利的"呯""轰""啊"之类的开枪爆炸声英语.如果你喜欢看如《豪斯医生》这种专业性很强的片子,那你基本会讲一些如MRI,CT,Tumor

wzk456·2023-02-22 02:50

如何用美剧真正提升你的英语水平

不是所有的美剧都适合学英语如果喜欢看如《24小时》这样的动作片，那你基本会讲一口流利的"呯""轰""啊"之类的开枪爆炸声英语；如果你喜欢看如《豪斯医生》这种专业性很强的片子，那你基本会讲一些如MRI,CT,Tumor

fangzhibin4712·2023-02-22 01:51

tensorflow中tensor列（行）选取

tensorflow中tensor列（行）选取今天学习Brain-tumor-segmentation-master代码，在尝试执行的过程中出现报错：TypeError:Onlyintegers,slices

眼皮跳·2023-02-07 13:06

[深度学习论文笔记] TransBTS: Multimodal Brain Tumor Segmentation Using Transformer 基于Transformer的多模态脑肿瘤分割

TransBTS:MultimodalBrainTumorSegmentationUsingTransformer基于Transformer的多模态脑肿瘤分割论文：https://arxiv.org/pdf/2103.04430代码：https://github.com/Wenxuan-1119/TransBTS发表时间：Mar2021[MICCAI2021]一、基本介绍1.1胶质瘤胶质瘤是最常见

Slientsake·2023-02-02 07:50

7. 生信技能树——TCGA癌症数据2

“生存分析前的数据整理”1.读入数据表达矩阵只需要tumor数据，不要normal，将其去掉，新表达矩阵数据命名为exprSet；临床信息需要进一步整理，成为生存分析需要的格式，新临床信息数据命名为meta

一指流年，一纸沙·2023-02-01 10:42

论文翻译-LSTM Multi-modal UNet for Brain Tumor Segmentation

用于脑肿瘤分割的LSTM多模态神经网络论文地址链接：https://pan.baidu.com/s/1HuPtnRvVuTgiwv8FZh0juw提取码：xvsugithub地址https://github.com/HowieMa/lstm_multi_modal_UNet摘要——卷积神经网络等深度学习模型已广泛应用于三维生物医学图像分割。然而，它们中的大多数既没有考虑不同模态之间的相关性，也没有

此生辽阔·2023-01-18 21:05

limma差异分析谁比谁不重要

其实无所谓，你要记住：如果normal比tumor是高表达，logfc是正的，那么tumor比normal就是低表达，logfc是负的。用的时候要搞清楚到底是谁比谁！

医学和生信笔记·2023-01-18 09:45

TCGA数据挖掘--神经胶质瘤（GBM）差异mRNA分析

symbolID4.数据整理5.PCA6.差异表达7.富集分析1.TCGA-GBM数据下载{library(TCGAbiolinks)library(SummarizedExperiment)query=10]tumor_sample1

obwte·2023-01-05 10:51

[论文翻译]测试时数据增强(TTA):Automatic Brain Tumor Segmentation using Convolutional Neural Networks with TTA

论文下载:地址AutomaticBrainTumorSegmentationusingConvolutionalNeuralNetworkswithTest-TimeAugmentation使用带有TTA的卷积神经网络实现胶质瘤的自动分割Abstract.Automaticbraintumorsegmentationplaysanimportantrolefordiagnosis,surgical

玖零猴·2023-01-02 07:54

MindSpore脑瘤诊断项目实战及原理解析

1.项目背景本实践任务目标是对人脑的脑瘤进行分类，数据集分为no_tumor（无肿瘤）、glioma_tumor（胶质瘤）、meningioma_tumor（脑膜瘤）、pituitary_tumor（垂体瘤

在下小李～·2022-12-28 14:34

RSNA-MICCAI Brain Tumor Radiogenomic Classification

.比赛简介1.1链接1.2简介2.数据下载3.baseline代码4.进阶代码5.trick1.比赛简介1.1链接https://www.kaggle.com/c/rsna-miccai-brain-tumor-radiogenomic-classification

望长安于日下·2022-12-23 15:31

文献阅读-FCER1G与透明细胞癌中巨噬细胞的浸润相关并且通过调节肿瘤免疫产生不良预后

FCER1Gpositiverelatestomacrophageinfiltrationinclearcellrenalcellcarcinomaandcontributestounfavorableprognosisbyregulatingtumorimmunity摘要背景：肿瘤相关巨噬细胞（Tumor-associatedmacrophages

weixin_52505487·2022-12-22 11:00

三、生成heatmap(一）裁背景和组织patch

某张tif及所画病灶if__name__=='__main__':wsi=WSI()#创建一个wsi对象#含read_wsi_tumor()、find_roi_n_extract_patches_tumor

名字太简单就记不住·2022-12-21 07:02

【脑肿瘤分割论文】：TransBTS: Multimodal Brain Tumor Segmentation Using Transformer

标题：TransBTS:MultimodalBrainTumorSegmentationUsingTransformer（TransBTS:使用多模态的脑肿瘤分割）publishedin：MICCAI2021:MedicalImageComputingandComputerAssistedIntervention–MICCAI2021论文地址：https://linkspringer.53yu.c

北辰浅巷墨漓·2022-12-18 07:13

10X单细胞（10X空间转录组）CNV分析之inferCNVpy

必须写一些内容来排解心中的无聊，上一篇我们详细回顾了copyCAT，文章在10X单细胞（10X空间转录组）CNV分析回顾之CopyKAT，还有分享的文章copyKAT推断单细胞转录组肿瘤细胞CNV（自动识别肿瘤normal和tumor

单细胞空间交响乐·2022-12-13 16:55

使用深度学习进行三维脑肿瘤分割

使用深度学习进行三维脑肿瘤分割平台：根MATLAB官网案例改编：https://ww2.mathworks.cn/help/deeplearning/ug/segment-3d-brain-tumor-using-deep-learning.html

五角场研究僧·2022-12-13 12:46

Brain Tumor Segmentation (BraTS) 脑部肿瘤分割2--二维UNet的复现与数据准备篇

医学领域采集的图像，一般都是灰白色的，相比于现实空间中的彩色图像，存储的信息简单了很多。一个是1个维度的灰度信息，一个是3个维度组合到一起的彩色信息。脑部肿瘤分割的这批数据，相较于其他的数据，有一个特别的地方，就是它是多模态的。尽管是4个不同的模态，但是都对应到一个标签。此时不禁联想到：既然RGB三个通道的彩色图像，可以直接作为输入送进网络，能够学习到色彩的信息。那么，脑肿瘤采集的4个维度的信息，

钱多多先森·2022-12-04 10:34

【论文笔记】H-DenseUNet: Hybrid Densely Connected UNet for Liver and Tumor Segmentation from CT Volumes

H-DenseUNet:混合密连接UNet，用于从CT中分割肝脏和肿瘤论文地址：https://ieeexplore.ieee.org/abstract/document/8379359代码地址：https://github.com/xmengli/H-DenseUNet背景肝癌是癌症死亡的主要原因之一。为了协助医生进行肝癌的诊断和治疗规划，在临床实践中对准确、自动化的肝肿瘤分割方法提出了很高的要

啵啵菜go·2022-12-02 13:49

NestedFormer：Nested Modality-Aware Transformer for Brain Tumor Segmentation

NestedFormer:NestedModality-AwareTransformerforBrainTumorSegmentationNestedFormer：嵌套的模态感知transformer在脑肿瘤分割中的应用MICCAI2022多模态磁共振成像通过提供丰富的互补信息，在临床实践中经常被用于诊断和研究脑肿瘤。以前的多模态MRI分割方法通常是在网络的早期/中期通过串联（cat）多模态MRI

路飞大魔王·2022-11-22 07:35

[深度学习论文笔记]Cross-Modality Deep Feature Learning for Brain Tumor Segmentation

Cross-ModalityDeepFeatureLearningforBrainTumorSegmentation跨通道深度特征学习在脑肿瘤分割中的应用Published:PatternRecognition2021论文：https://arxiv.org/abs/2201.02356代码：机器学习和数字医学图像的流行，为利用深度卷积神经网络解决具有挑战性的脑肿瘤分割(BTS)任务提供了机会

Slientsake·2022-11-22 07:35

【论文笔记】NestedFormer: Nested Modality-Aware Transformer for Brain Tumor Segmentation

论文标题：NestedFormer:NestedModality-AwareTransformerforBrainTumorSegmentation收录：MICCAI2022paper：https://arxiv.org/abs/2208.14876code：GitHub-920232796/NestedFormer:NestedFormer:NestedModality-AwareTransfo

m0_61899108·2022-11-22 07:26

Patch-Based 3D Unet for Head and Neck Tumor Segmentation with an Ensemble of Conventional and Dilate

Patch-Based3DUnetforHeadandNeckTumorSegmentationwithanEnsembleofConventionalandDilatedConvolutions总结：普通的3DUnet通过超参数（patchsize、loss、convolution）的调整，创建了五个模型（也就是使用不同超参数的五个3DUnet），将总体训练数据集划分为训练集（121个病例）和验

Never_Jiao·2022-11-21 16:23

[深度学习论文笔记]Efficient embedding network for 3D brain tumor Segmentation

Efficientembeddingnetworkfor3DbraintumorSegmentation一种高效的脑肿瘤三维分割嵌入网络英国皇家医科大学Nov2020MultimodalBrainTumorSegmentationChallenge2020(BRATS)BrainLes2020论文：https://arxiv.org/abs/2107.09842摘要：基于深度学习的三维医学图像

Slientsake·2022-11-20 13:01

[深度学习论文笔记]Brain tumor segmentation with self-ensembled,deeply-supervised 3D U-net neural networks

Braintumorsegmentationwithself-ensembled,deeply-supervised3DU-netneuralnetworks:aBraTS2020challengesolution.使用自集成、深度监督的3DU-net神经网络的脑肿瘤分割:BraTS2020挑战解决方案论文：https://arxiv.org/abs/2011.01045代码：https://gi

Slientsake·2022-11-20 04:38

[深度学习论文笔记]Multi-phase Liver Tumor Segmentation with Spatial Aggregation

Multi-phaseLiverTumorSegmentationwithSpatialAggregationandUncertainRegionInpainting[深度学习论文笔记]基于空间聚集和不确定区域修复的多期肝脏肿瘤分割Jul2021MICCAI2021论文：https://arxiv.org/abs/2108.00911代码：https://github.com/yzhang-zju

Slientsake·2022-11-19 05:08

[深度学习论文笔记]Tumor attention networks: Better feature selection, better tumor segmentation

Tumorattentionnetworks:Betterfeatureselection,bettertumorsegmentation肿瘤注意网络:更好的特征选择，更好的肿瘤分割Published:March2021NeuralNetworks论文：https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0893608021000861代码

Slientsake·2022-11-15 12:25

(5) 肿瘤常用的三个域TR、TU、RS

TU(Tumor/LesionIdentification)就是根据resist标准（实体瘤）进行分类，分为靶病灶、非靶病灶、新病灶，然后再记录它们的解剖学位置（anatomicallocationofthetumor

张阿任·2022-11-13 00:47

脑肿瘤分割学习（4）：Multi-step Cascaded Networks for Brain Tumor Segmentation

Multi-stepCascadedNetworksforBrainTumorSegmentation[多步级联的脑肿瘤分割网络]Abstract1Introduction2.Methodology2.1Multi-stepCascadedNetwork2.23DU-NetArchitecturewithDeepSupervisions3.Experiments3.1Preprocessing3.

几夏经秋·2022-11-07 23:02

Extending nn-UNet for brain tumor Segmentation 扩展nn-UNet用于脑肿瘤分割

Extendingnn-UNetforbraintumorSegmentation扩展nn-UNet用于脑肿瘤分割PatternRecognitiononNovember01,2021论文：https://arxiv.org/abs/2112.04653code：https://github.com/rixez/Brats21_KAIST_MRI_Labhttps://hub.docker.com

Slientsake·2022-07-08 07:02

柱状图 | 百分比柱状图

语言的各种假设检验_hellolijunshy的博客-CSDN博客_r语言假设检验M39B_XUO}OBDEY~~DSSNIL9.png################一、从单细胞数据中取出信息cell<-tumor

一只小脑斧·2022-07-05 18:36

文献学习023--[sc]肿瘤浸润髓系细胞的pan-cancer单细胞转录图谱

张泽民老师2021年2月份发表在cell上的文章Tumor-infiltratingmyeloidcells(TIMs)是肿瘤进展的关键调解者，但是它们在不同肿瘤间的相似性和异质性等关键特性仍然未知。

Hayley笔记·2022-06-30 09:44

2022-04-01文献速读Extremely high genetic diversity in a single tumor points to prevalence of non-Darw...

介绍：使用自然选择-中性理论来解释肿瘤的进展进化。作者：吴仲义（WUChung-I）这篇文章发于2015年PNAS的文章中的数据虽然不一定还靠得住，但仍能带来许多启发，尤其在精准医疗方面。文中突变数量方面虽然是估计的，现在能找到更新更准确的，但是本文的思想方面却不一定落后。他们想回答肿瘤群体演化过程中的问题：如从单个细胞祖先到具有106以上的后代肿瘤细胞群体，突变是如何积累的？本文在一个直径大约为

byejya·2022-04-02 22:47

TCGA下载的大样本量差异分析

大样本量RNAseq差异分析肿瘤研究中，对于处理TCGA这类大样本队列，分析中我其实不少次也是通过对tumor和normal组直接进行Wilcoxon秩和检验来找差异基因，原因无它，唯快不破。

生信小白花·2022-03-21 14:48

兽医病理学：前列腺肿瘤/肿瘤样病变

肿瘤样病变tumor-likelesions鳞状化生squamousmetaplasia前列腺的鳞状化生和肿大多发生在过多的雌激素刺激的情况下，犬的话，需要考虑支持细胞瘤（Sertolicelltumor

波波波波波_d096·2022-02-08 22:53

NO007.20190104.CellSystems.Scalable Open Science Approach for Mutation Calling of Tumor Exomes Us...

原文链接：ScalableOpenScienceApproachforMutationCallingofTumorExomesUsingMultipleGenomicPipelines图片摘要亮点概述MC3是一个针对来自33种癌症的超过10,000个外显子样本数据的变异识别项目；通过7种不同的变异检测方法（MuTect,MuSE,VarScan2,Radia,Pindel,SomaticSnipe

arookiea·2022-02-08 17:12

四月week4文献阅读1（下）：Pan-tumor genomic biomarkers for PD-1 checkpoint blockade–based immunotherapy

StratificationofadditionalgenomicfeaturesbyTMBandTcell–inflamedGEPTMB和tcell炎症性GEP对其他基因组特征的分层ThepatientgroupsdefinedbyTMBandGEPstatusshownotabledifferencesinclinicalresponsetopembrolizumab.以TMB和GEP状态定义

米妮爱分享·2022-02-06 14:43

单细胞CNS文章复现Single-cell profiling of tumor heterogeneity and the microenvironment in advanced non-s...

今天要复现的这篇文献来自新鲜出炉的NC。image.png这篇是关于肺癌的。作者通过对42例晚期肺癌进行单细胞测序，描绘了晚期肺癌的单细胞微环境图谱，为肺癌的精准靶向治疗提供了有益参考。image.png要复现的是这两张图。b和d,一张是按细胞类型分开，一张是按病人分开。image.pngimage.png考虑到大部分粉丝都没有服务器。我们只选取两个病人P10和p28简单走下流程。其实再多的病人也

Seurat_Satija·2021-06-26 23:32

四单元复盘

美食如此之多2，我在本片文章／音频／视频中学到的怦然心动的单词精读：farewell再见，祝你一路顺风dogma教条，信条idealistic理想主义者curable能治愈的，可矫正的pancreatic胰腺的tumor

人文一班34张鑫玉·2021-06-08 13:50

一文重复一篇四分SCI------基于TCGA和geo的circRNA研究（3）

检索词如下：(hepatocellularORhepaticORliverORHCC)and(“cancer”OR“tumor”OR“tumour”OR“carcinoma”OR“neoplasm”OR

柳叶刀与小鼠标·2021-05-15 20:26

人生随机到有插管该怎么“玩” 简评《肿瘤医生》 Tumor Doctor

在成都独立游戏人群（成人群）里接到群友Alucard团队制作的游戏的试玩邀请，一看名字叫肿瘤医生就觉得估计与肿瘤治疗相关，什么放疗化疗啥的，但是脑中就只有小时侯玩的18X游戏疯狂医院有体验……肿瘤癌症经常拿到一起说，就我有限的认知里面感觉肿瘤处理不好就会恶化癌变啥的，闪现出各种影视作品中的治疗场景，不过脑中浮现出的是前段时间因为gif图比较火，而去挖掘了一下而听到的柯文哲的TED演讲中说的话：人生

lucky2touch·2021-04-24 11:15

生存分析-黑、白、许多灰

相同的参与者可能既有肿瘤组织也有正常组织的数据，生存分析时需要将肿瘤数据选出来，进行下一步分析；如果是做差异分析，则可能可能是比较肿瘤和正常组织；详细的可以看概况和细节最近用得较多的是，通过Sample中的数字部分来区分tumor

Juan_NF·2021-04-18 11:46

四月week4文献阅读1（上）：Pan-tumor genomic biomarkers for PD-1 checkpoint blockade–based immunotherapy

四月week4文献阅读1：Pan-tumorgenomicbiomarkersforPD-1checkpointblockade–basedimmunotherapy基于阻断的PD-1检查点的免疫治疗泛肿瘤基因组生物标志物INTRODUCTION：Immunotherapytargetingtheprogrammedcelldeathprotein–1(PD-1)axiselicitsdurabl

米妮爱分享·2021-04-15 04:00

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