fastq

2018-12-04 Hisat2 map 结果与 samtools flagstat 结果不一致

reads比对到参考基因组上，会产生一个log，这个log会显示你比对的结果，我的结果如下：[will@200serverArb-hisat]$hisat2-t-xE_coli-1SRR1770413_1.fastq.gz
小郑的学习笔记·2023-04-19 05:39

2021-05-23 批量下载sra文件及转换为fastq

数据下载for((i=594;i在reads的首端切除指定的长度；#MINLEN:36，如果reads长度小于36bp则扔掉整条read。LEADING:3TRAILING:3SLIDINGWINDOW:4:15HEADCROP:10MINLEN:36
xiaoguolaile·2023-04-17 21:56

Snakemake 集群提交和样本获取

{"A":{"R1":"/local_data1/project/A_Q20L50_1.fastq.gz","R2":"/local_data1/project/A_Q20L50_2.fastq.gz"
琼脂糖·2023-04-17 12:14

linux_test

题目：linux20题http://www.bio-info-trainee.com/2900.htmlfasta和fastq格式文件的shell小练习http://www.bio-info-trainee.com
nvzhang·2023-04-16 07:59

单细胞实战(5)：复现拟南芥单细胞文章中的数据（1）

ASingle-CellRNASequencingProfilestheDevelopmentalLandscapeofArabidopsisRoot》，希望能够得到好的结果原始数据的下载首先下载测序数据prefetchSRR8485805-Owang/fastq-dump
周小钊·2023-04-16 01:48

转录组 fastq to counts

hisat2+stringtie转录组###filtertrimmomaticPE-phred33SRR1951884.sra_1.fastq.gzSRR1951884.sra_2.fastq.gzSRR1951884
一直想要成为大牛的科研狗·2023-04-15 21:27

2020-01-23 【转录组】二、fastp 批量 质控及过滤

选区_009.pngforiin{52..61};dofastp-i~/1data/01fastq/SRR31837${i}.sra_1.fastq-o~/1data/03fastp/SRR31837$
my_derek·2023-04-15 18:09

cellranger使用的初步探索（2）理解cellranger count输出文件

cellrangercount这一步，之前几天我一直是用的服务器里128G和200G的内存试着运行这一步，并且限制了cores的数量（64），但是在24小时之内都没有处理完SRR7722937这一个样品的fastq
生信start_site·2023-04-15 16:27

2020-12-08

FastQ格式FASTQ是一种存储了生物序列（通常是核酸序列）以及相应的质量评价的文本格式。它们都是以ASCII编码的。几乎是高通量测序的标准格式。
凉风倒影·2023-04-13 16:50

RNA-seq入门实战（一）：上游数据下载、格式转化和质控清洗

入门实战整体分析流程本节概览：1.在文章中找到GEOaccessionnumber,从NCBI获取数据SRR号2.在linux中使用prefetch命令根据SRR号下载SRA文件3.使用fasterq-dump/fastq-dump
嘿嘿嘿嘿哈·2023-04-12 12:16

细菌基因组的组装

GenomeAnnouncements网站找一篇细菌基因组文章，找到文章记载的SRA号文章截图现在用SRR9209163这个SRA号做基因组的组装2.从SRA数据库上用prefetch下载该文件SRA文件下载3.Fastq-dump
空泠棱·2023-04-12 09:03

生物信息-编程练习题学习01

以下是一些题目及答案示例对FASTQ的操作：5,3段截掉
程凉皮儿·2023-04-12 00:09

文件格式——FASTQ

FASTQ存的是产生自测序仪的原始测序数据，它由测序的图像数据转换过来，也是文本文件，文件大小依照不同的测序量（或测序深度）而有很大差异，小的可能只有几M，大的则常常有几十G上百G，文件后缀通常都是.fastq
oddxix·2023-04-11 21:24

生信中常用的文件格式认识(一)-----fasta和fastQ

一.fasta格式fasta格式是一种基于文本用于表示核酸序列或多肽序列的格式。其中核酸或氨基酸均以单个字母来表示，且允许在序列前添加序列名及注释。该格式已成为生物信息学领域的一项标准。(百度百科)fasta格式解读fasta格式形式如下图，由两部分组成。fasta第一部分：以大于号“>”开头，接着是序列的标识符“gi|187608668|ref|NM_001043364.2|”，然后是序列的描述
生信小工厂·2023-04-11 14:13

fasta和fastq格式文件的shell小练习 http://www.bio-info-trainee.com/3575.html

fasta和fastq格式文件的shell小练习原文链接这个是有机结合生物信息学的linux和数据格式的练习题：下载bowtie2软件后拿到示例数据：mkdir-p~/biosoftcd~/biosoftwgethttps
天涯清水·2023-04-11 11:42

CellRanger初探

SRA原始数据转fastq公共数据库的SRA数据需要借助fastq-dump转为fastq文件，然后进行质控、CellRanger定量等操作。
新欣enjoy·2023-04-09 05:27

bam文件详解

image第1列：fastq的readID第2列：FLAG（如果某一个数值不是下面的任意值
笺牒九州的怪咖·2023-04-08 21:40

生物信息学常见数据格式

生物信息学上常见的数据格式主要有fasta，fastq，gff/gtf。1FASTAFASTA是一种基于文本用于表示核酸序列或蛋白质的氨基酸序列的格式。
小汪Waud·2023-04-08 00:35

数据过滤-Trimmomatic

Trimmomatic可以去除fastq数据中的接头，也可以用来切除
bioyangyang·2023-04-07 21:20

GATK4流程学习之DNA-Seq variant calling(Germline：SNP+INDEL)

流程学习之RNA-Seqvariantcalling(SNP+INDEL)-补：Mutect2+scRNAseq+cancercell-从四个样本（humansample）的全基因组测序(WGS)结果fastq.gz
小贝学生信·2023-04-07 14:26

干货 | 如何对fastq文件进行批量处理？

哈喽，大家好，好久不见，今日分享代码如题——如何对fastq文件进行批量处理？以RNAseq为例。
拾柒Zzz·2023-04-06 20:53

NGS 数据质控软件—fastp

image.png陈实富博士编写的fastp软件能实现FASTQ数据自动化过滤、剪裁、错误校正等功能，因其多样的功能和高效的速度受到了许多用户的欢迎，已成为NGS质控领域不可或缺的软件。
生信小书童·2023-04-06 10:28

Hi-C分析练习（从cool文件到可视化热图）

在上一篇笔记里，介绍了如何从fastq文件得到.cool文件（.mcool）（Hi-C分析练习（从fastq文件到contact矩阵）），现在就要对这个contact矩阵进行可视化了。
生信start_site·2023-04-06 05:33

fasta和fastq文件格式详解

1.fasta格式fasta格式是一种非常简单的储存序列的格式（主要是把序列储存到数据库中的一种形式），可以储存核酸序列（RNA/DNA）和氨基酸序列(AA)，主要包括2个部分。1）以‘>’开始的一行主要储存“序列的描述信息”2）序列信息（这里储存的是氨基酸序列信息）举例人类血红蛋白α亚基的氨基酸序列：>sp|P69905|HBA_HUMANHemoglobinsubunitalphaOS=Hom
熊猫人和熊猫猫·2023-04-05 01:48

基因组序列比对算法介绍（一）

基因组重测序中序列比对介绍重测序基因组数据比对，是指将测序仪下机fastq数据（NGSread序列，通常100-150bp），与人类参考基因组（reference）进行匹配，允许错配（mismatch）
基因组分析·2023-04-04 22:13

Fasta与Fastq格式文件

FASTA文件格式FASTA格式是一种用于表示核苷酸序列或多肽序列的文本格式。其中碱基对或氨基酸用单个字母来表示，且允许在序列前添加序列名及注释。该格式已成为生物信息学领域的一项标准。FASTA文件各行记录信息如下：第一行是由大于号">"开头的任意文字说明，用于序列标记，为了保证后续分析软件能够区分每条序列，单个序列的标识必须是唯一的。从第二行开始为序列本身，只允许使用既定的核苷酸或氨基酸编码符号
Nemo_53e9·2023-04-02 19:43

perl实战练习-计算fastq文件中每条序列的GC含量

计算FASTA文件中每条序列的长度输入文件fasta.txt>con1GTTCATAACTTACCATTGACTGTTCATGATTTAAACTGTGTCTTCCTGTTCTTTTAGTTGCTTTGGATACTATAAGGTCAGAACTAGAA>con2GGGACCAGGTGGGAAGCTGCTGCTTTCTTTTCCCTTTTGGTCTTCTTGGGCCCACCCTTCAGCTTCTGCTT
下午三点的闲暇·2023-04-02 16:18

m6A原始数据识别差异甲基化——使用RADAR分析MeRIP-seq数据

Step1：原始数据的准备从EMBL数据库根据SRR号下载SRAxxxxxxx.fastq.gz文件（有的是单端测序，有的是双末端测序）EMBL数据库网站连接：https://www.ebi.ac.uk
Apache_lin·2023-04-02 12:03

chip-seq数据分析流程

2.sra文件转换为fastq格式2.1.下载及安装sra-tools软件（NCBI-download-downloadtools-SRAToolkit选择linux版本）wgethttps://ftp-trace.nc
梁兄_小白·2023-04-01 17:46

从0开始的RNA-seq教程

从SRA下载了rawdata，质控很多人用fastq
五香可达鸭·2023-04-01 06:40

RNA-seq实战分析流程

一、下载测序数据①SRA数据库[存储二代测序的原始数据]②在进行上游分析时，数据格式转换过程概述如下：sra↓FASTQ↓bam↓counts③质控处理的相关软件：•fastqc•cutadapt•TrimGalore
ShanSly·2023-03-29 04:58

二代数据组装叶绿体基因组

下机后，首先通过fastq对其进行过滤，改软件操作较为简单，仅仅使用-q20进行过滤，得到cleanreads、2叶绿体参考基因组因为叶绿体基因组非常的保守，因此，我选择同科植物的叶绿体基因组。
斩毛毛·2023-03-27 13:22

2018-06-25(生信第五题）

继续上个题目的下一个小题目：序列长度的分布统计意思就是，将所有序列的长度以及对应长度出现的次数统计一下所以，只需要将序列的长度读出来，然后存入字典即可，如下：然后继续下一问，即：将fastq格式转换成fasta
天秤座的机器狗·2023-03-26 12:47

【Linux blast比对】fastq转fasta比对到参考序列

FASTQ转换为FASTAnohupless-S..
Geekero·2023-03-26 08:07

临床生信实操（centos7）1

1.原始数据（fastq）→质量控制（fastqc）操作及路径：在fastqc路径下双击打开可以修改脚本，设置参数，右键openinterminal后运行脚本：.
Hocchan_7·2023-03-26 02:29

SRA数据(2)------SRA数据处理

SRA（SequenceReadArchive）数据库是用于存储二代测序的原始数据，这种数据格式不能直接进行处理，需要转换成fastq或fasta文件格式才能进行质控以及去adapt等处理。
护旗小能手·2023-03-25 12:24

PePr识别组蛋白修饰ChIP-seq差异峰+bed文件注释

GitHub-shawnzhangyx/PePr:apeak-callinganddifferentialanalysistoolforreplicatedChIP-Seqdata提前安装的软件和文件:sratoolkit;fastq
Apache_lin·2023-03-24 11:12

Qiime2小bug

image.png最后发现问题是从NCBI下载的原始数据fastq有bug，每个文件最后都多了一个空行，心痛。gunzipSRR6651857.fastq.gz#解压wc-lSRR66
苏可_7fe6·2023-03-23 16:00

根据barcode拆分测序数据

接下来介绍两个序列拆分工具seqtk_demultiplex和fastq-multx。seqtk_demulti
赵会成·2023-03-22 18:28

转录组练习（一）

viewthread&tid=24083进行rna_seq练习数据下载数据下载.png代码段sudoaptinstallaxel#安装aselbashsra_down.shls*.sra|whilereadid;do(fastq-dump
简单点lili·2023-03-22 04:14

RNA-Seq：从fastq到表达矩阵

一、测序数据的准备新建工作目录，RNASeq-analysismkdirRNASeq-analysiscdRNASeq-analysis/新建data文件夹；mkdirdata1.1公司返回的测序下机数据例如：两个样本，三个生物学重复；Rawdata:Sample1-1_R1.fq.gz;Sample1-1_R2.fq.gz;Sample1-2_R1.fq.gz;Sample1-2_R2.fq.g
胡小兵plus·2023-03-19 13:21

实用linux命令

-typef-print0|xargs-0md5sum常用的别名#提交命令结构nohupcommand1>1.log2>&1&#生成文件序号列表如SRR1222_1.fastq.gzSRR1222_2.
王梓维·2023-03-19 05:52

Biostar handbook学习笔记四

目前学习到的关于生物数据及数据库的基本知识有：常用数据格式:fasta,fastq,gff,GenBank常用序列数据库:美国国立生物技术信息中心(NCBI)欧洲生物信息学中心(EBI)DDBJ常用基因功能数据库
简书蚕账号·2023-03-18 17:06

fasta/fastq序列长度分布统计

seqkit软件是一个强大的序列处理工具，安装方法参见官方网站.代码如下：#-j是线程数seqkitfx2tab-j30-l-n-i-Hfile.fastq.gz|cut-f4>Length.txt#查看
超人立志做国王·2023-03-18 12:24

实验记录2：Cellranger整理fastq数据为表达矩阵

在分析单细胞转录组测序数据前，我们需要将原始的fastq测序文件转化成我们可读的数据，最好的方法是将数据整理为基因-细胞表达矩阵，如此一来后续的分析就能够直接读取到某细胞的某基因表达量是多少。
MC学公卫·2023-03-18 09:30

扩增子分析

join_paired_ends.py-f1_1.fq.gz-r2_2.fq.gz-mfastq-join-ojoinextract_barcodes.py-fjoin_paired/fastqjoin.join.fastq-cbarcode_single_end
nitrostarch·2023-03-16 21:23

GeneFuse使用DNA数据筛查融合基因工具

在GitHub，anaconda都有源代码包#软件原网址：https://github.com/OpenGene/genefusegenefuse直接基于fastq文件分析，所以你只要准备好fastq.gz
花色匆匆·2023-03-15 14:12

生物技能树--fasta和fastq格式文件的shell小练习

这个是有机结合生物信息学的linux和数据格式的练习题：下载bowtie2软件后拿到示例数据：mkdir-p~/biosoftcd~/biosoftwgethttps://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie2/2.3.4.3/bowtie2-2.3.4.3-linux-x86_64.zipunzipbowtie2-2.3.4.3-lin
Hannahhao·2023-03-14 13:18

Cell Ranger教程资料整理（初）

1使用cellranger拆分10X单细胞转录组原始数据比较详细，从头开始讲的2实验记录1：安装Cellranger与Seurat，下载数据3实验记录2：Cellranger整理fastq数据为表达矩阵
只唱情歌看不到·2023-03-14 08:17

《学习小组Day7笔记--于多多》

Fastq&FastaFastq格式：一种基于文本的，保存生物序列（通常是核酸序列）和其测序质量信息的标准格式,一般都包含有4行。
独角兽_0da0·2023-03-13 09:56
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