fastq

DipC 构建基因组 3D 结构（学习笔记）

目录下载SRA数据使用SRAToolkit转换SRA数据为Fastq格式使用bwa比对测序数据使用Hickit计算样本的基因组3D结构使用散点图展示3D结构计算3D结构重复模拟的稳定性其他步骤1.下载SRA
浓香鸭腿面·2023-09-18 06:24

[samtools] sam格式与bam格式互换，提取未匹配reads，转为fastq

ConvertingaSAMfiletoaBAMfileFirst,ifyouusetheUnixcommandheadtest.samThefirst10linesonyourterminalaftertyping"headtest.sam",shouldbelinesstartingwithan"@"sign,whichisanindicatorforaheaderline.Ifyoudon'
weixin_33737774·2023-09-16 11:43

生信技能23 - Samtools提取BWA比对的mapped reads

本文目的：筛选出能比对到参考序列的mappedreads，形成新的fastq文件参考序列构建索引bwaindexref.fasta运行成功后会生成5个结果文件：ref.fasta.amb、ref.fasta.ann
辉光君Glow·2023-09-16 11:10

如何用python把fastq里所有序列的前几个碱基提取出来

但是最近师妹还是有新的需求，想把fastq里所有序列的前几个碱基提取出来，我最初是想有没有现成可用的工具，因为如果有工具，我可以直接把工具给需要的人，对我来说会比较省事，当然后来想了一下发现，没想到。
gtt儿_生物信息学习·2023-09-15 11:28

ATAC-seq数据可视化——超简单教程

上一期记录了ATAC数据从Fastq数据到bam文件的处理脚本。
基因组学研究生·2023-09-14 10:55

运行操作

gtxindexref.fa2、比对#1快速比对，生成vcfgtxwgs-R'@RG\tID:输出文件名\tSM:输出文件名\tPL:ILLUMINA'-o输出文件名.vcf/index/hg19/hg19.fa原始数据.R1.fastq
线断木偶人·2023-09-14 06:49

一文读懂10X单细胞上游分析软件cellranger

CellRanger是10xgenomic公司专为单细胞转录组分析提供的分析软件，可实现从Illumina原始数据（BCL或fastq格式）到文库拆分，细胞拆分及定量，pca，聚类以及可视化（t-SNE
Seurat_·2023-09-12 05:58

将bam文件转化成fastq文件

链接：https://www.metagenomics.wiki/tools/samtools/converting-bam-to-fastq
一只烟酒僧·2023-09-11 11:49

根据SRA登录号从NCBI下载原始数据

1.NCBI的sratoolkit工具集中的prefetch、fastq-dump和sam-dump2.AsperaConnect软件3.下载NCBISRA数据的最佳方法不同的方法或简单，或复杂不考虑，
wangsb_2020·2023-09-10 22:54

小王的RNA-seq傻瓜学习教程

后续要学一下滴原始数据下载GEO其实提供了不同格式的数据呢2、SRA数据转fastq格式首先明确是单端测序还是双端测序！！
pudding815·2023-09-09 02:57

NCBI的SRA数据下载

view=software第二步使用prefetch命令，后加需要下载的SRRxxxxx号第三步使用fastq-dump--gzip--spli
dashan1928·2023-09-07 22:40

【生信基础】根据SRA号批量下载fastq文件的一种实现方法

一、思路分析：百度一下，看看有没有没有现成的批量下载方法二、查到的一种比较简介的可以直接下载fastq文件的方法从ncbi下载sra数据的几种种方式用的是prefetch方法，但是好像用不了。
Geekero·2023-08-31 06:19

encode eclip 数据分析流程

#准备：测序数据：fastq格式；RBFOX2HepG2测序数据-RBFOX2STAR的基因组索引：UCSC下载fasta格式STAR的重复元件索引：RepBase下载fasta格式barcodes文件
JeremyL·2023-08-27 01:03

知识速递（六）|ChIP-seq分析要点集锦

所谓数据能不能用，其实我们会重点关注以下问题：1）fastq的测序质量过不过关？2）实验本身有没有问题，处理组与对照组是否有区别？3）分析结果是否能挖掘出有用或者新的信息？接下来，一起来找寻答案吧！
bioyigene·2023-08-26 12:25

根据文件名前缀及基因名称批量提取基因序列

我一整个大愚蠢，这种东西非常非常基础的东西就应该用别人已经成熟的工具解决（最好是用seqtk啦）比如：(6条消息)如何根据ID快速从fastq文件中提取序列_根据id提取fastq序列_klcola的博客
江有枫xx·2023-08-25 07:58

WES2Neoantigen Pipeline

Trimmomatic支持多线程，处理数据速度快，主要用来去除Illumina平台的Fastq序列中的接头，并根据碱基质量值对Fastq进行修剪。
_linun_·2023-08-25 07:34

使用awk实现：二代测序文件fastq转换为fasta格式

awk'{if(NR%4==1){print">"substr($0,2)}}{if(NR%4==2){print}}'fastq>fasta
赵会成·2023-08-19 17:01

《生物信息学生R入门教程》读书笔记 Chapter 8

原始的fastq文件往往是包含adaptor以及barcode的。如果不去除adaptor将会对下游的mapping产生影响。如果5'端存在adaptor的话，影响会
小潤澤·2023-08-18 13:21

rna-seq批量pipeline

clean.fq.gz;doi=${i%1.clean.fq.gz*};trimmomaticPE-threads30${i}1.clean.fq.gz${i}2.clean.fq.gz${i}1.paired.fastq
njmujjc·2023-08-17 12:10

Single Cell RNA-seq Analysis 学习记录（二）：数据整理

示例数据下载地址[1]ERR522959_1.fastq和ERR522959_2.fastq数据质量查看这里我们推荐使用fastQC。fastQC是由Babrah
面面的徐爷·2023-08-14 19:44

2022-07-31

从一开始的R语言实战，到Linux基础，再到实战下载的fastq数据一路以来就是不断地犯错+debug+Google那么RNA-Seq的学习告一段落，马上开始GEO数据库挖掘的学习，因为我发现有关ID转化
佳奥·2023-08-14 18:49

从头组装基因组实践

imageMogr2/auto-orient/strip%7CimageView2/2/w/1240)使用的原始文件测序者会提供两个文件：一个是fastq文件（每个样本
Hello育种·2023-08-12 23:09

生信学习笔记：fastp质控处理生成的report结果解读

文章目录前言rawdata和fastq文件readsQ20和Q30N值AdaptersDuplicationInsertfastpreportsummaryAdapterInsertsizeestimationBeforefiltering
twocanis·2023-08-12 15:36

学习小组Day7笔记--尹露茜

组学都包括哪些分类测序过程和原理原理介绍视频：https://share.weiyun.com/5qojuBY密码：密码：bxsry4文章《测序的世界》：https://www.jianshu.com/p/101c14c3a1d2Fastq
尹露茜·2023-08-09 00:09

在windows系统下解压ncbi下载的man后缀文件（找到很慢的原因了）

软件安装手动在ncbi下载了一些sra文件，一看后缀.man，查了下发现是一个压缩包，双端测序文件，解压后可以得到两个fastq文件。那么问题来了，怎么解压？第一种：直接尝试改后缀为.7z，解压失败。
一只红天蛾·2023-08-05 13:45

2019-08-18-02-fastq/sam和bam文件

fastqfastq查看：zcatfilename.fq.gz|head-n8#显示前8行文件内容（前8行代表2条序列）格式说明：fastq文件每4行代表一条序列第一行：记录序列测序时所用仪器以及在测序通道中坐标信息
jing_我愿·2023-08-04 21:17

NCBI数据库Fastq原始序列上传和登录号获取

最近文章要求原始数据上传NCBI数据库，小白摸索了一路总算有了点认识哈哈~写下来当做笔记。1.账号首先我们要登录NCBI网站，见图1右上角，如果有账号直接登陆就好。没有的话需要注册，最近NCBI网站不能注册只能通过第三方账号注册登录，比如google，facebook等(图三)。facebook注册了一半想起来我有个现成的google邮箱，但是申请的时候打错字了，所以注销了google重新开了一个
凌川美兮·2023-08-01 17:49

SRA批量下载及转为Fastq格式

本文介绍如何批量下载sra文件及转化为Fastq格式。下载SRA文件sratoolkit从NCBI官网下载sratoolkit选择合适的版本进行下载。
jlyq617·2023-07-30 12:54

如何使用服务器下载和处理文件/以及传输文件至本地文件夹

本文是个人笔记~（学校的网课）如何使用服务器提交任务：下载SRR文件、以及提取fastq文件、查看fastqc结果。
生信start_site·2023-07-28 13:14

Hisat2+Stringtie+DESeq2 workflow in R

运行环境Ubuntu18.04R3.6.1用到的软件fastpbowtie2hisat2stringtieDESeq2RefferencedatarRNAindex:用bowtie2去除fastq文件中的
547可是贼帅的547·2023-07-28 10:36

FastQC

3.输入文件格式丰富，BAM、SAM、FastQ等。文档地址：http://www.bioinformat
希望你会好·2023-07-27 15:54

fasta和fastq格式文件的shell小练习

作业中参考了：https://www.jianshu.com/p/bc1fe435879chttps://www.jianshu.com/p/d10a85f21889http://ddrv.cn/a/185067http://www.huanyujianshe.com/p/41b8c87ab9c5这个是有机结合生物信息学的linux和数据格式的练习题：下载bowtie2软件后拿到示例数据：mkdi
vicLeo·2023-07-25 18:00

评估组装中的污染

把原始数据比对到组装结果上,samtools比对排序bwaindex-prefpart.genome.facatsample.list|whilereada;doecho"bwamem-t8-MrefR1.fastq.gzR2
涤生生·2023-07-24 08:50

day46 转录组 质控

针对昨天转成fastq.gz的四个数据进行质控：建立rnaseq-qc.slurm文件。对比以前在学校服务器上编的sh文件，其实没有什么太多不同。
meraner·2023-07-22 19:13

samtools软件从bam文件提取目标序列

可以使用samtoolsfastq命令从bam文件中提取特定的fastq序列。
佳名·2023-07-21 11:22

SRA数据库及下载二代测序原始数据转换为fastq文件

Mark下来给自己看，再次申明，不是原创：自己补充概括三点：1.下载AccessionList；2.下载RunInfoTable，里面记录了样品信息、建库信息、测序信息、数据信息；3.将SRA数据变成fastq
胡杨奋进·2023-07-20 01:28

sra与fastq数据简介及下载

测序的生信数据往往体量庞大，动辄几十个G不在话下，常规的下载方式往往会遇到下载速度慢或者下载不成功的问题。但是呢，在复现论文或者学习生信流程的过程中，获取数据又是第一步的工作，所以总结了一些简单的数据下载的方式。这里的数据主要针对有SRA号的测序数据，这些数据是已发表文献中的高通量测序数据，因为作者也是一枚生信小白，所以记录成分更多。目录NCBI-SRA数据库与EBI-ENA数据库SRA数据库的各
Seurat_·2023-07-18 15:10

统计fastq长度分布

截取长度列j是线程数f是长度所在列seqkitfx2tab-j8-l-n-i-HHNHP_rep1_1h_S46_L003_R1_val_1.fq.gz|cut-f2>Length.txt得到一列长度数length128150150150150150147150150然后在R中运行画library(tidyverse)length%group_by(length)%>%summarise(Coun
煮梦斋_bioinfo·2023-07-18 13:51

如何下载SRA存放在AWS的原始数据

通常，我们都是利用prefetch从NCBI上获取数据，然后用fasterp-dump/fastq-dump转成fastq。
徐洲更hoptop·2023-07-17 15:40

学习小组Day7笔记--Xiaofan1991

二、测序数据格式Fastq和Fasta格式是常用格式，了解常用文件格式的内容分布三、测序知识的思维导图笔记测序知识整理.png
xiaofan1991·2023-07-17 00:16

算法（二）蓄水池抽样算法快速随机抽取reads

原创：hxj7关键词：蓄水池算法;fastq文件往往都很大，出于测试目的，我们经常要从fastq文件中随机抽取reads，生成一个小一点的fastq文件，以加快测试效率。
生信了·2023-07-15 08:17

fastq-dump的安装及使用方法

fastq-dump是大家经常使用的，主要是由于从NCBI中下载的数据格式大部分是SRA格式，此时就需要使用fastq-dump将SRA格式转换成为fasta格式fastq-dump是sratoolkit
生信学习小达人·2023-07-15 04:11

生信学习——转录组测序分析的大致流程

）、转录组比对（Transcriptomemapping）、转录组组装（Reference-freeassembly）有大牛写的很好：聊聊转录组测序——2.数据分析与解读（上）原始数据一般下载得到的是Fastq
Lifelrving·2023-06-20 19:50

sratoolkit下载sra数据库的微生物数据及转为Fastq格式

Linux安装sratoolkitNCBI查看安装帮助NCBISRAToolkit下载、解压安装wgethttps://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.9.2/sratoolkit.2.9.2-centos_linux64.tar.gztarzxfsratoolkit.2.9.2-centos_linux64.tar.gz数据下载最近在看微生物文献，想找文
星空_2739·2023-06-14 09:07

python--生物学编程

filter（）过滤器7.sorted（）排序小能手二、解决实际的生物学问题1.计算序列中的CG含量orACTG的各自的数量以及占比2.计算序列长度3.截取序列的前10个碱基以及ASCII码4.如何将一整行的fastq
宇宙的仙度瑞拉·2023-06-13 04:27

Chip-Seq 分析过程二

全文分析流程学习按照：九月学徒ChIP-seq学习成果展一、怎么将SAR文件转为fastq文件？1.
Htt_1996·2023-06-12 08:02

【生信】R语言在RNA-seq中的应用

R语言在RNA-seq中的应用文章目录R语言在RNA-seq中的应用生成工作流环境读取和处理数据由targets文件提供实验定义对实验数据进行质量过滤和修剪生成FASTQ质量报告比对建立HISAT2索引并比对读长量化读段计数样本间的相关性分析差异表达分析运行
Dream of Grass·2023-06-08 22:23

【小工具】智能合并测序数据fastq的脚本

介绍：这是一个可以自动合并数据的简易脚本应用场景：有一批数据有三十几个样本,测序公司返回数据时由于数据量不达标，需要加测一次，部分样本数据量还是不够,又加测一次才够，总共三次数据，需要根据样本名称合并成一个fq.gz。这么多数据要一个一个对应太麻烦了.那么如果经常发生这种情况，建议换一家测序公司。脚本使用注意事项：批次之间的文件如何区分:通常是根据lane号区分的,比如:XXX_L3_1.fq.g
11的雾·2023-06-01 17:03

DNA甲基化测序数据处理（一）：数据比对

前言因为组里面出了一批甲基化测序数据，使用的技术为BS-seq，处理的时候顺带记录了学习过程，演示使用数据为官方提供的example.fastq。
面面的徐爷·2023-04-21 12:59

bioinfo100-第1题-（1）fasta&fastq

参考：孟浩巍知乎zhn博客入门课程1.入门课程image.png2.测序原理（待填坑）3.分析流程image.png第1题，与FASTQ与FASTA格式有关1.0掌握fasta格式概述一下，fasta格式是一种非常简单的储存序列的格式
RachaelRiggs·2023-04-21 00:53
上一页 1 2 3 4 5 6 7 8 下一页
按字母分类： ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ其他