fastq

2018-03-27

的编辑模式太难用了，以后会转到word，有时间会发到微信上今天解决的问题:高通量测序原理，FASTQ和FASTA格式问题。linux中的shell,vim/vi提RNA反转录，播种拟南芥，摇农杆菌
纤蹄马·2022-02-22 05:22

python小程序--计算序列碱基个数

在处理基因组信息的时候，我们时不时需要统计序列的碱基个数，对于较少批量的数据来说，word文档或者其他文本处理工具或者samtools等可以进行处理，但是在面对大的fastq文件的时候，会显得苍白无力，
接受躺平·2022-02-21 09:48

植物基因组学-fastp进行高通量测序数据的质控

今天我们要推荐的软件是fastp，一个包含了质控，过滤，校正以及预处理的fastq文件处理软件。相比于传统的Fas
blue_unique·2022-02-19 19:31

seqtk --- fasta/fastq文件的操作神器

seqtk是李恒编写的一款能够快速处理fa/fq文件处理的神器，不仅能处理文本格式还能直接处理gzip压缩后的fa/fq文件格式。你可能不了解李恒，但你肯定知道samtools和bwa，这些软件都出自李恒之手。因此，对于这个软件，不用过多的担心其稳定性。下载安装conda安装：condainstall-cbiocondaseqtk手动安装，命令如下：gitclonehttps://github.c
鹿无为·2022-02-19 04:55

2019-08-02 【Tools】SPRING：FASTQ数据的下一代压缩器

基本信息标题：SPRING:anext-generationcompressorforFASTQdata作者：ShubhamChandak,KedarTatwawadi,IdoiaOchoa,MikelHernaez,TsachyWeissman期刊:Bioinformatics,Volume35,Issue15,1August2019,Pages2674–2676,https://doi.org
Shalom小白·2022-02-18 23:48

GEO的SRA|fastq下载

GEO的各种英文缩写GPLGEOPlatform平台GSEGEOSeriesSRA-----SequenceReadArchive存档来自高通量测序平台的原始测序数据和比对信息，包括Roche454GSSystem®，IlluminaGenomeAnalyzer®，AppliedBiosystemsSOLiDSystem®，HelicosHeliscope®，CompleteGenomics®和P
Juan_NF·2022-02-18 12:18

【软件安装】---使用poretools分析原始nanopore测序数据

前言：nanopore的下机数据是fast5格式，通常在下游分析之前，需要转换成fastq，poretools是一款开源工具，可以针对原始的fast5文件进行各种操作。
卡布达b1·2022-02-17 17:13

组装细菌基因组

*这里找了一篇文章：https://mra.asm.org/content/7/18/e01118-18点击一篇文章，查看SRR序列查看一下大小二：下载序列prefetchSRR7774037三：解压fastq-dump
邹劲鲲·2022-02-17 06:34

fastq to fasta conversion

cattest.fq|paste----|cut-f1,2|sed's/^@/>/'|tr"\t""\n">file.fa
OmicsAcademy·2022-02-12 19:08

2020-09-29 使用Alevin实现【输入】fastq→【输出】umi count matrix

首先要知道alevin属于salmon的一个工具，用于定量单细胞转录本，使用的比对方式是类似于kallisto的pseudoalign，即不将reads比对到基因组上，该算法着重于确定一个read属于哪一个基因，而不关心这个read在基因上的位置。（Kallisto:一个RNA-seq数据快速量化软件http://blog.sciencenet.cn/blog-656335-984247.html
王子威PtaYoth·2022-02-12 14:08

2018-11-20

今天继续看pipeline，单独试blastn那个部分，发现需要把sampling_random.sh里的fastq-sample前面的./去掉，这样就生成了有内容的sample.fa。
少年英雄小猪熊·2022-02-11 17:11

从国内寄送数据到欧洲

从国内寄送数据到欧洲在知识星球的朋友应是知道前几天提到的fastq数据压缩的问题，这里再记录一下。博导丢给我71G的fastq.gz格式测序数据，希望我用U盘寄送到欧洲某国家去，并提醒我，最好用U盘。
生信药丸·2022-02-10 21:40

RNA-seq摸索：2.sra下载数据→fastqc质控→hisat2/bowtie2/STAR/salmon比对→Samtools格式转换→IGV可视化结果

这篇写的特别好：RNAseq-workflowRNA-seq原始数据的下载方法fastq格式大全本科生搞定RNA-seq上游数据分析RNA-seq一般流程转录组入门：序列比对RNA分析简洁版序列比对我觉得这个作者这样的分类特别清晰
没有猫但是有猫饼·2022-02-10 10:22

3_0_4 要理解并会用的几个脚本

align下建try_small文件夹，进到里面所以$find/mnt/d/RNA-seq/RNAseqdata/try/*.fastq>fq.tx
Y大宽·2022-02-09 12:38

全基因组测序——贰.质控

质控高通量测序数据下机后的原始fastq文件，包含4行，其中一行为质量值，另外一行则为对应序列，得到下机数据后我们首先进行质量检测，详细见质量检测：FastQC然后进行质量控制，这个过程包括去接头、过滤低质量
oddxix·2022-02-09 11:30

WES 分析（从下载数据到IGV）

25mincat>download.shcatlist.txt|whilereadid;do(prefetch${id});donenohupbashdownload.sh&figure1srasra转为fastq.gz
dandanwu90·2022-02-09 07:20

bam转fastq一直WARNING，并且两个fastq结果文件都是空的

下面这个报错信息较常见，但是如果每一条bam记录都是这样，就不常见了，我这两天遇到了这种情况。先看看正常情况下是如何报错的：WARNING:QuerySRR3286802-24999ismarkedaspaired,butitsmatedoesnotoccurnexttoitinyourBAMfile.Skipping.之所以这样报错，是因为SRR3286802-24999的两条reads（/1,
TOP生物信息·2022-02-08 16:31

使用Aspera高速下载ENA/SRA测序数据

EBI数据1、获取ascp下载地址EBI网站首页输入检索号，分别选择显示条目samplename和FASTQfiles(Aspera)，点击TEXT进行下载，生成文件:sample_alias.txt和fastq_aspera.txt
husy_·2022-02-07 13:21

【基因课】测序数据过滤和质控

2.1基础知识2.1.1测序原理SamplePrep：DNA随机打断加adapter；ClusterGeneration：桥式PCR；Sequencing：边合成边测序；DataAnalysis2.1.2fastq
猪猪头看世界·2022-02-07 03:57

生信常用基础语法及技巧

-name"*.fastq.gz"-typef-execmv{}~/ChIP_seq/fastq\;二、批量重命名#去除_all_indel.bed之后的l
落寞的橙子·2022-02-06 17:57

单细胞分析实录(2): 使用Cell Ranger得到表达矩阵

CellRanger是一个“傻瓜”软件，你只需提供原始的fastq文件，它就会返回feature-barcode表达矩阵。
TOP生物信息·2022-02-06 16:46

关于利用脚本批量下载、转换、质控

首先我们明确一下操作流程1、利用Aspera批量下载文件2、利用FastQC语需要.fastq.gz文件，所以我们需要利用SRA-toolkits做格式转换3、利用FastQC做质控我的需要批量下载的序列放在
Better_man1·2022-02-05 05:27

从参考基因组快速读取指定序列

介绍faidx是FASTA和FASTQ文件的随机读取索引。描述faiindex一般以文件名增加.fai后缀，作为文件的名称。fasta文件faiindex有5列，fastq文件会多一列质量信息。
茄子_0937·2022-01-13 16:11

RNA-seq分析（STAR-RSEM-DESeq2）

一、准备RNA-seq数据需要参考基因组文件，注释文件，样本的fastq.gz文件检查fastq.gz是否完整md5sumsample.fastq.gz>md5.txtmd5sum-cmd5.txt#结果为
清零2000·2021-12-14 15:00

组装细菌基因组

找一篇细菌基因组文章；找到文章记载的SRA号z1.pngz2.pngSRR为145815982.从SRA数据库上用prefetch下载该文件prefetchSRR14581598运行结果为z3.png3.Fastq-dump
福悦子·2021-11-19 19:19

2021.10.13-10.21 MIXCR学习笔记

>>准备工作安装下载mixcr命令行输入：java-jarD:\mixcr-3.0.13\mixcr.jaraligninput.fastq.gzoutput.vdjca切换工作路劲：cdC:\mixcr
千容安·2021-10-30 01:02

组装细菌基因组

prefetchSRR9209170prefetch命令3.用Fastq-dump解压，解压成gz文件。
qyl·2021-10-23 12:15

「linux命令」 日常需求

-ctime-20从tar包中解压指定文件，如fastq.gztar-tfPB_BC02.ccs.tar|grepfastq.gztarxvpfPB_BC02.ccs.tarBC02_ccs/cell/
溪溪溪溪溪川·2021-10-21 15:17

喜大普奔，性能提速一倍，结果稳定重现！你的fastp该升级了！

Fastp的创建与发展NGS测序FASTQ文件的质量控制和预处理是为下游分析提供干净数据的关键。
生信君·2021-10-20 13:16

2021-09-30 数据库记录格式

数据库的记录格式主要有FASTA,FASTQ,GFF,GTF，GBFF等。（1）FASTAFASTA格式也成为Pearson格式。主要用于储存DNA、RNA、蛋白序列
Xie_MJ·2021-10-01 16:06

Bulk RNAseq上游比对1：大致流程与conda环境

BulkRNAseq上游比对3：比对mapping-(jianshu.com)image.png要点一、大致流程如上流程图所示，一般包括三大步骤：下载数据--质控--比对1、下载数据主要包括两类数据：一是测序fastq.gz
小贝学生信·2021-09-23 08:37

下载已发表文章原始数据之SRA Toolkit（Fastq转换bam）

https://www.cnblogs.com/liujiaxin2018/p/15083885.html1、下载进NCBI官网2、3、4、根据系统选择版本，下载即可5、查看自己系统6、centos和redhed使用软件一致因此选择：7、[root@PC3test]#wgethttps://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.11.0/sratoolkit.2
Dr家硕的科研之路·2021-09-21 15:29

59.《Bioinformatics Data Skills》之解析FASTX文件并清点碱基数目

FASTA/FASTQ文件的解析看起来是一件比较容易的事情，然而如果你尝试亲自编写代码的话就会发现很难全面地考虑问题。更好的方式是使用开源的库，这些库经过了广大用户的测试，更加鲁棒，同时速度更快。
DataScience·2021-08-26 20:34

BAM文件转换成fastq

}.bam-@20-o${SAMPLE}_sorted.bam##将排序以后BAM转为fastqsamtoolsfastq-@20${SAMPLE}_sorted.bam-1${SAMPLE}_R1.fastq.gz
生信菜菜鸟·2021-08-19 15:22

SAM文件格式介绍

当测序生成的fastq文件比对到参考基因组后就会生成SAM文件或者BAM文件。大部分的数据分析都是始于SAM文件。SAM文件的结构SAM格式文件
我是爱哭虫小鱼·2021-08-13 11:17

细菌基因组拼接（一）

⭐总纲材料：Illumina双末端测序原始数据（通常是两个fastaq的.gz压缩文件，文中为：sequence_1.fastq.gz和sequence_2.fastq.gz）软件：FastQC、Trimmomatic
lkj666·2021-08-07 20:14

RNA-seq分析：从fastq到差异表达基因

RNA-seq的数据分析是比较简单基础的分析，大概流程就是处理下机的fastq数据（trimmomatic），比对到人类基因组（hisat2）然后统计每个基因上出现的counts数（featureCounts
高邮在逃咸鸭蛋·2021-06-24 02:13

SRA、SAM以及Fastq文件高速下载方法

这是个简短的教程，目的是介绍几种比较方便快捷的下载SRA、SAM及Fastq文件的方法。
Seurat_·2021-06-22 00:03

SRA-toolkit使用

之前下载SRA的数据，使用prefetch-vSRA--max-size100G下载数据，经常会出现下到一半就断网的情况；后来尝试使用wget下载，但wget下载后的SRA数据，在用fastq-dump
生信汪·2021-06-21 00:37

miRdeep

构建参考基因组的序列的indexbowtie-buildreference.fastareference2.将测序序列比对到参考基因组这里的输入序列可以是seq.txt，qseq.txt，fasta，fastq
小七玩数据·2021-06-20 23:38

【RSS】[2] Multiqc整合多样本FASTQ files

参考fastqc是一款基于java的软件，能够对测序数据的质量进行评估。一个样本生成一个报告，当样本量过多时，逐一查看样本质量就稍显不方便，multiqc是一个基于Python的模块,用于整合其它软件的报告的软件，能将fastqc生成的多个报告整合成一个报告的软件，这样能方便的查看所有测序数据的质量。目前支持以下软件结果的整合：image.pngimage.pngimage.pngimage.pn
RachaelRiggs·2021-06-20 05:43

测序数据质控和预处理之fastp

1.引言下机的FASTQ数据通常需要进行质控和预处理，以保证下游分析输的准确性。
吴十三和小可爱的札记·2021-06-19 14:42

HiCExplorer使用

HiCExplorer1、数据比对bowtie2注意：1、比对时采用--reorder参数，确保以fastq完全相同的顺序输出sam文件2、采用部分比对参数，以代替端到端比对。
夸克光子·2021-06-15 13:43

我的SNP calling和核心SNP(core SNP)聚类分析流程

准备工作：1.待分析的序列文件（fastq/fasta)，可以先筛选掉冗余的序列文件。包含每个序列文件名、所在路径的txt文件。
大坏蛋HYB·2021-06-15 13:14

2019.1.14 aspera下载和md5check

QT-l300m-P33001-i/Users/bcl/Applications/Aspera\CLI/etc/[email protected]:/vol1/fastq
KK_f2d5·2021-06-15 10:48

生信数据分析常见格式（一）

前言首先，这篇文章介绍的文件格式格式：基因组fasta、测序数据fasta、基因组不同软件构建的索引文件index、fastq、sam、bam、bed、gtf、gff、vcf、bigwig、wiggleimage.png
Biofantasy·2021-06-14 16:33

fastp拼接双末端测序数据

版本：0.20.1fastp之前的版本不支持拼接，mkdir-pfastpls*1.fastq.gz|whilereadid;dofastp-520-m-c--overlap_len_require5-
佳名·2021-06-14 02:09

一个没有什么卵用的从fastq随机抽取序列的Python脚本

这是我刚开始学习Python和生物信息学时写的一个练手脚本，写完之后成就感满满，结果不久就发现了一个处理序列的好工具seqtk，感觉这个脚本真是没有什么卵用。importrandomoutput_file=open(r"/its1/PROJECT/test/100000.fq","w")seqs=[]withopen(r"/its1/PROJECT/test/C1.fq","r")asinput_
契卡·2021-06-14 00:58

深入理解RNA-seq

www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2868100/https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3334321/数据过滤假设你已经有了fastq
zhoujj2013·2021-06-10 21:38

2019-04-24-ATAC-seq

foriin*_1.fastq;doi=${i%_1.fastq*};perl'/media/shen/disk1/biosoft/TrimGalore-0.6.0/trim_galore'--paired
njmujjc·2021-06-09 08:47
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