fastq

2019-11-08

.sra--gzip-Odata>log.txt&hisat2reads对比参考基因组nohuphisat2-xgenome-1/home/ubuntu/data/data/SRR7881537_1.fastq.gz
小三的后一位小四·2023-03-13 01:35

juicer 学习

首先下载juicer后，另建一个juicer-work的文件夹，juicer-work里面各个文件夹的位置要放对，reference,fastq等，注意script里放上CPU或其他集群里的common
bettermaan·2023-03-12 09:57

fasta和fastq格式文件的shell小练习

这个是有机结合生物信息学的linux和数据格式的练习题：下载bowtie2软件后拿到示例数据：>mkdir-p~/biosoft>cd~/biosoft>wgethttps://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie2/2.3.4.3/bowtie2-2.3.4.3-linux-x86_64.zip>unzipbowtie2-2.3.4.3
生信_小陌·2023-03-11 10:55

常用命令记录

压缩当前目录下所有文件find*.fastq-typef|xargs-I{}tar-cvf-{}|pigz-k>{}.tar.gz#在-i或者-I后面自定义一个传递参数符号，所有匹配的项都会替换为传递给
土雕艺术家·2023-03-06 16:01

单细胞测序分析上游cellranger软件入门介绍

SRA原始数据转fastq公共数据库的SRA数据需要借助fastq-dump转为fastq文件，然后进行质控、CellRanger定量等操作。
Seurat_Satija·2023-02-19 02:53

fastq、fasta、bed、gtf、gff、sam、bam生信分析常见文件格式查看

生信分析过程中的文件格式：除了原始测序数据fastq、fasta之外，还有基因组文件fasta格式，基因注释文件gtf格式。
笺牒九州的怪咖·2023-02-18 22:37

16S扩增子之Vsearch使用

http://www.drive5.com/sintax/rdp_16s_v18.fa.gz获得）seq/*.fq.gz#压缩的原始测序数据doc/design.txt#实验设计文件2.PEreads拼接（fastq_mergepairs
leoxiaobei·2023-02-18 10:08

测序数据的解析：Fastq与FastQC

Fastq格式二代测序平台获得的原始数据为fastq（或为压缩文件fq.gz）格式，包含双末端测序所得的正向和反向两个文件（通常用“1”和“2”来区分），如下所示：fastq格式每一个read包含四行内容
SYSU星空·2023-02-18 01:13

转录组分析1 各种生信数据格式fq、fa、sam、bam等

sra和fq1sra或fq（fastq），都是测序格式的文件。通俗理解：sra是把双端测序的2个文件合成了1个，而fq文件是2个。
八段锦1134·2023-02-17 03:45

生信随手记2020-03-18：shell脚本展示fastp修剪结果

zcatSRR1039510_1.fastq.gz|head-100000|paste---->raw.txtzcatSRR1039510_1.fastp.fq.gz|head-100000|paste
猫叽先森·2023-02-06 10:22

BSA分析-实战笔记(三)数据预处理

#创建文件夹mkdir1.clean_datacdclean_dataviclean_data.shfastp-i~/workspace/BSA/practice/data/SRR6327815_1.fastq.gz-I
Akuooo·2023-02-04 02:18

fq转换成fa格式

awk'{if(NR%4==1){print">"substr($0,2)}}{if(NR%4==2){print}}'fastq>fasta
山竹山竹px·2023-02-03 10:28

NGS数据下载

BypassingNegativeEpistasisonYieldinTomatoImposedbyaDomesticationGene，但是在下载数据的时候，遇到了一个大坑，萌生了对现有下载NGS数据总结的一个想法，归纳如下：NGS数据下载的几种方式NGS数据的存储方式一般有两种，SRA格式或fastq
杨亮_SAAS·2023-01-30 02:38

转录组质控

rawdata的配对文件fastq文件格式2.利用fastqc对rawdata进行质量评估1.下载安装fastqcwgethttps://www.bioinformatics.babraham.ac.uk
多啦A梦的时光机_648d·2023-01-30 01:31

2022-10-01测序数据量统计

所以需要先安装readfq软件https://github.com/billzt/readfqgitclonehttps://github.com/billzt/readfq.git编译gcc-okseq_fastq_basekseq_fastq_base.c-lz2
AsuraPrince·2023-01-29 01:23

FastQ_Screen 检测原始数据fastq污染情况

下载该软件需要以下依赖[Bowtie],[Bowtie2]或者[BWA].Perl*[Bismark](可选项，针对bisulfite数据)1.1有相关的软件之后，进入官方网站，点击下载https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/download.html#fastqscreen作者也非常贴心的提供了视频教程https://www.yout
寒山梦绮·2023-01-28 01:35

Bulk RNA-Seq 差异表达分析流程

流程概况前处理拿到原始fastq数据先进行前处理。前处理包含质控、比对和定量。
BeeBee生信·2023-01-27 07:03

RNA-seq——学习路线、学习经验、实战项目、学习总结

转录组测序数据分析简书：RNA-seq(1):用conda安装RNA-seq所需要的工具-简书RNA-seq(2)-1:原始数据下载的几种方法-简书RNA-seq(2)-2:下载数据-简书RNA-seq(3):sra到fastq
Dzfly..·2023-01-18 18:09

ATAC-seq分析：比对（3）

1.质控在比对之前，我们建议花一些时间查看FASTQ文件。一些基本的QC检查可以帮助我们了解您的测序是否存在任何偏差，例如读取质量的意外下降或非随机GC内容。
冷冻工厂·2023-01-07 06:49

基于二代NGS数据新冠病毒无参组装示例

数据位置路径path:/opt/data/assembly原始数据/opt/data/assembly/test_1.fastq/opt/data/assembly/test_2.fastqSARS-CoV
小飞棍来喽~·2022-12-29 03:34

「来绘图吧！」链特异性测序的read depth绘制

以酿酒酵母为例，用到的数据如下，随便找一个链特异性测序的fastq用常见比对软件跑一下都行。
陈有朴·2022-12-27 20:40

各种常用的处理命令

●在fastq-dump拆分SRA文件时遇到报错image.png解决方案：因为NCBI上的下载链接从http变为了https，所以安装最新版sratoolkit即可解决问题●使用fasterq-dump
千万别加香菜·2022-12-26 12:00

一篇关于利用numba加速python运行效率的笔记

3.2修改代码匹配numba的类型支持四、其它尝试4.1多线程的思考4.2数据结构的其它尝试参考文章问题描述：最近在跑一段python代码，代码的主要功能是对fastq格式的基因数据通过2阶Markov
中原H·2022-12-22 08:55

fastq与fasta文件格式解析

fastq与fasta文件格式解析一、fasta格式二、fastq格式2.1格式说明2.2碱基质量计算2.3QualityScore简化三、二代测序的fastq文件格式介绍四、补充说明4.1illumina
中原H·2022-12-22 08:25

bam 格式 | 测序比对文件探究（STAR 比对 + pysam 包操作）

1.bam中第10列保存的序列是原始fastq中的序列吗？
生物慕课·2022-12-10 10:04

转录组系统进化分析

trim_galore双端数据过滤nohuptrim_galore-q20--phred33--stringency3--length20-e0.1--pairedJS2-10_R1.fastq.gzJS2
陈伟杰_9441·2022-11-28 19:45

FASTQ文件质控

在代码语言中作为我们初学者能够将输入、代码、输出这三个要素了解透彻以及可以解决很多问题，因此在之后的学习我会强调这三个要素。首先我们要明白质控的目的：(1)去除含接头的reads；(2)过滤去除低质量值数据，确保数据质量；(3)去除含有N（无法确定碱基信息）的比例大于5%的reads；同时我们也可以主要排除是否核糖体RNA过多,获得我们读长的信息测序得到的原始序列含有接头序列或低质量序列，为了保证
yuxiang&chenxi·2022-11-25 00:45

Emeditor -- windows最强txt编辑器，没有之一

图1.EmEditor界面图2.15G文件我就问你一句：高通量测序fastq文件15G，请问什
余丁，微生信·2022-11-21 14:12

转录组数据分析—fastp v0.23.1

用于执行FASTQ数据的质量控制，支持单端和双端短读数据，作为一体化的FASTQ预处理器，fastp提供了诸如质量分析，接头修整，读取过滤和基本校正等功能。
生信助手·2022-11-09 09:09

转录组数据分析——原始数据质量控制（QC）

获得转录组数据（.fastq文件）后的第一步就是对原始数据的质量控制。
生信助手·2022-11-07 08:01

空间转录组-百创S1000下机数据分析软件BSTMatrix

不知为何官网对于软件结果的说明文件被删除掉了，还好有其他有心人保存了下来原文在这：https://www.jianshu.com/p/341ff3b3118a我这自己备份一下方便看outdir/├──01.fastq2BcUmi
BINBINCC·2022-10-29 15:30

bam2fastq(bam文件转fq/fastq)

bedtools工具包bamtofastq转换工具name=my_samplecd/Lustre02/mrBug/00.project/19.LKR_36_lnc/01STAR_mapping/${name}samtoolssort-nAligned.sortedByCoord.out.bam-osort.bamcd/Lustre02/mrBug/00.project/19.LKR_36_lnc/
MYS_bio_man·2022-10-28 15:52

基于Julia语言的多线程barcode 拆分

然后采用多线程分别在fastq文件中并行提取对应barcode的reads。WGS的下机数据经常出现在fastq2里。所以程序会从fastq中自动查找是否存在对应barcode。
小光amateur·2022-10-14 16:46

Tools:seqkit快速多线程全平台fastq处理工具

amplicon通过引物检索扩增子(或其周围的特定区域)bam检查和在线绘制BAM记录文件的直方图common通过id/名称/序列查找多个文件的公共序列concat连接多个文件中具有相同ID的序列convert转换FASTQ
wo_monic·2022-10-12 14:49

小王的ChIP-seq傻瓜学习教程(纠错更新中)

一翻邮件交流发给我了一套H3K27ac的数据，GSE165809，单端single，有inputH3K4me3H3K27ac1、使用SRA-Toolkit转换SRA为fastq并压缩moduleloadSRA-Toolkitfastq-dumpSRR
pudding815·2022-10-07 15:01

NGSCheckMate：数据配对正确性检查好工具

如何实现fastq的VAF统计？vcf文件中直接存在有VAF的信息，对于b
桓峰基因·2022-10-04 07:13

生物信息学之rnaseq转录组分析流程--转换文件中的ensemble id到gene名

ensembleid的问题一个将ensembleid转换成gene名的python脚本如何解决转录组分析中count之后遇到ensembleid的问题亲亲们好，我们做生物信息转录组分析的时候，可以走如下流程鸭：获取fastq
生信讲师-老高·2022-09-08 04:12

基于barcode拆分二代序列

我们可以利用cutadpat或者fastq-multx来进行拆分，前者可以直接condainstall下载，接下来主要介绍后者的使用。
曹草BioInfo·2022-08-28 16:46

RNA-seq入门（二）质控及fastqc报告解读

一、质控前面我们从GEO下好了SRA数据并转换为fastq文件，现在需要对fastq文件进行质控，这里用的软件为fastqc。
生信开荒牛·2022-07-23 09:27

磨刀不误砍柴功之合并相同样本的fastq文件

直接复制)visample.txtasrr1asrr2bsrr3bsrr4bsrr5第二步修改SRR数据文件名foriin`catsample.txt|tr"\t""_"`;domv${i##*_}.fastq.gz
宗肃書·2022-07-22 16:16

loom文件的生成

这个文件需要我们从fastq文件开始，与基因组比对的到sam文件，从sam文件转成bam，再从bam中提取上面的消息，得到.loom为后缀的文件。
Hayley笔记·2022-07-01 10:24

单细胞之轨迹分析-1：RNA velocity

1.loom文件准备由于RNAvelocity分析的前提是要我们从单细胞RNA-seq的数据中区分出未成熟的mRNA(unspliced)和成熟的mRNA(spliced)，所以需要从fastq文件开始
Hayley笔记·2022-07-01 10:01

hisat2比对转录组数据

samtools-1.61.构建hisat2参考基因组比对库hisat2-build-p10ref.faref2.用hisat2进行比对#对于双端序列hisat2-p20-xref-1${sample}_1.fastq.gz
大海龟啦啦啦·2022-06-07 14:29

单细胞转录组之从fastq到counts

1原始数据下载及转换从GEO下载原始数据需要使用官方工具SRA-tools，安装SRA-toolscondainstall-ysra-tools1.1原始数据下载进入NCBISRA数据库，输入GSE编号，选择要下载的数据，下载AccessionList，至rawdata文件夹.在rawdata文件夹中，使用SRA-tools中prefetch来下载文件。catSRR_Acc_List.txt|xa
青青青山·2022-05-12 13:57

Day3-单细胞数据fastq及cellranger

SRA-fastq-cellranger1.conda安装和管理#下载Miniconda3安装wget-chttps://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86
Sun506·2022-05-10 16:11

无生物学重复RNA-seq原始数据预处理

1：fastq检测测序质量，命令行如下使用tmux将命令挂后台运行，不用担心因为网络问题掉线导致运行终止tmuxnew-sfastqcfastqc-q-t3-o/home/wanghongli/teacherW
Apache_lin·2022-05-03 10:33

rmats 可变剪切分析记录

createcondaenvcondacreate-nrmatscondaactivatermatscondainstallrmatscondainstallrmats2sashimiplotqualitycontrolDIR=""ls$DIR/*.fastq.gz
bred·2022-04-29 16:20

NCBI，sra数据获取以及处理：生成fastq文件

获取方法一：从NCBI获取需要的SAR序列号screen-SGSE136447#创建后台程序（可以写shell脚本，存在问题“/r”可以利用空格;解决换行问题，可以使用nohupXXX.sh&）cat/data/shift/GSE136447/GSE136447.txt|whilereadi#存放的为SAR序列号do/data/biosoft/software/sratoolkit.2.9.6-1
Shift_shift·2022-04-15 10:16

2022-03-29确定测序数据污染源

H3K4me3unmapped.bam2.提取出未比对上的双端reads（bamtofastq）bamToFastq-iIP_988_1_H3K4me3.bam-fqIP_988_1_H3K4me3unmappedR1.fastq-fq2IP
AsuraPrince·2022-03-29 11:28

RNAseq比对流程pipeline脚本

在做好前期准备工作后，可以一步完成从fastq到表达矩阵的所有步骤，目前仅支持humanBulkRNAseq数据，后续有机会会继续学习、完善，扩展更多选项。十分欢迎大家参考使用，并提供建议与意见。
小贝学生信·2022-03-17 21:21
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