fastq 第2页

生信流程1 - Nanopore 三代测序生信分析流程简介

下面是一个基本的Nanopore三代测序分析流程：数据预处理使用poretools或MinKNOW等软件从Nanopore设备中获取原始FAST5数据，并使用albacore或Guppy等软件将FAST5数据转换为FASTQ

生信与遗传解读·2023-12-04 06:18

qiime执行multiple_join_paired_ends.py 报错Cannot find fastq-join.

这是因为系统里没有fastq-join安装fastq-join有两种方式:1.安装ea-utils.h

yummy2009·2023-12-01 19:22

转录组学习第四弹-数据质控

数据质控将SRR转为fastq之后，我们需要对fastq进行质量检查，排除质量不好的数据1.质量检查，生成报告文件ls*fastq.gz|whilereadid;dofastqc$id;done并行处理

长腿猴子请来的救兵·2023-11-29 19:20

转录组学习第三弹-下载SRR数据并转成fastq

下载数据前面已经安装好了需要的软件，那么我们现在需要下载我们练习需要用到的sra数据。从SRA数据库下载数据有多种方法。可以用ascp快速的来下载sra文件，也可以用wget或curl等传统命令从FTP服务器上下载sra文件。另外sra-tools的prefetch也支持直接下载。在此处我用的是prefetch，因为ascp我尝试了很多次都没成功，遂放弃了。说明：由于数据量大，计算量也大，此处已换

长腿猴子请来的救兵·2023-11-29 18:50

C语言基因序列比对,转录组入门（5）：序列比对

直接去hisat2的主页下载index文件即可，然后把fastq格式的reads比对上去得到sam文件。

Valkla·2023-11-29 18:49

fasta格式转fastq格式

比对软件比如bowtie并不支持比对fasta格式的文件，所以需要把fasta转为fastq格式，但是fasta和fastq相比缺少质量值，所以只能伪造一个加上去，这里用到seqtk来伪造，从而把fasta

今天没回家·2023-11-28 21:13

RNA-seq分析流程

/-t1/public/home/zyhu/hfd/${i}_R1_001.fastq.gz/public/home/zyhu/hfd/${i}_R2_001.fastq.gz合并质控结果multiqc

chaos_z·2023-11-28 04:17

根据seqid提取fastq序列

工具：seqtkhead40.fqa.list从fasta/fastq文件中提取子集seqtksubseqhead40.fqa.list提取fq时需要其文件开头用>:sed-i's/@/>@/g'head40

苏牧传媒·2023-11-25 04:41

学习：StatQuest-RNA-seq

image.png上图是RNA建库的步骤RNA测序过程image.pngimage.pngimage.png采取边合成边测序的原则,不同碱基,带有不同荧光,测序仪测出不同荧光image.pngRNA-seq原始文件是fastq

小潤澤·2023-11-23 06:32

浅谈各个质控指标

GC含量输入文件fastq或bam相关软件及使用fastqcfastqcsample_R1.fq.gz#fastqc也可以输入bam文件#fas

无话_·2023-11-22 18:39

与你分享生信好用的单行命令

github.com/stephenturner/onelinersAboutFastq/fastafastqsequenceslengthdistribution=>得到fq文件中序列长度的分布$zcatfile.fastq.gz

刘小泽·2023-11-22 14:06

Chipseq单端测序数据分析

工作目录mkdir-p~/maos/chipseqcd~/maos/chipseqmkdir{sra,fastq,fastqc,trim,bam,bw,bed,peak,pic}downloadfastqfile

bred·2023-11-21 09:50

UseGalaxy.cn生信云平台文本文件操作手册

文本文件是生物信息学中应用非常广泛的文本格式，甚至可以说是最重要的文件格式，比如常见的测序下机数据Fastq、参考基因组保存格式Fasta、比对文件SAM，以及突变列表VCF，它们都是文本文件。

简佐义的博客·2023-11-12 22:32

java fit 16s,科学网—16s rRNA分析流程和工具的介绍 - 肖斌的博文

“split_libraries.py”和“split_libraries_fastq.py”实现数据拆分和数据过滤的双重目的。Mothur利用“Trim.seqs”。

xpf769815576·2023-11-04 12:56

病原微生物扩增子数据分析实战（一）：bcl2fastq软件完成数据拆分

懂得了那么多道理，却依然过不好这一生。所以理论归理论，最终要落实到分析代码上，咱们从这一篇开始，介绍一套扩增子数据分析流程。闲话少叙，首先介绍一下项目背景：测序平台:IlluminaMiSeq，双端（Paired-end）测序服务器：CentOS7操作系统，128G内存，CPU48线程编程语言：Bashscript、PythonNGS测序项目大致分为二个部分：湿实验部分，即取样、提取、建库以及上机

简说基因·2023-11-04 07:33

Fastqc时报错

FastQC版本0.11.8出错命令行fastqc--extract-q-ofastqc_outdirfastq1fastq2报错信息Exceptioninthread"Thread-1"java.lang.OutOfMemoryError

所以suoyi·2023-11-03 07:28

生信搬运工-03-测序文件格式介绍

NarrowPeaksFormat2.BroadPeaksFormat3.GappedPeaksFormat二、Macs2peakcalling实战三、测序常见文件格式bam/sam/cramCRAM:fastq

奈良家の小鹿·2023-11-03 04:20

bam格式转换为Fastq/Fasta格式

bam格式转换为Fastq/Fasta格式SamtoolsFastqGATKSamToFastqBedtoolsbamtofastq举例说明，比如说我们现在有一个转录组比对文件D1_D1.sort.bam

lazymark2·2023-11-03 04:43

关于Fastq格式的一些想法

最近想写一个关于多软件批处理序列的脚本，在观察文件的过程中，发现了.fq格式和.fastq格式心中不免有些疑问——这两种格式有什么区别，查询资料后，在此阐述一下对fastq文件格式的看法。

Better_man1·2023-11-02 13:20

Jellyfish-2的安装与使用

计算输入的基因组数据（fasta）、测序数据（fastq）等，长度为k的DNA序列的频数分布。相当于把input当作一个很大的集合，kmer就相当于一个子集，去遍历整个集合。

陈有朴·2023-10-31 23:46

Chip-seq分析笔记

目录前言一、软件安装二、创建环境及安装软件1.创建环境chipseq2.chipseq环境下安装软件三、具体分析步骤1.数据来源2.下载数据并重命名3.fastq文件转换（--sra-id此步骤把SRR

xsq420281·2023-10-28 16:50

根据已有序列提纯二三代测序数据

提纯二代数据bwaindexreference.fastabwamem-t10reference.fastaillumina_1.fastqillumina_2.fastq>out.samsamtoolsview

马连洼小法师·2023-10-25 23:44

Fastq文件的获取

Fastq文件的获取Fastq文件的获取linux下安装SRAToolkit工具使用SRAToolkit工具下载SRA数据Fastq文件的获取author:CYH-BIdate:2023.10.25Fastq

CYH-BI·2023-10-25 12:37

一文看懂三代组装软件——Flye

二、安装和使用安装非常简单～condainstallflye使用的话，输入文件是FASTA或者FASTQ格式的，可以是gz压缩

生信阿拉丁·2023-10-25 05:30

MultiQC安装及运行

1.MultiQC安装pipinstallmultiqc1.PNG2.从网上下载fastq文件prefetchSRR9111834prefetchSRR62322983.将下载的文件转换成fastq格式

er_2c10·2023-10-24 02:44

FastQC

Fastq文件fastq文件格式fastq文件命名规则Illumina测序仪下机FASTQ命名为(NextSeqCN500下机数据为bcl格式，经过bcl2fastq转化后名称类似)，例如：Samplexx_S53

生信大猫·2023-10-21 17:49

通过 blast 结果查看测序数据fastq是否被污染，以及污染reads所属物种、所占比例

下面我们通过blast的结果，来检查测序数据fastq是否被污染，以及污染来源、所占比例。

风风是超人·2023-10-21 02:57

linux视频-P13-fasta和fastq格式文件的shell小练习

fasta和fastq格式文件的shell小练习这个是有机结合生物信息学的linux和数据格式的练习题：下载bowtie2软件后拿到示例数据：mkdir-p~/biosoftcd~/biosoftwgethttps

小梦游仙境·2023-10-16 15:09

学习小组DAY7笔记——shoan

测序知识思维导图总结测序知识.png一二三代测序对比image.png数据格式总结Fastq&FastaFastq格式一种基于文本的，保存生物序列（通常是核酸序列）和其测序质量信息的标准格式,一般都包含有

shoan078·2023-10-14 22:40

学生信的那些事儿之十四 - 生信技能树fasta和fastq格式文件的shell小练习20题

第18题和第20题不会做，求高手指教啊~~该练习使用的数据为bowtie2中的示例数据，获取方法如下：#下载bowtie2软件先wget-chttps://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie2/2.3.5.1/bowtie2-2.3.5.1-linux-x86_64.zipunzipbowtie2-2.3.5.1-linux-x86_6

李白爱吃橙子·2023-10-14 17:08

生信必会格式：Fasta & Fastq 简介及转换

文章目录前言FASTA例子：血红蛋白α的核酸和蛋白质序列FASTQFASTAFASTQ对比FASTQ转为FASTA使用基本的命令：sed、paste、awk使用现有工具：Bioawk、SeqtkFASTA

万木春❀·2023-10-14 16:27

单细胞SRR数据拆分

10X单细胞转录组测序数据的SRA转fastqfastq-dumpSRA转fastq#10xSRR需要加--split-file和--include-technical参数fasterq-dump-O.

Zee_李海海·2023-10-14 09:12

【fastqe】有趣的表情包版fastqc

pipinstallfastqe$condainstall-cbiocondafastqe测试数据下载$wgethttps://zenodo.org/record/3977236/files/female_oral2.fastq

何物昂·2023-10-12 08:01

生信笔记1-NCBI下载SRR并转为fastq文件

介绍SRAToolkit是下载NCBISRA数据库文件的下载和转换为fastq的工具SRAToolkit安装首先进入官网下载对应版本的SRAToolkit：Download:Software:SequenceReadArchive

江湾青年·2023-10-11 18:45

PE测序中read1与read2关系

本文着重介绍1个插入片段的fastq=>bam的过程。为

S_AGZX·2023-10-11 08:35

生物信息学——常见的四种文件格式(fasta,fastq,sam,vcf)

生物信息学生物信息学——常见的四种文件格式(fasta,fastq,sam,vcf)文章目录生物信息学概述一、fasta文件格式二、fastq文件格式三、sam(/bam)文件格式四、vcf文件格式概述每一种生物软件都有固定的文件格式要求

福旺旺·2023-10-11 04:30

重测序分析

测序数据：fastq格式文件序列比对软件：BWA软件（快速把小片段比对到基因组上）分析过程：1.测序数据质控(fastqc)-t测序数据线程数，数目越多速度越快-o指定输出目录$/share/nas2/

每天都想睡觉的阿源·2023-10-10 13:41

【转录组学】如何进行一步到位的fastq到差异分析，kallisto拯救你(一)

传统转录组的分析想必大家已经非常熟悉，无非是质控->比对->组装->定量->差异分析->差异表达基因功能富集分析这个套路。目前公司用的流程主要也有两个门派，以“传统派”的trimmomatic/cutadapter/华大fastqc->tophat->cufflink->cuffmerge->cuffquant（较差）/RSEM->DESeq2/edgeR->GO/KEGG，已经较新的fastp-

xizzy·2023-10-09 05:02

10x单细胞数据分析之表达定量

得到的BCL经过bcl2fastq或者cellrangermkfastq处理成常见的FASTQ格式的文件。Bcl2fastq得到的就是常见的下机数据文件，一般有两个文件分别对应Read1和Read2。

felix108·2023-10-06 10:46

转录组分析笔记（4）质量控制

fastq-dump将sra数据转换成fastq格式for((i=59;i<=62;i++));dofastq-dump--gzip--split-3-Arawdata/SRR35899$i.sra-O

韦巍_e3f3·2023-10-06 10:44

耗时很长的程序忘加nohup就运行了怎么办？

在NGS基础：测序原始数据下载一文中提到可以使用SRA-toolkit中的命令fastq-dump从NCBI下载原始测序数据，命令如下。

生信宝典·2023-10-03 01:10

fastq 文件介绍

nameNT064_S43_L001_R1_001.fastq.gz第一部分：样本名第二部分：（和illuminaExperimentManage的编号一致）S1..S*后面跟的数字与样本在SampleSheet

线断木偶人·2023-10-02 06:35

一个RNA-seq实战-超级简单-2小时搞定

//www.bio-info-trainee.com/2218.html准备工作：安装WSL，并将源换成国内源；在D盘建立文件夹bs用来放生信软件，文件夹data用来放下载的数据，data下建立文件夹fastq

北极光_0424·2023-10-02 05:10

转录组测序中的文件格式

所有scRNASeq都是双端测序fastq格式BAMbam文件存储映射后reads信息，bam文件可以转换成人可以阅读的sam文件，这种转换通过samtools进行。

实验室的搬运工·2023-09-30 00:47

从fastq到群体结构分析软件及命令行实现

比对分析bwabwamem-t6-k32-M-R"@RG\tID:saample\tLB:sample\tSM:sample"fafq_R1.fq.gzfq_R2.fq.gz|samtoolsview-b-S->sample.bam#bwaindex进行基因组建index排序，因为后续处理都需要按照基因组顺序进行排序samtoolssortbam>out.bam进行捕获数据的提取和统计samtoo

点滴生信·2023-09-28 11:22

如何向Sequence Read Archive (SRA) 提交未组装的高通量测序reads？

SRA是NCBI中收录原始数据的主要数据库，有454，Illumina，SOLiD，IonTorrent，Helicos和CompleteGenomics的下机数据，最为常见的是illumina产生的fastq

唯问生物·2023-09-26 22:41

FASTA和FASTQ

FASTAFASTA文件主要由两个部分构成：序列头信息（有时包括一些其它的描述信息）和具体的序列数据。头信息独占一行，以大于号（>）开头作为识别标记，其中除了记录该条序列的名字之外，有时候还会接上其它的信息。紧接的下一行是具体的序列内容，直到另一行碰到另一个大于号（>）开头的新序列或者文件末尾。下面给出一个FASTA文件的例子，这是我们人类一个名为EGFR基因的部分序列。>ENSMUSG00000

Zee_李海海·2023-09-21 23:19

qiita上传和分析16S rRNA数据

上传数据注册并登陆准备样品序列文件及meta信息和preparation文件样品序列文件：后缀可以为fastq，fastq.gz，fasta，fna，不可以为fq等meta文件：后缀可以为txt和tsv

竹舞清风_忆·2023-09-20 08:28

利用qiime2分析微生物组16S rRNA数据小结

每个样本文件夹里有5个文件，第一个extendedfrags.fastq文件是拼接后的序列，raw_1fq.gz和raw_2.fq.gz是未去barcode和引物的双端序列；最后两文件是去掉引物和barcode

竹舞清风_忆·2023-09-20 08:27

对 fastq 和 bam 进行 downsample

对fastq和bam进行downsample一、Fastq1、seqtk二、Bam1、samtools2、PicardDownsampleSam3、比较并行采样模板一、Fastq1、seqtkSeqtk

毒鸡蛋·2023-09-19 14:18

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