illumina测序

illumina测序

原理illumina测序的技术核心原理是相同的都是边合成边测序的方法，它的测序过程主要分为四步：构建DNA文库利用超声波把待测的DNA样本打断成小片段，目前除了组装之外和一些其他的特殊要求之外，主要是打断成
半夜一更·2021-08-02 13:22

生物数据格式 - SAM/BAM

格式sam文件是短序列比对生成的文件，是二代测序中最核心的文件。在RNAseq，变异检测等分析中，都需要首先生成sam文件格式。
半夜一更·2021-08-01 14:52

使用immunarch包进行单细胞免疫组库数据分析（一）：包的简介与安装

使用immunarch包，使得免疫组库测序数据的分析变的尽可能轻松，并帮助您专注于研究而非编程。为什么使用immunarch？
Davey1220·2021-07-30 11:38

转录组分析(3) - 质量控制

目的现在的NGS测序，以illumina为首基本都是运用边合成边测序的技术。碱基的合成依靠的是化学反应，这使得碱基链可以不断地从5'端一直往3'端合成并延伸下去。
半夜一更·2021-07-27 16:01

使用oncoPrint绘制瀑布图

杀杀生信分析中，我们在全基因组测序后会获得分子突变谱信息，如何直观地将各种疾病分子亚型下的基因突变特征，以及分子共突变/互斥突变的特征展示出来呢？
不会生信哟·2021-07-25 17:51

名词解释：测序深度&RPKM、FKPM、TPM

测序深度(SequencingDepth)相当于测了几遍；指测序得到的总碱基数（bp）与所测物种基因组大小的比值，其是评价测序量的重要指标之一；如：测序产生了1000条读段（read），每条读段的长度为
小贝学生信·2021-07-21 09:36

零基础教程 | 叶绿体基因组组装 - GetOrganelle

以前对某个物种的群体重测序数据做过一些类似的叶绿体基因组组装工作，大体策略是使用近源物种叶绿体基因组为参考，进行有参考组装。绝大部
生信石头·2021-07-18 16:42

m6A图文复现02-数据下载和质控

现在m6A的实验方法也早已经更新迭代，得到的测序数据
_十三·2021-07-14 00:33

20个转录组基本知识点

随着测序成本的不断下降，转录组测序分析已然成为生物学及医学研究不可或缺的技术手段。重点介绍一下转录组测序分析的相关知识。QuestionandAnswer1、什么是转录组测序？
上官万尘·2021-07-12 09:46

Genomic Data Science- JHU Course 4 Algorithm for DNA Sequencing 笔记

Coursera上，JohnHopkinsUniversity的GenomicDataScience的Course4，Course3主要讲的是python的基础，因此直接略过，Course4讲的就是和测序比对算法有关的东西了
精神秃头生信小伙儿·2021-07-08 10:13

RNA-Seq数据分析：cutadapt+hisat2+samtools+stringtie+deseq2

参考教程：GriffithLabtutorialrawdata/PFdata/Q30data/cleandata的不同数据：线虫转录组测序PFdata（双端测序）;流程：cutadapt去接头;hisat2
zyp1997·2021-07-01 09:23

单细胞笔记2-inferCNV的使用

介绍inferCNV是用于单细胞测序数据推断肿瘤细胞拷贝数变异的工具。引言之前我做inferCNV都是仅仅出一张图，肉眼验证一下Seurat分群是否正确，没有利用其中间产生的大量有意义的文件。
江湾青年·2021-06-30 15:35

2021-03-11 测序线性化深度图

有关步骤可以参考之前的2020-04-23绘制Circos图之二测序深度https://www.jianshu.com/p/ce76f043b45f首先需要生成一个bed文件的滑窗RNA转录组测序完成后
zebra_mito·2021-06-30 10:38

生统笔记1- 转录组差异表达分析中的log2FC和FDR

由于转录组测序的差异表达分析是对大量的基因表达值进行独立的统计假设
江湾青年·2021-06-30 10:27

疫情.怡情(之四百八十五)

世界各地的实验室都在努力尽快捕获和对感染者样品进行测序，以了解疫苗接种产生的抗体是否可以识别和抵抗冠状病毒的新“面孔”。现在De
飞扬的雪ing·2021-06-29 12:01

单细胞技术画像一览

免疫细胞方向：自身免疫疾病、血液系统病等免疫相关的疾病（重点关注T细胞和B细胞）具体可以分为8个方向：图片摘自我的之前的推文单细胞scRNA-seq学习笔记1-单细胞测序基础知识(https://www.jianshu.com
天涯清水·2021-06-27 19:06

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我睡咯高铁汤婆子上楼怕雨say伟up测序就业寄生前夜进群up阿土么里我打篮球我饿路唔肯雨伞突击可恶是咯玉TM库恩这家伙的旅游吐了U盘最后我DJ驱蚊液疾控无图AK卡罗饿了就都没他就是楼盘无咯呀！
月光下跳舞的草·2021-06-27 17:17

基因组Survey(二代测序数据质控）

2021-06-26一.为什么要做基因组Survey?Survey分析要做什么数据准备？（1）QC方法介绍（2）NT方法介绍1.为什么要进行Survey分析？2.Survey分析数据准备3.Survey数据质控软件4.重点总结1.为什么要进行Survey分析（目的）？1.1Survey方案通过质控、NT比对，获得高质量的cleandata，为后续分析奠定良好基础；基因组Survey基于小片段文库的
my_summer_time·2021-06-27 17:49

2020.6.14简报

“北京进入非常时期”，丰台区花乡地区升级为高风险地区；疾控专家：新发地病毒基因测序发现来自欧洲方向；供应充足！
爱上声乐系·2021-06-27 16:24

【文献】免疫组库的高通量测序

大规模并行高通量测序允许数百万不同的T细胞受体基因从一个单一的血液或组织样本的特点。然而，免疫系统的异常
巴拉巴拉11·2021-06-27 14:01

单细胞入门【2】：scRNA-seq测序数据的计算分析指南

单细胞入门【1】：单细胞测序方法该如何选择？02scRNA-seq测序数据的计算分析指南scRNA-seq是一种流行且功能强大的技术，可分析大量单个细胞的整个转录组。
尐尐呅·2021-06-27 11:16

分析测序杂合度

因为minia使用会断，不知道为何，而reduands安不上服务器，故想着使用soapdenove2组装第一步是质量控制，用fastp即可二，基因杂合度。home/train/biosoft/gce-1.0.0/kmerfreq/kmer_freq_hash/kmer_freq_hash-k17-lread_list-i450000000-t64-pspecies&>kmer_freq.logho
记号晴系·2021-06-27 03:31

单细胞CNS文章复现Single-cell profiling of tumor heterogeneity and the microenvironment in advanced non-s...

作者通过对42例晚期肺癌进行单细胞测序，描绘了晚期肺癌的单细胞微环境图谱，为肺癌的精准靶向治疗提供了有益参考。image.png要复现的是这两张图。b和d,一张是按细胞类型分开，一张是按病人分开。
Seurat_Satija·2021-06-26 23:32

FWER和FDR(False Discovery Rate)

随着测序技术的发展，对于组学数据进行大规模的假设检验成为了可能。而最初通过取一个简单的cutoff(pvalue<0.05或pvalue<0.01)判断是否显著出现了很大的问题。
坐看云起时zym·2021-06-26 21:56

【陪你学·生信】六、当你有一段待分析的氨基酸序列

这一推送将简单介绍：1.寻找蛋白质结构域2.简单预测序列的理化性质4.预测蛋白酶降解位点5.预测卷曲螺旋区域（coiled-coildomains）6.预测翻译后修饰再介绍之前说过的网站，这一章会用到很多次
乔伊nikkie·2021-06-26 12:10

使用Trimmomatic过滤低质量序列

测序得到的rawreads一般多少会有些质量低或者带有adapters的序列，而Trimmomatic是一个很好的用来处理Illumina公司rawreads的软件。
井底蛙蛙呱呱呱·2021-06-26 10:03

Trim Galore ——自动检测adapter的质控软件

之前分析过的测序数据，数据质量都很好，给了我一个错觉质控的前后差别不是很大，内心里对质控这一步也就不是很重视，跑完质控有时也懒得看结果，拿到一批测序数据后，也总是忽略了去看测序策略是什么，按照固定的流程用
六六_ryx·2021-06-26 06:22

背景：全基因组分析造血细胞中的DNA甲基化：WGBS的DNA甲基化分析

全基因组分析造血细胞中的DNA甲基化：WGBS的DNA甲基化分析FirstOnline:23July2017译者注意：文章感觉什么都没说，也就是讲一下背景，测序中的步骤，可以了解一下，中间经过了什么处理
Amy_Cui·2021-06-26 06:59

单细胞测序揭示COVID-19患者支气管肺泡免疫细胞图谱

Single-celllandscapeofbronchoalveolarimmunecellsinpatientswithCOVID-19文章对13例感染SARS-CoV-2患者支气管肺泡灌洗液（BALF）样本的单细胞测序数据进行了分析
YonghuiYing·2021-06-25 19:45

基因革命

未来的医学一定是基因层面的，我们今天能做的，是可以先做一个基因测序，更进一步地了解自己。
六爸啦啦啦·2021-06-25 14:04

综述 | 集成多组学数据的机器学习在生物学和医学中的应用：原则、实践与机会

正好我的研究生导师希望我未来能够承担一项单细胞测序分析的课题，于是送我去了华大基因青岛研究院学习单细胞转录组测序，顺便在那边
切瓜少年·2021-06-25 10:58

NMPA批准的肿瘤-NGS IVD产品 — step8 飞朔-人EGFR/KRAS/BRAF/HER2/ALK/ROS1 基因突变检测试剂盒（半导体测序法）

一、注册信息注册信息二、配套软件信息无三、伴随诊断用途的基因变异类型及相应的靶向药物伴随诊断用途的基因变异类型及相应的靶向药物四、未经伴随诊断验证的基因突变类型未经伴随诊断验证的基因突变类型五、产品预期用途和检测原理产品预期用途和检测原理六、生信质控点生信质控点七、所用软件及参数所用软件及参数八、可检测突变类型列表可检测突变类型列表
小灰灰不会飞那又怎样·2021-06-25 06:39

考拉完整基因组终获破译，科学家揭开毒性桉树叶饮食谜题

7月2日，顶级学术期刊《自然》发表文章，科学家已经对考拉的基因组进行了完整测序。这意味着人们将能够充分地解读这种偶像级有袋哺乳动物的DNA序列。
大狗说·2021-06-25 00:38

bowtie序列比对软件的使用（2019.4.19）

换言之，bowtie非常适合下一代测序技术。下面是官方的简短介绍：Bowtieisanultrafast,memory-ef
L_bd68·2021-06-24 20:59

2019-07-07 Day7_ZHI

最后一天的学习内容了解测序知识短时间内的测序背景知识了解，暂时只能了解一个框架。测序梗概.png组学.png
LIN_5622·2021-06-24 18:32

Seurat的单细胞免疫组库分析来了！

使用Seurat进行单细胞VDJ免疫分析NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析
生信宝典·2021-06-24 18:47

基因组-GC偏好

GC偏好通常存在于二代测序技术。1、什么是GC偏好？
Zhigang_Han·2021-06-24 07:40

改善mosdepth输出结果的python脚本

mosdepth是一个用于计算测序深度的软件使用方法可参考下面这篇文章https://www.jianshu.com/p/6bd56cd8d59emosdepth在计算一个区间的测序深度时，会用这个区间所有碱基比对到的
邱俊辉·2021-06-24 05:33

基因检测，迎来“全民时代”

随着基因测序成本下降，基因筛查渐渐走进临床，成为平民能消费得起、政府能承担得起全民医疗项目。
环麦·2021-06-24 01:07

windows下安装VituralBox以使用Linux系统分析数据

##出发点一直以来，别人找过来，说是要**讨论生物信息**、**讨论高通量测序**，很抱歉，我从一开始就会亮出底牌，**我是做生物的，不是做生信的**。没错，我就是一个做生物的。
生信札记·2021-06-24 00:21

微生物多样性（扩增子/16S rDNA测序）—差异分析方法描述

一、差异分析内容及意义a)随机森林模型（RandomForest）一种非线性分类器，挖掘变量之间复杂的非线性的相互依赖关系。意义：找到能够区分两组样品间差异的关键OTU。b)交叉验证（Crossvalidation）对随机森林筛选出的关键OTU组成进行遍历。意义：以期用最少的OTU数目组合构建一个错误率最低的高效分类器。c)ROC曲线（接收者操作特征曲线）属于二元分类算法，用来处理只有两种分类的问
JarySun·2021-06-23 09:01

NCBI 子数据库SRA/EMBL子数据库ENA的高级检索及数据下载

参考：https://www.jianshu.com/p/cf0a7b937413NCBI子数据库SRA是存储高通量原始测序数据的数据库，发测序类文章，审稿人都会要求你在NCBI提交原始测序数据，有助于后续有人继续分析
佳名·2021-06-23 03:06

2021-02-14 单细胞转录组学鉴定人类垂体发育过程中的不同发育谱系轨迹

单细胞测序与胚胎发育研究
呆子鱼·2021-06-23 02:34

BLAST结果可视化

老板就是上帝上帝说要有光，于是就有了光导师说要有可视化结果，于是我努力把结果可视化~前情提示为了知道测序reads中污染物的来源，我们之前学习使用了blast，甚至为了追求速度，我们进一步学习使用了blat
鹿无为·2021-06-22 21:34

14种单细胞测序去批次效应哪家强

今天跟大家分享的是2020年1月发表在GenomeBiol.（IF：14.028）杂志上的一篇文章Abenchmarkofbatch-effectcorrectionmethodsforsingle-cellRNAsequencingdata.在文章中作者基于10个人和鼠的dataset，使用t-SNE和UMAP可视化技术，结合kBET、LISI、ASW、ARI和DEG等基准度量，来评估对14种去
科研菌·2021-06-22 19:53

生信 | 基因组组装实战（二）：Survey数据质控、NT比对

写在前面以下内容均来自我在菲沙基因（Frasergen）暑期生信培训班上记录的课堂笔记1.Survey分析的目的看我上一次的：生信|基因组组装实战（一）：基础知识与基本思路2.Survey分析所需要的数据二代基因组高通量测序
生信卷王·2021-06-22 15:57

物种丰度聚类热图

热图在生物学领域应该广泛，尤其在高通量测序的结果展示中很流行，如样品-基因表达，样品-OTU相对丰度矩阵非常适合采用热图呈现。
吴十三和小可爱的札记·2021-06-22 14:46

StatQuest学习笔记02——样本量与重复

此时我们先对A进行采血，A的血样我们会检测3次，这3次就叫技术重复（technicalreplicates），因为我们是对同一个样品进行了测序，研究其基因表达谱，这其实类似于我们做RT-qPCR中的复孔
backup备份·2021-06-22 11:30

【陪你学·生信】五、当你有一段待分析的DNA序列

这一推送将介绍当你测序得到一段DNA序列后，可能会用到的基础操作。一、拿到序列结果后，首先剔除可能的错误一般送测序的样品往往经历纯化，克隆，转化等操作。期间不可避免会混有不是目标序列的片段。
乔伊nikkie·2021-06-22 10:15

本次东莞疫情与广州疫情分别来自不同的传染来源

6月20日晚，东莞再次召开新闻发布会，通报称：6月18日确诊的、家住百悦尚城小区的李某的阳性标本，经省疾控中心样本二代基因测序结果显示：样本的覆盖度为99.99%，属于Delta株。
新华网·2021-06-22 08:51
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