illumina测序

本次东莞疫情与广州疫情分别来自不同的传染来源

6月20日晚，东莞再次召开新闻发布会，通报称：6月18日确诊的、家住百悦尚城小区的李某的阳性标本，经省疾控中心样本二代基因测序结果显示：样本的覆盖度为99.99%，属于Delta株。
新华网·2021-06-22 08:51

本次东莞疫情与广州疫情分别来自不同的传染来源

6月20日晚，东莞再次召开新闻发布会，通报称：6月18日确诊的、家住百悦尚城小区的李某的阳性标本，经省疾控中心样本二代基因测序结果显示：样本的覆盖度为99.99%，属于Delta株。
新华网·2021-06-22 07:16

本次东莞疫情与广州疫情分别来自不同的传染来源

6月20日晚，东莞再次召开新闻发布会，通报称：6月18日确诊的、家住百悦尚城小区的李某的阳性标本，经省疾控中心样本二代基因测序结果显示：样本的覆盖度为99.99%，属于Delta株。
新华网·2021-06-22 05:41

本次东莞疫情与广州疫情分别来自不同的传染来源

6月20日晚，东莞再次召开新闻发布会，通报称：6月18日确诊的、家住百悦尚城小区的李某的阳性标本，经省疾控中心样本二代基因测序结果显示：样本的覆盖度为99.99%，属于Delta株。
新华网·2021-06-22 04:07

本次东莞疫情与广州疫情分别来自不同的传染来源

6月20日晚，东莞再次召开新闻发布会，通报称：6月18日确诊的、家住百悦尚城小区的李某的阳性标本，经省疾控中心样本二代基因测序结果显示：样本的覆盖度为99.99%，属于Delta株。
新华网·2021-06-22 03:32

本次东莞疫情与广州疫情分别来自不同的传染来源

6月20日晚，东莞再次召开新闻发布会，通报称：6月18日确诊的、家住百悦尚城小区的李某的阳性标本，经省疾控中心样本二代基因测序结果显示：样本的覆盖度为99.99%，属于Delta株。
新华网·2021-06-22 02:57

当基因组实现3D定位，基因改写将不再遥远

1990年，美国能源部（DOE）和美国国立卫生研究院（NIH）与国际机构合作，对人类基因组中的所有30亿个碱基对进行测序，这成就了后来我们所知的人类基因组计划（HGP）。
先声会·2021-06-22 01:05

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6月20日晚，东莞再次召开新闻发布会，通报称：6月18日确诊的、家住百悦尚城小区的李某的阳性标本，经省疾控中心样本二代基因测序结果显示：样本的覆盖度为99.99%，属于Delta株。
新华网·2021-06-22 01:22

SRA、SAM以及Fastq文件高速下载方法

NCBI-SRA和EBI-ENA数据库SRA数据库:SequenceReadArchive：隶属NCBI(NationalCenterforBiotechnologyInformation)，它是一个保存高通量测序原始数据以及比对信息和元数据
Seurat_·2021-06-22 00:03

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6月20日晚，东莞再次召开新闻发布会，通报称：6月18日确诊的、家住百悦尚城小区的李某的阳性标本，经省疾控中心样本二代基因测序结果显示：样本的覆盖度为99.99%，属于Delta株。
新华网·2021-06-21 23:17

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6月20日晚，东莞再次召开新闻发布会，通报称：6月18日确诊的、家住百悦尚城小区的李某的阳性标本，经省疾控中心样本二代基因测序结果显示：样本的覆盖度为99.99%，属于Delta株。
新华网·2021-06-21 22:12

本次东莞疫情与广州疫情分别来自不同的传染来源

6月20日晚，东莞再次召开新闻发布会，通报称：6月18日确诊的、家住百悦尚城小区的李某的阳性标本，经省疾控中心样本二代基因测序结果显示：样本的覆盖度为99.99%，属于Delta株。
新华网·2021-06-21 21:37

SPAdes与Velvet拼接序列 及QUAST评价两者差异

背景：目前用于新一代的测序的主要仪器有Illumina/Solexa的GenomeAnalyzer、ABI的Solid和Roche的454，它们都能高通量的测序，产生大量的测序结果。
古月福_·2021-06-21 20:38

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6月20日晚，东莞再次召开新闻发布会，通报称：6月18日确诊的、家住百悦尚城小区的李某的阳性标本，经省疾控中心样本二代基因测序结果显示：样本的覆盖度为99.99%，属于Delta株。
新华网·2021-06-21 20:32

链特异性测序的理解 小RNA链特异性

1、链特异性测序的目的现在二代测序主要有PE和SE两种策略，PE主要用于RNA-seq，SE主要用于小RNA测序（短片段文库测序）。
今天没回家·2021-06-21 20:52

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6月20日晚，东莞再次召开新闻发布会，通报称：6月18日确诊的、家住百悦尚城小区的李某的阳性标本，经省疾控中心样本二代基因测序结果显示：样本的覆盖度为99.99%，属于Delta株。
新华网·2021-06-21 18:26

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6月20日晚，东莞再次召开新闻发布会，通报称：6月18日确诊的、家住百悦尚城小区的李某的阳性标本，经省疾控中心样本二代基因测序结果显示：样本的覆盖度为99.99%，属于Delta株。
新华网·2021-06-21 17:50

测序数据过滤

前文我们提到，下机数据中可能包含以下几类不合格数据：测序质量低：低质量碱基(即质量分数为小于10的碱基)占整条序列的30%以上。序列含接头：接头序列未去除干净或者由于测序读长较短测穿了的数据。
正踪大米饭儿·2021-06-21 17:02

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新华网·2021-06-21 16:44

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新华网·2021-06-21 15:09

如何高效而且优雅地比较多物种的不同基因组区域？

写在前面高通量测序技术的普及，带来的是遍地的基因组。昨日，OneKP项目又发了一个Paper【因为很久以前他们就发过，数据也早就可以获取】。
生信札记·2021-06-21 14:23

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新华网·2021-06-21 14:03

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新华网·2021-06-21 12:58

实验记录5：.h5文件解析为.tsv和.mtx格式

在使用Seurat包读取10Xgenomics测序数据时，我发现github上有很多人面临着与我同样的问题：hdf5r包无法安装，因此在调用Read10X_h5函数时会出现以下报错信息：ErrorinRead10X_h5
MC学公卫·2021-06-21 11:32

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新华网·2021-06-21 11:54

本次东莞疫情与广州疫情分别来自不同的传染来源

6月20日晚，东莞再次召开新闻发布会，通报称：6月18日确诊的、家住百悦尚城小区的李某的阳性标本，经省疾控中心样本二代基因测序结果显示：样本的覆盖度为99.99%，属于Delta株。
新华网·2021-06-21 10:50

本次东莞疫情与广州疫情分别来自不同的传染来源

6月20日晚，东莞再次召开新闻发布会，通报称：6月18日确诊的、家住百悦尚城小区的李某的阳性标本，经省疾控中心样本二代基因测序结果显示：样本的覆盖度为99.99%，属于Delta株。
新华网·2021-06-21 09:17

本次东莞疫情与广州疫情分别来自不同的传染来源

6月20日晚，东莞再次召开新闻发布会，通报称：6月18日确诊的、家住百悦尚城小区的李某的阳性标本，经省疾控中心样本二代基因测序结果显示：样本的覆盖度为99.99%，属于Delta株。
新华网·2021-06-21 07:44

盲人摸象--single cell sequencing的Seurat学习--详细版

首先本人对单细胞测序数据的处理一无所知，但看过一些单细胞测序的文章，有一些R语言基础和跑过一些RNA-seq上游分析的经验，流程是跑过但debug是全不会。
冻春卷·2021-06-21 07:55

扩增子分析：16s rRNA分析snakemake流程

扩增子测序是分析环境微生物的常见手段，通常使用的是16srRNA片段。16srRNA分析主要有质控、去冗余、聚类OTU、去嵌合体、生成OTU表和物种注释等步骤。
华仔少年·2021-06-21 05:23

介绍两款新的小白也能用的微生物组数据分析平台

01CoMA能够处理来自NGS平台的数据，包括IlluminaMiSeq，IlluminaHiSeq或IlluminaNovaSeq，还可以处理以前的454焦磷酸测序技术。
谷禾健康·2021-06-21 03:19

R plus 生物~Bioconductor

随着NGS测序的普及，R语言的生信专业社区Bioconductor诞生，开启了生物信息的R语言时代。
刘小泽·2021-06-21 00:47

miRdeep

1.构建参考基因组的序列的indexbowtie-buildreference.fastareference2.将测序序列比对到参考基因组这里的输入序列可以是seq.txt，qseq.txt，fasta
小七玩数据·2021-06-20 23:38

RNA-seq从入门到自闭（前言+数据获取）

https://www.jianshu.com/p/c8b08314e133整体上，覆盖了数个功能，四个插件：SRA数据查询与整理：SRAXMLtoTable，见推文：挖掘SRA的辅助小工具（NCBI高通量测序数据收录库
邵扬_Barnett·2021-06-20 17:03

单细胞转录组：Smart-seq 2还是10X Genomics Chromium?

应用单细胞测序技术研究科学问题越来越普遍，当下应用最火热的是10XGenomics公司的Chromium解决方案（以下简称10X）。
易基因科技·2021-06-20 14:24

扩增子分析

微生太扩增子分析系列第八节：QIIME2+GalaxyPICRUSt进行16S功能预测扩增子测序是一种二代靶向测序技术，它使用PCR技术来生成称为扩增子的DNA序列，它简单、快速、应用广泛。
高锰酸钾配甲醛_ab83·2021-06-20 13:06

基因组文章构成

1.genomesurvey数据过滤去除测序原始数据中可能包含低质量、接头污染以及含N过高的readsNT比对通过BLAST对下机数据过滤后的有效数据进行NT比对评估，如果有较高比例的序列同时比对到非近源物种的基因组上
颤抖吧__小虫子·2021-06-20 12:03

ChIP-seq和CUT&Tag技术

ChIP-seq：利用染色质免疫共沉淀+高通量测序研究某种蛋白质结合的基因组区域染色质由DNA、组蛋白等组成：1.pngDNA将组蛋白“打包”，起到调控基因比如激活/沉默的作用：2.png1.甲醛交联：
Ann_0822·2021-06-20 10:41

单细胞数据分析神器——Seurat

在2015年至2017年，甚至对某细胞群体或组织进行单细胞测序，解析其细胞成分就能发一篇CNS级别的文章。
呆呆聊生信·2021-06-20 07:03

【RSS】[2] Multiqc整合多样本FASTQ files

参考fastqc是一款基于java的软件，能够对测序数据的质量进行评估。
RachaelRiggs·2021-06-20 05:43

Trimmomatic：用于Illumina NGS数据的灵活读取修剪工具

数据质控软件：官网：http://www.usadellab.org/cms/index.php?page=trimmomatic手册：http://www.usadellab.org/cms/uploads/supplementary/Trimmomatic/TrimmomaticManual_V0.32.pdf个人觉得，直接看上面pdf，然后尝试提交一个代码，理解代码的参数含义，比较质控前后f
Amy_Cui·2021-06-20 03:00

第05周-空间单细胞DNA测序

空间单细胞DNA测序空间单细胞DNA测序技术：TopographicSingleCellSequencing发表于2018年CELL杂志，文章题目是：MulticlonalInvasioninBreastTumorsIdentifiedbyTopographicSingleCellSequencing
小梦游仙境·2021-06-19 20:04

基于10x Genomics单细胞测序技术解析新冠肺炎患者康复期血液免疫细胞图谱

文章名称：ImmuneCellProfilingofCOVID-19PatientsintheRecoveryStagebySingle-CellSequencing发表期刊：medRxiv发表单位：第二军医大学国家肝癌科学中心、中山大学中山眼科中心、军事科学院军事医学研究院和北京贝瑞和康生物技术有限公司等发表时间：2020年3月27日应用技术：10xGenomics单细胞5’转录组+V(D)J研
贝瑞科服·2021-06-19 19:18

GEO与SRA数据库|编号的对应与数据批量下载

记录测序或芯片的平台，对于芯片平台，其包含基因-探针对应关系的表格。关于平台的描述由厂家提供，ID由数据上传者提供。GSE，SeriesID。记录实验项目，即包含所有有关联的样品形成的有目的的研究。
FU·2021-06-19 17:23

测序数据质控和预处理之fastp

1.引言下机的FASTQ数据通常需要进行质控和预处理，以保证下游分析输的准确性。fastp软件仅扫描数据文件一次，就可以完成FASTQC+cutadapt+Trimmomatic的功能；而且它使用C++开发，利用高效算法，并且支持多线程，加快了处理速度。2.特点对输入和输出数据进行详尽的质量剖析，生成人性化的报告。(qualitycurves,basecontents,KMER,Q20/Q30,G
吴十三和小可爱的札记·2021-06-19 14:42

nanopore 分析流程

单分子纳米孔测序https://poretools.readthedocs.io/en/latest/index.html#三代测序技术测序技术2019年8月综述纳米孔测序液体活检的纳米孔测序：肺癌患者无细胞
wo_monic·2021-06-19 12:42

2019-07-29 【三代测序】-PacBio网站软件集合

CompatibleSoftwareThefollowingsoftwarepackagesareknowntobecompatiblewithPacBio®data,inadditiontoPacBio'sownSMRT®Analysissuite.Allpackagesarebelievedtobeopensourceorfreelyavailablefornon-commercialuse.
老_Z·2021-06-19 12:40

粪便DNA提取试剂的选择

宏基因组研究囊括了所有细菌、真菌的全部基因组DNA，通过克隆、测序、异源表达，筛选目的基因及其产物。其中很重要的一步就是粪便DNA提取，一般试剂盒都是采用离心柱法进行基
呆萌的大脸猫·2021-06-19 09:04

批次效应

大型的单细胞测序项目一般都会产生许多细胞，这些样本制备过程很难保持时间一致、试剂一致，另外上机测序的时候也不一定在同一个测序仪上。
艾文燕君·2021-06-19 08:51

基因组测序数据从头拼接或组装算法的原理

基因组测序数据的拼接/组装（图片来源：google）每一个物种的参考基因组序列（referencegenome）的产生都要先通过测序的方法，获得基因组的测序读段（reads），然后再进行从头拼接或组装（
flynnchan·2021-06-19 01:28
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