m6Areader鉴定的经典套路——m6A修饰RNA探针的RNApulldown结合质谱。今天分享的这项研究就是使用这种方法鉴定到新的m6Ainteractor——IGF2BP1-3。

今天分析的两个研究是同期发表于Molecularcell上的关于mTORC1调控m6A修饰的功能与机制。

N6-methyladenosine(m6A)是真核生物mRNA中最丰富的可逆甲基化修饰。近年来，许多研究集中在m6a修饰的mRNA的生物学功能上。m6A修饰被

Sevofluraneimpairsm6A-mediatedmRNAtranslationandleadstofinemotorandcognitivedeficits这是2021年4月发表在CellBiolToxicol上的关于“七氟烷损害m6A

RNA甲基化作为近年的研究热点，为科研人员解读生物学问题提供了新的观察角度，其相关研究受到国自然科学基金的青睐，同时，文章成果频发。此前，我们分享了“研究思路”和“生信分析流程”等内容。我们一起看下2021上半年的文章发表情况。利用PubMed检索m6ARNA甲基化，以下数据仅为我们检索所得结果：1.2021上半年RNA甲基化文章发表588篇，IF累计5041.23，平均IF达到8.573，整体分

1.文献信息标题：Geneticdriversofm6Amethylationinhumanbrain,lung,heartandmuscle发表时间：2021年7月1日杂志：NatureGenetics（2020IF=27.605）作者：麻省理工学院计算机与人工智能实验室ManolisKellis课题组数据和方法主要数据image-20210711235626527.pngm6AmeRIP–se

随着时间的流逝，很多旧的热点都不好发了，例如细胞焦亡、铁死亡、m6A等。既然旧的热点不好发，就需要找新的热点来做纯生信。提到了新的热点，有人就会问有没有新热点推荐？

无论是SCI高分文章还是国自然中标项目，都能看出这两年m6A真的很热。

Generalusage—bedtools2.31.0documentationhttps://bedtools.readthedocs.io/en/latest/content/general-usage.htmlBED格式（BrowserExtensibleDataformat）是一种在生物信息学中广泛使用的文本文件格式，用于描述基因组上的特征和区域。BED文件通常包含基因组坐标、特征的名称、

20210704一、精细解读文献一文献题目：Geneticdriversofm6Amethylationinhumanbrain,lung,heartandmuscle不想看英文题目：人脑、肺、心脏和肌肉中m6A

结果解读：MG相关m6A修饰调控因子的鉴定在这项研究中，作者比较了MG样本和健康样

研究表明，m6A在不同组织，细胞系中是一个复杂的调控网路，m6ARNA甲基化参与RNA的代谢过程，并与肿瘤的发生和发展密切相关。

结果解读：m6A甲基化调节

结果解读：m6A相关基因的遗传变异为了分析ESCA患者m6A相关基因的整体表达情况，本文首先分析了突变和基因表达水平，包括单核苷酸多态性（SN

结果解读：在训练集中，基于3个与m6A相关的长非编码RNA建立了一个预后标志在基于276个m6A相关lncRNA的表达水平对EC

结果解读：脓毒症中m6A调节因子的转录改变为了鉴定脓毒症患者中编码m6A调节因子的差异表达基因，使用“limma”软件包进行差异表达

☞m6A甲基化相关基因集☞铁死亡相关基因集☞SCI文章中经常出现的免疫相关基因集基本套路都是先做差异表达分析，然后跟这些热点的基因集取个交集，然后再做后续分析。

我相信大家在看m6a甲基化相关的文章的时候应该会经常看到下面这样的相关性图。就是m6a甲基化相关基因两两之间表达的相关性。今天小编就带大家来重现这张图。

Analysisandidentificationofm6ARNAmethylationregulatorsinmetastaticosteosarcoma转移性骨肉瘤中m6ARNA甲基化调节因子的分析和鉴定发表期刊：MolTherNucleicAcids发表日期：2021Dec11DOI:10.1016/j.omtn.2021.12.008期刊相关信息一、背景骨肉瘤（OS）的特征是快速生长和早期

NatureCommunications的文章——Anoncopeptideregulatesm6Arecognitionbythem6AreaderIGF2BP1andtumorigenesis.N6-甲基腺苷（m6A

一.研究背景近两年，科学家们首次发现了一种可逆性的RNA甲基化—m6A，m6A是真核生物mRNA中最常见的修饰[1]，m6A修饰能调控基因表达、蛋白质的转录和mRNA的可变剪切[2,3]。

【1】M6ARNA甲基化介导的RMRP稳定性通过调控TGFBR1/SMAD2/SMAD3通路，导致非小细胞肺癌的增殖和进展2021-11-04报道，基于TheCancerGenomeAtlas数据库的综合分析，作者发现线粒体RNA加工核糖核酸内切酶(MitochondrialRNAProcessingEndoribonuclease,RMRP)的lncRNA-RNA组件是与NSCLC低生存率相关的

文献：Ries,R.J.,Zaccara,S.,Klein,P.,Olarerin-George,A.,Namkoong,S.,Pickering,B.F.,...&Jaffrey,S.R.(2019).m6AenhancesthephaseseparationpotentialofmRNA.Nature,571(7765),424-428.相关同类型文献：Dynamicm6Amethylatio

m6A是癌症研究的热点，而今天小编要和大家分享的是今年一月份发表在MolecularCancer（IF:15.302）杂志上的关于泛癌中m6A相关长非编码RNA的文章。

前面给大家简单介绍过m6A甲基化的概念，也给大家介绍了☞m6A甲基化数据分析流程☞corrplot展示m6a甲基化基因表达相关性☞m6a甲基化相关基因boxplot并显示p值☞m6a甲基化相关基因根据临床信息分组绘制

目前已知的RNA修饰有100多种，其中RNA甲基化修饰占60%以上，而m6A(N6-甲基腺嘌呤)作为高等生物RNA上最为普遍的修饰，近几年的热度只增不减。

例如m6A在2019年到2020年期间可以轻松发表生信SCI，但是到了2022年，这个热点的生信文章就基本发不出去

m6ARNA甲基化真核生物RNA携带100多种化学修饰，其中RNA甲基化修饰约占60%，而N6-甲基腺嘌呤（m6A）在RNA甲基化修饰中最为普遍，占有率高达80%。

6-甲基腺苷(m6A)是mRNA中含量最丰富、特征较好的内部修饰，其作用是调节胚胎干细胞和癌细胞的自我更新，有利于热休克或DNA损伤后的生存。除了m6A修饰在mRNA中的作用外，m6

当时给大家举的例子是m6A（详细看副推哦）,最后给大家讲了一个铁死亡思路的分型版本，生信人这次又一语中的了（凡尔赛一下，吼吼），毕竟铁死亡真的很火，发文那么快也是情理之

Theinterplaybetweenm6AmodificationandnoncodingRNAincancerstemnessmodulation:mechanisms,signalingpathways,andclinicalimplicationsm6A修饰和非编码RNA在肿瘤干性调节中的关系：机制、通路及临床意义m6A

N6-甲基腺嘌呤(m6A)是最普遍的mRNA修饰，在肿瘤发生调控中起重要作用。然而，对组蛋白乙酰化和m6ARNA修饰之间的互作研究仍然未知。

最近研究表明，m6A、m5C等RNA修饰可以影响RNA调控和鉴定mRNA修饰稳定性，从而揭示了另一层在调控基因表达中发挥重要作用的转录后调控。m6A在植物生长

话不多说，接下来我们就细数一下MeRIP-seq，都有哪些相关的验证实验吧~一、m6A区域验证首先，如果需要对m6A修饰位点进行严格的验证，可以用下面这个方法：1、m6A-IP-qPCRm6A-IP-qPCR

m6A甲基化是转录后调控中重要的表观遗传修饰方式，它普遍存在于病毒和真核生物中。

前面给大家介绍过☞m6a甲基化相关基因boxplot并显示p值在上面这篇文章里面我们直接根据样本类型来分成了两类，即tumor和normal。

一.研究背景m6A修饰广泛存在于哺乳动物细胞中，是mRNA以及lncRNA中最常见的表观修饰。m6A影响mRNA结构，成熟以及稳定性，从而调节蛋白质表达。

m6A被认为是最丰富的mRNA修饰，广泛分布在大多数真核生物中，包括哺乳动物、植物、昆虫、酵母和某些病毒。

1628943565(1).pngAbstract由于大多数研究都集中在肿瘤的内在致癌途径，因此N6-甲基腺苷(m6A)甲基化在肿瘤免疫微环境(TIME)中的潜在作用仍然难以捉摸。

文献来源于19年的NatureCommunication：RNAm6AmethylationregulatestheepithelialmesenchymaltransitionofcancercellsandtranslationofSnail，https://doi.org/10.1038/s41467-019-09865-9记录一下文章的设计思路：图1：EMTincancercellsisr

背景知识和展望m6ARNA甲基化广泛存在于mRNA、lncRNA和miRNA中，且m6A修饰是哺乳动物细胞中一种动态可逆过程，受甲基转移酶、去甲基化酶和结合蛋白的调控。m6A调节因子的表

#读取注释文件>read.table("PA_NC_specific.anno(distribution).txt",header=F,sep="\t",quote="")V1V2V3V4V5V6V7V8V9V10V11V12V13V141chr1205749988205749989chr1:205749771-205750206chr1205712819205750276ENST00000367

前沿表观遗传学，包括组蛋白共价修饰(covalenthistonemodification)、DNA甲基化修饰(DNAmethylation)、RNA甲基化修饰(RNAmethylation)、基因组印记(genomicimprinting)、基因沉默(genesilencing)、RNA编辑(RNAediting)及非编码RNA(noncodingRNA)等，是指在核苷酸序列不发生改变的情况下，

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。哺乳动物的损伤皮肤屏障完整性恢复通过创面愈合基本机制实现，这是一个包括凝血、炎症、再上皮化（re-epithelialization）、肉芽组织形成和疤痕重塑的多步骤过程。再上皮化是决定创面成功愈合的重要因素，再上皮化受损是创伤、糖尿病、血管疾病、感染或辐射导致的所有慢性创面无法愈合的原因。因此研究创面再上皮化调控机制具有重要的临床意义

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。RNA结合蛋白（RNA-bindingprotein，RBP）是一类结构和功能多样化的蛋白质，参与多种生物过程。越来越多的证据表明，RBP通过调控编码或非编码RNA的可变剪接、转运、稳定性、降解和翻译，在基因表达的转录后调控中发挥着关键作用，但RBP中RNA结合motif蛋白33（RNA-bindingmotifprotein33,RB

目前已知的RNA修饰有100多种，其中RNA甲基化修饰占60%以上，而m6A(N6-甲基腺嘌呤)作为高等生物RNA上最为普遍的修饰，近几年的热度只增不减。

随着m6A甲基化的发现和测序技术的发展，关于m6A的研究文章在各大高分杂志层出不穷，与此同时，m6A的研究也慢慢的进入精细化研究，这就出现了一个问题，下一步，m6A的研究应该如何开展。

m6A修饰是哺乳动物中最丰富和可逆的表观转录组修饰之一，可通过调节mRNA胞质转运、剪接、稳定性、结构和翻译从而影响各种生理和病理过程，因而在疾病发生发展、发育和分化以及环境暴露与响应（如污染、抗逆）等分子机制研究方向广泛应用

前面给大家陆续介绍了一些科研热点相关的基因☞m6A甲基化相关基因集☞RNAm5C甲基化相关基因列表☞铁死亡相关基因集☞铜死亡相关基因集☞SCI文章中经常出现的免疫相关基因集☞科研新热点——血管生成相关基因

1627897422(1).png越来越多的证据表明N6-甲基腺苷(m6A)在癌症进展中起着至关重要的作用。因此，我们旨在探索m6A相关基因在口腔鳞状细胞癌(OSCC)中的预后相关性。