ncbi 第6页

转录组练习（2）

原文地址：https://www.jianshu.com/p/16f40be759c8读文献下数据在NCBI查文章：AKAP95regulatessplicingthroughscaffoldingRNAsandRNAprocessingfactors.NatCommun2016Nov8

苏慕晨枫·2023-03-31 05:01

如何上传转录组数据到NCBI的SRA数据库

由于我的数据太差了，还是传到NCBI吧~第一步：打开NCBI主页，如下图第二步：选择SequenceReadArchive(SRA)，如图。

纤蹄马·2023-03-30 00:32

基因功能注释

常用的数据库：Nr：NCBI官方非冗余蛋白数据库，包括PDB,Swiss-Prot,PIR,PRF;如果要用DNA序列，就是nt库Pfam:蛋白结构域注释的分类系统Swiss-Prot:高质量的蛋白数据库

斩毛毛·2023-03-29 20:50

linux BLAST序列比对（nt/nr库）

blast软件安装从NCBI下载安装包https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blas

像鸟一样飞过你的高山·2023-03-29 04:20

生物信息大数据&数据库（NCBI、EBI、UCSC、TCGA）

想系统的学习生信数据库可以先看一下北大的公开课，有一章专门讲的数据库与软件：1-生物信息学：导论与方法北大\10生物信息数据库及软件资源一个优秀的生信开发者能够解决如下问题：如何鉴定一个重要的且没有被解决的生物学问题？如何将该问题转化为一个可计算的问题？如何提出一个解决此问题的算法？如何实现该算法？如何评估算法？生信工具使用者需要解决如下问题：每个方法解决的是哪个生物学问题？该方法有哪些基本的假设

weixin_34032621·2023-03-28 20:08

工具 | 生物信息学主要数据库与分析工具

一、重要门户网站和主要分子数据库重要门户网站美国国家生物技术信息中心（NationalCenterforBiotechnologyInformation,NCBI），www.ncbi.nlm.nih.gov

shwzhao·2023-03-28 05:57

TaxonKit | A Practical and Efficient NCBI Taxonomy Toolkit

一、NCBITaxonomy数据文件NCBITaxonomy数据库将所有生物的分类学关系组织为一棵“有根树”（rootedtree）,与进化树（Phylogenetictree）不同:进化树是按进化关系”组织，且可以为“无根树”(unrootedtree)。NCBITaxonomy公开数据格式有两种，旧的名称为taxdump.tar.gz，文件大小约50Mb，内含以下文件。nodes.dmp[当前

生信师姐·2023-03-28 03:31

上传序列数据到SRA

笔记内容：SRA是什么，点解要向它上传序列数据上传之前的准备如何上传SRA是什么，点解要向它提交序列数据SRA官方document.SequenceReadArchive(SRA)存储了NCBI上各研究所用到的序列数据

GPZ_Lab·2023-03-27 08:57

NCBI官方基因组坐标转换工具(一)

NCBI官方基因组坐标转换工具本文转载自网上教程首先强调这是一篇实用贴，做基因组学研究的朋友们也许经常会碰到准确获取基因或者某一功能位点在基因组上的位置的问题。

京古·2023-03-26 15:19

生物信息学数据库及在线工具汇总

核酸数据库NCBI[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/]NCBI(NationalCenterforBiotechnologyInformation）是指美国国立生物技术信息中心

Seurat_Satija·2023-03-26 11:47

基因组及gff3注释下载总结

文章会提供基因组及注释文件的下载链接，该下载链接是最直接最可靠的；（2）NGDC：国家基因组科学生物中心search，该网站是国内最大的基因组数据库，可通过拉丁文或NGDC版本号查询，该网站除了自己的数据库，还可以搜索并跳转到NCBI

geneonto·2023-03-26 06:20

本地化BLAST+详细使用方法

1989年，美国国家生物技术信息中心（NCBI）首次推出BLAST。自第一版以来，NCBI一直在维护和更新BLAST版本。

Boer223·2023-03-26 05:20

禾谷镰刀菌转录组分析--准备数据

1、准备数据：测序数据和参考基因组测序数据：NCBI中SRA数据库，Accession:PRJNA522013ASPERA，类似下载加速器，要安装在个人目录才能使用wgethttp://download.asperasoft.com

马连洼小法师·2023-03-25 21:07

下载小鼠基因组或者参考转录本数据

＃下载网页人类：GRCh39https://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly/GCF_000001635.27/image.png小鼠：GRCm39https://www.ncbi.nlm.nih.gov

不学无数YD·2023-03-24 19:01

bioconvert计算测序覆盖度并使用R语言ggplot2画折线图进行可视化展示

参考基因组下载自NCBIhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/FN433596下载原始测序数据最近发现了两个新方法一个是bioconvert可以直接下载还有一个工具是

小明的数据分析笔记本·2023-03-24 15:14

如何选择参考基因组和注释文件

参考基因组是生信分析的基础，重测、芯片、转录组等测序数据都需要首先与参考基因组进行比对，才能进行后续分析需要注意的是，下载的参考基因组一定要使用与其对应的注释文件，不能再Ensemble中下载参考基因组，却在NCBI

韩建刚（CAAS-UCD）·2023-03-24 14:03

PePr识别组蛋白修饰ChIP-seq差异峰+bed文件注释

Apache_lin·2023-03-24 11:12

ensembl_id转换之两种方法比较

一个基因在不同的数据库有不同的名字：1.EntrezgeneID：我们一般说的GnenID即EntrezgeneID，是用一串数字表示的（在NCBI里面用）2.GeneSymbol：可以理解为基因的官方名称

mayoneday·2023-03-23 20:01

Qiime2小bug

image.png最后发现问题是从NCBI下载的原始数据fastq有bug，每个文件最后都多了一个空行，心痛。gunzipSRR6651857.fastq.gz#解压wc-lSRR66

苏可_7fe6·2023-03-23 16:00

GWAS 数据格式说明

其变量构成：名称描述rs#SNP的标识符alleles基于NCBI数据库的SNP等位基因chromSNP所在的染色体posSNP在染色体上的位置strand相对于参考序列

陈光辉_花生所·2023-03-23 16:33

（日常记录）使用TBtools批量提取基因组中的CDS、UTR、exon等

一、准备基因组注释文件以及序列文件：1、可从NCBI、ENSEMBL、GENCODE等数据库中下载，本文以ensembl为例，打开ensembl数据库，进

重新开始_xy·2023-03-23 08:52

gene ID / Gene Symbol / Ensembl ID

1.各种ID名称介绍GeneID也称EntrezID/EntrezGeneID，是NCBI使用的能够对众多数据库进行联合搜索的搜索引擎,其对不同的Gene进行了编号,每个gene的编号就是entrezgeneid

期待未来·2023-03-23 08:10

2018-06-13 Use rpsblast to search Cdd database

scale100.0-dbtyperps-indextrueTheparameteraboveisdefault,sothefollowingcommandisOK,too.ThisisthesampleforCdd_NCBI.pninlargecdddatabase.makeprofiled

keaidelele·2023-03-22 20:31

生物信息学数据库导航

没人维护后部分的生物信息数据库就变得相当鸡肋因此需要对常用的生物信息学数据库进行总结与持续更新最近更新时间：2020-6-2使用方法：点击右键，选择查找可快速定位需要的数据库1.常用门户：美国国家生物技术信息中心(NCBI

牧小熊·2023-03-22 08:05

如何利用DNASTAR进行序列比对

1、打开NCBI，搜索基因12、找到该序列的CDS序列，输入到序列的标准格式的文件中点击CDS序列2复制该序列即可3输入到标准的SEQ格式中43、打开DNASTAR软件打开DNASTAR软件，File-EnterSequence

ShanSly·2023-03-22 07:46

RNA-seq上游流程

1.数据下载在ncbi找到要下载的sra样本，点击AccessionList下载所需要样本名，会生成SRR_Acc_List.txt的文件，将这个文件上传到linux端，再用prefetch下载ncbiprefetchcatSRR_Acc_List.txt

FANHONGZENG·2023-03-22 05:10

Mac上使用Aspera（图形界面版）

上面这个亲测可用（也是官网），至于百度搜索出来的官网，下载的地方卡住了，还有记得选择asperaconnect（官网上选择很多乱花渐欲迷人眼）2.去官网下载数据（记得使用Chrome浏览器）https://www.ncbi.nlm.nih.gov

桁_COLA·2023-03-21 03:35

nr/nt taxonomy scientific name

风风是超人原文链接：https://blog.csdn.net/qq_42962326/article/details/105081327NCBITaxonomy数据库wget-chttps://ftp.ncbi.nlm.nih.gov

小白菜学生信·2023-03-20 12:37

2019-12-30 WCGNA 2.0

#wget-cftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE48nnn/GSE48213/suppl/GSE48213_RAW.tar#tar-xfGSE48213_

Clouddong·2023-03-20 04:34

Biostar handbook学习笔记四

目前学习到的关于生物数据及数据库的基本知识有：常用数据格式:fasta,fastq,gff,GenBank常用序列数据库:美国国立生物技术信息中心(NCBI)欧洲生物信息学中心(EBI)DDBJ常用基因功能数据库

简书蚕账号·2023-03-18 17:06

STAR序列比对（测试支原体污染序列）

STAR比对结果统计进入NCBI网站，搜索Mycoplasmahyorhinis(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geno

像鸟一样飞过你的高山·2023-03-16 12:35

单细胞层面剖析癌症靶向治疗中的持久耐药性细胞

今天带你解读的这篇综述文献，EmergingInsightsintoTargetedTherapy-TolerantPersisterCellsinCancer（https://www.ncbi.n

米妮爱分享·2023-03-16 06:29

图解：如何在NCBI上找到具体一个基因第N个外显子的序列,以EML4基因为例

确定的方法有很多种，比如NCBI、USUC和Blast等。这里我们用NCBI的方法找到一个基因的外显子序列。

花色匆匆·2023-03-15 08:13

2022-04-21 ElasticSearch 学习笔记

{"match_all":{}}}T:NP_113621.1:p.R57*","HGMD_Mutation_URL":"CGA-TGA|Arg57Term|c.169C>T|-(http://www.ncbi.nlm.nih.gov

多吃水果少吃肉·2023-03-15 00:16

通过3个数据集取差异基因的交集复现一篇文中的韦恩图

原文链接：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6054764/#.原文中的图片如下image-20191121212758565想先用循环下载含有表达矩阵和临床信息的一个

小梦游仙境·2023-03-14 08:18

生物信息学常用数据库

一.信息类数据库1.综合型数据库NCBI:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/UCSC:http://genome.ucsc.edu/(基因组浏览器)Ensembl:http://

晓佥·2023-03-13 05:54

【陪你学·生信】三、核苷酸序列数据库的使用（1）

此数据库是国际协作核酸序列数据库（INSDC）的一部分，由美国国家生物技术信息中心（NCBI）主管，NCBI为美国国立卫生研究院的下属机构。

乔伊nikkie·2023-03-13 03:57

运行FastQC报错

近期使用RNA-seq，在NCBI上获取原始数据后，想使用fastqc检查二代测序数据是否存在问题。于官网下载fastqc的软件包，并解压至Biosofts文件夹。

孤久成瘾_1180·2023-03-10 21:58

NCBI Gene数据库中检索基因结构

变异包含很多种：单核苷酸多态性（SNP）、插入缺失突变（INDEL）、拷贝数变异（CNV）以及结构变异（SV）等。不过本篇并不是讲变异的，在进入本周系列主题之前，需要对基因结构做一下回顾，以作为后续篇章的基础知识。原核生物基因结构img原核细胞的基因组相对较小，一切以“精简实用”为核心原则，因此原核细胞的基因是连续的，基因与基因之间不存在冗余序列。有的编码区的序列还可以同时编码多个蛋白质。并且存在

weixinsuoxian·2023-03-10 14:11

【科研】本地Blast安装与使用（Win）

4、右键打开我的电脑-属性-高级系统设置-环境变量用户变量中新建，变量名BLASTDB，变量值\path\NCBI

空若·2023-03-10 13:23

如何读文献

重要的如ISI，Medline,Ncbi等了。因人而异添加数据库到你的收藏夹。⑴了解与自己研究方向有关的机构,密切关注在该研究领域和方向的顶尖group所发表的

Marsee·2023-03-10 12:09

2019-03-01 序列下载及合并，多序列比对，进化树

参考学习网址：https://blog.csdn.net/u011262253/article/details/78506951下载序列NCBI下载序列方法下载的是基因或者蛋白质的全序列合并多个fasta

七比比·2023-03-09 23:13

表达质粒构建之引物设计

比如我现在需要表达FUS这个蛋白，首先我要确定FUS的CDS区序列，使用NCBI即可获得；image.png可以看出FUS有三个同源异构体，我们以第一个X1为例来说明；image.png这是其CDS区序列信息

找兔子的小萝卜·2023-03-09 12:06

Mac下用aspera上传重测序数据遇到的坑

3.NCBI连接不上去，加了端口也没用好吧，转战NGDC，和ncbi命令行差不多/Users/app

是鸣·2023-03-09 04:19

sratoolkit安装（2018-07-15）

1参考https://www.plob.org/article/11368.html2下载curl-Ohttps://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.8.2/sratoolkit

简单点lili·2023-02-19 06:22

使用Python爬虫抓取PubChem化合物CAS

importpandasaspdimportnumpyasnpimportjsonimportrequestsimporttime#%reset-fcid=5280535#url=f'https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov

kylin王国·2023-02-17 20:21

MAC版: 保姆式SRA Toolkit下载原始数据

本期和大家分享科研菌在使用SRAToolkit下载NCBI-SRA原始数据的一些Tips，时间宝贵，直接上干货。

科研菌·2023-02-17 16:04

根据基因组fa文件和gff文件提取cds并翻译成pep

cds文件：注释信息里的蛋白编码序列pep文件：cds对应序列翻译成的氨基酸序列从NCBI上下载基因组时，有的并没有上传cds文件和pep文件，此时该怎么办呢？

生信师姐·2023-02-17 11:47

下载NCBI SRA数据的最佳方法

高通量的原始数据通常情况下会上传到NCBI的SRA（SequenceReadArchive）数据库。当我们需要用到这些数据的时候，就需要合适的方法来下载。

亮亮就是亮·2023-02-17 05:01

一文搞定参考基因组序列下载

浏览器版通过NCBI的genome数据库下载。比如我要下载人类参考基因组序列，打开https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome

亮亮就是亮·2023-02-16 23:23

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