ncbi 第4页

常用生物信息学在线分析工具汇总(记录中...)

数据库NCBI主站：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/拟南芥：https://www.arabidopsis.org/AmiGO2STRINGPham序列比对、寻找同源蛋白、基因

胜言_·2023-08-19 00:34

对于生物信息的几款软件的深究

NCBI-BLASTSRA-ToolkitHISAT2用来rna-seqbwa用来DNA环境变量：envexport显示变量值：echo$变量名变量名之前一定要有$echo才能讲变量名替换成实际变量值vim

c4d82bfede08·2023-08-18 04:52

NCBI上下载SRA数据

sra数据就是NCBI网站上能够下载到的二代测序的原始数据。

xiaoxianyu·2023-08-17 16:38

使用 NCBI PubMed 按影响因子搜索文献

2.注册NCBI账号，并登陆https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed2编辑NCBIfilter配置https://www.ncbi.nlm.nih.

正踪大米饭儿·2023-08-17 15:52

初学单细胞转录组差异分析

1、下载示例数据GSE81861https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE81861如下图，选取其中两组样本进行比较。

小贝学生信·2023-08-16 07:47

期刊和会议缩写查询网站

1.https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/?

代码小白的成长·2023-08-14 04:13

Seurat包合并多个单细胞样本

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE1393241我们选取其中十个，利用Seurat包下载合并，创建Seurat对象。

小贝学生信·2023-08-12 17:02

关于DNA正负链的定义

用了NCBI的blast工具。发现结果当中每个exon在目标转录本上的匹配位置与这些exon在bed文件中的顺序是相反的。查了一下文献，整理如下。首先，是一些定义

Cady_duan·2023-08-12 11:01

GEO芯片数据下载和探针ID转换（保姆级教程）

安装包的下载安装步骤三、（正文）芯片数据下载和ID转换相关设置和包的加载数据下载本文章主要参考了：①R语言的安装（详细教程）②GEO芯片数据下载和探针ID转换一、问题描述探针ID转换我们需要的基因表达量信息在NCBI

新客草草·2023-08-11 21:56

挖掘SRA的辅助小工具（NCBI高通量测序数据收录库）

写在前面伴随高通量测序技术的普及，海量的测序数据被产生并上传到网络数据库，如NCBISRA。我们每个人都可以很轻易地获得这些数据，并用于有生物学问题针对性地分析。数据容易获取，但数据具体来源和信息却难以查看和整理。SRA数据检索与查看中遇到的问题通常，我们会先进入SRA数据库进行检索，如其中，总共可看到菠萝可能有381个已收录的测序数据。对这些数据进行信息筛选，如我们需要的是菠萝，果实，RNAse

生信石头·2023-08-11 09:00

NCBI|转录组原始数据上传

数据上传NCBI系列又来啦！

维凡生物·2023-08-10 06:14

生物信息学三大数据库NCBI-ENSEMBL-UCSC

NCBINCBI(NationalCenterforBiotechnologyInformation，美国国立生物技术信息中心）于1988年11月4日建立，是NIH（美国国立卫生研究院）的NLM（国立医学图书馆）的一个分支。目的是通过提供在线生物学数据和生物信息学分析工具来帮助人类更好的认知生物学问题。目前有将近40个在线的文库和分子生物学数据库，包括：PubMed,PubMedCentral,a

hyena_7·2023-08-07 15:17

【数据库】本地NR数据库如何按物种拆分？

NR和Taxonomy数据库都是NCBI的子数据库，会提供比较全面的对应关系。在本地数据库按物种拆分

米源MY·2023-08-06 15:24

GEO数据库

1.GEO，全称GeneExpressionOmnibus,中文名叫基因表达综合数据库，网址(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/),是由美国国立生物技术信息中心于2000

数据控的迷妹·2023-08-06 11:57

在windows系统下解压ncbi下载的man后缀文件（找到很慢的原因了）

软件安装手动在ncbi下载了一些sra文件，一看后缀.man，查了下发现是一个压缩包，双端测序文件，解压后可以得到两个fastq文件。那么问题来了，怎么解压？第一种：直接尝试改后缀为.7z，解压失败。

一只红天蛾·2023-08-05 13:45

查找植物基因序列的一个数据库

帮别人设计某植物基因的引物，在NCBI上硬是一个基因也没查到。意外发现一个好用的植物的数据库，phyphytozome。

重新开始_xy·2023-08-03 12:29

昌平厄齐尔·2023-08-01 23:56

GEO数据上传的详细步骤演示

1登录GEO1.1GEO地址进入GEO数据库，两种方法：在NCBI（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/）主页，点击“Submit”>“GEO”，即可进入GEO数据库界面。

纪伟讲测序·2023-08-01 23:22

NCBI数据库Fastq原始序列上传和登录号获取

最近文章要求原始数据上传NCBI数据库，小白摸索了一路总算有了点认识哈哈~写下来当做笔记。1.账号首先我们要登录NCBI网站，见图1右上角，如果有账号直接登陆就好。

凌川美兮·2023-08-01 17:49

微生物基因组下载神器推荐：ncbi-genome-download

今天向大家推介一个实用的工具，用来从NCBI的ftp直接下载指定物种范围的微生物基因组。

概普生信·2023-08-01 14:39

Kranken2: rsync_from_ncbi.pl: unexpected FTP path (new server?)

使用conda安装Kranken2，下载数据库kraken2-build--dbkrakendb--download-librarybacteria报错信息rsync_from_ncbi.pl:unexpectedFTPpath

scdzzdw·2023-07-31 08:07

SRA批量下载及转为Fastq格式

NCBI中会将测序等数据压缩成sra格式。本文介绍如何批量下载sra文件及转化为Fastq格式。下载SRA文件sratoolkit从NCBI官网下载sratoolkit选择合适的版本进行下载。

jlyq617·2023-07-30 12:54

细菌基因组下载

最近需要尽可能的下载细菌基因组，ncbiftp站点（ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes）里面"all"这个目录可以下载，不过"all"目录还有古细菌之类的哈。

涤生生·2023-07-28 00:53

数据库

academic.oup.com/nar/issuesanger英broadinstitue美UCSC美1.核酸数据库DNA数据库基因组数据库基因变异数据库基因表达数据库RNA数据库病毒数据库INSDC（DDBJ、NCBI

洛洛洛洛洛啊·2023-07-25 02:20

sra安装后使用报错问题vdb-config --interactive

Thissratoolkitinstallationhasnotbeenconfigured.Beforecontinuing,pleaserun:vdb-config--interactiveFormoreinformation,seehttps://www.ncbi.nlm.nih.gov

SnorkelingFan凡潜·2023-07-23 22:03

IgBLAST本地化教程

首先第1步：先下载NCBIIgBLASTwgethttps://ftp.ncbi.nih.gov/blast/executables/igblast/release/LATEST打开LATEST会看到许多包

tiancai_jie·2023-07-22 13:15

NCBI|宏基因组原始数据上传

小编最近学习了关于NCBI数据上传的操作，今天给大家演示宏基因组原始数据上传NCBI的操作，宏基因组原始数据上传NCBI共分为三步，下面小编就为大家一一讲解吧！

维凡生物·2023-07-20 09:50

Linux安装blast+及使用

下载解压网址：https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/选择预编译的linux版本ncbi-blast-2.10.1+-x64

山竹山竹px·2023-07-20 07:56

个人电脑上SRR数据下载

第一种，在EBI查找，https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home常规转录组可能直接找到下载R1,R2网站信息，复制R1R2的链接即可下载第二种，从NCBI的ftp服务器直接下载

小鹏_哒哒哒·2023-07-19 14:44

sra与fastq数据简介及下载

目录NCBI-SRA数据库与EBI-ENA数据库SRA数据库的各

Seurat_·2023-07-18 15:10

如何下载SRA存放在AWS的原始数据

通常，我们都是利用prefetch从NCBI上获取数据，然后用fasterp-dump/fastq-dump转成fastq。

徐洲更hoptop·2023-07-17 15:40

windows系统下装载wsl2，安装Miniconda3或Anaconda进行生信准备工作

例如，从NCBI中下载大量序列文件，在Windows系统下可能需要一个接着一个的下载（也许可以用爬虫爬取），这样就过于浪费时间。Linux系统下进行批量下载尤为容易对于Windows用户，进

Bio大恐龙·2023-07-17 10:03

对某个物种进行分子进化分析，保守序列提取以及CRISPR-gRNA设计

对某个物种进行分子进化分析，保守序列提取以及CRISPR-gRNA设计基因组序列的获取这里我们直接获取完整的基因组组装序列在ncbi的基因组数据中检索物种关键词，获取该物种所有组装好的序列，去FTP下载基因组

小光amateur·2023-07-17 09:26

2022-07-29 endothelial cells（EC）内皮细胞-2

所看文章来自这里https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK26848/在脊椎动物的几乎每个组织中，几乎每个细胞都位于毛细血管的50-100微米范围内。

森尼啊·2023-07-16 12:59

fastq-dump的安装及使用方法

fastq-dump是大家经常使用的，主要是由于从NCBI中下载的数据格式大部分是SRA格式，此时就需要使用fastq-dump将SRA格式转换成为fasta格式fastq-dump是sratoolkit

生信学习小达人·2023-07-15 04:11

基因检测报告都用了哪些数据库？

以下详细列出在基因检测诊断中常用的数据库：人群数据库某变异在大规模人群中发生频率dbSNP数据库（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/snp

毅硕科技·2023-07-14 13:23

PALL Ultroser G 胎牛血清替代品——间充质干细胞培养

UltroserG血清替代品自上世纪80年代上市以来，历经30余年，NCBI涉及文章高达一千余篇，获得了广泛验证和认可，在欧美地区经久不衰。UltroserG血清替代品含有

泽平科技·2023-07-14 00:40

windows下载SRA数据--NCBI单细胞测序数据

NCBI数据库下载单细胞测序原始SRA数据如果想要分析数据库中的数据，可以从文献中获得数据的GSE号，举个例子：image.png然后到NCBINationalCenterforBiotechnologyInformation

生信小白花·2023-06-27 16:41

智力研究资料

https://www.unz.com/author/james-thompson/研究智力的专家博客https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4270739

小格格巫呀·2023-06-26 09:22

GEO数据高速下载工具ascp的安装及使用

像NCBI(GEO/sra)就是在用，总之两个字：真香！。今天来教大家如何安装ascp以及如何利用ascp从GEO下载数据。在这里呢，我已经给大家下载好了，在下面网盘中下载就行了，设置的永久有效哦。

沉迷工作的我·2023-06-21 03:09

Ensembl和NCBI基因组下载，基因序列下载查看

如今大量物种参考基因组数据已被公布，对于科研工作者，可以说是一笔巨大“财富”。那么该如何获取这笔“财富”呢？本期将介绍几个相关的数据库，并举例演示如何查找和下载到想要的参考基因组及参考基因组得注释信息。查找参考基因组得常用数据库1.Ensembl是由EuropeanBioinformaticsInstitute（EBI）与WellcomeTrustSangerInstitute（WTSI）共同合作

组学大讲堂·2023-06-19 19:55

生信笔记 | 探索PubMed数据库文献

【云森】·2023-06-16 18:27

Crack6-如何从基因组提取16序列：基于NCBI 2021-06-06

RashidinAbdu·2023-06-16 03:21

sratoolkit下载sra数据库的微生物数据及转为Fastq格式

Linux安装sratoolkitNCBI查看安装帮助NCBISRAToolkit下载、解压安装wgethttps://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.9.2/

星空_2739·2023-06-14 09:07

下载NCBI GEO 数据的方法

第一步：用conda安装SRA-toolscondainstallsra-tools第二步建立文件夹存储数据第三步数据下载方法一：fast-dump下载nohupfastq-dump-v--split-3--gzipSRR*******&nohupfastq-dump-v--split-3--gzipSRR*******&nohupfastq-dump-v--split-3--gzipSRR***

小马过河686·2023-06-14 08:51

基因功能注释

常用数据库一共有以几种：Nr：NCBI官方非冗余蛋白数据库，包括PDB,Swiss-Prot,PIR,PRF;如果要用DNA序列，就是nt库Pfam:蛋白结构域注释的分类系统Swiss-Prot:高质量的蛋白数据库

xuzhougeng·2023-06-13 22:55

关于GSEA富集分析_2019-05-28

内容引用于以下文章：https://blog.csdn.net/weixin_43569478/article/details/83745105https://www.ncbi.nlm.nih.gov/

胡杨奋进·2023-06-12 10:11

SCI期刊名缩写查询的三种方法

1.方法一进入justscience查询，https://sci.justscience.cn/2.方法二https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/方法三letpubhttps:/

qq_18937049·2023-06-12 07:09

Java使用Jsoup获取网页指定元素

webMagic，但是那个感觉有点复杂了，这里直接使用Jsoup来抓取：1、导入依赖：org.jsoupjsoup1.14.12、创建连接，解析页面元素首先定义url：Stringurl="https://ncbi.nlm.nih.gov

家家小迷弟·2023-06-07 12:42

生信步骤|原核生物基因组注释--Prokka

Prokka在预测基因组CDS区域时采用了多种数据库，内置的三个核心数据库包括ISfinder数据库，NCBI细菌抗性数据库和UniprotKB数据库。

学术程稻属·2023-05-14 21:27

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