ncbi 第3页

NCBI下载nt/nr/swissprot库

NCBI下载nt/nr/swissprot库1.确定你要下载文件的位置https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/2.进行下载方法一：使用wget，nohupwgethttps

彼岸花128·2023-10-08 08:59

使用Aspera下载NCBI和ENA数据库中的数据

使用Aspera下载NCBI和ENA数据库中的数据NCBI数据库储存的常用数据有：Nt库，Nr库，Swissprot库，以及物种的基因组数据（Genome数据库）等。

彼岸花128·2023-10-08 08:29

2022-10-14 基因组常用的数据下载网站

基因组常用的数据下载网站有以下三种：NCBI（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/）；ENSEMBLE（http://asia.ensembl.org/index.html）；Phyzome

染山·2023-10-08 02:35

数据上传到NCBI

ea2cbf68a3cehttps://www.jianshu.com/p/ea2cbf68a3cehttps://www.jianshu.com/p/6d5f735dafcc学习链接第一步，先注册账号https://submit.ncbi.nlm.nih.gov

Clouddong·2023-10-07 23:03

2021-04-02

随笔：1.通过对NCBI-disease数据集标错的分析，我有一种感觉，很多时候对疾病前面的修饰词是否与疾病一起标注为实体没有一个较为明确的标准，比如：”congenitalDM“先天性心脏病前面的修饰词先天性到底是否需要标

小小程序员一枚·2023-10-04 19:01

如何下载NCBI refseq？

NCBI是个宝藏网站，内含大量基因组。

韩小早儿·2023-10-03 08:24

搭建PrimerServer2之Web UI界面

目前，已经有许多成熟的引物设计软件供大家使用，如本地版的Primer5以及NCBI上的Primer-BLAST等等。

老饕_Ljw·2023-10-03 07:53

耗时很长的程序忘加nohup就运行了怎么办？

在NGS基础：测序原始数据下载一文中提到可以使用SRA-toolkit中的命令fastq-dump从NCBI下载原始测序数据，命令如下。

生信宝典·2023-10-03 01:10

R plot图片背景设置为透明_万能转换：R图和统计表转成发表级的Word、PPT、Excel、HTML、Latex、矢量图等...

你和PPT高手之间，就只差一个iSlideExcel改变了你的基因名，30%相关Nature文章受影响，NCBI也受波及特点可以用命令将交互式R图或ggplot2、Lattice或baseR图保存到MicrosoftWor

weixin_39780962·2023-10-02 23:30

BLAST本地比对太慢，不怕用diamond

这里重要的步骤是确定存在哪些基因，通常通过将翻译的DNA序列与蛋白质序列的参考数据库比对，例如NCBI非冗余（NCBI-nr）蛋白质数据库。

lakeseafly·2023-10-01 18:30

Aspera 上传基因组数据到NCBI

完成基因组后，需上传数据，比如到NCBI，这一步可以选择Aspera进行操作上传基因组或者原始数据一般流程如下1、注册NCBI账号https://www.ncbi.nlm.nih.gov/account

斩毛毛·2023-09-27 18:48

如何向Sequence Read Archive (SRA) 提交未组装的高通量测序reads？

基本简介原始数据（Rawdata)指测序下机后未经处理的全部原始数据文件，SRA是NCBI中收录原始数据的主要数据库，有454，Illumina，SOLiD，IonTorrent，Helicos和CompleteGenomics

唯问生物·2023-09-26 22:41

获取登录号Accession Number之完整解决方案|组学数据上传NCBI

目前NCBI中的SRA上传流程有精简与优化，可以不需要单独申请BioSample与BioProject。因为SRA提交步骤中就包含了创建BioProject和BioSample，可以直接一步到位。

江南神韵·2023-09-26 10:18

2021-08-03有用的网站

(1)NCBI上下载物种的参考基因组https://www.ncbi.nlm.nih.gov/datasets/genomes/

bcl_hx·2023-09-26 03:51

干货|10种重要作物基因组数据库

上期给大家介绍了NCBI、Ensembl这2个主流的查找基因组的数据库，其中收录的物种广泛（植物、动物、微生物），是我们查找物种基因组最常用数据库。

bioyigene·2023-09-25 10:52

ImportError: Java package ‘edu‘ not found, requested by alias ‘edu‘

参考issue：https://github.com/ncbi-nlp/NegBio/issues/44我目前的解决办法pipuninstalljpype1-y可以成功运行。

irrationality·2023-09-25 09:31

Python 获取 NCBI 基因名 SSL 证书出现异常？

源自于前几天对一批转录本的批量化操作的一些记录。即想要通过Python在线获取某个转录本对应的基因Symbol时，发现出现SSL无法获取本地证书：unabletogetlocalissuercertificate(_ssl.c:1056)！>>>fromBioimportSeqIO>>>fromBioimportEntrez>>>Entrez.email="A.N.Other@example.co

程皮·2023-09-22 14:06

DipC 构建基因组 3D 结构（学习笔记）

数据使用SRAToolkit转换SRA数据为Fastq格式使用bwa比对测序数据使用Hickit计算样本的基因组3D结构使用散点图展示3D结构计算3D结构重复模拟的稳定性其他步骤1.下载SRA数据1.1从NCBI

浓香鸭腿面·2023-09-18 06:24

使用LFTP+FileZilla向GEO数据库上传数据

1.注册账户首先要注册一个NCBI账户。为了上传数据，首先需要登录账号，点击界面右上方

巩翔宇Ibrahimovic·2023-09-17 10:02

斑马鱼基因敲除常规流程及关键步骤质控标准及注释

一、设计方案1.1基因的基本信息确认基因的基本信息，包括名称ID号等，一般会在NCBI等查询。

南京尧顺禹生物·2023-09-16 01:36

Chilling stress 文献储藏室（1）

titlePreferentialgeneretentionincreasestherobustnessofcoldregulationinBrassicaceaeandotherplantsafterpolyploidization文献链接https://www.ncbi.nlm.nih.gov

嗒嘀嗒嗒嘀嗒嘀嘀·2023-09-15 19:45

在windows环境下安装运行NCBI-blast程序

NCBIBLAST程序作为广泛使用的序列比对工具深受大家喜爱，对于一般的生物信息处理过程来讲，网页版的工具已经足够使用，但是若想自己构建自定义的搜索数据库以及对大量序列进行检索，则需要在本地运行。Linux系统是生物信息处理的通用系统，但不是每个人都会使用Linux系统作为日常的操作系统，为了方便使用，所以本文记录了在win10系统中安装和使用blast程序的过程。Blastx程序的下载和安装可以

指尖笑1226·2023-09-13 14:04

通过FTP高速下载几百G数据

为什么NCBI基因组FTP站点要重组？我如何及时了解NCBI基因组FTP站点的变化？

qq_21478261·2023-09-13 12:58

2018-08-24

还有果然不能往NCBI的服务器端传数据。想多了。image.png

f95c0a53af97·2023-09-13 06:54

PSSM矩阵的生成（ncbi-blast

PSSM矩阵的生成（ncbi-blast-2.9.0±win64）参考链接：https://blog.csdn.net/sxz940613/article/details/97102046https:/

carebon·2023-09-11 12:56

根据SRA登录号从NCBI下载原始数据

1.NCBI的sratoolkit工具集中的prefetch、fastq-dump和sam-dump2.AsperaConnect软件3.下载NCBISRA数据的最佳方法不同的方法或简单，或复杂不考虑，

wangsb_2020·2023-09-10 22:54

2020-09-29 使用Aspera从EBI或NCBI下载基因组数据

来源：https://www.plob.org/article/3013.html做基因组数据分析，可能经常从NCBI的GEO/SRA或者EBI的ENA数据库下载高通量的数据，动辄几十G的数据用wget

__一蓑烟雨__·2023-09-10 14:41

人类参考基因组

一、人类参考基因组的来源1、人类基因组计划1）2001年草图，绘制人类基因组图谱2、数据库的名称1）UCSC：hg19，hg382）NCBI：GRCH19，GRCH38二、如何下载参考基因组在linux

eating2020·2023-09-09 15:40

小王的RNA-seq傻瓜学习教程

1、NCBI-原始SRA数据的下载只会下到电脑上通过WinSCPC传到服务器，其他方法还没试过！

pudding815·2023-09-09 02:57

NCBI的SRA数据下载

第一步安装sratool，https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/02.

dashan1928·2023-09-07 22:40

影像组学文章复现：ITHscore：通过多尺度放射学特征全面定量NSCLC肿瘤内异质性 ----小细胞肺癌肿瘤异质性评分

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/36001124/—文献链接#安装包pip

MRI_lab·2023-09-04 15:20

组蛋白修饰 | 一文带你了解H3K4me3

根据NCBI数据检索，近10年（2014-2023），H3K4me3相关的文章数高达3161篇，H3K4me3发表在影响因子大于10的期刊发文数为489篇。

爱基百客·2023-09-04 06:04

NCBI上基因前面有个accession（编号）分别有NC是什么意思

http://www.360doc.com/content/15/0508/10/25341642_468924604.shtml

素材积累·2023-09-03 09:40

Co-trained convolutional neural networks for automated detection of prostate cancer in multi-para...

q=https%3A%2F%2Fwww.ncbi.nlm.nih.gov%2Fpubmed%2F28850876&sa=D&sntz=1&usg=AFQjCNHnIvM--FuHOd8KhQ1XzD8ho3lzvw

autisticBoy·2023-09-02 00:13

基因家族分析三把刀：hmmsearch＆blast&orthofinder

我只是个搬运工，侵权请私信，速删方法一：blast数据准备：下载NCBI中相关蛋白序列，将所有的fa序列放在一起成all.pep下载相关基因组的蛋白序列，eg：genome1.fa，genome2.fa

一直想要成为大牛的科研狗·2023-09-01 07:42

使用SRA Toolkit下载NCBI-SRA原始数据教程

SRAtoolkit是NCBI开发的一个用于SRA文件处理的软件包，包含许多有用的工具。

惊鸿影·2023-08-31 12:07

【生信基础】根据SRA号批量下载fastq文件的一种实现方法

一、思路分析：百度一下，看看有没有没有现成的批量下载方法二、查到的一种比较简介的可以直接下载fastq文件的方法从ncbi下载sra数据的几种种方式用的是prefetch方法，但是好像用不了。

Geekero·2023-08-31 06:19

WGCNA相关文献记录【自找】

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/?

医只蜗牛·2023-08-30 02:18

qq_1248742467·2023-08-28 20:04

为什么 Biopython 的在线 BLAST 这么慢？

ncbi_blast.pngNCBIWWW基本用法首先，我们来看一下提供了基于API在线比对的Biopython模块。

BioIT爱好者·2023-08-28 12:09

2020-07-07 单细胞数据.h5文件转换成seurat对象

第一步：从GEO数据库下载.h5文件https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?

Merlin_cd6c·2023-08-27 17:35

用TBtools下载核酸序列怎么分割？TBtools自带fasta文件分割功能使用以及与脚本分割的对比

最近需要下载一些核酸序列，之前介绍的ncbi-genome-download好像不能满足我的需要，于是使用TBtools进行下载。

大坏蛋HYB·2023-08-27 13:56

NCBI数据上传（二）：转录组测序（RNA-Seq）数据

1.注册及登录账号1）注册账号：进入NCBI（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/）网页，选择对应的账号进行注册，按照提示填写。

bioyigene·2023-08-26 12:57

blast | diamond 输出结果选择和解析 | 比对

之前的文章：构建NCBI本地BLAST数据库(NRNT等)|blastx/diamond使用方法|blast构建索引|makeblastdb本地运行blast时，需要指定outformat。

weixin_34032792·2023-08-25 07:26

linux比对nt数据库,linux BLAST序列比对（nt/nr库）

blast软件安装从NCBI下载安装包https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blas

城北增暮寒·2023-08-25 07:56

Lecture 11-20

本地blast使用下载及安装：curl-Oftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.6.0+-x64

杨亮_SAAS·2023-08-25 06:18

生信软件的安装1-SRAtoolkit

所以我重新在新的节点工作的时候，首先是安装SRAtoolkit，毕竟NCBI存储了几乎所有的测序数据，话不多说，先下载吧。wge

blue_unique·2023-08-23 02:39

2020-01-11 了解GeneBank格式

NCBI参考序列（RefSeq）项目提供许多生物体的序列记录和相关信息，并

王子威PtaYoth·2023-08-22 12:55

自己创建CDF包 hursta2a520709cdf

正确的处理方法如下第一步，安装R包makecdfenv并加载BiocManager::install('makecdfenv')library(makecdfenv)第二步,在https://www.ncbi.nlm.nih.gov

xuzhougeng·2023-08-19 13:51

胶原酶溶组织梭菌-用于治疗女性脂肪团：两项 3 期随机、安慰剂对照试验的结果

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8078112/皮肤外科杂志。2021年5月；47（5）：649-656。2021年4月7日在线发表。

冰果儿·2023-08-19 01:45

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