ncbi 第5页

2018-08-28 用ascp 从NCBI或者ENA上高速下载数据

好久没记录了，突然发现之前学过的一些内容以及忘了，不应该我之前好大一段时间都在想如何高速下载数据，现在看到最快的就是ascp了。直接记录一过程吧首先从ENA网站下下载数据的下载地址，tab比如这样然后使用脚本把下载连接提取出来，方便计算机批量下载这个脚本很简单，正则表达提取，我很早写的，自己也找不到了。。。最后运行脚本就可以最后差不多就这个样子这个样子记得加上断点续传功能ascp-k1可以参考ht

小郑的学习笔记·2023-04-20 21:34

细菌基因组的下载及组装

mra.asm.org/）找一篇细菌基因组文章；我输入的是anthracis,炭疽杆菌的拉丁名，得到第二个是耐青霉素炭疽桿菌菌株的基因组序列，进去看看在这里，最后一句说这个序列的详细数据记录在SRP155512中打开NCBI

小奶包_441a·2023-04-20 06:29

序列数据库

GenbankGenBank是美国国家生物技术信息中心(NationalCenterforBiotechnologyInformation，NCBI)建立的DNA序列数据库.GenBank与EMBL（欧洲

医学小咖成长之路·2023-04-19 15:11

ceRNA相关文献【自找】

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/?

医只蜗牛·2023-04-19 07:58

Hi-C文献解读

15年3月发表的一篇高引文章https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4542312/Citedby:371PublishYear:2015Author:

程凉皮儿·2023-04-19 00:30

本地Blast的安装与使用

Blast的安装说明：BLAST工具是由NCBI所提供。

中午打个盹·2023-04-17 19:27

linux下载blast软件

linux下载blast软件/pub/software/里面下载下载ncbi-blast-2.13.0+-x64-linux.tar.gz(rpm结尾，红帽操作系统，src文件为源代码，需要准换为二进制格式

μμ豆奶·2023-04-17 07:27

Mapping Ion Torrent Data used Novoalign

MappingIonTorrentDatausedNovoalignWhat：比较Novoaligin和TMAP程序在比对IonTorrent数据时的准确性Why：从NCBI上下载NA12878的IonTorrent

路悠悠·2023-04-16 22:06

FPKM_cutoff

FPKM>1.http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3233386/Weusedastringent1.0FPKMcutoffthatgeneratedalistofgeneswithsi

superqun·2023-04-16 09:28

2019-05-02从NCBI SRA下载数据

1.wget方法ftp://ftp-trace.ncbi.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR207/SRR2078288/SRR2078288

laughing_4963·2023-04-15 20:38

利用虹鳟后代表型数据对细菌性冷水病抗性能力的基因组选择评估：基因分型方式和基因组预测方法的分析

EvaluationofGenome-EnabledSelectionforBacterialColdWaterDiseaseResistanceUsingProgenyPerformanceDatainRainbowTrout:InsightsonGenotypingMethodsandGenomicPredictionModels文章来源：https://www.ncbi.nlm.n

虾里巴人·2023-04-15 17:14

NCBI、UniProt、RCSB PDB的部分功能使用（蛋白质晶体结构、蛋白质氨基酸序列、基因序列、序列比对等）

NCBI、UniProt、RCSBPDB三个数据库是在生物医学领域非常重要的数据库。本帖主要为自己学习记录，可供大家学习参考。

笙箫一曲唱元璞·2023-04-15 05:06

2022-05-24如何从NCBI下载参考基因组

第一步：打开NCBIhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/第二步：以“malusdomestica”为例图片.png第三步：图片.png结果显示：一共有十二个版本的组装基因组图片.png

麦冬花儿·2023-04-14 23:57

使用transanno制作不同基因组版本坐标映射的chain 文件？

对于非模式生物，往往需要先自己制作chian文件，再通过ncbi的remap，UCSC的lifeover和crossmap等工具进行坐标转换。UCSC官网也提供了制作chain文件的方法。但需要pa

Bioinfarmer·2023-04-14 06:54

生信星球转录组培训第一期Day3——卖萌哥

数据存放在NCBI的GEO数据库，现在铺

卖萌哥·2023-04-13 11:57

病原微生物笔记-NCBI taxonomy

NCBItaxonomy数据库简介NCBI公共序列列数据库中所有⽣生物的策划分类和命名法，⽬目前包含地球上⼤大概10%的物种。

XuningFan·2023-04-13 04:19

RNA-seq入门实战（一）：上游数据下载、格式转化和质控清洗

RNA-seq入门实战整体分析流程本节概览：1.在文章中找到GEOaccessionnumber,从NCBI获取数据SRR号2.在linux中使用prefetch命令根据SRR号下载SRA文件3.使用fasterq-dump

嘿嘿嘿嘿哈·2023-04-12 12:16

2019-07-06学习总结

www.jianshu.com/p/0d32fd410bcf作业6>rm(list=ls())##魔幻操作，一键清空~>options(stringsAsFactors=F)>f#https://www.ncbi.nlm.nih.gov

桃浪桃浪·2023-04-12 03:30

RNA-seq从入门到自闭（数据下载）

使用TBtools，大家可以轻松从NCBI和ENA获得文件的下载地址。接下来就是下载SRA文件。sra文件的下载方式有很多种，你可以用迅雷离线拖，百度离线下载，也可以用选择网页下载。

邵扬_Barnett·2023-04-11 18:24

blast 用法汇总

11的雾·2023-04-11 14:08

在Mac 和windows上用 Aspera Connect下载NCBI Sra数据

做生信分析在NCBI上下数据是第一步，不一定非要用linux下，装好sratools和AsperaConnect和都没问题。在这里NCBISRAToolkit找属于你版本的sratools吧。

Ray钱·2023-04-09 22:15

中国春甲基化数据

1数据来源：NCBI登录号SRP133674，文章：Shiftingthelimitsin

Neal_Bio·2023-04-09 18:11

学生信的那些事儿之十二 - RNAseq 分析流程之用aspera工具下载SRA数据

NCBI是

李白爱吃橙子·2023-04-09 15:26

Blast本地化快速上手教程

（*图片来自NCBI官网）https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi在线提交地址：https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi官方文档

爱上生物大数据·2023-04-09 02:46

（收藏贴）微生物多样性测序原始数据（SRA）上传到NCBI实操

我们知道，给SCI期刊投稿的时候，往往要上传原始数据，今日，笔者正好在做这份工作，就学习记录，供大家参考。操作步骤太多了。。。读者感兴趣可以去公众号查看。

龙star180·2023-04-08 06:09

如何从NCBI中获得16S rRNA序列

NCBI收集了16SribosomalRNAsequence，可以进行下载：ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/dbimage.png解压后是已经建好索引的文件：image.png

scdzzdw·2023-04-07 06:45

MSigDB 系列：详细信息和确认

基因标识符通过从Ensembl的BioMart数据服务中提取的注释映射到其HGNC批准的基因符号和NCBI基因ID，并将在每个MSigDB版本中更新与Ensembl的最新可用版本。

Seurat_Satija·2023-04-07 00:39

SRA数据库简介及使用方法

来源于SRA官网介绍SRA是NIH高通量测序数据的主要存档，并且是国际核苷酸序列数据库协作（INSDC）的一部分，该数据库包括NCBI序列阅读档案（SRA），欧洲生物信息学研究所（EBI）以及日本（DDBJ

正经昵称征集中·2023-04-06 10:13

SRA数据库简介

简介SRA是NIH的高通量测序数据的主要档案，是国际核苷酸序列数据库协作（INSDC）的一部分，包括NCBI序列阅读档案（SRA），欧洲生物信息学研究所（EBI）和DNA数据库。日本（DDBJ）。

Forest_Lee·2023-04-06 07:32

2019-04-16 SRA数据批量下载

/bin/bashforidin$(seq4556)#设置需要循环的数字dowgetftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/

WILLWILLWIN·2023-04-05 20:51

TaxonKit工具：获取物种NCBI数据库的Taxonomy ID

网址：https://bioinf.shenwei.me/taxonkit/TaxonKit工具，采用命令行模式，可以便于使用loop循环进行流水作业。想要实现的功能：输入一个科名列表文件，批量查询其taxonomyID；|子命令|功能|[list]——列出指定TaxId下所有子单元的的TaxID[lineage]——根据TaxID获取完整谱系（lineage）[reformat]——将完整谱系转

雨林课堂·2023-04-05 08:28

如何使用SPDE进行基因家族分析---序列的获取以及比对

我本身是做植物研究的，对植物较为了解，这几个基因组网站很不错，可以考虑从其中下载相应序列：Phytozome(doe.gov)，FTPDownload(ensembl.org)，ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov

许东·2023-04-05 02:34

aspera下载

单个文件下载：ascp-i/home/shen/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh-k1-T-l100manonftp@ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov

苏牧传媒·2023-04-05 01:42

NCBI官方基因组坐标转换工具(二)

不同版本基因组坐标的转换，常用的方法有：1.NCBI的Remap参见上一篇文章：https://www.jianshu.com/p/41e5280f59c32.UCSC的LiftOverhttps://

京古·2023-04-04 17:50

Biopython学习笔记（四）访问NCBI Entrez数据库

Entrez是一个检索系统，供人们访问NCBI里各个数据库。比如说：PubMed,GenBank,GEO等等。

生信start_site·2023-04-04 10:26

TaxonKit: 小巧、高效、实用的NCBI分类学数据命令行工具集

TaxonKit:小巧、高效、实用的NCBI分类学数据命令行工具集宏基因组按：NCBI物种分类注释信息格式复杂，存在层级不整齐、缺失、名称变动等问题，在使用中存在一定困难。

斗战胜佛oh·2023-04-04 02:25

转录组实战之SRA数据下载（上） 2019-05-07

数据下载两种方式打开链接，下载id：https://www.ncbi.nlm.nih.gov//geo/query/acc.cgi?

Bio小盼·2023-04-03 19:17

万能转换，R图和统计表转成发表级的Word，PPT，Excel，HTML，LaTeX，矢量图等

你和PPT高手之间，就只差一个I幻灯片式Excel改变了你的基因名，30％相关自然文章受影响，NCBI也受波及特点可以用命令将交互式R图或ggplot2，Lattice或baseR保存到MicrosoftWord

生信宝典·2023-04-03 18:40

linux BLAST序列比对

blast软件安装从NCBI下载安装包https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blas

夕颜00·2023-04-03 16:32

R绘制小提琴图

大家可能在平时的文献阅读很少会看到小提琴图，因为现在小提琴图还不是很普遍，但是在一些高分论文我们会看到漂亮的小提琴图，如：这篇文章2016年发表在Naturemedicine（IF=30.64）上，文章链接：https://www.ncbi.nlm.nih.gov

R语言与SPSS学习笔记·2023-04-03 04:16

【数据库-4】clinvar

pdf食用更佳哦~https://www.clinicalgenome.org/site/assets/files/1594/landrum_clinvar.pdf1.简介网址https://www.ncbi.nlm.nih

oddxix·2023-04-02 01:05

chip-seq数据分析流程

chip-seq数据分析流程1.chip-seq数据下载及更换名称1.1.根据文献提供的ncbi的编号，下载sra数据。1.2.更换文件名：更换后的文件名能表明数据所对应的实验组。

梁兄_小白·2023-04-01 17:46

SRA Toolkit下载SRA数据

1.下载https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?

lms9095·2023-04-01 13:34

常见物种参考基因组及注释下载地址汇总

：Ensembl:ftp://ftp.ensembl.org/pub/UCSC:http://hgdownload.cse.ucsc.edu/downloads.htmlNCBI:ftp://ftp.ncbi.nih.gov

chengchengSY·2023-03-31 17:18

一文搞懂NCBI Blast本地数据库（NT/NR等）构建

背景介绍blast+：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/LATESTblastdb：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast

简佐义的博客·2023-03-31 16:13

[数据库] 数据获取网站1

happyxhz·2023-03-31 15:34

转录组练习（2）

原文地址：https://www.jianshu.com/p/16f40be759c8读文献下数据在NCBI查文章：AKAP95regulatessplicingthroughscaffoldingRNAsandRNAprocessingfactors.NatCommun2016Nov8

苏慕晨枫·2023-03-31 05:01

如何上传转录组数据到NCBI的SRA数据库

由于我的数据太差了，还是传到NCBI吧~第一步：打开NCBI主页，如下图第二步：选择SequenceReadArchive(SRA)，如图。

纤蹄马·2023-03-30 00:32

基因功能注释

常用的数据库：Nr：NCBI官方非冗余蛋白数据库，包括PDB,Swiss-Prot,PIR,PRF;如果要用DNA序列，就是nt库Pfam:蛋白结构域注释的分类系统Swiss-Prot:高质量的蛋白数据库

斩毛毛·2023-03-29 20:50

linux BLAST序列比对（nt/nr库）