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2021-06-24 GEO数据库

GEO数据库全称GENEEXPRESSIONOMNIBUS，是由美国国立生物技术信息中心NCBI创建并维护的基因表达数据库。

学习生信的小兔子·2022-09-28 17:52

blast与blast+使用（参数、输出文件格式）

一、BLAST+（NCBI发布于2009年）下载地址：https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/1、建库makeblastdb-indb.fasta-dbtypeprot-outdbname

纵春水东流·2022-09-28 16:33

线粒体基因组组装

电镜下的线粒体.png线粒体基因.png来源：Homosapiens(ID51)-Genome-NCBI(nih.gov)线粒体基因.png来源：GenomeList-Genome-NCBI(nih.gov

佳名·2022-09-07 21:54

phylosuite提取叶绿体蛋白编码基因构建Ml树

1.利用phylosuite软件根据NCBI号提取genbank格式的序列文件file--inputfile...orID(s)---在inputbyIDs处粘贴NCBI号--start提取2.根据GB

多啦A梦的时光机_648d·2022-09-06 20:23

在NCBI查找指定物种基因组信息

【原创】在NCBI查找指定物种基因组信息生信分析中经常需要查找指定物种的基因组信息。

枫狂灬呆子·2022-08-31 13:23

跨物种同源基因转换（biomaRt和homologene）2022-06-17

最常用的工具就是Ensembl的biomaRt，另外还查到NCBI的一个工具homologene，因此本文将详细讲解这两个包。

黄甫一·2022-08-30 16:45

BLAST（2.12.0+）使用记录

官方说明：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK279684/#appendices.Options_for_the_commandline_a一、Blast简介1

谁冒充我小叮当·2022-08-17 21:03

生物数据库介绍——NCBI

NCBI（NationalCenterforBiotechnologyInformation，美国国家生物技术信息中心）除了维护GenBank核酸序列数据库外，还提供数据分析和检索资源。

weixin_30871701·2022-08-14 00:05

生信地基系列--基因组坐标转换工具

经常会碰到不同的基因组assembly版本，如hg18,hg19,GRCh37,GRCh38等等,所以可以通过下面的工具进行转换NCBI官方基因组坐标转换工具(一)-(jianshu.com)NCBI官方基因组坐标转换工具

可能性之兽·2022-08-11 10:53

Windows本地化运行NCBI blast+

一、软件安装：下载软件包https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/安装选择指定的路径，如本人的C:\software\NCBI

谢俊飞·2022-08-08 21:20

使用Aspera，wget和 prefetch下载SRA数据

下载Accessionlist进入NCBI——进入SRA数据库——输入物种拉丁名——选择Sendto中的RunSelector——Goimage.png点击Accessionlist即可下载，用于后续下载原始数据的输入文件

17号小行星·2022-07-30 10:53

2022-07-28 endothelial cells（EC）内皮细胞-1

所看文章来自这里https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK26848/内皮细胞的定义是在身体内的血液和淋巴管中排列的细胞，围绕着液体在这些管道内流动的中空空间（也被称为腔体或管腔

森尼啊·2022-07-29 00:01

GEO数据挖掘（二）基因差异分析

数据来源：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?

生信开荒牛·2022-07-23 09:49

GEO数据挖掘（一）数据下载及基因ID转换

数据来源：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE542361.png这个数据有161个样本，使用GPL6480平台。

生信开荒牛·2022-07-23 09:26

一步步教你NCBI_SRA上传测序数据

测序文章在审稿期间，审稿人往往需要作者上传原始数据至NCBI。而搜索引擎搜到的参考资料甚少，不得不边摸索边总结，几番倒腾终于上传成功。

谢俊飞·2022-07-20 14:27

文献阅读|Nomograms列线图在肿瘤中的应用

那么列线图究竟是什么，列线图怎么得到，从图中我们可以得到哪些信息，带着这些问题，我们来阅读下面的这篇文献，地址如下>https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4465353

生信修炼手册·2022-06-07 08:36

基于LSTM的ECG分类用于个人可穿戴设备的连续监测

LSTM-BasedECGClassificationforContinuousMonitoringonPersonalWearableDevices原文地址：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov

Fu_Xingwen·2022-05-28 17:57

MLBF网络：一种用于12导联心电图多类别心律失常分类的多导联分支融合网络

AMulti-Lead-BranchFusionNetworkforMulti-ClassArrhythmiaClassificationUsing12-LeadECG原文链接：https://www.ncbi.nlm.nih.gov

Fu_Xingwen·2022-05-28 17:57

2022-05-24如何设计QPCR引物

本教程是利用NCBI数据库进行设计。

麦冬花儿·2022-05-25 10:00

sra toolkit 下载、安装和使用

1.官网下载压缩包wgethttp://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-centos_linux64.tar.gz2

Jerry刘·2022-05-18 15:16

卵巢癌文献阅读总结

的定量蛋白质组数据和临床信息来自CPTAC数据门户（https://cptac-data-portal.georgetown.edu/studies/filters/primary_site:Ovary）（4）从NCBI-Gene

小白兔和小毛驴·2022-05-06 17:50

科研小技巧 | 如何绘制突变mutation/插入Insertion在基因具体外显子/内含子的结构图

1.利用Ensembl辅助绘图作为NCBI同等级对手EBI，其维护的Ensembl提供了比NCBI更便捷的外显子定位功能，而且查看界面非常友好，同时与NCBI转录本有非常完善的对应。

不想透明的小透明·2022-05-04 23:54

NCBI，sra数据获取以及处理：生成fastq文件

获取方法一：从NCBI获取需要的SAR序列号screen-SGSE136447#创建后台程序（可以写shell脚本，存在问题“/r”可以利用空格;解决换行问题，可以使用nohupXXX.sh&）cat/

Shift_shift·2022-04-15 10:16

免疫组库分析实战/mixcr+vdjtools+R实现

使用《OncoImmunology》一篇paper中的数据进行实战数据获取地址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJEB33490关于免疫组库的背景，MIXCR

不会生信·2022-03-14 09:46

基因家族的鉴定-基于windows系统上的本地blast

系统上的本地blast基因组的序列提取，详情请看我之前的教程https://www.jianshu.com/p/211a262aebc4下面讲如何在windows系统上用blast做基因家族的鉴定：1，下载在NCBI

啊辉的科研·2022-03-02 10:09

2019胶原酶软膏在急性烧伤中的作用：系统评价和荟萃分析doi：10.12968 / jowc.2019.28.Sup2.S9。

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/30767636/摘要目的：梭菌胶原酶软膏（CCO）是美国FDA批准的唯一用于酶促清创的产品。其在烧伤患者中的功效尚未得到广泛检查。

冰果儿·2022-02-21 05:01

根据PMID批量获取NCBI摘要页内容

根据PMID批量获取NCBI摘要页内容'根据PMID号，获取Pubmed摘要页面的所有内容（题目和摘要等。）NBK开头的PMID在程序自动搜索时会自动将NBK去掉，所以不适用于此代码生成。'

Shixq·2022-02-20 23:04

生物信息神奇网站系列（九）：批量下载序列

九：批量下载序列Batchentrezhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/batchentrez批量下载基因序列有多种方式，

基因学苑·2022-02-16 05:30

基因组注释文件（一）| bed文件格式说明

注释文件在以下三个提供参考基因组的网站中都有提供，比如Ensemble、NCBI、UCSC。但是现在最权威的人类和小鼠基因组的注释还属Gencode数据库。

生物信息与编程·2022-02-16 03:55

什么是磨玻璃样病变

中国肺部结节分类、诊断与治疗指南(2016年版)，展现了磨玻璃结节、部分实性结节、实性结节：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5973458/这里面有

rubben·2022-02-15 23:41

复杂基因组数据的生物学解释

2021/03/17这是一篇莫得啥用的文章BiologicalInterpretationofComplexGenomicDatahttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles

所以suoyi·2022-02-14 21:31

常用的生物信息学数据库（核酸，蛋白）

1、PubMed数据库检索技巧-AU：作者-TI：标题-AB：摘要-AD：地址示例：dUTPase[TIAB]Beijing[AD]2、GenBank核酸序列数据库一级核酸数据库包括：GenBank(NCBI

吴涛_631b·2022-02-13 21:41

Paper-47 综述：现有的肠道菌群采样方法及对更精确的设备的紧急需求（Front Cell Infect Microbiol. 2020） 2021-02-18

原文：CurrentSamplingMethodsforGutMicrobiota:ACallforMorePreciseDevices原文链接：https://www.ncbi.nlm.nih.gov

RashidinAbdu·2022-02-13 16:26

基因组注释文件格式 --（一）BED文件格式

注释文件在以下三个提供参考基因组的网站中都有提供，比如Ensemble、NCBI、UCSC。但是现在最权威的人类和小鼠基因组的注释还属Gencod

我是爱哭虫小鱼·2022-02-13 12:20

python批量爬取NCBI基因注释并调用谷歌API批量翻译

不要慌动手之前先动脑step1:获取这个基因在NCBI上的summar

机器人会画画·2022-02-13 06:19

用requests爬取数据库并转换成EBL下载链接

之前老师给了我一个储存RNA-seq和Ribo-seq数据的数据库translatomedb让我在上面下数据，但是这个数据库本身并不存储测序数据，每一组数据需要点击后面的链接，得到相应的NCBI链接，再去根据链接自行下载

SunPython·2022-02-12 07:16

【现学现卖】序列比对之bit-score VS E-value

BLAST（BasicLocalAlignmentSearchTool）是一个由NCBI开发的基础局部比对搜索工具。将查询序列与数据库中的序列进行比对，结果中显示有各种值。

乔伊nikkie·2022-02-11 17:34

下载参考基因组及基因注释

3.截图几个基因的IGV可视化结构4.下载ENSEMBL，NCBI的gtf，也导入IGV看看，截图基因结构5.了解IGV常识hg19、GRCH37、ensembl75这3种基因组版本应该是大家见得比较多的了

莫讠·2022-02-10 00:54

blast+安装（2018-05-24）

下载地址：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/1.下载wget-cftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/

简单点lili·2022-02-09 13:24

Paper-33 肠道菌群，代谢产物和宿主免疫的关系（Nat Rev Immunol. 2016） 2021-01-07

metabolitesandhostimmunityNatRevImmunol.2016May27;16(6):341–352.doi:10.1038/nri.2016.42PMCID:原文链接：https://www.ncbi.nlm.nih.gov

RashidinAbdu·2022-02-07 17:58

如何在NCBI批量下载基因家族序列？

在做生信下游基因分析的时候，我们通常需要下载兴趣基因的序列信息构建进化书什么的，如果兴趣基因比较少，那么可以直接在NCBI上搜索这个基因下载序列。但如果兴趣基因很多，如果逐个下载就会很麻烦了。

Akoya·2022-02-05 23:44

Paper-30 多种类胡萝卜素对人类粪便微生物群的影响 Effect of Selected Stilbenoids on Human Fecal Microbiota2020-12-21

EffectofSelectedStilbenoidsonHumanFecalMicrobiotahttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6412329

RashidinAbdu·2022-02-05 14:14

PyMOL命令

在线下载pdb文件：先在NCBI子数据库structure检索所需要的蛋白结构，https://www.ncbi.nlm.nih.gov/structure/?

佳名·2022-02-05 03:25

GEO数据集基因名转换LncRNA

2.NCBI及ENSEMBLE文件比对，无疾而终，不是代码有错误，就是需要特殊PERL文件。3.FA

滄海茫茫·2022-01-14 15:57

LINCS1与LINCS2数据库

/document/d/1q2gciWRhVCAAnlvF2iRLuJ7whrGP6QjpsCMq1yWz7dUPart1、LINCSPhaseIL1000--GSE92742https://www.ncbi.nlm.nih.gov

小贝学生信·2022-01-11 10:58

RNA-Seq data analysis

ThePP2A-interactorTIP41modulatesABAresponsesinArabidopsisthaliana”，这篇文章为例；示例文章获取bioproject号；bioprojectNCBI数据库搜索NCBI

胡小兵plus·2021-12-03 15:22

Aspera 下载SRA数据

之前提到Aspera上传基因组数据到NCBI，本次学习如何利用Aspera快速下载SRA数据。

斩毛毛·2021-11-30 21:32

批量下载fasta文件和gbk文件

GenBank数据库是在科研工作中经常用到的数据库之一，它由美国国家生物技术信息中心(theNationalCenterforBiotechnologyInformation，NCBI)建立和维护。

xw_欢乐豆·2021-11-05 12:04

NCBI|16S原始数据上传

小编这两天为大家演示了宏基因组数据上传的操作，今天为大家演示16S数据上传的操作，供大家参考，而宏基因组和16S数据上传大同小异，最大的不同就是表格的填写，大家要仔细观察哦~第一步申请Biosample编号1.首先我们需要进入NCBI

维凡生物·2021-10-25 14:45

转录组重建系统发育（一）使用fastp多rawdata进行处理

rawdata可以是从公司直接获得的测序数据或者是网上下载的数据，网上下载数据的流程参考使用SRAToolkit下载NCBI-SRA原始数据常规的质控和过滤数据是fastqc+trimmomatic，新出的

惊鸿影·2021-09-27 19:40

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