ncbi

NCBI原始SRA数据下载

下载NCBI数据，使用ascp命令是最快的，但是小编之前尝试用该命令下载SRA数据，查阅了百度上的各种参数，最后还是没有成功，可能是有个“墙”存在的原因，小编后来有一段时间使用迅雷下载，但是迅雷找SRA
geneonto·2023-02-05 00:47

2021-11-26 如何下载一个基因的外显子序列

由于基因分析的需要，有时需要下载一个基因外显子序列，可实现的方式如下：1打开NCBI主页，下拉菜单，选择gene选项image.png2输入基因名称，以SDC2为例，点击搜索image.png3选择所要下载的物种及基因
__一蓑烟雨__·2023-02-04 21:37

人遗测序数据的备份备案及共享

为发表论文故，测序数据一般需要上传至公共数据库，对我们而言，国外数据库一般选NCBI，国内的可上传至GSA。其中，人遗数据需要上传到GSA-human，其他物种数据上传到GSA即可。
fatlady·2023-02-02 15:41

如何上传测序数据至NCBI？

文章发表一般要求将测序数据上传至NCBI的SRA（SequenceReadArchive）数据库。上传到NCBI的数据可归纳为两大类：测序原始数据和分析数据。
husy_·2023-02-01 20:49

10 靶点预测

我们可以用PubChem数据库（https://pubchem.ncbi.nlm
油炸椒盐菠萝·2023-02-01 13:00

原始数据上传NCBI-转录组数据

经常碰到老师在文章接收过程中，编辑要求将原始数据上传NCBI，要是没有数据上传经验的不要慌，小编手把手教你如何快速上传数据至NCBI（一）NCBI账号：上传数据必须有自己的NCBI账号，2022年以前注册的
geneonto·2023-02-01 04:23

写一个根据NCBI Gene ID自动下载对应核酸序列的Python程序

最近成为了硕导，克隆基因的基本工作就是获取对应的基因组序列，启动子，内含子等信息。为了降低学生学习获取核酸序列的难度，准备写个傻瓜脚本用来fetch基因组核酸序列文件。因为不想用selenium，因为还要开启浏览器和驱动所以用BeautifulSoup和request。#-*-coding:utf-8-*-"""CreatedonTueDec2111:05:152021@author:Bohan"
BohanL·2023-01-30 08:09

蛋白质多序列CD-HIT处理

流程：1：蛋白质去除标签，筛选为单一标号（GI、ACESSION）2：登录批量下载蛋白质地址https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/batchentrez?
LostWinds_0401·2023-01-29 21:51

如何查询NCBI里基因信息的所有历史版本

虽然没有大块时间学习，但是日常的小技能还是经常会get到一些，今天要分享的就是如何查询NCBI里基因信息的历史版本。在NCBI里查询某个基因的信息时，我们经常能看到这样的注释：网站会告诉你关于这个基因
生信start_site·2023-01-29 14:58

2020-08-14软件安装（生信Linux)篇三

二进制版本文件，下载下来，放到环境变量就可以使用wgetftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/2.7.1/ncbi-bla
c4d82bfede08·2023-01-29 07:13

CNCB原始数据下载

CNCB（ChinaNationalCenterforBioinformation，国家生物信息中心），对标的NCBI，对国内研究者来说，数据上传跟下载方便的多，现在国内越来越多的数据都上传到该数据库。
geneonto·2023-01-28 02:09

通过blast在基因组中找相似序列

bwa，通过AS和XS标签判断是否有次优比对；但是这种方法无法知道这段序列所有可能的比对位置；另一种方法就是blast，blast分为网页版以及本地版；网页版blast网址：https://blast.ncbi.nlm.nih.gov
生信汪·2023-01-27 14:56

生信 使用SRA Toolkit下载SSR数据

https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/srasoftware--download下载了NCBISRAToolkit解压后得到2进制的exe工具包快捷键win+R，sysdm.cpl
zky___·2023-01-19 08:50

ConsensusClusterPlus根据基因表达量对样品进行分类

#http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2881355/一致聚类方法，采用重抽样方法来验证聚类合理性。
aorong2257·2023-01-15 19:22

snapgene怎么比对序列_SnapGene教程—常用生物学软件的安装与应用（一）

首先我们在NCBI上下载pUC57的FASTA序列。打开SnapGene
weixin_39531688·2023-01-11 08:58

ATAC-seq数据分析（一）

数据选择符合要求的数据（具体要看论文，这篇论文就提到了有的ATAC数据和RNA数据没有pass）,选择完数据后点击AccessionList，会得到SRR_Acc_List.txt2.使用sratoolkit(NCBI
hyena_7·2023-01-09 17:46

UMLS—记录一些使用

UMLS参考手册https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK9676/MetaMapMetaMap是一个把生物医学文本与UMLS超级词表中的概念匹配起来的程序MetaMap
zmcadlf·2023-01-05 21:06

生信小白如何进行单基因的鉴定及功能分析

1、如果是测序得到的一段新的核酸序列（如果知道基因的CDS就省了看这一步）首先，我们需要预测该段核酸序列的ORF，可以用在线的网站NCBI（https://www.ncbi.nlm.nih.
生信漫谈·2022-12-30 22:32

（Research）高分辨率单细胞图谱揭示非小细胞肺癌组织驻留中性粒细胞的多样性和可塑性

Tips:高分辨率单细胞图谱揭示非小细胞肺癌组织驻留中性粒细胞的多样性和可塑性（CancerCell），原文链接:https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/36368318/摘要：
TTS56·2022-12-30 12:43

（Research）深度迁移学习使循环肿瘤细胞的病变追踪成为可能

Tips:深度迁移学习使循环肿瘤细胞的病变追踪成为可能（NatCommun），原文链接:https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/36509761/摘要：CTC做为液体活检中最重要的一个目标
TTS56·2022-12-30 12:34

干货分享|被PubMed收录的论文，在MEDLINE和SCIE能检索到吗？

PubMedPubMed是由美国国家医学图书馆（NationalLibraryofMedicine，NLM）的国家生物技术信息中心（NationalCenterforBiotechnologyInformation，NCBI
EA-ISET学术·2022-12-30 05:35

常用生物信息学数据库简介

常用生物信息学数据库简介1、常用数据库NCBI（美国国家生物数据库）EnsemBI（欧洲生物数据库）Uniprot（蛋白质数据库）2、[在线工具galaxy](https://usegalaxy.org
小飞棍来喽~·2022-12-29 03:03

解析DNA甲基化临床科研 | 无论什么科室，一定要有project的经典视角｜易基因

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/31815535/）（DNA甲基转移酶DNMT靶向特定基因组特征。
易基因科技·2022-12-28 23:52

各种常用的处理命令

●在fastq-dump拆分SRA文件时遇到报错image.png解决方案：因为NCBI上的下载链接从http变为了https，所以安装最新版sratoolkit即可解决问题●使用fasterq-dump
千万别加香菜·2022-12-26 12:00

GEO芯片数据分析更新（补富集分析与WGCNA）

GEO数据挖掘，表达芯片分析举例：王同学近期拟通过生物信息学相关软件与数据库来探讨女性非抽烟者的非小细胞肺癌预后相关的显著性基因及潜在的治疗靶点，他在NCBI上查询到了1套芯片数据GSE19804。
Annaaphq·2022-12-25 22:08

芯片数据分析笔记【04】 | ArrayExpress 数据库介绍

芯片数据分析笔记【01】|基因芯片的基本原理芯片数据分析笔记【02】|芯片数据库芯片数据分析笔记【03】|GEO数据库使用教程及在线数据分析工具NCBI的基因表达综合数据库GEO和欧洲生物信息学研究所(
【云森】·2022-12-24 08:06

芯片数据分析笔记【02】 | 芯片数据库

芯片数据分析笔记【01】|基因芯片的基本原理比较大的芯片数据库有美国NCBI的GEO，欧洲EMBL-EBI的ArrayExpress，日本DDBJ的GEA，不过这个GEA直接连接到ArrayExpress
【云森】·2022-12-24 08:06

来自NCBI GEO原始数据上传的一个“bug”！

现在发文章，如果使用了测序，芯片等技术，杂志社一般会要求你将原始数据上传到公共数据库中，以保证数据的真实性和可重复性，常见的公共数据库有：NCBIGEO（https://www.ncbi.nlm.nih.gov
余丁，微生信·2022-12-24 08:06

GEO芯片数据基本分析

GEO数据挖掘，表达芯片分析举例：王同学近期拟通过生物信息学相关软件与数据库来探讨女性非抽烟者的非小细胞肺癌预后相关的显著性基因及潜在的治疗靶点，他在NCBI上查询到了1套芯片数据GSE19804。
Annaaphq·2022-12-24 08:27

教你分析后缀为gpr的芯片数据

示例文件如下https://www.ncbi
生信修炼手册·2022-12-23 20:26

pandas +re获取pubmed中文献的标题和摘要

pubmed网站https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/后面加上文献的pmid号就可以查询到该文献的详情页爬虫逻辑就是，requests获取网页源代码，正则表达式进行提取，得到我们需要的内容就好了
胡小姜·2022-12-20 00:47

【生信MOOC】生信数据库1

目录【生信MOOC】生信数据库1、认识生物数据库装载的内容2、生物数据库的分类3、文献数据库——PubMed4、一级核酸数据库——NCBI的Genbank数据库4.1——大肠杆菌dUTPas（脱氧尿苷焦磷酸酶
朝荣·2022-12-19 13:25

Diamond构建本地nr蛋白库报错Error: Invalid taxonomic rank.怎么办？

一、nr数据库及tax信息下载（1）nr.gz和nr.gz.md5linux下载方法：wget-chttps://ftp.ncbi.nlm.ni
田小田_8afd·2022-12-15 16:38

GEO数据库获取基因表达数据

一、数据获取1.通过NCBI官网进入GEO（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/）；2.实验的详细信息：这部分主要关注平台信息，样本信息和表达数据3.下载相关数据时，可以直接在这里下载
一只电饭煲·2022-12-04 16:20

GEO数据库的使用（一）

1、GEO数据库介绍GEO全称GENEEXPRESSIONOMNIBUS，由美国国立生物技术信息中心NCBI创建并维护的基因表达数据库。创建于2000年，收录世界各国研究机构提交的高通量基因表达数据。
xiaobai1_1·2022-12-04 16:50

GEO和TCGA

GEO数据库全称GENEEXPRESSIONOMNIBUS，是由美国国立生物技术信息中心NCBI创建并维护的基因表达数据库。
我是小飞熊·2022-12-04 16:49

GEO数据库

（一）GEO数据库的基本知识网址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/platform主要是看芯片id和genesymbol一一对应需要把此文件下载sample主要是看dataprocessing
weixin_44572283·2022-12-04 16:19

【文章阅读】Selecting, designing, and developing your questionnaire

Hands-onguidetoquestionnaireresearchSelecting,designing,anddevelopingyourquestionnaire关键点questionnaireresearch论文地址https://www.ncbi.n
quintus0505·2022-12-03 08:43

geo差异表达分析_GEO数据库下载表达矩阵之后做下游分析

首先打开网页：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?
小芋头君·2022-11-25 01:51

GEO数据挖掘（2）-GEO数据库

如GSE84498:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE84498了解4个概念GEOPlatform(GPL
我是菜鸟www·2022-11-25 01:20

GEO数据挖掘（一）基础介绍

生信技能树学徒学习第二周一、GEO数据库简介GEO全称GeneExpressionOmnibusdatabase，由美国国立生物技术信息中心NCBI创建并维护的基因表达数据库(通过NCBI首页，AllDatabases
yuxiang&chenxi·2022-11-25 00:14

Linux做RNA-seq上游分析基本流程

本机处理器两核心两线程（多核心多线程在比对时占优），操作系统是Linux，发行版是deepin20.1社区版参考http://www.bio-info-trainee.com/2218.htmlhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov
Senoh.·2022-11-24 16:39

本地BLAST的使用方法及基本操作步骤

BLAST+程序下载与安装BLAST+安装包下载地址：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/根据自己的系统选择不同的安装包
你大佬来啦·2022-11-24 09:06

初探生物信息数据库——生信原理第一次实验报告（华农）

初探生物信息数据库——生信原理第一次实验报告（华农）1实验目的熟悉NCBI数据库Entrez检索系统，会使用关键词检索NCBI、UnitProtKB、PubMed等数据库，能理解检索结果页面各条目含义。
Dream of Grass·2022-11-24 09:34

CellMarker 2.0 | 鼠标点一点就完成单细胞分析的完美工具~

网址如下：http://bio-bigdata.hrbmu.edu.cn/CellMarker/index.html2Singlecellwebtools概览作者通过搜索GEO(https://www.ncbi.nlm.nih.gov
生信卷·2022-11-19 13:04

NR数据库的物种注释

构建方法如下：方法一：从NCBI官网下载相应物种的AccessionID在2017年之后的nr/nt数据库变成不再支持gi号搜索的。所以我们不可以根据gi号来分离并构建对
songyi10·2022-11-19 01:15

NCBI数据库以及常用编号

NCBI数据库在微生物测序分析中，常常需要对未知的核酸或蛋白序列进行物种,功能或类别注释。注释方法种类较多，其中最常用的是与一些标准数据库进行相似性搜索，也就是序列比对。
songyi10·2022-11-19 01:45

下载基因组注释文件并统计基因数量

1.搜索基因NCBI的Assembly数据库是一个综合基因组数据库，首先打开NCBI，将搜索框勾选为Assembly，输入需要搜索的基因名称，搜索目的基因组，搜索结果如图1.1，在页面左边可以看到它的基本信息
博叽要进化·2022-10-22 18:09

怎样高效阅读一篇文献？

重要的如ISI,Medline,Ncbi等了。因人而异添加数据库到你的收藏夹。了解与自己研究方向有关的机构,密切关注在该研究领域和方向的顶尖group所发表的论文并认真研读。
小白学视觉·2022-10-12 10:17

如何下载基因组注释文件和复制链接（以GCA_000817325.1为例）

进入NCBI，search点击Genomes勾选，DownloadPackage,选择基因组注释文件，有GFF、GTF两种格式这样就可以直接下载基因组注释文件啦如何得到基因组注释文件的链接？
白柳的狗·2022-10-04 16:55
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