ncbi 第2页

转录组重建系统发育（三）使用minimap2过滤掉序列中的叶绿体和线粒体基因

使用conda安装minimap2，并在NCBI上下载一些与你目标物种相近物种的叶绿体和线粒体基因组。

惊鸿影·2023-12-04 21:57

生信软件9 - 多公共数据库数据下载软件Kingfisher

支持从公共数据库（ENA、NCBI、SRA、AmazonAWS和GoogleCloud）获取序列文件及其元数据注释。

生信与遗传解读·2023-12-04 06:18

本地blast与nr/nt库

步骤一：NT/NR库全库下载用wget对数据库进行下载NT/NR库：https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/NT库有76个子文件构建成NT全库NR库有63个子文件构建成

筱贺学生信·2023-12-03 18:59

linux设计引物探针,恳请相助：Taq man引物和探针设计

实验要求为：用实时荧光定量PCR检测损伤前后大鼠某一基因的表达变化，选用Taqman法，从ncbi中查到基因cDNA序列如下：(基因编号：NM_053613)1atgaagagggcgtcctccggaggaagccggctgccgacatgggtgttatggctacaggcc61tggagggtagcaacgccctgccctggtgcctgtgtgtgctacaatgagcccaaggtca

DoUble Du·2023-12-03 07:55

GEO数据库下载

GEO（GENEEXPRESSIONOMNIBUS），https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/，由美国国立生物技术信息中心NCBI创建维护的，是个公开的基因数据库，包含了测序和芯片数据

翾格格·2023-12-03 00:12

宏基因组分析指南--综述

Apracticalguidetoampliconandmetagenomicanalysisofmicrobiomedata第一作者：Yong-XinLiu时间：2021May发表期刊：ProteinCellpubmed:https://www.ncbi.nlm.nih.gov

亦是旅人呐·2023-12-02 12:27

Tools:aspera上传数据到SRA数据库

1.先注册NCBI账户,然后访问https://submit.ncbi.nlm.nih.gov/subs/sra/，创建新的提交image.png按照步骤，一步步填写内容，第5和6步骤比较费时间，需要下载模板

wo_monic·2023-11-30 22:17

生信log18|一个上传基因组到NCBI的图文详细教程

开篇废话一下：>这篇日志分享的实际上是我总结了NCBI基因组上传流程并分享给组内同学参考的PPT教程，当然我们PPT上面还有16SrRNA基因的上传教程，因为是师兄做的，此处不作分享，仅分享基因组上传的部分

周芷希Hazel·2023-11-30 14:24

【现学现卖】宏基因组数据与深度学习

现在测序技术发展快速，序列数据越来越多，NCBI中SequenceReadArchive(SRA)数据库中的reads成倍地增长。

乔伊nikkie·2023-11-30 13:34

如何NCBI上传Genbank数据

作者：llama审稿：童蒙编辑：amethyst01登录NCBI与前面是相同的步骤，此处就不再重复了，登录完成后同样点击首页的submit进入即可，进入后往下翻页，看到Genbank提交数据，选择对应的选项即可

生信阿拉丁·2023-11-26 18:44

生物活性分子库

Pubchemweb:https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/PubChem是美国国立卫生研究院（NIH）的开放化学数据库。

DJ.马·2023-11-24 12:15

R语言——taxize（第四部分）

taxize（第四部分）3.taxize文档中译3.71.nbn_synonyms（从NBN返回具有给定id的分类群名称的所有同义词）3.72.ncbi_children（在NCBI中搜索类群的子类群）

ALittleHigh·2023-11-24 03:10

从头测序+重测序 | 利用细菌二/三代测序组装全基因组草图，注释，并应用于遗传分析...

假设你分离到了一株菌，是一种当前研究地少、或新发现的物种，NCBI也无参考基因组，那么：①需要从头组装；②二代测序Reads太短，为了获得最大的contig或染色体，就可能需要加些三代测序数据；③组装好了之后就要注释

生信宝典·2023-11-22 03:03

GEO数据挖掘-数据下载

GEO（GeneExpressionOmnibusDatabase),是由NCBI开发和维护的一个公共数据库。储存有基因芯片数据，新一代测序数据以及其他形式的高通量功能基因组数据。

活捉一只Sophie·2023-11-22 03:49

R语言——taxize（第三部分）

taxize（第三部分）3.taxize文档中译3.24.genbank2uid（从GenBankID获取NCBI分类UID）3.25.getkey（获取API密钥的函数）3.26.get_boldid

ALittleHigh·2023-11-21 14:59

使用R语言的clusterProfiler对葡萄做GO富集分析

葡萄的参考基因组下载自NCBI，下载链接是https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCF/000/003/745/GCF_000003745.3_12X/基本流程是

小明的数据分析笔记本·2023-11-21 04:20

【经验分享】NCBI设计引物——最详细说明及教程！！！适合0基础~

引物设计参数红色的表示需要改绿色的表示不需要改箭头表示普通PCR接下来，我们需要简单地为引物设计设定一些参数1.输入目的模板：2.引物位置和产物大小（qPCR可以设置跨越两端的外显子的长度，PCR也可以控制左右引物位置）需要要求产物长度80--200bp，太短或者太长都不适合做荧光定量PCR检测，特别是荧光定量PCR的引物，要控制TM=60℃左右。3.是否跨越外显子区域当我们设计原核生物(如细菌、

码农耕地人~go·2023-11-17 12:50

clermontyping安装使用

1安装依赖根据github主页提供的指示，我们需要安装以下依赖：1.1BLAST+下载并解压包：wgethttps://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/LATEST

Odd_guy·2023-11-15 22:15

R语言——taxize（第一部分）

**从NCBI上获取唯一的分类标识符**2.2.**获取分类信息**2.3.获得类群的直系子类群2.4.向下检索子类群直至某个阶元2.5.向上检索类群直至某个阶元2.6.检索同物异名2.7.从多个数据

ALittleHigh·2023-11-15 00:34

2021.01.05【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第四章局部比对搜索基本工具-BLAST 上）

学习目标学会在NCBI网站上进行BLAST搜索理解BLAST各个参数的用途理解BLAST搜索的三个步骤（整理，扫描/延伸，回溯）;理解BLASTE值和分数的数学关系；阐明BLAST搜索的策略引言基本局部比对搜索工具

穆易青·2023-11-14 01:41

2020.11.3【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第二章序列数据的获取下）

2.7基因组浏览器三个主流基因组浏览器：Ensemble、UCSC和NCBI基因组组装定义：所获得的一个物种DNA序列按照染色体的形式进行的一种组装。

穆易青·2023-11-14 01:10

2020.11.14【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第三章双序列比对引言）

学习目标理解同源（包括直系和旁系同源）的含义；阐释如PAM（可被接受的点突变）矩阵的生成方法；比较PAM和BLOSUM打分矩阵的用途；理解动态规划定义，并解释全局和局部序列比对算法是如何工作的；在NCBI

穆易青·2023-11-14 00:40

组学数据上传（六）|GEO数据库数据上传实操

GEO数据库全称GENEEXPRESSIONOMNIBUS，成立于2000年，是由美国国立生物技术信息中心NCBI创建并维护的基因表达数据库，主要收录高通量基因表达数据。除SRA数据库之外，GEO

bioyigene·2023-11-13 16:02

## 单细胞文献14-单细胞测序揭示人肝驻留免疫细胞的异质性

文章链接见：https://www.ncbi.nlm.nih.gov

土豆学生信·2023-11-02 02:42

胶原酶溶组织梭菌治疗水肿性纤维硬化性脂膜炎（脂肪团）：一项随机试验

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6693937/皮肤外科杂志。2019年8月；45（8）：1047-1056。2019年2月28日在线发布。

冰果儿·2023-11-01 22:28

dbNSFP数据库

参考文章：1.dbNSFP:ALightweightDatabaseofHumanNonsynonymousSNPsandTheirFunctionalPredictionshttps://www.ncbi.nlm.nih.g

晓佥·2023-11-01 10:39

公共数据下载和格式转换SRA-Toolkit

SRA-Toolkit简介sra是公共数据库，如NCBI的一种基本数据格式，而SRA-Toolkit主要用于数据下载和格式转换，能将sra格式的文件转换为.fstaq.gz，sam，abi，sff等常用格式

吴十三和小可爱的札记·2023-11-01 07:18

ubuntu(18.04) 安装 blast 并在php中调用

1、下载https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/2、解压，配置环境变量tarzvxfncbi-blast-2.14.1+

暗夜潜行·2023-11-01 06:16

生物信息学分析-blast序列比对及结果详细说明

Web版Blast可以直接在NCBI网站上使用，而本地安装的Blast程序需要下载和安装在计算机上。Blast的使用流程一般为输入一个查询序列，与数据库中的

小果运维·2023-10-31 09:47

人类基因组的外显子区域到底有多长

ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/CCDS/current_human/CCDS.current.txt#!

白云梦_7·2023-10-28 23:49

SRA原始数据高速下载

安装sratoolkit#安装curlxjf@ubuntu:~$sudoaptinstallcurl#下载SRAtoolkitxjf@ubuntu:~$curl-Ohttps://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov

谢俊飞·2023-10-28 04:48

根据Uniprot ID/PDB ID批处理获取蛋白质.pdb文件

1.根据UniprotID批处理获取蛋白质.pdb文件由于Uniprot的ID号可能对应多个NCBI的ID，但是根据Alphafold可以获取其唯一的PDB文件，所以用代码批处理获得.pdb文件如下：importpandasaspdimportnumpyasnpfromBioimportSeqIOfromBioimportPDBimportrequests

李划水员·2023-10-28 03:53

自噬相关文献【自找01】

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/?

医只蜗牛·2023-10-26 12:42

从 PubMed 的 HTML 页面提取标题和摘要文本（自学42天）

从PubMed的HTML页面提取标题和摘要文本在PubMed摘要网页(如http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18235848)，可以轻松地访问相关的HTML源代码。

天明豆豆·2023-10-26 04:57

Fastq文件的获取

Fastq文件的获取linux下安装SRAToolkit工具使用SRAToolkit工具下载SRA数据Fastq文件的获取author:CYH-BIdate:2023.10.25Fastq文件得获取,可以从NCBI

CYH-BI·2023-10-25 12:37

引物设计

引物设计——QPCR一、序列查找参考汉恒生物技术文档常用数据库NCBI-GeneBankNucleotideGeneNCBI不多做介绍。

谢某丶·2023-10-25 02:55

GEO、SRA和Bioproject这几个是什么关系呢？以及数据下载方法

网址：https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/image.pngimage.pngGEOID一般指代的是NCBI基因数据上传后的ID代号，一般都是一个页面，这个页面一般提供的都是中间文件

村长吃火锅·2023-10-23 08:59

用IGV判断NGS链特异性

现在很多人都从NCBI上下载高通量测序的SRA文件重新分析利用，想要更加准确地利用这些数据，首先要明确SRA的特征。测序的目的是一方面，建库的类型是一方面，链特异性也是很重要的一方面。

木制品_1125·2023-10-23 00:49

通过 blast 结果查看测序数据fastq是否被污染，以及污染reads所属物种、所占比例

1.下载blast版本地址：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/LATEST/blast使用手册《BLASTCommandLineA

风风是超人·2023-10-21 02:57

如何利用NCBI预测基因的结构域和保守位点

该工具位于NCBI中。具体我们可以进入NCBI后选择ConservedDomain然后点击Search。出现如下界面，黄色部分即是本次要讲的工具。

天明豆豆·2023-10-21 01:06

基因ID类型

GeneID（EntrezGeneID）：来源于Entrez基因数据库的编号系统，Entrez基因数据库归属于NCBI的子数据库，整合了核酸、蛋白、基因组等生物信息检索系统。

翾格格·2023-10-20 17:23

生信教程 | 基于PSMC估计有效群体大小

数据Genome：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/datasets/genome/GCF_000001905.1/Bam：https://www

冷冻工厂·2023-10-20 07:20

生物信息学的研究方向

NCBI是推动基因组、计算生物学和数据分析方面的软件开发，发布生物医学领域的信息，为生物医学和生命科学研究提共了大量

终是蝶衣梦晓楼·2023-10-16 10:34

生信笔记1-NCBI下载SRR并转为fastq文件

NCBISRA数据库文件的下载和转换为fastq的工具SRAToolkit安装首先进入官网下载对应版本的SRAToolkit：Download:Software:SequenceReadArchive:NCBI

江湾青年·2023-10-11 18:45

Sci 论文参考文献期刊引用名PubMed缩写查询、endnote格式自定义方法

Sci论文期刊引用名PubMed缩写查询、方法先上网址：PubMed：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/?

chenyfan_·2023-10-09 15:03

SRA数据下载（通过EBI-ENA数据库，使用ASpera）

需要一定的Linux系统的操作命令认识以及生信知识（包括NCBI数据库检索等）。需要注意：登录NCBI或EBI-ENA数据库时

彼岸花128·2023-10-08 08:59

NCBI下载nt/nr/swissprot库

NCBI下载nt/nr/swissprot库1.确定你要下载文件的位置https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/2.进行下载方法一：使用wget，nohupwgethttps