rna甲基化

基因检测，预防疾病及抗衰老

关于基因，大家应该耳熟能详，基因是指携带有遗传信息的DNA或RNA序列，也称为遗传因子，是控制性状的基本遗传单位。基因通过指导蛋白质的合成来表达自己所携带的遗传信息，从而控制生物个体的性状表现。
遇见更好的我自己·2021-06-21 07:37

DMRcalling之comb-p原理2019-12-02

https://www.biostars.org/p/54994/)https://github.com/brentp/combined-pvalues/各种高通量技术可生成全基因组数据，用于研究DNA结合，甲基化状态和组蛋白修饰等过程
机器人会画画·2021-06-21 06:38

RNA分子m6A机制研究4：核心机理

相当多的老师是在研究m6A对靶标RNA的调控机制。我们在2020年底讨论过3类m6A的经典思路。
纪伟讲测序·2021-06-21 04:58

RNA-seq从入门到自闭（前言+数据获取）

这个周末前，CJ大神终于完成了RNA-seq流程中从原始SRA数据获取到RNA-seq定量的一系列插件。具体文章见链接。
邵扬_Barnett·2021-06-20 17:03

2018-03-15市场活动

市场活动促销及其上新公司金斯瑞捷瑞天昊内容金斯瑞活动时间3.12-5.31，新客户减免200，老客户七折，3天交付捷瑞三种提取试剂盒上新，涵盖大部分类型样本，量血液基因组DNA直接提取试剂盒（离心柱型）天昊mRNA甲基化检测简评捷瑞还是第一次做这种提取试剂盒
科与·2021-06-20 14:16

单细胞转录组：Smart-seq 2还是10X Genomics Chromium?

但是基于2017年ChristophZiegenhainetal[1]对6种单细胞转录组技术及2019Broad研究所的团队对7种单细胞RNA测序方法进行了比较[2]，某些特殊或者少量细胞样本的单细胞转录组研究中
易基因科技·2021-06-20 14:24

单细胞数据分析神器——Seurat

近两三年，单细胞技术从最开始的基因组，转录组测序，发展成现在的单细胞DNA甲基化，单细胞ATAC-seq等等。
呆呆聊生信·2021-06-20 07:03

microRNA调控m6A RNA甲基化文献解读

本文通过比较分析基因和细胞特异性的mRNAm6A甲基化的几个特点，揭示了4种不同分化程度的多功能细胞mRNA的m6A修
Ray钱·2021-06-20 05:02

RFectSP悬浮细胞 siRNA转染试剂

RFectSP可用来转染siRNA、antisenseRNA、microRNA等200bp以内的小分子RNA和DNA。
小姐姐爱跳舞·2021-06-19 08:30

SNP（Single Nucleotide Polymorphisms）

SNP在CG序列上出现最为频繁，而且多是C转换为T,原因是CG中的胞嘧啶常被甲基化,而后自发地脱氨成为胸
夸克光子·2021-06-16 10:57

文献分享-CRISPR介导的活细胞内RNA和蛋白互作检测

NatureMethods》上的文章，CRISPR-assisteddetectionofRNA–proteininteractionsinlivingcells，本文成功开发出了一种CRISPR介导的活细胞内RNA
去学习一下啊·2021-06-15 19:01

circRNA的ceRNA机制研究文献解读

文献摘要非编码RNA已经显示调节多种恶性肿瘤的肿瘤进展的基因表达，以前的研究表明，大型肿瘤抑制激酶1（LATS1）在胃癌（GC）中起肿瘤抑制剂的作用，但是，非编码RNAs调节胃癌（GC）中LATS1表达的潜在分子机制尚未确定
Ray钱·2021-06-15 15:54

Nanopore测序笔记

原理：基于不同建立经过纳米孔时，电流信号的差异典型应用：读长比较长，利于拼接解决动植物多倍体高重复、高杂合的特性也适用于细菌拼接对RNA直接测序，无需反转录，直接识别RNA的碱基修饰适合检测大片段结构变异测序长度越长对定相分析越有利测序设备设备名称特点
fables008·2021-06-15 08:56

微量样本RNA甲基化m6A技术比较

RNA免疫沉淀后通过高通量测序（MeRIP-seq），是转录组范围内检测m6A修饰位置最为有力的技术方法。常规免疫沉淀富集需要上百微克的总RNA，这限制了其在许多领域的应用。
易基因科技·2021-06-15 06:40

转录组差异表达分析—ballgown

ballgown是一个差异表达分析RNA-Seq数据的R包对数据的要求：1.RNA-Seqreads应已比对到参考基因组上。2.转录组应已经组装或下载参考转录组。
stanford_strive·2021-06-15 05:55

RNA_seq笔记

知识点相关性分析，在表达差异分析之前，评断样本的重复性分组：+转录组测序：mRNA，samllRNA,Non_codingRNAchip_seq蛋白参考基因组：文章里的出处RNA_seq流程https:
zs_fighter·2021-06-15 00:17

纯生信分析套路 综述|癌症中m6A与非编码RNA之间相互作用新见解

说起国自然研究新宠儿“m6A甲基化修饰”，想必大家都不陌生，m6A甲基化是包括mRNA和ncRNA（即非编码RNA，包括miRNA，rRNA，circRNA和lncRNA等）在内的所有RNA最普遍的表观遗传修饰
呆呆聊生信·2021-06-14 22:37

讨厌又迷人的reads去重复

太长不看系列RNA-seq一般不去重复ChIP-seq一般去重复callS
鹿无为·2021-06-14 15:20

ggplot2：如何优雅地绘制箱线图

Step1：数据的预处理这里我们利用GEO中单细胞RNA测序数据来练练手。数据来源：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc
MC学公卫·2021-06-14 09:26

手把手带你迈过“细胞周期”流式检测的门槛

分裂间期分为三个连续的阶段：第一阶段称为G1期，细胞对环境进行“监测"，当接收到必要的信号后，细胞便开始合成RNA和蛋白质来诱导细胞生长；一旦条件合适细胞便进
天涯清水·2021-06-14 06:39

每个人都有观点 ≠ 每个人都有自己的观点

就像病毒把自己的RNA编辑进你的细胞核内，不知不觉的让细胞合成它所需要的物质，然后你认为按照细胞核指令生成的物质都是自己的“需要”，是自己的物质。
一坪枫木·2021-06-13 23:03

深度学习在scRNA-seq数据处理中的应用

一起来看～1、scRNA-seq数据处理中的挑战单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术正带给生物医学领域新的发展，研究者利用这一技术能细致分析单个细胞层次上的信息。
生信阿拉丁·2021-06-13 05:07

RNA sequencing: the teenage years（中篇）

前言这一部分主要涉及常规RNA-seq的数据分析，提到了常见的数据分析流程。
小白要变大神·2021-06-13 00:12

total RNA-seq和ploy(A) plus RNA-seq的区别

totalRNA-seq(whole-transcriptomesequencing全基因组测序):对于所有RNA分子进行测序（编码区，非编码区）但如果我们只关注编码区的话，显然TotalRNA-seq
坐看云起时zym·2021-06-12 16:26

血浆微生物在癌症早筛中的应用探索

，但随着11月初国内杭州XXX的“常卫清”拿下单癌种早筛的IVD第一证；国外Grail宣布其泛癌种早筛产品Galleri™将于2021年以LDT模式正式推向市场，以人基因组层面的DNA突变，表观遗传，RNA
星尘_ec92·2021-06-12 12:52

RNA-seq: Kallisto+Sleuth(1)

RNA-seq分析通常有以下几种流程。第一种是参考基因组，即先通过HISAR、STAR等软件把序列比对到参考基因组然后再进行转录本鉴定及定量。
jlyq617·2021-06-12 11:51

哪个季节给宝宝补锌最关键！

锌存在于众多的酶系中，如碳酸酐酶、呼吸酶、乳酸脱氢酸、超氧化物歧化酶、碱性磷酸酶、DNA和RNA聚中酶等中，是核酸、蛋白质、碳水化合物的合成和维生素A利用的必需物质。具有促进生长发育，改善味觉的作用
美丽儿童健康·2021-06-12 10:49

6月数据库汇总(截止6.21)上

(1)疾病相关数据库；(2)DNA相关数据库；(3)RNA相关数据库；(4)蛋白相关数据库；(5)组学分析流程数据库；(6)微生物和老鼠相关数据库；(7)其他数据库。
xhog·2021-06-12 08:56

Seurat使用教程（v3.0）

Seurat使用教程（v3.0）Seurat是一个分析单细胞转录组数据的R包，用于QC，分析和探索单细胞RNA-seq数据，相关资料如下：参考教程测试数据具体流程如下：graphTDA[安装Seurat
xianmao123·2021-06-11 14:20

低聚果糖的安全性和生产方法

后来通过甲基化、气液色谱法(GLC)、气相色谱一质谱(联用)法(GC一MS)和核磁共振(NMR)分析得出了微生物果糖转移酶生产的低聚果糖GF1,GF2,GF3的化学结构式,并明确了其作用机理。
凡秘能·2021-06-11 14:59

从零开始学Circos绘制圈图（一）

用来描述基因组的基因密度分布，转座子的密度分布，和其他物种或者多倍体的多套染色体间的共线性关系，以及其他各种你只要测序就能加上的信息，比如说你要是测了ATAC-seq，加上全基因组开放状态，要是测了多个组织，多个时期的RNA-seq
xuzhougeng·2021-06-11 00:13

深入理解RNA-seq

RNA-seq数据介绍学习RNA-seq文章https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/pmid/20436464/https://www.ncbi.nlm.nih.gov
zhoujj2013·2021-06-10 21:38

circRNA数据库...持续更新中

circRNA数据库circRNA是什么circRNAs（CircularRNAs，环形RNA分子）是一类不具有5’末端帽子和3’末端poly(A)尾巴，并以共价键形成环形结构的非编码RNA分子。
天涯清水·2021-06-10 13:50

反思录2021-05-23

今日反思：文献汇报，详细将shankar的文章，简单提提glyco-RNA。冲突发生时保持冷静，别被对方的话和逻辑带跑。今日idea：始终牢记最重要的事情，因为一些杂事偏离主线太多就是白忙活。
考拉王的桉树·2021-06-10 05:02

表观遗传--RNA甲基化之m6A

前沿表观遗传学，包括组蛋白共价修饰(covalenthistonemodification)、DNA甲基化修饰(DNAmethylation)、RNA甲基化修饰(RNAmethylation)、基因组印记
假装_学霸·2021-06-09 20:05

系统生物学课程相关文献

RNA-Seq、ATAC-Seq、单细胞分析等1.ATAC-seq技术及数据分析Buenrostro,J.,Giresi,P.,Zaba,L.etal.Transpositionofnativechromatinforfastandsensitiveepigenomicprofilingofopenchromatin
PureZhang·2021-06-09 17:14

关于bismark和DSS的input相关问题

问题的由来：最近尝试在做call差异甲基化区域的时候，选用了两款软件bismark+DSS的分析流程，当时还是比较菜，没有可理解透彻这两款软件的原理。感谢贤哥不嫌我愚钝，为我排忧解难。
小潤澤·2021-06-09 12:01

Linux上如何快速安装RNAhybrid软件

RNAhybrid是一款很好用的RNA杂交软件，那么如何安装呢首先在官网下载src源代码文件https://bibiserv.cebitec.uni-bielefeld.de/rnahybrid?
bioinfo2011·2021-06-09 10:49

bulk RNA-seq canonical workflow（salmon和subread）

References：1.RNA-seq(4)：Hisat2+FeatureCounts+DESeq2流程+作图！
CuteCurse·2021-06-08 18:12

RNA-seq流程[conda使用]

每个版本都有Python2和Python3的版本，这里我们选择python2的版本，对目前大多数软件可用https://mirror.tuna.tsinghua.edu.cn/help/anaconda/下载miniconda#https://conda.io/miniconda.htmlwget-chttps://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda2-la
Alex_cactus·2021-06-08 16:23

Elite Fect-II小核酸体内转染试剂盒

EliteFect-II可用来转染siRNA、antisenseRNA、microRNA等200bp以内的小分子RNA和DNA，目标转染脏器主要是肝脏，也可以是肺脏和骨髓。Elite
小姐姐爱跳舞·2021-06-08 01:42

子宫内膜癌TCGA分子分型

我们对373例子宫内膜癌样本进行了全方位的全外显子测序，对基因的突变图谱进行了全方位描述，基于芯片对肿瘤拷贝数变化进行全方位描述，基于RNA测序对基因表达进行全方位描述，基于甲基化芯片和蛋白质芯片对重要的蛋白质通路进行多层次描述
半夏长安·2021-06-08 01:46

2020-02-05

很多人常拿我们跟细菌放一起说事儿，我可比细菌简陋的多，它有细胞壁、细胞膜、细胞质等等，而我只有蛋白质外壳和RNA。如果把它比作是家具齐全的精装修的话，我就一没水没电的毛坯房。
张海涛海涛·2021-06-07 22:46

从TCGA数据库下载并整合清洗高通量肿瘤表达谱-临床性状数据

测序上游分析系列：mRNA-seq转录组二代测序从rawreads到表达矩阵：上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量测序pipeline：从rawreads，鉴定已知miRNA-预测新
ZZZZZZ_XX·2021-06-07 15:35

致敬在一线的卫士们

冠状病毒属的病毒是具外套膜(envelope)的正链单股RNA病毒，直径约80-120nm，其遗传物质是所有RNA病毒中最大的，只感染人、鼠、猪、猫、犬、禽类脊椎动物。冠状病毒的
临泽四中初一9班史建龙·2021-06-07 11:07

TCR

TRUST1、概述TRUST，是从RNA-seq原始数据组装到TCRCDR3的软件，专门为RNA-seq数据设计的工具[Ref1]。
_linun_·2021-06-07 09:00

RNA-seq转录组名词解释基础

2019年7月24日，NatureReviewsGenetics上发表了一篇了RNA-seq的综述，文献信息如下所示：Stark,R.,etal.(2019)."
小白要变大神·2021-06-06 19:39

基因功能注释方法

denovo组装得到的基因组进行的下一步分析就是基因组注释，通常注释内容主要包括以下四个方面：基因结构注释、基因功能注释、重复序列分析、非编码RNA注释。本文主要介绍真核生物中的基因组注释方法。
xiaosine·2021-06-06 16:40

【免疫>>TME分型】03.Cibersort+亚型+结直肠癌

多用于芯片表达矩阵和RNA-seq估计免疫细胞细胞浸润。ConsensuClusterP
高大石头·2021-06-06 15:10

酵素是骗局？酵素会被胃酸破坏？

先简单说说酵素——酶这种东西，属性是蛋白质，RNA，体积很小很小，只有千万分之一毫米那么大，它的作用是催化各种生化反应。
Anny湘·2021-06-06 07:12
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