rna甲基化第37页

Tophat2 error

RNA-seq数据检测融合基因，在tophat-fusion这一步报错：./SeqAn-1.4.2/seqan/basic/basic_exception.h:236FAILED!

zhoujj2013·2021-06-06 01:53

Cell|严景华/齐建勋首次发现新冠病毒进入细胞的详细分子细节

据报道，冠状病毒是非分段的正义RNA病毒，主要在鸟类和哺乳动物

生信宝典·2021-06-05 22:43

Read count CPM RPKM

RNA-seq看表达量高低是看哪个值？1.Readcount(1)数值概念：比对到geneA的reads数。(2)用途：用于换算CPM、RPKM等后续其他指标；作为基因表达差异分析的输入数值。

wangchuang2017·2021-06-05 19:20

R包-KEGG的超几何检验和基因富集分析（菜鸟篇）

一般是高通量实验，如基因芯片，RNA-Seq，蛋白质组学（质谱结果）的后续步骤。

黄温柔体贴·2021-06-05 18:38

RNA-seq流程[sra->bam]

一：启动conda环境sourceactivateapa二：将sra转化为fastq格式ls*sra|whilereadid;do(nohupfastq-dump--split-3$id&);done三：质量报告ls*fastq|whilereadid;do(nohupfastqc-t5$id&);donemultiqc./四：质量处理#双端ls*1.fastq>1ls*2.fastq>2past

Alex_cactus·2021-06-05 14:21

2020-11-13

以RNA-SeqofHippopotamusamphibius:adultmaleskin——SRR8270566为例#####prefetchSRR8270566#下载SRA数据库的reads数据，另

Wu_tz·2021-06-05 07:46

转录组拼接很难？一文读懂转录组拼接，实战教学

转录组是细胞内所有转录产物的集合，包括信使RNA、核糖体RNA、转运RNA及非编码RNA，随着二代三代测序技术的发展，大量的reads被鉴定出来，目前最常用的转录组组装软件是Trinity。

lzufangyuan·2021-06-05 02:55

亲密关系2020

它再怎么新型，也只是由一个保护性外壳包裹的一段DNA或者RNA。这些简单的有机体仅单纯的想利用宿主的细胞系统进行自我复制。像极了干

42is42is42·2021-06-04 23:41

TCGA工具-GDCRNATools学习笔记

介绍GDCRNATools是一个R包，提供标准的，易于使用和全面的管道，用于下载，组织和综合分析GDC门户中的RNA表达数据，重点是解读癌症中lncRNA-mRNA相关的ceRNA调控网络。

土豆学生信·2021-06-04 04:23

Chip-seq的原理2020-02-11

p=2212屏幕快照2020-02-11下午2.42.31.pngH3表示组蛋白K4组蛋白上的氨基酸，甲基化的位点H3K4me2H3K4me3AcetylationH2AZ对启动子起到激活作用H3K36me3H3K79me2

机器人会画画·2021-06-04 04:09

2021-05-31 策反——CRISPR/Cas9新玩法

而同样是RNA，tracrRNA是否就一定只能与crRNA互作呢？今天分享的这项研究就告诉我们答案了——tracrRNA可以与细胞内其他

NAome·2021-05-31 08:44

转录组 RNA-seq

课堂笔记RNA-Seq标准测序6G数据，6X1024X1024X1024位（个碱基）→虽然会有波动，会受一些随机误差影响，但是reads数很多，coverage很高，表达量的测量很准overview：RNA-Seq①RNA

洛洛洛洛洛啊·2021-05-26 22:47

终于要投文章了

古树寒鸦的铁狮子坟未曾埋葬年轻的想望从北师大到化学所当小师妹从化学所来北师大当大师姐一直在用心地努力着膜我的NMR&TR-FTIR拜我的RNA&Peptides总在我绝望的时候出现拯救我的信号今天组会的收获就是老板再一次许诺年前投文章所以自己两天内要搞定啦

花沐仙Thyme·2021-05-20 20:28

lnc RNA学习笔记

概述非编码RNA，根据其长度的不同可分为长链非编码RNA和短链非编码RNA。转录本序列长度在200bp以上的非编码RNA通常被称为长链非编码RNA（longnon-codingRNA，lncRNA）。

shannonnana·2021-05-20 15:23

2019.05 week1: SingleR 全自动细胞类型注释

摘要文章使用单细胞RNA

Aji·2021-05-20 04:37

Transcript quantification/differential exp

本文为学习RNA-seq中**Transcriptquantification/Differentialgeneexpressionanalysis**过程记录。

123wwwwwwb·2021-05-18 06:59

由2018全国I卷理综第八题所想

坦率地讲，第一时间，我只看了A项，发现了果糖是双糖的根本性错误后，直接选A；B虽然现在我们用的鲁科版教材明确指出酶大多数属于蛋白质，我也上百度查过20世纪80年代又发现一种RNA酶，但平时教学我要比对人教版教材

冰儿华华·2021-05-17 06:01

“草鱼出血病”必备常识

病毒基因为双链RNA，为我国分离的第一株鱼类病毒。【流行特点】草鱼出血病是一种流行地区广泛、流行季节长、发病率高、死亡率高、危

五湖利洋水产药店·2021-05-15 11:16

RNA-seq(3):sra到fastq格式转换并进行质量控制

把RNA-seq(2)-2下载的sra文件转换为fastq格式的测序文件，并且用fastqc软件测试测序文件的质量，理解各指标的意义。

Y大宽·2021-05-15 08:19

2020-02-01

我们当时是做RNA和蛋白序列上的分析比较。首先，比较得出新型冠状病毒跟SARS病毒是最高度同源。

vick_b4bf·2021-05-15 07:07

光触媒与生物酶

生物酶则是由活细胞产生的具有催化作用的有机物，大部分为蛋白质，也有极少部分为RNA。

听风不是鱼·2021-05-14 16:41

「RNA-seq分析软件」RNA-seq比对工具STAR学习笔记

前者用于比对RNA-seq数据，后者是针对于长读长RNA数据。由于同一个程序，又需要做建索引，又需要做序列比

xuzhougeng·2021-05-14 16:07

RNA-seq分析流程大比较

HISAT2+StringTie+BallgownTophat2+cufflinks+cuffdiffHISAT2+featureCounts+DESeq2Tophat2+featureCounts+DESeq2subread+featureCounts+DESeq2subread+HTseq+DESeq2Tophat2+HTseq+DESeq2image.png可以看出比对软件相同时候，HTse

热衷组培的二货潜·2021-05-14 01:56

解析DNA损伤修复与人类健康

它储存了遗传信息，能够让遗传信息在生命物体中代代相传；并且DNA可指导RNA和蛋白质的合成。DNA分子聚集在一起，在细胞中呈现双螺旋结构。大多数DNA损伤会影响DNA分子的双螺旋结构。

基因空间·2021-05-13 04:18

RNA-seq分析文章结果重现

文章：TemporaldynamicsofgeneexpressionandhistonemarksattheArabidopsisshootmeristemduringflowering.一、查看并下载数据tr替换\t为\n；nl为对每行加行号head-n1E-MTAB-5130.sdrf.txt|tr'\t''\n'|nl|grepURIimagetail-n+2E-MTAB-5130.sdr

Dawn_WangTP·2021-05-12 00:44

计算机网络知识点脑图王道考研

百度云网盘：https://pan.baidu.com/s/1odL_T2DhXrZ94tOsyj0RnA提取码：jbk4以下是包含的内容：计算机网络网络体系结构计算机网络的功能数据通信资源共享分布式处理提高可靠性

乘风破浪的阿呆·2021-05-11 13:09

450k甲基化基础（一）

基本概念1.什么是DNA甲基化DNA甲基化是表观遗传学的中最为常见的一种修饰，其主要形式包括：5-甲基胞嘧啶(5-mC)、少量的N6-甲基腺嘌呤(N6-mA)以及7-甲基鸟嘌呤(7-mG)。

一路向前_莫问前程_前程似锦·2021-05-11 03:01

文献翻译Identiﬁcation of potential cancer-related pseudogenes in lung adenocarcinoma based on ceRNA h...

我们的研究目的是提出一种综合系统生物学方法，以基于竞争性内源RNA（ceRNA）假说鉴定疾病假基因。

柳叶刀与小鼠标·2021-05-10 11:37

2019-11-27

外显子Exon：是在preRNA经过剪切或修饰后，被保留的DNA部分，并最终出现在成熟RNA的基因序列中。内含子Intr

_七月天天蓝·2021-05-09 23:43

SCENIC单细胞转录因子分析介绍及操作

2017年发表在NatureMethods杂志上的SCENIC算法，利用单细胞RNA-seq数据，同时进行基因调控网络重建和细胞状态鉴定，应用于肿瘤和小鼠大脑单细胞图谱数据，提出并

Seurat_Satija·2021-05-07 22:47

2021-04-30 可变剪接与rMATS分析

可变剪接(Alternativesplicing)：一个基因的外显子以不同的组合方式剪接形成不同的成熟RNA，由此产生的不同的mRNA可能被翻译成不同的蛋白质构体，因此，一个基因可能编码多种蛋白质。

NAome·2021-05-07 17:06

基于DNA甲基化的分子亚型构建发5+分

MolecularsubtypesbasedonDNAmethylationpredictprognosisincolonadenocarcinomapatients”，文章作者基于TCGA-COAD队列甲基化数据对

科研菌·2021-05-05 13:56

Nanostring的表达矩阵分析也是大同小异

STINGactivationreprogramstumorvasculaturesandsynergizeswithVEGFR2blockade临床样品的特色是：通常是FFPE样本，在保存过程中往往造成RNA

生信技能树·2021-05-04 19:13

随笔 18 道金斯生物演化的逻辑 2 基因复制与自然选择

道金斯接着论述，DNA与RNA性质，用计算机来做比喻，计算机的内存分为ROM与R

魔鬼的小牧师·2021-05-04 04:30

关于multiple mapping我想说的

很多时候，我们都要选取uniquemapped的reads，尤其是在RNA-seq和CHIP-seq的时候，但是如何保留，各种教程都不一致，我稍微总结了一下，是因为使用的比对工具不一样导致的！

生信技能树·2021-05-04 01:29

（转载）ubuntu批量处理数据

使用生成的索引文件对RNA-Seq进行比对拼接nohuphisat2-p8-x/home/czou/lixin/b/chrX_data/indexes/-1ERR188044_chrX_1.fastq-

njmujjc·2021-05-03 11:24

数据库汇总-2

portal.gdc.cancer.gov/TCGA官网GEPIAhttp://gepia.cancer-pku.cn/北大Zhanglab-ZefangTang开发，包含TCGA和GTEx的9736个肿瘤和8687个正常对照样本的RNA-seq

oddxix·2021-04-30 22:32

啊啊啊啊啊啊

不开心(;_;)今天是怎么啦(・・)RNA提的也不成功，书也没看，日记也没写，考试课也没怎么看…啊啊啊啊啊啊疯了吧今天是！好久没早起跑步了，要再一次开始啊！

阿喵同鞋·2021-04-30 16:59

20141128凯史太空学院第12次健康教学耳朵丘脑（上）

Eugene整理主题：耳朵、耳蜗及丘脑凯史科技中国3【教学中提到耳蜗有两个灵魂的出口、人体的三大反应器、恋物癖是怎么回事、耳朵和性格的关系、耳鸣的成因及治疗、情感信息会记录在遗传密码DNA和RNA上，

EugeneXu·2021-04-29 01:51

基因检测仪的散热解决方案

基因是指携带有遗传信息的DNA或RNA序列（即基因

honey泰格·2021-04-28 17:14

【时令科普】生物学在读博士带你一起做高考题！

先来看看原题：29.(10分)根据遗传物质的化学组成，可将病毒分为RNA病毒和DNA病毒两种类型。有些病毒对人类健康会造成很大危害。通常，一种新病毒出现后需要确定该病毒的类型。

基因科点普·2021-04-27 13:02

“垃圾食品”未必垃圾，“健康食品”未必健康

苏黎世大学的GitaleeSarker博士与其同事给母鼠喂食高脂饮食诱导肥胖后，发现母鼠所生的儿子们会通过精子中的一类RNA

人鱼线vs马甲线·2021-04-27 06:32

From RNA-seq reads to differential expression results 从RNA-seq reads到差异表达结果

MatthewDYoung.FromRNA-seqreadstodifferentialexpressionresults.GenomeBiology2010,11:220http://genomebiology.com/2010/11/12/220这篇评论文章摘要只有一句话:有很多可用的方法和工具进行预处理高通量RNA-s

wangchuang2017·2021-04-26 05:30

万古霉素血药浓度

万古霉素作为首个糖肽类抗菌药物，是具有三重杀菌机制的杀菌剂，通过抑制细菌细胞壁的合成、改变细菌细胞膜的通透性以及阻止细菌胞浆内RNA的合成而杀灭细菌，是治疗MRSA感染的首选药物之一。

咕咕羊羊·2021-04-25 21:05

你的 EMSA protocol 请收好

凝胶迁移或电泳迁移率实验（EMSA）可用于（1）研究DNA结合蛋白和其相关的DNA结合序列相互作用；（2）可用于DNA定性和定量分析；（3）用于研究RNA结合蛋白和特定的RNA序列的相互作用。

ss的专属赫兹·2021-04-25 21:52

CHETAH-a selective, hierarchical cell type identification method for single-cell RNA sequencing

最近真的是懒得要死，很多东西真的是做了没有及时整理出来，像这篇文献已经读过了，方法也去尝试过了，但是就是没有整理出来，正所谓好记性不如烂笔头。因为自己一直在分析单细胞测序的数据，总是画了聚类图后，想着怎么鉴定出细胞类型来，然后刚好读到这篇文献，讲了用CHETAH，基于已发表的文献的鉴定出来的细胞类型来鉴定，这种感觉就像是以前用已知数据来训练未知数据一样，我感觉随着单细胞测序数据越来越多，这种鉴定方

YiyiLearn·2021-04-24 14:59

NGS二代测序技术与转化医学研究--2.RNA-seq部分

RNA-seq转录组测序与cfDNA体细胞突变检测相比，基因表达相关的RNA-seq转录组测序在常规的mRNA、非编码RNA(lncRNA、circRNA、microRNA/piRNA等)以及肿瘤融合基因鉴定方面应用较为成熟

星尘_ec92·2021-04-24 03:08

RNA-seq分析：从软件安装到富集分析详细过程

RNA-seq分析简洁版,用重新下载的肝癌数据进行从头分析，包含了以下详细过程的几乎所有流程代码和部分关键结果。同时，KEGG可视化部分用了ClusterProfiler的结果。

Y大宽·2021-04-23 23:49

ce-RNA研究套路-如何印paper

参考学习资料：https://academic.oup.com/bioinformatics/article/34/14/2515/4917355之前看了技能树的系列推文和曾老师的推荐的文献，对ce-RNA

程凉皮儿·2021-04-23 14:29

一滴血液诊断13种早期癌症的新技术下个月开始临床研究

检查法中，细胞分泌到血液中具有调节基因的作用的微物质，称之为微RNA。癌细胞和

医兮·2021-04-22 11:12

推荐频道

rna甲基化