rna甲基化第10页

RNAseq教程(4.4)

IntroductiontoRNAsequencingInstallationReferenceGenomesAnnotationsIndexingRNA-seqDataPre-AlignmentQC2.Module2-RNA-seqAlignmentandVisualizationAdapterTrimAlignmentIGVAlignmentVisualizationA

周小钊·2023-10-16 15:04

一文理清常见的基因富集分析

前言对于很多小伙伴来说，刚入手生信时接触最多的就是差异分析，即在基因组层面可以算突变率差异，转录组层面可以算基因表达水平差异，表观组可以观察甲基化水平差异，蛋白质组/代谢组可以看蛋白/代谢物丰度差异，甚至是宏基因组也可以比较菌群的丰度

生信宝库·2023-10-16 13:51

生物信息学基础知识Day1

文章目录前言一、生物大分子1.DNA2.RNA3.蛋白质二、基因组、转录组和蛋白质组1.基因2.基因组3.转录组4.蛋白质组总结前言个人学习《R语言与Bioconductor生物信息学应用》的一些笔记。

抱紧我自己·2023-10-16 10:09

DiVenn一款用于比较基因列表的交互式Venn图绘制工具

Divenn一种基于网络的基于Web的工具Divenn可以将来自多个RNA-seq实验中的基因列表进行比较，并显示每个基因(集)的调控水平和整合到Keggpathway和GOterm的数据信息。

凯凯何_Boy·2023-10-16 05:21

香格里拉野生松茸-松茸头条|讲述常吃松茸的好处、功效

香格里拉野生松茸1、抗癌抗肿瘤松茸内含有一种其他任何植物都没有的特殊双链生物活性物质——松茸醇(RNA)，具有超强抗基因突变能力和强抗癌作用，能自动识别肿瘤细胞所分泌的毒素，靶向性地与肿瘤细胞靠近、结合

松茸头条·2023-10-15 11:08

2022-09-02

单细胞分析揭示肉瘤干细胞层级和发育起源原创骄阳似我图灵基因2022-09-0209:35发表于江苏收录于合集#前沿生物大数据分析撰文：骄阳似我IF：23.177推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：1.本文通过单细胞RNA

图灵基因·2023-10-15 09:58

转录组数据分析在生物医学领域的应用

转录组测序（RNA-Seq）作为一种新的高效、快捷的转录组研究手段正在改变着人们对转录组的认识。

荞麦agan·2023-10-15 09:37

14-IF8+:纯生信分析m6A基因与白血病预后的关系

一.研究背景近两年，科学家们首次发现了一种可逆性的RNA甲基化—m6A，m6A是真核生物mRNA中最常见的修饰[1]，m6A修饰能调控基因表达、蛋白质的转录和mRNA的可变剪切[2,3]。

AAA肿瘤信息学王协·2023-10-15 07:39

IF：4+ 膀胱癌RNA结合蛋白相关预后模型

关注公众号，桓峰基因桓峰基因生物信息分析，SCI文章撰写及生物信息基础知识学习：R语言学习，perl基础编程，linux系统命令，Python遇见更好的你71篇原创内容-->公众号最近分享了很多转录组的高级别分析，有同学问我这些分析怎么才能运用到文章中，文章的都应该分析哪些，才能够发篇SCI文章呢？这期我们就选择一篇最近发表的文章，利用桓峰基因的公众号里面的教程来搞一篇paper吧！21年3月发表

90066456ace6·2023-10-15 04:17

2022-10-21

2022-10-2110:11发表于江苏收录于合集#前沿生物大数据分析撰文：huacishuIF=68.164推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：1、作者开发了MultiVelo，一种基因表达的微分方程模型，它扩展了RNA

图灵基因·2023-10-15 04:08

DRESIS：全球首个综合耐药性数据库

：https://idrblab.org/dresis/01、ADTT:药物治疗靶点的变异;02、IDUE:药物摄取和药物排出的不规律;03、DISM:结构修饰导致的药物失活;04、EADR:DNA、RNA

SHANGHAILINGEN·2023-10-14 23:04

完整的单细胞分析通用流程——质控

最明显的原因是细胞损伤后线粒体比例增加或核RNA富集。在最坏的情况下

麒麟991·2023-10-14 16:15

TT-seq文献阅读(TT-seq maps the human transient transcriptome)

今天的笔记是关于另一种RNA测序的方法，称为TT-seq。其实这些测序方法在几年前被人们所使用了，但是因为自己并不了解这些知识，所以要慢慢的补起来。

生信start_site·2023-10-14 15:34

亚硫酸盐定序

亚硫酸盐定序用于测定甲基化及其位点。甲基化都发生了DNA链的C（胞嘧啶）碱基上。

yuzaifei11·2023-10-14 14:24

转录组数据分析流程

转录组是在特定时空条件下细胞中基因转录表达产物，广义的转录组包括信使RNA，核糖体RNA，转运RNA及非编码RNA，狭义上是指所有mRNA的集合，转录组分析能够获得不同基因的表达情况。

队长的生物实验室·2023-10-14 14:47

医学分析专业名词解释

甲基化：真核生物基因表达受多种机制、多层面的综合调控。基因的DNA序列不发生改变的情况下，基因的表达水平与功能发生改变，并可遗传现象，称为表观遗传(epigenetic)现象。

LazyHaokj·2023-10-14 11:27

2019汇总之从4个关键词看单细胞与肝癌文献

的单细胞与病毒感染在讲单细胞与肝癌之前，我们先去看一下单细胞揭示正常肝脏细胞特征的分析，该文章于2019年7月发表于***Nature***，研究团队对来自9位人类供体的正常肝脏组织中的大约10,000个细胞进行了单细胞RNA

生信宝典·2023-10-14 11:22

易基因｜深度综述：RNA m5C修饰的生物学及在肿瘤发生和免疫治疗中的作用

BiomarkRes》杂志发表了题为“BiologicalrolesofRNAm5CmodificationanditsimplicationsinCancerimmunotherapy”的综述文章，综述了RNAm5C甲基化修饰的生物学作用及其在癌症免疫治疗中的潜在机制

易基因科技·2023-10-14 11:47

M6A rna甲基化最新研究成果进展、论文合集（2021年）

【1】M6ARNA甲基化介导的RMRP稳定性通过调控TGFBR1/SMAD2/SMAD3通路，导致非小细胞肺癌的增殖和进展2021-11-04报道，基于TheCancerGenomeAtlas数据库的综合分析

“泽平科技”公众号24h在线答疑·2023-10-14 11:16

5+甲基化+预后模型搭配实验

今天给同学们分享一篇甲基化+预后模型+实验的生信文章“Siximmune-relatedpromisingbiomarkersmaypromotehepatocellularcarcinomaprognosis

生信风暴·2023-10-14 11:16

miRNA数据分析专题

miRNA是一类长度在18到36bp的非编码RNA,其功能属于转后后修饰调控，主要通过和mRNA的3’UTR区进行结合，结合区域称之为`seed`，当结合区域的序列完全配对时，诱导mRNA降解，当只有部分序列配对时

生信修炼手册·2023-10-13 20:25

生信学习笔记：生物信息学测序分析基本流程入门笔记

文章目录前言短序列比对软件sam文件insertsize基因差异表达计算变异检测物种组成与丰富度计算kmer估计基因组大小序列拼接Pregraph常用序列拼接软件基因组污染分析RNA-seq与meta序列拼接基因功能注释非编码

twocanis·2023-10-13 20:54

RNA-seq生信分析流程

RNA-seq生信分析流程RNA-seq是近些年发展起来的针对转录组的测序技术，其能够获得mRNA、smallRNA以及各种非编码RNA的序列。

wangchuang2017·2023-10-13 20:54

文献学习笔记丨转录组表达数据的生信挖掘研究

引言基因表达特征：时空特异性转录层面研究基因表达的技术：PCR、基因芯片、转录组测序（RNA-seq）、Nanostring等高通量技术：检测样品中的大量基因表达情况，目前的热门研究领域。

生信分析笔记·2023-10-13 20:48

数据类型的转换2021-01-28

在网络上找到的代码###先下载对应关系，得到一个个单独的表格rm(list=ls())#####################################downloadmiRNA_RNA_interaction

流光溢彩426·2023-10-13 16:57

外泌体介绍 - MedChemExpress

走近外泌体此前，小M已经给大家介绍过外泌体了，它是由细胞分泌的包含RNA和蛋白质的小囊泡，广泛存在于血液、唾液、尿液及乳汁等体液中，具有细胞信使功能，参与细胞通讯。

MedChemExpress·2023-10-13 13:26

童年时期的一些重大的创伤性记忆是否会影响成年

重大的创伤性事件可能会改变大脑神经元的基因表达，而改变后的基因表达（甲基化）可能陪伴个体非常长的时间，甚至终身。但是另外一方面，其实我们童年的记忆能力并不好。

庾信FINANCE·2023-10-13 07:00

学术爆款“空间转录组技术”，都有哪些技术？ | 空间转录组学方法综述

本综述中提及的已发表方法的简要时间表空间转录组技术的比较基于微解剖基因表达的技术捕捉空间基因表达信息的方法只是通过从样本中分离出目标区域，然后将这些区域单独放入试管中进行RNA提取和后续的

尐尐呅·2023-10-13 04:49

二代测序文库构建-概述与挑战（1）

本文，我们研究了影响测序文库质量的关键因素，以及，在DNA来源和RNA来源文库准备过程中存在的挑战。

Juan_NF·2023-10-13 03:49

2021-12-17

单细胞RNA测序和多重免疫荧光分析显示，p-ER

图灵基因·2023-10-12 14:22

matlab 图片中花体字母,banal(26字母花体英文可复制)

rna?t]v.结果是；生产；出现；关闭；翻转；证明是okay核心词汇英[???'ke?]美[o?'ke?]

731英语第一·2023-10-12 09:09

那么多的基因，我只想要mRNA和lncRNA（或者miRNA）怎么办？

这个功能在GDCRNATools里好像上不支持的，因为这个包都是下载全部的RNA数据（包括其他的TCGA工具基本都是只下载RNA数据），具体要区分mRNA和lncRNA是要有专门注释文件的。

欧阳松·2023-10-12 07:47

生信知识补充

serialanalysisofgeneexpression)、LongSAGE和MPSS(massivelyparallelsignaturesequencing)；（3）基于第二代测序技术的转录组测序，又称为RNA-Seq

Bio_Learner·2023-10-12 05:10

Topic 1. 临床标志物生信分析常规思路

顺便就整理了一些关于临床预测模型构建的方法，当然书籍和网络上也能获得这些资源，但是我们将结合TCGA和GEO等NGS的数据来讲解，比如我们在做多组学分析的分组差异之后，对筛选之后的差异突变基因，或者差异甲基化基因

桓峰基因·2023-10-11 13:03

空转旋转 seurat spatial rotate 图片翻转数据结构对象 seurat的空转数据存储

如果取的一级结构Assays的下属内容：无差别>class(pbmc[['RNA']])[1]"Assay"attr(

Young.Dr·2023-10-11 11:44

2022-01-06

图灵基因·2023-10-11 04:08

The pipeline of RNA-seq（菜鸟教学）

一、准备工作1.1设置好专门的用于RNA分析的环境在SRA中下载目标序列，使用wget指令使用conda激活rna分析环境1.2工作目录管理##示例如下：├──database#数据库存放目录，包括参考基因组

理想吃饭没·2023-10-11 04:00

转录组测序原理

RNA-seq应用通过RNA-seq，也就是转录组测序，可以帮助我们了解各种比较条件下所有基因的表达差异包括：正常组织与肿

Peng_001·2023-10-11 04:32

单细胞转录调控网络分析工具（TF，motifs）-SCENIC

SCENIC(Single-CellrEgulatoryNetworkInferenceandClustering)是从单细胞RNA数据推断基因调控网络及其相关细胞状态的工具。

清竹饮酒·2023-10-11 02:27

2021-06-25 点亮RNA——CRISPR/Cas系统

点亮RNA——RNA可视化与追踪的方法有很多，其中基于CRISPR/Cas系统的活细胞RNA可视化是近年来随着CRISPR相关技术发展而衍生的。

NAome·2023-10-11 01:11

2022-01-12 感受态细胞转化实验

转化过程所用的受体细胞一般是限制修饰系统缺陷的变异株，即不含限制性内切酶和甲基化酶的突变体(R-,M-)，它可以容忍外源DNA分子进入体内并稳定地遗传给后代。

黎洛007·2023-10-10 17:12

核酸结果背后的检测人员

核酸检测实验室分为三个区：一区扩增试剂配制区，正常压力；二区核酸提取区（负压区），检测检测人员首先将标本放在震荡器剧烈震荡五分钟，然后用加样枪将保存液转移到含有磁珠的提取液96孔板，然后放到放进提取仪，通过酶和剧烈震荡将RNA

墨清_·2023-10-10 07:53

MC：m6A相关lncRNA组织特异性

m6A是癌症研究的热点，而今天小编要和大家分享的是今年一月份发表在MolecularCancer（IF:15.302）杂志上的关于泛癌中m6A相关长非编码RNA的文章。

概普生信·2023-10-10 04:30

端粒/端粒酶生信切入点，6+端粒酶+泛癌+甲基化+实验。

今天给同学们分享一篇端粒酶+泛癌+甲基化+实验的生信文章“Genomic,epigenomic,andtranscriptomicsignaturesfortelomerasecomplexcomponents

生信风暴·2023-10-09 20:29

小RNA ----计算miRNA 表达量

https://www.biostars.org/p/302465/https://www.biostars.org/p/297272/啊啊啊啊啊啊选取唯一比对的序列uniqereadnohupls*sam|whilereadid;dosamtoolsview-S-F4$id|grep-v"XS:">${id%%%_*}.sam;done&比对到miRNAbase上的reads数目的统计，没有好办

Weiyx·2023-10-09 15:09

第三代慢病毒载体系统

第三代慢病毒载体系统又增加了两个安全特性：一是构建了自身失活的慢病毒载体，即删除了U3区的3’LTR，使载体失去HIV-1增强子及启动子序列，即使存在所有的病毒蛋白也不能转录出RNA；二是去除了tat基因

实验小助手·2023-10-09 00:51

RNA m6A甲基化检测方法

前面给大家简单介绍过m6A甲基化的概念，也给大家介绍了☞m6A甲基化数据分析流程☞corrplot展示m6a甲基化基因表达相关性☞m6a甲基化相关基因boxplot并显示p值☞m6a甲基化相关基因根据临床信息分组绘制

生信交流平台·2023-10-08 13:48

定量PCR Taqman探针设计与体系优化

第一步：在第一步目的基因查找比对过程中可以利用NCBIgenbank序列以及DNAstar等软件完成目的DNA或者RNA的查找与比对——这在分析测序报告的时候相信很多人操作过，这一步需要注意的就是要保证所分析的序列在一个

weixinsuoxian·2023-10-08 01:39

启动子作用功能以及分类介绍

启动子可以被RNA聚合酶辨认，并开始转录合成RNA。

期待未来·2023-10-07 20:18

【scRW】[4]Single-cell RNA-seq: Quality control set-up

Understandhowtobringindatafromsingle-cellRNA-seqexperimentsQualitycontrolset-up1.Exploringtheexampledataset在本次研讨会上，我们将使用单细胞RNA-seq

RachaelRiggs·2023-10-07 12:48

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