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rna
最优化:建模、算法与理论(最优性理论2
{\quad}Ax=bx∈Rnmin21∣∣x−y∣∣22,s.t.Ax=b其中A∈Rm×n,b∈Rm,y∈
RnA
{\in}R^{m\timesn},b{\in}R^m,y{\in}
平平平安喔
·
2023-10-21 11:50
算法
5.单细胞
RNA
-seq:质控后相关流程
单细胞
RNA
-seq聚类工作流程现在我们有了高质量的细胞,我们可以继续后续流程。最终,我们希望对细胞进行聚类并识别潜在的不同细胞类型,但是还有几个步骤需要完成。
denghb001
·
2023-10-21 10:09
流式细胞术检测细胞凋亡还有哪些方法?
SYTO/PI双染色法SYTO系列染料是一种细胞膜通透性的核酸染料,可以自由进入活细胞与细胞内的DNA或者
RNA
结合,未结合时发射荧光信号的能力很弱,与核酸结合后发射荧光信号的能力大幅度升高。
医学科研小坑
·
2023-10-20 03:21
RNA
-seq :TopHat2 + Cufflinks分析流程
1、测序数据质量控制:fastqc软件1)使用方法:/life/rjian/software/fastQC/FastQC/fastqc-o/life/rjian/data/liyan/filename_fastqc\filename.fq>>filename.log2)参数说明:-o:输出文件所在目录,并且是已经存在的目录,如:filename_fastqc--noextract:不解压缩输出文件
onlyme_862a
·
2023-10-19 20:03
DNA琼脂糖凝胶电泳原理
琼脂糖凝胶电泳是常用的用于分离、鉴定DNA、
RNA
的方法,这种电泳方法以琼脂凝胶作为支持物,利用DNA分子在泳动时的电荷效应和分子筛效应,达到分离混合物的目的。
ss的专属赫兹
·
2023-10-19 14:48
2020-02-09 tRNAscan-SE使用说明(转运
RNA
预测)
参考:tRNAscan-SE使用说明https://blog.csdn.net/herokoking/article/details/77853662注意,这个软件是直接通过conda安装的condainstalltrnascan-se-cbioconda安装好之后直接可以使用对于trnascan-se的使用也非常简单tRNAscan-SE-B-o108tRNA.out-f108tRNA.ss-m
暮色下的烟波澜
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2023-10-19 03:59
一种癌肽调节m6A读取蛋白IGF2BP1对m6A的识别和肿瘤发生
NatureCommunications的文章——Anoncopeptideregulatesm6Arecognitionbythem6AreaderIGF2BP1andtumorigenesis.N6-甲基腺苷(m6A)是真核
RNA
博士苑
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2023-10-19 03:01
RNA
17. SCI 文章中的筛选 Hub 基因 (Hub genes)
关注公众号,桓峰基因这期继续补充一下转录组高级分析内容之一的筛选Hub基因,这个模块在SCI文章中也是经常出现,并且很多文章也是直接作为文章的两点来分析的,现在就介绍一下这部分的内容该怎么分析?前言我们在分析WGCNA之后获得了几个基因模块,但是发现基因仍然很多,需要进一步筛选基因与表型相关的基因,那么今天就介绍一下Hub基因,那么什么是HubGenes呢?在这样的网络中,高度连接的基因被称为枢纽
90066456ace6
·
2023-10-18 13:16
R包升级报错成常态,搜索告诉你。。。
在做
RNA
-seq差异分析的时候,想要加载DESeq2,如图:image.png需要载入包忽略,是被mask掉,但后面的错误是要管。
dandanwu90
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2023-10-18 08:58
论文解析-moETM
论文解析-moETM参考亮点动机发展现状现存问题功能方法Encoder改进Decoder改进评价指标生物保守性批次效应移除实验设置结果多组学数据整合cell-topicmixture可解释性组学翻译性能评估
RNA
平平无奇科研小天才
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2023-10-18 01:52
论文
人工智能
深度学习
陈巍学基因视频学习笔记--视频11:单细胞mRNA测序
前期笔记陈巍学基因视频学习笔记--视频1:Illumina测序化学原理陈巍学基因视频学习笔记--视频7:
RNA
-seq方法和应用陈巍学基因视频学习笔记--视频8:外显子测序陈巍学基因视频学习笔记--视频
冻春卷
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2023-10-17 18:21
易基因-原核转录组“rRNA捕获探针及其应用“方法获发明专利授权
核糖体
RNA
(rRNA)是细胞内含量最高的一类
RNA
,占胞内所有
RNA
总量的80%以上。其与蛋白质结合形成核糖体,在mRNA的序列引导下转运特定的氨基酸合成蛋白质肽链。
易基因科技
·
2023-10-17 10:10
生物学
生物信息学
经验分享
数据挖掘
R下载合并ENCORI RBP(
RNA
binding protein)靶基因数据
前面给大家简单介绍了☞starbase(ENCORI)数据库介绍(一)☞
RNA
相互作用神器——ENCORI也给大家介绍了如何从ENCORI批量下载miRNA的靶基因,并且合并成表格。
生信交流平台
·
2023-10-17 07:10
bioinfo100-第23题-转录组的比对与基因组的比对有何不同?
那么说了半天的mapping问题,一直都是在以DNA进行举例,
RNA
的比对我们都还没有谈。那么今天我们就来简单谈谈
RNA
序列的mapping,尤其是真核生物的
RNA
序
RachaelRiggs
·
2023-10-16 23:49
RNAseq教程(4.4)
IntroductiontoRNAsequencingInstallationReferenceGenomesAnnotationsIndexingRNA-seqDataPre-AlignmentQC2.Module2-
RNA
-seqAlignmentandVisualizationAdapterTrimAlignmentIGVAlignmentVisualizationA
周小钊
·
2023-10-16 15:04
生物信息学基础知识Day1
文章目录前言一、生物大分子1.DNA2.
RNA
3.蛋白质二、基因组、转录组和蛋白质组1.基因2.基因组3.转录组4.蛋白质组总结前言个人学习《R语言与Bioconductor生物信息学应用》的一些笔记。
抱紧我自己
·
2023-10-16 10:09
生物信息学
生物信息学
DiVenn一款用于比较基因列表的交互式Venn图绘制工具
Divenn一种基于网络的基于Web的工具Divenn可以将来自多个
RNA
-seq实验中的基因列表进行比较,并显示每个基因(集)的调控水平和整合到Keggpathway和GOterm的数据信息。
凯凯何_Boy
·
2023-10-16 05:21
香格里拉野生松茸-松茸头条|讲述常吃松茸的好处、功效
香格里拉野生松茸1、抗癌抗肿瘤松茸内含有一种其他任何植物都没有的特殊双链生物活性物质——松茸醇(
RNA
),具有超强抗基因突变能力和强抗癌作用,能自动识别肿瘤细胞所分泌的毒素,靶向性地与肿瘤细胞靠近、结合
松茸头条
·
2023-10-15 11:08
2022-09-02
单细胞分析揭示肉瘤干细胞层级和发育起源原创骄阳似我图灵基因2022-09-0209:35发表于江苏收录于合集#前沿生物大数据分析撰文:骄阳似我IF:23.177推荐度:⭐⭐⭐⭐⭐亮点:1.本文通过单细胞
RNA
图灵基因
·
2023-10-15 09:58
转录组数据分析在生物医学领域的应用
转录组测序(
RNA
-Seq)作为一种新的高效、快捷的转录组研究手段正在改变着人们对转录组的认识。
荞麦agan
·
2023-10-15 09:37
生物信息学
数据分析
转录组
生物信息
数据分析
14-IF8+:纯生信分析m6A基因与白血病预后的关系
一.研究背景近两年,科学家们首次发现了一种可逆性的
RNA
甲基化—m6A,m6A是真核生物mRNA中最常见的修饰[1],m6A修饰能调控基因表达、蛋白质的转录和mRNA的可变剪切[2,3]。
AAA肿瘤信息学王协
·
2023-10-15 07:39
IF:4+ 膀胱癌
RNA
结合蛋白相关预后模型
关注公众号,桓峰基因桓峰基因生物信息分析,SCI文章撰写及生物信息基础知识学习:R语言学习,perl基础编程,linux系统命令,Python遇见更好的你71篇原创内容-->公众号最近分享了很多转录组的高级别分析,有同学问我这些分析怎么才能运用到文章中,文章的都应该分析哪些,才能够发篇SCI文章呢?这期我们就选择一篇最近发表的文章,利用桓峰基因的公众号里面的教程来搞一篇paper吧!21年3月发表
90066456ace6
·
2023-10-15 04:17
2022-10-21
2022-10-2110:11发表于江苏收录于合集#前沿生物大数据分析撰文:huacishuIF=68.164推荐度:⭐⭐⭐⭐⭐亮点:1、作者开发了MultiVelo,一种基因表达的微分方程模型,它扩展了
RNA
图灵基因
·
2023-10-15 04:08
DRESIS:全球首个综合耐药性数据库
:https://idrblab.org/dresis/01、ADTT:药物治疗靶点的变异;02、IDUE:药物摄取和药物排出的不规律;03、DISM:结构修饰导致的药物失活;04、EADR:DNA、
RNA
SHANGHAILINGEN
·
2023-10-14 23:04
测序
组学
完整的单细胞分析通用流程——质控
最明显的原因是细胞损伤后线粒体比例增加或核
RNA
富集。在最坏的情况下
麒麟991
·
2023-10-14 16:15
TT-seq文献阅读(TT-seq maps the human transient transcriptome)
今天的笔记是关于另一种
RNA
测序的方法,称为TT-seq。其实这些测序方法在几年前被人们所使用了,但是因为自己并不了解这些知识,所以要慢慢的补起来。
生信start_site
·
2023-10-14 15:34
转录组数据分析流程
转录组是在特定时空条件下细胞中基因转录表达产物,广义的转录组包括信使
RNA
,核糖体
RNA
,转运
RNA
及非编码
RNA
,狭义上是指所有mRNA的集合,转录组分析能够获得不同基因的表达情况。
队长的生物实验室
·
2023-10-14 14:47
医学分析专业名词解释
表观遗传学的调节机制主要包括DNA甲基化、组蛋白修饰、非编码
RNA
作用等多种形式,其中,DNA甲基化是目前研究的比较清楚的表观遗传修饰方式。DNA高度甲基化首先会影响DNA结构,
LazyHaokj
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2023-10-14 11:27
医学分析课题
医学指标
2019汇总之从4个关键词看单细胞与肝癌文献
的单细胞与病毒感染在讲单细胞与肝癌之前,我们先去看一下单细胞揭示正常肝脏细胞特征的分析,该文章于2019年7月发表于***Nature***,研究团队对来自9位人类供体的正常肝脏组织中的大约10,000个细胞进行了单细胞
RNA
生信宝典
·
2023-10-14 11:22
易基因|深度综述:
RNA
m5C修饰的生物学及在肿瘤发生和免疫治疗中的作用
大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。2022年4月1日,《BiomarkRes》杂志发表了题为“BiologicalrolesofRNAm5CmodificationanditsimplicationsinCancerimmunotherapy”的综述文章,综述了RNAm5C甲基化修饰的生物学作用及其在癌症免疫治疗中的潜在机制。期刊:BiomarkerResearch日期
易基因科技
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2023-10-14 11:47
文献科普
技术解读
生物信息学
生物学
经验分享
M6A
rna
甲基化最新研究成果进展、论文合集(2021年)
甲基化介导的RMRP稳定性通过调控TGFBR1/SMAD2/SMAD3通路,导致非小细胞肺癌的增殖和进展2021-11-04报道,基于TheCancerGenomeAtlas数据库的综合分析,作者发现线粒体
RNA
“泽平科技”公众号24h在线答疑
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2023-10-14 11:16
M6A
rna甲基化
M6A
rna
rna甲基化最新进展
RNA甲基化
miRNA数据分析专题
miRNA是一类长度在18到36bp的非编码
RNA
,其功能属于转后后修饰调控,主要通过和mRNA的3’UTR区进行结合,结合区域称之为`seed`,当结合区域的序列完全配对时,诱导mRNA降解,当只有部分序列配对时
生信修炼手册
·
2023-10-13 20:25
生信学习笔记:生物信息学测序分析基本流程入门笔记
文章目录前言短序列比对软件sam文件insertsize基因差异表达计算变异检测物种组成与丰富度计算kmer估计基因组大小序列拼接Pregraph常用序列拼接软件基因组污染分析
RNA
-seq与meta序列拼接基因功能注释非编码
twocanis
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2023-10-13 20:54
生物信息
生物信息学
RNA
-seq生信分析流程
RNA
-seq生信分析流程
RNA
-seq是近些年发展起来的针对转录组的测序技术,其能够获得mRNA、smallRNA以及各种非编码
RNA
的序列。
wangchuang2017
·
2023-10-13 20:54
RNA-seq
文献学习笔记丨转录组表达数据的生信挖掘研究
引言基因表达特征:时空特异性转录层面研究基因表达的技术:PCR、基因芯片、转录组测序(
RNA
-seq)、Nanostring等高通量技术:检测样品中的大量基因表达情况,目前的热门研究领域。
生信分析笔记
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2023-10-13 20:48
数据挖掘
数据类型的转换2021-01-28
在网络上找到的代码###先下载对应关系,得到一个个单独的表格rm(list=ls())#####################################downloadmiRNA_
RNA
_interaction
流光溢彩426
·
2023-10-13 16:57
外泌体介绍 - MedChemExpress
走近外泌体此前,小M已经给大家介绍过外泌体了,它是由细胞分泌的包含
RNA
和蛋白质的小囊泡,广泛存在于血液、唾液、尿液及乳汁等体液中,具有细胞信使功能,参与细胞通讯。
MedChemExpress
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2023-10-13 13:26
MCE
学术爆款“空间转录组技术”,都有哪些技术? | 空间转录组学方法综述
本综述中提及的已发表方法的简要时间表空间转录组技术的比较基于微解剖基因表达的技术捕捉空间基因表达信息的方法只是通过从样本中分离出目标区域,然后将这些区域单独放入试管中进行
RNA
提取和后续的
尐尐呅
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2023-10-13 04:49
二代测序文库构建-概述与挑战(1)
本文,我们研究了影响测序文库质量的关键因素,以及,在DNA来源和
RNA
来源文库准备过程中存在的挑战。
Juan_NF
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2023-10-13 03:49
2021-12-17
单细胞
RNA
测序和多重免疫荧光分析显示,p-ER
图灵基因
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2023-10-12 14:22
matlab 图片中花体字母,banal(26字母花体英文可复制)
rna
?t]v.结果是;生产;出现;关闭;翻转;证明是okay核心词汇英[???'ke?]美[o?'ke?]
731英语第一
·
2023-10-12 09:09
matlab
图片中花体字母
那么多的基因,我只想要mRNA和lncRNA(或者miRNA)怎么办?
这个功能在GDCRNATools里好像上不支持的,因为这个包都是下载全部的
RNA
数据(包括其他的TCGA工具基本都是只下载
RNA
数据),具体要区分mRNA和lncRNA是要有专门注释文件的。
欧阳松
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2023-10-12 07:47
生信知识补充
serialanalysisofgeneexpression)、LongSAGE和MPSS(massivelyparallelsignaturesequencing);(3)基于第二代测序技术的转录组测序,又称为
RNA
-Seq
Bio_Learner
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2023-10-12 05:10
空转旋转 seurat spatial rotate 图片 翻转 数据结构 对象 seurat的空转数据存储
如果取的一级结构Assays的下属内容:无差别>class(pbmc[['
RNA
']])[1]"Assay"attr(
Young.Dr
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2023-10-11 11:44
windows
2022-01-06
IF:66.675推荐度:⭐⭐⭐⭐⭐亮点:本综述总结了当前与circRNA在细胞内产生和降解,以及癌症中circRNA失调的生物过程;概述了circRNA在癌症发生发展过程中的多种作用机制,并讨论了这些
RNA
图灵基因
·
2023-10-11 04:08
The pipeline of
RNA
-seq(菜鸟教学)
一、准备工作1.1设置好专门的用于
RNA
分析的环境在SRA中下载目标序列,使用wget指令使用conda激活
rna
分析环境1.2工作目录管理##示例如下:├──database#数据库存放目录,包括参考基因组
理想吃饭没
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2023-10-11 04:00
数据库
转录组测序原理
RNA
-seq应用通过
RNA
-seq,也就是转录组测序,可以帮助我们了解各种比较条件下所有基因的表达差异包括:正常组织与肿
Peng_001
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2023-10-11 04:32
单细胞转录调控网络分析工具(TF,motifs)-SCENIC
SCENIC(Single-CellrEgulatoryNetworkInferenceandClustering)是从单细胞
RNA
数据推断基因调控网络及其相关细胞状态的工具。
清竹饮酒
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2023-10-11 02:27
2021-06-25 点亮
RNA
——CRISPR/Cas系统
点亮
RNA
——
RNA
可视化与追踪的方法有很多,其中基于CRISPR/Cas系统的活细胞
RNA
可视化是近年来随着CRISPR相关技术发展而衍生的。
NAome
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2023-10-11 01:11
核酸结果背后的检测人员
核酸检测实验室分为三个区:一区扩增试剂配制区,正常压力;二区核酸提取区(负压区),检测检测人员首先将标本放在震荡器剧烈震荡五分钟,然后用加样枪将保存液转移到含有磁珠的提取液96孔板,然后放到放进提取仪,通过酶和剧烈震荡将
RNA
墨清_
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2023-10-10 07:53
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