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单细胞 RNA 测序揭示与肾透明细胞癌复发相关的巨噬细胞亚群

2021年5月27日，美国哥伦比亚大学欧文医学中心和赫伯特欧文综合癌症中心研究人员在Cell上发表关于与肾透明细胞癌复发相关巨噬细胞亚群研究的文章，该研究采用单细胞RNA测序技术对11位未治疗的肾透明细胞癌

晶典教你玩转科研·2023-10-25 03:56

生信分析＋实验验证探究m6A RNA甲基化调节因子与癌症转移的关系（IF10+）

Analysisandidentificationofm6ARNAmethylationregulatorsinmetastaticosteosarcoma转移性骨肉瘤中m6ARNA甲基化调节因子的分析和鉴定发表期刊：MolTherNucleicAcids发表日期：2021Dec11DOI:10.1016/j.omtn.2021.12.008期刊相关信息一、背景骨肉瘤（OS）的特征是快速生长和早期

生信学霸·2023-10-24 15:27

公开数据库纯生信：炎症相关基因预后分析

去年给大家介绍了一个数据库ncRI，收集了大量炎症中的非编码RNA。数据库的简介和使用这里就不赘述了。今天为什么提到这个呢？因为到目前为止，好像还没有人基于这个数据库的数据进行挖掘和发文。

概普生信·2023-10-24 05:48

RT-PCR，QRT-PCR，real-timePCR之间的区别

在RT-PCR中，一条RNA链被逆转录成为互补DNA（cDNA），再以此为模板通过PCR进行DNA扩增。QRT-PCR在RT-PCR体系中同时加入内参标基因的引物，使目的基因和内参

斗战胜佛oh·2023-10-24 05:04

Biotech - 环状 mRNA 的 LNP 递送系统与成环框架

欢迎关注我的CSDN：https://spike.blog.csdn.net/本文地址：https://spike.blog.csdn.net/article/details/133992971环状RNA

SpikeKing·2023-10-23 19:25

190402 吖啶橙（Acridine Orange）染色原理、步骤

microbeonline.com/acridine-orange-staining-principle-procedure-results-applications/1.简介膜透性的吖啶橙插入/结合到核酸（DNA/RNA

森尼啊·2023-10-23 16:16

2021-10-11

它可以通过直接从完整组织活检的RNA图谱输入细胞异质性，避免了物理细胞分离引起的畸变；不需要抗体或表型标记的预选，适用于新鲜、冷

图灵基因·2023-10-23 15:08

使用rna-seq定量软件salmon运行index步骤遇到的一个问题（计算集群slurm）

salmon帮助文档https://salmon.readthedocs.io/en/latest/building.html#installationgithub主页https://github.com/COMBINE-lab/salmon我最开始是直接使用conda安装的v1.4首先第一步是对参考转录组进行索引，命令salmonindex-tpome.fa-itranscripts_index

凉亭下·2023-10-23 08:34

时间序列的单细胞转录组数据分析

有没有一种技术可以真正的在RNA转录的时候为转录的RNA打上时间的标签呢？今天，就为大家介绍一种基于RNA

周运来就是我·2023-10-23 08:12

文献翻译--转录因子对可变剪接调控网络的多层控制

我们描述了一个高通量系统，用于系统地将反式作用因子与内源性RNA调节事件联系起来。利用这个系统，我们确定了数百个与不同调控层相关的因子，这些调控层积极或消极地控制

ECHO1216·2023-10-22 22:37

【RNA folding】RNA折叠算法与生物物理约束

文章目录RNA折叠RNAfoldingrepresentation1DPforsimplefolds1.1NussinovAlgorithmobjective1.2energyconstraints1.3Thekeyideaofthealgorithm2DPforstackingandcomplexfoldsStochasticcontextfreegrammars

丸丸丸子w·2023-10-22 19:06

RNA-seq 详细教程： `DESeq2` 差异表达分析（7）

学习目标了解如何设计公式了解如何使用DESeq2执行差异表达分析1.DE分析差异表达分析工作流程的最后一步是将原始计数拟合到NB模型并对差异表达基因进行统计检验。在这一步中，我们本质上是想确定不同样本组的平均表达水平是否存在显著差异。PaulPavlidis,UBCDESeq2论文发表于2014年，但该软件包不断更新并通过Bioconductor在R中使用。它建立在分散估计和DSS和edgeR中的

冷冻工厂·2023-10-22 08:54

人的寿命真的有上限吗？

今天这篇文献主要是介绍人类的寿命有上限嘛论文：InconvenientTruthsAboutHumanLongevity文章来源：非编码RNA研究园地（公众号ID:ZKQF-RNA)摘要人类长寿的增长是人类最辉煌的成就之一

一只资源喵·2023-10-22 05:03

【RNA structures】RNA转录的重构和前沿测序技术

文章目录RNA转录重建1先简单介绍一下测序相关技术2MaptoGenomeMethods2.1Step1Mappingreadstothegenome2.2Step2Dealwithsplicedreads2.3Step3Resolveindividualtranscriptsandtheirexpressionlevels3Align-de-novoapproaches3.1Step1

丸丸丸子w·2023-10-21 22:02

【RNA biology】RNA的多功能性与早期生命进化

文章目录RNARNAplayscorefunctionsinCentralDogmaofBiologyrRNAsnRNARNAworldReplication催化作用感知环境变化并作出响应来自ManolisKellis教授（MIT计算生物学主任）的课油管链接：6.047/6.878Lecture7-RNAfolding,RNAworld,RNAstructures(Fall2020)本节课分为三个

丸丸丸子w·2023-10-21 22:59

RNA_seq生物分析学习--RNA-seq介绍

目录第一课课程介绍第二课RNAseq技术第三课RNAseq发展历史第四课关于基因的概念第一课课程介绍RNAseq捕获了细胞某一状态下所有的转录信息DNA是静态信息、RNA是动态信息，是某一时刻DNA表达谱的快照课程大纲

Drone_xjw·2023-10-21 20:42

最优化：建模、算法与理论（最优性理论2

{\quad}Ax=bx∈Rnmin21∣∣x−y∣∣22,s.t.Ax=b其中A∈Rm×n,b∈Rm,y∈RnA{\in}R^{m\timesn},b{\in}R^m,y{\in}

平平平安喔·2023-10-21 11:50

5.单细胞 RNA-seq：质控后相关流程

单细胞RNA-seq聚类工作流程现在我们有了高质量的细胞，我们可以继续后续流程。最终，我们希望对细胞进行聚类并识别潜在的不同细胞类型，但是还有几个步骤需要完成。

denghb001·2023-10-21 10:09

流式细胞术检测细胞凋亡还有哪些方法？

SYTO/PI双染色法SYTO系列染料是一种细胞膜通透性的核酸染料，可以自由进入活细胞与细胞内的DNA或者RNA结合，未结合时发射荧光信号的能力很弱，与核酸结合后发射荧光信号的能力大幅度升高。

医学科研小坑·2023-10-20 03:21

RNA-seq :TopHat2 + Cufflinks分析流程

1、测序数据质量控制：fastqc软件1）使用方法：/life/rjian/software/fastQC/FastQC/fastqc-o/life/rjian/data/liyan/filename_fastqc\filename.fq>>filename.log2）参数说明：-o:输出文件所在目录，并且是已经存在的目录,如：filename_fastqc--noextract:不解压缩输出文件

onlyme_862a·2023-10-19 20:03

DNA琼脂糖凝胶电泳原理

琼脂糖凝胶电泳是常用的用于分离、鉴定DNA、RNA的方法，这种电泳方法以琼脂凝胶作为支持物，利用DNA分子在泳动时的电荷效应和分子筛效应，达到分离混合物的目的。

ss的专属赫兹·2023-10-19 14:48

2020-02-09 tRNAscan-SE使用说明（转运RNA预测）

参考：tRNAscan-SE使用说明https://blog.csdn.net/herokoking/article/details/77853662注意，这个软件是直接通过conda安装的condainstalltrnascan-se-cbioconda安装好之后直接可以使用对于trnascan-se的使用也非常简单tRNAscan-SE-B-o108tRNA.out-f108tRNA.ss-m

暮色下的烟波澜·2023-10-19 03:59

一种癌肽调节m6A读取蛋白IGF2BP1对m6A的识别和肿瘤发生

NatureCommunications的文章——Anoncopeptideregulatesm6Arecognitionbythem6AreaderIGF2BP1andtumorigenesis.N6-甲基腺苷（m6A）是真核RNA

博士苑·2023-10-19 03:01

RNA 17. SCI 文章中的筛选 Hub 基因 (Hub genes)

关注公众号，桓峰基因这期继续补充一下转录组高级分析内容之一的筛选Hub基因，这个模块在SCI文章中也是经常出现，并且很多文章也是直接作为文章的两点来分析的，现在就介绍一下这部分的内容该怎么分析？前言我们在分析WGCNA之后获得了几个基因模块，但是发现基因仍然很多，需要进一步筛选基因与表型相关的基因，那么今天就介绍一下Hub基因，那么什么是HubGenes呢？在这样的网络中，高度连接的基因被称为枢纽

90066456ace6·2023-10-18 13:16

R包升级报错成常态,搜索告诉你。。。

在做RNA-seq差异分析的时候，想要加载DESeq2，如图：image.png需要载入包忽略，是被mask掉，但后面的错误是要管。

dandanwu90·2023-10-18 08:58

论文解析-moETM

论文解析-moETM参考亮点动机发展现状现存问题功能方法Encoder改进Decoder改进评价指标生物保守性批次效应移除实验设置结果多组学数据整合cell-topicmixture可解释性组学翻译性能评估RNA

平平无奇科研小天才·2023-10-18 01:52

陈巍学基因视频学习笔记--视频11：单细胞mRNA测序

前期笔记陈巍学基因视频学习笔记--视频1：Illumina测序化学原理陈巍学基因视频学习笔记--视频7：RNA-seq方法和应用陈巍学基因视频学习笔记--视频8：外显子测序陈巍学基因视频学习笔记--视频

冻春卷·2023-10-17 18:21

易基因-原核转录组“rRNA捕获探针及其应用“方法获发明专利授权

核糖体RNA(rRNA)是细胞内含量最高的一类RNA，占胞内所有RNA总量的80％以上。其与蛋白质结合形成核糖体，在mRNA的序列引导下转运特定的氨基酸合成蛋白质肽链。

易基因科技·2023-10-17 10:10

R下载合并ENCORI RBP（RNA binding protein）靶基因数据

前面给大家简单介绍了☞starbase（ENCORI）数据库介绍（一）☞RNA相互作用神器——ENCORI也给大家介绍了如何从ENCORI批量下载miRNA的靶基因，并且合并成表格。

生信交流平台·2023-10-17 07:10

bioinfo100-第23题-转录组的比对与基因组的比对有何不同？

那么说了半天的mapping问题，一直都是在以DNA进行举例，RNA的比对我们都还没有谈。那么今天我们就来简单谈谈RNA序列的mapping，尤其是真核生物的RNA序

RachaelRiggs·2023-10-16 23:49

RNAseq教程(4.4)

IntroductiontoRNAsequencingInstallationReferenceGenomesAnnotationsIndexingRNA-seqDataPre-AlignmentQC2.Module2-RNA-seqAlignmentandVisualizationAdapterTrimAlignmentIGVAlignmentVisualizationA

周小钊·2023-10-16 15:04

生物信息学基础知识Day1

文章目录前言一、生物大分子1.DNA2.RNA3.蛋白质二、基因组、转录组和蛋白质组1.基因2.基因组3.转录组4.蛋白质组总结前言个人学习《R语言与Bioconductor生物信息学应用》的一些笔记。

抱紧我自己·2023-10-16 10:09

DiVenn一款用于比较基因列表的交互式Venn图绘制工具

Divenn一种基于网络的基于Web的工具Divenn可以将来自多个RNA-seq实验中的基因列表进行比较，并显示每个基因(集)的调控水平和整合到Keggpathway和GOterm的数据信息。

凯凯何_Boy·2023-10-16 05:21

香格里拉野生松茸-松茸头条|讲述常吃松茸的好处、功效

香格里拉野生松茸1、抗癌抗肿瘤松茸内含有一种其他任何植物都没有的特殊双链生物活性物质——松茸醇(RNA)，具有超强抗基因突变能力和强抗癌作用，能自动识别肿瘤细胞所分泌的毒素，靶向性地与肿瘤细胞靠近、结合

松茸头条·2023-10-15 11:08

2022-09-02

单细胞分析揭示肉瘤干细胞层级和发育起源原创骄阳似我图灵基因2022-09-0209:35发表于江苏收录于合集#前沿生物大数据分析撰文：骄阳似我IF：23.177推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：1.本文通过单细胞RNA

图灵基因·2023-10-15 09:58

转录组数据分析在生物医学领域的应用

转录组测序（RNA-Seq）作为一种新的高效、快捷的转录组研究手段正在改变着人们对转录组的认识。

荞麦agan·2023-10-15 09:37

14-IF8+:纯生信分析m6A基因与白血病预后的关系

一.研究背景近两年，科学家们首次发现了一种可逆性的RNA甲基化—m6A，m6A是真核生物mRNA中最常见的修饰[1]，m6A修饰能调控基因表达、蛋白质的转录和mRNA的可变剪切[2,3]。

AAA肿瘤信息学王协·2023-10-15 07:39

IF：4+ 膀胱癌RNA结合蛋白相关预后模型

关注公众号，桓峰基因桓峰基因生物信息分析，SCI文章撰写及生物信息基础知识学习：R语言学习，perl基础编程，linux系统命令，Python遇见更好的你71篇原创内容-->公众号最近分享了很多转录组的高级别分析，有同学问我这些分析怎么才能运用到文章中，文章的都应该分析哪些，才能够发篇SCI文章呢？这期我们就选择一篇最近发表的文章，利用桓峰基因的公众号里面的教程来搞一篇paper吧！21年3月发表

90066456ace6·2023-10-15 04:17

2022-10-21

2022-10-2110:11发表于江苏收录于合集#前沿生物大数据分析撰文：huacishuIF=68.164推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：1、作者开发了MultiVelo，一种基因表达的微分方程模型，它扩展了RNA

图灵基因·2023-10-15 04:08

DRESIS：全球首个综合耐药性数据库

：https://idrblab.org/dresis/01、ADTT:药物治疗靶点的变异;02、IDUE:药物摄取和药物排出的不规律;03、DISM:结构修饰导致的药物失活;04、EADR:DNA、RNA

SHANGHAILINGEN·2023-10-14 23:04

完整的单细胞分析通用流程——质控

最明显的原因是细胞损伤后线粒体比例增加或核RNA富集。在最坏的情况下

麒麟991·2023-10-14 16:15

TT-seq文献阅读(TT-seq maps the human transient transcriptome)

今天的笔记是关于另一种RNA测序的方法，称为TT-seq。其实这些测序方法在几年前被人们所使用了，但是因为自己并不了解这些知识，所以要慢慢的补起来。

生信start_site·2023-10-14 15:34

转录组数据分析流程

转录组是在特定时空条件下细胞中基因转录表达产物，广义的转录组包括信使RNA，核糖体RNA，转运RNA及非编码RNA，狭义上是指所有mRNA的集合，转录组分析能够获得不同基因的表达情况。

队长的生物实验室·2023-10-14 14:47

医学分析专业名词解释

表观遗传学的调节机制主要包括DNA甲基化、组蛋白修饰、非编码RNA作用等多种形式，其中，DNA甲基化是目前研究的比较清楚的表观遗传修饰方式。DNA高度甲基化首先会影响DNA结构，

LazyHaokj·2023-10-14 11:27

2019汇总之从4个关键词看单细胞与肝癌文献

的单细胞与病毒感染在讲单细胞与肝癌之前，我们先去看一下单细胞揭示正常肝脏细胞特征的分析，该文章于2019年7月发表于***Nature***，研究团队对来自9位人类供体的正常肝脏组织中的大约10,000个细胞进行了单细胞RNA

生信宝典·2023-10-14 11:22

易基因｜深度综述：RNA m5C修饰的生物学及在肿瘤发生和免疫治疗中的作用

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。2022年4月1日，《BiomarkRes》杂志发表了题为“BiologicalrolesofRNAm5CmodificationanditsimplicationsinCancerimmunotherapy”的综述文章，综述了RNAm5C甲基化修饰的生物学作用及其在癌症免疫治疗中的潜在机制。期刊：BiomarkerResearch日期

易基因科技·2023-10-14 11:47

M6A rna甲基化最新研究成果进展、论文合集（2021年）

甲基化介导的RMRP稳定性通过调控TGFBR1/SMAD2/SMAD3通路，导致非小细胞肺癌的增殖和进展2021-11-04报道，基于TheCancerGenomeAtlas数据库的综合分析，作者发现线粒体RNA

“泽平科技”公众号24h在线答疑·2023-10-14 11:16

miRNA数据分析专题

miRNA是一类长度在18到36bp的非编码RNA,其功能属于转后后修饰调控，主要通过和mRNA的3’UTR区进行结合，结合区域称之为`seed`，当结合区域的序列完全配对时，诱导mRNA降解，当只有部分序列配对时

生信修炼手册·2023-10-13 20:25

生信学习笔记：生物信息学测序分析基本流程入门笔记

文章目录前言短序列比对软件sam文件insertsize基因差异表达计算变异检测物种组成与丰富度计算kmer估计基因组大小序列拼接Pregraph常用序列拼接软件基因组污染分析RNA-seq与meta序列拼接基因功能注释非编码

twocanis·2023-10-13 20:54

RNA-seq生信分析流程

RNA-seq生信分析流程RNA-seq是近些年发展起来的针对转录组的测序技术，其能够获得mRNA、smallRNA以及各种非编码RNA的序列。

wangchuang2017·2023-10-13 20:54

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