rna 第8页

Linux上如何安装ViennaRNA软件

先从官网https://www.tbi.univie.ac.at/RNA/下载编译原文件CompilefromSourceCode，wgethttps://www.tbi.univie.ac.at/RNA

bioinfo2011·2023-11-01 19:53

转录因子的研究思路

转录因子（Transcriptionfactor，TF)是一种能与特异DNA序列结合的蛋白，可以单独或与其他蛋白形成复合体，提高或阻断特定基因对RNA聚合酶的招募，调控基因的表达。

博士苑·2023-11-01 16:52

焦虑症应该吃什么药焦虑症引起的症状长见识了

补充RSHWHO渡氧，它可以有效地阻止大脑细胞中核糖核酸酶破坏RNA的作用，因而可促进大脑功能，使人放松，减轻忧虑，让心灵平静安抚情绪、释

乐观的小李·2023-11-01 14:58

【健康】三七粉这么火是有原因的：12种功效为健康保驾护航!

各单体皂苷的功效人参皂甙Rb2：抑制中枢神经，促进DNA，RNA合成，抗溶血，抗糖尿病；人参皂甙Rd：增强免疫功能，抑制

参柒三七_db3d·2023-11-01 07:30

2022-06-27

图灵基因·2023-10-31 23:37

BIOGHSC一步法超级多重Taqman探针荧光定量PCR试剂盒

产品简介BIOGHSC一步法超级多重Taqman探针荧光定量PCR试剂盒（BIOGHSCSuperMultiProbeOneStepKit）专为以RNA为模板的定量PCR检测而设计，适合荧光探针法定量PCR

砚无声88·2023-10-31 22:01

2021-06-03 RNA剪接新模型——随机剪接位点选择模型

真核生物基因是不连续性的（间断基因，Splitgene），通过RNA剪接实现内含子的去除与外显子的拼接，最终产生功能性RNA与蛋白质。

NAome·2023-10-31 20:43

生物信息学之序列比对

针对DNA、RNA以及蛋白质序列，我们需要对其进行序列相似性搜索，来研究分析不同序列在结构和功能上相同与差异相似性【similarity】/一致性【identity】双序列比对（PairwisesequenceAlignment

BHHANt·2023-10-31 09:51

RNA-seq实战(下)_数据可视化、GO/KEGG分析

前言：写这篇文章的目的是为了梳理一下学习思路，按部就班地仿生信菜鸟团和：Y大宽教程大纲，做归纳整理，即便再次运行，仍然遇到代码出错或者软件使用等诸多问题，是以为之记。MAplot详细关于Bland-Altman图具体含义，请移步至R语言：Bland-Altman分析连续变量的一致性评价>plotMA(res,ylim=c(-2,2))>topGenewith(res[topGene,],{+poi

谢俊飞·2023-10-31 01:49

学习笔记

这周实在没什么写的就一直在复习只能把笔记在这里打一遍一.DNA是绝大多数生物体内遗传信息的储存者和传递者,主要在遗传信息的储存和传递中发挥作用二.RNA作用是参与蛋白质的生物合成,同时还起着遗传信息载体的作用三

姓荣·2023-10-31 00:13

10X单细胞空间联合分析之cell2location的详细梳理

在这里，使用10X单核RNA测序(snRNAseq)和从小鼠大脑的相邻组织切片生成的Visium空间转录组数据（单

单细胞空间交响乐·2023-10-30 23:09

DNA甲基化数据分析(二)

它可以检测来自RNA-seq的差异表达基因（DEG），以及来自亚硫酸氢盐测序（BS-seq）的差异甲基化位点或区域（DML/DMR）。

杨博士聊生信·2023-10-30 10:21

流感病毒如何提取

流感病毒提取可以用BIOG拭子RNA磁珠法提取操作步骤1.请自行准备：无水乙醇、异丙醇、生理盐水、1.5mL去RNA酶离心管。

清风拂面vv·2023-10-30 07:49

2019-10-02-学习使用limma、Glimma和edgeR，RNA-seq数据分析记录

packages/devel/workflows/vignettes/RNAseq123/inst/doc/limmaWorkflow_CHN.html摘自原文：在这篇工作流程文章中，我们通过分析来自小鼠乳腺的RNA

程凉皮儿·2023-10-30 05:34

多篇论文报道CasRx在动物体内靶向沉默RNA的应用新成果

RNA编辑技术迎来新飞跃：CasRx展现非凡RNA编辑能力从简单地剪切致病基因，到开发出不再传播疾病的工程动物，基因编辑技术已经释放出巨大的潜力。

xmu_zhang_lab·2023-10-29 12:18

2021-12-10

本文作者使用单细胞RNA测序的方法，分析了35个早期NSCLC病变中的36

图灵基因·2023-10-29 09:18

全球最大疫苗生产车间首现中国，百余新冠疫苗上演“生死时速”，多重利好助力医药板块迎接牛股浪潮

110个新冠疫苗竞速：中国位居世界8个已经进入临床试验的疫苗中，4个来自中国研发团队，3个来自美国，一个来自英国，采用的技术平台分别是非复制性病毒载体、RNA、灭活疫苗和DNA。

爱吃柚子的思绪猫·2023-10-29 07:31

斯坦福科学家在 GitHub 开源了莫德纳 mRNA 新冠疫苗的基因测序

转自：机器之心在世界范围内，RNA疫苗已经成为应对疫情的关键工具。辉瑞、莫德纳等生物科技公司也早早地推出了自己研发的新冠疫苗。随着疫苗接种范围的扩大，这些疫苗中的mRNA正在成为人类世界中的新物种。

开源前哨·2023-10-29 03:06

RNA-seq 详细教程：分析准备（3）

学习目标了解RNA-seq和差异表达基因的分析流程了解如何设计实验了解如何使用R语言进行数据分析1.简介在过去的十年中，RNA-seq已成为转录组差异表达基因和mRNA可变剪切分析不可或缺的技术。

冷冻工厂·2023-10-28 11:56

何坤松：做核酸检测为什么不用抽血不用唾液，而是要捅喉咙？

之前生物课上说，核酸就是病毒体内的一段密码，可能是DNA也可能是RNA，而对于新冠病毒来说，它的密码是RNA。

何坤松·2023-10-27 15:07

【文献解读】cell-发育中的人类心脏的时空、器官范围的基因表达和细胞图谱

通过单细胞RNA测序鉴定的人胚胎心脏细胞类型，证实并丰富了胚胎心脏基因表达的空间注释。然后使用

六博说·2023-10-26 13:45

RNAvelocity系列教程5：scVelo 的基本知识

设置后，后续教程将可以直接分析RNA速率、潜在时间、驱动基因识别等。

Seurat_Satija·2023-10-25 17:18

核酸

核酸是一种遗传物质，其中核糖核酸RNA，脱氧核酸DNA病毒按遗传物质清分类，二者都包含有多种的不同病毒。常见的

空谷幽兰youIan·2023-10-25 16:20

RNA-seq 保姆教程：差异表达分析（一）

介绍RNA-seq目前是测量细胞反应的最突出的方法之一。RNA-seq不仅能够分析样本之间基因表达的差异，还可以发现新的亚型并分析SNP变异。

冷冻工厂·2023-10-25 15:43

转录组学习之转录本组装与定量（stringtie）[学习笔记通俗易懂版]

本文知乎地址：https://zhuanlan.zhihu.com/p/645770755stringtie工具进行转录本组装与定量软件介绍StringTie是一种快速高效的RNA-Se

CYH-BI·2023-10-25 12:37

电泳迁移率变动（EMSA）实验原理

基于DNA-蛋白质或RNA-蛋白质复合体在聚丙烯酰胺凝胶电泳（PAGE）中有不同迁移率的原理，当转录因子与特异的DNA或RNA结合后，其在PAGE中的迁移率将小于未结合核蛋白转录因子的DNA

今日之森·2023-10-25 05:19

单细胞 RNA 测序揭示与肾透明细胞癌复发相关的巨噬细胞亚群

2021年5月27日，美国哥伦比亚大学欧文医学中心和赫伯特欧文综合癌症中心研究人员在Cell上发表关于与肾透明细胞癌复发相关巨噬细胞亚群研究的文章，该研究采用单细胞RNA测序技术对11位未治疗的肾透明细胞癌

晶典教你玩转科研·2023-10-25 03:56

生信分析＋实验验证探究m6A RNA甲基化调节因子与癌症转移的关系（IF10+）

Analysisandidentificationofm6ARNAmethylationregulatorsinmetastaticosteosarcoma转移性骨肉瘤中m6ARNA甲基化调节因子的分析和鉴定发表期刊：MolTherNucleicAcids发表日期：2021Dec11DOI:10.1016/j.omtn.2021.12.008期刊相关信息一、背景骨肉瘤（OS）的特征是快速生长和早期

生信学霸·2023-10-24 15:27

公开数据库纯生信：炎症相关基因预后分析

去年给大家介绍了一个数据库ncRI，收集了大量炎症中的非编码RNA。数据库的简介和使用这里就不赘述了。今天为什么提到这个呢？因为到目前为止，好像还没有人基于这个数据库的数据进行挖掘和发文。

概普生信·2023-10-24 05:48

RT-PCR，QRT-PCR，real-timePCR之间的区别

在RT-PCR中，一条RNA链被逆转录成为互补DNA（cDNA），再以此为模板通过PCR进行DNA扩增。QRT-PCR在RT-PCR体系中同时加入内参标基因的引物，使目的基因和内参

斗战胜佛oh·2023-10-24 05:04

Biotech - 环状 mRNA 的 LNP 递送系统与成环框架

欢迎关注我的CSDN：https://spike.blog.csdn.net/本文地址：https://spike.blog.csdn.net/article/details/133992971环状RNA

SpikeKing·2023-10-23 19:25

190402 吖啶橙（Acridine Orange）染色原理、步骤

microbeonline.com/acridine-orange-staining-principle-procedure-results-applications/1.简介膜透性的吖啶橙插入/结合到核酸（DNA/RNA

森尼啊·2023-10-23 16:16

2021-10-11

它可以通过直接从完整组织活检的RNA图谱输入细胞异质性，避免了物理细胞分离引起的畸变；不需要抗体或表型标记的预选，适用于新鲜、冷

图灵基因·2023-10-23 15:08

使用rna-seq定量软件salmon运行index步骤遇到的一个问题（计算集群slurm）

salmon帮助文档https://salmon.readthedocs.io/en/latest/building.html#installationgithub主页https://github.com/COMBINE-lab/salmon我最开始是直接使用conda安装的v1.4首先第一步是对参考转录组进行索引，命令salmonindex-tpome.fa-itranscripts_index

凉亭下·2023-10-23 08:34

时间序列的单细胞转录组数据分析

有没有一种技术可以真正的在RNA转录的时候为转录的RNA打上时间的标签呢？今天，就为大家介绍一种基于RNA

周运来就是我·2023-10-23 08:12

文献翻译--转录因子对可变剪接调控网络的多层控制

我们描述了一个高通量系统，用于系统地将反式作用因子与内源性RNA调节事件联系起来。利用这个系统，我们确定了数百个与不同调控层相关的因子，这些调控层积极或消极地控制

ECHO1216·2023-10-22 22:37

【RNA folding】RNA折叠算法与生物物理约束

文章目录RNA折叠RNAfoldingrepresentation1DPforsimplefolds1.1NussinovAlgorithmobjective1.2energyconstraints1.3Thekeyideaofthealgorithm2DPforstackingandcomplexfoldsStochasticcontextfreegrammars

丸丸丸子w·2023-10-22 19:06

RNA-seq 详细教程： `DESeq2` 差异表达分析（7）

学习目标了解如何设计公式了解如何使用DESeq2执行差异表达分析1.DE分析差异表达分析工作流程的最后一步是将原始计数拟合到NB模型并对差异表达基因进行统计检验。在这一步中，我们本质上是想确定不同样本组的平均表达水平是否存在显著差异。PaulPavlidis,UBCDESeq2论文发表于2014年，但该软件包不断更新并通过Bioconductor在R中使用。它建立在分散估计和DSS和edgeR中的

冷冻工厂·2023-10-22 08:54

人的寿命真的有上限吗？

今天这篇文献主要是介绍人类的寿命有上限嘛论文：InconvenientTruthsAboutHumanLongevity文章来源：非编码RNA研究园地（公众号ID:ZKQF-RNA)摘要人类长寿的增长是人类最辉煌的成就之一

一只资源喵·2023-10-22 05:03

【RNA structures】RNA转录的重构和前沿测序技术

文章目录RNA转录重建1先简单介绍一下测序相关技术2MaptoGenomeMethods2.1Step1Mappingreadstothegenome2.2Step2Dealwithsplicedreads2.3Step3Resolveindividualtranscriptsandtheirexpressionlevels3Align-de-novoapproaches3.1Step1

丸丸丸子w·2023-10-21 22:02

【RNA biology】RNA的多功能性与早期生命进化

文章目录RNARNAplayscorefunctionsinCentralDogmaofBiologyrRNAsnRNARNAworldReplication催化作用感知环境变化并作出响应来自ManolisKellis教授（MIT计算生物学主任）的课油管链接：6.047/6.878Lecture7-RNAfolding,RNAworld,RNAstructures(Fall2020)本节课分为三个

丸丸丸子w·2023-10-21 22:59

RNA_seq生物分析学习--RNA-seq介绍

目录第一课课程介绍第二课RNAseq技术第三课RNAseq发展历史第四课关于基因的概念第一课课程介绍RNAseq捕获了细胞某一状态下所有的转录信息DNA是静态信息、RNA是动态信息，是某一时刻DNA表达谱的快照课程大纲

Drone_xjw·2023-10-21 20:42

最优化：建模、算法与理论（最优性理论2

{\quad}Ax=bx∈Rnmin21∣∣x−y∣∣22,s.t.Ax=b其中A∈Rm×n,b∈Rm,y∈RnA{\in}R^{m\timesn},b{\in}R^m,y{\in}

平平平安喔·2023-10-21 11:50

5.单细胞 RNA-seq：质控后相关流程

单细胞RNA-seq聚类工作流程现在我们有了高质量的细胞，我们可以继续后续流程。最终，我们希望对细胞进行聚类并识别潜在的不同细胞类型，但是还有几个步骤需要完成。

denghb001·2023-10-21 10:09

流式细胞术检测细胞凋亡还有哪些方法？

SYTO/PI双染色法SYTO系列染料是一种细胞膜通透性的核酸染料，可以自由进入活细胞与细胞内的DNA或者RNA结合，未结合时发射荧光信号的能力很弱，与核酸结合后发射荧光信号的能力大幅度升高。

医学科研小坑·2023-10-20 03:21

RNA-seq :TopHat2 + Cufflinks分析流程

1、测序数据质量控制：fastqc软件1）使用方法：/life/rjian/software/fastQC/FastQC/fastqc-o/life/rjian/data/liyan/filename_fastqc\filename.fq>>filename.log2）参数说明：-o:输出文件所在目录，并且是已经存在的目录,如：filename_fastqc--noextract:不解压缩输出文件

onlyme_862a·2023-10-19 20:03

DNA琼脂糖凝胶电泳原理

琼脂糖凝胶电泳是常用的用于分离、鉴定DNA、RNA的方法，这种电泳方法以琼脂凝胶作为支持物，利用DNA分子在泳动时的电荷效应和分子筛效应，达到分离混合物的目的。

ss的专属赫兹·2023-10-19 14:48

2020-02-09 tRNAscan-SE使用说明（转运RNA预测）

参考：tRNAscan-SE使用说明https://blog.csdn.net/herokoking/article/details/77853662注意，这个软件是直接通过conda安装的condainstalltrnascan-se-cbioconda安装好之后直接可以使用对于trnascan-se的使用也非常简单tRNAscan-SE-B-o108tRNA.out-f108tRNA.ss-m

暮色下的烟波澜·2023-10-19 03:59

一种癌肽调节m6A读取蛋白IGF2BP1对m6A的识别和肿瘤发生

NatureCommunications的文章——Anoncopeptideregulatesm6Arecognitionbythem6AreaderIGF2BP1andtumorigenesis.N6-甲基腺苷（m6A）是真核RNA

博士苑·2023-10-19 03:01

RNA 17. SCI 文章中的筛选 Hub 基因 (Hub genes)

关注公众号，桓峰基因这期继续补充一下转录组高级分析内容之一的筛选Hub基因，这个模块在SCI文章中也是经常出现，并且很多文章也是直接作为文章的两点来分析的，现在就介绍一下这部分的内容该怎么分析？前言我们在分析WGCNA之后获得了几个基因模块，但是发现基因仍然很多，需要进一步筛选基因与表型相关的基因，那么今天就介绍一下Hub基因，那么什么是HubGenes呢？在这样的网络中，高度连接的基因被称为枢纽

90066456ace6·2023-10-18 13:16

推荐频道

rna