rna

RNA-seq数据库（ChatGPT）

截至我最后更新知识的时间（2022年1月），存在许多RNA测序（RNA-seq）数据库，这些数据库提供了大量的基因表达和转录组学数据。
素材积累·2023-12-24 07:11

一种具有翻译功能的circRNA在肌细胞生成中的作用

Circ-ZNF609isacircularRNAthatcanbetranslatedandfunctionsinmyogenesis期刊：MolecularCell影响因子：14.248主要技术：RNA-Seq
d5c9c866171f·2023-12-24 04:04

ImmuCellAI | 免疫浸润计算工具 R包学习

ImmuCellAIImmuCellAI（ImmuneCellAbundanceIdentifier)是一个从基因表达数据集（包括RNA-Seq和芯片数据）中估计24种免疫细胞丰度的工具，其中24种免疫细胞由
Aech·2023-12-24 03:52

如何快速了解接触的质粒(三)

---启动子启动子(promoter)顾名思义就是用来启动目的基因表达的一段DNA序列，位于目的基因前端，本身不被转录，是RNA聚合酶识别，结合和开始转录的一段序列。
小乔爱科研·2023-12-23 04:42

单细胞从理论到实践-这一本书就够了

前面给大家介绍过一些单细胞相关的理论和实践知识BD单细胞测序平台Rhapsody(视频)10X单细胞RNA-seq技术(视频)10X单细胞混样技术(视频)单细胞ATAC-seq技术介绍免疫组库10XGenomicsVDJ
生信交流平台·2023-12-23 03:13

RNA-seq下游分析之PCA画图

RNA-seq下游分析之PCA图_欧阳火火的博客-CSDN博客rm(list=ls())mydata1,]head(dds2)rld1<-rlog(dds2)plotPCA(rld1,intgroup=
ECHO1216·2023-12-22 20:28

NGS Mapping 软件 Bowtie 算法介绍

简介Bowtie是目前流行的一款DNA、RNA序列比对软件，开源免费。Bowtie的技术路线基于BWT-FM。BWT-FM法对内存的消耗很小，被很多工具采用。
茄子_0937·2023-12-22 18:49

从RNA定向互作看基因组组织

我们最近开始了解非编码RNA（ncRNA）在此类过程中的原始作用，现在已知几种类型的RNA对调节基因表达至关重要：在细胞核中，长非编码RNAs（lncRNAs）、增强子RNAs（eRNAs）、稳定的内含子序列
Ss_y·2023-12-22 13:06

【circRNA】circRNA简介（1）

cirRNA是非编码RNA中的一大类，它由一种非经典剪接方式——反向剪接(backsplicing)产生；当反向剪接发生时，下游剪接位点与上游剪接位点共价连接闭合。
jjjscuedu·2023-12-22 05:54

Cell：脑肿瘤免疫微环境图谱 | 癌症研究数据资源

通过整合多参数FCM分析、RNA序列数据、TME细胞培养分析、蛋白质阵列和空间组织特征，揭示了来自不同
尐尐呅·2023-12-22 00:31

多切片联合构建3D生物空间图谱

通过对多个切片进行联合建模，将其与单细胞RNA测序数据进行整合，STitch3D同时识别出具有一致基因表达水平的3D空间区域，并
tzc_fly·2023-12-21 07:47

2021-10-15

单细胞RNA测序显示微生物群的缺失使TME倾向于促肿瘤巨噬细胞。2.从机制上讲，本文发现微生物群衍生的干扰素基因刺激因子（STI
图灵基因·2023-12-21 06:47

四价流感疫苗（鼻喷雾）

流感病毒为RNA病毒，根据核蛋白和基质蛋白分为甲、乙、丙、丁四型，目前感染人的主要是甲型流感病毒中的H1N1、H3N2亚型及乙型流感病毒中的Victoria和Yamagata系。
Tree_Ye·2023-12-21 01:23

Seurat用自定义的 cell type 做差异表达

Rcodemarkers%dplyr::glimpse()Formalclass‘Seurat’[package“SeuratObject”]with13slots…@assays:Listof1……$RNA
Janine_1991·2023-12-21 01:19

拭子（痰液）核酸提取中如何高效地分离核酸

3.样本处理：a)拭子：向无RNA酶
清风拂面vv·2023-12-20 19:29

生物学上描述DNA/RNA的长度常用的kb\nt\bp是指什么？

kb=千碱基对kilobase(pair).是kbp的简写nt=核苷酸nucleotidebp=碱基对basepair1Mb=1000kb=1000000bp
大大的世界和小小的人儿·2023-12-20 15:08

基因表达差异分析R工具包DESeq2的详细使用方法和使用案例

DESeq2是一种常用的差异表达基因分析工具，可用于RNA-seq数据的差异表达分析。下面是DESeq2的详细使用步骤和全部脚本示例。
小果运维·2023-12-20 14:23

生信分析代谢通路可视化分析R工具包ggkegg的使用案例

assign_deseq2log2FoldChangecolumnnumeric_combinemean在这里，我们使用RNA-Seq数据
小果运维·2023-12-20 14:22

2021-01-26基因ID+TMP

TumorProteinP53的简写，RNF180是RingFingerProtein180的简写ID号1.最常见的就是EntrezGene2.在gene数据库里面对于转录本和蛋白的编号是以NM和NP开头的3.非编码的RNA
小森的生统笔记·2023-12-20 00:15

新版TCGA表达矩阵整理简单版

很多人因为网络原因不能使用TCGAbiolinks这个神包下载TCGA的RNA-seq数据，只能通过浏览器访问GDCTCGA的官网进行下载，而下载后得到的是一个个文件夹，对于如何整理成一个表达矩阵也是很麻烦的
医学和生信笔记·2023-12-19 20:16

《生物信息学生R入门教程》读书笔记 Chapter 1

前言最近在阅读欧剑虹老师《生物信息学生R入门教程》非常适合于刚入手NGS的初学者使用，这里我仅做我个人的读书笔记使用本书分为八个章节：1.R/Bioconductor简介2.基因芯片的数据分析3.RNA-seq
小潤澤·2023-12-19 19:08

细胞RNA提取的操作步骤

操作步骤（请自行准备无水乙醇、异丙醇、灭菌1.5mL离心管）：1.取出洗涤液，按以下操作：a)洗涤液A：按终浓度30%比例加入无水乙醇，如7mL加入3mL无水乙醇；21mL加入9mL无水乙醇，充分混匀。b)洗涤液B：按终浓度70%比例加入无水乙醇，如3mL加入7mL无水乙醇；9mL加入21mL无水乙醇，充分混匀。c)配制好的洗涤液如出现沉淀，可在37℃溶解，摇匀后使用。2.取1.5mL离心管，加入
清风拂面vv·2023-12-19 18:26

RNA剪接机制

根据中心法则，DNA编码的遗传信息被转录成RNA，然后翻译成蛋白质。在将初级mRNA翻译成蛋白质之前，必须先对其进行修饰和编辑。
阿尔法约塔·2023-12-19 16:54

RNA-seq数据如何做PCA

PCAworksbestwhentheinputdataisapproximatelynormallydistributedoneachdimension.Itwouldbeagoodideatodosomeinitialdataqualitycheckstoverifythatthisisthecase(andtransformthedataappropriatelyifnot),oratlea
OmicsAcademy·2023-12-19 08:49

体内内源基因调控之CRISPRi与CRISPRa

众所周知，CRISPR/Cas9系统可以用来操纵基因组：规律成簇的间隔短回文重复CRISPR与内切酶Cas9的组合，可以在引导RNA（gRNA）的指引下，靶向基因组中的特定区域并切割DNA，产生DNA双链断裂
辛晓红·2023-12-19 04:19

生信数据挖掘 单细胞测序

其收稿要求涵盖了癌基因的结构和功能的各个方面，尤其是:细胞癌基因及其激活机制，其编码蛋白的结构和功能，DNA和RNA的癌基因，肿瘤病毒，人类肿瘤的分子肿瘤学，肿瘤抑制基因，生长调控基因，细胞周期控制生长
概普生信·2023-12-18 10:06

2022-03-18

NatComm|非编码RNA参与DNA修复调控机制原创图灵基因图灵基因收录于话题#前沿分子生物学机制瑞典Karolinska研究所的研究人员发表了一篇论文，展示了某些RNA分子如何控制癌细胞中受损DNA
图灵基因·2023-12-17 21:52

血液微生物RNA提取注意事项

操作步骤（请自行准备无水乙醇、异丙醇和1.5mL灭菌RNase-free离心管）1.取出洗涤液，按以下操作：a)洗涤液A：按终浓度30%比例加入无水乙醇，如7mL加入3mL无水乙醇；21mL加入9mL无水乙醇，充分混匀。b)洗涤液B：按终浓度70%比例加入无水乙醇，如3mL加入7mL无水乙醇；9mL加入21mL无水乙醇，充分混匀。2.取1.5mLRNase-free灭菌离心管，加入200μL血液样
清风拂面vv·2023-12-17 19:58

Nat. Mach. Intell. | 通过深度神经网络联合建模多个切片来构建一个三维全生物体空间图谱

通过联合建模多个切片并将其与单细胞RNA测序数据整合，S
DrugAI·2023-12-17 19:06

石蜡包埋组织RNA提取步骤有哪些？

操作步骤：1.请自行准备：无水乙醇、异丙醇、灭菌双蒸水、二甲苯及1.5mL离心管。2.取出洗涤液，按以下操作：a)洗涤液A：按终浓度30%的比例加入无水乙醇，如7mL加入3mL无水乙醇，14mL加入6mL无水乙醇，充分混匀。b)洗涤液B：按终浓度70%的比例加入无水乙醇，如3mL加入7mL无水乙醇；6mL加入14mL无水乙醇，充分混匀。c)配制好的洗涤液如出现沉淀，可在37℃溶解，摇匀后使用。3.
清风拂面vv·2023-12-17 18:00

逆转录酶性质 – 六个关键注意事项

DNA聚合酶活性RNaseH活性热稳定性持续合成能力保真度末端核苷酸转移酶（TdT）活性逆转录酶是从RNA模板合成互补DNA（cDNA）链过程中的必需试剂。
evolisgreat·2023-12-17 00:17

派森诺转录+代谢组联合分析，4.599分的项目文章

文章题目：MetabolomeandTranscriptomeAnalysisofLiverandOocytesofSchizothoraxo’connoriRaisedinCaptivity技术手段：RNA-seq
felix108·2023-12-16 23:08

2021-11-17

CanRes|抑制前列腺肿瘤的RNA分子原创图灵基因图灵基因今天收录于话题#前沿分子生物学机制尽管许多前列腺癌患者接受了阻断促进肿瘤生长的激素的治疗，但大多数患者对这些治疗产生了耐药性。
图灵基因·2023-12-16 16:34

CeRNA才是人生赢家，一篇著名的赤果果的文(tao)献(lu)

首先肯定要先搞清楚ceRNA是个啥，英文名competingendogenousRNAs，咱给翻译成——竞争性内源RNA。
医科研·2023-12-15 19:06

实验1：总RNA的提取——Trizol

实验一：细胞中总RNA的提取及鉴定一、目的：掌握Trizol提取总RNA的原理和步骤，学习电泳鉴定总RNA的方法。二、原理：RNA是核酸，具有较好的水溶性。
猪莎爱学习·2023-12-15 14:47

JupyterHub 如何切换 conda 小环境

然后安装conda，方法请见Q4，在conda中创建小环境（这里示例rna），并且安装ipykernel# conda 创建 小环境conda  creat
生信小博士·2023-12-15 04:40

尿液RNA提取产率高吗？

产品特点◎提取RNA纯度高，无抑制剂，A260/A280为1.8-2.0；◎产率高，同样的样本量提取的RNA更多；◎提取纯化的RNA应用范围广，可应用于Northern杂交、RT-PCR、RealTimeRT-PCR
清风拂面vv·2023-12-15 03:55

【生信分析】基因组学导论

祝我成功目标：通过一周的学习能对对不同高通量测序数据集（RNA-seq、ChIP-seq、BS-seq和多组学集成）进行分析。配置环境if(!
大桃子技术·2023-12-06 21:11

RT-PCR、QPCR、Real-time PCR、real-time RT-PCR你真的区分的开吗？

在RT-PCR中，一条RNA链被逆转录成为互补DNA，再以此为模板通过PCR进行
喵喵456·2023-12-06 12:27

2022-09-08

淋巴结靶向递送mRNA癌症疫苗引发强烈的CD8+T细胞反应原创图灵基因图灵基因2022-09-0810:48发表于江苏收录于合集#前沿分子生物学机制mRNA技术，特别是癌症疫苗的体内应用面临的挑战仍然是将信使RNA
图灵基因·2023-12-06 12:08

Nature子刊综述帮你总结知识点：癌症中的RNA，每个都是研究热点

RNA对基因表达至关重要，无论是以蛋白编码RNA（mRNAs）的形式，还是以参与和调节转录的非编码RNA形式（lncRNAs或snRNA）、剪接（snRNAs）和翻译（核糖体RNAs、tRNAs和microRNAs
尐尐呅·2023-12-06 07:10

【单细胞】scRNA-seq VS snRNA-seq

https://isbscience.org/about/what-is-systems-biology/单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术的飞速发展使人们对组织中细胞种类、细胞的特殊状态有了深入认识
jjjscuedu·2023-12-04 19:44

Analysis of single cell RNA-seq data 学习笔记(六)

这一节，我们介绍一下单细胞生物学分析的内容PCA#加载包library(pcaMethods)library(pcaReduce)library(SC3)library(scater)library(SingleCellExperiment)library(pheatmap)library(mclust)#读取数据deng<-readRDS("deng/deng-reads.rds")接下来，我们
小潤澤·2023-12-04 18:04

利用Biopython来进行序列比对

序列比对一般针对的是两条或者多条序列，可以是DNA、RNA或者蛋白序列，来推测序列间的区域的相似度。
生信阿拉丁·2023-12-04 13:09

生信流程1 - Nanopore 三代测序生信分析流程简介

Nanopore三代测序技术可以用于研究与DNA、RNA和蛋白质相关的各种科学问题。
生信与遗传解读·2023-12-04 06:18

巜吃的营养科学观》第8天

三、叶酸是身体细胞繁殖和产生遗传物质RNA和DNA所必需的。没有叶酸，身体也就无法生长，甚至是头发、精子或指甲也无法生长，身体出现疾病后也无法康复。
贝美康读书会吴老师·2023-12-03 23:59

RNAvelocity系列教程1：RNA速率简介及scVelo安装

(Nature,2018)引入了RNA速率的概念，利用新转录的未剪接的前体mRNA和成熟的剪接mRNA可以在常见的单细胞RNA-seq流程中区分的事实，可以恢复定向动态信息，前者可通过内含子的存在检测。
Seurat_Satija·2023-12-02 17:11

处理ENCORI预测的miRNA-circRNA结果

前面给大家详细的介绍过ENCORI这个数据库，相信很多小伙伴也已经使用过这个工具了☞RNA相互作用神器——ENCORI☞starbase（ENCORI）数据库介绍（一）☞R批量预测miRNA和靶基因之间的调控关系
生信交流平台·2023-12-01 21:21

一文读懂LncRNA

RNA缩略词详解lncRNA：长链非编码RNA（longnon-codingRNA）miRNA：微小RNA（microRNA）circRNA：环状RNA（circularRNA）ncRNA：非编码RNA
Seurat_Satija·2023-12-01 19:31

PCR知识点小结

1.引物是DNA还是RNA?
雪切丝·2023-12-01 15:32
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